청구종중이 쟁점임야를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 볼 수 있는 지 여부

A세무서장이 2024.7.4. 청구종중인 ‘B공파종중’에게 한 2023 사 업연도 법인세 신고시 환급신청세액 385,975,267원의 거부처분은 기환급세액을 제외하고 이를 취소한

• 가. 청구법인은 2023.3.21. 종친간의 상부상조, 선조의 유적 및 종재의 보존과 관리를 목적으로 ‘B공파종중’이란 명칭으로 법인으로 보는 승인받은 단체(이하 “청구종중” 이라 한다)로, 청구종중은 경기도 C시 D동 산 98-5, 동소 산 98-6, 동소 산 98-13번지(이하 “쟁점임야” 라 한다) 10,643㎡ 를 소유하다 2023.2.1. C 동부고속화도로 민간투자사업에 수용되어 C시로부터 보상금 1,782,602,660원을 수령하고 양도하였다. 나. 청구종중은 2023.3.22. 비영리내국법인의 양도소득세과세표준예정신고를 하고 법인세 385,092,540원을 신고‧납부 후, 2024.3.26. 법인세 정기신고시 쟁점임야가 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 비영리법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 직접 사용한 고유목적사업용 자산을 양도함으로써 발생한 소득은 과세제외된다는 사유로 처분이익을 익금불산입하고 기 납부 예정신고세액을 차감하여 385,975,267원을 환급세액으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 법인세 정기신고 환급세액을 검토하던 중 쟁점임야 중 일부인 C시 D동 산 98-6 지상에 분묘 4기를 확인하였으나, 쟁점임야의 양도일은 보상금 수령일은 2023.2.1.이나 분묘의 개장은 2022.4월로 확인되어 “고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적에 사용한 자산이 아니라고 보아 청구종중이 처분이익을 익금불산입한 가액에 대한 환급신고액을 경정하여 초과환급가산세를 적용하여 53,885,070원만을 환급하였다.
• 라. 청구종중은 이에 불복하여 2024.9.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점임야는 청구종중이 양도일 현재 선조 선영을 모시고 관리하는 고유목적 사업에 3년 이상 사용한 토지로 처분수익은 과세제외 대상이다. 1) 쟁점임야는 2020.10.15. C시 동부고속화도로 실시계획인가(C시 고시 제202-579호)로 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “공익사업법” 이라 약칭한다)에 따라 C시에 의해서 산 98번지에서 분할되어 2023.2.1. 수용되어 양도된 토지이다. 2) 분할 전 C시 D동 산 98번지 일대는 청구종중의 묘역이 조성되어 관리되던 곳으로 청구종중의 고유목적 사업인 선조들의 묘를 모시고 관리하는 숭조사업에 사용한 토지로서 비영리법인의 고유목적사업에 3년 이상 사용한 고정자산의 처분이익이므로 과세 제외 대상이다. 3) 각종 판례에서도 사업시행자에 의해 묘역이 소재한 토지로부터 분할된 토지로 다른 목적으로 사용된 사실이 나타나지 않는 경우 처분일 현재 3년 이상 고유목적에 사용한 토지로 보아야 한다(조심2015중2165, 2016.2.24., 조심2017중388, 2017.5.10., 와 다수 심판례 참조)고 판단하고 있다,
• 나. 토지수용 당시 선조의 분묘가 이미 이장 되었더라도 고유목적사업에 사용한 토지에 해당한다.

1. 처분청은 환급세액을 거부하면서 토지의 처분일에 토지 위에 선조의 분묘가 이미 개장되어 없었고, 분묘가 있던 토지 외 쟁점임야는 연접하지 않는다는 이유로 고유목적사업에 계속하여 사용하지 않았다고 보아 쟁점임야 처분이익을 익금불산입 것을 부인하였으나, 청구종중의 분묘는 쟁점임야를 분할하기 전 C시 D동 산 98번지에 있었고, 수용대상 토지에 정착된 물건으로서 공익사업법 제3조2호에서 규정한 “토지와 함께 공익사업을 위하여 필요한 입목, 건물, 그 밖에 토지에 정착된 물건 및 이에 관의 소유의 권리”에 해당하므로 사업시행자가 2022.6.2. 편입토지의 지상에 있는 분묘에 대해 지금한 이전보상금은 공익사업법에 위해 수용되는 토지와 함께 공익사업에 필요하여 이전하게 되는 물건에 대한 보상금으로서, 청구종중이 분묘를 이장하지 아니하는 경우, 공익사업법 제89조에 따라 대집행이 진행되는 경우, 청구종중이 오랫동안 모셔온 선조의 분묘가 강제 개장되므로 “선조의 유적 및 종재의 보전”이라는 청구종중의 설립목적에 따라 불가피하게 수용전에 이장을 할 수 밖에 없는 상황이었다. 2) 따라서 동일한 사업시행자로부터 분묘 이전에 대한 보상금과 쟁점임야 수용에 대한 보상금을 수령하였으므로 공익사업을 효율적으로 수행하기 위한하나의 거래에 해당하며, 단지 토지의 소유권 보다 분묘가 먼저 이전되고 토지 보상금을 받은 것일뿐, 부득이한 사유로 청구종중의 의사결정이 아님에도, 단지 쟁점임야의 양도 당시 선조의 묘지가 없다는 이유로 고유목적사업에 사용한 토지가 아니하고 보는 것은 부당하다.

