조세심판원 심사청구 법인세

부가가치세 포함 여부가 불분명한 경우에 해당하는지

사건번호 심사-법인-2025-0015 선고일 2025.12.10

부가가치세 면제로 오인하여 수취하지 않은 것이므로 부가가치세 포함 여부가 불분명한 경우로 볼 수 없음

주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 웹툰작가 A이 100% 출자하여 2019.1.23. 설립한 정보통신 출판법인으로, A이 창작한 저작물에 관한 저작권을 보유·관리하면서 플랫폼 매체를 통해 웹툰을 구독하게 하는 사업을 영위하고 있다.
  • 나. 청구법인은 2020.2.1. B 컴퍼니㈜(이하 “B” 이라 한다)와 출판권 및 발행권에 대한 계약을 체결하고 B 소유 플랫폼을 통해 웹툰 ‘C’와 ‘D’를 게재, 이용자에게 제공하였고 2020년 제1기부터 2022년 제2기까지 B으로부터 지급받은 대가(이하 “쟁점금액” 이라 한다) 5,233백만원을 부가가치세 면세로 보아 계산서를 발행하고 부가가치세를 무신고 하였다.
  • 다. E세무서장(이하 “조사청” 이라 한다)은 2023.9.5.부터 2023.10.23.까지 청구 법인에 대한 2020~2022 사업연도 법인통합조사를 실시하고, 청구법인이 B에 제공한 웹툰 공급용역은 부가가치세 면세대상인 전자출판물 해당요건을 충족하지 아니하였다고 보아 2019년 제1기부터 2022년 제2기까지 부가가치세를 무신고 한 것으로 보아 처분청에 경정결의안을 통보하였고, 이에 처분청은 2023.11.2. 위 경정결의안 통보분과 관련하여 쟁점금액을 공급 대가로 보아 2020년 제1기부터 2022년 제2기까지 쟁점금액에 110분의 100을 곱한 금액을 부가가치세 과세표준으로 하고, 쟁점금액에 110분의 10을 곱한 금액을 법인세 손금산입하여 경정고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.10. 심사청구를 제기하였고, B가 국제 표준도서번호(ISBN)를 발급받은 2020.11.25. 및 2022.5.25. 이후부터 공급한 부 분은 전자출판물에 해당되어 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 일부인용 결정되었다(심사-부가-2024-0033, 2025.8.13. 결정, 이하 “선행불복” 이라 한다) 1).
  • 마. 한편 F지방국세청장(이하 “감사관” 이라 한다)은 2024.11.25.부터 2024. 12.12.까지 조사청에 대한 종합감사를 실시하고 쟁점금액을 공급대가가 아닌 공급 가액으로 보아야 한다고 판단하여 2025.2.4. 부가가치세 및 법인세를 경정하도록 조사청에 처분지시 하였으며, 이에 조사청이 처분청에 결정결의안을 통보함에 따라 처분청은 2025.4.11. 2020년 제1기부터 2021년 제2기 부가가치세 58백만원 및 2020 사업연도부터 2021 사업연도 법인세 35백만원을 경정고지 하였다. 2)
  • 바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
  • 가. 「부가가치세법」상 공급대가에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우 1) 「부가가치세법」 제3조제1항제1호 규정 및 제4조에서 납세의무자인 사업자가 계약상의 원인에 의해 재화 또는 용역을 공급하는 경우 부가가치세 납세 의무가 있음을 규정하고 있고, 같은 법 제31조는 이러한 부가가치세를 부담하는 자는 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 재화 또는 용역을 공급받는 자임을 분명히 하고 있다. 즉, 부가가치세를 납부하는 자는 재화 또는 용역을 공급하는 자이나 그 부가가치세에 대한 부담을 진 자는 재화 또는 용역을 공급받는 자가 되므로 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받는 금액에는 부가가치세가 포함되어 있다고 간주 되어 같은 법 제29조제7항에서 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되었는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다’라고 규정하고 있다.

