조세심판원 심사청구 법인세

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지

사건번호 심사-법인-2025-0010 선고일 2025.05.21

착공한 사실이 없고 그 외 부득이한 사유를 인정하기 어려우므로 비사업용 토지에 해당함

주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2009.9.1. 개업하여 비주거용 건물건설업을 영위하다가 2017.1.20. 부업종에 부동산개발 및 공급업을 추가하여 상가 및 오피스텔 등의 일반건축공사 업을 영위하고 있다.
  • 나. 청구법인은 2017.6.29. 경기도 A 토지 각 2,074m 2, 2,116m 2 (이하 “쟁점토지” 라 한다)를 한국토지주택공사로부터 41,888백 만원에 취득하고 2019.10.29. B시장으로부터 업무 및 근린생활시설 건축허가를 득하였다가 2021.1.20. ㈜C 등에게 56,905백만원에 양도하였다.
  • 다. 청구법인은 쟁점토지 양도소득에 대한 법인세를 무신고하였으나 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 2021 사업연도 법인세 1,733,505,560원을 과세 하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장

<쟁점① 관련>

  • 가. 쟁점토지는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할만한 토지에 해당된다.

1. 관련 규정 및 입법 취지 법인이 소유한 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 중과세함으로써 토지에 대한 투기적 수요를 억제하고 투기이익을 환수하여 부동산 시장을 안정시키기 위하여 「법인세법」 제55조의2제1항제3호 가 신설되었고, 같은 법 제55조의2제2항제4호 다목과 같은 법 시행령 제92조의8제1항제13호 규정에 따른 「법인세법」 비사업용 토지 과세특례 요건을 정리하면 다음과 같다. <비사업용 토지 규정 개정취지> 「법인세법」 제55조의2제2항제4호 다목은 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 ‘토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것’이라고 규정하고 있고, 그 위임을 받아 같은 법 시행령 제92조의8제1항제13호에 ‘그 밖에 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계 법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지’라고 규정하고 있으며 그 위임을 받은 기획재정부령은 별도로 제정되어 있지 않다. 법원은 「법인세법」 제55조의2제1항제3호 와 관련하여 해당 규정에 따라 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는데 있고, 이와 같은 관계 법령의 입법취지와 규정체계 등을 종합해보면 법인의 토지등 양도소득에 대한 과세특례 중 하나로서 비사업용 토지의 범위는 「법인세법」 제55조의2제2항 에 의하여 정해지는데, 법 제55조의2와 시행령 제92조의8제1항은 비사업용 토지에서 제외되는 범위를 구체적으로 정하면서 포괄규정을 두어 위 입법취지에 비추어 비사업용 토지에서 제외할 수 있는 사례들을 구체적으로 행정 법규에 위임하고 있으므로 그러한 기획재정부령이 제정되지 않은 경우 법인의 업무에 관련된 토지라고 인정되지 않는 한 비사업용 토지로 인정되어야 하며, 납세의무자가 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 법인의 업무와 직접 관련이 있다는 사정을 입증하여야 한다는 입장을 견지하고 있다(서울고등법원 2010.9.10. 선고 2010누2557 판결). 즉 「법인세법」과 같은 법 시행령에서 토지의 이용상황 및 관계 법령의 이행 여부 등을 고려하여 사업과 직접 관련 있다고 인정되는 토지를 비사업용 토지에서 제외하고 있는 이상, 이러한 요건을 충족하는 토지는 비사업용 토지에서 제외되어야 하고, 설령 상위 법령의 위임을 받은 시행규칙에서 위와 같은 경우를 구체화하는 조항을 두지 않았다고 하더라도 이는 상위 법령에 위반되는 행정입법 부작위에 불과하여 위와 같은 결론이 달라지는 것이 아니다. 또한 조세심판원은 부동산매매업을 영위하는 법인이 상업용 건물 신축을 위하여 취득한 토지 위에 건설착공 등을 하지 아니하고 해당 토지를 매매함에 따라 과세관청이 해당 토지를 비사업용 토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분에 대한 사안에서, ① 토지개발사업시행 완료 후 대지로 보존등기된 토지는 이미 지가상승이 반영되어 있고 그 자체로 판매가 가능한 부동산매매업자(건물건설업)의 사업용 자산에 해당하는 점, ② 토지 취득 후 상업용 건물의 신축을 위하여 소요된 사업추진비를 반영한 사실상의 양도차익이 거의 발생하지 않은 점, ③ 부동산매매업자가 취득한 매매용 부동산으로서 업무와 직접 관련이 있는 사업용 토지는 법령상의 제한 등의 적용대상과 관련이 없는 점, ④ 토지 취득 후 건물신축을 위한 사업추진내용 및 ⑤ 쟁점토지만을 양도하게 된 사유 등에 비추어 해당 토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세 한 처분은 잘못이 있다고 판단하였다(조심 2019중3365, 2020.9.4. 결정) 이는 청구법인과 같은 부동산매매업을 영위하는 법인이 건물 신축을 위하여 취득한 토지는 매매용 부동산으로서 업무와 직접 관련이 있는 사업용 토지이며 건설 착공 이전이더라도 건물 신축을 위한 사업추진내용, 사업추진비를 반영한 사실상의 양도차익 유무 및 양도 사유 등에 비추어 비사업용 토지에서 제외되어야 함을 명확하게 설명하고 있다.

2. 쟁점토지와 청구법인 업무간 직접 관련성을 인정할만한 상당한 사정이 존재한다.

