조세심판원 심사청구 법인세

쟁점계산서를 가공계산서로 보는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

사건번호 심사-법인-2024-0013 선고일 2024.08.28

청구법인이 조사착수 후 계산서 및 거래명세서를 소급인력한 점, 대출연장 등의 사유로 고액의 매출 ․매입거래를 동시에 발급 및 수취하였으나 이에 대한 금융거래내역이 없는 점, 실물거래를 입증할 만한 구체적인 증빙이 없는 점 등으로 보아 가공계산서로 봄이 타당함.

주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

1. 처분내용
  • 가. 청구법인은 ××××.××.××. 설립되어 ○○ ○○시 ○○동 ○○번지에서 수산물가공 등 냉동수산식품 도·소매업을 영위하고 있는 계속 사업자로, 2017년 제1기부터 2020년 제2기까지 과세기간에 재화 공급 후 128,029,016원의 계산서를 미발급하고, 실물거래 없이 가공계산서를 10,342,953,476원 수취 및 가공계산서를 10,342,953,476원 발급하였다. (이하 쟁점거래라 한다)
  • 나. 처분청 조사과장은 2022.5.2.부터 2022.11.25.까지 청구법인에 대한 2017년 제1기부터 2020년 제2기까지 과세기간의 부가가치세 세목별 조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하여, 쟁점거래에 대하여 가공거래 등으로 확정하였다.(이하 청구대상 과세기간인 2018년 제1기부터 2020년 제2기까지 청구법인이 가공계산서로 인정한 금액을 제외한 금액인 매입 6,324,560,796원, 매출 6,911,003,026원을 쟁점계산서라 한다)
  • 다. 2023.3.9. 처분청 조사과장은 법인세 경정·결정을 위해 법인세과장에게 자료를 통보하였고 이에 따라 법인세과장은 2023.3.28. 2017 사업년도 법인세 33,955,650원, 2024.2.5. 2018∼2019 사업연도 법인세 합계 304,365,234원을 고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017 사업연도 법인세에 대해서는 2023.6.2. 심사청구를 거쳐 2024.1.18. 소송을 제기하여 소송 진행 중이고, 2018∼2019 사업연도 법인세에 대해서는 2024.5.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
  • 가. 청구인이 인정하는 부분

1. ○○회사법인○○○○주식회사와는 2017년부터 2019년까지 정상적으로 거래를 하였으나, 2019.12.31. 실물거래 없이 매출 전자계산서 1매 (817,698,240원)를 발급하고 매입 전자계산서 2매(170,000,000원, 650,000,000원)를 발급받았다.

2. 주식회사 ○○○○○○와는 매출 전자계산서 127,000,520원 부분을 미발행하였다. 청구법인은 미발행 사실을 전혀 모르고 있다가 최근 세무조사를 받으면서 알게 되었다.

3. 주식회사 ○○○○○와는 2017년부터 정상적으로 거래를 하였으나, 2020년에 실물거래 없이 매출 전자계산서 1매(45,200,000원)를 발급하고, 매입 전자계산서 2매(124,000,000원 127,000,000원)를 수취하였다.

  • 나. 청구인이 부인하는 부분 위 인정 부분을 제외한 나머지 ○○○○, ○○○○, ○○○○○, ○○○○○, ○○○○○, ○○○○, ○○○○○, ○○○와의 전자계산서 발급과 수취는 모두 정상적인 거래로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

1. △△△△과의 거래는 정상거래이다.

  • 가) 청구법인과 △△△△과의 거래구조는 다음과 같다.

(1) △△△△은 참치 및 냉동수산물을 수입하여 유통판매하는 업체로 청구 법인과는 상당기간 거래하였으며 거래금액 또한 가장 큰 업체이다. △△△△은 2017.10월경 대량의 참치를 수입하여 유통하고자 하였고 이를 위해 참치를 <그림1>, <그림2>와 같이 가공·소분하여 유통 가능한 상태가 되도록 작업할 업체가 필요하였다.

(2) 양사는 계약에 따라 청구법인이 △△△△으로부터 대량의 참치를 매입하여 가공하였다. 이는 청구법인이 2016.6월경 새로운 냉동창고를 준공하여 충분한 저장소와 가공능력을 갖춘 상태였기에 거래를 하게 된 것이다. 거래형태는 매입한 참치를 유통 가능한 상태로 가공·소분하여 일부는 소매점에 판매하였고 나머지는 가공비 등 <그림4> 명목의 이윤을 붙여 △△△△에 되파는 거래를 하였다. 이때 청구법인은 <그림3>과 같이 △△△△에 가공·소분한 참치뿐만 아니라 청구법인이 매입한 다른 수산물도 같이 판매하였다.

  • 나) 이러한 △△△△과의 실물거래에 대한 증빙으로 각 거래마다 발급 및 수취한 전자계산서, 거래명세표가 있다.

(1) 2017.10.31. 청구법인이 △△△△으로부터 수취한 1,230,000,000원의 매입 전자계산서와 2017.10.31. 청구법인이 △△△△에 발급한 810,000,370원의 매출 전자계산서는 청구법인과 △△△△이 실제 거래를 하고 수수한 매입·매출한 거래 내역을 정확하게 반영하고 있다.

