건물의 수입금액이 부동산가액의 100분의 3을 초과하여 기준수입금액 비율이상이므로 비업무용부동산으로 볼 수 없음.
건물의 수입금액이 부동산가액의 100분의 3을 초과하여 기준수입금액 비율이상이므로 비업무용부동산으로 볼 수 없음.
○○세무서장이 99. 1. 4. 청구법인에게 결정고지한 94사업년도 법인세 595,088,710원, 농어촌특별세 25,804,300원, 95사업년도 법인세 1,334,525,610원(특별부가세 1,080,284,320원 포함), 96사업년도 법인세 1,040,007,690원(특별부가세 926,515,610원 포함) 및 부가가치세 93년 제2기 15,739,700원, 94년 제1기 2,657,150원, 94년 제2기 58,546,100원, 95년 제1기 8,940,040원 95년 제2기 2,060,600원, 96년 제2기 18,324,500원, 97년 제1기 7,031,740원, 97년 제2기 8,820,600원, 98년 제1기 3,803,590원은
1. ○○시 ○○동 ○○번지 대지 6,727㎡, 같은동 ○○번지 대지 83㎡, 같은동 ○○번지 대지 4,027㎡, 같은동 ○○번지 및 ○○번지 지상 건물 3,237㎡(이하 “○○교육원”이라 한다.)를 비업무용부동산에서 제외(다만, ○○시 ○○동 ○○번지 대지 6,727㎡는 93사업년도에만 비업무용부동산에 해당된다.)하고, ○○교육원의 적정임대료를 변경된 개별공시지가 ㎡당 141,000원을 적용하여 계산하며, ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○콘도의 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 사용된 면적기준으로 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.
처분청은 청구법인에 대한 법인제세 조사 결과 청구법인이 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○하우스 및 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○면세점(95년 양도)과 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○콘도(96년 양도)를 양도하고 개발사업시행자에 대한 양도소득세등 감면 규정(조세감면규제법 제64조)을 적용하여 법인세 신고하였으나 토지 조성당시 양도하지 아니하고 조성한 토지 위에 건물 등을 신축하여 사업용 고정자산으로 사용하다가 양도하였으므로 동 감면 대상에서 제외하여 특별부가세 1,521,310,340원의 감면을 배제하고,
○○시 ○○동 ○○번지 대지 6,727㎡, 같은동 ○○번지 대지 83㎡, 같은동 ○○번지 대지 4,027㎡, 같은동 ○○번지 및 ○○번지 지상 건물 3,237㎡(이하 “○○교육원”이라 한다.)를 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 3%에 미달하는 비업무용부동산으로 보아 차입금 지급이자 및 유지비용 1,907,926,185원(93~96사업년도)을 손금불산입하였으며,
○○교육원을 특수관계자인 ○○공사에 저가로 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 국유재산법의 규정을 준용ㆍ계산(토지는 개별공시지가의 5%, 건물 및 기타재산은 장부가액의 10%)한 적정 임대료와의 차액 172,156,883원(93~95년도)을 익금산입 및 부가가치세 과세표준에 가산하고,
○○콘도 신축시 발생된 매입세액(건물 등의 공사 및 비품 등의 유형자산 구입 관련) 중 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 공통매입세액을 ○○콘도 전체의 과세 및 면세 공급가액으로 안분계산하여
99. 1. 4. 94사업년도 법인세 595,088,710원, 농어촌특별세 25,804,300원, 95사업년도 법인세 1,334,525,610원(특별부가세 1,080,284,320원 포함), 96사업년도 법인세 1,040,007,690원(특별부가세 926,515,610원 포함) 및 부가가치세 93년 제2기 15,739,700원, 94년 제1기 2,657,150원, 94년 제2기 58,546,100원, 95년 제1기 8,940,040원, 95년 제2기 2,060,600원, 96년 제2기 18,324,500원, 97년 제1기 7,031,740원, 97년 제2기 8,820,600원, 98년 제1기 3,803,590원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 99. 4. 10. 심사청구하였다.
(1) 개발사업시행자가 조성한 토지를 사용하다가 양도한 경우 개발사업시행자에 대한 양도소득세 등의 감면을 배제한다는 제한 규정이 없는데도 18년간 계속 적용받아온 특별부가세 감면을 배제한 것은 조세법률주의와 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 위배되므로 부당하다.
