매매대상이 되는 토지의 전체 취득가액을 재조사하고 그 결과에 따라 쟁점토지의 취득가액을 국세청 기준시가에 비례하여 안분계산하여 산정하고, 토지 취득 시 소요된 토지 중개수수료 등을 재조사하는 것이 타당함.
매매대상이 되는 토지의 전체 취득가액을 재조사하고 그 결과에 따라 쟁점토지의 취득가액을 국세청 기준시가에 비례하여 안분계산하여 산정하고, 토지 취득 시 소요된 토지 중개수수료 등을 재조사하는 것이 타당함.
○○○세무서장이 2024.2.1. 청구법인에 경정·고지한 2016 사업연도 법인세 000원의 부과처분은
1. ○○○○○(이하 “매매대상이 되는 토지”라 한다)의 전체 취득가액을 재조사하고 그 결과에 따라 ◍◍◍◍◍ 전 000 등 10필지(이하 “쟁점토지”라 한다)의 취득가액을 국세청 기준시가에 비례하여 재산정합니다.
2. 토지 중개인 AAA에게 지급한 000원, 변호사 수임료 000원, 측량비 000원, 기타 수수료 000원 등 합계 000원 중 쟁점토지 취득 시 소요된 필요경비를 재조사합니다.
3. 위 1.과 2.의 재조사 결과에 따라 법인의 각사업연도소득 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정합니다.
1. 각사업연도소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 산정하고, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 산정하여
2. 2023.12.21. 법인세 000원을 과세한다는 과세예고를 통지(수령일: 2023.12.28.)한 후, 2024.2.1. 법인세 000원을 결정ㆍ고지하였다.
※ 쟁점토지 양도가액을 000원으로 보아야 한다는 청구주장은 위에서 살펴본 바와 같이 처분청이 이 건 법인세 결정ㆍ고지 시 쟁점토지 양도가액을 000원으로 하였으므로 더 이상 다툼의 실익이 없어 이 부분에 대한 양측의 주장을 생략하기로 한다. <쟁점① 취득가액을 000원으로 하는 것인지와 관련>
1. 최초 2019.9월경에 고충신청서에서는 양도한 토지의 취득가액이 000원이 아닌 000원으로 신청하였는데, 그 근거는 다음과 같다.
2. 청구법인은 위 판결문에 근거하여 처분청에 취득가액을 000원이 아닌 000원으로 정정해 줄 것을 고충신청하였으나, 처분청은 등기사항변경 정정까지 요구하였다. 그러나, 양도인은 등기사항변경 정정에 협조를 하는 대가로 거액(매매대금의 20%)을 요구해와 결국 등기사항을 변경하는 정정등기를 하지 못하고 포기하게 되었다.
3. 따라서, 쟁점토지의 취득가액으로 적정한 금액인 000원을 취득가액으로 인정하여 주기 바란다. <쟁점② 필요경비 000원 추가 인정여부와 관련>
<쟁점① 취득가액을 000원으로 하는 것인지와 관련>
1. 설령 중개수수료가 맞다고 하더라도 청구법인은 그 당시 쟁점토지를 포함한 다수의 토지를 매입한 사실이 확인되어 해당 금액을 쟁점토지에 대한 중개수수료라고만 특정할 수도 없다.
2. 그 외 비용 000원은 세금계산서, 현금영수증 등 비용을 실제 지급한 사실을 확인할 수 있는 정규증빙자료가 없고 실제 쟁점토지와 관련된 지출인지 여부도 불분명하여 이를 필요경비로 인정하기 어려우며, 필요경비 인정여부에 대하여 이미 2018.9월 DDD세무서장에 한 청구법인의 동일 고충신청 사안에 대해서도 인정되지 않은 사실(기각결정)이 있어 필요경비로 인정하기 어렵다고 사료된다.