2. 청구법인과 B이 체결한 계약서를 보면 배타적 발행권 설정 대가에 대해서는 부가가치세 면제라고 명시되어 있으나 웹툰 공급대가 즉 출판영역에 대한 대가로 받은 유료서비스 수익에 대해서는 작가와 B 간의 수익배분율을 규정했을 뿐 부가가치세 포함 여부에 대해서 별도로 명시되어 있지 않다. 즉, 청구법인과 B 간 계약에 의하여 청구법인은 B에 청구 법인의 웹툰을 제공하고, B의 플랫폼을 통해 일반 이용자가 청구법인의 웹툰을 유료로 이용할 때마다 이러한 유료 수익에 대한 일정 비율을 배분받는다. 이러한 대가에 대해 계약서의 어느 부분에서도 면제, 부가가치세 별도 혹은 부가가치세 포함이라고 명시되어 있지 않으므로 「부가가치세법」 제29조제7항 에서 명백하게 규정하고 있는 법에 따라 청구법인이 웹툰을 공급한 대가로 B으로부터 받은 대가에는 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 않으 므로 쟁점금액에 110분의 100을 곱한 금액을 과세표준인 공급가액으로 하야 하나, 처분청은 쟁점금액을 공급가액으로 보아 부가가치세가 과소신고 되었다고 보고 과소결정분과 이에 따른 법인세를 처분하였고 이는 「부가가치세법」 규정에 반한 처분으로 볼 수 있다.

  • 나. 부가가치세법 집행기준에서 세액이 별도 표시되지 아니한 대가의 공급가액

1. 청구법인이 B에 웹툰을 공급하고 받은 쟁점금액이 부가가치세 과세표준인 공급가액인지 쟁점금액에 110분의 100을 곱한 금액이 공급가액인 지는 부가가치세법 집행기준 29-0-4를 살펴보면 더 명확하게 알 수 있는바, 부가 가치세법 집행기준 29-0-4의 ①에서 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가 가치세가 포함돼 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다고 명시하고 있다.

2. 청구법인이 웹툰을 공급한 대가로 받게되는 유료서비스 수익에 대해서는 청구법인과 B 간 수익배분율을 규정했을 뿐 부가가치세에 대한 별도 언급이 없는바 청구법인이 받은 쟁점금액에는 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 않기 때문에 처분청은 청구법인의 쟁점금액을 공급가액으로 보아서는 안 되고 그 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보는 것이 타당하다. 3) 부가가치세법 집행기준 29-0-4의 ③에서는 부가가치세 과세대상거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 경우 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다고 규정하고 있다. 부가가치세는 재화 또는 용역을 공급하는 자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 징수하여 납부해야 하기에 거래 당사자들이 과·면세 여부를 혼동하여 부가가치세를 착오로 징수하거나 징수하지 않는 경우가 종종 발생하고 이런 경우 즉, 거래당사자 간 거래를 영세율 혹은 면세거래로 착오하여 공급가액만을 수수 한 경우 부가가치세법 집행기준에서는 「부가가치세법」에서 규정한 공급대가에 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 것으로 볼 수 없다고 명시했다. 그러나 처분청이 쟁점금액이 과세대상 거래임에도 거래 당사자간 면세거래로 보고 이루어졌다고 판단했다고 하더라도 청구법인과 B 간 계약 내용을 고려한다면 청구법인이 웹툰 공급 대가로 받은 쟁점금액이 거래당사자 간 영세율 혹은 면세거래로 오인하여 공급가액만 수수했다고 판단할 수 있는 근거를 찾을 수 없기에 처분청이 청구법인의 쟁점금액을 과세표준인 공급가액으로 보아 부가 가치세를 경정처분한 것은 타당하다고 볼 수 없다. 부가가치세법 집행기준 29-0-4의 ③을 적용하기 위해서는 청구법인이 부가가치세 과세대상거래를 오인하여 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 내용 즉, 부가가치세 면세라는 내용이 청구법인과 B 간 계약에 표시되어 있어야 한다고 본다. 부가가치세법 집행기준 29-0-4의 ①에서 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우에 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다고 명시하여 그러한 사실을 분명히 하고 있다.

