전세로 임대하여 임대수익이 없었다고 하더라도 임대사업에 사용하고 매매차익이 있었다는 점 등에 비추어 볼 때 무수익자산으로 단정할 수 없음
전세로 임대하여 임대수익이 없었다고 하더라도 임대사업에 사용하고 매매차익이 있었다는 점 등에 비추어 볼 때 무수익자산으로 단정할 수 없음
이 건 심사청구는 일부인용결정합니다.
□□ 소재 연구소에서 연구 활동을 지속하다가 협소하여 2019년 본사로 이전하여 에너지사업팀과 합류하게 되었다. 3) 물론 에너지사업팀과 신사업팀의 주소지 변경은 기초연구진흥법에 따라 변경신고를 해야하나 이를 실기하였고 다만 당해 규정은 훈시규정으로서 2개 팀은 실질적으로 연구전담부서에서 최초인정일 1999.2.25. 이후 수년간 지속적으로 연구개발활동을 하였기 때문에 ○○ 기술개발연구소는 당초부터 미등록사무소가 아니며 더구나 물적요건인 연구공간이 완벽하지 않다는 사실을 들어 실제로 연구개발 활동 실적 자체를 부인하는 것은 타당하지 않다. 4) 청구법인이 제출한 기업부설연구소 연구개발 인력현황을 살펴보면 신사업 추진팀 및 에너지사업팀의 연구원들은 ○○ 및 □□ 기술연구소에서 연구개발활동을 계속한 사실을 파악할 수 있다. 5) 본사 소재 연구소 부소재지는 비록 간판과 칸막이를 설치하지 못하였더 라도 독립된 공간은 KOITA로부터 추가로 인정될 당시 230평의 공간으로 실질적·지속적으로 연구개발활동을 수행한 사실이 서류에 의하여 전부 확인되므로 미독립된 공간으로 판단하여 관련 세액공제를 배제하는 것은 타당하지 않다. 6) 청구법인은 1999년 연구소 인정요건을 충족하여 설립된 이후 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 인정기업 의무사항 즉 변경신고의무, 연구개발활동 의무, 협회장이 확인 요청시 제출할 서류 등에 대하여 KOITA의 인적·물적요건 등 인정기준 및 연구개발활동 수행여부를 점검한 결과 한번도 임의규정을 위반하여 인정취소되지 아니하였다. 가) 기초연구진흥법 시행령 제17조제1항에 규정된 연구활동 외 생산·판매·영업 등의 업무에 종사한 직원이 없었고, 본사 소재 에너지팀과 신사업팀은 세무 조사 종결 후 KOITA로부터 기술연구소 주소재지인
□□ 연구소 면적(415평)의 1/2이 넘는 독립된 연구시설로서(230평)의 면적을 보유한 상태에서 연구개발활동을 지속적으로 시행하였음을 첨부된 기업부설연구소 변경신고서에 의하여 바로 알 수 있고, 2024년 아무런 제재 없이 본사 소재지를 연구소 부소재지로 즉시 인증받았다. 나) 실질현황에 의하면 에너지사업팀·신사업추진팀의 연구개발전담부서의 경우 본사에서 KOITA로부터 1999.2.5.자로 최초 인정, 2013.4.16.자로
□□ 소재 기업부설연구소로 변경신고 인정받은 것이 사실임이 확인된다. 7) 청구법인은 인정 당시부터 중견기업이었으며, 중견기업의 유예기간이 2025.3.31. 종료됨이 기술개발연구소 인정서에 의하여 확인되는바, 연구공간에 대하여 관련 법률과 연구공간 도면 등으로 확인하면 공간이 부족하거나 면적이 협소하여 연구를 할 수 없는 면적이 아님을 알 수 있다. 가) KOITA로부터 2024년 기업부설연구소 부소재지를 인정받을 당시 면적은 760.8m 2 으로 실제 연구공간면적을 에너지사업팀, 신사업추진팀의 상시근무 연구 요원 24명을 기준으로 산출하면 1인당 약 10평의 면적이 산출된다. 나) 24명의 연구전담요원이 오로지 연구활동에만 전념하였음이 청구법인 조직도상으로 확인되고, 연구개발활동을 지속적으로 시행하여 수익창출에 기여하고 있음에도 단순하게 독립된 연구공간 미비를 이유로 투입된 인건비와 재료 비를 부인하는 것은 아무리 기초연구진흥법의 물적요건 규정을 위반하였더라도 부당한 것이다. 8) 조사청이 제시한 판결을 살펴보면, 해당 연구소는 수차례 걸쳐 연구소 소재 지를 변경한바, 물적·인적요건 모두 부합하지 아니하여 세액공제를 배제한 판례 로서(서울고등법원 2011.2.10., 2010누256365 판결), 청구법인은 1999년 최초 인정 받고 2013년 변경신고 인정받은 것이 사실이고 다만 연구소 부소재지 및 연구 공간 등 변경신고를 지연한 것으로 조사청 의견대로 미등록연구소가 결코 아니다.
○○ 1/2, 배우자 1/4, 딸 1/4)한 이후 현재까지 쟁점주택에 계속 거주 중에 있다. 2) 김○○는 청구법인에 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 외 1985.2월 취득 한 □□아파트 를 보유하고 있었고, □□아파트에는 대표이사 김○○의 아들인 대표이사 김○○과 그 가족이 거주하고 있었다. 3) 청구법인 대표이사 김○○는 2020.12월 아들 김○○에게 감정평가액을 기준으로 □□아파트의 1/2 지분을 증여하고 나머지 1/2 지분은 2021.1월 20.2억원에 양도하였고, 김○○는 이와 관련한 양도소득세를 신고하면서 1세대 1주택 고가주택으로 신고하여 비과세 양도차익 및 장기보유특별공제 80%를 적용 하여 양도소득세 0.9억원을 납부하였다.
- 나. 쟁점주택은 부동산임대를 목적으로 취득한 것이 아니다. 1) 조사청은 쟁점주택을 ｢법인세법｣ 제27조제1호 및 같은 법 시행령 제49조제1항제1호가목에 따른 업무무관자산으로 보아 해당자산을 취득·관리함으로써 발생하는 비용을 손금불산입하고, 그 중 직접비용인 재산세 등을 실지 귀속자인 사주 김○○에게 상여처분한 것이다. 2) 청구법인 주장대로 주택임대를 목적으로 쟁점주택을 취득했다면 쟁점주택 외 다른 주택을 취득한 정황이 확인되어야 하지만, 청구법인의 정관에 부동산 임대 목적사업이 추가된 2012.7월 이후 현재까지 쟁점주택을 제외한 다른 주택을 취득한 바 없고 상가 임대를 위한 상가취득 사실만 확인된다. 3) 또한 주택임대 목적으로 취득했다고 한다면 쟁점주택을 취득함에 따라 사업적 목적에 맞게 어떠한 이익이 있어야 하나, 전세의 경우 ｢부가가치세법｣ 및 ｢법인세법｣상 간주임대료 수익에 해당하지 않는다. 가) ｢법인세법 시행령｣에서는 추계결정의 경우 간주임대료를 제한적으로 익금산입하도록 하는 등, 법인의 보증금 간주임대료는 제한적으로만 익금산입되는 것으로, 쟁점주택 전세임대는 청구법인의 직접적인 수익사업으로 볼 수 없다. 4) 쟁점주택 취득 당시 청구법인은 792억원의 잉여 현금을 보유하고 있어 쟁점주택을 취득한 후 다시 사주에게 전세를 주어 현금을 확보할 유인이 없었으며, 사주의 전세기간 동안 청구법인의 입장에서 금전적인 이득을 취한 바도 없이 오롯이 제세공과금 등 비용만 발생한 무수익자산에 해당한다. ｢법인세법 시행령｣ 제88조제1항제2호 에 해당하는 무수익자산은 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말하는바(대법원 2023.4.27. 선고 2023두31263), 법원에서 판시한 것과 같이 무수익자산인 쟁점주택은 ｢법인세법｣에 따른 업무무관자산에 해당한다. 5) 법인등기부상 목적사업에 부동산임대가 있다 하더라도 해당 부동산이 그 목적사업으로 사용되는지는 실질적으로 업무에 활용하는 경우에 해당하는지에 따라 판단하여야 하며, 법인의 업무란 영리법인의 경우 정관상의 사업목적에 따라 영리를 추구하는 일체의 행동을 말하는 것으로서 법규에 반하지 아니하고 선량한 풍속을 해치지 않는 이상 그 종류와 양태에 어떤 제한이 있는 것은 아 니며 업무와의 관련 정도도 구체적 자산에 따라 개별적으로 판단해야 한다(국심 -1993부749, 1993.6.22. 결정) 6) 청구법인은 사주의 부동산을 취득함에 따라 청구법인이 취할 이득이 전혀 없는 상황에서 청구법인의 잉여현금을 통해 고가의 쟁점주택을 매입하여 다시 사주에게 전세를 주는 법인의 업무와 전혀 관련 없는 행위를 한 것이고, 사주에게 쟁점주택을 재차 양도할 당시 상당한 차익이 발생했다고 주장하나, 서울 강남 지역 소재 아파트의 경우 시세가 증가하여 발생한 결과일 뿐 주택임대 사업목적에는 부합하지 않으며, 그 시세차익이 쟁점주택의 취득목적이었다고 하면 법인 등기상 목적사업인 부동산임대에 따라 취득한 자산이 아니므로 당연히 ｢법인세법｣상 업무무관자산에 해당한다.
