합병 후 소멸된 법인의 관할세무서장이 소멸법인에게 과세한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 있던 (주)○○레미컨(피합병법인) 이 납부할 법인세를 합병법인인 청구법인에게 ’99. 3. 16 결정ㆍ고지한 법인세 ’93. 1. 1~’93. 12. 31사업연도분 234,824,340원과 ’94. 1. 1~’94. 12. 31사업연도분 법인세 372,018,770원 (농어촌특별세 16,197,290원)ㆍ’95. 1. 1~’95. 12. 31사업연도분 310,225,040원 (농어촌특별세 15,477,400원)ㆍ’96. 1. 1~’96. 12. 31사업연도분 285,583,000원 및 ’97. 1. 1~’97. 12. 31사업연도분 369,867,070원 (합계 1,604,192,910원) 은 이를 취소합니다.

청구법인은 ’67. 3. 16 설립하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 시멘트와 레미컨 제조업 등을 운영하는 법인으로서, ’60. 3. 19 설립하여 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 법인소재지를 두었던 (주)○○레미컨 (이하, “소멸법인” 이라 한다) 을 ’98. 11. 17 흡수ㆍ합병하였고, 처분청이 합병되기 전의 소멸법인을 조사하여,

① 장부상의 매출채권의 채무자이나, 재무제표 부속명세서에 조달청으로 표시한 장기부실채권 2,434,530,971원 (이하, “쟁점매출채권” 이라 한다) 에 대하여 계산한 가지급금인정이자, ’93사업연도분 409,001,203원과 ’94사업연도분 421,173,857원ㆍ’95사업연도분 420,055,306원ㆍ’96사업연도분 418,739,327원 및 ’97사업연도분 333,748,920원 (계 2,002,718,613원, 이하, “쟁점인정이자”라 한다)을 각각 익금산입하여, 대표자에게 상여로 소득처분하고,

② ○○공사에 수용되어 ’97. 12. 30 소유권이전등기해 준 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지의 레미컨공장 (이하, “쟁점부동산” 이라 한다) 에 대하여 ’98. 5. 18 수령한 추가보상금 501,780,900원을 익금산입하는 등, 소멸법인의 각 사업연도의 법인세과세표준과 그 세액을 경정하고, 법인세 ’93사업연도분 234,824,340원과 ’94사업연도분 372,018,770원 (농어촌특별세 16,197,290원)ㆍ’95사업연도분 310,225,040원(농어촌특별세 15,477,400원)ㆍ’96사업연도분 285,583,000원 및 ’97사업연도분 369,867,070원 (계 1,604,192,910원으로, 이하, “쟁점법인세” 라 한다) 을 소멸법인에게 ’99. 3. 16 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’99. 6. 15 심사청구하였다.

① ’92~’93사업연도의 재무제표 부속명세서인외상매출금명세서를 작성하면서, ’94. 9. 16 예정이던 주식공개를 대비하여 소멸법인의 재무제표를 양호하게 보일 목적으로, 장기부실채권 2,435백만원의 채무자를 실제의 소액 다수인 대신에 조달청의 중앙보급창과 ○○지청에 대한 장기채권으로 표시하였던 것으로서, 실제의 소액 다수인에 대한 채권을 허위채무자인 조달청 외에 별도의 채권누락으로 보아 가지급금인정이자를 계산하여 익금산입하고 대표자에게 인정상여 처분함은 부당하고,

② 수용보상금의 이의제기에 대하여 추가보상에 관한 재결이 ’98. 5. 6 결정되어 ’98. 5. 18 수령하였음에도, 당초 ’97년 수령한 수용보상금처럼 ’97년분으로 익금산입하여 과세함은 부당하다.

