1차 자료제출 요청 등은 단순 과세자료 처리를 위한 자료 요청으로 보일 뿐, 질문조사권을 행사한 것으로 보이는 정황은 특별히 없다고 할 것이므로, 중복조사에 해당하지 않음
1차 자료제출 요청 등은 단순 과세자료 처리를 위한 자료 요청으로 보일 뿐, 질문조사권을 행사한 것으로 보이는 정황은 특별히 없다고 할 것이므로, 중복조사에 해당하지 않음
1. 청구법인은 2013년에 AA에 소재했던 공장(이하 “종전공장” 이라 한다)을 이전하기 위해 BB공장(이하 “신규공장” 이라 한다)을 준공하고, 2013.10.18. 신규공장을 등록한 후, 2014.4월부터 신규공장에서 사업을 개시하였다(이로부터 2년 이내인 2016.1.21. 종전공장에 대한 폐쇄신고를 하였다).
2. 청구법인은 면역진단키트 제품매출 등 소득에 대한 법인세에 대해 조세특례제한법제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)의 규정에 따라 2015년부터 2020년까지 6년간 세액감면을 신청하여 총 86,869백만원 상당의 법인세 감면을 적용받았다.
1. DDD세무서 (이하 “처분청” 이라 한다) 의 과세자료 처리와 관련 소명자료 제출요구 및 검토 2021.7.12. 처분청은 청구법인에 2014년 공장의 지방이전 관련 세액감면의 적정여부를 검토하기 위해, 2014～2020 사업연도의 업종별 매출액 현황 등을 자료요구(이하 “1차 자료제출 요청” 이라 한다) 후, 제출받은 자료를 검토하여 2021.8.30. 세액감면이 적정하다는 검토결과를 회신하였다. 2) BB지방국세청 (이하 “BB청” 이라 한다) 의 법인세 신고내용 확인(舊 신고내용 검증) 가) 2021.7.14. BB청은 청구법인의 감사보고서, 인사공고 등 자료를 검토하여 청구법인의 PP공장 제조 소득을 감면받았을 것으로 추정하고, 청구법인에 이에 대한 해명자료 제출을 안내(이하 “2차 자료제출 요청” 이라 한다)하였다.
1. BB청은 2022.11.15.부터 2023.3.16.까지 청구법인의 2017～2021 사업연도에 대한 법인세 통합조사(이하 “이 사건 세무조사” 라 한다)를 실시하였는데, 이 사건 세무조사는 ‘국세기본법제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하여 비정기 법인 통합조사로 선정된 것이었으며, 조사대상 선정 상세사유는 “국제거래 및 이전가격 탈루혐의”였다.
2. BB청은 인도네시아 도매법인과의 이전가격 조정 외 법인세 소득금액 11,017백만원을 적출하였으며, 2023.3.21. 세무조사부분결과를 통지(당시 과세사실판단위원회 회부중이던 공장 지방이전 감면 항목을 제외한 부분이며, 동 항목에 대해서는 2023.3.21. 2020년 사업연도 법인세 102,147백만원의 과세예고통지)하였다.
3. 청구법인은 2023.3.21. 부분결과통지에 대한 조기결정을 신청하였으며, 처분청은 2023.4.7. 2020년 사업연도 법인세 4,061백만원(가산세 857백만원 포함)의 부과고지를 하였다.
1. 처분청과 BB청의 청구법인에 대한 2020 사업연도 법인세 신고 관련 해명(소명)자료 제출 요구
3. BB청의 청구법인에 대한 추가 자료제출 요구 및 청구법인의 자료 제출 (이하 “4차 자료제출 요청” 이라 한다) BB청(법인2팀 장HH 조사관)은 위 현장조사 이후인 2021.9.15.에도 청구법인에게 다시 ‘2014년 이전 전후 회사조직도’, ‘신규공장 생산라인 사진 및 생산품목’, ‘매출원장 계정’, ‘소득구분계산서 계산 근거자료’ 등 아래 표에 기재된 추가자료를 요청(4차 자료제출 요청)하였다. <표> 청구법인은 2021.10.7. 세무대리인의 조력을 받아 BB청에 해당 자료를 모두 제출하였다.
4. BB청의 청구법인에 대한 출석조사 요구 및 청구법인의 수인 (이하 “5차 출석조사” 라 한다) BB청은 위와 같은 추가 자료제출 이후인 2021.10월 경 청구법인의 책임자급 임직원(이II 본부장, 오JJ 회계팀장)에 출석하여 문답 조사에 응할 것을 통보하였고, 이에 청구법인의 위 임직원들은 2021.10.13. 오전 BB청에 방문하여 오전 10시경부터 정오경까지 약 2시간 동안 BB청의 문답에 응하였다(이하 1차, 2차 자료제출 요청, 3차 현장조사, 4차 자료제출 요청, 5차 출석조사를 통칭하여 “쟁점조사” 라 한다).
