비업무용부동산에 해당 여부

○○세무서장이 1999. 6. 1. 청구법인에게 각각 경정고지한 1994사업연도 법인세 75,770,560원 및 농어촌특별세 3,204,390원, 1995사업연도 법인세 310,356,430원 및 농어촌특별세 10,068,430원, 1996사업연도 법인세 224,320,970원, 1997사업연도 법인세 184,598,460원은 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 대지 6,250.6㎡m, ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 잡종지 980.1㎡ 같은동 ○○번지 잡종지 504.9㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 671.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 1,568.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 1,527.0㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 3,395.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 3,083.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 3,855.9㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 6,437.1㎡등 합계 10필지 28,273㎡및 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 지상 2층 건물 2개동과 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 잡종지 지상2층 건물 1개동 (청구법인의 몫1/3)을 업무용 부동산으로 보아 공공사업용토지 및 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세감면을 인정하고 지급이자 손금불산입 대상에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 1997사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고 시 1994.10.25. 관계회사 청구 외 ○○해운(이하 “○○해운”이라고 한다)와 함께 공유취득한 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 대지 6,250.6㎡m, ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 잡종지 980.1㎡ 같은동 ○○번지 잡종지 504.9㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 671.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 1,568.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 1,527.0㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 3,395.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 3,083.1㎡, 같은동 ○○번지 잡종지 3,855.9㎡, 같은동 ○○번지 잡종지6,437.1㎡등 합계 10필지 28,273㎡및 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 지상 2층 건물 2개동과 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 잡종지 지상2층 건물 1개동(이하 “쟁점부동산”라고 한다. 청구법인의 몫 1/3)중 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 대지 3,332.3㎡을 제외한 나머지 부동산에 대하여 1997. 7.10. 및 1997. 6.16. 각각 양도함으로써 청구인의 몫에 대하여 발생된 특별부가세 산출세액 270,916,340원 중 감면세액 24,420,300원은 구 조세감면규제법 제63조(공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면)규정을, 같은 산출세액에서 감면세액 48,440,240원은 같은법 66조(국민주택 건설용지에 대한 양도소득세 감면)규정을 각각 적용하여 감면신고하였다.

○○세무서장은 ○○지방국세청장이 쟁점부동산에 대하여 비업무용부동산인 매매용부동산으로 판정하여 감사지적하자 쟁점부동산 가액 중 청구법인의 몫에 상당하는 1994사업연도~1997사업연도 관련지급이자 1,964,367,188원을 각사업연도 소득금액 계산상 손금불산입하고 공공사업용토지 및 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세 감면을 배제하여 1994사업연도 법인세 75,770,560원 및 농어촌특별세 3,204,390원, 1995사업연도 법인세 31,356,430원 및 농어촌특별세 10,068,430원, 1996사업연도 법인세 224,320,970원, 1997사업연도 법인세 184,598,460원을 1999. 6. 1. 각각 경정고지하였다. 각사업연도 소득금액 계산상 손금불산입한 지급이자 내역은 다음과 같다. (금액: 원) 사업년도 계 1994 1995 1996 1997 지급이자 1,964,367,188 145,654,200 759,556,190 699,092,175 360,064,623 청구법인은 이에 불복하여 1999. 6.15. 심사청구하였다.

(1) 청구법인은 컨테이너 해상 운송업을 영위하는 상장법인으로서, 청구법인은 ○○해운과 함께 쟁점부동산을 컨테이너 적치장으로 장기할부조건부(3년)취득하여 컨테이너 적치장 등 업무용으로 사용하여 오다가 법정관리중인 공유취득자 ○○해운의 기업구조조정과 경영합리화계획에 따라 ○○지방법원으로부터 1996. 6.21. 매각허가를 얻어 불가피하게 매가하게 된 것이며 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 컨테이너 적치장으로 사용한 사실이 증빙서류에 의거 확인됨에도 비업무용부동산으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(2) 설사, 쟁점부동산이 비업무용부동산에 해당된다 하더라도 쟁점부동산의 취득시기는 첫 회 부불금 지급일인 1994.10.25.이 아니라, 쟁점부동산의 매매대금청산일(잔금청산일)인 1996. 9. 5.을 비업무용부동산의 취득시기로 보아 과세하여야 한다.

