청구법인이 폐기물처리용역을 공급받았다고 볼 수 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. a세무서장은 청구법인에 대해 2020년 귀속 법인정기통합조사를 실시하고, 청구법인이 b(공급가액 461,031,125원), c(공급가액 950,000,000원) 및 d(공급가액 100,000,000원)로부터 폐기물처리 명목으로 수취한 매입세금계산서 공급가액 1,511,031,125원을 위장 및 가공으로 확정하였다. 나.a세무서장은 c 및 d로부터 수취한 매입세금 계산서 관련 형사사건으로 발생한 변호사비용(공급가액 300,000,000원)과 위 가공으로 확정된 세금계산서를 매입세액 불공제 및 손금불산입한 과세자료를 처분청에 통보하였고 처분청은 2022.10.6. 2020년 제1기 부가가치세 141,895,500원, 제2기 부가가치세 129,505,681원 및 2020년 귀속 법인세 404,542,022원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 b로부터 수취한 세금계산서가 위장 세금계산서임을 인정하였으나 그 외의 건은 불복하여 이의신청을 거쳐 2023.6.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인의 거래 경위

1. 청구법인은 2011년부터 건설 폐기물 등을 수집하여 폐기물 종류별로 분류하는 단순 처리업을 영위하다가 2019년 하반기부터 동 업계에서는 거액의 시설 투자금이 소요되어 보유하고 있지 않은 플라스틱 폐기물의 1차 파쇄공장을 f에 신설하여 2020년 초부터 가동하고 있고, 폐플라스틱을 고형 연료로 사용하기 용이하도록 1차 파쇄된 폐플라스틱을 폐기물재처리위탁업자 등에게 위탁 처리하고 있다.

2. 폐기물 위탁처리업체인 c와 d는 검찰 공소장에서 밝혀진 것과 같이 e가 실제 운영하는 업체(사업자등록증상 대표는 g로 되어있으나, 실제 운영은 e로 경찰조사에서 밝혀짐)이며, e는 h에게 청구법인의 폐기물을 자신이 운영하는 쟁점거래처에서 직접 처리해주겠다고 하여 본 거래가 성립되었다. 참고로 h는 청구법인의 임원 및 직원이 아니고, 단지 폐기물 위탁처리업체와 계약을 용이하게 하기 위하여 h 본인이 청구법인의 이사 명함을 사용했을 뿐이고 이는 청구법인이 h에게 급여를 지급한 바가 확인되지 않는 근로소득 원천징수자료 등을 통해서도 알 수 있다.

3. h가 청구법인에게 폐기물재처리 위탁업체를 소개하게 된 동기는 청구법인이 2019년 하반기부터 폐플라스틱 1차 가공공장을 가동하면서, 당시 h의 형인 j가 i그룹의 전략기획실에서 근무하고 있어 i그룹이 사용하고 있는 고형연료(1차 파쇄된 플라스틱을 압축하여 연료로 사용)를 청구법인의 폐플라스틱으로 대체할 경우 청구법인이 일반 페기물 재처리 위탁업자에게 지급하는 톤당 12∼13만원의 처리 비용을 5만원으로 절약하도록 알선하여 주겠다고 계속 주장해 왔기에 청구법인으로서는 영업상 무시할 수 없었으며, 또한 h는 i그룹에서 고형연료를 담당하는 j를 통해 여러 폐기물 재처리 위탁업체를 다수 알고 있어, 청구법인도 이미 h에게 여러 폐플라스틱 재처리 위탁업자를 소개받아 적법하게 재처리하였고, 실제 h가 소개하여 청구법인과 계약 체결한 k(840톤), l(730톤) 등이 있으며, 그동안의 실적으로 청구법인은 h를 신임하게 되었으며, 이번 문제의 쟁점거래처도 h가 소개한 업체로 사업자등록증 상 업태가 폐합성수지 폐기물 및 건축자재로 기재되어 있고, 정상 허가 받은 업체라고 하여 청구법인은 그동안 h가 소개한 재처리업체가 모두 적법하였기에 의심없이 “폐기물 수집ㆍ운반ㆍ처리 위수탁 계약서“를 쟁점거래처 그리고 수집운반자와 공동으로 계약을 체결하고 거래를 시작하였다.

