쟁점거래처는 일용직에게 임금 지급했다는 증빙 전혀 갖추고 있지 않으며 출근현황표, 세금계산서, 재조사 내용 등에 비추어 볼 때 가공거래라고 보임
쟁점거래처는 일용직에게 임금 지급했다는 증빙 전혀 갖추고 있지 않으며 출근현황표, 세금계산서, 재조사 내용 등에 비추어 볼 때 가공거래라고 보임
이 건 심사청구는 기각합니다.
결과 소명이 미비하다는 이유로 원처분을 그대로 유지한다고 2025.9.18. 통지하였다.
3. 처분청의 재조사 결정은 ｢국세기본법｣ 제80조 에서 규정한 기속력에 반하는 위법한 처분이다. 청구인은 자금흐름과 관련하여 쟁점이 될 수 있는 사항에 대하여 문서로 소명 요구할 것을 처분청에 요청하였으며 처분청이 소명 요구한 자료에 대하여는 성실하게 소명할 것임을 밝혔다. 처분청은 청구법인의 대표자 개인 계좌로 입금된 현금 25건 68백만원에 대하여 페이백 금액으로 의심한 바, 청구인은 소송을 통하여 대금을 회수한 것이 자금의 원천임을 소명하고 관련 판결문을 제출하였으며 필요하면 판결문의 상대방(피고인) 전화번호까지 제출하겠다고 하였으나 처분청은 전화번호를 요구하지도 않았고 사실관계를 재조사하지도 않았다. 재결청 결정서는 청구법인이나 청구법인의 대표가 송금한 매입대금 중 돌려받은 내역이 있는지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단한 바, 재조사 결과 매입대금 중 돌려받은 금액이 전혀 확인되지 않았음에도 불구하고 쟁점 세금계산서 금액을 전액 손금불산입 처분한 것은 재결청의 재조사 결정의 기속력에 반하는 처분으로서 위법한 처분이다. 라. 처분청 의견에 대한 추가 항변 1) 처분청은 2020년 대표자 甲 개인 계좌에 ATM을 통해 입금된 현금 68,4680천원을 매입대금 중 일부를 돌려받은 것으로 추정하였다. 대표자 甲는 채무자 丁 등으로부터 받을 금액이 239백만원 있었는데, 채무자 丁은 신용불량으로 금융거래가 불가능하고 丁의 현금 유통 형편상 대표자 甲가 직접 丁이 근무하는 충남으로 내려가 현금을 수령하였고 대표자 계좌로 입금하였던 것이다. 위 사실관계를 입증하고자 처분청에 丁의 전화번호를 제출한다고 하였지만 처분청은 유선상 정확한 본인 확인이 불가능하다고 하며 추가 확인을 실시하지 않았다. 처분청이 노력하여 丁과 전화 통화 또는 직접 대면 확인을 하였더라면 청구인 주장이 모두 사실임이 명확하게 밝혀질 수 있었음에도 불구하고 사실관계를 도외시한 채 부당한 처분을 하였다. 2) 배우자 乙은 2020년 연간 ATM을 통해 본인 계좌로 현금 69,630천원을 입금하였는데 처분청은 이를 매입대금 중 일부를 돌려받은 것으로 추정하였다. 乙은 친모의 사망으로 예금 및 조의금(현금)을 취득·관리·운영하며 자금 능력이 전무한 상황이 아니다. 따라서 회사의 자금 형편에 따라 乙이 개인적으로 자금을 융통하였던 것으로 처분청은 이러한 사실에 대해 심층 질문 및 추가 확인을 실시하지 않고 매입대금 중 일부를 돌려받은 것으로 오판하였다. 3) 처분청은 2020.8.13. 46,420천원 중 39,420천원을 동서 사무실 계약금으로 대여해준 것이라 소명하였으나 乙이 사용한 점으로 보아 청구법인의 주장을 신뢰할 수 없다고 하였다. 