5. 처분청 및 BB청의 청구법인에 대한 조사결과 통보 처분청은 2021.8.30. 청구법인에게 ‘청구법인이 제출한 소명자료를 검토한 결과, 청구법인의 지방이전 전후로 업종이 동일하다고 판단되므로 과세하지 않겠다’는 취지의 통보를 하였고, BB청 또한 2021.10.19. 청구법인에게 ‘청구법인이 제출한 해명이 적절한 것으로 확인된다’는 취지의 통보를 하였다.
6. BB청의 세무조사 착수 및 처분청의 이 사건 처분 BB청은 2022.11.15.부터 2023.3.16.까지 이 사건 세무조사를 실시하였는데, ① 청구법인의 신규공장에서 발생한 소득 중 공장 이전 이후 새롭게 추가한 업종에서 발생한 소득은 공장 지방이전에 따른 감면규정의 적용 대상에 해당하지 않아 감면대상 소득에서 배제되어야 하는 점, ② 청구법인과 국외특수관계법인 사이의 거래가격이 정상가격에 미치지 못한다고 보아 이를 조정하여야 하는 점 등을 지적하였다. 한편 BB청은 위 ①에 관하여 과세사실판단자문을 신청하였고, 이에 국세기본법제81조의12 제2항에 따라 청구법인에게 위 ①을 제외한 나머지 ②부분에 대한 부분 조사결과를 통지하였으며, 처분청은 BB청의 처분지시에 따라 2023.4.7. 청구법인의 2020년 사업연도 법인세를 증액·경정하는 이 사건 처분을 하였다.
1. 금지되는 재조사의 의미와 판단기준
2. 2021년에 이루어진 청구법인의 2020 사업연도에 대한 쟁점조사는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다.
(1) BB청은 2021.7.14. 청구법인에게 2차 자료제출 요청을 하면서 그 근거 법률로 법인세법제122조를 명시하였다. 3차 현장조사 또한 위 2차 자료제출 요청에 따라 청구법인이 제출한 해명자료의 적정성을 현장에서 확인하기 위한 일련의 후속 절차로 이루어진 것이고, 3차 현장조사의 근거가 되는 조사사무처리규정 또한 ‘현장방문’을 “세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 따른 것”으로 규정하고 있으므로 쟁점 자료제출 요구와 같이 법인세법제122조에 근거한 것이라는 점에는 이견이 있을 수 없다. 한편, 처분청이 청구법인에게 요구한 1차 자료제출 요청 역시, ① 청구법인의 과세표준과 세액의 적정성을 판단하기 위한 목적에서 관련 자료의 제출이 요구된 점, ② 자료제출 요구의 목적이 해당 자료를 기초로 청구법인이 적용한 법인세 감면의 적정성을 검토한 후 그 결과에 따라 납부할 세액을 증액·경정하기 위한 것인 점, ③ 청구법인으로서는 실질적으로 관할 세무서장의 위와 같은 요구를 거부하기 어려운 점 등을 고려할 때, 세무공무원의 질문·조사권(법인세법제122조)에 근거한 것으로 볼 수 있다.
(2) 법인세법제122조는 법인세 관련 세무공무원에게 직무수행에 필요한 사항에 관하여 납세자 등에게 질문하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있는 권한을 부여하는 규정으로 세무조사의 근거가 되는 유일한 법령 상의 규정이다. 또한, 납세자는 세무공무원의 적법한 질문·조사, 제출명령에 대하여 성실하게 협력할 의무를 부담하고(국세기본법제81조의 17), 만약 납세자 등이 세무공무원의 질문조사권에 근거한 질문에 대하여 거짓으로 진술하거나 그 직무집행을 거부 또는 기피할 경우 5천만원 이하의 과태료를 부과받을 수 있다(국세기본법제88조).
(3) 따라서 쟁점 자료제출 요청이 세무공무원의 질문조사권을 규정한 법인세법제122조에 따라 이루어진 이상, 청구법인은 위 요구에 응하여 성실하게 자료 등을 제출할 의무를 부담하였고 이에 반하여 거짓된 자료를 제출하거나 요청에 응하지 않을 경우 과태료에 처할 수 있는 법적 지위에 놓이게 된다. 따라서 쟁점 자료제출 요구는 그 성질이 통상의 세무조사와 전혀 다를 게 없다. 최근 대법원은 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부를 판단함에 있어, 납세자 등이 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하였는지 여부를 주된 판단기준으로 삼고 있는바(위 대법원 2014두8360 판결 등 참조), 위 자료제출 요구가 법인세법제122조를 근거로 명시한 사정만 보더라도 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다는 점을 쉽게 알 수 있다.
(4) 그러므로 쟁점 자료제출 요구는 청구법인의 법적인 권리·의무에 영향을 미치는 행정처분에 해당하고, 아래에서 설명하는 사정들을 함께 고려하면 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 밖에 볼 수 없다.