① 쟁점토지의 실지취득가액을 000원으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지 거래와 관련 소요된 중개수수료와 자본적 지출액 등 000원을 필요경비에 산입하는 것이 타당하다는 청구주장의 당부
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다. <개정 2011.12.31>
1. 제52조제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액
2. 제57조제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액
3. 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 소득금액
③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2-1) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정된 것) 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. <개정 2014.2.21., 2015.2.3>
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)
2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 3) 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】
① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액
② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3-1) 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】
① 법 제41조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금융자산"이란 기업회계기준에 따라 단기매매항목으로 분류된 금융자산 및 파생상품(이하 이 조에서 "단기금융자산등"이라 한다)을 말한다. <신설 2010.12.30>
② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. <개정 2014.2.21, 2015.2.3>
1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]
2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액
③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다. <개정 2006.2.9, 2010.12.30, 2014.2.21>
1. 법 제15조제2항제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
2. 법 제28조제1항제3호 및 같은 조 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액
3. 유형고정자산의 취득과 함께 국·공채를 매입하는 경우 기업회계기준에 따라 그 국·공채의 매입가액과 현재가치의 차액을 당해 유형고정자산의 취득가액으로 계상한 금액
④ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다. <개정 2002.12.30, 2008.2.29, 2010.12.30>
1. 자산을 제68조제4항에 따른 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당해 현재가치할인차금
2. 기획재정부령이 정하는 연지급수입에 있어서 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액
3. 제88조제1항제1호 및 제8호나목의 규정에 의한 시가초과액
4. 삭제 <2001.12.31>
⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30, 2014.2.21>
1. 법 제42조제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액
2. 제31조제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액
3. 합병 또는 분할합병(제2항제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조제9호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액
⑥ 제4항제1호에 따른 현재가치할인차금의 상각액 및 같은 항 제2호에 따른 지급이자에 대하여는 법 제18조의2제1항제3호, 제18조의3제1항제3호, 제28조, 제73조, 제98조, 제120조 및 제120조의2를 적용하지 아니한다. <개정 2003.12.30, 2010.12.30., 2014.2.21> 3-2) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】
① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의2제2항 에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 상속세 및 증여세법 시행령 제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다. <개정 2007.2.28, 2009.2.4, 2012.2.2, 2021.2.17, 2023.2.28>
1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의2제4항제1호 에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법
2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법
② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. <개정 2014.2.21, 2016.2.12, 2016.8.31, 2017.2.3, 2018.2.13, 2019.2.12, 2021.2.17>
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제1항제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 3-3) 법인세법 시행령 제31조 【즉시상각의 의제】
② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 3-4) 법인세법 기본통칙 23-31…1【고정자산에 대한 자본적 지출의 범위】 영 제31조 제2항 제5호에 따른 자본적 지출에는 다음 각호의 예에 따라 처리하는 것을 포함한다.<개정 2001.11.01, 2019.12.23.>
1. 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나, 자기소유의 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득하여 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 해당 토지에 대한 자본적 지출로 한다. <개정 2001.11.01., 2024.03.15>
2. 토지구획정리사업의 결과 무상분할양도하게 된 체비지를 대신하여 지급하는 금액은 토지에 대한 자본적 지출로 한다.<개정 2010.09.01>
3. 도시계획에 의한 도로공사로 인하여 공사비로 지출된 수익자부담금은 토지에 대한 자본적 지출로 한다.
4. 공장 등의 시설을 신축 또는 증축함에 있어서 배수시설을 하게 됨으로써 공공하수도의 개축이 불가피하게 되어 그 공사비를 부담할 경우 그 공사비는 배수시설에 대한 자본적 지출로 한다.
8. 부가가치세 면세사업자의 고정자산 취득에 따른 매입세액은 해당 자산에 대한 자본적 지출로 한다. <개정 2024.03.15.>
10. 목장용 토지(초지)의 조성비 중 최초의 조성비는 토지에 대한 자본적 지출로 한다. <개정 2010.09.01> 4) 상속세 및 증여세법 제61조 【부동산 등의 평가】(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정된 것)
① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. <개정 2014.1.1>
부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다. 5) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 5-1) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】
① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2011.6.3>
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21>
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
3. 조세특례제한법 제7조제1항제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법
③ 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다. <개정 2012.2.2>
1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제3조제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액
2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액
3. 법 제34조 또는 조세특례제한법에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금 6) 법인세법 제67조 【소득 처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 6-1) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. <개정 2013.2.15, 2016.2.12>
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
② 제104조제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다. 7) 법인세법 제76조 【가산세】
⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. <개정 2010.12.30> 8) 법인세법 제116조 【지출증명서류의 수취 및 보관】
① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다.