• 가. 청구종중은 쟁점임야의 처분일부터 그 이전 3년 이상 계속하여 고유목적에 사용하지 아니한 사실이 다음과 같이 확인되어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

1. 처분청은 청구종중의 법인세 환급 검토과정에서 분묘 개장신고증명서 및 한국주택토지공사 C사업장에 확인한 결과, 쟁점임야 처분일인 2023.2.1.(보상금 수령일=양도일) 이전인 2022년 4월에 분묘4기가 개장한 사실이 확인되었으며, 청구종중은 법인세법 시행령제3조 제2항의 “처분일 현재 3년 이상 계속하여”를 해석함에 있어 처분일 이전 수용 등으로 분묘를 개장한 것도 일련의 하나의 거래로 보아야 한다고 주장하나, 법문대로 문리해석 하면 “처분일 기준으로 소급하여 그 이전 3년 이상을 계속하여 사용하는 자산으로” 해석함(조심 2022부2070, 2022.5.30., 조심2018부2208, 2018.7.9.) 이 타당하다

2. 또한, 분묘의 소재지도 쟁점임야 중 C시 D동 산 98-6번지에만 존재하고, 다른 동소 산 98-5번지(2,622㎡), 98-13번지(1㎡)는 항공사진상 분묘나 시설물이 없었으며, 더욱이 분묘4기가 있던 산 98-6번지(8,020㎡)외 다른 분할된 쟁점임야는 연접 필지도 아니며 떨어져 있는 사실이 확인되어 청구종중이 쟁점임야를 처분일 현재 3년 이상 고유목적에 사용되었다고 보기 어렵다고 판단되어 환급신청을 거부한 것으로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구종중이 쟁점임야를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보아 그 처분 수입을 과세대상에서 제외하여야 한다 는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

1. 법인세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조 에 따라 설립된 법인
• 다. 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

2. 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 2-1) 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 3) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례】

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다.(단서 생략) 4) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체 등】

① 법인(법인세법 제2조제1호 에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 5) 장사 등에 관한 법률 제18조 【분묘 등의 점유면적 등】 (2007.5.25. 법률 제8489호로 전문 개정된 것, 이하 같다)

① 공설묘지, 가족묘지, 종중・문중묘지 또는 법인묘지 안의 분묘 1기 및 그 분묘의 상석(상석)・비석 등 시설물을 설치하는 구역의 면적은 10제곱미터(합장하는 경우에는 15제곱미터)를 초과하여서는 아니 된다.

② 개인묘지는 30제곱미터를 초과하여서는 아니 된다.

③ 봉안시설 중 봉안묘의 높이는 70센티미터, 봉안묘의 1기당 면적은 2제곱미터를 초과하여서는 아니 된다.

④ 분묘, 봉안묘 또는 봉안탑 1기당 설치할 수 있는 상석・비석 등 시설물의 종류 및 크기 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 장사 등에 관한 법률 제14조 【사설묘지의 설치 등】

⑥ 사설묘지의 설치면적, 분묘의 형태, 설치장소, 그 밖의 설치기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6-1) 장사 등에 관한 법률 시행령 【사설묘지의 설치기준】 법 제14조 제6항에 따른 사설묘지의 설치 면적, 분묘의 형태, 설치장소 등 설치기준은 별표 2와 같다. ■ 장사 등에 관한 법률 시행령 [별표 2] 사설묘지의 설치기준(제15조 관련)