(1) 쟁점 자료제출 요구의 주된 내용은, 청구법인이 제출한 자료를 기초로 청구법인이 신청한 법인세 감면 여부의 적정성을 과세관청이 직접 판단하고 그 결과에 따라 청구법인의 세액을 증액·경정하기 위한 것이다. 먼저 처분청의 1차 자료제출 요청의 경우, ‘청구법인의 공장 이전 이후 적용한 법인세 감면과 관련하여 청구법인의 지방 이전 전 업종과 이전 후 업종이 동일한지 여부’를 확인할 수 있는 자료를 제출하도록 한 것인바, 과세관청이 직접 그 적정성을 판단하여 감면 배제 여부 즉, 과세 여부를 판단하기 위한 것임을 알 수 있다. BB청의 2차 자료제출 요청 또한 ‘청구법인의 2020 사업연도 법인세 신고 내역을 검토한 결과, 공장의 수도권 밖 지역이전에 대한 세액감면은 이전한 후의 공장에서 발생하는 소득에 한하여 적용할 수 있는데, 청구법인은 지방으로 공장을 이전한 후 수도권에 신설한 PP공장에서 발생한 소득을 감면대상 소득에 포함하여 법인세를 감면받은 것이 확인’되었으므로, ‘공장의 수도권 밖 지역이전에 대한 세액감면 적용이 가능할 경우 이를 입증할 수 있는 서류를 제출’하고, 만약 ‘BB청에서 검토한 바와 같이 청구법인이 2020 사업연도에 대한 법인세를 과소신고한 경우 해당 세액을 수정신고·납부할 것’을 내용으로 한다. 따라서 위 2차 자료제출 요청 또한 그 목적이 청구법인이 제출한 자료를 기초로 청구법인이 신청한 법인세 감면의 적정성을 판단하여, BB청이 사전에 조사 등을 통하여 확인한 바와 같이 감면 대상 소득에 해당하지 않는 소득에 대한 감면이 이루어진 것으로 판단될 경우, 감면을 배제하여 청구법인의 세액을 경정하기 위한 것임을 알 수 있다. 특히, BB청은 청구법인에게 BB청의 검토내용과 같이 과소신고한 경우 수정신고·납부할 것까지 요구하였는데, 이는 쟁점 자료제출 요구의 목적이 청구법인의 2020 사업연도에 관한 세액을 경정하기 위한 것임을 의미한다.
(2) 나아가, BB청은 2차 자료제출 요청의 “신고내용 검토결과 문제점”란에 “공장의 수도권 밖 지역이전 …(중략)… 지역이전 감면을 받은 것으로 확인됩니다.”라고 기재하였다. 그런데 통상 공장등록증명과 같은 공부상의 정보를 통하여 청구법인이 PP에 공장을 신설하였는지 여부는 확인할 수 있어도, 해당 공장에서 구체적으로 어떠한 제품을 생산하는지 여부까지는 확인하기 어려운 점에 비추어 볼 때, BB청의 위와 같은 언급은 쟁점 자료제출 요청 당시 BB청이 청구법인의 2020 사업연도 법인세 신고의 적정성을 검토하기 위하여 별도의 조사 등을 수행하였을 수도 있음을 시사한다. 아울러, BB청은 청구법인이 제출한 해명자료의 적정성을 판단하기 위하여 현장[PP공장(창고)]에 방문하여 해명자료의 내용을 직접 조사하고 검증하였는데, 이러한 3차 현장조사는 청구법인의 2020년 사업연도 법인세에 대한 감면 여부의 적정성을 판단하고 그 결과에 따라 관련 세액을 경정하는 것을 목적으로 이루어진 것이다.
(3) 이처럼 쟁점 자료제출 요구는 청구법인이 제출한 자료를 근거로 청구법인의 2020년 사업연도에 대한 세액의 적정성을 검토하여 세액을 경정하기 위하여 이루어진 것으로 앞서 본 바와 같이 세무공무원의 질문조사권에 따라 이루어졌고, 무엇보다도 이 사건 세무조사와 그 실질적인 내용 또한 정확하게 동일한바, 재조사 금지 대상이 되는 세무조사에 해당함이 분명하다.
(1) 앞서 설명한 바와 같이, 쟁점 자료제출 요구는 청구법인의 2020 사업연도 법인세 신고와 관련하여 감면의 적정성을 검토하고 그 결과에 따라 세액을 경정하기 위하여 이루어진 것이다. 따라서 청구법인이 제출하는 자료의 내용, 해당 자료에 대한 BB청과 처분청의 각 조사 결과 및 BB청의 청구법인에 대한 현장조사 결과에 따라 청구법인의 2020 사업연도 법인세액이 경정될 가능성이 충분히 존재하였고, 이에 청구법인 또한 자료 제출의 필요성 및 현장조사 대응의 필요성을 느껴 관련 자료를 BB청 등에게 제출한 것이며, BB청의 현장 방문 및 출석 요구 또한 수인하고 그 과정에서 BB청의 청구법인 임직원에 대한 문답 요구까지 수용할 수밖에 없었다.