그런데, 영세한 법인의 경우 모든 거래에 있어 인적·물적 형편상 엄격한 형식을 갖추기가 어려우므로 신뢰 관계가 형성되어 있거나 금융계좌를 이용하는 경우 금전소비대차계약 없이 거래하는 경우가 다수이다. ‘동서 사무실’은 청구법인의 현 사업장(사무실 수분양자 乙)이며, 시공사가 ‘AA 동서’여서 편의상 ‘동서 사무실’이라 호칭하고 있는데, 처분청은 ‘동서 사무실’을 친인척 관계인(동서)의 사무실로 오인하는 듯 하다. 이런 어처구니없는 판단을 보면 처분청의 재조사가 사실 관계를 제대로 확인하지 않고 매우 부실하게 종결되었음을 알 수 있다. 4) 이의신청 결정서에는 “청구법인이나 청구법인의 대표가 송금한 매입대금 중 돌려받은 내역이 있는지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당”하다고 판단하였다. 처분청은 돌려받은 금액이 전혀 확인되지 않았음에도 단지 돌려받았을 것으로 추정되는 금액을 근거로 당초 처분이 타당하다고 주장하고 있다. 쟁점이 되는 금액은 552,997천원으로 처분청이 돌려받았을 것으로 추정하는 금액은 쟁점금액보다 훨씬 적으며, 그마저도 청구인이 채무자로부터 회수한 자금원천(현금) 등을 감안하면 돌려받았을 것으로 추정되는 금액은 미미하다. 따라서 재조사는 위법하며 그 재조사 결과에 기초한 당초 처분 역시 위법하므로 취소되어야 한다.
4. G ㈜H 사옥 신축공사 기계설비·유틸리티 현장 관련 ㈜C과의 매입 226,536천원 및 건조기 개보수 현장 관련 ㈜D와의 매입 30,150천원에 대하여 실제 인력을 공급받은 정상매입이라고 주장하면서, 근로자파견계약서, 출근현황, 금융거래내역, 사업자등록증 및 통장사본 등 제출 하였으나, 쟁점거래처는 조사청에서 조세범칙조사 후 인력 공급한 사실 없이 세금 계산서만 발급한 것으로 조사되어 자료상으로 고발된 업체로, 청구법인이 제출한 근로자파견계약서, 출근현황, 금융거래내역, 쟁점거래처의 사업자등록증 및 통장사본은 정상매입으로 위장하기 위하여 형식적으로 주고받은 서류에 불과한 것으로 판단되고, 공급받은 인력을 현장 ㈜H 사옥 신축공사 기계설비 현장에 투입하였다고 하면서 노무비 299백만원이 책정된 청구법인의 매출처 ㈜I과 계약한 공사하도급계약서와 공사원가계산서를 제출하였으나, 공사 하도급계약서와 공사원가계산서에 기재된 노무비 299백만원은 공사 착수 전에 발생될 것으로 예상된 금액이므로 ㈜C로부터 실제 인력을 공급받은 입증자료로 보기 어렵고, 위 현장과 관련하여 고용보험 등 공단에 제출한 근로 내용확인신고서에 청구법인이 직고용한 일용근로자 인건비(’19.9월∼’20.3월)는 총 44백만원으로 확인되며, 제출된 출근현황을 검토한 바, 타 업체에 근무중인 자를 근로자로 작성, 출국하여 국내에 부재중인 외국인을 근로자로 작성, 입증자료 없이 근로자 모두를 일괄 2시간 연장 근로한 것으로 하여 노무비를 작성하였으며, 기계설비 현장 출근현황의 경우에는 매출처 ㈜H와 계약한 기계설비납품계약서에는 계약일은 2020.11.6., 착공일은 2020.11.6., 준공일은 2020.11.27.로 확인되나, 출근현황의 근무날짜는 2020.11.1.∼2020.11.8.로 계약일 이전에 근로를 제공한 것으로 출근현황이 작성되어 있는 등 제출된 출근현황은 신빙성이 없어 실제 인력을 공급받은 입증자료로 보기 어렵다. 위와 같이, 기계설비·유틸리티 현장 관련 ㈜C 매입 226,536천원 및 건조기 개보수 현장 관련 ㈜D 매입 30,150천원은 실제로 인력을 공급받지 않고 세금계산서만 수취한 가공매입으로 판단된다.