- 다. 쟁점주택은 대표이사 김○○의 고액 양도소득세 회피 목적으로 매입된 것이다. 1) 대표이사 김○○는 청구법인에 쟁점주택을 양도할 당시 □□아파트를 보유하고 있었고 이를 아들 김○○에게 전세로 주어 그 가족이 거주하고 있었 으며, 2013년에 취득하여 취득가액이 상당한 쟁점주택에 비하여 1985년 취득하여 취득가액을 확인할 수 없는 □□아파트를, 쟁점주택을 보유한 상태로 바로 양도 하였다면 조정지역에 해당하여 2주택으로 1세대 1주택 비과세 혜택 및 장기보유 특별공제 혜택을 받지 못해 당초 신고양도소득 금액보다 소득금액이 16억원 증가 하였을 것으로, 쟁점주택을 청구법인에 양도하면서 가산세를 제외한 약 9억원의 양도소득세를 회피하였다. 2)
□□아파트 양도 당시 양도소득세뿐만 아니라 종합부동산세도 중과되는 시기로서 대표이사 김○○가 쟁점주택을 청구법인에 양도하지 않았다면 종합 부동산세 과세대상 기간인 2018년부터 2020년까지 약 1억원 이상의 종합부동산세 납부 대상이었을 것으로 이 또한 회피하였다. 3) 이렇게 쟁점주택은 대표이사 김○○가 청구법인에 사실상 명의신탁한 자산 으로서 양도소득세 및 종합부동산세를 회피한 정황이 명확히 확인되므로 명의신탁한 것에 대해 조세회피목적이 있었는지 여부는 조세회피 개연성만 있으면 성립되는 것이다. 4) 대표이사 김○○와 그 배우자 노○○이 쟁점주택을 공동 취득하여 청구 법인에 양도하고 다시 김○○와 배우자 노○○, 딸 김○□이 재취득할 때까지 전 기간에 걸쳐 김○○는 쟁점주택에 거주하고 있고, 고령의 대표이사 김○○는 청구법인의 초월적 지위를 가진 사주로서 본인이 소유한 부동산을 최소한의 세 금을 부담하고 자식들에게 물려줄 계획에 따라 본인이 거주한 쟁점주택의 1/4를 최종적으로 딸 김○□에게 양도하고 □□아파트를 최소한의 양도소득세 부담을 통해 아들 김○○에게 양도할 수 있도록 청구법인을 부동산 거래과정에 끼우는 방식을 사용하였다. 5) 청구법인의 최종적인 의사결정은 대표이사 김○○에 의해 이루어지는 것이 명확한 사실이며, 이를 통해 수익이 발생할 수 없는 사주의 주택인 쟁점주택을 일시적으로 청구법인이 취득함에 따라 대표이사 김○○는 양도소득세 및 종합부동산세를 회피하여 자식들에게 부동산을 이전하고 청구법인의 잉여현금을 활용하여 대표이사 김○○의 초월적인 지위를 통한 독단적인 의사결정으로 ｢법인 세법｣에 따른 부당행위에 해당하는 무수익자산인 쟁점주택을 매입하여 청구법인에 업무와 관련 없는 비용이 발생하였다. 6) 또한 청구법인이 제시한 ｢법인세법｣ 집행기준 67-106-12에는 업무와 관련 없는 자산을 사용하는 자가 따로 있을 경우 기타사외유출이 아닌 출자자인 임원에 대하여 상여처분 하게 되어 있다. 라. 간주정상이자율로 당좌대출이자율을 적용한 것은 합리적이고 타당하다. 1) 금전대차거래의 정상가격 산출방법은 기본적으로 국조법(2021.1.1. 법률 제17651호) 제8조제1항제1호 내지 제5호에서 규정하는 방법을 우선 적용하여야 하며, 해당 조항의 적용이 불가능한 경우에 한하여 제6호를 적용할 수 있고, 국 조 법 시행령 제11조제1항은 국조법 제8조제1항제1호 내지 제5호를 적용할 경우에 고려해야할 사항을 규정해 놓은 조항이며, 국조법 시행령 제11조제2항은 국조법 제8조제1항제6호를 적용할 경우에 선택할 수 있는 간주정상이자율을 제1호 내지 제3호로 나열한 것이지 그 세 가지 방법 중 하나를 선택하는 데 있어서 우선 순위를 두고 있지 않다. 2) 조사청은 정상이자율을 선택하는 과정에서 우선 적용해야 하는 국조법 제8조제1항제1호 내지 제5호의 방법을 통해서는 비교가능한 이자율을 선정할 수 없었으며 이에 대해서는 청구법인도 동의한 바 있고, 따라서 국조법 제8조제1항제6호에서 규정하는 간주정상이자율 적용을 위해 국조법 시행령 제11조제2항제1호 내지 제3호의 규정을 확인한 결과, 제1호 및 제2호의 방법을 통해서는 합리적이고 타당한 비교대상 이자율을 선정할 수 없었다. 3) 국조법 시행령 제11조제2항제3호에서 규정하는 당좌대출이자율은 청구법인이 법인세 신고 시 국내특수관계자에게 자금을 대여할 경우에 적용한 이자율로 ｢법인세법｣상 시가에 해당하고, 국조법 시행령 제11조제2항에서 규정하는 다른 산출방법을 적용할 수 없었으므로 당좌대출이자율을 간주정상이자율로 적용해야 할 것으로 판단하여 이를 청구법인에 통보하였으며, 아울러 당좌대출 이자율에 비해 더 합리적이고 비교가능한 이자율이 있으면 근거자료와 함께 제출 할 것을 통보하였으나 조사기간 종료일까지 근거자료를 제출하지 않아 부득이하게 당좌대출이자율을 적용한 것이다. 4) 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 국외특수관계자와의 이전가격이 차이를 보이는 경우에, 과세관청이 제시한 정상가격과 다르지만 정상가격의 범위를 구성할 수 있는 신뢰할만한 수 치의 거래가격이 있다는 것과 이 사건 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 있어 경제적 합리성이 있다는 점을 입증하여야 할 책임은 납세자가 부담한다는 판례에 따라 증거를 사후에 제출한 납세자가 해당 적정성을 입증하여야 한다(서울고등법원 2015.3.19. 선고 2014누7222 판결). 5) 청구법인이 심사청구 과정에서 제출한 정상이자율은 국조법 제8조제1항제1호 비교가능 제3자 가격방법 또는 국조법 시행령 제11조제2항제2호의 간주 정상이자율(무디스모형에 의해 산출한 이자율)에 해당하는 것으로 추정되며 해당 이자율이 당좌대출이자율에 우선하여 적용되어야 한다고 주장하고 있으나 이는 조사기간 경과 후 불복신청 과정에서 제출한 자료로 조사과정에서 조사중지 및 자료제출기한 연장신청 등의 방법을 조사기간 내에 충분히 제출할 수 있었으나 조사기간에는 비협조로 일관하다가 과세처분 이후에 청구법인의 유불리에 따라 제출한 자료이다. 이러한 행위는 세무조사라는 국세행정의 취지를 심각하게 훼손하는 행위 이며 국조법 제16조 국제거래에 대한 자료제출의무 및 조사사무처리규정 제66조제4항에서도 이러한 행위를 방지하기 위하여 정당 한 사유없이 제출을 요구받은 자료를 조사기간 내에 제출하지 않고 불복신청 시 제출 하는 경우에는 해당 자료를 과세자료로 이용하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다. 6) 청구법인이 제출한 이자율은 USD LIBOR 금리를 기준으로 가산금리 또는 비교대상 제3자간 거래의 이자율을 추출하여 산정한 것으로 추정되나, 이는 실무 적으로도 이자율 산정에 대한 근거자료가 부족하여 정상이자율로 적용할 수 있을 정도의 합리성 및 비교가능성을 충족하지 못한다. 정상이자율 산출의 기본금리로 볼 수 있는 LIBOR 금리와 관련하여, 해외 관계사 간의 대여금 거래에서 정상이자율 산출을 위해 차입시점의 12개월물 LIBOR 금리를 통상적으로 적용하지만, 청구법인은 심사청구서에서 각 사업연도의 1일물 USD LIBOR 금리가 당좌대출이자율에 비해 전반적으로 저율이라는 점만 주장하였으며 청구법인이 산출한 정상이자율 산출과정에서 어떤 기간의 LIBOR 금리가 어떻게 적용되었는지에 대한 설명이 전혀 없다. 7) 청구법인의 경우에는 매출채권 및 미수금이 발생일로부터 90일이 경과한 시점을 대여(차입)시점으로 간주하였기 때문에 각각의 차입시점 및 상환기간에 따라 해당되는 적정한 LIBOR 금리를 적용하여야 하나 청구법인은 이에 대한 근거 자료를 전혀 제출하지 않았다. LIBOR 금리는 은행 간 자금조달 시 사용되는 금리로 통상적인 금전대차거래의 기준금리로 사용되고는 있으나, 해당 금리는 과세목적이 아닌 통계적 목적에 의해 공표되는 금리이고 해당 금리를 정상이자율 산출에 차용하여 비교가능 성을 확보하기 위해서는 높은 수준의 정확성을 요구하며, 따라서 대여시점에 따라 각 대여금에 적용되는 LIBOR 금리를 적용해야 할 것이다. 청구법인은 지연회수 이자 계산 대상 매출채권 및 미수금 502건에 대하여 각각의 대여시점 및 상환기간에 대하여 별개의 LIBOR 금리를 적용하였는지에 대한 근거자료를 제출하지 아니하였으며, 실무상 어려움을 감안하더라도 해당 매출채권들에 대한 LIBOR 금리를 사업연도별로 합리적으로 조정하였는지에 대한 소명이 전혀 없으므로 청구법인이 제출한 이자율은 비교가능성 측면에서 합리성을 갖추었다고 보기 어렵다. 8) 정상이자율 산출과정에서 가산금리 및 부도율 산출을 위해서 조사청은 무디스 Risk Calc 모형을 사용하고 있고, 이 모형은 세계 3대 신용평가기관인 무디스사의 자회사에서 개발한 개별 기업의 신용등급과 예상부도율을 산정하는 모형으로 다른 모형에 비해 신뢰성이 뛰어난 것으로 평가받는 모형이다. 