청구법인 등은 1994. 4.25.부터 매도자 청구 외 ○○조선(주)로부터 점유사용 승인을 받아 컨테이너 적치장으로 사용하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 공유취득한 쟁점부동산의 취득 시부터 양도까지의 이용실태를 확인한 결과 쟁점부동산은 입찰계약일(1994. 4.25.) 이전인 1993.11.24.에 도시계획 인가 고시되어 쟁점부동산의 중앙부분으로 4,807㎡가 도로로 편입이 예정되어 있어 컨테이너 적치장으로 사용이 불가능한 토지임이 예견됨에도 이를 취득한 점, 공공용지에 편입된 토지이외의 잔여토지까지 ○○해운의 정리채권 상환을 위하여 잔금청산일전(1996. 6.14.)에 분할양도할 목적으로 법원의 승인을 받은 후 그 승인에 따라 양도한 점, ○○(現: ○○세무서 및 ○○세관에 비치보관중인 관련공부에 의하면 당초 소유자인 청구외 ○○조선(주)가 1992.12.15. ○○세관장으로부터 보세장치장 설치영업 허가를 득하여 1993. 1.29.~1997. 6.30.까지 보세장치장 및 야적전용 장치장으로 직접 사용하였슴이 확인되고, 그에 대한 부가가치세 등 관련제세를 청구외 ○○조선(주)가 신고납부한 사실, 쟁점부동산 취득 후 컨테이너 적치장 조성공사를 등을 하지 않는 점과 부득이한 사유로 콘테이너 적치장용 토지 등을 양도하였다면 대체토지를 취득하였어야 하나 달리 취득하지 않은 점 등으로 볼 때 쟁점부동산은 청구법인이 매매차익을 목적으로 취득한 부동산이므로 비업무용부동산에 해당되는 바 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산이 비업무용부동산에 해당되는 지의 여부를 가리는데 있다 하겠다.
• 나. 관계법령

○ 구 법인세법 제18조 의 3 【지급이자의 손금불산입】 제1항 본문에서 『다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금으로 산입하지 아니한다.』라고 규정하고, 같은항 제1호에 『당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이요실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이 라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제43조의 2【지급이자의 손금불산입】 『① 법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산등”이라 한다)을 말한다.(‘90.12.31.개정)

1. 부동산 취득후 일정기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 2~3.(생략)

4. 법인의 주된사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. (생략)

② (생략)

③ 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산등의 판정기준에 관하여는 총리령으로 정한다.(이하 “생략”』이라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행규칙 제18조 【지급이자의 손금불산입】 제3항에서 『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산등”이라 함음 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다. 1~11. (생략)

12. 매매용 부동산. 다만 다음 각목의 부동산으로서 당해 부동산을 취득한 후 2년 (나목 및 라목의 경우에는 3년. 이하 이호에서 같다.)이 경과되지 아니한 것(도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 취득한 후 2년이 경과한 것과 주택 등 건물의 신축용토지를 취득한 후 2년 이내에 공사에 착공하고 공사가 진행주인 것을 포함한다)을 제외한다.

• 가. 부동산매매업(한국표준산업분류표상의 부동산분양공급업 및 건축물 자영건설업을 말한다. 이하 이 조에서 같다.)을 제외한다.
• 나. 주택신축판매업 [한국표준산업분류표상의 주거용건물분양공급업 및 건축물 자영건설업(주거용에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다.]을 영위하는 법인이 취득한 주택용 토지
• 다. 건설업을 영위하는 법인이 취득한 건물신축용 토지
• 라. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의한 아파트형공장의 신축용 토지』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】 『① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② (생략)

③ 내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 정우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제36조 【손익의 귀속사업년도】 『①법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손익이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다.』라고 규정하고, 같은항 제7호에서 『건설 또는 제조에 관하여 계약기간이 1년이상인 장기도급계약을 체결한 경우에 그 목적물의 건설 또는 제조에 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 손익은 총리령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.』라고 규정하고 있다.

○ 양도당시 시행되던 조세감면규제법 제63조 【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면하고, 개발제한구역(1997년 1월 1일 현재 도시계획법에 의하여 지정된 지역을 말한다)지정 이전에 취득한 토지 등으로서 개발제한구역지정 이전부터 양도일 까지 계속 소유(당해 기간중에 상속이 개시된 경우로서 상속인이 계속 소유하는 경우를 포함한다)하는 자의 토지 등의 양도로 인하여 발행하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.』라고 규정하고, 같은항 제1호에서 『공공용지의 취득및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고 있다.