(2) 2017.11.30. 청구법인이 △△△△으로부터 수취한 797,125,860원의 매입 전자계산서와 2017.11.30. 청구법인이 △△△△에 발급한 841,680,310원의 매출 전자계산서 또한 같다.

(3) 만약 청구법인이 △△△△으로부터 수산물을 매입·매출한 거래가 실질이 없는 가공거래였다면, 당연히 매출처에 수산물을 공급하거나 매입처로부터 수산물을 매입할 수 없었을 것이다. 즉, 청구법인이 △△△△으로부터 수산물을 매입·매출한 거래가 실질 거래였으므로 다시 매출처에 수산물을 공급하거나 매입처로부터 수산물을 매입할 수 있었다.

  • 다) 다음은 청구법인과 △△△△과의 매입전자계산서 거래내용이며, 전자계산서, 거래명세표를 정리하여 첨부하였다.

(1) 청구법인은 2017.10.31. △△△△으로부터 참치인 ‘축양로인’ 등을 1,230,000,000원에 매입하여 ‘축양로인’ 1,332,214,000원, ‘축양 뽈살’ 2,903,200원, ‘메로 목살’ 3,901,600원, ‘눈다랑어 원어’ 3,066,650원 총 1,342,085,450원에 매출하였다.

(2) 청구법인은 2017.11.30. △△△△으로부터 축양로인 등 797,125,860원에 매입하여 ‘축양로인’ 781,475,800원, ‘눈다랑어 원어’ 4,121,800원, ‘B/E 40상 원어’ 4,121,800원 총 791,719,600원에 매출하였다.

  • 라) 다음은 청구법인과 △△△△과의 매출전자계산서 거래내용이며, 전자계산서, 거래명세표를 정리하여 첨부하였다. 청구법인이 2017.11.30. △△△△에 축양로인 등 품목으로 발급한 전자 매출계산서 841,680,310원의 매입내역은 ‘축양로인’ 797,125,860원, ‘흑세치 정각’ 10,125,000원, ‘축양가마’ 10,180,000원, ‘노바시20미새우’ 3,224,250원 총 821,365,590원이다.

2. ▽▽▽▽의 거래는 정상거래이다.

  • 가) 청구법인과 △△△△과의 거래구조는 다음과 같다.

(1) ▽▽▽▽는 참치 및 각종 수산물을 수입하여 유통 판매를 하고 있는 업체로서 청구법인에게 축양 등외꼬리, 등도로, 배로인, 황새치뱃살, 생우니 등의 다양한 수산물을 판매하였고, 청구법인은 ▽▽▽▽로 부터 매입한 수산물을 거래처에 판매하였다.

(2) 한편, 청구법인은 주로 ▽▽▽▽에 가공·소분한 각종 참치 부위를 판매하였는데, 이는 주로 △△△△으로부터 매입한 축양로인을 가공·소분한 것이었으며, 일부는 ▽▽▽▽로부터 매입한 배로인을 가공·소분한 것도 있었다.

(3) 청구법인과 ▽▽▽▽와의 거래 내용을 그림으로 정리하면, 아래와 같다.

  • 나) 다음은 청구법인과 ▽▽▽▽와의 거래내용이며 거래원장, 거래명세표, 통장거래내역을 첨부하였다.

(1) 청구법인이 2019년 10월부터 12월까지 ▽▽▽▽로부터 총 16회, 합계 285,532,000원 매입하였는데 매입품목 중에서

• ‘참다랑어 50상 배로인’은 거래처인 ◎◎◎◎, ◆◆◆ 참치에 판매하거나, 일부를 가공·소분한 후 가공비 등 명목으로 이윤을 붙여 다시 ▽▽▽▽에 판매기도 하였다.

• ‘황새치 복육특태’, ‘축양 등외꼬리’, ‘생우니’ 등은 청구인의 각 소매점인 주식회사 ⊕⊕코리아, ◎◎◎◎ 등에 판매하였다.

(2) 청구법인은 2019년 10월부터 12월까지 ▽▽▽▽에 총 29회, 합계 285,532,000원에 매출하였는데, ‘축양 로인’ 관련 품목은 △△△△으로부터 매입한 것이고 ‘참다랑어 50상 배로인’ 품목은 ▽▽▽▽로부터 매입한 것으로 이를 가공·소분한 후 다시 ▽▽▽▽에 판매하였다.

3. ◇◇◇◇◇과의 거래는 정상거래이다.

  • 가) 청구법인과 ◇◇◇◇◇과의 거래관계는 다음과 같다.

(1) ◇◇◇◇◇은 주로 청구법인으로부터 참치 부위를 매입하여 온라인으로 판매해왔다. 그 밖에 ◇◇◇◇◇은 고속도로휴게소 등에서 간이음식을 포장·판매, ‘○○○○○’를 운영하는 등 다양한 영업을 하였다.