무디스 Risk Calc 모형에 따른 신용등급 및 부도율 산출방법은 차입법인을 기준으로 산출하며, ① 차입법인의 국가별 적용모델 및 산업분류 선택, ② 차입 일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 차입법인의 재무정보 입력, ③ 차입법인의 재무자료를 토대로 신용등급 및 부도율 산출의 과정으로 진행된다. 무디스 Risk Calc 모형은 차입법인의 신용등급 및 부도율 산정을 위해서 전 세계 개별기업의 공시된 재무자료를 이용하는데, 신생기업의 경우에는 외부적으로 나타나는 재무수치라는 한정된 정보만으로 신용등급을 평가하는 것이 부적절하다고 보아 보유 데이터에서 12개월 미만의 재무정보는 제외하고 있고 이에 따라 데이터가 부족한 신생기업의 경우에는 무디스 Risk Clac 모형을 적용 하는 것은 적정하지 못하다고 밝히고 있고(대구지방법원 2017.6.9. 선고 2016구합 21277 판결) 따라서 조사청이 정상이자율 산출을 위해 무디스 Risk Calc 모형을 적용하는 경우에도 설립 2년 미만의 신생기업의 경우에는 해당 모형을 통한 정상 이자율 산정은 그 결과의 타당성 및 비교가능성이 부족한 것으로 판단하여 적용을 제한하고 있다. 9) 지연회수 대상이 된 청구법인 매출채권의 거래상대방인 인도 자회사는 2018.10.4. 설립한 법인으로 2019 ~ 2021 사업연도의 경우 설립한지 2년 미만에 해당 하는 시점이 포함되어 무디스 Risk Calc 모형이 요구하는 신뢰성 있는 재무 자료를 제공할 수 없으므로 그 적용이 불가능하며, 설령 2022 사업연도는 적용이 가능하다 할지라도 정상가격 산출방법의 일관성 및 결과수치의 신뢰성 측면에서 비교가능성이 현저히 떨어지므로 무디스 Risk Calc 모형을 이용한 정상가격 산출 방법은 적용이 불가능하다. 10) 청구법인은 회계법인으로부터 제공받은 정상이자율과는 별개로 USD LIBOR 금리에 1.5%를 가산한 이자율을 적용하여야 한다고 주장하나, 이는 국조법 시행령 제11조제2항제3호를 적용하는 경우 국조법 시행규칙 제3조제2호에서 거주 자가 국외특수관계인에게 자금을 차입하는 경우에 정상이자율로 간주 되는 이자율이고, 청구법인은 자금을 대여하는 경우에 해당하므로 청구법인이 주장하는 이자율을 적용할 수는 없으며, 오히려 해당 규정에 따라 정상이자율을 적용하는 경우라면 국조법 시행규칙 제3조제1호에서 규정하는 당좌대출이자율을 적용하는 것이 타당하다. 마. 기초 사실관계 1) 청구법인은 1999년 경기 에 위치한 연구소(이하 “등록연구소” 라 한다)를 KOITA로부터 인정받아 연구 개발활동을 진행해왔고, 고압 전력이 필요하다는 사유로 에너지사업팀 등 일부 부서가 경기 본사 3층(이하 “본사연구소” 라 한다) 에서 업무를 수행하였음에도 본사연구소에 대한 연구소 등록이나 소재지 변경신고를 하지 않았으며, 청구법인은 2019.1월 연구소에 새로운 사업부를 신설하면서 등록연구소 내 공간부족을 사유로 본사연구소에서 연구개발을 하였다고 하나, 해당 부서 신설 시에도 연구소 등록이나 소재지 변경신고를 한 사실이 없다. 2) 청구법인은 법인세 신고 시 등록연구소와 본사연구소에서 발생한 연구개발 비를 모두 합산하여 세액공제를 신청하여 세액공제를 적용받았으며, 조사청은 본사연구소에서 발생한 인건비 등에 대하여, KOITA에 등록되지 않은 상태에서 수행된 연구개발 활동은 세액공제의 법적요건을 충족하지 못한 점, 관련 법령에 따른 연구소 등록요건을 위반한 점을 근거로 세액공제를 부인하였다. 바. 쟁점연구개발비는 세액공제의 법적요건을 충족하지 못하였다. 1) KOITA는 과학기술부장관으로부터 연구소 등록 관련 권한을 위임받은 기관으로 이에 등록된 연구소는 KOITA의 정기적인 관리·감독을 받으며, 이를 통해 연구소가 실제 연구개발 활동을 수행하고 있는지, 그 활동이 국가적 기준에 부합하는지 현장확인을 받을 수 있으며 이러한 관리체계를 통해 연구개발 활동의 투명성을 보장할 수 있다. KOITA에 등록된 연구소는 세액공제뿐만 아니라 정부 연구개발 지원사업, 보조금, 정책자금 등을 신청할 자격을 얻고, 국가차원에서 연구개발을 적극적으로 지원하기 위한 제도적 기반으로서 KOITA는 연구소가 연구개발 역량을 강화하고 정부의 다양한 지원 프로그램에 접근할 수 있도록 관리한다. 기초연구진흥법 등 관련법률에 따라 연구개발활동에 따른 지원혜 택을 이미 부여받고 있음에도 불구하고 의무이행을 다하지 않은 기업의 연구인력 세액공제 혜택까지 인정하는 것은 납세자에게 과다한 혜택을 부여하는 것으로, 합리적 이유가 있음에도 차별하지 않는 것은 조세평등주의를 형해화하여 성실의무를 다한 납세자에게 상대적 박탈감을 일으키는 것이다. 2) 청구법인은 수차례 인원변경 등의 변경신고 등을 수행하며 연구소가 변경 되거나 이전될 경우 변경신고를 하여야 함을 인지하고 있음이 확인되고, 본사연 구 소의 인건비를 등록연구소에서 발생한 것으로 허위 신고하여왔고, 이를 근 거로 KOITA로부터 적정한 관리를 받아왔기 때문에 적법한 연구활동을 하였다는 청구주장에는 그 이유가 없다. 3) 조사청의 실사 결과 본사 내 본사연구소는 KOITA에 등록되지 않고 다른 사무공간과 혼재되어 분리되지 않은 상태로 연구개발이 이루어진 점이 확인 되었고, 법원은 연구소가 별도의 독립된 연구공간을 갖추지 아니하고 연구원이 연구활동 에만 전념하는 것이 아니라 일반사원과 혼재된 채 일반매출활동에도 참여하고 있는 경우 연구 및 인력개발비 세액공제 적용을 배제함이 타당하다고 판시하였다 (서울고등법원 2011.2.10. 선고 2010누25635 판결). 4) KOITA는 연구소의 설립 물적요건으로 사방이 다른 부서와 구분될 수 있도록 벽면을 고정된 벽체로 구분하고 별도의 출입문을 갖춘 독립공간을 확보해야 하며, 면적은 객관적으로 볼 때 해당 연구소에서 연구기자재를 구비하고 연구원이 관련 분야의 연구개발을 수행하는 데 적절한 크기를 확보할 것을 요하며, 과학기술분야 및 서비스 분야 중·소기업, 연구개발전담부서 등 특정한 경우에 한하여 연구소, 전담부서 현판을 칸막이에 부착하여 연구공간을 별도의 출입문을 갖추지 않고 다른 부서와 칸막이 등으로 구분하여 운영할 수 있다고 공지하고 있으나 청구법인에 해당되는 사항은 아니다. 본사연구소 현장확인 결과 해당 장소는 입구에 연구소를 나타내는 현판 부재 및 일반사원들과 전담연구원, 기타 자재 창고 등이 구분되어 있지 않은 공간 으로, KOITA의 연구소 등록요건인 독립된 연구공간을 준수하지 않은 상태였다. 5) 청구법인의 소명 중 본사연구소 근무자들이 등록연구소에 각자의 자리가 있다는 것과 관련하여 현장을 확인한 결과, 등록연구소 자리는 다음 사진과 같이 협소하여 본사연구소 근무인원이 등록연구소에서 근무할 물리적 공간이 없다는 사실도 확인하였다. 6) 청구법인은 KOITA로부터 연구소 변경신고 불이행에 따른 불이익을 사 전에 수차례 안내받았음에도 이를 이행하지 않고 등록연구소 외 본사연구소 에서 발생한 연구개발비에 대해서도 세액공제를 신청하였으나, 조특법은 법적으로 인정된 연구소에서 이루어진 연구개발 활동에 한해 세액공제를 적용하도록 규정 하고 있고, 본사연구소는 KOITA로부터 정식으로 인정받지 않은 채 관리체계 에서 벗어나 있는 상태였고 조사청은 현장확인을 통해 연구소 등록의 물적요건을 충족하지 못한 사실을 확인한 후 세액공제를 부인한 것이다. 사. 세액공제 소급적용은 불가하고, 청구법인이 연구소 인정취소된 바 없는 것은 무관하다. 1) 청구법인은 2024.7월에 이르러 본사연구소를 연구소로 추가 등록하며 KOITA에 적정하게 등록되었으니 기존 발생비용도 인정해달라는 취지로 청구하였으나, 연구소 변경신고를 이행해야 하는 것은 이미 법적으로 요구된 의무사항이었으며 이를 이행하지 않다가 추후에 등록을 완료하는 것은 기존 의무를 지연이행한 것에 불과하므로 등록 전 발생한 연구개발비에 세액공제를 소급적용 할 수 없다. 2) 기초연구진흥법 제14조의3에 의거 기업부설연구소가 등록 이후 등록요건을 갖추지 못하는 상황 발생 시 해당 연구소에 대해 인정취소 할 수 있으며 조특법 제10조제6항 및 같은 법 시행령 제9조제19항은 연구소 인정이 취소되어 연구개발비에 해당하지 않을 경우 그 이후 발생 비용에 대하여 세액공제를 적용 하지 아니할 것으로 명시하고 있고, 상기 법령은 연구소가 KOITA로부터 연구소로서 인적·물적요건을 인정 받은 이후에 그 요건을 충족하지 못해 취소되는 상황이 발생할 경우, 관련 비용을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외해야 하는 것과 관련된 것이다. 3) 이 건은 조사착수일까지 KOITA에 연구소로 등록하지 않은 본사연구소 에서 발생한 비용과 관련하여 관련 비용을 기등록된 등록연구소에서 발생 한 비용으로 신고한 사항으로, 본사 본사연구소는 별도의 연구소로 인정받은 사실이 없어 당연히 인정취소가 불가능하므로 청구법인의 주장은 법령을 임의로 해석한 것에 불과하다. 4) 청구법인이 제출한 국세청 질의회신 내역의 공통된 요지는 기업부설연구소가 KOITA로부터 인정받은 상태에서 소재지 변경신고가 단순지연된 상황에 대한 것이며, 1999년부터 조사착수일까지 기업부설연구소 추가 등록을 하지 않은 청구법인은 단순지연 신고와는 본질적으로 다르다. 5) 조세심판원은 기 인정된 기업부설연구소 소재지 외에 별도의 기업부설연구 소를 설치하고 변경신고하지 아니한 경우, 별도 설치한 기업부설연구소는 인정 받은 연구소에 해당하지 않는다고 판단하였고(조심 2008중1575, 2009.10.5. 