5. 경기 B K유치원 신축공사 현장 관련 ㈜D 매입 70,006천원에 대하여 실제 인력을 공급받았다고 주장하면서 근로자파견계약서, 출근현황, 금융거래내역, 사업자등록증 및 통장사본, 매출처 ㈜J과 작성한 공사하도급계약서, 정산합의서 등을 제출하였으나, ㈜D는 조사청에서 조세범칙조사 후 인력 공급한 사실 없이 세금계산서만 발급한 것으로 조사되어 자료상으로 고발된 업체로, 청구법인이 제출한 근로자 파견계약서, 출근현황, 금융거래내역, 사업자등록증 및 통장사본은 정상매입으로 위장하기 위하여 형식적으로 주고받은 서류에 불과한 것으로 판단되고, 출근현황을 검토한 바, 근로자 근무날짜는 2020.10.7.∼2020.10.30.이나, 청구법인과 ㈜J은 유치원 신축공사를 2020.11.2.에 계약하였고 정산합의서에서 확인된 실제 공사기간은 2021.1.26.∼2021.8.11.로, 계약일 이전에 근무한 것으로 작성되어 근로자들 근무날짜와 공사기간이 불일치하고, 불일치한 사유로는 본건물 공사전 가건물 공사라고 하나 계약서 등 입증자료를 제출하지 못하고 있으며, 출국하여 국내에 부재중인 외국인을 근로자로 작성한 사실, 외국인번호 없이 성명만 기재하여 작성한 사실, B경찰서에서 ㈜D의 ｢조세범처벌법｣ 위반 사건 수사 중 출근현황에 기재된 일부 근로자는 청구법인의 공사 현장에서 근무한 사실이 없다고 진술한 사실, 공사기간 내에 실제로 발생된 2021.3월∼2021.7월분 노무비는 시행사인 B 교육지원청이 직불로 지급한 것으로 확인되는 등 제출된 출근현황은 신빙 성이 없으므로 실제 인력을 공급받았다는 입증자료로 보기 어렵다. 위와 같이, K유치원 신축 공사현장 관련 ㈜D와의 매입 70,006천원은 실제 인력을 공급받지 않고 세금계산서만 수취한 가공매입으로 판단된다.
6. 경북 태양광구조물 설치 공사(㈜OOOO 건물 옥상) 현장 관련 ㈜D 매입 144,003천원에 대해 실제 인력을 공급받았다고 주장하면서 근로자 파견계약서, 금융거래내역, 출근현황, 사업자등록증 및 통장사본, 매입 관련된 매출자료(발주서) 등을 제출하였으나, ㈜D는 조사청에서 조세범칙조사 후 인력 공급한 사실 없이 세금 계산서만 발급한 것으로 조사되어 자료상으로 고발된 업체로, 청구법인이 제출한 근로자 파견 계약서, 출근현황, 금융거래내역, 사업자등록증 및 통장사본 등은 정상매입 으로 위장하기 위하여 형식적으로 주고받은 서류에 불과한 것으로 판단되고, 출근현황을 검토한 바, 외국인번호 없이 성명만 기재한 사실, 출국하여 국내에 부재중인 외국인을 근로자로 작성한 사실, 타 업체에 근무중인 자를 근로자로 작성한 사실, 입증자료 없이 근로자 모두를 일괄 2시간 연장근로한 것으로 하여 노무비를 계산하여 작성한 사실 등 제출한 출근현황은 신빙성이 없어 실제 인력을 공급받은 입증자료로 보기 어렵다. B 경찰서에서 청구법인의 매출처인 L㈜가 발주한 경북 태양광 구조물 설치 현장이 어디냐는 질문에 청구법인 대표자는 산으로 기억한다고 답변하였고, 과세자료 소명 시에도 공사 현장이 산이라 차량 출입이 어려워 인력으로 자재를 옮겨야 해서 자재 옮기는 인력을 투입하였다고 설명하였으나, 지도를 확인한 바, 경북 태양광 구조물 설치 현장은 산이 아니라 ㈜OOOO의 건물옥상으로 차량출입이 가능한 도로가에 있음이 확인되므로, 청구법인 대표자의 진술은 신빙성이 없어 실제 인력을 공급받았다고 보기 어렵다. 또한 청구법인에 매출처 L㈜는 ‘태양광 지지대 제작 및 기초’(지지대 제작, 지붕방수처리)를 발주하였으며, 청구법인는 L㈜에게 세금계산서를 141,200천원 발급하였으므로, 원자재 비용은 L㈜가 부담 하고, 청구법인은 인력만 투입하였다는 주장은 신빙성이 없어 쟁점매입처2 매입 144,003천원은 실제 인력을 공급받고 수취한 정상매입으로 보기 어렵다. 위와 같이 M 태양광 설치 공사 관련 ㈜D와의 매입 144,003천원은 실제로 인력을 공급받지 않고 세금계산서만 수취한 가공매입으로 판단된다.