  • 가) 쟁점토지 이용상황 청구인은 비주거용 건물건설업 및 부동산 개발·공급업을 영위하는 법인으로 상가 및 오피스텔 건물을 신축할 목적으로 한국토지주택공사로부터 쟁점토지를 매입하였고, 쟁점토지는 한국토지주택공사가 지구단위계획을 수립하여 업무시설 용지로 판매한 토지로, 청구법인은 입찰 시점부터 지구단위계획상의 용도 및 건축규모에 따른 사업성을 분석하여 쟁점토지를 매입하였기에 그 자체로 판매가 가능한 청구법인의 사업용 자산에 해당하며, 청구인은 쟁점토지의 취득 이후 건물 신축공사의 진행을 위하여 다음과 같은 업무를 순차적으로 수행하였다. <쟁점토지 개발사업 추진 내역> 특히 쟁점토지의 매각을 결정할 무렵 청구법인은 쟁점토지에 설치된 건설 공사 현장사무실을 통해 공사의 진행상황을 관리하고 건설용 장비의 원활한 공사 작업 수행을 위하여 필수적인 설비인 유류저장소를 쟁점토지에서 사용 중이었으며, 건설자재 및 가설도로 안전시설물(PE방호벽)을 반입하여 보관하는 한편 가설 휀스를 설치한 뒤 건물 신축을 위한 부지정지 공사를 시작하는 등 건물 신축공사 업무의 용도로 쟁점토지를 이용하고 있었음이 명백하다.
  • 나) 관계 법률 의무이행 여부 청구법인은 쟁점토지 매입 이후 상가 및 오피스텔 건물 신축공사를 진행하기 위하여 2019.1월경 「건축법」 제11조 규정에 따른 요건을 구비하여 주무관청에 건축허가 신청을 하였고 2019.10월경 B시로부터 적법하게 건축허가 통보를 득하여 건축허가에 따른 등록 면허세 및 국민주택채권 등을 납부 후 건축허가서를 교부받았다. 또한 원활한 신축공사 진행을 위한 현장사무실 및 관련 집기, 공사설비의 운행을 위한 유류공급시설, 가설 휀스 및 방음시설 등을 쟁점토지에 배치하면서 관련 주무부처에 적법하게 가설건축물 축조 등에 관한 신고의무를 이행하였다.
  • 다) 수입금액 등 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 이를 목적사업(토지의 생산적 이용)에 사용 하기 위하여 쟁점사업을 추진하면서 매각이 이루어지기 전까지 사업추진 비용 으로 약 39억원이 소요되었으므로 사실상의 양도차익은 처분청의 계산보다 훨씬 적으며 구체적인 지출내역은 아래와 같다.
  • 라) 청구법인의 유사사례 쟁점토지가 청구법인의 사업과 직접 관련있는 토지이고 쟁점토지의 매각에 따른 차익이 부동산 투기와 관련 없다는 점은 청구법인이 비슷한 시기에 취득 하여 비슷한 시기에 계약을 해제한 D지구 토지 사례를 보더라도 분명하다. 청구법인은 2017.12월 D 국제화계획지구내 중심상업용지 2필지를 분양받았으나 사업자금 부족으로 인해 3차 중도금을 납부하지 못하였고 부득이 하게 2020.1월 D신도시 개발사업을 최종 포기 결정하면서 해당 부지 매입 계약 체결 후 해제 시점에 이를 때까지 투입된 총 비용 약 93억원(위약금 포함) 상당에 대하여 전액 손실을 입게 되었고, 이처럼 쟁점토지와 비슷한 시기인 2017년에 토지를 분양받아 건설분양공사를 진행하던 중 쟁점토지 매각을 고려한 시점과 비슷한 2021년에 수십억원의 손실을 감수하면서 해당 사업용 토지의 매입을 포기하였는바, 이는 쟁점토지가 청구법인의 사업과 직접적으로 관련이 있는 토지이며 쟁점토지 매각에 따른 차익은 부동산 투기 이익과 전혀 무관함을 여실히 보여주는 사정에 해당한다. 참고로 「법인세법」 제55조의2제7항 및 같은 법 시행령 제92조의2제9항에 따르면 법인이 각 사업연도에 법 55조의2를 적용받는 2 이상의 토지등을 양도하는 경우에 토지등 양도소득은 해당 사업연도에 양도한 각 자산별 양도소득 및 양도차손을 합산한 금액으로 계산하도록 규정하고 있다. 청구법인의 D지구와 같이 부동산 매수인의 잔금 미지급 등의 사유로 매매계약이 해제되는 경우 그로 인한 손실 상당액은 일견 부동산 권리에 대한 양도차손과 비슷한 성질로 해석할 수도 있고, 처분청이 쟁점토지와 관련하여 계산한 양도소득은 131억원이나 쟁점토지의 건설 공사진행과 관련하여 이미 투입 된 사업추진비가 약 39억원 상당이고 D신도시 개발사업 포기결정으로 발생한 양도차손과 유사한 성격의 손실이 약 93억원이므로 동일 사업연도에 발생한 각 자산별 양도소득 및 양도차손을 합산하여 계산하는 규정을 참고하여 통산하면 청구인이 2020 사업연도 중 건설사업을 위하여 취득한 부동산 또는 부동산에 관한 권리의 이전으로 인하여 실질적으로 얻은 소득은 없는 것으로 확인된다.