결정), 법원은 연구소로 등록되지 않은 장소의 연구원은 자체 연구개발을 하였다고 볼 수 없어 세액공제를 부인하여야 한다고 판시하였다(수원지방법원 2023.12.21. 선고 2022구합67358 판결). 아. 처분청 추가의견 <쟁점① 관련> 1) 무수익자산 여부 가) 청구법인의 쟁점주택 매입이 법인의 사업목적에 따른 ‘부동산임대’ 목적 이었다고 하면 이에 맞는 법인의 수익창출에 이득이 되는 것이 발생해야 하지만, 잉여자금이 충분한 청구법인의 입장에서는 쟁점주택을 취득함으로써 수익창출을 기대할 수 없고 오히려 청구법인이 소유하면서 부담하지 않아도 될 고액의 재산 세, 종부세 등이 발생하는 등 쟁점주택은 법인의 수익파생에 공헌하지 못하며 수익과 관련없는 ‘무수익자산’에 해당한다. 나) 청구법인 주장대로 시세차익이 목적이었다고 하면, 부동산매매업이 법인 등기 상 사업목적에 포함되어야 하나 그러하지 않고, 매매목적 취득이라면 법 인의 사업목적과 다른 사업을 영위한 것으로 당연히 ‘업무무관자산’에 해당한다. 다) 쟁점주택은 □□의 초호화 고급빌라로서 해당 단지 총 18세대 밖에 없으며 국토부 실거래가를 조회하면 청구법인이 매입한 2017년 12월 이후 매매거래가 5번밖에 없어 거래가 활발하지 않으며 전월세 거래 또한 거의 발생한 바 없어 부동산임대 목적으로 취득했다고 볼 수 없는 고가의 부동산이다. 라) 청구법인은 ｢법인세법｣ 제52조 에 따른 부당행위 개념의 무수익자산에 해당한다면 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입이 있어야 한다고 주장 하나 실제 매매대금에 준하는 전세금을 지급받아 가지급금 인정이자에 대한 과세 실익은 없고 차입금이 없는 청구법인에 지급이자가 발생하지 않는데 지급이자 손금불산입이 발생할 이유가 없다. 2) 조세회피목적 우회거래 검토 가) 청구법인은 청구법인과 사주가 납부할 세금을 동일시하고 이를 기회 비용으로 사실관계를 왜곡하나 조사대상기간 내 정확한 사실관계는 청구법인이 쟁점주택을 취득하면서 받게 되는 사주의 이익이 있고 발생하지 않아도 될 청구 법인의 비용이 있으며, 청구법인은 이익을 취한 바 없어 이를 동일선상에서 비교 할 수 없다. 나) 청구법인 대표이사 김○○가 아들에게 양도한 □□아파트는 양도소득 세 계산 시 조정지역 2주택에 해당하므로 장기보유특별공제에 해당하지 않음에도 이를 포함하고 10억이 넘는 차익에도 38%의 세액을 적용하는 등 고의적으로 세액을 과소하게 보이게 하여 본질을 호도하고 있다. 다) 종합부동산세 또한 청구법인이 쟁점주택을 취득하지 않았다면 부담하지 않을 비용임에도 무수익자산을 취득함에 따라 청구법인이 부담한 것이므로 사주가 청구법인의 쟁점주택 취득에 적극 관여하였다면 청구법인에 대한 사주의 배임행위에 해당한다. <쟁점③ 관련> 1) 정상가격 산출방법의 입증책임 처분청은 조사기간 중 수차례에 걸쳐 국조법 시행령에 따른 당좌대출이자 율을 적용할 수밖에 없는 이유를 충분히 설명하였고 청구법인의 합리적인 의견을 제시할 것을 요구하였으나 청구법인은 조사기간 중에는 비협조로 일관하다가 과세처분 이후 청구법인에 유리한 자료를 제출한 것으로 이는 국세행정의 취지를 심각하게 훼손하는 행위이다. 2) 무디스모형의 신용등급 산출 가) 무디스모형과 관련하여 ‘12개월 미만의 재무정보를 제외한다’는 말은 온전히 1년이 경과하지 않은 재무자료는 사용하지 않는다는 표현으로 2018년 10월에 설립된 청구법인의 인도 자회사의 경우 2019년 재무자료부터 사용이 가능 하므로 설립 후 2년 미만의 법인을 신생법인으로 판단한 것은 실무적으로 광범위 하게 통용되고 있는 방법으로 전혀 임의적인 것이 아니다. 나) 설립한지 2년이 경과한 사업연도라고 하더라도 통상적인 이전 가격 분석 에서 다년도 분석을 적용하는 점을 고려하면 신생법인의 경우 상대적으로 재무자료의 합리성 측면에서 비교가능성이 떨어지는 것은 당연한 분석이다. 다) 위와 같은 이유로 처분청은 무디스모형을 적용한 정상이자율을 채택하지 않았으며 당좌대출이자율을 적용하는 것이 비교가능성 측면에서 합리적이고 타당한 선택이므로 청구법인의 주장은 그 근거가 부족하다. 3) 청구법인이 제시한 이자율의 정상이자율 해당 여부 가) 위에서 기술한 바와 같이 청구법인의 인도 자회사는 신뢰성 있는 재무자료 확보가 불가능하므로 이에 기반한 신용등급 및 부도율을 적용한 비교대상거래 추출은 그 근거부터 비교가능성과 합리성을 확보하지 못한 방법으로 정상이자율로 사용할 수 없는 방법이다. 나) 쟁점매출채권의 연도별 평균 만기는 6개월 이하임에도 불구하고 비교대상거래는 3년 이상의 장기 거래로 비교대상거래로 선정할 수 없는 거래인바, 통상적으로 용인되는 수준을 넘어선 차이조정을 수행하였으므로 적절하지 않다. 다) 비교대상거래 산출과정에서 수행하는 차이조정은 대부분 필수적이고 중요한 조건이 동일하거나 상당한 수준으로 유사한 거래를 대상으로 비교가능성을 증진시킬 수 있는 경우에 한해 제한적으로 행해지는 것이며, OECD 이전가격 가이드라인(OECD TPG)에서도 ‘핵심 비교가능성 요인에 대해 다양하고 실질적인 조정이 필요하다면 이는 제3자가 거래가 사실상 충분히 비교가능하지 않다는 것을 나타내는 것일 수도 있다’라고 설명하고 있다. 라) 채무의 만기는 채무액, 보증여부, 신용정도와 함께 비교대상거래를 산출하는 과정에서 필수적이고 주요한 요소에 해당되며, 이러한 주요한 요소에 대한 과도한 차이조정은 실질적으로 비교대상거래를 선정할 수 없다는 것을 의미하고 실무적으로도 1년 미만의 단기거래를 계약 및 만기가 3년 이상인 장기거래와 비교하는 경우는 없다. <쟁점④ 관련> 1) 본사 등록 지연의 고의성 및 미등록기간의 요건 미충족 가) 청구법인은 연구소를 이전한 후 추가로 본사를 부설연구소로 등록할 충분한 시간이 있었음에도 불구하고 등록을 지연한 것으로 조사기간 중 이 사실을 인지하고 추가 등록하기 이전까지는 KOITA의 관리감독 체계의 사각에 있었던 것이 명백한 사실이다. 나) 연구소 추가등록 전까지의 기간 동안은 본사 인력은 등록된 공간에서 전담연구만을 해야하는 법적 요건을 충족하였다고 볼 수 없으며, 이후 등록이 이루어졌다 하더라도 미등록기간에 대해 세액공제 소급 적용은 불가능하다. 2) 연구전담요원 인정의 부적합성 가) 청구법인은 사내발령을 통해 연구개발 부서로 배치된 인력은 연구전담 요원으로 인정되어야 한다고 주장하고 있으나 단순 발령을 통해 연구개발부서로 이동하였다고 자동으로 연구전담요원으로 인정할 수 없으며 연구개발 활동 참여 및 관련 증빙(연구일지, 구성원별 프로젝트 참여내역 등)이 필수적이다. 나) 처분청이 조사기간동안 연구일지 등 관련 자료 제출을 요구했음에도 해당자료를 미제출하였고 이는 연구개발활동의 실질성에 대한 입증의 책임을 성실히 하지 않은 것으로, 연구전담요원으로 인정받기 위해서는 업무의 전담성과 연구개발 활동에 대한 구체적 기록이 필요한 것이다. 3) 연구공간의 미등록 및 현장 확인 처분청이 조사기간에 현장을 직접 방문하여 확인한 결과 해당 공간은 연구 소로 등록되지 않았으며 실제로 법과 규정에서 정하는 최소한의 연구공간의 기본 적인 요건을 충족하지 못한 것을 확인하였다.
1. 청구법인이 대표이사에게 임대한 주택 관련 비용을 법인의 업무와 직접 관련 없는 자산에 관련된 비용으로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
2. 대표이사에게 임대한 주택 관련 비용은 대표이사 상여가 아닌 기타사외유출로 소득처분하는 것이 타당하다는 청구주장의 당부