(2) ○○교육원은 위와 같이 특별부가세가 감면되는 부동산에 해당되고, 정부와 IBRD의 차관협정서상 의무적으로 보유하도록 되어 있는 부동산이며, 기준수입금액 비율 계산시 적용된 개별공시지가가 당초 잘못 산정된 것이므로 비업무용부동산에서 제외하여야 한다.
(3) ○○교육원은 IBRD와의 차관 협정에 따라 전문관광인력의 양성을 위해 호텔종업원의 훈련을 실시할 목적으로 설립되어 거의 무료로 운영되고 있는바, 청구법인이 직접 위 교육업무를 수행할 경우 소요되는 경비나 용도제한으로 다른 회사에는 임대가 불가능하여 정상적인 임대료를 징수할 수 없는 사유 등을 감안하여 보면 사회통념과 상관행에 비추어 부당하지 아니하고 조세의 부담을 부당하게 감소시키기 위한 것과는 무관하므로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
(4) ○○콘도의 면세 수입은 슈퍼에서만 발생되므로 과세사업과 면세사업에 사용되는 실지 귀속이 분명한 면적 기준에 의하여 계산한 비율로 공통매입세액을 안분계산하고 납부세액을 재계산하여야 한다.
(1) 개발사업시행자에 대한 양도소득세 등의 감면 규정은 국토개발사업 수행시 조성된 토지 등을 양도하는 경우 특별부가세 등의 부담을 경감하여 개발분양자 입장에서는 분양동기를 유발하고 실수요자 입장에서는 상대적으로 저렴한 가격으로 토지를 취득하도록 하는등 결과적으로 거래 촉진을 위하여 입주 실수요자에게 분양하는 경우에만 적용되는 조세지원 규정인바, 이건과 같이 조성한 토지 등을 실수요자에게 판매하지 아니하고 콘도 등을 신축하여 장기간 감가상각비를 계상하면서 목적사업의 사업용 고정자산으로 사용하다가 부동산 가격이 상승한 후 양도함으로써 발생한 소득은 사업용 고정자산의 양도차익에 해당되므로 특별부가세 감면을 배제한 처분은 정당하다.
(2) ○○교육원은 위와 같이 특별부가세가 감면되는 부동산등에 해당되지 아니하고 ○○공사에 임대한 임대용 부동산이므로 기준수입금액 비율에 미달한 비업무용부동산으로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(3) 청구법인의 내부입주계약 규정에 의하면 행정목적 또는 보존목적의 수행에 필요하여 임대하는 경우 재산평가액의 5%이상을 임대료로 징수하도록 되어 있으며 전문기관의 감정가액이나 인근 유사 지역내의 부동산에 대한 적정거래가액이 없으므로 국유재산법을 준용ㆍ계산한 금액을 적정임대료로 산정하여 과세한 처분은 정당하다.
(4) 분양용 재고자산에 대하여는 납부세액 재계산을 하지 않는 것이므로 ○○콘도의 사업용 고정자산에 해당하는 공통매입세액(구좌비율로 계산) 중 면세관련 매입세액을 공급가액의 비율로 안분계산하여 불공제한 처분은 정당하다.