(2) 당시 ◇◇◇◇◇이 운영하는 ‘○○○○○’의 영업이 부진한 상태에서 청구법인에 도움을 요청하자, 청구법인의 대표는 본인이 그동안 음식점을 영업해 왔던 노하우를 기반으로 카페 운영, 인테리어 등의 컨설팅 및 카페에 필요한 식자재 조달 등의 업무를 해주었다.

(3) ◇◇◇◇◇은 이러한 용역의 대가로 2020년 4월부터 2020년 6월까지 3개월간 매달 600만원씩 1,800만 원을 지급하기로 약속하였는데, 첫 달에는 600만원을 지급하였으나 실질적으로 영업부진이 해소되지 않아 컨설팅의 효과가 나타나지 않는다는 이유로 그 후부터는 제대로 지급하지 않아 결국 그 중 900만원은 지급받지 못하여 미수금으로 남아있다.

  • 나) 2020.5.1. 매출전자계산서 6,000,000원, 2020.5.23. 매출전자계산서6,000,000원, 2020.6.19. 매출전자계산서 6,000,000원을 발행하였는데, 6,000,000원의 내역은 ① 카페 운영 및 인테리어 컨설팅 인건비 3,500,000원, ② 식자재 공급 업무 인건비 2,00,000원이다
  • 다) 청구법인은 위 거래에 관하여 거래원장, 거래명세표, 통장거래내역을 첨부하였다.

4. ☆☆☆☆☆, ★★★★★★, ◆◆◆◆과의 거래는 정상거래이다.

  • 가) ★★★★★★는 수산물, 육류도매업 및 물류배송업, ☆☆☆☆☆은 육류수입 및 도매업, ◆◆◆◆은 상품소매업을 주로 영위하는 회사이며 위 회사들은 모두 ○○○이 운영하고 있다.
  • 나) 청구법인은 ★★★★★★에 수산물인 붕장어를 매출하였고, ★★★★★★로부터 육류 및 소스류, 냉면, 냉면육수 등을 매입하였으며, 해당거래에 대하여 거래원장, 거래명세표, 계좌이체내역을 첨부하였다.
  • 다) 청구법인은 ☆☆☆☆☆으로부터 대량의 돼지 육류를 매입하여 유통 가능한 상태로 가공 〮〮·소분·라벨링 작업을 거쳐 ㎏당 100원의 가공비를 덧붙여 물류 배송업체인 ★★★★★★에 매출하였다. 해당거래에 대하여 거래명세표, 계좌이체내역을 첨부하였다.
  • 라) 청구법인은 ☆☆☆☆☆, ★★★★★★, ★★★★★★의 관계를 “☆☆☆☆☆ (수입)→청구법인(가공‧소분)→★★★★★★(물류)→★★★★★★(◆◆◆◆, 소매)”의 거래구조로 설명하고 있다.

5. ▲▲▲▲의 거래는 정상거래이다.

  • 가) ▲▲▲▲와는 농축산물을 유통하는 회사로서, 청구법인은 △△△△, ○○○○○○, ○○○○○ 등으로부터 매입한 축양오도로, 축양로인, 축양적신 등을 ▲▲▲▲에 판매하였다.
  • 나) 다음은 청구법인과 ▲▲▲▲와의 거래내용이며 전자계산서, 거래명세서, 계좌이체내역을 첨부하였다.

(1) 청구법인은 2020년 11월부터 2021년 12월까지 ▲▲▲▲에 축양적신, 축양오도로 1번, 4번을 177,000,000원을 판매하였다.

(2) 위 ▲▲▲▲에 판매한 ‘축양 오도로 1번, 4번, 축양적신’은 △△△△, ○○○○○, ○○○○○, ○○○○○으로부터 271,305,750원 매입분 중에서 판매한 것이다.

  • 다) 또한, ▲▲▲▲는 청구법인에게 결제를 제대로 하지 못하였고, 특히 ▲▲▲▲ 대표가 개인적인 일로 수감되면서 미지급금에 대한 지속적인 상환이 어려운 상황이었다. 그러나 ▲▲▲▲ 대표가 출소한 이후 청구인에게 미지급금에 대해서 계속적으로 변제 중으로(증 제4호증의 4 계좌입금내역(▲▲▲▲)), 매출액 총 177,000,000원 중 현재까지 98,085,152원을 변제하였다.

6. ▼▼▼와의 거래는 정상거래이다.

  • 가) ▼▼▼는 식자재 유통, 납품, 소분, 무역 등을 영위하는 회사로서 청구 법인과 ▼▼▼와의 거래구조는 다음과 같다.
  • 나) 다음은 청구법인과 ▼▼▼와의 거래내용이며 전자계산서, 거래명세서, 거래사실확인서, 거래원장을 첨부하였다.

(1) 청구법인은 2020년부터 2021년까지 ▼▼▼에 눈다랑어, 황새치비각 등을706,350,000원 판매하였다.

(2) 청구법인 ▼▼▼에 판매한 수산물은 ○○○○○, △△△△, ▽▽▽▽, 청아물산 증으로부터 매입한 650,910,635원 중에서 매출한 것이다.