(2) 이와 관련하여 최근 서울고등법원은 ‘납세자가 별도의 추가 증빙서류를 제출하지 않는 이상 납세자에 대한 증액경정이 예정되어 있는 것으로 보여 이를 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사로 볼 수 없고, 실질적으로 납세자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로 보아야 하는 점, 납세자로서는 해명을 제대로 하지 못할 경우 증액경정이 이루어질 것을 충분히 예상할 수 있어 자료제출 등을 통하여 해명할 필요성이 인정되는 점 등을 고려할 때, 과세관청이 납세자에게 위 ‘해명자료 제출안내문’을 발송하여 자료의 제출을 요구한 것은 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 판단하였고, 과세관청 또한 위 법원의 판단에 수긍하여 상고하지 아니하였는데(위 서울고등법원 2021누43486 판결), 쟁점조사의 경우, (i) 청구법인이 별도의 추가 자료를 제출하지 않았다면 BB청은 청구법인이 신청한 법인세 감면을 배제하였을 것이 분명하고 3), (ii) 따라서 납세자인 청구법인으로서는 위 자료제출 요구에 제대로 응하지 못할 경우 법인세 감면의 배제가 이루어질 것이 충분히 예상할 수 있어, 자료제출 등을 통한 해명의 필요성이 인정되는 점 등에서, 국세청이 중복세무조사를 인정하고 상고를 포기한 위 판례의 사안과 사실관계가 매우 유사하다. 더구나, 처분청과 BB청은 거의 같은 시점에 동일한 쟁점에 관하여 청구법인에게 자료의 제출을 요구하였고, 특히 BB청은 위 서울고등법원 판례의 사안보다 더 나아가 청구법인이 제출한 자료를 직접 조사·검증하기 위하여 청구법인의 사업장까지 직접 방문하여 현장을 확인하고, 임직원에 대한 문답 절차까지 진행하고, 나아가 청구법인의 임직원으로 하여금 BB청에 출석하여 조사에 응하도록 요구하였는바, 쟁점조사는 국세청이 중복세무조사가 금지되는 재조사에 해당한다고 수긍한 위 판례 사안의 자료제출 요구보다 더욱 재조사 금지대상이 되는 세무조사에 부합한다.
(3) 이상과 같이, 청구법인이 쟁점 자료제출 요구에 따라 제출한 해명자료의 내용과 BB청의 현장 방문 및 출석 조사의 결과에 따라 청구법인의 2020 사업연도에 대한 법인세 감면 여부가 달리 판단될 수 있었고, 실제 청구법인은 BB청의 조사에 성실하게 임하였으므로, 쟁점조사는 그 목적, 형식, 내용 등 어느 면에서도 보더라도 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다. 그리고 이러한 결론은 최근 선고된 법원의 판례나 그러한 법원의 입장을 수긍한 국세청의 입장(상고 포기)에 비추어 보더라도 명백하므로, 쟁점조사가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다는 점에 대하여는 이론의 여지가 없다.
(1) 대법원은 ‘국세청 소속 세무공무원이 옥제품 도매업체를 운영하면서 제품을 판매하는 납세자가 현금매출 누락 등의 수법으로 세금을 탈루한다는 제보를 받고 먼저 현장조사를 하고 그 결과 해당 납세자가 부가가치세에 관한 매출을 누락하였다고 보아 세무조사를 한 후 부가가치세 과세처분을 한 사안에서, 첫 번째 조사가 실질적으로 포괄적 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서 재조사가 금지되는 ‘세무조사’이므로, 두 번째 조사는 구 국세기본법제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사이어서 그에 기초한 부과처분은 위법하다.’고 판시한 바 있다(위 대법원 2014두8360 판결). 위 사안에서는 조사무처리규정에 따른 현지확인이 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부가 문제되었는데 대법원은 현지확인의 경우에도 “조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다.”라고 판시하였다.