7. N 태양광구조물 설치 공사(한국에너지기술연구원) ㈜D 매입 82,302천원에 대하여 실제 인력을 공급받았다고 주장하면서 근로자파견계약서, 금융거래내역, 출근현황, 사업자등록증 및 통장사본, 매입 관련 매출자료(발주서
9.
1. E세무서 조사과 회의실에서 처분청 조사팀과 청구인이 참석하여 조사업무가 진행되었고 처분청은 근로자 파견계약서, 출근현황표, 인력파견자 연락처, 현장별 현장소장 인적사항 등 다량의 자료 제출을 요구하여 차후 청구법인은 관련 자료를 제출하였으며, 처분청의 자료요청은 ‘매입대금 중 돌려받은 내역을 재조사’하여 경정토록 한 재결청의 결정서 범위를 벗어난 과도한 행위로 조사권의 남용에 해당된다고 주장하나, 처분청 조사팀이 요청한 자료는 재결청 재조사 결정에 따라 쟁점이 되는 사안에 대해 추가 자료 존재 여부 등을 파악하기 위해 최소한의 자료를 요청한 것으로 청구법인이 제출한 자료는 기존 처분청에 제출한 자료와 동일하였다. 재조사 범위는 ‘청구법인이나 청구법인의 대표가 송금한 매입대금 중 돌려받은 내역이 있는지 등을 재조사’로 법인세 부분조사로 진행하였으며 매입대금과 관련된 법인세 경정을 하기 위해서는 당초 사실관계를 모르고서는 진행할 수 없기에 조사대상 세목, 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 있는 장부만을 최소한으로 요청하였다. 2) 국세기본법 제81조의3 규정에 의거 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정되어야 함에도 불구하고 조사팀은 자료상 자료에 대한 확증편향과 재조사에 대한 잠정 결론을 가진 상태로 업무를 집행한 것으로 판단되는 바, 조사 착수 및 조사 진행 과정에서 납세자의 권리가 부당히 침해된 위법한 처분이라고 청구법인은 주장하나, 처분청 조사팀은 2025.
8.
5. 청구법인 사업장을 방문하여 대표자 甲를 직접 만나 재조사 조사기간(2025.9.1.∼2025.9.20.) 및 과세대상기간, 조사 취지 등을 상세히 설명하였으며, 대표자 甲의 동의를 받아 자필로 작성한 ‘납세자권리헌장 수령 등 낭독 확인서’를 징구하는 등 납세자의 권리를 침해하지 않았다. 처분청은 재조사 진행 과정에서 납세자에게 해명할 수 있는 기회를 충분히 주기 위해 금융거래 관계를 면밀히 확인하고, 청구법인의 소명 제출 자료를 제출받아 적극적으로 검토하여 당초 처분 유지를 하였고 자료상 자료에 대한 확증편향과 잠정 결론을 가진 상태로 업무를 집행하지 않았다. 3) 청구법인은 재조사 결과 매입대금 중 돌려받은 금액이 전혀 확인되지 않았음에도 불구하고 쟁점 세금계산서 금액을 전액 손금불산입 처분한 것은 재결청 재조사 결정의 기속력에 반하는 처분으로서 위법한 처분이라고 주장하나, 아래와 같이 청구법인은 실제 매입대금 중 돌려받지 않았다는 입증자료를 청구법인이 제출하지 못하고 있다. 4) 먼저 청구법인 및 대표자 甲 금융거래 내역을 살펴본다. 쟁점거래처 법인계좌로 매입대금을 지급한 후 며칠 뒤 현금이 ATM기를 통해 청구법인 대표자 개인 계좌로 입금되었다. 2020년 연간 대표자 개인 계좌의 ATM기를 통한 현금 입금액 68,480천원의 출처에 대해 청구법인 대표자 甲는 당초에는 기억이 나지 않는다고 하였다가 추가로 소명자료를 제출하여 검토한바, 해당 금원의 출처는 지급명령을 통해 2011년도 발생한 대여금 관련 채권 239,280천원 중 일부를 직접 현금으로 회수하여 ATM기를 통해 대표자 甲 계좌로 입금한 것으로 주장하고 있다. 