4. 청구법인과 B 간 체결된 ‘B 마스터 콘텐츠 제공자 계약서’를 보면 배타적 발행권 설정대가에 대해서는 분명하게 ‘연재기간 중 매월 삼백오십만원을(부가세 면제) 지급’이라고 부가세 면세를 명시하고 있으나 유료 서비스 수익분배에 대해서는 부속 계약서의 기타 특약사항 3조에서 ‘매니지먼트 수익 분배금액 중 출판영역에 한해 제공자에게 지급하며’로 명시되어 있고 동 계약서 별지 출판 카테고리에서 청구법인과 B 간 수익 배분율만 규정하고 있다. 살펴본 바와 같이, 청구법인과 B 간 계약에서 면세인 부분에 대해서는 명백하게 면세라고 규정하고 있으나 웹툰 공급대가 즉 출판영역에 대한 대가로 받게 되는 유료서비스 수익에 대해서는 작가와 B 간 수익배분율을 규정하고 있을 뿐 부가가치세에 대해 별도로 명시하고 있지 않은바, 청구 법인이 B으로부터 웹툰 공급의 대가로 받은 쟁점금액이 공급가액만을 수수한 금액이라고 처분청이 판단할 수 있는 근거를 청구법인과 B 간의 계약에서는 찾을 수 없다는 것이다. 이런 사실을 고려해 볼 때 청구법인의 쟁점금액은 부가가치세가 포함되어 있는지 분명하지 아니한 경우에 해당하므로 청구법인이 B으로부터 받은 쟁점금액에 110분의 100을 곱한 금액을 부가가치세 과세표준인 공급가액으로 해야한다.

  • 다. 선행불복 관련

1. 청구법인은 B과의 계약에 명시된 합의에 따라 B의 플랫폼을 통해 일반 이용자에게 청구법인의 웹툰을 공급하고 있으며 웹툰 유료 이용수익의 일정 퍼센트를 그 대가로 받는다. 일반 이용자는 「부가가치세법」에 따라 청구법인의 웹툰을 부가가치세 면세로 이용하고 있으며 처분청도 B의 플랫폼을 통해 일반 이용자에게 공급되는 청구법인의 웹툰을 부가가치세 면제 대상인 전자출판물로 보았다.

2. 단 처분청은 청구법인이 B에 웹툰을 공급한 것에 대해서는 전자 출판물의 공급으로 보지 않아 부가가치세를 과세처분한 것인데 청구법인은 이에 대하여 심사청구를 제기하였다. 3)

3. 청구법인이 받은 쟁점금액은 B으로부터 정해진 대가를 받은 것이 아닌 웹툰을 유료 이용한 일반 이용자로부터 B을 거쳐 받은 것이므로 일반 이용자에게 공급된 웹툰은 「부가가치세법」상 면세거래로 규정된 전자출판 물의 공급이므로 부가가치세 과세대상거래를 오인하여 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 경우라고 볼 수 없다.

4. 처분청은 청구법인과 B 간 계약 내용과 사실관계를 바탕으로 청구법인이 웹툰을 공급하고 그 대가로 받은 쟁점금액이 「부가가치세법」에서 정한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당하는지 판단해야 하며, 청구법인과 B 간 계약에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 않으므로 쟁점금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 해야 한다.

  • 라. 사전열람 이후 추가의견 1) 청구법인은 쟁점금액에 대한 부가가치세 과·면세 여부를 판단하기 위해 2024. 6.10. 심사청구한 결과 국세심사위원회는 2025.8.13. 청구법인의 작품인 ‘C ’와 ‘D’에 대하여 각각 작품의 국제표준도서번호(ISBN)을 발급받은 날짜 이후 부분만 면세라고 판단하였다.

2. 만약 이러한 논리가 맞다면 청구법인은 ISBN을 발급받은 날짜 이후로는 면세로 보아 부가가치세가 포함되지 않은 금액을 B으로부터 받아야 하며, ISBN 발급일 이전은 과세로 보아 부가가치세를 별도로 받아야 할 텐데, 청구법인이 B간 체결된 ‘B 마스터 콘텐츠 제공자 계약서’를 보면 유료서비스 수익분배에 대해서 청구법인과 B간 수익배분율만 규정하고 있어 ISBN 발급일을 근거로 과·면세를 구분하는 것은 당초부터 불가능하였다.