(2) 3차 현장조사는, BB청이 청구법인의 2020 사업연도 법인세를 경정하기 위한 목적에서 한 쟁점 자료제출 요구에 대하여 청구법인이 해명자료를 제출하자, 그 적정성을 현장에 방문하여 직접 조사·검증하기 위한 목적에서 이루어진 것으로, 실질적으로 과세표준의 세액을 경정하기 위한 경우에 해당한다. 또한 BB청(조사2반 조GG 팀장 외 1인)은 2021.8.23. 청구법인의 사업장인 PP공장(창고)에 직접 방문하여 PP공장(창고)를 현장실사 하면서 위 창고가 제조기능을 보유하였는지 여부를 확인하였고, 이후 청구법인의 임직원을 직접 접촉하여 임직원 중 1인(이II 본부장)과 문답까지 진행하였다. 나아가 BB청은 PP공장(창고)의 과거 및 향후 기간에 대한 임대차계약서 및 과거 기간 동안의 품질검수 내역 등에 관한 증빙자료를 요구하였고, 청구법인은 해당 자료를 모두 BB청에 제출하였으며, BB청은 이후 현장 방문 및 추가요청 자료에 대한 조사 결과를 기초로 청구법인의 임직원을 BB청으로 출석하여 조사를 받도록 하기도 하였다. 따라서 쟁점조사는 납세자 등을 직접 접촉하여 일정한 기간 동안의 장부·서류 등을 검사·조사한 경우에도 해당한다. 아울러, 청구법인은 처분청과 BB청의 3차 현장조사 등에 대응하기 위하여 상당한 비용을 지급하고 세무대리인(FF회계법인, 한KK 세무사)을 선임하였고, 쟁점조사의 진행 여부는 청구법인의 경영진에게까지 보고되어 논의되었으며, 쟁점조사에 대응하기 위하여 청구법인의 인력 다수가 투입되었다. 따라서 쟁점조사는 실질적으로도 청구법인의 자본, 노동 등 다수의 생산 요소를 소모하는 영업상의 부담으로 작용하였다.
(3) 무엇보다도 이미 법원은 이 사건과 사실관계가 동일한 사안에 관하여 과세관청의 현장조사 및 출석 요구, 관련자료의 제출 요구 등이 국세기본법제81조의4 제2항에 따라 재조사가 금지되는 세무조사라는 점을 분명하게 밝혔고, 대법원 또한 이러한 법원의 판단을 수긍하였는바, 쟁점조사가 세무조사에 해당하여 이 사건 세무조사가 중복 세무조사에 해당한다는 점에 관하여는 이론의 여지가 없다(위 대전고등법원 2017누12931 판결 참조).
(4) 이상과 같이, 3차 현장조사 및 5차 출석조사만으로도 대법원 판례가 설시한 세무조사에 해당함에는 이론의 여지가 없는바, 쟁점조사가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당함이 명백하다.
1. 대법원은 ‘중복세무조사 금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하여야 한다고 보아야 하므로, 국세기본법에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서라도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다”라고 판시하였다(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결 등).
2. 쟁점조사는 청구법인의 2020 사업연도의 법인세에 대한 세무조사에 해당한다. 따라서 국세기본법제81조의4 제2항에 따라 과세관청은 이미 세무조사가 이루어진 청구법인의 2020 사업연도 법인세에 대하여는 다시 세무조사를 할 수 없고, 그러한 세무조사에 근거한 과세처분은 그 자체로 위법하다. 따라서 이 사건 세무조사 중 청구법인의 2020 사업연도 법인세를 대상으로 하는 부분은 이미 세무조사가 이루어진 과세기간과 세목에 대한 재조사에 해당하므로, 그 자체로 위법하고 이를 전제로 이 사건 처분 또한 위법하다.
3. 그러므로 이 사건 처분은 위법한 중복조사에 기초한 것이므로 역시 위법하여 취소되어야 한다.
1. ‘세무조사’에 해당하는 실질적인 조사행위가 있었는지 여부는 사실관계를 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다. 가)국세기본법제2조 제21호에는 “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다고 정의하고 있으며, 동법 제81조의4 제2항에서는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 법에서 정하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 나) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 다) 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니며, (대법원2017.8.30. 선고 2014두8360 판결). 라) 중복 세무조사 금지원칙이 적용되는 세무조사로서의 실지조사로 보기 위하여는 부과처분을 목적으로 하여야 하고(목적요건), 납세자나 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 직접 접촉하여야 하며(대면요건), 그 장소가 납세자 등의 사무실・사업장・공장 또는 주소지 등이어야 하고(장소요건), 납세자 등을 상대로 상당한 시일에 걸쳐 질문하고 일정한 기간 동안의 장부・서류・물건 등을 검사・조사하여야 하며(기간 및 행위요건), 그 질문이나 장부 등이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서 관련성이 있거나 관련성이 있다고 의심되어야 할 것(인과요건)이 요구된다(서울행법 2017.9.21. 선고.2017구합65456 판결).. 마) 따라서 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 상기의 5가지 요건을 만족하는지를 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금 지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017.8.30. 선고 2014두8360판결). 바) 따라서 1차, 2차 자료제출 요청에서 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는 실질적인 조사행위가 있었는지 여부는 사실관계를 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 하므로, 각 자료제출 요청이 조사에 해당하는지 구체적으로 살펴보도록 한다.
2. (처분청) 단순 과세자료 처리를 위한 자료제출 요청으로 검토결과 안내문에 명확하게 명시되어 있고, 납세자의 권리를 제한하는 질문조사권이 행사되지 않아 실지조사에 해당하지 않는다.