3. 소결 청구법인은 쟁점토지를 낙찰받아 상가 및 오피스텔 건설 및 분양공사를 위한 생산적 용도로 계속하여 이용하였으며 쟁점토지를 청구법인의 사업에 이용하면서 청구법인이 취득하려 했던 사업이익은 400억원이 넘는다. 코로나19라는 세계적 재난 상황 발생으로 비주거용 부동산 경기가 급격히 침체됨에 따라 어쩔 수 없이 회사 유동성 확보를 위하여 기존에 사업을 추진 중이던 토지 자산을 매각하게 되었고 그 중 하나가 쟁점토지였을 뿐이며, 청구 법인이 당시 큰 손실을 보고 계약해제한 토지도 있었다는 점은 토지자산 매각이 부득이한 경영위기 극복을 위한 조치이지 부동산 투기와는 아무런 관련이 없음을 명확히 보여주는 것이다. 따라서 「법인세법」 제55조의2제1항제3호 의 입법취지, 쟁점토지의 이용상황 및 실질적인 수입금액, 쟁점토지 매각과 비슷한 시기에 발생한 사업용 토지 매매 계약 해제에 따른 막대한 손실 등을 종합적으로 고려할 때 쟁점토지는 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 이를 단 순히 재산 증식의 수단, 부동산 시장의 교란 또는 투기 조장을 위하여 취득·매매 하였다고 보기 어려워 비사업용 토지에 해당하지 않는다. <쟁점② 관련>

  • 나. 사업용으로 사용하기 위하여 건설공사 중에 있는 토지에 해당한다.

1. 관련 규정 및 ‘건설에 착공한 토지’의 의미 「법인세법」 제55조의2제3항 은 토지를 취득한 후 소정의 부득이한 사유가 있는 경우 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하면서 같은 법 시행령 제92조의11 및 같은 법 시행규칙 제46조의2제5호에서 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 부득이한 사유에 해당되는 토지로 판정하고 있다. 특정 토지에서 건축물 신축공사에 착수한 것인지 여부의 판단에 있어 법원은 터파기나 구조물 공사와 같이 건물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우는 물론 그보다 앞서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 하는 경우에도 건물의 신축공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있다면 그 시점에 이미 공사에 착수 한 것으로 보아야 한다는 법리 하에 흙막이 작업의 필수적 전제가 되는 규준틀 작업(흙막이 작업을 위한 철제 가이드빔 설치) 시점부터 건축물에 관한 굴착이나 축조 등의 공사에 착수한 것으로 볼 수 있다고 판시하고 일반적으로 착공시기는 터파기 공사를 시작한 시점을 의미하는 것이나 그에 앞서 신축공사의 전제가 되는 선행 작업을 한 시점에 이미 공사에 착수한 것으로 볼 수 있도록 해석하고 있다.

2. 쟁점토지에서 건물 신축공사의 필수적 전제 작업을 실행하였다. 청구법인은 쟁점토지에 건설공사 사무실을 설치하여 공사의 진행상황을 관리하고 건설장비의 원활한 공사작업 수행을 위하여 필수적인 설비인 유류저장소를 반입하여 설치하였다. 또한 건축허가 신청시 제출한 쟁점토지의 흙막이시설 상세 설계의 내용대로 건설공사 착수 진행을 위해 건설자재 및 가설도로 안전시설물(PE방호벽)을 반입 하는 한편 가설 휀스를 설치한 뒤 건물 신축을 위한 부지정지 공사를 시작하였다. 이와 같이 흙막이 설계에 따른 건설공사 착수를 위한 부지정지 작업 등과 같은 청구인의 시행 작업들은 대법원 판시사항에 비추어 볼 때 터파기나 구조물 공사에 앞서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업으로써 건물의 신축 공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있으므로 청구법인은 해당 작업의 시행 시점에 건설에 착공한 것으로 보아야 하고 따라서 쟁점토지는 부득이한 사유로 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당한다.

  • 다. 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당한다.

1. 관련 규정 및 ‘정당한 사유’의 의미 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제13호 는 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지의 경우 당해 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있는데, 이 때 ‘정당한 사유’에 대해서는 구체적으로 어떠한 경우를 의미하는 것인지 규정되어 있지 않다. 다만, 업무무관부동산에 관련된 「법인세법 시행규칙」 제26조제5항제30호 는 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 와 동일한 내용과 형식으로 규정되어 있으므로, 해당 조문에 관한 대법원의 판단내용으르 준용한다면 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제13호에서 규정하고 있는 문언에 대하여도 통상적인 의미에 충실 한 해석이 가능하다. <쟁점토지 개발사업 추진비> 대법원은 「법인세법 시행규칙」 제26조제5항제30호 에 규정된 정당한 사유에 관하여 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고 정당한 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 판시 하였다(대법원 2002.5.10. 선고 2000두4989 판결). 즉 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제13호 의 정당한 사유는 법령에 의한 금지, 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유 뿐만 아니라 그 법인이 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 이를 당초 계획대로 이행하기 어려운 내부적인 사유가 발생한 경우를 포함하며, 그 사유가 있는지 여부는 해당 규정의 입법 취지를 충분히 고려하면서 개별적으로 판단하여야 한다.

