조세심판원 심사청구 법인세

사실과 다른 세금계산서의 매입액을 손금인정할 수 있는지

사건번호 심사-법인-2024-0029 선고일 2025.03.26

실제 매입이 있었다고 단언할 수 없으므로 손금 불산입이 타당함

주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2003.3.26. 개업하여 전기공사업을 영위하는 법인으로 2016.7.20. A ㈜(이하 “당초시공사” 라 한다)로부터 B㈜ 화성공장 신축공사 중 전기공사(이하 “쟁점전기공사” 라 한다)를 하도급받는 계약을 체결하고 2016. 7.25.부터 2017.6.30.까지 쟁점전기공사를 시행하였다.
  • 나. 청구법인은 쟁점전기공사와 관련하여 2017.4.10. ㈜C로부터 공급가액 2억원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)를 수취하였다.
  • 다. D세무서장은 2017.8.23.부터 2017.10.15.까지 ㈜C에 대한 조세 범칙조사를 실시하고 2016.1기부터 2017.1기까지 공급가액 86억원의 세금계산 서를 가공세금계산서(쟁점세금계산서 포함)로 확정하고 처분청에게 청구법인에 대한 과세자료를 통보하였다.
  • 라. 처분청은 2024.11.1. 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2017.1기 부가가치세 45,251,400를 고지하고, 쟁점세금계산서 공급가액 2억원을 손금불산입하여 법인세 78,228,050원을 고지하면서 청구법인 대표 E에게 220,000,000원을 상여소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.
  • 마. 청구법인은 2024.12.26. 법인세 과세처분 및 소득금액변동통지에 불복하여 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
사실관계

1. 청구법인은 2017년 당초시공사가 B㈜로부터 건설공사를 원청받아 진행하는 과정에서 당초시공사로부터 쟁점전기공사 부문만을 도급금액 1,700백만원으로 재하도급 받았다.

2. 청구법인은 쟁점전기공사 관련하여 전력간선설비공사, 전등설비공사 등 총 6가지 공사를 진행하였으며, 공사진행을 위해 경북 김천시에 소재한 F 로부터 투광기 등을 매입하고 2017.4.7. 공급가액 2억원의 매입세금계산서 (이하 “당초세금계산서” 라 한다)를 수취 1) 하였다.

3. F는 대금 결제시점에 갑자기 납품실적에 문제가 있다하면서 ㈜C를 소개시켜주며 ㈜C 명의의 세금계산서를 수취하기를 부탁하였으며 매입대금도 ㈜C 명의 계좌로 입금을 부탁하여 청구법인은 부탁받은 계좌로 매입대금(이하 “쟁점매입대금” 이라 한다)을 입금하였다.

  • 나. 청구법인은 선의의 피해자로서 쟁점매입대금은 실제 매입거래에 대한 비용이다.

1. 청구법인이 쟁점매입대금을 ㈜C 계좌로 송금하였으나 실제 F 로부터 물품을 매입하였으므로 처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것에 대하여는 다툼이 없다.

2. 그러나 쟁점매입대금 자체를 가공으로보아 손금불산입하고 청구법인 대표 자에게 상여소득처분한 것은 매우 부당하다.

  • 가) 청구법인이 ㈜C로 입금한 쟁점매입대금이 F로 이체되었다가 다시 ㈜C로 반환되어 대금지출이 불분명하다는 것은 청구법인과는 상관없는 내용으로서, 오히려 청구법인이 쟁점매입대금을 ㈜C에 입금한 사실이 입증된 것으로 볼 수 있다.
  • 나) 청구법인이 F로부터 구입한 품목은 공장용 후광등 즉 산업 시설용 등기구로서 실제 매입된 것이고, 그 외 다른 법인으로부터 매입한 LED 조명 등은 실내용 즉 사무실용 갓등으로서 다른 품목이므로 쟁점매입대금의 인정 여부와는 무관하다.
  • 다) 쟁점전기공사 현장은 경기도 화성시이고 F 사업장은 경북 김천시인 반면 실내용 품목을 구입한 매입처는 경기 부천시에 소재하고 있는 점은 청구법인이 쟁점전기공사에 필요한 품목을 구입하면서 공사에 맞는 자재와 원가를 고려했기 때문이지, 단지 거리가 멀다고 청구법인과 F의 거래를 인정하지 아니하는 것은 부당하다.
  • 라) ㈜C의 가공세금계산서 관련 소송에서 법원은 쟁점세금계산 서의 실물거래가 없었다고 결정하였으나 이는 청구법인도 인정하는 것이고, 다만 F가 자료상으로 고발되었다는 이유로 쟁점매입대금을 인정하지 않는다면 청구법인 입장에서 매출은 발생되고 이에 상응하는 매입이 없다는 개념 이므로 이를 타당하다 볼 수 없다.