3. (BB청) 법인세 신고내용검증을 위한 해명자료 제출 안내이며, 세무조사가 아님이 검토 결과 안내문에 명확하게 명시되어 있고, 납세자의 권리를 제한하는 질문조사권이 행사되지 않아 실지조사에 해당하지 않는다.
(4) 제출요청 공문에 “PP공장에서 발생한 소득에 대해서 지역이전 감면을 받은 것으로 확인됩니다”라는 표현을 쓴 것은 청구법인이 주장하는 것처럼 별도의 조사를 통해 혐의가 사실임을 확인하였다는 것이 아니라, 상기의 세 가지 자료를 통해 혐의가 있음을 확인했다는 뜻이다.
① 번 자료는 청구법인이 1차 자료제출 요청시 처분청에 2021.8.3. 제출한 자료와 동일한 기본적인 감면신청서에 관련한 자료이고, ②번 자료는 ①번 자료에 대한 원시자료이며, ③번 자료는 각 2013년, 2014년, 2021년의 조직도와 직원명단, ④번 자료는 청주 신규공장 사진과 간단한 생산품목 소개로 네가지 자료 모두 청구법인이 손쉽게 제출할 수 있는 자료로 영업의 자유에 큰 영향을 주는 것이 아니다. BB청은 상기 네가지 자료 외에 다른 자료에 대해 제출을 요구하거나 제출받은 사실이 없다.
4. 1차, 2차 자료제출 요청이 중복조사의 전제가 되는 세무조사에 해당하지 않으므로, 이 건 세무조사는 절차적으로 위법하지 않다. 가) 중복 세무조사는 그 개념상 최초 세무조사를 전제로 하고 있고 이에 대하여 국세기본법제81조의4 제2항에서 별다른 규정을 두고 있지 않으나, 중복세무조사를 금지하고 있는 입법취지 및 관계 법령의 내용을 고려하면, 중복조사금지의 전제로서 ‘최초 세무조사’는 부과처분을 위한 실지조사가 이루어진 경우와 조세범칙조사가 이루어진 경우로 한정된다고 봄이 상당하다(대법원 2016.3.10. 선고 2015두58089 판결). 나) 1차, 2차 자료제출 요청이 중복조사의 전제로서 선행 세무조사에 해당하지 않는 한 BB청의 2020년도에 대한 법인통합조사는 금지된 재조사에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 이 사건 세무조사가 재조사를 할 수 있는 예외적인 사유에 해당하는지 여부를 논할 필요도 없이 중복조사를 이유로 이 건 법인세 조사결과통지가 절차적으로 위법하다는 청구주장은 타당하지 않다.
5. 이 사건 세무조사는 비정기 조사로 명백한 탈루 혐의에 의해 선정된 것으로 중복조사의 예외 사유에 해당한다. 가) 이 사건 세무조사와 관련하여 BB청이 송부한 ‘세무조사 통지서’에 조사대상 세목은 법인세, 조사대상 과세기간은 2017.1.1.∼2021.12.31., 조사기간은 2022.11.15.∼2023.3.4., 조사사유는 ‘국세기본법제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’로 기재되어 있으며, 선정상세사유는 ‘국제거래 및 이전가격 탈루혐의’이다. 나) BB청은 조사착수 당시 청구법인에게 조사선정 사유에 대한 충분한 설명을 하였으며, 청구법인도 이를 이해하여 장부·서류 등을 예치하는 것에 동의하였고, 중복조사 문제 등 조사착수에 대한 이의를 제기하거나 권리보호요청을 한 사실이 없다. 다) BB청은 조사대상 선정의 사유가 된 ‘탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’와 관련하여 본조사에 착수하여 국제거래 및 이전가격 분야에서 법인세 소득금액 10,902백만원을 적출하였으며, 2023.3.17. 세무조사 부분결과통지를(당시 과세사실판단위원회 회부중이던 공장 지방이전 감면 항목을 제외한 부분결과통지)하였다. 2023.3.21. 청구법인이 부분결과통지에 대한 조기결정을 신청하여, 2023.4.7. 부과통보를 완료하였으며, 2023.4.28. 세액 4,061백만원을 전액 납부하였다. 라) 세무조사권의 남용을 금지한 국세기본법제81조의4 제2항에서는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 하면서, 재조사 금지의 예외에 해당하는 경우로 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”를 규정하고 있다. 마) 전술한 것처럼 1차, 2차 자료제출 요청이 중복조사의 전제로서 선행 세무조사에 해당하지 않는 것은 분명하나, 설사 쟁점 자료제출요청이 청구법인이 주장하는 것처럼 실지조사에 해당한다고 가정하더라도, 이 건 조사는 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”로 국세기본법 제81조의11 통합조사 원칙에 의해 법인세 통합조사로 선정된 건이므로, 재조사 금지의 예외 사유에 해당하여 절차적으로 위법하지 않다.