2. 쟁점토지 양도는 기업 구조조정에 준하는 경영정상화 방안의 일환이다. 청구법인은 쟁점토지를 매입한 후 그 위에 상가 및 오피스텔을 건축하여 분양하는 사업의 진행을 위하여 여러 외부 업체들과 교통환경영향평가, 건축설계, 건축감리, 지하안전평가 등에 관한 계약을 체결하여 건축 공사에 필수적인 각 용역들을 제공받았고, 2019.10.29. 경기도 B시로부터 건축허가서 및 건축·대수선·용도변경 허가서 등을 교부받았고 2019.12월부터 쟁점토지에 컨테이너를 반입하여 건축공사 진행을 위한 현장사무실을 배치하는 한편 2020.9월 외부업체를 고용하여 방음벽 및 가설 휀스를 설치하고 공사용 가설재(비품) 반입 및 부지정지 작업을 실시하는 등 쟁점토지를 매입한 이후 일관되게 건축공사를 위한 업무를 진행하여 온 사실이 객관적으로 확인된다. 그러나 쟁점토지 취득 당시 부동산 경기 호황으로 당초 100% 분양을 예상하였던 기대와는 달리 2019∼2020 사업연도에 들어서면서부터 쟁점토지와 유사한 위치인 D신도시의 타 공사현장 및 인접 지역에서 사업을 시행한 관계회사의 공사현장 또한 분양율이 현저히 저조함에 따라 청구법인은 기존과는 다른 사업자금 조달방식의 도입을 시도하거나 원가절감을 위한 설계 변경을 검토 하는 등 여러 가지 방안을 모색하며 어려움을 극복하고자 노력하였다. 청구법인은 2020.3월부터 7월까지 수차례 설계 변경을 통한 수지 분석 작업을 수행하였으며 이는 설계 변경을 통해 공사원가 절감 및 분양수익 극대화 방법을 도출함으로써 쟁점토지 관련 건설공사를 계획대로 완공하기 위한 청구인의 노력이 고스란히 드러나는 업무활동으로 그 내역은 아래와 같다. <설계 변경 내역> 청구법인의 당기순이익은 2016 사업연도 약 172억원, 2017 사업연도 약 208억원, 2018 사업연도 약 391억원으로 안정적인 성장 추세에 있었으나 분양시장이 급격히 냉각되기 시작한 2019 사업연도에는 약 45억원으로 급락하였고 급기야 코로나19로 국가적 재난상황에 놓인 2020 사업연도에는 당기순손실을 우려하는 상황에 놓이게 되었으며, 2020 사업연도 재무상태표에 따르면 현금성 자산은 약 40억원 정도이며 이 외 대부분 자산은 미분양된 완성건물 및 신규사 업을 위한 건설용지가 약 90% 이상을 차지하고 있는 한편 청구법인이 2020 사업 연도에 지출한 이자비용은 약 24억원으로 당시 분양시장의 불확실성으로 인한 분양수익의 감소로 수십억원에 달하는 이자비용을 감당하기 어려운 상황에 놓이게 되었다. <2020 사업연도 재무상태표>

2. 선수금은 쟁점토지 매각에 따른 계약금으로 이를 제외한 당좌자산은 예수금 제외 약 52억원 <2020 사업연도 쟁점토지 관련 이자비용> 청구법인은 재무적 위기 상황에서 각 파트 책임자들과 수차례 대응전략 회 의를 진행하였고 이는 청구법인의 극심한 자금경색으로 인하여 일부 토지의 매각 없이는 회사의 존립이 불가능하였던 상황을 보여준다 할 것이며, 결국 쟁점토지 관련 건축 및 분양사업을 당초 계획 그대로 진행하여 각종 세금 및 금융비용을 계속 부담하면서 미래의 불확실한 사업이익을 기대하기보다는 쟁점토지의 건설 공사를 포기하면서 이를 처분하여 현금 유동성을 확보함으로써 청구법인의 존속 가능성을 유지하고자 하는 불가피한 경영적 판단을 내릴 수밖에 없었다.

  • 라. 결론

1. 청구법인 및 청구법인 대표자가 대표이사 및 대주주로 재직하며 한국토지 주택공사로부터 건설용지를 분양받아 상가 및 오피스텔을 신축·분양하는 시행사인 관계회사는 2001년 이후부터 현재까지 총 43개 현장에서 건설 용지만을 양도한 적이 단 한번도 없었으며 쟁점토지의 경우에만 유일무이하게 부득이한 사유로 인하여 토지만을 양도하게 된 것이다.

2. 참고로 청구법인으로부터 쟁점토지를 매입한 매수인은 토지 취득 후 시공사를 ㈜E로, 브랜드명을 F로 정하여 분양을 시작하였으나 현재까지도 분양이 원활하지 못한 상황으로 확인된다.

3. 위와 같은 법령의 입법취지, 판례, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 건물 신축을 위해 추진한 사업내용, 제반 이용 상황 및 쟁점토지만을 양도하게 된 사유 등에 비추어 쟁점토지는 청구법인의 업무와 직접적인 관련이 있는 것이 분명하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

3. 처분청 의견

<쟁점① 관련>

  • 가. 쟁점토지는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할만한 토지에 해당한다고 볼 수 없다.

1. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론 하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009. 8.20. 선고 2008두11372 판결). 법인이 토지를 취득하고 양도하는 것은 개인이 토지를 취득하고 양도하는 것에 비하여 유리한 것이 사실이며, 특히 「법인세법」 제55조의2 와 같은 법 시행령 제92조의8은 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산 시장을 안정화 하고 투기이익을 환수하고자 하는 목적으로 입법되었고, 그 토지가 사업에 사용 되는 토지로 인정되면 조세감면의 효과가 있기 때문에 엄격하게 해석하여야 한다.