4. 이미 상당 부분 청구법인의 폐플라스틱이 쟁점거래처의 하치장에 이동된 후, 지방자체단체의 ○○○시스템에 입력을 독촉하였으나, h는 c의 사업자등록증과 건설폐기물 처리계획신고서, 건설폐기물 처리계획 신고증명서를 제시하면서 c가 폐기물 중간재활용업에서 폐기물 종합재활용업으로 허가 변경하는 과정에 있으며, 특히 쟁점 거래처 중 d는 조만간 허가를 득할 수 있으니, 조금만 기다려 달라고 미루다가 갑자기 연락이 되지 않았고, 그 후 2020. 8월경 h가 경찰에 긴급체포되어 h가 소개한 쟁점 거래처가 중간재활용업 허가가 없는 업체임을 경찰 조사를 통해 알게 되었다.

• 나. 이 건 처분이 부당한 이유

1. 청구법인과 쟁점거래처 사이의 거래는 다음과 같은 사유로 사전에 청구법인이 쟁점거래처가 불법으로 재처리할 것을 사전에 인지하고 단합하여 거래 하지 않았음이 객관적 거래 근거와 경제적 실질에 의해 확인된다.

• 가) 쟁점거래처가 불법으로 폐플라스틱을 무단 투기할 것을 사전에 인 지하고 거래하였다면 「폐기물관리법 제48조제1항 소정“불법 매립된 사실이 확인되면 폐기물 발생 시킨자에게 조치를 명한다”에 의해 청구법인의 비용으로 다시 재처리함은 물론이요, 폐기물처리 허가가 취소되는 등 법적 제재도 감수해야 하므로 거래당사자 특히 쟁점거래처가 적극적으로 거래 혼적을 없애기 위해 세금계산서 및 계근서류 등 일체의 증빙을 남기지 않을 뿐아니라, 반드시 현금으로 거래하는 것이 상식임에도 불구하고, 쟁점 거래처는 청구법인에게 세금계산서와 거래명세서를 발행하였으며, 특히 처리비용은 현금이 아닌 청구법인의 계좌에서 c의 g 대표 m은행 계좌으로 2020.7.15부터 19회 걸쳐 계좌 이체하였으며, d 또한 n금고 계좌로 송금되었으며으며, 또한 e가 검찰에서 진술하였듯이 무단 투기하는 경우 차량별로 계근하지 않고 20톤 트럭 대수로 비용을 계산함에도 불구하고 차량별로 계근 자료 등 모 든 근거를 보관하고 있은 것으로 보아 청구법인과 거래 당시에는 쟁점거래처가 적법으로 재처리하고자 하였으나, 폐기물재처리 허가가 늦어져 부득이 o, p, q, r시 소재 창고를 임차하여 임시 보관하고 폐기물재처리 허가를 기다리는 중이었다.
• 나) 청구법인과 쟁점 거래처가 불법으로 폐플라스틱을 사전에 무단 투기 하기로 하고 거래를 하였다면 재처리 비용이 다른 정상적인 재처리업체와 크게 낮게 거래했어야 함에도 불구하고(불법으로 재처리하는 업체의 경우 20톤 트럭 1대당 80~90만원의 비용을 받고 처리함은 업계의 상식으로 검찰조사에 서도 확인되었고, 이를 톤으로 환산하면 약 42천원임) 청구법인은 다른 정상적인 폐기물 재처리 위탁업체(s,t,u 등 다수)에게 지급하는 톤당 12∼13만원을 동일하게 지급하였다. 