6. 결론 선행 1차, 2차 자료제출 요청은 납세자의 자발적인 시정을 유도하기 위하여 서면으로 사실관계를 확인한 것에 불과하여 납세자의 권리를 제한하는 형태의 실지 조사에 해당하지 않고, 이 사건 세무조사는 ‘탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’에 의해 선정된 건이므로 금지되는 중복조사에 해당하지 않는다.
21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 1-1) 법인세법 제122조 【질문ㆍ조사】(2021.3.16. 법률 제17924호로 개정된 것) 법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 이 경우 직무상 필요한 범위 외에 다른 목적 등을 위하여 그 권한을 남용해서는 아니 된다. <개정 2018.12.24>
1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자
3. 지급명세서 제출의무자 및 매출ㆍ매입처별 계산서합계표 제출의무자
4. 제109조제2항제3호에 따른 경영 또는 관리책임자
5. 제1호에 해당하는 자와 거래가 있다고 인정되는 자
6. 납세의무자가 조직한 동업조합과 이에 준하는 단체
1-2) 조사사무처리규정 제3조(정의) (2021.4.26. 국세청훈령 제2435호) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “세무조사”란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부․서류․물건 등을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말한다.(이하 이 규정에서는 조세범칙조사와 구분되는 개념으로 “일반세무조사”라 한다.)
2. “현장확인”이란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 따라 세원관리, 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다.
28. “간편조사”란 일정한 요건을 충족하는 중소기업 등을 대상으로 최소한의 해명자료의 요구․검증 및 현장조사 방법 등에 의해 단기간의 조사기간 동안 조사를 실시하고 회계ㆍ세무 처리과정에서 유의할 사항 안내, 경영ㆍ사업자문 등을 하는 세무조사를 말한다. 1-3) 법인세사무처리규정 제2조(정의) (2021.3.2 국세청훈령 제2428호) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. 다만, 이 규정에서 특별히 정하지 않는 것은 국세기본법 및 관련 세법이 정하는 바에 따른다.
11. ‘현장확인’이란 간접확인 방식의 업무처리로는 이 규정에 따른 업무수행이 부적합한 경우에 사실관계 확인을 위해 종사직원이 해당 납세자 또는 사업장 등에 직접 출장하여 당초 출장목적 범위에서 특정사항이나 사업실상 등을 확인하는 행위를 말한다.
13. ‘신고내용 확인’이란 납세자의 자발적인 성실신고를 유도할 수 있도록 신고 안내자료의 반영 여부 등 법인세 신고내용을 검토하여 특정 항목이나 유형의 오류 또는 누락 혐의가 있는 법인을 확인 대상자로 선정하고, 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하는 방법으로 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무를 말한다. 2) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】
① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. <개정 2018.12.31>
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. <개정 2017.12.19, 2018.12.31, 2022.12.31>
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다. <신설 2017.12.19>
④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. <신설 2014.1.1., 2017.12.19> 2-1) 국세기본법 시행령 제63조의2 【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】 (2023.2.28. 대통령령 제33276호로 개정된 것) 법 제81조의4제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21, 2016.2.5, 2018.2.13, 2019.2.12>
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우
4. 조세범 처벌절차법 제2조제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조제1항제1호 에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. 3) 국세기본법 제81조의11 【통합조사의 원칙】
① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다. <개정 2017.12.19>
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 "부분조사"라 한다)를 실시할 수 있다. <신설 2017.12.19, 2018.12.31, 2022.12.31>
1. 제45조의2제3항, 소득세법 제156조의2제5항 및 제156조의6제5항, 법인세법 제98조의4제5항 및 제98조의6제5항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 제51조제1항에 따른 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우
2. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항 및 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우
3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우
4. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우
5. 명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우
6. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
④ 제3항제3호부터 제6호까지에 해당하는 사유로 인한 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다. <신설 2017.12.19> 3-1) 국세기본법 시행령 제63조의12 【부분조사 사유】
① 법 제81조의11제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2021.2.17, 2022.2.15>
1. 법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래하거나 법인세법 시행령 제88조제1항제8호 각 목 및 같은 항 제8호의2의 자본거래로 인하여 해당 법인의 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여(分與)하거나 분여받은 구체적인 혐의가 있는 경우로서 해당 혐의에 대한 확인이 필요한 경우
2. 무자료거래, 위장ㆍ가공 거래 등 특정 거래 내용이 사실과 다른 구체적인 혐의가 있는 경우로서 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급한 조사가 필요한 경우
3. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
4. 소득세법 제156조의2제1항 ㆍ제2항 및 법인세법 제98조의4제1항 ㆍ제2항에 따른 조세조약상의 비과세ㆍ면제 적용 신청의 내용을 확인할 필요가 있는 경우 (이 면 이하 여백)
1. 처분청의 이 사건 처분 내용 BB청의 이 사건 세무조사 결과에 따라 처분청은 2023.4.7. 청구법인에 법인세 4,061백만원을 부과고지하였는데, 그 상세 내용은 아래와 같다. 적출사항은 익금산입액 16,410백만원으로 인도네시아 등 해외현지법인과의 국제거래 관련 이전가격 조정에 대한 내용으로 확인된다. <표> 2) 처분청의 1차 자료제출 요청 관련 처분청의 1차 자료제출 요청과 제출 자료 등에 대한 검토내용, 그에 대한 처리결과는 아래와 같다.