3. 청구법인은 당초시공사와의 계약을 체결하고 쟁점전기공사에 투입되어 실제 공사를 시공하였고 그 당시 B㈜ 화성공장 신축공사 발주처인 B㈜가 삼성의 제1차 하청업자인 관계로 청구법인이 더욱 신경쓰면서 정밀하게 공사하였던 것으로 쟁점매입대금은 가공이 아닌 실제 매입대금이다.

4. 청구법인은 선의의 피해자로서, 실제 대금을 지불하고 물품을 구입하여 공사에 투입하였음에도 쟁점매입대금을 손금불산입하고 대표자 상여처분하는 것은 「국세기본법」 제14조제2항 의 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다’는 규정에 부합하지 않는 처분이다.

3. 처분청 의견
  • 가. 쟁점매입대금은 지출내역이 불분명하다.

1. F의 조사종결보고서에 첨부된 금융거래내역을 종합하면 청구법인이 ㈜C에 지급한 쟁점매입대금 220백만원(부가가치세 포함) ㈜C에서 F에 이체된 후 다시 F에서 ㈜C 로 이체되어 실물거래에 관한 대금지출내역이 불분명하다. <표1> 청구법인 금융거래내역 (단위: 원) 거래일자 계좌주 입금 지급 거래기록 2017.4.12. 청구법인 20,000,500 주식회사 2017.5.31. 100,000,500 C 주 2017.5.31. 100,000,500 주식회사 합계 220,001,500 <표2> F 금융거래내역 (단위: 원) 거래일자 계좌주 입금 지급 거래기록 2017.5.31. 김혜진 (F 대표) 140,000,000 I 2017.5.31. 100,000,000 주식회사 C 2017.5.31. 50,000,000 주식회사 C 2017.5.31. 42,100,000 I 2017.5.31. 40,000,000 주식회사 C 2017.5.31. 4,000,000 I 2017.5.31. 10,000,000 주식회사 C 2017.6.1. 20,000,000 주식회사 C 2017.6.1. 20,000,000 주식회사 C 2017.6.2. 15,000,000 I 합계 221,100,000 220,000,000 ㈜C 대표자

2. 대금거래흐름을 살펴보면 청구법인이 대금을 ㈜C에 송금한 후 F로 재송금되고 이 대금이 다시 ㈜C로 반환되는 흐름이 나타나고 있으며 F도 가공거래 등으로 범칙조사를 받아 고발된 사업자인 등 실제 거래가 있었다고 보기 어려운 점이 있다.

  • 나. ㈜C에 대한 법원 판결문에서 쟁점세금계산서 관련하여 실물 거래가 없었음이 확인된다.

1. 쟁점세금계산서 발급처인 ㈜C에 대해 D세무서장이 고발한 사건에 관하여 수사를 거쳐 법원에서 형사처벌 판결을 선고하였으며 이후 피고인이 항소하였으나 2심에서 유죄로 판결확정되었고, G지방법원은 쟁점 세금계산서에 대하여 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하였음에도 마치 전기 기자재 등의 재화를 공급한 것처럼 범죄일람표(2) 기재와 같이 전자세금계산서를 발급하였다’고 판결한 내용이 확인된다.

2. 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점매입대금이 지급된 ㈜C는 자료 상으로 형사처벌 받았으며 쟁점세금계산서도 가공으로 확정된 점, 청구법인이 실거래처라고 주장하는 F도 자료상으로 고발되었으며 F가 청구법인에 발급한 당초세금계산서는 취소된 점 등을 고려하면 청구주장을 받아들이기 어렵다.