• 가. 종중ㆍ문중묘지는 종중 또는 문중별로 각각 1개소에 한정하여 설치할 수 있으며, 그 면적은 1천제곱미터 이하여야 한다.
• 나. 분묘의 형태는 봉분 또는 평분으로 하되, 봉분의 높이는 지면으로부터 1미터 이하, 평분의 높이는 50센티미터 이하여야 한다.
• 다. 종중ㆍ문중묘지는 지형ㆍ배수ㆍ토양 등을 고려하여 붕괴ㆍ침수의 우려가 없는 곳에 설치하여야 한다.
• 라. 석축과 인입도로의 계단 등은 붕괴의 우려가 없어야 하며, 종중ㆍ문중묘지의 허가 면적 안에서 설치하여야 한다.
• 마. 종중ㆍ문중묘지 중 분묘가 설치되지 아니한 지역은 잔디ㆍ화초ㆍ수목 등으로 녹화하여야 한다.
• 바. 종중ㆍ문중묘지는 다음의 장소에 설치하여야 한다. 다만, 토지나 지형의 상황으로 보아 다음 시설의 기능이나 이용 등에 지장이 없는 경우로서 시장등이 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1) 도로법 제2조 의 도로, 철도산업발전 기본법 제3조 제2호 가목의 철도의 선로, 하천법 제2조제2호 의 하천구역 또는 그 예정지역으로부터 300미터 이상 떨어진 곳

2. 20호 이상의 인가밀집지역, 학교, 그 밖에 공중이 수시로 집합하는 시설 또는 장소로부터 500미터 이상 떨어진 곳

• 다. 사실관계 1) 기초 사실관계
• 가) 국세청 전산시스템에 따르면, 청구종중은 처분청에 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청’을 하였고, 처분청은 2023.3.21. 이를 승인한 것으로 나타나는바, 청구종중의 등록현황은 다음 <표1>와 같다. <표2> 청구종중의 법인으로 보는 단체 승인 사항 구분 등록내용 단체명 B공판종중 소재지 경기도 C시 D로 240 결성일 2023.1.1. 대표자 E(1956년생,남) 대표자 주소 서울특별시 OO구 OO로49, 202동 902호
• 나) 청구종중이 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청’을 하면서 제출한 ‘정관규약’ 중 목적과 사업은 아래와 같다. <종중 규약> 중 일부 제5조(목적) 본 회는 승조화친의 정신으로 종친간의 상부상조를 통한 가풍을 계승발전시키고, 선조의 유적 및 종재의 보존과 효율적 관리 로 본 회의 발전과 후손을 위한 장학 사업을 목적으로 한다. 제6조(사업) 제5조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 수행한다.

2. 본 회의 재산의 관리 및 수입증대 사업

4. 기타 본 회의 설립목적을 달성하기 위한 제반사업 일체

• 다) 다툼이 없는 사실관계

(1) 쟁점임야의 양도일은 수용보상금 1,683,622,760원을 수령한 2023.2.1.이며 이에 대해 2023.3.22. 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고 및 납후, 2024.3.26. 법인세 정기신고시 장부상 쟁점임야 처분이익을 익금불산입하고 기납부 예정신고세액을 차감하여 385,975,267원을 환급신고한 사실

(2) 쟁점임야 중 C시 D동 산 98-6 위에 2022년 4월 개장전까지 분묘 4기가 있었으며, 분묘4기는 쟁점임야 양도일인 2023.2.1. 이전인 2022년 4월에 개장후 화장되어 쟁점임야 처분일 이전 약 10개월간은 분묘가 없었던 사실

(3) 쟁점임야는 다른 용도로 사용된 사실이 확인되지 않는 점

(4) 쟁점임야는 모두 C시 D동 산 98 임야를 모번지로 하여 다음과 <표1>같이 분할 된 지번인 사실(임야대장상) < 표1> C시 D동 산 98, 취득일: 1940.5.15, 취득자: 청구종중 분할일자 분할지번 지목 면적(㎡) 비고 1998.07.15. 산 98-3 도로 1,632 산 98-4 임야 163 2020.12.10 산 98-5(수용) 임야 2,622 쟁점임야 산 98-6(수용) 임야 8,020 쟁점임야 산 98-7 임야 8,575 2020.12.10. 산 98-13 (수용) 임야 1 쟁점임야 산 98-4에서 재분할