3. 그리고 만약 감사관의 의견대로 청구법인이 B에 공급한 금액이 부가가치세를 제외한 공급가액이라고 보더라도, 위에서 언급한 바와 같이 청구법인과 B간 수익배분율만 규정하고 있던 상황에서 이에 따른 부가가 치세를 추가로 받을 수 없는 것이 현실이었으며, 최종 소비재화가 면세라는 점에 비추어 보았을 때 부가가치세를 과세로 하든 면세로 하든 B과 계약에 따라 청구법인이 지급받는 금액은 동일한 금액이기 때문에 당초부터 B 에게 받은 금액은 엄밀히 따지면 부가가치세가 포함된 공급대가로 봄이 타당하다. 4) 또한 부가가치세 집행기준 29-0-4의 제3항에서 ‘오인’이라는 의미는 국립 국어원 표준국어대사전에서 ‘잘못 보거나 잘못 생각함’이라 뜻하고 있는데,

5. 본건의 경우에 비추어 본다면 당초 쟁점금액에 대하여 청구법인이 면세로 신고하였고 세무조사를 통하여 과세로 경정고지한 이후 처분청이 세무조사 당시 과세표준을 잘못 계산하였다고 하여 청구법인의 수입금액을 공급대 가가 아닌 공급가액으로 보고 재경정 과세하였으며 다시 이를 심사청구에서 ISBN 발급일 기준으로 과·면세를 판단하여 부분인용 되었다.

6. ‘오인’이라 함은 기본적으로 명확하고 객관적인 상황이 전제되어 있는 상황 에서 명백히 잘못 판단한 경우에 오인으로 볼 수 있다. 하지만 이 건의 경우 심사청구 결정 이전에 발생한 불명확한 상황에서의 거래였으며 심사청구의 결정 내용 또한 부분인용으로 결정하였으므로 거래 당시의 시점으로 볼 때 부가가 치세 집행기준 29-0-4의 제3항에 따라 청구법인이 부가가치세 과세대상을 면세 대상으로 ‘오인’했다고는 볼 수 없다.

7. 또한 감사관 의견에서 청구법인은 웹툰공급을 부가가치세 면제거래로 판단 하여 부가가치세액 상당액을 거래징수하지 않았기에 쟁점금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 아니하여 쟁점금액을 부가가치세 과세표준으로 보아 고지한 이 건 처분은 정당하다고 하였으나, 8) 청구법인이 심사청구 결정과 같이 ISBN 발급일 기준으로 ISBN 발급일 전은 과세대상으로 발급일 후는 면세대상으로 하여야 한다는 명확하고 객관적인 사실을 알고 있는 상황에서 쟁점금액에 대하여 일관되게 면세거래로 보아 세금계산서를 발행했다면 부가가치세 과세대상 거래를 오인하여 면세거래로 보았다는 것이 맞을 것이다. 9) 이런 사실을 고려해 볼 때, 쟁점금액은 부가가치세 집행기준 29-0-4 제3항을 적용해서는 안 되고 제1항 및 「부가가치세법」 제29조제7항 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도로 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우’에 해당하여, 쟁점금액에 110분의 100을 곱한 금액을 부가가치세 과세표준인 공급가액으로 하여야 한다.

3. 감사관 의견
  • 가. 사실관계

1. 청구법인은 사업자등록시 부가가치세 면세사업자라고 판단하였고, 개업일이 속한 2019년 1기부터 2022년 2기까지 부가가치세 신고내역이 없으며, 법인세 신고시 쟁점대금을 부가가치세 면세수입금액으로 판단하고 수입금액으로 계상하였다. 청구법인이 2019.1.23. 접수한 사업자등록신청서를 살펴보면 청구법인이 부가가치세 면세사업을 영위할 것으로 인식하고 있었으며 2019~2022 사업연도 기간 동안 법인세 신고내역을 보면 쟁점대금을 면세수입금액으로 신고하였다. (이 면 이하 여백) <법인세 신고(조정후수입금액명세서) 내역> (단위: 백만원) 사업연도 부가가치세 과세표준과 차액 업종별수입금액명세 과세(일반) 면세수입금액 부동산임대 만화출판업 2019 0 1,728 0 1,728 2020 0 1,983 0 1,983 2021 137 1,716 135 1,716 2022 202 1,533 200 1,533 합계 339 6,960 335 6,960