그러나, 조사팀의 판단으로는 법원 지급명령과 관련된 내역에 대해 계좌이체로 증빙을 받지 않고 청구인 甲가 직접 강원도에 가서 채무자에게 현금을 받아 온 것은 이해가 되지 않으며, 채무자에 대한 전화번호를 제출한다고 하나 유선상 정확한 본인 확인이 불가한 점 등 청구법인의 소명자료는 신빙성이 떨어진다. 5) 추가로 청구법인 대표자 甲 배우자 乙의 금융거래 내역을 살펴본다. 乙은 청구법인의 직원으로 2016.12월부터 근로한 사실이 국세청 전산망을 통해 확인되며, 개인 계좌의 2020년 연간 ATM기를 통한 현금 입금액은 69,930천원이다. 해당 현금액은 입금되고 나면 당일 또는 며칠 내로 청구법인 계좌로 입금되는 것으로 확인되어 거래처 등으로부터 매입대금 일부를 현금으로 되돌려받아 乙 계좌로 입금한 것으로 추정된다. 청구법인 계좌에서 乙 계좌로 이체한 금액 중 110,620천원에 대해 청구법인의 소명 요청하여 자료를 받아본바, <乙 계좌 소명내역>
2.
12. 입금된 59,200천원은 처형 대여금, 2020.
13. 46,420천원은 동서 대여금, 2020.
2.
12. 5,000천원은 자녀의 등록금으로 사용한 것으로 소명하였으나, 처형, 동서에게 빌려준 금원에 대한 금전소비대차계약 등이 없으며 자녀 등록금을 법인자금으로 사적으로 이용하면서도 관련 규정에 따라 법인 기준 대여금으로 계상하지 않는 점,
8.
13. 46,420천원 중 39,420천원은 동서 사무실 계약금으로 대여해준 것이라고 하였으나, 조사팀이 확인한바 청구법인의 사무실인 분양대금으로 乙이 사용한 점 등으로 볼 때 법인자금을 사적으로 사용하는 등 청구법인의 주장은 사실과 달라 신뢰할 수 없다. <청구법인 사무실 분양대금> 상기 내용을 종합하면 처분청은 재조사 시 납세자의 권리를 부당하게 침해 하 지 않았으며, 매입대금 부분과 관련하여 세무조사권 남용 금지와 기속력에 반하는 위법한 처분에 해당하지 않는다. 청구법인이 제출한 자료에 대해 면밀히 검토한바, 매입대금을 되돌려받지 않았다는 부분에 대해 청구법인이 제출한 자료는 사실과 달라 청구법인의 주장을 신뢰할 수 없으며 당초 결정을 유지한 처분청의 처분은 타당하다.
1) 쟁점거래처와의 거래는 가공거래가 아니며 청구법인은 선의의 거래당사자였으므로 매입세액을 공제해야 한다는 청구주장의 당부 2) 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급가액만큼의 비용을 실제로 지출하였으므로 손금으로 인정해야 한다는 청구주장의 당부
3. 처분청의 재조사는 세무조사권 남용 금지 규정 및 이의신청 결정의 기속력에 저촉되므로 위법하다는 청구주장의 당부
1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2) 법인세법 제19조【손금의 범위】
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 3) 국세기본법 제81조의2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】
③ 세무공무원은 세무조사를 시작할 때 조사원증을 납세자 또는 관련인에게 제시한 후 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 직접 낭독해 주어야 하며, 조사사유, 조사기간, 제81조의18제1항에 따른 납세자보호위원회에 대한 심의 요청사항·절차 및 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다. 4) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.