3. 처분청 의견
  • 가. 청구법인은 도소매/냉동수산식품을 영위하는 사업자로 2000.9.18. ○○시 ○○○ ○○동에서 개업 후 2016.8.30. ○○ ○○시 ○○○ ○○○로 사업장을 이전하였다. 거래질서 조사 당시 냉동보관소 2개와 운송용 냉동탑차를 보유하고 실제 사업을 영위하고 있었으며, ‘천년경영’이라는 ERP시스템을 이용하여 매출·매입관리를 하고 이를 근거로 계산서를 발급하거나 수취한 것으로 확인된다.
  • 나. 처분청은 ERP시스템 입력여부와 거래처의 거래사실 확인서 회신내용, 거래 증빙 및 금융송금 적정여부, 조사 문답서 등을 검토하여 매출액 총 9,386,147,616원, 매입액 총 7,476,620,055원의 정상거래를 확정하고, 실제 거래로 판단할 수 없는 9개 매출처 총 10,653,892,190원, 8개 매입처 총 10,277,928,486원의 가공거래와 기타 소액의 계산서 미발급 거래를 확정하였으며, 그 명세는 다음과 같다.
  • 다. 청구법인의 실제거래와 가공거래의 차이점은 다음과 같다.

1. 실제거래의 경우 청구법인이 수시로 매출처의 수요를 파악하고 재고 확인 후 매입처에 발주하는 것이 필수적이어서, 거래시기에 맞추어 ERP프로그램인 천년경영에 매출과 매입내역을 입력하고 이를 토대로 대금 거래 및 계산서 발급이 이루어졌다.

2. 가공거래의 경우 청구법인과 거래처간의 금융 거래가 전혀 없거나 공급가액의 일부분만 확인되고, 청구법인이 매출과 매입내역을 ERP프로그램에 입력 누락한 상태로 계산서를 발행하였다. 또한 거래처의 업종은 청구법인과 유사한 농·축·수산물 도매업으로 청구법인과 거래처들은 고액의 매출·매입 계산서를 단기간에 교차 발행하여 재화가 순환하는 형태의 거래를 하였고 계약서나 약정서 없이 매출·매입 계상 후 거래 대금을 상계처리 하였다.

  • 라. 거래처별 가공확정 사유와 청구법인 주장에 대한 반박근거는 다음과 같다.

1. 거래처 △△△△에 대해 살펴본다. 청구법인은 △△△△이 2017년 10월경 대량의 참치를 수입하여 유통하기 위해서 가공․소분 작업을 해줄 업체가 필요하였고, 양사 간 계약에 따라 △△△△으로부터 대량의 참치를 매입하여 유통가능 상태로 가공한 후 일부는 소매점에 판매하고 나머지는 가공비 등 명목의 이윤을 붙여 △△△△에 다시 판매하였다고 주장하나 이는 사실과 다르다.

  • 가) 거래규모로 볼 때 △△△△이 청구법인에 공급할 만한 물량을 매입한 내역이 확인되지 않는다.

(1) 청구법인은 2017.10.31. △△△△으로터 ‘축양로인’ 품목으로 1,230백만원의 계산서를 수취하고 그에 상당하는 참치를 매입하였다고 주장하나, △△△△은 2017.1월부터 2017.10월 기간에 청구법인에 공급할만한 대량의 참치를 수입한 내역이 없다. * 2017.12.04 부산세관으로부터 수취한 705백만원의 매입계산서는 참치를 수입하여 ABC수산(주)에 480백만원, 대준에 200백만원 등 총 107업체에 1,018백만원에 공급한 것으로 확인됨

(2) △△△△의 수입물량 뿐만 아니라 2017.10월까지 국내 매입분(참치 등 모든 수산물)까지 포함하여도, △△△△이 청구법인에 공급할 만한 매입물량이 부족하여 2017.10.31. 청구법인에 1,230백만원 상당의 참치를 공급하는 것은 불가능하다. ※ 참고로 쟁점매입처의 연도별 매출원가율은 ’15년 91%, ’16년 89%, ’17년 92%임

(3) △△△△의 2017년 기초재고 142백만원임을 감안하여 2017년 매출량을 기준으로 3개년도 평균 매출원가율(91%)로 역산하면 수산물 전체매입량을 기준으로 10월 매입재고는 74백만원, 11월 및 12월 재고는 1백만원 미만으로 파악되며, △△△△의 평균 매출원가율(91%)을 고려해 볼 때도 △△△△은 2017.12월 재고가 없을 것으로 추정되는 바 △△△△이 청구법인에게 고액의 물량을 공급하는 것은 불가능하다.

  • 나) 청구법인은 △△△△과의 매입거래가 없었다면 매출처에 참치를 공급할 수 없었다고 주장하고 있으나 이는 다음과 같은 이유로 신빙성이 없는 주장이다.

(1) 청구법인은 2017.7.1.~2020.12.31.(조사대상기간) 부산세관을 통하여 11건 1,620백만원, 인천세관을 통하여 3건 201백만원 상당의 참치를 수입하였고, 정상거래처로 확정된 국내 수산물 유통업체 81개 업체 로부터 4,643백만원 상당의 냉동수산물 등을 매입하였는 바 이는 음식점 등 매출처에 공급하기에 충분한 물량이다.