즉 청구법인이 사전에 불법으로 무단 투기할 것을 알고 거래하였다면, 처리 비용에서 경제적 이익을 얻어야 함에도 불구하고 청구법인이 쟁점 거래처에게 지급한 처리비용은 톤당 12∼13만원(운반비 포함)은 정상적으로 재처리하는 업체의 11∼14만원(운반비 포함)과 유사하게 지급되어 경제적 이익을 얻은 것이 전혀 없다. <청구법인과 정상적인 폐기물재처리위탁업체와 계약한 1톤당 비용> (단위: 원) 거래처 s t u v w 처리비 120,000 115,000 100,000 120,000 115,000 운반비 15,000 15,000 15,000 20,000 15,000 합계 135,000 130,000 115,000 140,000 130,000
• 다) 청구법인이 쟁점 거래처가 불법으로 폐합성수지를 재처리할 것을 사전에 알았거나, 또는 서로 인지하고 거래하였다면, 청구법인이 수집한 폐플라 스틱 원물을 20톤 트럭 대수로 계산하여 비용을 지급했어야 함에도 불구하고, 쟁점거래처가 정상적으로 처리할 것으로 알았기에 2019년부터 46억원의 자 금을 투자한 폐플라스틱 1차 파쇄 공정(폐플라스틱을 용이하게 재처리 및 재 활용하도록 또는 연료로 쉽게 사용할 수 있도록 수집한 플라스틱 원물을 잘게 부수는 작업)을 거쳐 다른 정상적인 재처리업자와 동일하게 1차 파쇄과정을 거친 폐플라스틱임이 수사 과정에서도 밝혀졌으며, 이는 청구법인이 쟁점 거래처가 불법으로 무단 폐기할 줄 알았다면 들어가지도 않았을 1차 파쇄 공정 즉 1톤당 4만원의 비용이 소요된 것으로 보아도 이는 청구법인이 사전에 불법을 인지하지 못한 상태에서 거래한 정상 거래였음이 확인된다.
• 라) 또한 만약 청구법인이 사전에 당해 쟁점 거래처가 불법으로 재처리 할 것을 알고 거래하였다면 다른 정상 업체와 동일한 비용을 송금하였으니, 일반적인 가공거래와 같이 지급된 대금의 일부를 청구법인이나, 청구법인의 관련자들에게 다시 지급했어야 함에도 불구하고, 검찰조사에서 밝혀진 대로 청구 법인이 지급한 대금은 청구법인외 다수 업체의 많은 폐기물을 저장한 창고(p시, q군, r시 소재 창고) 임대관련 보증금으로 사용되었음이 경찰조사에서 밝혀졌으며, 검찰의 약 3개월의 조사와 2차례의 압수수색에서도 청구법인 및 청구법인의 관련자 등이 되돌려 받은 금원이 확인되지 않았으므로 청구법인의 자금 유출과도 관련이 없다.

2. 처분청은 단순히 검찰의 공소장 내용을 기준으로 과세하였으나. 처분청의 조사결정 후 선고된 형사사건 1심 판결(x지방법원 y지원 2023.2.9. 선고 2020고단1*** 판결)에 의하면 당초 과세처분의 핵심인 청구법인의 관계자들이 불법으로 폐기할 것을 사전에 공모한 불법행위를 범했다는 점에 대해 법원은 아래와 같이 처분청과 상반된 판결을 하였다.