1. 청구법인 기본사항 가) 청구법인은 경기 AB시에서 1998.10.20. 설립되어 2007.3.7. 경기 B시로 소재지를 이전하였고, 주업종은 ‘설비, 소방, 철물, 가스, 토목 건설업’이다. <청구법인 개황> 나) 청구법인은 2020년 제1기 매출액 2,011,416천원, 매입액(불공제분 제외) 1,276,791천원을, 2020년 제2기 매출액 2,197,070천원, 매입액(불공제분 제외) 1,352,769천원을 신고했는데, 처분청은 제1기 매입액을 1,126,500천원으로, 제2기 매입액을 950,062천원으로 경정한 사실이 나타난다. <청구법인 2020년 제1기 부가가치세 신고·경정 내역> <청구법인 2020년 제2기 부가가치세 신고·경정 내역>
2. 쟁점 관련 공사 명세
3. 쟁점거래처 기본사항 및 조세범칙조사 보고서 가) 쟁점거래처 중 ㈜C은 2020.1.17. 경기 B시에서 설립되어 2020.11.9. 폐업한 업체로 주업종은 임가공서비스업이며, 그 대표자 己은 2001년부터 2020년까지 영업용 택시를 운행하던 자로서 국세청 전산자료 상 건설업 또는 인력파견업 관련 이력이 없는 것으로 나타나고, ㈜D는 2020.7.23. 경기 B시에서 설립되어 2021.4.14. 폐업한 업체로 주업종은 임가공 및 기타 하도급 서비스업이며, 그 대표자 庚은 2011.4.부터 2012.6.까지 건설기계대여업을 영위한 이력이 있으며 2015년부터 2020년까지 택시 운송업체에서 근무한 자이다. <쟁점거래처 개황> 조사청에 따르면 쟁점거래처의 실행위자는 ㈜C 감사 戊로, 국세청 전산자료 상 2011년 및 2013년에 경기 소재 인력파견업체를 운영한 이력이 있는 자이다. 나) 조사청의 쟁점거래처 대상 조세범칙조사 종결보고서에 따르면, 청구법인이 ㈜C에 입금한 대금 중 상당액이 현금 출금되거나 노무자가 아닌 실행위자 戊의 모친에게 이체된 뒤 100만원씩 현금 출금되는 비정상적인 현금흐름을 보이고, 청구법인이 ㈜D에 입금한 대금 전액은 노무자에게 지급되지 않고 현금 출금되거나 ㈜C, 戊의 모친 및 매형 등에게 이체된 뒤 현금 인출되는 비정상적인 현금흐름을 보이고 있어, 조사청은 이를 전액 가공거래로 판단하고 청구법인에 대한 자료상 거래 과세자료를 처분청에 파생하는 한편, ㈜C과 己, ㈜D와 庚 및 戊를 ｢조세범처벌법｣ 위반 혐의로 B경찰서에 고발하였는데, ㈜C 관련 고발 건은 사건을 송치받은 O지방검찰청에서 2025.1.15. 불기소(증거불충분) 결정하였고 ㈜D 관련 고발 건은 진행 중인 것으로 나타난다. 또한 쟁점거래처와 거래한 업체들 중 일부는 대표자 또는 대표자 가족 명의 계좌 등을 통해 매입대금을 되돌려받은 것으로 나타나나, 청구법인의 경우 조사 과정에서 매입대금을 되돌려받은 사실이 확인되지 않은 것으로 나타난다.