○ 같은법 제66조 【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지 (대통령령이 정하는 토지를 제외한다.)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30 (양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.』라고 규정하고, 같은항 제1호에서 『주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구법인은 쟁점부동산이 관련지급이자가 손금불산입되는 비업무용부동산이 아니라고 하며 부동산매매계약서, 도시계획사업 시행 공람공고문, 등기부등본, 부동산임대차계약서, 전화가입권, Gate Log(정문일지)와 경비직원 청구 외 정○○의 확인서·용역경비도급계약서와 인사발령 기안문, 경비직 임금대장, BILL(청구서), 세금계산서, C.Y외화수입장부, 보세구역설영특허장, 점유사용승인서를 제출하고 있다.

② 청구법인은 컨테이너 해상 운송업을 목적으로 1953.12.28. 설립하여 1989.12. 2. 기업공개한 법인으로서, 쟁점부동산을 특수관계있는 ○○해운과 함께 1994. 4.25. ○○조선(주)로부터 ○○공사 ○○지점장(대리인)을 통하여 공개입찰방식으로 14,868,000,000원에 매매계약을 체결하고, 같은날 1,486,800,000원을 계약금으로 지급하였고, 1994. 4.26. 한국증권거래소 이사장에게 컨테이너 부지조성용 고정자산 취득계약에 따른 간접공시 통보(국경 제00-000호)를 한 후 1994.10.25. 첫 회 부불금 2,230,200,000원을 1995. 4.25.에 2차 부불금을, 1995.10.25.에 3차 부불금을, 1996. 4.25. 4차 부불금을, 1996.10.25.에 5차 부불금을, 1997. 4.25.에 잔금을 각각 2,230,200,000원씩 분할하여 지급하기로 한 후 에 위 각각의 금액 중 3분의 1에 해당하는 금액은 청구법인이 3분의 2에 해당하는 금액은 ○○해운이 각각 부불금을 지급하던 중 약정상 잔금지급일이 도래하기 전에 나머지 잔금을 청산지급하고 1994. 4.25. 매매원인으로 하여 1997. 2. 3. 청구법인 등 공유자 명의로 소유권이전등기 경료한 후, 법정관리중인 공유자 ○○해운의 경영합리화와 기업구조개선계획에 따라 1996. 6.14. ○○지방법원 제12민사부의 매각승인에 의하여 총면적 28,273㎡ 중 도시계획도로 편입면적 4,807.0㎡는 공공사업시행자와 매매계약 체결 및 수용보상금협의를 완료한 후 1997. 6.16. 공공용지 협의취득을 원인으로 하여 ○○광역시장에게로 1997. 7.14. 소유권이전등기 경료되었고, 도시계획도로 편입면적 4,807.0㎡ 및 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 대지 3,332.3㎡(미양도분임)를 제외한 20,133.7㎡는 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구 외 (주)○○종합건설에게 매각대금 14,616,000,000원에 각각 양도하였슴이 부동매매계약서등 관련 제시 증거서류와 관련공부에 의하여 확인된다. 쟁점부동산 중 공공사업시행자에게 공공용지 협의양도한 부동산 내역은 다음과 같다. 수용근거 수용 대상 물건지 보상내역 사업자 사업명 사업인가 보상가액(원) 수령일 일자 인가기관 고시번호 소재지 지목 지적(㎡) 계 4,032,007,800

○○ 광역 시장

○○ ○○ 건설 1995.5.26.

○○시장 0000-000

○○동 ○가 ○○번지 토지 3.5 3,676,732,000 1997.6.16.

○○동 ○가 ○○번지 496

○○동 ○가 ○○번지 1,389.20

○○동 ○가 ○○번지 2,918.30 소계(4필지) 4,807.00

○○동 ○가 ○○번지 건물 2,191.27 355,275,800 ※ ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 소재 토지는 1997. 2. 3. 같은동 ○○번지에서 분할로 이기된 것임.

③ 또한, 등기부등본·도시계획사업 시행 공람공고문에 의하면, 당초 고시당시 (○○직할시 고시 0000-000호, 1993.11.24.)에는 도시계획시설(도로)용 토지에서 쟁점부동산은 제외되었음을 알 수 있고, 쟁점부동산중 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 대지 6,250㎡는 원래 청구 외 ○○조선(주)가 1983. 2. 1. 취득하여 보세구역설령장으로 사용되던 토지로서 청구법인 등이 취득한 후 1997. 2. 3. 분할로 대지 2,918.3㎡가 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지로 이기되었는데, ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 대지 2,918.3㎡만 1995. 3.23. ○○광역시 공고 제00-00호에 의해 도시계획시설(도로)로 추가편입 변경고시되어 1997. 6.16. 공공용지협의취득을 원인으로 1997. 7.14. ○○광역시로 소유권이전등기 경료되었는 바, 쟁점부동산은 청구법인이 공동취득한 후 그 일부가 사용이 금지 또는 제한되었음을 알 수 있다.