2. 청구법인은 쟁점토지가 「법인세법 시행령」 제92조의8제1항제13호 에서 규정하는 토지의 이용상황 및 관계 법령의 이행여부 등을 고려하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할만한 토지에 해당한다는 주장이나, 이는 사업용 토지를 법인의 목적사업에 직접 사용되는 토지로 단순정의하는 것으로 청구법인의 자의 적 해석일 뿐이다. 「법인세법」은 비사업용 토지에 해당하는 토지를 구체적으로 열거하고 있을 뿐 그와 반대되는 개념으로 사업용 토지라는 표현을 사용하거나 그에 관한 별도의 정의 규정을 두고 있지 않고 오히려 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 비사업용 토지에서 제외되는 토지는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있을 뿐이다. 「법인세법 시행령」 제92조의8제1항 각 호는 일부 업종의 경우 그 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지를 열거하여 비사업용 토지에서 제외하고 있는데, 청구법인의 주장대로 쟁점토지가 사업목적성에 비추어 당연히 업무용 토지에 해당한다면 「법인세법 시행령」 제92조의8제1항 각 호와 같은 법 시행규칙 제46조의2에서 판정기준을 따로 규정하고 있을 아무런 이유가 없을 것이다(서울행정법원 2023.5.18. 선고 2022구합58865 판결). 「법인세법 시행령」 제92조의8제1항제1호 부터 제13호에서 규정한 사업에 사용 되는 토지란 도시계획, 환경보존, 국가안보 등 관련 법으로 인해 토지의 사적이 용이 제한적이고 불가능한 토지 등을 말하는 것으로 쟁점토지는 토지사용이 제한 되어 있지 않아 관계 법령에서 허용하는 토지에 해당하는지 여부에 대한 판단 자체가 불필요하다.

3. 청구법인은 사업목적성과 쟁점토지 취득 후 일련의 사정에 비추어 투기와 무관하므로 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 목적론적 해석은 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려 한 합목적적으로 해야 하는 것으로, 토지 취득의 목적과 양도의 사유를 토지등 양도소득 과세에 대한 판단기준에 반영하면 이는 조세법률주의에도 위배되고 조세평등주의를 저해할 우려가 매우 크다. 청구법인은 쟁점토지를 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 거래의 객체로 이용하여 131억원의 차익을 얻은 것은 분명하고 이러한 사실 자체는 청구법인이 쟁점토지의 취득 경위나 부득이한 매각 결정에 이유가 있다 하여 달라지지 않으므로 「법인세법」 제55조의2 의 입법 목적이나 취지는 청구법인 에게도 여전히 유효하다고 보아야 한다.

4. 청구법인이 사업을 추진하면서 소요된 39억원은 토지등 양도소득 필요경비에 해당되지 않는 것으로 보이며 설령 필요경비에 해당된다하더라도 토지등 양도차익에 대한 법인세는 양도가액과 쟁점토지의 장부가액, 쟁점토지와 관련된 유보금액 기준으로 계산된 것으로 청구법인의 장부가액의 회계처리가 적정했는지 여부는 별도로 경정청구를 통하여 진행하여야 한다.

5. 청구법인은 2020년 D신도시 개발사업 포기로 93억원의 손실이 발생한 것을 쟁점토지의 양도차익과 통산해야 한다고 주장하나, D신도시 토지매입 및 계약포기와 관련된 비용은 쟁점토지 매매 후 발생한 차손과 완전히 다른 것으로 통산의 대상이 아니며, 귀속연도 또한 2020년 귀속으로 쟁점토지의 양도소득 귀속시기 2021년과는 다르므로 D신도시의 사업철회 사실을 쟁점토지의 비사업용 토지 판단의 근거로 삼을 수 있는 부분은 확인되지 아니하다. <쟁점② 관련>

  • 나. 사업용으로 사용하기 위하여 건설공사 중에 있는 토지에 해당하지 않는다. 1) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제5호 는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지의 경우에는 토지 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행중인 기간에 대해서는 비사업용 토지 기간계산에서 제외하도록 규정하고 있다.

2. 사회 통념상 착공하였다고 인정하기 위해서는 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공 신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다 할 것이다(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결)

3. 청구법인이 제시한 대법원 판결에 따르면 착공에 필요한 단순한 준비작업을 하고 있는데 지나지 않는 경우는 건축중이라고 할 수 없지만, 터파기나 구 조물 공사와 같이 건물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우는 물론 그보다 앞서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 하는 경우에도 건물의 신축공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있다면 그 시점에 이미 공사에 착수한 것으로 보아야 한다고 명시하고 있으나, 해당 사건은 청구법인의 사실관계와는 달리 흙막이 작업의 필수적 전제가 되는 규준틀 설치 작업이 실행된 경우로서 흙막이 설계에 따른 단순 부지정리 작업만 진행된 청구법인의 사례에 적용될 수 없는 판례이다.