(2) 또한, 청구법인이 근거로 제시한 매출원장은 어떤 거래처로부터 매입한 것인지 특정되지 않은 상황에서 임의로 소급 작성된 것이므로 인정하기 어렵다.

  • 다) 거래형태나 거래규모로 보아 청구법인은 △△△△과 고액의 물량을 거래할 합리적인 사유가 없다.

(1) △△△△의 대표 ○○○은 오래전부터 참치 도·소매거래를 해왔던 자로 ○○○○(개인사업장, 2017.9.6.개업)라는상호로 참치가공제조업도 같이 운영 중이었기에 절단, 분류, 박스포장의 단순한 가공과정인 참치 가공작업을 청구법인에게 맡기지 않고 본인이 직접 가공할 수도 있었던 상황이었고, 청구법인은 해외 수입처를 확보하고 있는 상태였기에 거래 관계가 미미하였던 △△△△과 갑자기 고액의 물량을 거래할 합리적인 사유도 확인되지 않는다.

(2) 만약 청구법인 주장처럼 △△△△이 별도로 가공·소분 작업이 필요 하였다면 참치매입→가공→재매입이라는 과정 없이 청구법인이 가공용역만 매출로 보아 거래하는 것이 합리적으로 보이나, 굳이 고액 상당의 참치를 매출과 매입으로 계상하고 매출과 매입에 대한 대금거래는 상계하여 실질적으로는 대금 수수도 없이 거래하였다는 청구주장은 설득력이 없다.

  • 라) 또한, 청구법인은 △△△△과 2017년 매출 3,044백만원, 매입 3,011백만원 총 60억원에 달하는 고액의 거래를 하였음에도 매출대금 중 36백만원의 입금내역과 매입대금 중 93백만원의 지급내역만 확인될 뿐 대부분의 거래에 대한 금융거래내역은 확인되지 않는다. 청구법인은 이에 대하여 매출과 매입이 동시에 발생하는 거래로 대금상계하였다고 주장하나 대금상계에 관한 약정서를 제출하지 않았다.
  • 마) 청구법인이 제출한 △△△△의 거래원장은 조사당시 ERP프로그램에 소급하여 입력된 것으로 입출고 대장 및 재고관리 대장 등 거래원장에 대한근거 및 계약서, 발주서, 입출고 관리내역 등 구체적인 증빙을 제출하지 않아 실질거래로 인정할 수 없다.

(1) 청구법인은 ‘천년경영’이라는 ERP시스템을 사용하여 판매, 매입, 입출고, 재고 등의 관리 및 거래명세서 및 계산서 발급까지 하고 있으며 천년경영 시스템에 정상적으로 자료를 입력하여 계산서 발행한 경우 매출원장 출력시 V표시란에 “O”로 표시되는 것으로 파악되나, 청구법인이 제출한 소명자료에는 해당 칸이 비어 있었다.

(2) 청구인은 ‘천년경영’ 외에 별도로 관리하고 있는 수동대장은 없었기에 ‘천년경영’을 통해서만 재고 등 모든 관리가 가능하였으나, △△△△과의 거래와 같이 실물거래 없이 계산서를 가공 발급·수취한 경우에는 시스템에 입력하지 않고 수동으로 별도 출력하여 편철 보관하고 있는 것으로 조사 시 확인되었다.

2. 거래처 ㈜★★★★★★, ㈜☆☆☆☆☆, ○○○○에 대해서는 다음과 같은 사유로 청구법인의 주장을 인정할 수 없다.

  • 가) 위 사업장들은 모두 대표 ○○○이 운영하는 사업장으로 2018년 8월부터 2019년 10월까지 청구법인은 ★★★★★★에 대금거래가 수반된 정상거래를 해온 것으로 확인되었으나, 2019.12.31. 거래분 계산서의 경우 ○○○이 운영하는 사업장과 대금거래 내역없이 교차거래를 하면서 기존의 채권·채무를 상계처리하였다고 주장하였으나, 처분청 확인결과 해당 채권·채무는 기존 채권·채무가 아닌 당일 일괄적으로 발생된 것으로 관련 증빙은 거래명세서 외에는 제출하지 못한 것으로 밝혀졌다.
  • 나) 청구법인이 주장하는 육류가공 거래의 경우, 청구법인이 제공한 가공‧소분 용역에 대해 수수료 매출 세금계산서만 발행하여야 할 거래임에도 소유권이 이전된 것처럼 계산서를 동시에 발행한 후 대금은 상계한 것으로 위장했을 뿐이고 실물거래를 입증할 계약서, 발주서, 입출고 관리내역, 주고받은 메일 등 구체적인 증빙을 제출하지 못했다.
  • 다) 이는 2019.12.31. 거래분 계산서의 흐름이 청구법인이 주장하는 ☆☆☆☆(수입)→○○○○(가공‧소분)→★★★★★★(물류)→○○○○(○○○○, 소매) 거래구조와 전혀 상관없이 업체별로 매출‧매입 총액만 비슷하게 맞추어 교차 발행된 점으로 보아 알 수 있다.