④ 청구법인은 쟁점부동산 취득 전부터 쟁점부동산 전부에 대하여 청구 외 ○○조선(주)과 1988. 4.12. 부동산임대차계약 체결하고, 1988. 9.22. 전화개설(전화번호: 00-000-0000)을 하여 콘테이너 장치장 및 주차장으로 사용하여 오던 중 쟁점부동산을 취득한 후 1994. 4.29. 전화 1대를 증성(전화번호: 00-000-0000)하여 사용하다가 1997. 8. 4. 해지한 사실이 부동산임대차계약서, 전화가입권 해지원부에 의하여 확인된다. 청구법인은 쟁점부동산을 연불취득(3년)하여 컨테이너 적치장으로 사용한 사실이 정문일지(Gate Log), 청구서(BILL), 세금계산서, C.Y외화수입장부에 의하여 확인되는 한편, 인사발령문 및 급여지급대장·근로소득원천징수영수증에 의하면 청구법인은 차장 김○○(창고관리부)과 여사원 장○○(경리)을 ○○창고에서 근무할 것을 1994. 5. 4. 인사발령(파견)하였고, 경비용역 업체인 청구 외 ○○기업(주)의 임금지급대장·근로소득원천징수영수증·세금계산서에 의하면 청구 외 ○○기업(주)는 쟁점부동산에 위치한 ○○창고에 경비원 청구 외 정○○ 등을 파견하여 관리한 사실이 확인된다. 청구법인이 쟁점부동산에 위치한 사업장에서 발생한 연도별 수입금액 신고내역은 다음과 같다. 사업연도 총수입금액 기타

○○항 C.Y 수입금액 참고 계 136,330,422,549 135,353,784,358 976,638,191

• ○○항 C.Y경우1994. 5월부터 1997. 6월까지의 수입금액임 1994 28,327,680,836 28,081,678,986 246,001,850 1995 33,607,191,180 33,309,911,355 297,279,825 1996 36,307,539,196 36,012,634,980 294,904,216 1997 38,088,011,337 37,949,559,037 138,452,300

⑤ 한편, 쟁점부동산중 토지의 취득 시 및 양도당시 기준시가로 환산한 금액에 비추어 볼 때, 취득 시에는 17,933,542,000원이고, 양도당시에는 17,328,515,300원으로서 양도당시가 취득당시 보다 지가가 하락하였슴을 알 수 있고, 건설교통부와 ○○공사가 매년 1월1일 가격시점으로 조사하여 발표한 지가동향에 의하여도 쟁점부동산의 위치한 ○○광역시 ○○구의 경우 1993년 -6.39%, 1994년 -0.24%, 1995년 -0.94%, 1996년 0.68%, 1997년 -1.02%로서 청구법인이 연불취득 후 1996년에만 소폭 상승하였을 뿐 계속 하락하였슴을 알 수 있다.

⑥ 그렇다면, 위 법령과 사실내용을 종합하여 볼 때 청구법인이 청구 외 ○○조선(주)로부터 연불취득한 쟁점부동산은 취득하기 전부터 쟁점부동산 전체를 임차하여 사용하였고, 취득 후에는 청구법인의 고유목적사업인 해상운송사업에 필수적인 컨테이너 적치장 또는 보세장치장으로 직접 사용한 사실이 확인되고, 지가상승을 목적으로 취득하였다고 볼 수도 없으므로 비업무용부동산이 아닌 업무용부동산에 해당된다고 판단된다.

⑦ 사정이 이러함에도 불구하고 처분청에서는 쟁점부동산이 취득 전부터 사용이 제한된 부동산이라고 본 것이나 쟁점부동산을 취득하기 전부터 청구법인이 임차하여 고유목적사업에 사용하여 오고 있음에도 설령장허가를 득하지 아니한 것이라 하여 쟁점부동산이 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위해 보유하는 것이라고 보아 관련지급이자가 손금불산입되는 비업무용부동산인 매매용부동산으로 판정하였는데, 이는 처분청이 부동산이용상황 등에 대한 사실확인을 소홀히 한 잘못이 있다 할 것이다.

⑧ 따라서, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점부동산은 비업무용부동산이 아니므로 공공사업용토지 및 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세 감면을 인정하고 지급이자 손금불산입 대상에서 제외하여 과세함이 타당하다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.