4. 건축 일련의 과정은 아래와 같고, 청구법인은 건축허가를 받았으나 착공을 하지는 않았다. <표1> 건축 절차 흐름도 순서 개 요 세부사항 청구법인 1 토목 현장조사 개발행위허가 토목도면 작성 건축허가까지 진행 2 건축 현장조사 계획도면 확정, 설계계약 3 건축실시도면 작성 건축설계, 구조계산 4 건축허가신청서 접수 농지, 임야는 개발행위허가 5 착공신고 토목, 건축공사 착공신고 (대법원 판례에 따른 “착공”시점) 6 공사 시공 및 감리 지반조사보고서 등 7 토목 준공검사 개발행위허가 준공 8 건축 준공검사 건축물관리대장 생성 청구법인이 주장하는 진행업무는 토지의 취득과 건물신축의 준비행위에 해당 하는 각종 설계계약 및 감리계약과 건축허가신청 및 승인으로, 대법원 판례에 따른 착공에 해당하지 아니한다. <표2> 청구법인의 쟁점토지 취득 후 양도까지 진행내역 진행업무 처분청 판단 1 건축개요 및 사업수지 분석 “착공”에 해당하지 아니함. “착공”에 해당하지 아니함. 2 PF대출을 위한 사업계획서 작성 3 교통영향평가 계약 4 건축 설계 계약 5 건축 감리 계약 6 지하안전영향평가 계약 7 건축허가 신청서 접수 8 구조설계서 접수 9 경관 심의 신청 10 토지사용승낙서 발급 11 구조안전 및 내진설계 확인서 제출 12 건축허가(대수선)허가증 수령 13 가설건축물축조신청 14 인테리어설계 계약 청구법인이 착공을 하였다면 B시청 건축과로부터 착공신고 후 착공신고필증을 교부받아야 하는데, 청구법인은 착공신고 내역에 대해 주장한 바 없고 착공신고필증을 받은 사실도 확인되지 않는다. 위성사진과 로드뷰를 확인한바, 쟁점토지는 자재를 보관하거나 인부들이 사용 하는 이동식 컨테이너와 이동식 화장실을 쟁점토지에 모아놓고 보관하는 대지로 사용하였으며, 그 외 수풀 및 잡초가 우거진 단순 나대지로 사용된바 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라고 볼 수 있는 터파기 공사 등은 전혀 확인할 수 없다. 건설공사 중에 있는 토지라 함은 착공의 실질적 공사의 실행이 있어야 하며 따라서 쟁점토지는 사업용으로 사용하기 위하여 건설공사 중에 있는 토지에 해당 하지 아니하므로 「법인세법」상 비사업용 토지에 해당한다.

  • 다. 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당하지 않는다.

1. 업무와 관련 없는 비용의 손금불산입 규정에 대한 대법원 판례를 준용하여 적용해야 한다는 주장은 내용과 형식이 전혀 다른 규정에 대한 사건을 임의로 원용한 것으로 과세요건 법정주의에 위배된다. 2) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제13호 에서 도시계획의 변경 등 정당한 사유가 있는 경우는 당해 사유가 발생한 기간동안 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 정당한 사유란 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 각 호의 규정과 마찬가지로 허가의 제한, 관계법령에 따른 사용제한, 채권의 변제에 의한 부득이한 취득, 소송의 경우 등 납세자의 노력에 의하여 변동될 수 없는 불가항력적인 제약요인에 기인한 경우로 해석함이 타당하다.

3. 청구법인이 쟁점토지를 매각한 사유는 단순히 건설경기 악화로 사업진행을 중단한 경영상의 자의적 결정일 뿐 청구법인이 쟁점토지를 본래의 목적에 맞게 사용할 수 없는 불가항력적인 외부적 요인은 전혀 없었다. 청구법인이 제시한 판례에서도 업무에 사용할 수 없는 장애사유 및 장애정도, 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용 하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등 사실관계를 종합적으로 판단하라고 명시하고 있다. 청구법인은 해당 판례에서 예시적으로 열거한 한가지 사유 즉 진지한 노력 여부 하나만을 가지고 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제13호 에서 정한 정당한 사유에 해당한다고 주장하는 것으로 법령과 판례를 지나치게 확장해석하거나 유추해석하는 것이다.

4. 또한 청구법인이 부동산 경기 악화에 따른 사업자금 조달방식의 변경, 원가 절감 등을 위해 노력한 사실 및 청구법인의 재정상태에 비추어 계속사업의 진 행이 불가능한 사실을 비사업용 토지의 정당한 사유로 인정한다면 적절하지 못한 납세자의 경영전략 수립, 무분별한 방만 경영에 따른 귀책사유를 국가에게 전가 하여 조세의 부과·징수를 방해하게 되는 결과를 초래하게 되어 조세법률주의와 조세평등주의를 심각하게 저해할 수 있다.

4. 심리 및 판단
쟁점

1) 쟁점토지는 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 비사업용 토지가 아니라는 청구주장의 당부 2) 쟁점토지는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지에 해당한다는 청구주장의 당부

관련법령

1) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】(2021.12.31. 법률 제17799호로 개정된 것)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미 등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  • 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되 거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 1-1) 법인세법 시행령 제92조의8 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】 (2021.12.31. 대통령령 제32274호로 개정된 것)

① 법 제55조의2제2항제4호다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 운동장·경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

3. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자가 동법 에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

4. 「청소년활동진흥법」에 따른 청소년수련시설용 토지로서 동법에 따른 시설·설비기준을 갖춘 토지. 다만, 기획재정부령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지를 제외한다.

5. 종업원 등의 예비군훈련을 실시하기 위하여 소유하는 토지로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지

6. 「관광진흥법」에 따른 전문휴양업·종합휴양업 등 기획재정부령이 정하는 휴양시설업용 토지로서 기획재정부령이 정하는 기준면적 이내의 토지

8. 골재채취장용 토지

9. 「폐기물관리법」에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지

10. 광천지[광천지(청량음료제조업·온천장업 등에 사용되는 토지로서 지하에서 온수·약수 등이 용출되는 용출구 및 그 유지를 위한 부지를 말한다)]로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

11. 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따른 양어장 또는 지소(池沼)용 토지(내수면양식업·낚시터운영업 등에 사용되는 댐·저수지·소류지(小溜池) 및 자연적으로 형성된 호소와 이들의 유지를 위한 부지를 말한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

12. 블록·석물·토관제조업용 토지, 화훼판매시설업용 토지, 조경작물식재 업용 토지, 자동차정비·중장비정비·중장비운전 또는 농업에 관한 과정을 교습하는 학원용 토지 그 밖에 이와 유사한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지의 경우에는 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