• 가) 처분청은 z(청구법인의 대주주, 대표이사의 배우자), aa(청구법인의 사장), bb(청구법인의 전무로 ○○○시스템 담당) 등은 쟁점거래처와 사전에 공모하여 무단으로 폐기물을 불법 투기했다고 보았으나, 법원은 이에 대해 무죄를 선고하였다.
• 나) 처분청은 쟁점거래처의 실질사장인 e가 쟁점거래 이전부터 청구법인의 관계자들과 서로 잘 아는 관계이고 사전에 불법 투기를 공모하였다고 보았으나, 법원은 e가 청구법인의 관계자들과 서로 알지 못하는 관계라고 판단하였다.
• 다) 처분청은 쟁점폐기물을 운반한 자가 청구법인의 운전기사로 보았지만 법원은 쟁점폐기물을 운반한 운전기사 cc, dd는 청구법인과 관련이 없는 자들이라고 판단하였다.
• 라) 단지 위 2020고단1* 판결은 h의폐기물관리법소정 폐기물 무단투기 혐의에 대해 유죄로 판단하고, h를 청구법인의 이사로 판단하여 양벌규정에 의해 청구법인도 유죄로 판단하였으나, 청구법인은 2023.3.17. h가 청구법인이 직원이 아니라는 이유로 항소하였다(x지방법원 2023노2).

3. 이를 종합해 보면 2020고단1*** 판결은 쟁점거래가 사전에 불법폐기를 공모하여 고의로 이루어진 거래가 아님을 밝히고 있으므로 처분청의 과세근거는 취소되야 한다.

4. 청구법인이 쟁점거래처에게 손해배상청구를 한 것은 폐기물관리법제48조제1항 및 제3항에 의거 지방자치단체로부터 조치명령을 받아 청구법인이 부담한 비용에 대하여 구상권을 행사한 쟁점거래와는 별로의 법률행위이며, ○○○시스템에 입력하는 행위 또한 폐기물관리법제18조에서 규정한 별개의 행위로 쟁점거래의부가가치세법제15조 및 제16조의 공급시가와 법인세법제19조 소정 손금의 범위와는 별도의 법률행위이다.

5. 만약 처분청의 의견대로 쟁점거래가 거래시기가 도래하지 않은 선급금에 해당한다면, 쟁점거래처와 같은 폐기물 재처리 업자들은 다수의 청구법인과 같은 거래처로부터 여러 종류의 폐합성수지를 공급받아 대형 하치장과 창고(악취 나는 폐합성수지)에 보관 및 분류작업을 거친 후, 추후 고형 연료 등으로 사용할 시멘트회사 및 화력발전소 등 거래처를 확보하면, 보관 중인 폐합성수지 중에 고형연료로 사용가능한 부분만 공급하고, 고형연료로 사용하지 못하는 부분은 다시 분류하여 재처리된다. 이런 과정에서 어느 업체가 언제 맡긴 폐합성수지인지 혼합되어 있어 구분이 불가능하고, 또한 시멘트회사 및 화력발전소 등을 확보하지 못하면 창고 및 하치장에 몇 년씩 보관하는 경우도 많아 특정 거래처의 폐합성수지가 언제 재처리되었는지 알 수 없다. 그러므로 쟁점거래처와 수집운반자 그리고 청구법인이 폐기물 수집·운반 처리 위수탁 계약서를 작성하고 수집운반자가 폐기물을 청구법인의 하치장에서 쟁점거래처로 이동할 때 법률상 모든 원인과 책임이 쟁점거래처와 수집운반자에게 발생되므로 이 때를 부가가치세법상 공급시기 및 법인세법상 손금의 시기로 특정해야 한다.

• 다. 결론

1. 청구법인은 2011년부터 재활용 폐기물 등을 단순히 수집하고 판매하던 업체였으나 동종 업계가 보유하고 있지 못한 고가의 폐플라스틱 1차 파쇄시설을 2019년 하반기부터 f시 소재에 토지 포함하여 46억원을 시설 투자하여 조사년도인 2020년은 시설투자가 완료된 첫해였으며, 쟁점거래처와 사전에 불법으로 폐기할 것을 단합하여 거래하였음이 지방자치단체로부터 확인되면 폐기물관리 면허가 취소되는 등 사업을 유지할 수 없는 치명적인 결과를 초래한다는 것은 폐기물 처리업계의 상식임을 비추어 볼 때 막대한 자금을 투자하여 시작하는 시점에 사전에 인지하고 불법을 공모하여 거래하였다는 것은 업계 상식에도 맞지 않다.