2. 청구법인은 2020년 제1기부터 2022년 제2기까지 쟁점금액을 공급가액으로 하여 계산서를 작성·교부하였고 별도의 부가가치세액 상당액을 거래징수하지 아니한 사실이 확인된다. 가) 「부가가치세법」 제31조 에서는 사업자가 재화를 공급하는 경우에는 재화의 공급가액과 10% 세율을 적용하여 계산한 세액을 징수하여야 한다고 규정 되어 있고, 부가가치세 과세대상 재화를 공급하는 경우에는 같은 법 제32조에서 규정하는 세금계산서를, 부가가치세 면제대상 재화를 공급하는 경우에는 「법인세법 시행령」 제164조 및 「소득세법 시행령」 제211조 에서 규정하는 계산서를 공급받는 자에게 발급하도록 규정하고 있다.

  • 나) 관련 법령에서 적시하고 있는 ‘세금계산서’ 및 ‘계산서’의 작성내용을 살펴보면 다음과 같다. <세금계산서와 계산서의 기재사항> 구 분 세금계산서 계산서
관련법령

부법§32 법법§121,법령§164, 소령§211 기재사항

• 공급자 등록번호, 상호

• 공급받는자 등록번호, 상호

• 공급가액과 부가가치세액

• 작성 연월일

• 그 밖에 대통령령으로 정한 사항

• 공급자 등록번호, 상호

• 공급받는자 등록번호, 상호

• 공급가액

• 작성 연월일

• 기타 참고사항

  • 다) 위에서 살펴본 것과 같이 청구법인은 웹툰 공급을 부가가치세 면제 거 래로 판단하고 별도의 부가가치세액을 거래징수하지 아니하고 쟁점금액을 공급 가액으로 하여 계산서를 작성·발급한 사실이 확인된다.

3. 청구법인이 B과 체결한 계약서의 내용 중 ‘배타적 발행권 설정 대가’는 연재기간 동안 매월 3,500,000원(부가세 면제)로 계약서에 명시되어 있으나, 동 계약서 별지 ‘유료서비스에 대한 수익배분 조건’에서는 분배비율만이 기재되어 있어 부가가치세 포함여부가 불분명하다는 주장이나, 청구법인이 B에 사용을 허여한 배타적 발행권은 「부가가치세법」 제11조제1항제2호 에 따른 부가가치세 과세대상 용역에 해당됨에도 부가가치세 ‘제외’가 아닌 ‘면제’로 명시하여 계약한 것으로 보아 청구법인과 B은 배타적 발행권 설정 대가를 부가가치세 면제대상으로 판단하고 부가가치세를 거래징수하지 아니하였음을 확인할 수 있다. 또한 청구법인이 수익배분 조건에 따라 정산한 수익금액을 수령하고 B에 계산서를 교부한 것으로 보아 수익배분에 따른 수익금액 또한 부가가치 세가 면제되는 면세수입금액으로 보아 부가가치세 세액 상당액을 거래징수하지 않았던 것으로 판단된다.

  • 나. 청구법인은 웹툰 공급을 부가가치세 면제거래로 판단하여 부가가치세액 상당액을 거래징수하지 않았기에 쟁점금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 아니하므로 쟁점금액을 부가가치세 과세표준으로 보아 고지한 이 건 부과처분은 정당하다. 1) 「부가가치세법」 제29조제7항 에서는 사업자가 재화를 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다고 규정되어 있으나, 쟁점금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 않은 사실이 확인되었으므로 동 규정을 적용할 여지가 없다. 2) 부가가치세법 집행기준 29-0-4 제3항은 ‘부가가치세 과세대상 거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 경우 공급가액과 세 액이 불분명한 것으로 볼 수 없다고 규정하고 있으며, 청구법인이 계산서의 공급 가액으로 기재한 쟁점금액을 공급가액으로 판단한 이 건 부과처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
쟁점

쟁점금액에 부가가치세 포함 여부가 분명하지 아니하므로 쟁점금액은 공급 가액이 아닌 공급대가라는 청구주장의 당부

관련법령

1) 부가가치세법 제29조 【과세표준】(2020.1.1. 법률 제16845호로 개정된 것)

⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다. 1-1) 부가가치세법 집행기준 29-0-4【세액이 별도 표시되지 아니한 대가의 공급가액】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명 하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.