3. 인도 자회사에 대한 매출채권 지연회수에 당좌대출이자율을 정상이자율로 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
4. 연구소 등록취소가 없었으므로 연구개발비 세액공제 적용을 배제한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
<쟁점① 관련> 1) 법인세법 제27조 【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】(2019.1.1. 법률 제16008호로 개정된 것) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령 으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 1-1) 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】(2019. 7.1. 대통령령 제29933호로 개정된 것)
① 법 제27조제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되 거나 제한된 부동산, ｢자산유동화에 관한 법률｣에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외 한다.
② 제1항제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요 한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
③ 법 제27조제1호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 제1항 각호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. 1-2) 법인세법 시행규칙 제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위 】(2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 개정된 것)
② 영 제49조제1항제1호가목 및 나목에서 “법인의 업무”란 다음 각 호의 업무를 말한다.
2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다) 으로 정하여진 업무 1-3) 법인세법 집행기준 27-0-1【업무무관 비용의 손금불산입】 법인이 지출한 비용 중 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 다음의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산(업무무관 자산)을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용(취득세 및 등록세 제외)
3. 출자임원(소액주주인 임원 제외) 또는 그 친족이 사용하는 사택의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금 1-4) 법인세법 집행기준 27-49-1【업무무관 자산의 범위】 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없는 자산(업무무관 자산)은 다음과 같다. 부동산: 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(다만, 유예기간이 경과하기 전까지의 기간중에 있는 부동산은 제외) 2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득 금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 2-1) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】
① 법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담 한 경우 3) 법인세법 제15조 【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다. 3-1) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
1. ｢통계법｣ 제22조 에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 따른 각 사업에서 생기는 사업수입금액[기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액은 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조제3항 단서에 따라 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대 보증금에 대한 사업수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율(이하 “정기예금이자율”이라 한다)을 적용하여 계산 한 금액으로 한다.
3-2) 조세특례제한법 제138조 【임대보증금 등의 간주익금】(2019.1.1. 법률 제16009호로 개정된 것)
① 법인의 자기자본에 대한 차입금의 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정 하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 내국법인으로서 부동산임대업을 주업으로 하는 법인(비영리내국법인은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 주택을 제외한 부동산 또는 그 부동산에 관한 권리 등을 대여하고 보증금, 전세금 또는 이에 준하는 것을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 ｢법인세법｣ 제15조제1항 에 따른 익금에 가산한다. 3-3) 법인세법 집행기준 15-0-2【의제익금과 익금불산입】 법인의 익금을 계산함에 있어서 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 보기는 어렵지만 특별히 익금에 산입(의제익금)하는 항목과 순자산을 증가시키는 거래에 해당하지만 조세정책목적 등으로 익금에 산입하지 아니하는(익금불산입) 항목은 다음과 같다. 의제익금: 5. 임대보증금 등에 대한 간주익금 <쟁점② 관련> 1) 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 1-1) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분 한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
1. 출자자(출자임원 제외): 배당
2. 직원(임원포함): 상여
3. 법인 또는 사업을 영위하는 개인: 기타사외유출 <쟁점③ 관련> 1) 국제조세조정에 관한 법률 제5조 【정상가격의 산출방법】(2019.1.1. 법률 제16099호로 개정된 것)
① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되 거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래 조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.
1. 비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
2. 재판매가격방법: 거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법
3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조·판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공 자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법
4. 이익분할방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
5. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주 자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법
② 과세당국은 제1항을 적용할 때 거주자와 국외특수관계인 사이의 상업적 또는 재무적 관계 및 해당 국제거래에서 중요한 거래조건을 고려하여 해당 국제거래의 실질적인 내용을 명확하게 파악하여야 하며, 해당 국제거래가 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 사이의 거래와 비교하여 상업적으로 합리적인 거래인지 여부를 판단하여야 한다.