② 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2013.6.7>
1. 여신전문금융업법에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다)
3. 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서
4. 제121조 및 소득세법 제163조 에 따른 계산서
2. 처분청이 2024.2.1. 청구법인에 한 2016 사업연도 법인세 결정ㆍ고지내역은 다음과 같다.(생략) 3) 청구법인은 쟁점토지 양도(거래)와 관련 GGG시에 당초 신고 시 양도가액 총액을 000백만원으로 신고하였다가, 2020.3.17. GGG시에 업계약서를 자진신고 하여 2020.7.15. 양도가액이 000백만원으로 정정되었으며, 동 자료는 2021.10월 국민권익위원회 고충민원 합의 권고 결정문에도 기재되어 있다(아래 “쟁점토지 양도 상세내역” 참조).(생략)
4. 청구법인이 쟁점토지를 취득 및 분할하게 된 과정, 쟁점토지의 취득가액 안분계산 내역을 살펴보면 다음과 같다.(생략)
5. 위 1차, 2차 매매계약서상 매매대상이 되는 토지의 취득과 관련 중개인 AAA에게 토지 중개를 하면서 중개수수료 000백만원을 지급하기로 약정하는 등 중개를 의뢰하였으나, AAA은 청구법인이 맡긴 금액을 횡령하였다는 혐의로 DDD지방검찰청에 고소(DDD지방검찰청 사건번호 2017년 형제○○○○호)되었는데, DDD지방검찰청에서는 AAA(피의자)에 대한 횡령 혐의에 대해 불기소결정(혐의없음, 증거불충분)하였으며, 중개수수료 명목으로 지급받은 000백만원은 개인적인 용도로 사용한 것으로 보기 어렵다고 판단한 것으로 확인된다(아래 “불기소결정서 중 중개수수료 내용” 참조).(생략)
6. 청구법인은 총 필요경비 000원 중 ‘상기 라. 중개수수료 000원’을 제외한 000원에 대해 통장에서 지출하였다고 주장하고 있으며, 처분청은 이 건 법인세 부과처분 시 토목설계수수료 000원과 토목공사비 000원 합계 000원을 비용으로 인정하였다(“2021.10월 국민권익위원회 합의 권고 결정문” 참조).(생략)
7. 2021.10월 쟁점토지 양도에 따른 취득가액 산정과 필요경비 산입에 대해 국민권익위원회에서 권고한 내용(취득가액 및 필요경비 인정)은 다음과 같다.(생략)
1. 쟁점토지 취득가액을 토지면적으로 안분계산하는 것인지
(1) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것, 이하 같다)제41조제1항제1호에서는 ‘내국법인이 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액을 해당 자산의 취득가액으로 한다’라고 규정하고 있다. (2) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정된 것, 이하 같다)제72조제2항에서는 “법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음의 금액으로 한다”라고 규정하면서, 제1호에 “타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 “건물등”이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]”를 규정하고 있으며, 같은 령 제89조 제2항에서는 “법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다. 2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액(이하 생략)”을 규정하고 있다.
(3) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정된 것, 이하 “상증세법”이라 한다)제61조제1항에서는 “부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 토지: 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다).(단서 생략)”를 규정하고 있다.
(4) 민사재판에 있어서는 다른 민사사건 등의 판결에서 인정된 사실에 구속받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 민사사건에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 된다 할 것이므로, 합리적인 이유 설시 없이 이를 배척할 수 없다는 것이 대법원의 확립된 견해이고, 특히 전후 두 개의 민사소송이 당사자가 같고 분쟁의 기초가 된 사실도 같으나 다만 소송물이 달라 기판력에 저촉되지 아니한 결과 새로운 청구를 할 수 있는 경우에 있어서는 더욱 그러하다 할 것이다(대법원 2000.7.4. 선고 2000다20748 판결, 대법원 2008.6.12. 선고 2007다36445 판결, 대법원 2009.3.26. 선고 2008다48964, 48971 판결 참조). (5) 법인세법 시행령제72조제2항제1호의 안분계산조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서, 그 내용과 취지에 비추어 볼 때 토지와 토지, 건물과 건물이 일괄하여 양도되는 경우와 같이 과세대상 자산들 상호 간에 적용됨은 물론이고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호 간에도 유추 적용된다고 할 것이며, 이 경우에 부합하는 다른 합리적인 방법을 상정하기 어려운 이상 그 유추적용을 원천적으로 배제할 만한 불합리한 사정이 있다고 하기 어렵다(대법원 2012.1.26. 선고 2010두21402 판결, 서울고등법원 2022.3.31. 선고 2021누64117 판결 참조).
(1) 관련 법리와 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, 매매대상이 되는 토지의 전체 취득가액을 재조사하고 그 결과에 따라 쟁점토지의 취득가액을 국세청 기준시가에 비례하여 안분계산하여 산정하는 것이 타당하다.
① 쟁점토지는 2016.8.19. 1차, 2차 매매계약에 따른 매매대상이 되는 토지에서 분할되었음이 토지등기사항전부증명서에 의해 확인됨은 앞서 살펴본 바와 같다.