2. 처분청은 형법을 적용하기 위한 검찰 공소장만을 기준으로 조세법적 측면에서 사실조사 없이 위법한 처분을 하였음이 형사사건 1심 판결(x지방법원 y지원 2023.2.9. 선고 2020고단1*** 판결)에 의해 확인되었으며, 선고내용과 같이 쟁점거래는 쟁점거래처가 무단으로 불법 폐기할 것을 청구법인이 사전에 인지하고 서로 의 이익을 위해 담합한 불법거래가 아닌, 폐기물 브로커 e와 h에게 사기 당하여 청구법인만 막대한 손실을 입은 폐기물 위탁처리 거래에서 빈번히 발생하는 우발적 사고에 불과하므로 쟁점거래와 관련된 비용은 사업과 관련된 비용으로 볼 수 있으므로 처분청의 처분은 취소되어야 한다.

3. 또한 청구법인의 쟁점거래 관련자(사장 aa 외)들은 모두 x지방검찰청 y지청의 공소사실 중 “폐기물 무단투기에 따른 폐기물관리법 위반”에 대하여 무죄를 선고 받은 바, 이들을 위한 변호사 비용도 사업과 관련된 비용이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

• 가. (쟁점① 관련) 청구법인이 c 및 d로부터 수취한 매입세금계산서는 실제 용역을 제공받지 않고, 수취한 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액 부인함이 타당하다.

1. 쟁점폐기물은 실제 용역계약에 따른 정상적인 폐기물처리가 이루어지지 않고 불법 투기되었으므로, 쟁점세금계산서는 실제 용역을 제공받지 않고 수취한 가공세금계산서이다.

• 가) 청구법인의 손해배상청구 내용 및 그 승소 결과와 같이 폐기물처리비용으로 지급된 대금 또한 선급금으로 법인의 손금에 해당하지 않으므로 익금(유보) 처분함에 문제점이 없다.
• 나) x지방검찰청 y지청 검사의 공소장 내용에 따르면 청구법인의 aa, z 등은 브로커인 h, e 등과 대금을 편취할 목적으로 폐기물을 불법투기하기로 공모하여, 청구법인이 수거한 폐기물을 ‘p시 소재 창고’ 등에 불법 투기하였다.
• 다) 2020.12월경 관할 지방자치단체가 폐기물관리법 위반에 따라 청구법인에게 행정조치 명령을 함에 따라, 청구법인의 비용으로 폐기물을 재처리한 사실이 확인되고 청구법인 또한 이를 인정하고 있다.
• 라) 폐기물 처리위반 사항은 청구법인 등이 e 등과 공모하여 청구법인의 폐기물을 임차한 창고 등에 불법 투기한 것이 아니라, 불법 투기를 목적으로 임시로 창고를 임차하여 청구법인의 폐기물을 적재하여 둔 것이며, 화재로 인하여 이러한 사실이 밝혀짐으로 결과적으로 폐기물을 창고에 불법 투기한 것으로 인정된 것으로 판단된다.
• 마) 이후, 청구법인은 쟁점거래처들에게 폐기물 처리비용으로 기 지급한 선급금 1,155,000,000원을 반환하라는 손해배상 청구를 제기하여 승소한 사실이 확인된다.

2. 청구법인은 c‧d가 무허가 폐기물처리업체이고 실제 폐기물을 처리할 사업체가 아님을 알고 있었다.