4. 심리 및 판단
쟁점

쟁점매입대금은 실제 매입이 존재하므로 손금불산입하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

관련법령

1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】(2017.1.1. 법률 제14386호로 개정된 것)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외 하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】(2017.7.26. 대통령령 제28211 호로 개정된 것) 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

사실관계

1. 청구법인 및 쟁점세금계산서 관련사항

  • 가) 쟁점세금계산서를 수취한 청구법인은 2003.3.26. 개업하여 인천 중구 백 운로 262-31 사업장에서 전기공사업을 영위하는 법인으로, 2016.7.20. 당초시공사로 부터 쟁점전기공사 하도급계약을 체결하고 2016.7.25.부터 2017.6.30.까지 쟁점전기공사 용역을 공급하였다. <표3> 청구법인 매출액 및 과세표준 (단위: 원) 2015 2016 2017 2018 2019 매출액 2,973,885,959 1,919,293,546 3,480,574,116 1,607,957,834 1,764,872,268 과세표준 154,338,768 111,087,985 193,645,870 100,127,577 91,091,440
  • 나) 청구법인은 쟁점전기공사와 관련하여 2017.4.7. F로부터 공급 가액 200백만원의 당초세금계산서를 수취하였고 F는 2017.4.10. 당초세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 발급하였다. <표4> 당초세금계산서 및 수정세금계산서 발급내역 (단위: 원) 작성일자 발급일자 공급가액 품목 수정사유 2017.3.14. 2017.4.7. 120,000,000 엘이디등기구일체외전선 2017.3.17. 2017.4.7. 80,000,000 엘이디등기구일체및전선 2017.4.10. 2017.4.10. (120,000,000) 계약의 해제 2017.4.10. 2017.4.10. (80,000,000) 계약의 해제

(1) F는 2016.1.27. 개업하여 경북 김천시에서 조명기구·전기 자재 도·소매업을 영위하다가 2018.8.5. 사업부진으로 폐업한 개인사업자이다.

(2) F의 누계체납액은 2016년 제1기부터 2018년 제2기까지의 부가가치세 510,891,880원으로 확인된다.

  • 다) 청구법인은 쟁점전기공사와 관련하여 2017.4.10. ㈜C로부터 공급가액 200백만원의 쟁점세금계산서를 수취하고 2017.4.12. 및 2017.5.31. ㈜C에 쟁점매입대금을 입금하였다. <표5> 쟁점세금계산서 발급내역 (단위: 원) 작성일자 발급일자 공급가액 품목 2017.4.10. 2017.4.10. 90,000,000 전기기자재외 2017.4.10. 2017.4.10. 110,000,000 전기조명외

(1) ㈜C는 2016.3.1. 개업하여 경기 오산시에서 전기기자재 도·소매 업을 영위하다가 2017.6.30. 사업부진으로 폐업한 법인사업자이다.

(2) ㈜C의 누계체납액은 2016년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 및 2017 사업연도 법인세 총 513,605,730원으로 확인된다.

2. 관련 세무조사 내용

  • 가) D세무서장은 2017.8월 ㈜C의 2016년 제1기부터 2017년 제 1기까지의 부가가치세 관련하여 조세범칙조사를 실시하고 ㈜C가 신고한 매출액 5,792백만원과 매입액 2,915백만원 중 쟁점매입대금을 포함한 8,678백만원(신고금액의 99.66%)을 가공거래로 확정하고 「조세범처벌법」에 따라 2017.11.28. ㈜C의 실 대표자를 고발하였다.
  • 나) G지방검찰청의 공소제기에 따라 G지방법원은 2019.7.25. ㈜C 가 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 아니하였음에도 마치 전기 기자재 등의 재화를 공급하거나 공급받은 것처럼 쟁점세금계산서를 포함한 거짓세금계산서 발급·수취하였다고 판시하였고, G고등법원에서 확정되었다.
  • 다) 위 G고등법원 판결에서 확정된 범죄일람표에 따르면 ㈜C가 F에 발급한 2017년 제1기 및 제2기 공급가액 780백만원의 매출세금계산서와 청구법인에 발급한 2017년 제1기 200백만원의 매출세금계산서(쟁점세금 계산서)는 허위 세금계산서로 확인된다.
  • 라) H세무서장은 2021.3월 F에 대하여 2016년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 세목별조사를 실시하고, 신고 매출액 2,662백만원과 매입액 2,631백만원 중 1,748백만원 (신고금액의 33.02%) 을 실물거래가 있으나 공급가액 과다기재 등 거짓기재하거나 실물거래 없이 세금계산서를 발급·수취한 거래로 보고 「조세범처벌법」에 따라 F의 실 대표자를 고발 하였다.