3. 거래처 ▲▲▲▲의 경우, 청구법인과 동일한 장소에 2020.11.16. 사업자등록함과 동시에 교차거래를 한 후 외상매입을 하였다고 소명하였으나 다음의 사유로 인정할 수 없다.

  • 가) 청구법인이 제출한 매출원장은 앞서 언급한 바와 같이 신빙성이 없으며, 매입원장의 물량은 대부분 가공거래처로 확정한 △△△△의 것이므로 제출한 거래원장만으로 실거래를 입증할 수 없다.
  • 나) ▲▲▲▲는 개업일부터 2020.12.31.까지 청구법인이 유일한 매입처였고 ○○○○가 유일한 매출처였다. ○○○○는 육류 도소매업체로 음식점에 돈정육을 납품하는 사업자임에도 ▲▲▲▲가 발행한 매출계산서 거래품목은 냉동수산물이었다. ○○○○의 거래일부터 매출계산서를 검토한 결과 청구법인이 주장하는 축양오도로에 대한 매출이 전혀 없었으며, ○○○○의 매출처 또한 중국음식점, 족발집 등 돈육을 소비하는 업체들로 고급 참치 200백만원 상당의 물량을 소비할 업체는 찾을 수 없었다.

3. 거래처 ▽▽▽▽는 아래와 같은 사유로 청구주장을 인정할 수 없다.

  • 가) ▽▽▽▽의 경우 매출 송장, 송금내역, 팩킹리스트, 선박예약 확인서 등을 제출하여 청구법인이 발행한 2018.12.31. 거래분 매출계산서 213백만원에 실거래가 일부 있었던 것으로 입증하였으나, 이와는 반대로 청구법인이 발행한 2019.12.31. 거래분 매출계산서 292백만원과 ▽▽▽▽로부터 수취한 285백만원의 교차거래의 경우는 대금 입출금 내역, 통관내역 등 실제 거래증빙을 제출하지 못하여 가공거래로 확정되었다.
  • 나) 청구법인이 주장하는 내용 또한 󰡒①일부 실제 매출처가 있다 ②나머지는 가공‧소분하여 매입처로 다시 재판매 하였다󰡓인데 신빙성 없는 거래원장으로 이를 입증할 수 없으며 처분청의 반박 근거도 앞서 언급한 바와 같다.

4. 거래처 ▼▼▼의 경우, 청구법인이 2020.8.31. 거래를 시작으로 2020.12.31.까지 매출계산서 706백만원을 발행하고, 매입계산서 557백만원을 수취하였는데 대금 거래는 전혀 없이 신빙성 없는 거래원장만 제출할 뿐 실물거래를 입증할 수 있는 계약서, 발주서, 입출고 관리내역, 주고받은 메일 등 구체적인 증빙을 제출하지 않았다.

5. 거래처 농업회사법인 ㈜◇◇◇◇◇의 경우, 계산서 6매 36백만원의 거래 중 대금증빙 없는 계산서 3매 18백만원은 실물거래 없이 가공매입계산서를 발행하였다고 인정하였다.

6. 매출처 ㈜○○○○, ○○○○는 계산서가 미발급 되었고 매입처 ○○○○, ○○○○의 경우 정상거래이나 매입이 누락되어, 청구법인이 부가세 신고시 반영하지 못한 것으로 확인된다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점계산서가 가공계산서인지 여부
  • 나. 관련법령 1) 법인세법 제75조의8 【계산서 등 제출 불성실 가산세】(2009.1.30. 법률 9346호로 일부개정된 것)

① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

1. 제120조의3제1항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 같은 조에 따른 기한까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 매입 처별 세금계산서합계표에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우(제4호가 적용되는 분은 제외한다): 공급가액의 1천분의 5

  • 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실관계

  • 가) 일자별 사실관계요약
  • 나) 청구법인 주요 사항

(1) 사업자등록 내역

(2) 청구법인의 주주현황

(3) 청구법인의 2017 사업연도 이후 법인세 신고내역과 2017년 제1기 이후 부가가치세 신고내역 법인세 신고내역을 보면 청구법인은 △△△△ 등과 거래가 있었던 2017년 사업연도에는 외형이 가장 높았고, 이후 계속되는 업황 악화로 2020년 이후에는 매출이 급감하였음을 알 수 있다.