③ 부가가치세 과세대상거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 공급 가액만을 수수한 경우 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다. (이 면 이하 여백)

사실관계

1) 청구법인 기본사항 청구법인은 2019.1.23. 설립된 출판업 영위 법인으로 B을 통해 웹툰 ‘C’, ‘D’ 등을 연재하고 있으며 2020년부터 2022년까지 B으로부터 부가가치세 면세로 하여 발행한 전자계산서 내역은 아래와 같다. <표1> 전자계산서 발행가액 과세기간 공급받는자 품목 건수(건) 금액(원) 2020년 B 유한회사 쟁점웹툰 유상이용권 등 178 1,983,921,441 2021년 B 유한회사 쟁점웹툰 유상이용권 등 175 1,716,137,484 계 353 3,700,058,925

2. B과 체결한 계약 관련 사항

  • 가) 청구법인은 2020.2.1. B과 ‘작품 연재합의서에서 정하는 바에 따라 B에게 콘텐츠를 제공하고 B은 청구법인에게 배타적 발행권설정 대가로서 각 작품연재합의서에 합의된 금액을 지급하며, 유료서비스 수익분배기준에 따라 수익분배금을 지급한다’라는 내용의 「B 마스터 콘텐츠제공자 계약서」를 체결하였다.
  • 나) 청구법인은 ‘B 마스터 콘텐츠제공자 계약서’에 따라 2020년부터 2023 년 까지 웹툰 ‘C’, ‘D’에 대한 작품연재합의서를 체결하였고, 2020.11.1. 및 2022.2.1. 체결한 ‘C’와 관련된 작품연재합의서에 따르면 배타적발행권설정대가는 ‘연재기간 중 매월 삼백팔십만원(부가세 면제) 지급’으로 기재되어 있다.

3. 과세내역 및 전심불복 관련 사항

  • 가) 청구법인이 2020~2021년 B에 웹툰을 공급하고 수취한 쟁점금액 3,700백만원을 부가가치세 면제로 보고 부가가치세 무신고하고 법인세 수 입금액에 부가가치세를 포함하여 신고한 것에 대하여 처분청은 쟁점금액을 공급 대가로 보아 2020년 제1기부터 2021년 제2기까지 부가가치세 532백만원을 고지하고 2020 사업연도부터 2021 사업연도까지 법인세 52백만원을 환급처분하였으나, 감사관은 쟁점금액을 공급가액으로 보아 부가가치세 58백만원 및 법인세 35백만원을 고지하였다. <표2> 조사청 및 감사관 경정과표 및 고지세액 (단위: 원) 귀 속 부가가치세 법인세 조사청 경정과표 감사관 경정과표 고지세액 조사청 경정과표 감사관 경정과표 고지세액 ’20년 1기 967,305,764 1,064,036,340 17,432,784 1,422,919,297 1,600,545,257 17,814,948 2기 836,259,183 919,885,101 14,690,565 ’21년 1기 761,152,681 837,267,949 13,026,744 900,953,894 1,052,108,181 17,565,806 2기 798,972,305 878,869,535 13,306,483
  • 나) 청구법인의 전심불복에서 웹툰 ‘C’는 2020.11.25.부터 웹툰 ‘ D’는 2022.5.25.부터 국제표준도서번호를 발행받은 것으로 확인되어 발행 이후 공급된 부분은 부가가치세 면제대상 전자출판물에 해당한다고 보아 일부인용된바, 이 건 심사청구에서 공급대가에 해당하는지 혹은 공급가액에 해당하는지를 다투는 쟁점금액은 1,064백만원이고 청구세액은 부가가치세 20백만원 및 법인세 37백만원으로 확인된다. <표3> 일부인용 결과 경정세액 및 이 건 청구세액 (단위: 원) 귀속 부가가치세 법인세 감사결과 경정(a) 일부인용 재경정(b) 청구세액 (a+b) 감사결과 경정(a) 일부인용 재경정(b) 청구세액 (a+b) 2020 1기 17,432,784·17,432,784 17,814,948 354,089 18,169,037 2기 14,690,565 (12,672,896) 2,017,669 2021 1기 13,026,744 (13,026,744) 0 17,565,806 775,850 18,341,656 2기 13,306,483 (13,069,628) 236,855 합계 19,687,308 36,510,693
판단