(2) 국세청 대내포털시스템에 따르면, 청구법인의 설립일 이후 업종변경 내역은 다음과 같음 <표>
(3) (2021.8월 검토) 과세자료상에서는 청구법인이 공장 지방이전 당시(2014년)에 전기식 진단 및 요법 기기 제조업을 영위하고 있었으므로 2020년 당시 의료용품 및 기타 의약관련 제품 제조업과 상이한 업종에 해당하여 약 800억원 상당의 세액감면을 부당히 받은 것으로 되어 있으나, 청구법인의 공장 지방이전 당시의 주업종(331102)과 2020년 당시 주업종(331102)이 동일하고, 설립 시부터 현재까지 법인세 신고서상으로는 의료용품 및 기타 의약관련 제품 제조업(242309)으로 기재되어 있었으며, 2020년 발생한 COVID-19 면역진단키트 관련 매출과 사업자등록증상의 업종이 일치하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 부당세액감면은 없는 것으로 확인됨 ※ (첨부자료) 2014～2020 사업연도 업종별 매출액현황, 2018～2020 사업연도 공장이전 감면세액계산서 및 소득구분계산서 등
3. BB청의 2차 자료제출 요청 등 관련 BB청의 2차 자료제출 요청과 3차 현장조사 등 진행내용, 그에 대한 처리결과는 아래와 같다.
4. 청구법인이 제출한 쟁점조사에 대한 진행내용 청구법인은 1차, 2차 자료제출 요구 등 쟁점조사에 대한 상세 진행내용을 아래와 같이 정리하여 제시하였다. <표>
1. 관련 법리 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부･서류 그 밖의 물건을 검사･조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업자의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실･사업장･공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간동안의 장부･서류･물건 등을 검사･조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 세무조사로 보아야 할 것이다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 참조)
2. 이 사건 세무조사가 중복조사에 해당하여 위법한지에 대한 판단
(2) 우선 1차 자료제출 요청과 관련하여 처분청의 단순 과세자료 처리를 위한 자료제출 요청에 대해 청구법인은 2021.8.6. 2014∼2020 사업연도 업종별 매출액 요약자료, 2018∼2020 감면세액계산서, 소득 구분 자료를 서면으로 제출하였는데, 동 자료들은 법인세 신고서에 구분되어 있는 제조/도매 매출액 등으로 납세자가 제출하기 어렵거나 납세자의 영업의 자유에 심대한 영향을 주는 자료로 보기는 어렵고, 처분청은 위 자료를 수보한 이후에는 추가적인 자료요청을 하거나 질문조사를 하지 않고 제조/도매 소득구분에 따른 감면신고의 적정성 여부만 확인하고 검토 결과를 ‘과세하지 않음’으로 안내한 것으로 보이는바, 동 과세자료 처리를 세무조사에 해당한다고 보기는 어렵다. (3) BB청의 법인세 신고내용 확인을 위한 2차 자료제출 요청과 관련하여, 자료제출은 감면적용의 적정여부를 판단하기 위한 정도에 그친 것으로 보이고(청구법인은 구체적으로 영업의 자유 등에 심대한 영향을 줄 수 있는 정도의 자료제출 요구가 있었다고 주장하는데, 제출된 자료만으로는 이를 확인하기가 어렵다), 그 과정에서 PP공장을 방문한 것은 동 공장이 제조시설로 사용되는가 단순 물품보관 창고인가를 확인하기 위한 것으로 보이고, 동 사업장에서 질문조사권을 행사한 것으로 보이는 정황은 특별히 없는 것으로 판단된다. 또한 2021.10.13. BB청의 청구법인 소속 직원과의 문답은 이러한 확인내용의 연장선에서 이루어진 것으로 보인다. 이상에서와 같이 2차 자료제출 요청은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 문답에 그친 것으로 보이므로 세무조사에 해당한다고 보기는 어렵다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 소득세에 관한 사항으로 구 소득세법제170조가 근거 규정으로 명시되었다. 2) 대법원 2018.6.15.자 2018두36394 판결로 심리불속행 기각 확정되었다. 3) BB청은 쟁점자료 제출요구서에 “과소신고한 경우 기한 내 수정신고·납부할 것”을 명시하였다. 따라서 이는 청구법인이 관련 자료를 제출하지 않고 수정신고·납부까지 하지 않을 경우 BB청이 직접 부과처분을 하겠다는 취지이다.
이 사건 심사청구는 기각합니다.