2. 건축물(시설물을 포함한다.)에 직접 사용되는 부속토지로서 다음에 정하는 기준면적을 초과하는 토지
11. 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것
○○교육원은 청구법인이 당초 토지 조성 당시 양도하지 아니하고 심리일 현재까지 보유하면서 임대용으로 사용하고 있으므로 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 조세감면규제법 제64조의 규정을 적용받는 자가 보유하고 있는 부동산 중 동법의 규정에 의하여 특별부가세가 감면되는 부동산에 해당되지 아니하고, 사업의 인가 등에 관한 법령의 규정에 따라 의무적으로 보유하여야 하는 부동산에도 해당되지 아니하므로 비업무용부동산에서 제외할 수 없는 것인바, 임대에 사용되고 있음이 확인되므로 임대용 부동산으로 보아 비업무용부동산에 해당되는지의 여부를 판정하여야 할 것이다. 먼저, 기준수입금액 비율에 미달한 비업무용부동산으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 법령 등에 의하여 임대료가 제한되지 않은 ○○교육원을 임대하고 발생한 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하므로 ○○교육원을 비업무용부동산으로 보아 과세하였으나 ○○시의 개별공시지가 관련 사실조회에 대한 회신 공문(지적00000-000, 99.7.15.) 및 96년도 공시지가 재조사 청구서(96.8.24, 000호)ㆍ결과통지 공문(지적00000-000, 96.9.25.)과 99.9.3. ○○시장이 발생한 개별공시지가 확인서에 의하면 당초 ○○시의 개별공시지가 조사시 ○○교육원 부속토지의 표준지를 호텔로 보아 인근 유사 호텔부지에 적용되던 개별공시지가를 그대로 적용함으로 인하여 개별공시지가가 과대산정되었음이 확인되어 96년도의 개별공시지가는 이용상황을 교육기관으로 적용하여 이미 시정되었으며 93~95년도의 개별공시지가도 이건 결정후에 당초 산정 착오의 사유로 ㎡당 320,000원에서 141,000원으로 감액 정정되었음이 확인되는 바, 변경된 개별공시지가를 적용하여 기준수입금액 비율을 계산하면 다음과 같이 3%를 초과하므로 ○○교육원을 기준수입금액 비율에 미달한 비업무용부동산으로 볼 수는 없다 할 것(재일46014-597 97.3.14, 국심92부4164 93.3.19, 95서 1867 95.12.22, 대법94누3582 95.4.28.외)이다. 년도 소재지 면적 (㎡) 공시지가 기준시가 (㎡당) 부동산가액 (공시지가, 취득ㆍ장부가액 중 큰 금액) 당해연도 수입금액 수입금액 비 율 93
○○번지 6,727 141 948,507 104,969 4.26
○○번지 83 141 11,703
○○번지 4,027 141 567,807 건물 3,237 160 934,262 합계 2,462,279 94
○○번지 6,727 141 948,507 110,043 4.48
○○번지 83 141 11,703
○○번지 4,027 141 567,807 건물 3,237 155 927,912 합계 2,455,929 95
○○번지 6,727 141 948,507 115,545 4.70
○○번지 83 141 11,703
○○번지 4,027 141 567,807 건물 3,237 155 927,912 합계 2,455,929 96
○○번지 6,727 141 948,507 120,924 5.12
○○번지 83 141 11,703
○○번지 4,027 141 567,807 건물 3,237 149 833,295 합계 2,361,312 ※ 금액 단위: 천원 다음으로, ○○교육원 부속토지가 법령에 의한 기준면적을 초과하는 지에 대하여 살펴본다. 관련법령을 보면, 기타 건축물 부속토지의 기준면적을 계산하는 규정인 구 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 나목이 상기와 같이 95. 3. 30. 개정되었으나 그 이전인 90. 4. 4. 개정시에는건축물의 바닥면적에 다음의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적과 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역에 적용되는 용적율로 나눈 면적에 5를 곱하여 계산한 면적 중 작은 면적으로 규정(90.4.4. 이전에 착공한 건축물의 부속토지에 관하여는 종전규정 적용, 90.4.4. 재무부령 제1818호 부칙 제4조 제2항, 재경부 법인46012-104, 99.7.12.)되었고, ’86. 3. 31. 개정시에는건축물의 바닥면적에 다음의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적과 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역에 적용되는 용적율로 나눈 면적에 1.1을 곱하여 계산한 면적 중 넓은 면적으로 규정되었으며, 같은조 제13항에서는 건축물 부속토지의 기준면적을 계산함에 있어서 공장입지기준면적율, 용도지역별 적용배율 및 용적율은 건축허가 또는 공장등록 당시에 적용되는 공장입지기준면적율 등을 적용하여 산출한다.(’90.10.22 신설)고 규정하고 있다. 위 관련법령의 규정에 의하여 ○○교육원의 건축물 부속토지 기준면적을 계산하면, 다음과 같이 기준면적을 초과하는 부분도 없으므로 ○○교육원은 비업무용부동산에서 제외함이 타당한 것으로 판단된다. 소재지 대지 면적 건물면적 기준면적(부속토지) 비 고 건축 년도 바닥 면적 연면적 바닥면적 기 준 연면적 기 준 기준면적