③ 과세당국은 제2항에 따른 판단 결과 거주자와 국외특수관계인 사이의 국제거래가 상업적으로 합리적인 거래가 아니고, 해당 국제거래에 기초하여 정상 가격을 산출하는 것이 현저히 곤란한 경우 그 경제적 실질에 따라 해당 국제거래를 없는 것으로 보거나 합리적인 방법에 따라 새로운 거래로 재구성하여 제1항을 적용할 수 있다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조 【정상가격의 산출방법의 보완 등】(2019.2.12. 대통령령 제29525호로 개정된 것)
⑦ 거주자와 국외특수관계인의 국제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자 율은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자율로 한다. 이 경우 거주자와 국외 특수관계인의 자금거래는 통상적인 회수기간 및 지급기간이 지난 채권의 회수 및 채무의 지급 등 사실상의 자금거래를 포함한다.
1. 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율로서 다음 각 목의 사항을 고려하여 계산된 이자율
2. 거래금액 및 국제금융시장의 실세(實勢)이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율 1-2) 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 제2조의2 【정상가격 산출을 위한 분석 절차 등】(2019.3.20. 기획재정부령 제717호로 개정된 것)
③ 영 제6조제7항제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율”이란 다음 각 호의 구분에 따른 이자율을 말한다.
1. 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우: ｢법인세법 시행규칙｣ 제43조제2항 에 따른 당좌대출이자율
2. 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 차입하는 경우: 직전 사업연도 종료 일의 통화별 12개월 만기 런던 은행 간 대출이자율에 1천분의 15를 더한 이자율. 다만, 12개월 만기 런던 은행 간 대출이자율이 없는 통화의 경우 에는 미합중국 통화의 12개월 만기 런던 은행 간 대출이자율에 1천분의 15를 더한 이자율로 한다. 2) 국제조세조정에 관한 법률 제8조 【정상가격의 산출방법】(2021.1.1. 법률 제17651호로 전부개정된 것)
① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되 거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래 조건을 고려하여 다음 각 호의 산출방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.
6. 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 합리적이라고 인정되는 방법
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다. 2-1) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제11조 【금전대차거래의 정상가격 산출방법】(2021.2.17. 대통령령 제31448호로 개정된 것)
① 거주자와 국외특수관계인 간의 금전대차거래에 대한 정상가격으로서의 이자율(이하 이 조에서 “정상이자율”이라 한다)을 산출하는 경우에는 다음 각 호의 요소를 고려해야 한다. 이 경우 거주자와 국외특수관계인 간의 금전대차거래는 통상적인 회수기간 및 지급기간이 지난 채권의 회수 및 채무의 지급 등 사실상의 금전대차거래를 포함한다.
② 거주자와 국외특수관계인 간의 금전대차거래에 대한 정상이자율의 산출 방법으로 법 제8조제1항제6호를 적용할 때에는 거래금액 및 국제금융시장의 실세 (實勢)이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 정상이자율로 본다. 2-2) 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 제3조 【정상이자율로 간주되는 이자율】(2021.3.16. 기획재정부령 제840호로 개정된 것) ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣(이하 “영”이라 한다) 제11조제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 이자율”이란 다음 각 호의 구분에 따른 이자율을 말한다.
1. 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우: ｢법인세법 시행규칙｣ 제43조제2항 에 따른 당좌대출이자율
2. 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 차입하는 경우: 직전 사업연도 종료 일의 통화별 12개월 만기 런던 은행 간 대출이자율에 1.5퍼센트를 더한 이자율. 다만, 12개월 만기 런던 은행 간 대출이자율이 없는 통화의 경우 에는 미합중국 통화의 12개월 만기 런던 은행 간 대출이자율에 1.5퍼센트를 더한 이자율로 한다. 2-3) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제11조 【금전대차거래의 정상가격 산출방법】(2022.2.15. 대통령령 제32423호로 개정된 것)
② 거주자와 국외특수관계인 간의 금전대차거래에 대한 정상이자율의 산출방법으로 법 제8조제1항제6호를 적용할 때에는 다음 각 호에서 정하는 이자율을 따를 수 있다.
1. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제5조 에 따른 파생상품 및 이와 유사한 해외파생상품 중 채무불이행 등 신용위험에 대비하기 위한 신용 부도스왑 거래에서 적용되는 보험료율 성격의 율에 제1항 각 호의 요소를 고려하여 산출한 이자율
2. 국제금융시장에서 통용되는 이자율 산정 모형을 기반으로 무위험이자율, 부도위험, 유동성위험, 채무의 만기, 물가상승률 등의 변수를 반영하여 산정한 이자율에 제1항 각 호의 요소를 고려하여 산출한 이자율
3. 거래금액 및 국제금융시장의 실세(實勢)이자율 등을 고려하여 기획재정 부령으로 정하는 이자율 2-4) 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 제3조 【정상이자율로 간주되는 이자율】(2022.3.18. 기획재정부령 제901호로 개정된 것) 영 제11조제2항제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 이자율”이란 다음 각 호의 구분에 따른 이자율을 말한다.
1. 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우: ｢법인세법 시행규칙｣ 제43조제2항 에 따른 당좌대출이자율
2. 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 차입하는 경우: 직전 사업연도 종료 일의 다음 표의 구분에 따른 통화별 지표금리에 1.5퍼센트를 더한 이자율. 다만, 다음 표에 없는 통화의 경우에는 다음 표 제2호에 해당하는 지표금리에 1.5퍼센트를 더한 이자율로 한다.
① 한국(KRW): KOFR(The Korea Overnight Financing Repo rate)
② 미합중국(USD): SOFR(Secured Overnight Financing Rate)(중략) 3) 국제조세조정에 관한 법률 제11조 【국제거래에 대한 자료제출 의무】 (2019.1.1. 법률 제16099호로 개정된 것)
④ 과세당국은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4조, 제5조 및 제6조의2를 적용하기 위하여 필요한 거래가격 산정방법 등의 관련 자료를 제출할 것을 납세 의무자에게 요구할 수 있다.
⑥ 제4항에 따라 자료 제출을 요구받은 자가 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하고, 불복신청 또는 상호합의절차 시 자료를 제출하는 경우 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 아니할 수 있다. 3-1) 국제조세조정에 관한 법률 제16조 【국제거래에 대한 자료 제출의무】 (2021.1.1. 법률 제17651호로 전부개정된 것)
④ 과세당국은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제7조부터 제9조까지의 규 정을 적용하기 위하여 필요한 거래가격 산정방법 등의 관련 자료를 제출할 것을 납세의무자에게 요구할 수 있다.
⑥ 제4항에 따라 자료 제출을 요구받은 납세의무자가 대통령령으로 정하는 부득이한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하고, 불복신청 또는 상호합의절차 시 자료 를 제출하는 경우 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 아니할 수 있다. <쟁점④ 관련> 1) 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】(2020.1.1. 법률 제16835호로 개정된 것)
① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령 령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장·원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장·원천기술 연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장·원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단, 바이오의약품 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 분야와 관련된 기술로서 국가안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치는 대통령령으로 정하는 기술(이하 “국가전략기술”이라 한다)을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “국가전략기술연구 개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 국가전략기술연구 개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니 한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력 개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력 개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑥ 자체 연구개발에 지출하는 연구개발비가 ｢기초연구진흥 및 기술개발지 원에 관한 법률｣ 제14조의3제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 지출하는 금액에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】 (2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것)
① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
2. 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관 및 ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발 비로 지출하는 금액
⑮ 법 제10조제6항에서 “ ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나의 해당하는 경우를 말한다.
1. ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정이 취소된 경우
⑯ 법 제10조제6항에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 제15항 각 호에 따른 인정취소의 사유별로 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.
1. ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의3제1항제1호 또는 ｢문화산업진흥 기본법｣ 제17조의3제4항제1호 에 따라 인정이 취소된 경우: 인정일이 속하는 과세연도의 개시일
2. ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의3제1항제2호, 제3호, 제5호, 제6호 및 제8호에 따라 인정이 취소된 경우: 인정취소일
3. ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의3제1항제4호·제7호 또는 ｢문화산업진흥 기본법｣ 제17조의3제4항제2호 에 따라 인정이 취소된 경우: 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일 3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 【기업부설연구 소 또는 연구개발전담부서의 인정 등】 (2019.8.27. 법령 제16528호로 개정된 것)
① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서로 인정할 수 있다.
② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학 기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.
③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다. 3-1) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조의2 【기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준】 (2018.10.18. 대통령령 제29223 호로 개정된 것)
① 법 제14조의2제1항에서 “연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기 준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관 에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장 관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우 에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
② 법 제14조의2제1항에서 “연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기 준을 충족하는 기업의 연구개발부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구 시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다. 3-2) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제2조 【기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준】 (2019.12.26. 과학기술정보통신부령 제37호로 개정된 것)
① ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령｣(이하 “영”이라 한다) 제16조의2제1항 각 호 외의 부분 전단 및 같은 조 제2항에서 “과학기술정보통신 부령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 기준을 말한다.