① ’92~’93사업연도의 재무제표 부속명세서인외상매출금명세서의 장기부실 채권에 대한 거래처를 허위표시한 사실에 대하여, 외상거래원장과 계약서 등 제시하는 자료로는 실거래사실의 확인이 불가능하였으므로, 이를 대표자에 대한 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하고 익금산입하고 과세한 당초의 처분은 정당하고,

② 토지수용에 따른 보상금은 당초 토지수용결정일이 속하는 사업연도의 수익으로서, 추가보상금은 당초 보상확정분의 사업연도 이월수령분이므로, 손익의 귀속시기를 ’97사업연도로 보아 과세한 당초의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 재무제표의 부속명세서상, 장부상 실제의 채무자와는 다르게 채무자를 표시 하였는지?

② 토지수용에 추가보상금이 다음해에 확정되어 수령한 경우, 추가보상금의 정당한 익금산입사업연도를 가림에 대한 다툼이나, 다툼에 앞서, 합병후 소멸된 법인의 관할인 처분청에서 소멸법인에게 과세한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 내국법인의 법인세납세지에 대하여, 법인세법 (’96. 12. 30 법률 제5192호 개정분, 이하 같다) 제7조 제1항에서 『내국법인의 법인세납세지는 법인의 등기부상 본점 또는 주사무소의 소재지로 한다. (이하, 단서내용 생략)』라고 규정하고 있고, 법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계에 대하여, 국세기본법 (’96. 12. 30 법률 제5189호 개정분, 이하 같다) 제23조에서『법인이 합병한 때에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립되는 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다』라고 규정하고 있으며, 법인의 합병시점에 대하여, 같은법 기본통칙 3-2-1…23호에서『법 제23조에서 “합병한 때” 라 함은 합병 후의 존속법인 또는 합병으로 인한 신설법인이 그 본점 소재지에서 합병등기를 한 때를 말한다』라고 규정하고 있고, 부과되거나 납부할 국세 등에 대하여, 같은통칙 3-2-2…23호에서『법 제23조 및 제24조에서 “부과되거나 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비” 라 함은 합병(상속)으로 인하여 소멸된 법인(피상속인)에게 귀속되는 국세ㆍ가산금 및 체납처분비와 세법에 정한 납세의무의 확정절차에 따라 장차 부과되거나 납부하여야 할 국세ㆍ가산금 및 체납처분비를 말한다』라고 규정하고 있다. 또한, 질의회신 징세 01254-1175호 (’91. 3. 5) 는『법인이 합병된 경우에는 국세기본법 제23조 에 의거 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인이 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다』라고 회신하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 법인등기부등본과 청구주장 및 처분청 의견에 따르면, 소멸법인은 ’98. 11. 17 청구법인과의 합병으로 인하여 소멸되었고, 청구법인은 합병 후 존속하는 법인임을 알 수 있다.

(2) 처분청은 합병으로 인하여 소멸된 소멸법인에게 부과하여야 할 ’93~’97사업연도분 법인세를 합병 후 존속하는 청구법인에게 부과하지 아니하고, 합병으로 인하여 ’98. 11. 17 소멸된 소멸법인에게 ’99. 3. 16 부과ㆍ고지하였다.

(3) 합병으로 인하여 소멸된 법인의 납세의무가 합병 후 존속하는 법인에게 승계되는 경우에는 합병 후 존속하는 법인의 납세지를 관할하는 세무서장이 부과ㆍ고지하여야 함에도, 합병으로 인하여 소멸된 소멸법인의 납세지를 관할하였던 처분청이 합병으로 인하여 소멸된 소멸법인에게 부과ㆍ고지하였음이 확인된다.

(4) 당초 청구주장에 따른 쟁점의 옳고 그름을 가리기에 앞서, 과세내용이 아무리 적법하더라도 부과처분의 절차상의 흠결은 당연히 부과처분의 취소사유에 해당하므로, 관계법규정에 따라 합병법인인 청구법인의 관할세무서장이 피합병법인인 (주)○○레미컨이 납부할 국세를 승계한 합병법인에게 결정ㆍ고지하여야 할 것이고,합병으로 인하여 소멸된 소멸법인의 납세지를 관할하였던 처분청이 합병으로 인하여 소멸된 소멸법인에게 부과ㆍ고지한 당초의 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서 이 건 심사청구는 청구주장에 앞서 부과처분의 절차에 흠결이 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.