○○번지 4,027㎡ 77~90년 941.66 3,237 6,591.62 3,560.7 6,591.62 90.4.4.개정 이전 법령 적용
○○번지 83㎡
○○번지 6,727㎡ 79년 850.21 2,078.78 5,951.47 2,286.658 5,951.47 ″ 93년 634.15 1,217.79 4,439.05 6,088.95 4,439.05 94년 4,439.05 1,461.348 4,439.05 95년 합계 1,484 3,296.57 10,390.52 ※ 용도지역별 적용배율: 자연녹지지역 7배, 용적율: 100% 다만, 법령에 의하면 건축물과 그 부속토지의 소유자가 다른 경우 당해 건축물의 부속토지를 비업무용부동산으로 규정하였다가 94. 3. 12. 개정시 89.12.31. 현재 지상 건축물이 있는 토지로서 그 당시 토지의 소유자와 그 건축물의 소유자가 서로 다른 경우에는 제2호의 규정에 의하여 계산한 기준면적 이내의 토지를 비업무용부동산에서 제외(제11호 나목 (3), 94.1.1. 이후 개시하는 사업년도분부터 적용)하고, 96. 3. 21. 개정시에는 토지와 건축물의 소유자가 다른 경우 당해 건축물의 부속토지를 비업무용부동산에서 제외(제11호 가목 (4), 96.3.21. 이후 최초로 종료하는 사업년도부터 적용)하도록 개정되었는바,
○○교육원의 부속토지 중 청구법인이 77년 취득한 ○○번지 대지 6,727㎡는 임차자인 ○○공사가 79년 기숙사 건물을 신축한 후 93년 증축하여 심리일 현재까지 사용중임이 확인되므로 93사업년도는 전부 비업무용부동산에 해당된다 할 것(94~95사업년도는 위의 계산내용과 같이 기준면적 초과 부분이 없음)이다.
- 라. 쟁점③에 대하여 구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】에서는 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.』고 규정하고, 같은법 시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】제2항에서는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 제7호에서『출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때』를 규정하고 있다. 특수관계자에게 부동산을 무상 또는 저가로 임대하는 경우에는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것에 해당되므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 적정임대료 상당 금액을 합산 과세하는 것인바, 청구법인이 ○○교육원을 청구법인의 100% 출자자로서 특수관계자에 해당되는 ○○공사에 임대하면서 낮은 임대료를 징수한 것은 부당행위계산부인 대상에 해당된다 할 것이다. 또한, 특수관계자에게 부동산을 임대하는 경우 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 적정임대료는 특수관계에 있지 아니한 자간의 인근 유사 임대실례 등에 의하여 산정하는 것으로서 비교가능한 방법이 없는 경우 국유재산법에 의한 사용료율을 적용하여 계산하는 것(소득46011-4043 98.12.23, 심사 종소98-146, 98-164 98.6.12, 국심97서2260 97.12.13, 국심97서1918 98.2.13, 대법원 91누7637 92.1.21.)인바,
○○교육원은 학교 용도로 사용중인 부동산으로서 인근 유사 임대실례가 없을 뿐만 아니라 청구법인에서 91. 6. 작성한 ○○교육원 임대료 조정(안) 검토결과 보고서에도 83. 12. 31. ○○공사와 체결한 임대차 계약은 임대료 산정기준이 관련법령인 국유재산법등에 비추어 요율상 부적정하고 주변 타임대시설에 비하여서도 상이하여 형평성과 객관성 및 공정성이 결여된 것으로 기재되어 있는 사실로 보더라도 국유재산법을 준용하여 산정한 적정임대료로 과세한 처분은 정당하다 할 것이다. 다만, 이건 경정결정후 적정임대료의 산정 기준이 되는 개별공시지가가 쟁점②에서 살펴본 바와 같이 감액 정정되었으므로 변경된 개별공시지가를 적용하여 계산한 적정임대료로 과세함이 타당하다 할 것이다.