2. 제7항에 따른 연구개발형 중소기업 또는 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설연구기관등
3. 영 제16조의2제2항에 따른 기업의 연구개발부서(정보서비스 또는 소프트웨어개발공급업종만 해당된다)
연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구, 장치 및 재료로서 제1호의 기준에 맞는 연구공간에 위치할 것
기업부설연구기관등의 연구개발활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담 요원등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관등의 주소지에 있을 것(부대시설을 두는 경우만 해당한다)
② 기업부설연구기관등이 제1항의 기준에 맞는 연구시설을 확보할 때 ｢기초 연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣(이하 “법”이라 한다) 제6조제1항 각 호의 기관 내의 연구시설을 사용하려면 그에 대한 배타적 사용 권한을 보유하여야 한다. 3-3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제5조 【변경신고】
① 법 제14조의2제3항에서 “과학기술정보통신부령으로 정하는 사항”이란 별표의 변경신고 사항을 말한다. [명칭, 연구분야, 소재지, 기업부설연구소장, 연구개발인력, 연구공간]
② 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)가 소속된 기업이 제1항에 따른 사항을 변경하는 경우에는 해당 사항이 변경된 날부터 14일 이내에 별지 제8호서식의 변경신고서에 변경 내용을 적고 관련 서류를 첨부하여 협회에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의3 【기업부설연구 소 등의 인정취소】
① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.
5. 제14조의2제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우
7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우 5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의4 【기업부설연구 소 등의 준수사항】 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.
1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 ｢중소기업기본법｣ 제2조제2항 에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)
2. ｢건축법｣에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것
3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항 5-1) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】 (2018.10.18. 대통령령 제29223호로 개정된 것)
① 법 제14조의4제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 법 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담 부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구 관리직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것
2. 기업부설연구소등의 직원 및 연구시설은 같은 소재지에 있을 것
3. 같은 기업에 2개 이상의 기업부설연구소등을 설립하려면 전문연구 분야(｢통계법｣ 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 산업에 관한 표준분류에 따른 중분류를 말한다) 또는 그 주소지가 서로 다를 것
4. 과학기술정보통신부장관이 정하는 바에 따라 매년 기업부설연구소등의 연구개발활동 실적 등을 과학기술정보통신부장관에게 제출할 것
② 제1항제2호에도 불구하고 연구의 원활한 수행을 위하여 필요한 경우에는 주소지를 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개의 장소에 둘 수 있다. 이 경우 각 주소지에는 독립된 연구시설을 갖추고 기업부설연구소등의 직원 1명 이상이 상시 근무하도록 하여야 하며, 제16조의2제1항 및 제2항에 따른 연구전담요원의 수는 각 주소지의 연구전담요원을 합산한 수로 할 수 있다.
1. 청구법인 기본 사항
• - 김○○ (대표이사) 100,000 1.27 100,000 1.27 조○○ (사내이사) 7,980 0.1 7,980 0.1 김○○ (대표이사) 1,100 0.01 1,100 0.01 특수관계법인 2,647,503 33.68 3,037,822 38.65 기타 4,903,417 62.4 4,713,098 59.97 합계 7,860,000 100 7,860,000 100
2. 청구법인의 쟁점주택 관련 사항
(1) 청구법인은 2017.12.19. 대표이사 김○○와 그 배우자 노○○이 각각 1/2 씩 보유하고 있던 서울 쟁점주택을 39억원에 매입하였다.
(2) 청구법인은 2017.12.20. 대표이사 김○○와 그 배우자 노○○에게 쟁점주택을 전세보증금 32억원에 임대하는 계약을 체결하였고, 청구법인이 2024.2.6. 쟁점 주택을 다시 매도할때까지 대표이사 김○○와 그 가족이 쟁점주택의 임차인으로 거주하고 있었던 것으로 확인된다.
(3) 청구법인은 2024.2.6. 대표이사 김○○와 그 배우자 노○○ 및 딸 김○□ 에게 쟁점주택을 46.8억원에 매도하였다(쟁점주택 지분: 김○○ 1/2, 노○○ 1/4, 김○□ 1/4).
3. 매출채권 정상이자 관련 사항
• 23,433,268 1,299,668
• 24,732,936 합계 322,579,333 315,289,627 266,430,852 98,782,663 1,003,082,475
(1) 청구법인은 조사청이 적용한 당좌대출이자율 4.6%는 타당하지 않다고 주장하면서, 이 건 심사청구 이후 2024.10월 ○○회계법인에서 작성한 정상이자율 검토보고서를 제출하였다.
(2) ○○회계법인의 정상이자율 검토보고서에는, 청구법인이 제공한 정보를 기초로 검토보고서가 작성되었으며, 보고서에 사용된 정보의 정확성에 대하여 별도의 독립적인 검증 절차를 수행하지는 않았다고 기재되어 있고, 쟁점매출채권등의 평균 회수기일을 이용하여 적용 만기를 산출하고, Moody’s Risk Calc TM 을 활용하여 인도 자회사의 신용도를 추정하였음이 확인 되며, 비교가능 제3자 가격방법을 적용하기 위해 인도 자회사의 신용등급 이상의 비교가능 제3자거래를 선정하여 최종 정상이자율 사분위 범위를 산출한 것으로 확인된다.
4. 청구법인의 일반연구개발비 세액공제 관련 사항
1) 쟁점① 관련 가) 관련 법리 (1) ｢법인세법｣ 제27조 는 제1호에서 해당법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산(이하 “업무무관자산”이라 한다)을 취득·관리함으로써 생기는 비용을 업무와 관련 없는 비용으로서 손금불산입한다고 규정하고 있고 그 위임에 따른 ｢법인세법 시행령｣ 제49조제1항제1호 가목은 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(이하 “비업무용 부동산이라 한다)을 업무무관자산으로 분류하고 있다.
(2) ｢법인세법｣에서 정한 비업무용 부동산 여부를 판정함에 있어서는 당해 부동산의 취득경위와 취득 후 경과기간, 그 부동산으로 인한 수입금액, 면적, 업무 와의 관련 정도 등을 합리적으로 고려하여야 할 것이며 법인의 사업이 하나 이 상인 경우에는 사업 상호간의 관련성, 수익성, 사업개시일자 등을 고려하여 주업 여부를 가려야하고 정관이나 등기부 또는 사업자등록상에 세분한 대로 모든사업을 겸영하는 것으로 보아서는 안될 것이다(서울고등법원 1991.1.16. 선고 90구143 판결 등). (3) ｢법인세법｣ 제52조제1항 및 같은 법 시행령 제88조제1항제2호는 무수익자산을 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 보아 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다고 규정하고 있는데, 이때 무수익자산이란 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다(대법원 2006.1.13. 선고 2003두13267 판결 등). 나) 쟁점주택이 업무무관자산인지에 대한 판단 (1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점주택을 업무무관자산으로 보기는 어렵다. (가) 청구법인은 등기부상 부동산임대업을 목적사업으로 두고 있고, 쟁점주택 외에도 부동산 임대수입을 신고해왔던 것으로 확인되며, 청구법인은 쟁점 주택을 전세로 임대한바, 부동산임대업을 영위하는 법인으로서 쟁점주택을 사 업에 사용하였다고 볼 수 있고, 쟁점주택을 매입·매도하고 임대한 가액이 적정 가액이라고 판단되는 상황에서 쟁점주택의 임차인이 청구법인 대표이사라는 이유만으로 이를 달리 볼 특별한 사정이 있어 보이지 않으므로 쟁점주택을 업무무관자산이라고 보는 것은 부당한 측면이 있음이 인정된다. (나) 또한 청구법인은 2024.2월 쟁점주택을 매각하면서 약 7억원의 차익을 얻었는데, 이러한 이익이 부동산임대수입이 아니라는 이유만으로 쟁점주 택이 법인의 수익파생에 전혀 공헌하지 않았다고 보기 어렵고 청구법인이 쟁점 주택을 매각하기 전까지는 임대수입을 얻을 수 있었고 실제 쟁점주택 임대차거래가 존재하였으므로, 쟁점주택의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박하여 쟁점주택이 무수익자산에 해당하고 따라서 업무무관자산이라고 보아 쟁점주 택에 관련된 감가상각비 등의 비용을 손금불산입하는 것을 인정하기는 어려워 보인다. (2) 따라서, 처분청이 이 건 처분 중 쟁점주택을 업무무관자산으로 보아 과세한 부분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 2) 쟁점② 관련 쟁점주택 관련 비용이 상여처분 대상인지는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다. 3) 쟁점③ 관련 가) 관련 법리
(1) 국조법(2021.1.1. 법률 제17651호로 전부개정된 것, 이하 “국조법”이라 한다) 제8조제1항은 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다고 규정하면서 다만 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다고 정하고 있고 국조법 제8조제4항은 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하였다.