1) 관련 법리 가) 「부가가치세법」 제29조제1항 에 따르면 재화의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화의 공급가액을 합한 금액으로 하고, 제2항에 따르면 공급가액은 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화를 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되 부가가치세는 제외하며, 제7항에서는 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있으므로, 재화를 공급하고 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않다면 그 대가가 공급가액으로서 과세표준에 해당한다(부산고등법원(창원) 2017. 8.23. 선고 2017누10275 판결 참조).

  • 나) 한편 「부가가치세법」 집행기준 29-0-4에서는 사업자가 재화 또는 용 역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다(제1항)고 규정하고 있고, 부가가치세 과세대상거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 가액만을 수수한 경우 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다(제2항)고 정하고 있다. 2) 쟁점금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당하는지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우로 보이지 않는다.

(1) 청구법인이 B과 체결한 작품연재합의서에 의하면 배타적발행권설정의 대가를 연재기간 중 매월 3,800,000원 등으로 합의하면서 ‘부가세 면제’임을 명시하고 있고, 청구법인은 쟁점금액 그대로 계산서를 발급하였고 이에 대하여 부가가치세 면세로 보아 면세매출로 신고하였으며, 선행불복에서 쟁점금액은 부가가치세 면세에 해당한다는 청구주장을 하여 쟁점금액에는 부가 가치세가 포함되어 있지 않다는 취지의 진술을 한 점 등에 비추어 볼 때 청구 법인은 B으로부터 부가가치세를 지급받지 않았다고 봄이 상당하다.

(2) 한편 쟁점금액의 과·면세 여부와 상관없이 청구법인이 B으로부터 부가가치세를 추가로 받을 수 없었다고 하더라도 공급자가 부가가치세를 거래징수하지 않은 사정은 부가가치세 납세의무 성립에 아무런 영향이 없고(대법원 2004.2.13. 선고 2003다49153 판결 참조), 청구법인이 과세대상인 웹툰 공 급을 면세로 오인하여 부가가치세를 포함하지 않고 쟁점대가를 수취한 것에 불과 하므로 이 경우 관련 법 규정에 따라 공급가액과 세액이 불분명한 경우로 볼 수 없다.

(3) 또한 청구법인은 ‘오인’이란 명확하고 객관적인 상황을 전제로 한다고 주장하나, 선행 불복에서 쟁점금액의 과·면세 여부가 다투어졌다고 하여 부가가치세법 및 그 집행기준에서 규정한 ‘과세대상 거래를 오인하여 면세로 보아 공급가액만을 수수한 경우’에서 제외된다고 판단할만한 규정이나 객관적인 근거가 없고 그밖에 달리 볼 특별할 사정도 있어 보이지 않는다. 나) 따라서, 처분청의 이 건 법인세 및 부가가치세 과세 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 선행불복 일부인용 결과(2025.8.13.) 부가가치세 과세대상으로서 공급가액인지 공급대가인지를 다투는 이 건 심사청구 대상 쟁점금액은 1,206,263,864원임 2) 2022년 제1·2기 부가가치세 및 2022 사업연도 법인세에 대한 감사 처분지시는 심사청구일 현재까지 경정고지 안 됨 3) 공급된 웹툰이 국제표준도서번호(ISBN)을 발급받은 2020.11.25. 및 20225.25.부터 공급된 것에 대하여 부가가치세 면세대상이라고 보아 2025.8.13. 일부인용

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)