- 마. 쟁점④에 대하여 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】제1항에서는 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액』으로 규정하고, 같은법 시행령 제61조의2 제1항에서는 『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산하는 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 가산 또는 공제되는 세액 = 〔총공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 공급가액(사용면적)이 확정되는 과세기간의 면세공급가액(사용면적) ÷ 과세사업과 면세사업의 공급가액(사용면적)이 확정되는 과세기간의 총공급가액(사용면적)〕 - 기공제세액』으로 규정하고 있으며, 같은법 제17조【납부세액】제5항에서는 『매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 사업장 관할 세무서장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산할 수 있다.』고 규정하고, 같은법 시행령 제63조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】제1항에서 『법 제17조 5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 제61조 및 제61조의2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다. 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액 × 〔1 - 10(25) / 100 × 경과된 과세기간의 수〕 × 증가된 면세부분의 비율』로 규정하고 있다. 청구법인의 확인서(98.10.) 및 ○○콘도 신축공사와 관련된 건설가계정(콘도건설비)명세서ㆍ준공보고서(93.12.30.)에 의하면 ○○콘도 신축과 관련하여 취득한 건축물 등의 고정자산은 93. 12. 20. 준공되었으나 청구법인은 94. 3. 10. 사업자 등록(000-00-00000)을 한 후 94. 3. 28.부터 실제로 콘도사업에 사용하다가 96. 1. 19. ○○개발(주)에 매각하였음을 알 수 있고, 처분청은 청구법인이 ○○콘도의 신축과 관련하여 수취한 세금계산서 20,349,754,836원 중 사업용 고정자산에 해당되는 건물 등(구축물ㆍ통신전력 장치 공사대금 포함)의 매입세액 8,244,256,520원(콘도 1,950구좌 중 790구좌 해당분, 분양용 재고자산 1,160구좌는 제외)과 94년 1기에 취득한 비품 등의 매입세액 2,251,248,800원을 공통매입세액으로 보아 ○○콘도 전체의 수입금액 비율에 의한 안분계산으로 면세 수입금액 비율(5.81%)에 해당하는 매입세액을 불공제(94년 2기 5%, 95년 1기 0.81%)하여 과세하였음이 확인된다. 청구법인은 면세 수입이 담배ㆍ농수산물 등을 판매하는 슈퍼에서만 발생되므로 ○○콘도 총면적 28,804.56㎡ 중 과세와 면세 수입이 발생되는 슈퍼면적 92.34㎡에 해당되는 매입세액을 공통매입세액에서 구분하여 계산한 후 이를 슈퍼의 과세 및 면세 공급가액 비율로 안분계산하고 면세 수입금액의 증가 비율에 따라 납부세액을 재계산하여야 한다고 주장한다. 위에서 살펴본 사실관계와 법령 등을 종합하여 판단해 볼 때, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속에 따라 계산하는 것으로서 건물 신축 관련 공통매입세액은 과세 및 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 사용면적 비율에 의하여 정산함이 적합하고 합리적이라 할 것(심사 부가 98-414 98.9.18. 국심94경3263 95.2.22외)이므로 ○○콘도 전체의 과세 및 면세 공급가액 비율로 공통매입 세액을 안분계산한 이건 처분은 부당하다 할 것인바, 면세 수입이 발생되는 부분과 그 사용면적에 대한 청구주장은 청구법인이 제시한 부가가치세 신고서 및 건축물대장등의 증빙서류에 의하여 사실인 것으로 확인(총면적은 청구주장과 달리 28,599.21㎡로 확인)되고 ○○콘도를 사용한 94년 1기에 사용면적이 확정되었음을 처분청의 조사내용에 의하여 알 수 있으므로 ○○콘도의 신축과 관련된 공통매입세액을 94년 1기에 정산하고 이후 과세기간에 납부세액을 재계산함에 있어서 건물 및 비품 등의 총매입세액 중 공통매입세액을 ○○콘도 총면적 중 슈퍼 면적이 차지하는 비율로 구분 계산(건물등: 20,349,754,836원 × 92.34㎡ ÷ 28,599.21㎡ = 65,704,484원, 비품등: 2,251,248,800원 × 92.34㎡ ÷ 28,599.21㎡ = 7,268,743원)한 후 슈퍼의 총수입금액 중 면세 수입금액의 비율에 해당하는 매입세액만을 불공제하여 과세함이 타당한 것으로 판단된다. (슈퍼의 면세 수입금액 비율) 구 분 94/1 94/2 95/1 95/2 96/1 총 수입 61,701 225,325 264,366 319,122 113,570 면세수입 15,135 62,447 74,655 81,090 26,147 면세비율 24.53 27.71 28.24 25.41 23.02 ※ 금액 단위: 천원 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.