13. 그 밖에 제1호부터 제12호까지에서 규정한 토지와 유사한 토지 중 토지의 이용상황 및 관계 법령의 이행여부 등을 고려하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령으로 정하는 토지 1-2) 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당 하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령 으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 1-3) 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】 (2021.10.28. 기획재정부령 제867호로 개정된 것)

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지: 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

사실관계

1. 청구법인 기본 사항

  • 가) 청구법인은 2009.9.1. 개업하여 일반건축공사 건설업을 영위하는 법인으로 2021 사업연도 기준 등기부등본상 목적사업은 다음과 같다. <청구법인 목적사업>
1. 주택사업자 면허 및 임대업

1. 시설물 유지관리업<2012.1.2. 추가>

1. 중기 임대업<2012.1.2. 추가>

1. 건축인테리어업<2012.1.2. 추가>

1. 위 각호에 관련되는 부대사업 일체<2012.1.2. 추가>

  • 나) 청구법인의 법인세 신고내역에 따르면, 2019 사업연도 매출액 1,147억 원 에서 2020 사업연도 매출액 891억원이고, 「법인세법」 제55조의2제1항제3호 에 따른 2021 사업연도 토지등 양도소득에 대한 법인세 신고내역은 확인되지 않는다. <표3> 법인세 신고내역 (단위: 원) 구분 2018 2019 2020 2021 매출액 234,966,736,117 114,719,972,965 89,140,260,844 65,827,874,266 당기순이익 39,077,205,066 4,507,384,744 133,185,618 17,269,812,786 과세표준 48,039,181,274 6,868,271,609 60,821,625 27,470,323,835 산출세액 10,148,619,880 1,353,654,321 6,082,162 5,623,471,243

2. 쟁점토지 관련 사항

  • 가) 청구법인은 한국토지주택공사의 2017.6.13.자 ‘B2 업무시설용지 4,6’ 공급공고에 입찰신청하여 쟁점토지 2개 필지를 각각 19,333백만원, 22,555백만원에 낙찰받아 2017.6.29. 한국토지주택공사와 토지매매계약을 체결하였다. <표4> 청구법인의 쟁점토지 낙찰결과 토지 면적(m 2) 낙찰금액(원) 지정용도 A1 2,074 19,333,000,000 일반업무시설 A2 2,116 22,555,000,000 일반업무시설 <2017.6.29.자 쟁점토지 중 A1 매매계약서 일부>
  • 나) 청구법인은 2020.12.8. 55,905백만원에 쟁점토지를 ㈜C 및 ㈜H에 양도하는 계약을 체결하고 매매대금 완납시 소유권이전등기에 필요한 서류를 매입자에 교부하기로 약정하였다. (이 면 이하 여백) <표5> 청구법인의 쟁점토지 매도 내역 (단위: 원) 토지 양도가액 계약금(’20.12.8.) 잔금(’21.1.20.) A1 26,294,000,000 1,308,000,000 24,986,000,000 A2 30,611,000,000 1,523,000,000 29,088,000,000
  • 다) 쟁점토지 등기부등본에 따르면, 쟁점토지는 2019.12.12. 토지개발사업시행 으로 인하여 대지로 등기되었으며, 청구법인은 2020.2.5. 쟁점토지의 소유권을 이전 받았다가 2021.1.20. ㈜C 및 ㈜H에 이전한 것으로 확인된다.
  • 라) 청구법인이 제출한 전표에 따르면 쟁점토지 처분이익 11,680백만원은 2021 사업연도 잡이익으로 회계처리 된 것으로 확인된다.

3. 기타 제출증빙

  • 가) 청구법인은 2019.1.18. 쟁점토지 상에 업무 및 근린생활시설 건축허가를 신청하여 2019.10.29. B시장으로부터 건축허가 통보를 받은 것으로 확인된다(B시 건축과-68043, 68048).
  • 나) 청구법인은 실질적 착공을 실시하였다는 근거로 2019.11.11.자 임시창고 용도의 컨테이너 가설건축물 축조신고서를 제출하였고, 이에 따라 쟁점토지에 컨테이너를 반입, 배치한 위성사진을 제출하였다.
  • 다) 청구법인은 쟁점토지를 사업에 사용하지 않은 정당한 사유가 있다는 주 장과 관련하여 2018.11.1. 쟁점토지 건축물 설계계약을 체결한 ㈜I건축사 사무소의 2020.3.17.자 및 2020.5.11.자 구조변경 설계자료를 제출하였고,

2020. 3.31., 2020.6.10., 2020.7.28.자 구조변경 수지분석자료를 제출하였다.

4. 처분청의 법인세 경정내역 처분청은 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구법인의 쟁점토지 양도차익 13,117,314,480원을 법인의 토지 등 양도소득 과세표준으로 하여 2021 사업연도 법인세 1,733,505,576원을 과세처분하였다. <표6> 법인세(토지 등 양도소득) 경정내역 (단위: 원) 양도가액 양도차익 (과세표준) 산출세액(10%) 가산세액 결정세액 56,905,000,000 13,117,314,480 1,311,731,448 421,774,128 1,733,505,576 56,905,000,000원-41,811,564,550원(면적 변경으로 낙찰가액에서 일부 감액) -1,976,120,970원(취득세, 등기비용)