2. 청구법인 주장 관련 증빙자료 검토

  • 가) 청구법인이 거래처별로 제출한 증거자료 목록은 다음과 같다.
  • 나) 청구법인은 2017년 제1기부터 2020년 제2기까지 과세기간 동안 위 업체로부터 수취 및 발급한 계산서, 거래명세서, 매입·매출원장 계좌거래내역 등을 제출하였으나, 실물거래를 입증할 수 있는 운반비내역, 계약서, 발주서, 입출고 관리내역 등은 제출하지 않았다.
  • 다) 청구법인은 △△△△, ○○○○○ 등으로부터 ‘축양 오도로 1번, 4번, 축양적신’을 매입하여 ▲▲▲▲에 판매하였다는 내용을 증빙하는 자료로 매출 원장 및 매출품목 일자별 매입원장을 제출하였다.
  • 라) 위 3)과 같이 청구법인은 2020년 5월에서 12월까지 거래처에서 271,305,750원을 매입하여 ▲▲▲▲로 177,000,000원을 매출하였다. 이에 대한 증빙으로 ○○○, ○○○○○○ 등 매입처에 지급한 통장거래내역은 제출하였지만 매입금액이 217,305,750원으로 가장 큰 금액을 차지하는 △△△△과의 통장거래내역은 제출하지 않았다. 또한 청구법인은 ▲▲▲▲로부터 2001.3.10.부터 2022.4.18.까지 98,085,112원을 지급받은 내역을 제출하였는 바, 2021년에도 ▲▲▲▲와 매출거래 218,378,650원, 매입거래 182,000,000원의 고액거래가 있었음을 고려하면 지급받은 금액이 2020년도177,000,000원에 대한 것인지도 명확하지 않고 거래규모에 비해 지급받은 금액이 미미하다. 또한 해당거래를 입증할 만한 실제거래에 대한 증빙도 제출되지 않았다.
  • 마) 청구법인은 ◇◇◇◇◇과 2020년 상반기에 매출계산서 3매 18,000,000원의 거래가 있었는데, 이는 영업노하우 및 운영에 필요한 식자재 조달 등에 대한 대가로 발행한 것이며 2020.5.26.부터 2020.8.18.까지 통장거래내역을 제출하였으며 현재 미수금이 9,000,000원으로 실제거래라고 주장한다.
  • 바) 청구법인이 제출한 통장거래내역을 검토한 바, 위에서 언급한 ◇◇◇◇과 ▲▲▲▲ 외에 업체에 대해 서도 일부 통장거래가 있었으나 처분청이 가공거래로 확정한 거래업체와의 입출금내역이 확인되지 않는다.
  • 사) 다음은 청구법인이 △△△△으로부터 2017.10.31. 수취한 1,230,000,000원 매입계산서에 대한 매입 원장 및 매입분에 대한 매출원장을 일부 발췌한 것이다. 매입원장은 특정거래처별로 거래일자 순으로 상품명, 수량, 단가 공급가액이 기록되어 있고, 매입분에 대한 매출원장은 매입한 특정품목이 거래일자별로 어떤 거래처로 판매되었는지를 보여 준다.
  • 아) 청구법인은 ☆☆☆☆☆ → 청구법인 → ★★★★★★로 이어지는 거래를 설명하기 위하여 다음과 같이 거래원장을 제출하였다.

(1) 청구법인은 수입업체인 ☆☆☆☆☆으로부터 매입한 대량의 돼지육류를 유통가능한 상태로 가공·소분 ․라벨링 등을 하여 포장한 다음, 가공비를 덧붙여 물류배송업체인 ★★★★★★에 매출하는 거래구조이다.

(2) 청구법인이 ☆☆☆☆☆으로부터 가공·소분․라벨링을 의뢰받으면 다음과 같이 거래처, 날짜, 매입/매출여부, 품목, 수량, 단가 등을 거래원장에 입력한다.

(3) 청구법인은 약 3일 간에 거쳐 가공·소분·라벨링하여 kg당 100원의 가공비를 덧붙여 ★★★★★★에 매출하고 다음과 같이 기입한다.

  • 자) 청구법인은 ★★★★★★와의 2018.9.22.부터 2020.10.30.까지 거래분 통장거래 내역을 제출하였는데 출 금합계 240,280,362원, 입금합계 15,780,000원이다. ★★★★★★와 2019년 10월까지 대금거래가 수반된 정상 거래를 하였으나, 조사 당시 가공거래로 확정된 2019.12.31. 발행분 매출계산서 510,000,000원, 매입계산서 180,000,000원에 대한 입출금내역은 없었다. 또한, ☆☆☆☆☆과의 거래에서도 2019.12.31. 발행분 매출계산서 377,000,000원, 매입계산서 540,000,000원 에 대해 가공거래로 확정되었는데 이에 대한 통장 거래내역은 제출된 바가 없다.
  • 차) 청구법인은 ▼▼▼와의 거래가 정상적인 거래임을 소명하기 위해 거래원장, 전자계산서, 거래명세표 외에 거래사실확인 문답서를 제출하였다. 해당 문답서는 2022.6.27. 작성된 것으로 ▼▼▼와의 실제거래가 있었으며 채권․채무는 상계되었다는 것이 주 내용이다.