1) 쟁점거래처와의 거래는 가공거래가 아니며 청구법인은 선의의 거래당사자였으 므로 매입세액을 공제해야 한다는 청구주장의 당부 가) 관련 법리 (1) ｢부가가치세법｣ 제39조제1항제1호 는 공급가액이 사실과 다르게 기재된 매입세금계산서 상의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하여, 실제 재화·용역 공급 없는 가공거래로서 매입세금계산서만 수취한 경우 그 매입세액을 부가가치세 과세표준 계산 시 공제하지 아니하도록 하고 있다. 나) 쟁점거래처와의 거래가 매입세액공제 대상인지에 대한 판단
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점거래처와의 거래는 매입세액공제 대상으로 볼 수 없다. (가) 청구법인은 쟁점거래처와 거래 당시 파견계약서, 출근현황표, 대금결제 증빙, 법인등기부등본 등의 서류를 징구하였다고 주장하나, 처분청이 ㈜C 의 출근현황표와 개별 근로자의 출입국 기록을 대사한 결과에 따르면 출근 현황표에 기 재된 근로자 중 일부는 공사기간 중 출국 중이었던 것으로 나타나며, 일용근로소득지급명세서 대사 내역 및 B경찰서 진술조서에 따르면 근로자 중 일부는 청구법인의 공사현장에서 일한 사실이 없는 것으로 나타난다. (나) 또한 청구법인이 ㈜D로부터 수취한 출근현황표에는 근로자의 주민등록번호 또는 외국인등록번호가 기재되어 있지 않아, 노무자가 인력파견계약에 따라 용역을 제공하고 대가를 지급받았는지 확인할 수 없다. (다) 나아가, 조사청 조사 결과 쟁점거래처는 송금받은 매입대금을 100만원씩 현금으로 출금 하거나 실행위자 친인척 등의 계좌로 송금한 뒤 출금하였고 노무자에게 지급한 증빙이 전혀 없는 점, 매입 없이 매출만 있는 것으로 부가 가치세 신고 뒤 납부하지 않고 폐업한 점, 관련 업무를 처리할 상용 직원도 두지 않은 점 등을 고려할 때 쟁점거래처와의 거래는 가공거래라고 판단되고, 달리 이를 실제 용역 공급에 기초한 거래라고 인정할 만한 근거가 불충분하다. (라) 청구법인은 쟁점거래처와의 거래가 가공거래가 아니라는 것을 전제로 실행위자가 별도로 존재하는 사실을 몰랐다는 데 과실이 없으므로 매입세액 공제 대상이라 주장하고 있으나, 쟁점거래처로부터 제출받은 출근현황표와 계약서·발주서 상 공사기간 간에 현저한 차이가 존재하는 점, 서로 다른 두 업체가 세금계산서 발급 시 동일 이메일 주소를 사용한 점, 청구법인 대표자는 인력 파견 계약을 체결했음에도 실제로는 공사 전부를 위탁하고 관리하지 않았다고 경찰 에 진술한 점 등을 고려할 때 청구법인에게 과실이 없다고 보기도 어렵다. (2) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서의 공급가액을 매입세액 불공제하여 2020년 제1기 및 제2기 부가가치세를 경정·고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2) 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급가액만큼의 비용을 실제로 지출하였으므로 손금으로 인정해야 한다는 청구주장의 당부 가) 관련 법리 (1) ｢법인세법｣ 제19조제2항 은 손비란 그 법인의 사업과 관련하여 발생 하 거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 정의하고 있다.
(2) 실지비용 여부를 다투는 경우 입증책임에 관해 판례는, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물 거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용 인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상 대 방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었 다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 본다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 참조). 나) 쟁점세금계산서 상 공급가액만큼의 비용을 청구법인의 손금으로 볼 수 있는지 여부에 대한 판단