판단

1) 쟁점① 관련 가) 관련 법리 (1) 「법인세법」 제55조의2제1항제3호 는 내국법인의 비사업용 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 추가 법인세를 납부하도록 규정하고 있고 제2항제4호는 비사업용 토지를 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지’로 분명하게 규정하고 있으며, 「법인세법」은 비사업용 토지에 해당하는 토지를 구체적으로 열거하고 있을 뿐 그와 반대되는 개념으로 사업용 토지라는 표현을 사용하거나, 그에 관한 별도의 정의규정을 두고 있지 않고 오히려 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 비사업용 토지에서 제외되는 토지는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있을 뿐이다. (2) 「법인세법」 제55조의2제1항제3호 가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식 수단으로 이용하는 법인을 규제함으로써 부동산 투기수요 억제하여 부동산 시장을 안정화하는 투기이익을 환수하려는 데 있다. 또한 「법인세법」 제55조의2제2항제4호 가 대지 등의 토지를 비사업용 토지에 포함하고, 특별히 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지만을 비사업용 토지에서 제외하는 형식을 취한 것은, 대지의 경우 부동산 투기에 이용될 우려가 크고 비사업용 토지 여부의 판정기준을 강화 하여 법인이 과다한 대지를 취득하는 것을 방지하려는 데 그 목적이 있다고 할 수 있다(서울행정법원 2023.5.18. 선고 2022구합58865 판결).

(3) 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 (대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등). 나) 쟁점토지가 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지에 해당하여 비사업용 토지에서 제외되는지에 대한 판단. (1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점토지는 비사업용 토지에서 제외되는 토지로 보기는 어렵다. (가) 쟁점토지는 등기 목적상 건축공사업, 부동산 매매 및 임대업 등을 영위하는 자가 한국토지주택공사로부터 취득한 매매용부동산이라는 점을 인정 할 수 있을지라도, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항 단서는 부동산매매업을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산이 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당하는지에 관한 판정기준을 규정하고 있는바, 부동산 매매업자가 취득한 매매용부동산이라 하여 당연히 비사업용 토지에서 제외된 다면 시행규칙에서 위와 같은 판정기준을 따로 규정하고 있을 이유가 없으므로 쟁점토지가 「법인세법」에서 규정하고 있는 ‘법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지’로서 비사업용 토지에서 제외되는지는 법 규정에 따라 판단하는 것이 타당하다. (나) 쟁점토지는 그 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 「법인세법 시행령」 제92조의8제1항 각 호에서 정한 토지에 해당 하지 않고, 위 각 호에 열거된 토지, 예를 들면 제2호 다목의 주차장운영업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 주차장운영업용 토지, 제4호의 청소년수련시설용 토지 등에 비추어 볼 때 제13호의 ‘그 밖에 제1호부터 제12호까지에서 규정한 토지와 유사한 토지’에 해당하는 것으로도 보이지 않는다. (다) 쟁점토지가 「법인세법」에서 규정하는 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있는 토지로서 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당하지 않고, 청구법인이 쟁점토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 거래의 객체로 이용하여 소득을 얻은 것은 분명하며, 이러한 사실 자체는 청구법인이 부동산매매업을 영위하고 있다고 하여 달라지지 않는다 할 것이다. (2) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지에서 제외되는 토지로 보지 않고 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2) 쟁점② 관련 가) 관련 법리 (1) 「법인세법」 제55조의2제3항 은 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비 사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의 11제1항제3호 및 그 위임에 따른 같은 법 시행규칙 제46조의2제1항제5호는 ‘ 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고 있고, 제13호는 ‘당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시 계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지의 경우 당해 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고 있다.

(2) 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였 다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축공급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고 서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로서 공사에 ‘착공’하였다고 볼 수 있다 할 것이다(대법원 2013.5.23. 선고 2013두2723 판결 등).

(3) 또한 「법인세법 시행령」 제92조의11제1항제3호 에서 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득 사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지의 경우 기획재정부령으로 정하는 기간동안 비사업용 토지에 해당하지 않은 토지로 본다고 규정하여 토지를 취득한 후 법령에 따라 그 사용이 금지 또는 제한됨으로 인하여 또는 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 토지를 사업에 사용하지 않는 경우에는 일정한 기간동안 비사업용 토지에 해당하지 않는 기간으로 보도록 정하고 있는바, 토지의 취득 당시에는 토지의 사용상 아무런 제한이 없어 이를 사업에 사용하고자 하였으나 토지 취득 후 소유자의 책임질 수 없는 사유로 인한 사정변경으로 그 토지를 사용할 수 없었던 경우에는 해당 기간동안 비사업용 토지로 취급하지 않겠다는 것이 위 규정의 취지라고 봄이 상당하다(서울고등법원 2011.10.27. 선고 2011누20002 판결 등 참조). 나) 쟁점토지가 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지에 해당하는지에 대한 판단 (1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점토지를 비사업용 토지로 보지 않는 토지로 인정하기 어렵다. (가) 청구법인이 착공신고한 사실은 확인되지 않으며 쟁점토지상 건축허가를 득하고 컨테이너 가설건축물 축조신고, 가설 휀스 설치 등을 하였다 할지라도 이러한 작업은 착공을 위한 준비 작업에 그치는 것으로 보일 뿐 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위에 착수한 것으로 보이지 않는다. (나) 또한 청구법인이 건설경기 악화 등으로 인하여 쟁점토지를 양도한 것은 더 나은 경제적 이익을 위한 개별 법인의 선택일 뿐 공익, 법령 등 청구법인이 책임질 수 없는 사유로 인하여 통상의 범위를 넘어 토지의 사용이 특별히 제한됨에 따른 부득이한 사유가 있다고 볼 수 없다. (2) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)