미환류소득 추가법인세 계산 시 이월결손금 재차 차감은 허용되지 않음
미환류소득 추가법인세 계산 시 이월결손금 재차 차감은 허용되지 않음
이 건 심사청구는 기각합니다.
4. 따라서, 이월결손금으로 환류 여력이 없는 경우까지 법인세 과세표준 산정 방식을 들어 이월결손금 재차 차감 적용을 부인하는 것은 기업소득·가계소득 간 선순환 유도 취지인 미환류세제에 반하는 결과를 초래한다고 판단된다.
4. 최근 수원지방법원(2025.12.24. 선고 2024구합64827 판결)은 재차 차감을 부인하는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 상의 규정이 없고, 이를 부인할 시 지나치게 과중한 부담을 지우게 된다는 등의 이유로 재차 차감을 인정한다고 판결하기도 하였다. 5) 미환류세제 신설 취지, 매 사업연도 기준 환류소득을 계산하기 위한 이월결손금 차감방식 등을 고려하면, 기업소득환류세제에서 이월결손금은 매 사업연도의 기업소득이 ‘0’보다 큰지 아닌지에 대한 기준점인 것이므로 쟁점 이월결손금은 재차 차감되는 것이 조세법률주의와 계산 논리 등에 부합하므로 처분청의 과세 처분은 취소되어야 한다.
1. 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세 추가납부 제도 취지에 따라 재차 차감이 가능하다고 주장하나, ｢조세특례제한법｣ 상 투자‧상생협력촉진세제는 기업의 소득을 투자‧임금 증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로서, 미환류소득의 계산은 각 사업연도 소득에 국세 환급이자 등을 가산하고 이월결손금 등을 차감하여 지출 가능한 금액(기업소득)을 산정하는 구조이며, 이월결손금 상당액을 기업소득에서 차감하는 이유는 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이다. 만약 청구법인의 주장과 같이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금의 재차감이 가능하다면 법취지와 다르게 미환류소득에 대한 법인세 부담을 과도하게 완화해 주는 효과가 발생하게 되고, 해당 법인에서 발생한 이월결손금만을 차감하거나 이월결손금이 없는 타 법인들과의 형평성에도 어긋나는 등 미환류소득에 대한 법인세를 규정한 법 제정 취지에도 반한다.
2. 청구법인은 미환류소득에 따른 법인세 계산 시 차감하는 이월결손금은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제100조의32제4항 에 따라 계산하여야 함에도 ｢법인세법｣ 제13조에 의한 과세표준 계산 시 이월결손금 공제 규정을 합리적인 이유없이 확장해 적용하는 것은 조세법률주의에 반한다고 주장하나, ｢헌법｣ 제59조에 규정된 조세법률주의는 조세법의 출발점이자 대명제이고 이에 따르면 미환류소득 계산 시 차감 가능한 이월결손금에 대한 판단은 관련 법령에 근거해야 하는 것으로, 미환류소득세제 도입 당시 각 사업연도 소득에서 차감하는 이월결손금은 ‘｢법인세법｣ 제13조제1호에 따라 해당 사업연도에서 공제한 결손금’으로 규정되어 있고, ｢법인세법｣ 제13조제1호에 따르면 이월결손금 재차 공제가 가능하지 않으므로, 미환류소득 계산 시에 이월결손금 재차 차감이 가능한 것으로 해석할 수 없다. 또한, 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 이월결손금 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이 존재하지 않는다.
3. 2022.2.15. 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제100조의32제4항제2호 는 당초 ‘공제한 결손금’에서 ‘공제할 수 있는 결손금’으로 개정되었는데, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 미환류소득 법인세 계산을 위한 기업소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것으로서 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아니다. 그리고, 기획재정부의 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.08.24.)에서도 이월결손금 재차 차감은 불가능하다고 회신함으로써 앞선 유권해석(기획재정부 법인세제과-374 등)들의 의미가 재차 차감을 허용하는 것이 아님을 분명히 하고 있다. 또한 최근 서울행정법원(2025.12.18. 선고 2024구합90078 판결)은 엄격해석의 원칙 상 해당 규정은 법문대로 해석해야 하고 유추·확장해석할 수 없다고 판결하였다.
4. 청구법인은 국세청 유권해석(기준-2025-법규법인-0070, 2005.08.04.)이 ‘합병시 승계한 이월결손금은 재차 차감 가능하다’는 해석이라고 주장하나, 해당 유권해석은 ‘합병시 승계한 이월결손금을 공제함에 있어 ｢법인세법｣ 제45조제2항 의 규정이 적용되지 않는다’는 것으로 본 건의 쟁점인 이월결손금의 재차 차감과 전혀 연관성이 없다.
미환류소득 계산 시 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 여러 사업연도 동안 반복하여 차감할 수 있다는 청구주장의 당부
1) 조세특례제한 법 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정되기 전의 것)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항제1호가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 ｢법인세법｣ 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)
｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제14조 제1 항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 “미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 “초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(｢법인세법｣ 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법
2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 1-1) 조세특례제한법 시행령 제100조의32【 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례 】 (2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부 개정되기 전의 것)
④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득” 이란 ｢법인세법｣ 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 “기업소득”이라 한다)으로 한다. 다만, ｢법인세법｣ 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다.
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
④ (상 동)
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[ ｢조세특례제한법｣ 제6조제1항 에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.
1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액
③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 2-2) 법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】 (2019.12.31. 법률 제16833호로 일부 개정된 것)
② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.
2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 2-3) 법인세법 제44조의3【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 일부 개정된 것)
② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
1) 청구법인 기본사항
1) 관련 법리 가) ｢조세특례제한법 시행령｣(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부 개정되기 전의 것) 제100조의32제4항제2호라목은 기업소득을 계산할 때 차감할 수 있는 이월결손금은 ｢법인세법｣ 제13조제1항제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금으로 하되, 합병법인의 경우 같은 법 제45조에 따라 계산한 금액을 의미한다고 규정하고 있으며, ｢법인세법｣(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부 개정된 것) 제45조제2항은 적격합병을 통해 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제한다고 정하고 있다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.