② 청구법인과 쟁점토지 양도인 간에 잔금유무에 대한 채무부존재 확인 소송(DDD지방법원 2017가합○○○○)에 대한 판결(2018.9.19. 선고, 이하 “DDD지방법원 판결”이라 한다)에서 1차, 2차 매매계약에 따른 매매대상이 되는 토지의 전체 취득가액은 000원(1차 매매계약서상 거래금액 000원과 2차 매매계약서상 거래금액 000원의 합계액)으로 확인되고 있으며, 양자 간에 다툼이 없다고 명시하고 있다.
③ 그리고, DDD지방법원 판결문을 살펴보면, 본건 소송은 청구법인이 양도인에게 000원을 지급하고, 일부는 차용금으로 대체(함께 토지 구매에 관여한 FFF의 명의로 차용증 2매 금 000원을 차용한 것으로 나타난다)하여, 잔금 000원이 남아 있는지에 대한 채무부존재 확인소송으로 동 판결문에 따르면 매매대상이 되는 토지의 취득가액 000원도 지급된 것으로 보여지는데, 매매대상이 되는 토지 전부에 대해 소유권이전 등기가 완료되지 않은 것으로 보여 이 부분에 대한 사실확인이 필요해 보인다.
④ DDD지방법원 판결에서 처분청의 취득가액 증액의 배제사유로 들고 있는 토지등기사항전부증명서상 기재금액 000원에 대해서는 대금지급 내역을 살펴볼 때, 동 금원이 지급되었다는 사실을 확인할 수 없어 매매대상이 되는 토지와 별도로 쟁점토지의 매매대금이 지급된 것으로는 보이지 않는다(쟁점토지의 소유권이전등기를 위해 쟁점토지에 대한 매매계약서를 작성한 것으로 추정함이 합리적으로 보인다).
⑤ 그렇다면, 쟁점토지의 취득가액은 불분명한 상태에 해당되고 동 토지는 매매대상이 되는 토지에서 분할되었는바, 당초 매매대상이 되는 토지의 취득가액에 쟁점토지의 취득가액도 포함된 것으로 봄이 타당하므로, 쟁점토지의 취득가액은 매매대상이 되는 토지의 전체 취득가액에서 취득당시인 2016.9월의 기준시가에 비례하여 안분하여 계산하는 것이 타당해 보인다.
(2) 따라서, 매매대상이 되는 토지의 전체 취득가액을 재조사하고 그 결과에 따라 쟁점토지의 취득가액을 취득당시(2016.9월)의 국세청 기준시가에 비례하여 재산정하는 것이 타당하다고 판단된다.
2. 토지 중개수수료 등을 필요경비로 인정할 수 있는지
(2) 민사재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로 민사재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 1997.9.30. 선고 97다24276 판결 참조).
(1) 관련 법리와 다음의 사정들을 종합하여 볼 때, 중개수수료, 변호사 수임료 등 명목으로 지급된 비용 000원 중 토지 매입 부대비용에 해당하는 금원을 재조사하는 것이 타당하다.
① 청구법인과 양도인 간의 채무부존재 확인 소송에 대한 DDD지방법원 판결 내용을 살펴보면, AAA은 토지 중개인으로서의 어느 정도의 역할을 수행한 것으로 보인다.
② 청구법인이 AAA을 횡령 혐의로 DDD지방검찰청에 고소한 사건(2017년 형제○○○○호)에 대한 검찰의 불기소결정문을 살펴보면, AAA은 000원을 토지 중개수수료 명목으로 수령하였는데 이는 당초 받기로 한 중개수수료 000원의 일부라고 주장하고 있고, 나머지 금원은 청구법인을 위해 토지 매매대금을 대신 지급한 것이라고 주장한 사실에 대해 ‘중개수수료 명목으로 000원을 고소인으로부터 받기로 한 것으로 인정할 수 있으므로, 피의자가 중개수수료 명목으로 지급받은 000원 또한 개인적인 용도로 사용하였다고 인정하기 어렵다’고 판단하면서 횡령 혐의에 대해 ‘혐의없음’으로 종결하였음이 확인된다.
③ 그 외 변호사 수임료 000원, 측량비 000원, 기타 수수료 000원 등 합계 000원에 대해서도 통장으로 이체되었음이 확인되고 2021.10월 국민권익위원회 합의 권고 결정문에서도 필요경비로 인정하는 것을 검토함이 타당하다고 권고한 점을 고려할 때, 토지 취득과정 또는 보유과정에서 소요된 비용의 성격으로 보는 것이 합리적으로 보인다.
(2) 따라서, 토지 중개인 AAA에게 지급한 중개수수료 000원과 변호사 수임료 등 000원 합계 000원에 대해 토지 매입 또는 보유과정에서 소요된 비용여부를 재조사하여 그 결과에 따라 취득가액 또는 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제65조제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.