• 라) 등기사항전부증명서(등기부등본)에 따르면, 청구종중이 2023사업연도에 양도한 쟁점임야의 주요 등기내용을 다음과 같다.
• 가) 쟁점임야는 모두 2020.12.10.에 C시 D동 산 98에서 동소 산 98-5, 산98-6이 분할되었고 동소 산 98-13은 1998.7.15. 기 분할된 동소 산 98-7에서 분할된 것으로 나타나며, 2023.2.2.에 모두 C시로 수용되어 이전되었다.
• 마) 2022.4.21. 경기도 C시 송북동장이 발행한 개장 신고증명서(사망자 소동규, 소석규, 소성규, 소한규)에 의하면, 청구종중은 쟁점임야 중 산 98-6 소재 분묘4기를 매장에서 화장으로 개장한 사실이 확인되며, 개장 사유는 동부고속도로 편입으로 되어 있고, 2022.6.2. LH공사 경기지부로부터 14,896,720원의 개장보상금을 계좌로 수령한 사실이 확인된다. <개장 신고증명서 4부 중 샘플> (생략)
• 바) 앞선 일자별 사실관계별 쟁점임야 진행상황은 아래 <표2>과 같다. <표2> 쟁점임야 관련 일자별 진행상황 정리 일자 토지 소재지 진행내용 비 고 2020.10.15. C 지산 산 98 C시 동부고속화도로 실시계획인가(C시고시 제2020-OOO호) 시행지역 편입 편입대상 98-5,6,13번지(분할하여 수용) 2020.12.10. 동소 산 98-5,6,13 쟁점임야 분할 산 98-13은 산 98-4에서 분할 2022.04.21. 동소 산 98-6 분묘 개장신고후 이장 2022.06.02. 동소 산 98-6 이장보상금 14,896,720원 수령 지급자: 한국토지주택공사 (근거: 공익사업법 제75조 4항) 2023.02.01. 동소 산 98-5,6,13 보상금 1,782,602,660원 수령 쟁점임야 양도일 2023.03.21. 법인으로 보는 비영리단체 승인(종중) 고유번호증 발급 2023.03.22. 동소 산 98-5,6,13 비영리내국법인 양도소득세 신고 385,092,540원 납부

2. 처분청의 주장 확인내용

• 가) 처분청은 청구종중이 양도한 쟁점임야는 서로 연접하지도 않으며, 쟁점임야 중 산 98-6 외에는 분묘도 없다고 하여 현장사진을 제시하고 있으며 이를 보면, 산 98-5번지와 산 98-6번지 사이에 산99-5번지가 사이에 있어 인접하지 않으며, 산 98-13도 1㎡로 분묘가 있을 수 없는 위치이다. < C시 D동 산 98-5 항공사진> (생략) < C시 D동 산 98-5와 산 98-6번지(원안은 분묘자리) 항공사진> (생략) ※ 서로 연접하지 않으며 산 98-13도 규모가 1㎡로 분묘가 없음
• 나) 심리담당이 인터넷 지도를 활용하여 쟁점임야를 도로가 연결예정 지도상에도 산 98-5번지와 산98-6번지는 처분일 현재는 연접하지 않으나, 산 98번지에서 모두 분할된 것으로 볼 때, 하나의 지번이었던 사실로 확인된다.
• 라. 판단 1) 관련 법리 법인으로 보는 종중이 분묘가 소재한 종중의 임야를 양도한 경우 해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 부동산의 용도·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등의 제반 사항을 고려하여 판단하여야 함(조심2019광3203, 2021.3.30., 조세심판관합동회의, 조심 2021부3226, 2022.4.19., 같은 뜻임) 2) 쟁점에 대한 판단 처분청은 청구종중이 쟁점임야를 처분일 현재 지번이 연접하지도 않고 1개의 지번외에는 분묘가 없으며, 처분일 현재 10개월 전에 분묘를 개장하였으므로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없어 그 처분 수익을 법인세 과세소득에서 제외할 수 없다는 의견이다. 그러나, ① 종중 규약에 ‘선조의 유적 및 종재의 보존과 관리’를 고유목적사업으로 규정하고 있고, 쟁점임야에 선대 분묘가 존치하였던 점 ② 비록 수용되어 부득이한 사유로 쟁점임야 처분일보다 10개월 전에 개장보상금을 받고 분묘를 개장하였더라도 서로 연결된 하나의 거래로 보아야 하고, ③ 쟁점임야는 모두 청구종중이 소유하던 산 98번지에서 분할되어 원래 하나의 임야였던 점 등을 고려할 때 청구종중이 양도한 쟁점임야는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다. 또한,법인세법에 하나의 종중이 하나의 선산만을 보유하여야 한다는 명문규정이 없으므로 다른 선산의 유무와는 별개로 청구종중이 양도한 쟁점임야가 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용되었다면 쟁점임야를 양도함으로써 발생한 처분이익은 법인세 과세대상에서 제외함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제65조제1항제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.