(2) 국조법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31448호로 개정된 것, 이하 “국조 법 시행령”이라 한다) 제11조제2항은 거주자와 국외특수관계인 간의 금전대차거래에 대한 정상이자율을 산출하는 방법으로 국조법 제8조제1항제6호를 적용 할 때에는 거래금액 및 국제금융시장의 실세 이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 정상이자율로 본다고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 국조법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제840호로 개정된 것, 이하 “국조법 시행규칙”이라 한다) 제3조제1호는 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여 하는 경우 ｢법인세법 시행규칙｣ 제43조제2항 에 따른 당좌대출이자율을 정상이자율로 적용하도록 규정하고 있다.
(3) 위 규정의 문언내용과 취지 등을 종합하여 보면, 과세관청이 거주자의 국외특수관계자의 거래에 대하여 국조법을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세 처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이 익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2012.12.26. 선고 2011두6127 판결).
(4) 다만, 국조법 제16조 등에 의하면 납세의무자는 국제거래에 대한 자료제출 의무 등을 부담하므로 과세관청이 스스로 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로 국외특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과의 차이를 보이는 경우에는 비교가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외특수관계자와의 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제 적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(서울고등법원 2015.3.19. 선고 2014누7222 판결 등). 나) 쟁점매출채권등에 당좌대출이자율을 정상이자율로 적용할 수 있는지에 대한 판단 (1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구법인이 제출한 정상이자율을 재조사하여 쟁점매출채권등에 적용할 정상이자율을 판단 하는 것이 타당하다. (가) 조사청은 이 건 세무조사 과정에서 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 판단한 결과 국조법 제8조제1항제1호부터 제5호까지의 방법으로 쟁점매출채권등에 적용할 가장 합리적인 정상이자율을 산출할 수 없다고 보고 국조법 시행령 제11조 및 국조법 시행규칙 제3조에 따라 청구법인이 인도 자회사에 자금을 대여하는 경우에 대하여 당좌대출이자율을 정상이자율로 적용한 것이고, 청구법인이 세무조사 당시 정상이자율 산출을 위해 제출한 자료가 확인되지 않는 상황에서 당좌대출이자율을 정상이자율로 적용하는 것이 달리 위법하다거나 부당하다고 볼 특별한 사정은 보이지 않는다. (나) 다만, 청구법인은 이 건 심사청구를 제기하면서 회계법인의 정상이자율 검토보고서 등 청구법인이 산출한 정상이자율을 제시하였고 이러한 자료가 이 건 세무조사과정에서는 제시된 사실이 없다 하더라도 과세처분의 위법 여부는 반드시 세무조사 당시의 자료만에 의하여만 판단하여야 하는 것은 아닌바(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결 등), 만약 청구법인이 새롭게 제시한 정상이자율이 국조법 제8조제1항제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 방법으로 산출된 정상이자율로서 가장 합리적인 정상이자율이라면 제6호에 따른 당좌대출이자율을 정상이자율로 적용할 수 없는 것이므로 청구법인이 제시한 정상이자율에 대하여 구체적인 산출근거, 산출방법, 산출결과 등 사실 관계를 재조사하여 쟁점매출채권등에 적용할 정상이자율을 산정하는 것이 타당 하다. (2) 따라서, 청구법인이 제시한 정상이자율과 관련해 객관적 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준과 세액을 경정할 필요가 있다고 판단된다. 4) 쟁점④ 관련 가) 관련 법리
(1) 조특법 제10조는 제1항제3호에서 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 일반연구·인력개발비의 경우 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 이때 세액 공제를 적용받는 연구·인력개발비란 조특법 시행령 제9조제1항의 규정에 따라 연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비, 전담부서등이 연구용으로 사용하는 원재료구입비 등을 말하고, 조특법 시행규칙 제7조제1항제1호에서는 연구소 및 전담부서란 기초연구진흥법 제14조의2제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서라고 규정하고 있다.
(2) 기초연구진흥법 제14조의2제1항은 과학기술정보통신부장관은 대통령 령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서로 인정할 수 있다고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 기초연구진흥법 시행령 제16조의2제1항은 기업부설 연구기관이란 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다고 규정하고, 기초연구진흥법 시행규칙 제2조제1항은 각 호에서 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보하고 상시적으로 근무 하는 데에 필요한 최소한의 면적을 확보하는 등의 기준을 정하고 있다.
(3) 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로 연구·인력개발비 세액공제와 관련된 위 과세특례규정은 엄격하게 해석 하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점, 위 과세특례규정의 취지는 기업의 기술인력개발을 장려하는 목적에서 일정 범위의 금액을 당해 과세연도의 법인 세에서 공제하도록 한 것인 점, 이에 따라 앞에서 본 바와 같이 전담부서 등에서 근무하는 직원으로서 연구업무에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점, 전담부서의 지원인력의 경우에도 연구업무에 종사하는 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 한하여 그 인건비에 대한 세액공제를 인정하고 있는 점 등을 종합해보면, 기업부설연구 소 등으로 인정받은 연구소에서 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 위 과세특례규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이며, 과세대상인 인건비 등이 비과세 혹은 면세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증 책임이 있다고 할 것이다(대법원 2010.5.27. 선고 2010두1507 판결, 대법원 1996.4.26. 선고 94누12708 판결 등). 나) 쟁점연구개발비가 세액공제 대상인지에 대한 판단 (1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점연구개발비를 세액공제 대상으로 인정하기 어렵다. (가) 쟁점연구개발비는 해당 과세기간 동안 기초연구진흥법에 따라 기업 부설연구소로 인정된 사실이 없는 본사연구소에 관련된 연구개발비용으로, 세무 조사 이후 본사연구소가 청구법인 기업부설연구소의 부 소재지로 인정되었다고 하더라도, 청구법인 스스로 본사연구소는 간판과 칸막이를 설치하지 않았 었다는 진술을 하였고 조사청의 현장 실사 결과 현판의 부재 등 기초연구진흥 법에서 정하고 있는 기업부설 연구소 인증 요건을 갖추지 못하였던 것으로 보이는 점을 감안할 때, 본사연구소가 과세기간 이후 기업부설연구소로 인정되었다는 사실만으로 당초 미등록 상태였던 본사연구소에서 발생한 쟁점연구개발비에 세액공제 특례규정을 소급하여 적용하는 것은 인정받은 기업부설 연구기관 등에 한정하여 세액공제를 인정하는 과세특례규정의 취지를 과도하게 벗어난 합리적 이유 없는 확장해석으로 보이는바, 청구주장을 인정하기 어렵다. (나) 청구법인은 본사연구소에 대하여 변경신고를 완료하여 결과적으로 기업부설연구소 인정이 취소된 사실이 없으므로 단순 변경신고 지연으로 이 유로 연구개발비 세액공제를 배제하는 것은 위법하다는 주장이나, 본사연구소를 기업부설연구소의 부 소재지로 추가하여 변경신고를 인정받은 것은, 기업부설연구소로 인정받은 기존 등록연구소의 소재지 이전 신고를 일시 지연한 것이 아니라 당초 등록된 바 없는 새로운 소재지인 본사연구소를 새롭게 기업부설 연구소의 부 소재지로서 인정받은 것에 해당하므로 청구법인이 제시한 사례의 단순 변경신고 지연 등에 해당한다고 보기 어렵고, 따라서 기업부설 연구소 인정취소가 없었다는 사실만으로 쟁점연구개발비를 당초 인정된 기업부설연구 소에서 발생한 비용으로서 세액공제 대상이라고 볼 수 없으며, 쟁점연구개발 비가 이 건 과세기간 동안 기초연구진흥법상 인정된 기업부설연구소에서 발생 된 연구개발비인지를 고려할 때, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점연구개발비는 본사연구소에서 발생한 비용으로서 본사연구소는 해당 과세기간 동안 기초연구 진흥법상 인정된 기업부설연구소가 아니라는 사실이 확인된다. (다) 설령, 본사연구소를기업부설 연구소의 부 소재지로 등록하지 않았던 사실이 단순 변경신고 지연이며, 청구법인의 당초 인정된 기업부설연구소에 대한 인정취소가 없었으므로 쟁점연구개발비가 기초연구진흥법상 인정된 기업 부설연구소에서 발생된 비용이라고 보더라도, 본사연구소에 속한 연구원 등이 실질적으로 연구개발 업무를 전담하여 수행하였다는 점을 인정할만한 구체적 증거가 제출된 사실이 확인되지 않으므로 쟁점연구개발비는 연구개발비 세액공제 적용대상이 아니라고 보는 것이 타당하다. (2) 따라서, 처분청이 이 건 처분 중 쟁점연구개발비를 세액공제에서 제외 한 부분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 및 제65조 제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.