3. 제출 증빙 관련사항

  • 가) 금융거래내역 청구법인의 제출한 증빙에 따르면 청구법인 계좌에서 2017.4.12. 및 2017.5.31. 총 220백만원이 출금되었고 거래기록란은 ‘주식회사’ 또는 ‘C 주’로 기재되어 있다.
  • 나) 공사완료확인서 청구법인은 당초시공사로부터 2024.6.10. 작성된 쟁점전기공사 관련 공사완료 확인서를 제출하였고, 이에 따르면 쟁점전기공사 내역은 ① 전력간선공사 ②전등 설비공사 ③ 전열설비공사 ④ 통신/NETWORK/TV설비공사 ⑤ 자동화재탐지설비/비상방송설비공사 ⑥ 옥탑피뢰설비공사로 확인된다.
  • 다) 거래명세서 및 공사원가계산서 청구법인은 F로부터 수취한 거래명세서를 제출한바, 2017.3.14. 공급가액 120백만원의 투광기(LED 60W)와 F-CV 70mm 2 1C, 2017.3.17. 공급가액 80백만원의 투광기(LED 60W)와 F-CV 95mm 2 1C 및 F-GV 50mm 2 를 ‘화성 B 신축현장 지정하차도’로 납품받은 것으로 기재되어 있고 공사원가 계산서와 비교하면 아래와 같다. <표6> 거래명세서와 공사원가명세서 비교내역 (단위: 천원) 품목 거래명세서 공사원가명세서 수량 단가 공급가액 수량 단가 금액 공사개요 투광기 (LED 60W) 650SET 240 156,000 1,012SET 320 323,840 전력간선 F-CV 70mm 2 1C 2,000M 5 12,000 3,555M 7 25,692 전력간선 F-CV 95mm 2 1C 4,350M 7 29,580 7,198M 9 67,265 전력간선·옥탑피뢰 F-GV 50mm 2 440M 6 2,420 493M 6 2,739 전등설비
  • 라) 층별 조명기구 상세도 청구법인은 F로부터 매입한 전기자재는 2 ~ 4층 제조시설에 설치 한 조명 등 자재이고 층별 조명기구 상세도를 제출하면서 청구법인이 전등설비한 내용을 확인할 수 있다고 주장한바, 층별 조명기구 상세도에 따르면 B㈜ 화성 신축공장 2층부터 4층까지 투광기(LED 60W)가 설치된 평면도가 확인된다.

4. 쟁점세금계산서 관련 과세내용 처분청은 청구법인이 ㈜C로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취한 것에 대하여 쟁점세금계산서 공급가액 200백만원을 2017 사업연도 익금 산입하고 청구법인 대표자에게 쟁점세금계산서 공급대가 220백만원을 상여소득 처분하였다.

판단

1) 관련 법리

  • 가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법 성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란 이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리 적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다.
  • 나) 따라서 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지 비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지 급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출 되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세 의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결). 2) 쟁점매입대금이 청구법인의 손금에 포함할 대상인지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점매입대금은 손금 산입금액에서 제외할 대상으로 보인다.

(1) 쟁점매입대금과 관련하여 쟁점세금계산서는 법원 판결에 따라 거짓 세금계산서로 확정되었으므로 이러한 사실에도 불구하고 쟁점매입대금이 실제 전기자재를 매입하고 지급한 비용이라는 점은 이에 관한 일체의 자료를 제시하기 용이한 청구법인 측에서 입증할 필요가 있다고 할 것이다.

(2) 청구법인은 공사완료확인서와 전등설비 평면도를 제출하였으나, 쟁점전기공사가 정상적으로 완료되었더라도 청구법인이 F로부터 실제 전기기자재를 매입하여 쟁점전기공사에 투입하였는지는 별개의 사안으로서 제출 된 증빙만으로 쟁점매입대금이 실제 거래대금이라고 단언할 수 없고, 특히 거짓세금 계산서 발급에 관여한 F로부터 수취한 거래명세서만으로 F가 청구법인에 실제 전기기자재를 공급하였는지 여부를 객관적이고 명백하게 확인 하기 어려우며, 일부라도 실제 매입이 있었다고 하더라도 쟁점매입대금 전체가 그 정확한 매입대금에 해당하는지 또한 불분명해 보인다. 나) 따라서, 처분청의 이 건 법인세 과세처분 및 소득금액변동통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 2017.4.10. 쟁점세금계산서가 발급되면서 당초세금계산서를 취소하는 수정세금계산서 발급

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)