3. 처분청이 제출한 증빙자료 검토

  • 가) △△△△의 대표 ○○○이 2017.9.6. ‘○○○’라는 상호로 경○○ ○○시 ○○○에 참치가공제조업을 개업하여 청구법인과 거래 당시 참치 가공업을 같이 운영하고 있음이 확인된다. ※ ○○○의 수입금액은 2017년 29백만원, 2018년 104백만원, 2019년 152백만원임
  • 나) 청구법인의 대표자 ○○○는 조세범칙혐의자 심문조서(2022.11.25.)에서 대출연장 등의 문제로 법인의 외형을 부풀리기 위해 계산서를 일부 가공발급 및 수취하였다고 진술하였다.
  • 다) 청구법인의 대표자 ○○○ 조세범칙혐의자 심문조서(2022.11.25.)에서 새롬 물산과의 거래 건을 입력 누락하였고 금번 세무조사 시 입력하였다고 진술하였다.
  • 라) 처분청은 △△△△이 천년경영 프로그램에 관련 거래를 입력하지 않고 관리하였다는 증빙으로 청구법인이 제출한 자료 중 √표시란에 ‘○’ 표기가 되어 있지 않은 매출원장을 제출하였다.

4. 기타 사항

  • 가) 청구법인의 사업장 소재지 ‘○○ ○○시 ○○○’을 네이버 로드뷰로 검색한 바 다음과 같은 외관을 갖추고 있는 것으로 나타났다.
  • 나) 인터넷으로 검색한 축양로인 냉동 상태의 수산물 사진은 다음과 같다.
  • 다) 이외에도 쟁점세무조사 시 제출되지 않았던 대금상계 약정서, 거래계약서, 입출고 관리 내역 등 실물 거래임을 입증할 수 있는 자료를 청구인에게 요청하였으나 추가로 제출할 자료는 없다는 입장이다.
  • 라. 판단

1. 관련법리 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 「부가가치세법」 제17조제2항제1호 의2가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원 1992.9.22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결 등 참조), 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

2. 쟁점계산서가 가공계산서인지 여부에 대한 판단

  • 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용을 종합하여 살피건대, 쟁점계산서는 실물거래가 없는 가공계산서로 보는 것이 타당하다.

(1) 청구법인은󰡒천년경영󰡓이라는 재고 등 전반적인 사업을 관리하는 시스템을 사용하였으나 가공으로 확정된 거래의 경우 거래내역을󰡒천년경영󰡓에 입력하지 않은 채 계산서 및 거래명세서를 수동으로 관리하다가 조사 착수 후에 소급하여 입력하였다.

(2) 또한 청구법인과 거래규모가 가장 큰 업체인 △△△△과의 거래내용을 살펴보면, 첫째, 2017.1.1.부터 2017.12.31.까지 청구법인이 △△△△으로부터 3,011백만원의 계산서를 수취하였는바, 이 기간에 △△△△이 매입한 물량으로는 청구법인에 참치를 공급하는 것이 사실상 불가능하다. 그 이유는 △△△△은 2017년에 인천세관으로부터 117백만원, 부산세관으로부터 705백만원의 참치를 수입하여 청구법인 외에 총 107개 업체에 1,018백만원에 공급하였다. 또한 △△△△은 2017년도에 청구법인 외의 거래처에 대한 매출 4,460백만원, 매입 4,079백만원이 발생하였는데 3개년도 평균 매출원가율(91%)로 역산하면 2017.10월 재고는 74백만원, 2017년 12월 재고는 1백만원 미만으로 추정되어 수입물량과 국내 매입분을 모두 합하여도 청구법인에 3,011백만원의 물량을 공급할 수는 없기 때문이다. 둘째,△△△△은 참치가공업도 직접 운영 중이었고 청구법인도 해외수입처를 확보한 상태에서 청구법인의 △△△△에 대한 2017년 매출액이 3,044백만원, △△△△으로부터의 매입액이 3,010백만원이 발생하였는데, 이는 2016년 △△△△에 대한 매출액 7백만원, 매입액 0원에 비해 급격히 증가한 금액인 바, 이러한 고액의 물량을 거래할 합리적 이유가 없어 보인다. 셋째, 청구법인은 2017.7.1.부터 2020.12.31.까지 부산세관을 통하여 1,620백만원, 인천세관을 통하여 201백만원 상당의 참치를 수입하였고, 정상거래처로 확정된 국내 수산물 유통업체 81개 업체로부터 4,643백만원 상당의 냉동수산물 등을 매입하였는바, 이러한 물량만으로도 △△△△으로부터 매입하지 않고 청구법인이 정상매출처에 충분한 공급이 가능하였다. 위와 같은 내용을 종합하여 볼 때 청구법인과 △△△△과 실물거래가 있었다고 보기 어렵다.

(3) 청구법인은 쟁점계산서가 정상거래임을 증빙하는 자료로 거래원장, 거래명세표, 전자계산서 등을 제출하였으나 이는 조사 착수 후 전산시스템에 소급하여 입력 후에도 제출가능한 자료이며, 계약서, 발주서, 작업지시서, 입출고 관리내역, 운송비 지급내역 등 실물거래임을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있다.

(4) 한편, 청구법인은 대출 연장 등의 사유로 고액의 매출․매입계산서를 동시에 발급․수취하면서 매출채권과 매입채무를 상계 처리하였다고 주장하고있으나, 상계 처리된 매출채권과 매입채무에 대해서 금융거래내역이나 상계약정서 등 관련 증빙을 제시하지 못하고 있다.

  • 나) 따라서, 처분청이 쟁점계산서를 가공계산서로 보아 청구법인에게 2018∼2019 사업연도 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)