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점세금계산서 상 공급가액만큼의 비용을 청구법인의 손금으로 볼 수 없다. (가) 앞서 살펴본 바와 같이 조사청의 쟁점거래처 대상 조사 내용, 처분청이 출근현황표와 출입국 기록·일용지급명세서를 대사한 내역, B경찰서 조서 등에 의하면 쟁점세금 계산서는 가공거래에 기초한 것으로서 노무자가 인력파견계약에 의해 용역을 제공하고 대가를 받은 사실을 달리 인정할 근거가 없으므로, 과세 관청에 의해 비용의 용도와 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다고 보인다. (나) 나아가 처분청이 제출한 산재보험 근로내용 확인신고서 상 ㈜H 사 옥 신축공사 당시 6개월 간 지출한 인건비는 44백만원뿐이고, 일용근로 소득지급명세서 상 그 외 청구법인이 6개 공사가 진행된 동안 일용근로자에게 직접 지불한 인건비가 560백만원이므로 쟁점거래처로부터 인력을 파견받지 않았 더라도 공사를 수행할 능력을 갖춘 것으로 추정할 수 있다. (다) 이에 청구법인은 실제 지출이 이루어졌고 쟁점세금계산서 상 공급 금액만큼의 금액을 쟁점거래처에 이체하였으며, 대표자 계좌로 입금된 68백만원은 개인 채권을 회수한 것으로, 배우자 계좌로 입금되어 청구법인 계좌로 송금된 69백만원은 금융수익 등에 기초해 청구법인에게 금전을 융통해준 것으로 소명 되므로 매입대금을 돌려받은 정황이 없다고 주장하고 있다. (라) 그러나, 청구법인 대표자는 소멸시효가 임박한 대여금을 채무자로부터 현금으로 임의변제받으면서도 확인서나 변제 사실을 입증할 기록을 변제 시점에 전혀 갖추지 않았고, 심리 진행 중인 2025.11.13.에 채무자 중 1인이 작성한 확인서만을 증빙으로 제출하고 있어 경험칙상 이를 그대로 신빙하기 어렵다. 또한 대표자의 배우자는 2019.1.4. 소유하고 있던 주택 지분을 101백만원에 양도한 사실이 인정되기는 하나, 그러한 사실만으로는 연간 급여 25백만원 외에 다른 소득이 없는 대표자의 배우자가 현금 69백만원을 마련하여 거의 전액을 청구법인으로 송금한 경위가 충분히 소명되었다고 볼 수 없다. (마) 아울러 청구법인은 2020 사업연도 수입금액 대비 노무비 비율이 21.49%에 불과해 통상적인 수준의 공사원가가 지출되었다는 취지로 주장하나, 그와 같은 비율을 근거로 삼아 손금 인정 여부를 결정할 수 없을 뿐 아니라, 계정별원장 상 청구법인은 쟁점거래처와 거래한 비용을 재료비·외주가공비로 처리했으므로 그 비율에 쟁점거래처와 거래한 부분은 포함되어 있지 않다. (2) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서 상 공급가액만큼의 비용을 청구법인의 손금에서 불산입해 2020 사업연도 법인세를 경정·고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 3) 처분청의 재조사는 세무조사권 남용 금지 규정 및 이의신청 결정의 기속력에 저촉되므로 위법하다는 청구주장의 당부 가) 관련 법리 (1) ｢국세기본법｣ 제81조의2제3항 은 세무조사 시 납세자권리헌장을 교부·낭독해 주어야 하며, 동법 제81조의4제3항은 세무조사 시 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하고, 관련 없는 장부등의 제출을 요구 하여서는 아니된다고 규정하고 있다.
(2) 다만, 세무조사절차에 어떠한 위법이 있다 하더라도 그것이 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다고 할 것이므로 납세자권리헌장을 교부하지 않았다는 사유만으로 과세처분이 위법한 것은 아니다(서울고등법원 2008.12.19. 선고 2007누34707 판결 참조).
(3) 한편 ｢국세기본법｣ 상 이의신청 결정에 기속력을 인정하는 명문의 규정은 없으나, 판례는 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 처분을 취소하였음에도 특 별한 사정 없이 번복하고 재경정한 처분은 위법(대법원 2010.6.24. 선고 2007두18161 판결 참조)하다고 본다. 나) 처분청의 재조사가 ｢국세기본법｣에 저촉되어 위법한지에 대한 판단
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 처분청의 재조사가 ｢국세기본법｣에 저촉되어 위법하다고 볼 수 없다. (가) 처분청은 재조사 당시 납세자권리헌장 교부·낭독 확인서를 대표자로부터 서명받아 징구하였고, 달리 낭독 사실을 부인할 만한 증거가 없다. (나) 재결청의 재조사 결정 취지는 매입대금을 쟁점거래처로부터 돌려받은 정황이 있는지 조사해 법인세 과세표준을 경정하라는 것이므로, 당초 처분의 사실관계를 파악하기 위해 처분청이 파견계약서, 출근현황표, 인적사항 등의 자료를 요구했다고 하여 과세처분이 위법하다고 볼 수 없다. (다) 또한 처분청은 금융거래 내역을 조사하고 청구법인의 소명을 검토한 뒤 소명이 미비하고 관련 증빙이 없다는 사유로 원처분을 그대로 유지하기로 결정한 것이므로, 처분청의 재조사가 형식적으로 이루어진 것으로서 이의신청 결정의 취지에 어긋난다고 판단하기는 어렵다. (2) 따라서, 처분청이 재조사를 거쳐 원처분을 그대로 유지하기로 한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.