등기부등본 상 거래가액은 소유권이전등기 시 제출된 매매계약서에 따라 기재된 것으로 청구인이 제출한 매매계약서는 사후에 변경된 것으로 보이며, 농업을 영위한 사정이 보이지 않아 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 것은 달리 잘못이 없음
등기부등본 상 거래가액은 소유권이전등기 시 제출된 매매계약서에 따라 기재된 것으로 청구인이 제출한 매매계약서는 사후에 변경된 것으로 보이며, 농업을 영위한 사정이 보이지 않아 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 것은 달리 잘못이 없음
이 건 심사청구는 기각합니다.
○○ 시
○○ 읍
○○ 외 9필지를 양도하였음이 등기부등본 상 확인된다. 이에 따라 결정된 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 정당하다.
- 나. 청구법인은 전, 답을 취득할 수 있는 농업회사 법인을 설립하여 토지 등을 분할하여 양도한 사실이 확인되는 바, 농업회사 법인을 가장한 부동산 매매업 영위 법인으로 파악되며, 심사청구 시까지 농업과 관련된 서류를 일체 제출하지 못하고 있으므로 청구법인이 매매한 토지를 비사업용토지로 보아 법인세 및 토지 등 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.
- 다. 청구인은 비사업용 토지가 아니라는 어떤 증빙도 제출하지 못하고 있으며 등기부등본 상 거래가액이 잘못되었다는 증명도 없이 법인세 과세표준이 부당하다는 주장만을 하고 있으므로, 이 건 심사청구는 기각되어야 한다.
① 부동산 매매대금을
○○ 원으로 본 것은 부당하다는 청구주장의 당부
② 부동산 양도에 대하여, 각 사업연도소득 및 토지 등 양도소득 법인세를 함께 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
- 나. 관련법령 1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 (2020.12.22. 법률 제17652호로 개정된 것)
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 1-1) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】 (2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것)
① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
- 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
- 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
- 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 2) 법인세법 제55조의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 ｢소득세법｣ 제88조제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
- 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.
- 다. 사실관계
1. 부동산 매매계약서(생략)
2. 부동산 등기부등본 내역(생략)
3. 청구법인 매출액 변동 사항(생략)
4. 청구법인 근로소득 지급내역(생략)
- 라. 판단
1. 부동산 매매대금을
○○ 원으로 본 것은 부당한지
- 가) 관련 법리 양도소득세액 산정의 기초가 되는 실지거래가액이라 함은 거래 당시 양도자가 당해 자산을 양도함에 있어서 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다(대법원 1997.2.11. 선고 96누860 판결 참조).
- 나) 부동산 매매대금을
○○ 원으로 본 것이 부당한지에 대한 판단
(1) 관련 법리와 앞서 살핀 사실관계 및 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 부동산 매매대금을 매매계약서 상 ○○원이라고 볼 수 없다.
① 매매계약서는 2019.9월 작성된 바, 계약 당시 약정하였던 거래금액이 2021.2월 소유권이전등기를 할 때 변경된 사정이
○○ 원으로 매매대금을 변경한 계약서에 의하여 인정되어 당초
○○ 원으로 계약한 거래의 잔금도 소유권이전등기 시 변경되었을 개연성이 상당하다고 보인다.
② 부동산 소유권이전등기 시 제출한 매매계약서 등에 기재된 금액이 등기부등본에 최종적으로 기재되는 점을 고려할 때, 소유권이전등기 시 제출한 매매계약서 상 잔금은 등기부등본과 동일할 것으로 보이나 관련 증빙을 보유하고 있을 청구인이 소유권이전등기 시 제출한 매매계약서를 제출하지 않아 등기부등본 거래가액이 잘못되었다는 반증이 존재하지 않는다.
③ ○○원으로 변경된 매매대금과 등기부등본 상 거래가액이 일치하는 바, 등기부등본 상 거래가액이 실지거래가액으로 인정된다. (2) 따라서 등기부등본 상 거래가액을 실지거래가액으로 하여 부동산 매매대금을
○○원으로 결정한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
2. 부동산 양도에 대하여, 각 사업연도소득 및 토지 등 양도소득 법인세를 함께 부과하는 것은 부당한지
- 가) 관련 법리 농업수입 금액이 같은 기간의 자산(토지) 처분에 따른 수입금액에 미치지 못하는 이상 주된 사업을 부동산매매업으로 보는 것이 상당하므로 농지를 비사업용토지에 해당한다고 봄이 타당하다(광주고등법원 2022.5.11. 선고, 2021누1963 판결, 대법원 2022.9.16. 선고 2022두44071 심리불속행 참조).
- 나) 부동산 양도에 대하여, 각 사업연도소득 및 토지 등 양도소득 법인세를 함께 부과하는 것은 부당한지에 대한 판단 (1) 관련 법리와 앞서 살핀 사실관계 및 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 청구법인이 2021 사업연도에 양도한 토지는 비사업용토지로 보인다.
① 청구법인은 2015∼2020사업연도 법인세를 무신고 하거나 매출액을 0원으로 신고하였으며, 농업을 영위하기 위한 종사자를 고용하거나 일용직 노동자를 고용하였다고 볼만한 지급명세서도 전혀 제출하지 않아 토지 보유기간 동안 농업을 주된 사업으로 영위하였다고 볼만한 사정이 없다.
② 처분청은 매출액과 지급명세서 등을 통하여 비사업용 토지라는 것을 상당한 정도로 입증하였으나, 청구법인은 비사업용토지에 해당하지 않는다는 구체적인 주장이나 증빙을 제출하지 않았다. (2) 따라서 청구법인의 부동산 양도에 대하여 각 사업연도소득 및 토지 등 양도소득 법인세를 함께 부과한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같습니다.