• 가) 이러한 인식이 있었음에도 청구법인은 폐기물을 투기할 창고 임차에 필요한 자금과 e 등에게 지급할 수당 및 운반비 명목의 대금을 청구법인의 계좌에서 c와 d 명의 계좌에 송금하고 매입세금계산서를 수취하였는 바, c 및 d는 거짓세금계산서를 발행한 사업자에 불과한 것이다.
• 나) 폐기물관리법상 사업장폐기물을 배출, 수집․운반, 재활용 또는 처분하는 자는 그 폐기물을 배출, 수집․운반, 재활용 또는 처분하는 때마다 폐기물의 인계․인수에 관한 사항과 계량값, 위치정보, 영상정보 등 환경부령으로 정하는 폐기물 처리 현장 정보를 환경부령으로 정하는 바에 따라 ‘○○○시스템’에 입력하고 처리하여야 함에도 청구법인은 ○○○시스템에 쟁점폐기물의 처리내역을 입력하지 않았다.
• 다) 청구법인은 이전부터 폐기물처리 브로커로 활동하는 e 등을 알고 있었고, 이들의 소개로 여러 업체와 거래한 사실도 있었다.

3. 소결

• 가) 쟁점거래는 단지 법인의 자금을 부당하게 유출하여 창고 임차대금, 불법적으로 폐기물을 처리하는데 소요되는 비용 및 e 등의 보수를 지급할 목적으로 이루어진 것이다.
• 나) 쟁점거래처가 청구법인에게 정상적인 폐기물 처리 용역을 제공하였다고 볼 수 없고, 쟁점세금계산서는 청구법인이 용역을 제공받을 의사도 없이 수취한 가공매입세금계산서로 봄이 타당하다.
• 나. (쟁점② 관련) 청구법인이 쟁점거래와 관련한 변호사 소송비용에 대해 매입세액을 공제하고 손금으로 산입한 것은 부당하다. 앞선 항목에서 언급한 바와 같이 청구법인의 폐기물관리법 위반이라는 ‘고의’ 또는 ‘중과실’에 의한 불법행위로 인하여 소송비용이 발생하였으므로, 매입세액공제 및 손금을 부인하고 그 귀속자별로 소득처분함이 타당하다. 가) 법인세법 제19조제2항 은 “손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”라고 규정한다. 나) 법인세법 기본통칙 19-19…14에 따르면 법인 임직원의 행위 등으로 타인에게 손해배상금을 지출한 경우에는 그 손해배상의 대상이 된 행위가 법인의 업무와 관련된 것이고, 고의나 중과실이 아닌 경우에 손금 산입이 가능하다고 규정되어 있으며, 국세청 해석사례 또한 법인의 임원 또는 사용인의 행위 등으로 인해 소송비용을 지출한 경우 소송의 대상이 되는 행위가 법인의 업무수행과 관련된 것이고 또한 고의나 중과실로 인한 것이 아닌 경우로 법인세법제19조의 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 관련된 경우에는 손금에 산입한다고 해석하고 있다(서면2팀-934, 2006.5.25.).
• 다. 결론

1. 쟁점변호사비용은 청구법인 외 주주, 임직원, 특수관계법인 및 제3자의 불법행위로 인하여 발생한 비용이며, 이러한 불법행위로 인하여 폐기물관리법에 따라 청구법인이 이후 비용을 들여 재처리한 것으로 확인된다.

2. 폐기물관리법위반이라는 고의에 의한 불법행위로 인하여 발생한 쟁점변호사비용은 부가가치세 매입세액 부인 및 법인의 손금 부인 것이 타당하다고 판단되며, 또한 그 소송당사자가 법인의 주주이거나 임직원 또는 제3자에 해당하므로 그 비용을 각 귀속자에게 처분함은 타당하다.

• 가. 쟁점

1. (쟁점①) 폐기물처리용역을 공급받았다는 청구주장의 당부

2. (쟁점②) 폐기물관리법등 위반 관련 형사사건 변호사비용을 손금 등으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 등 1) 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 3) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 4) 부가가치세법 제17조 【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 5) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 6) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 7) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 7-1) 법인세법 기본통칙 19-19···14【법인이 지출한 임원 등의 손해배상금】 법인이 임원 또는 사용인의 행위 등으로 인하여 타인에게 손해를 끼침으로써 법인이 손해배상금을 지출한 경우에는 그 손해배상의 대상이 된 행위 등이 법인의 업무수행과 관련된 것이고 또한 고의나 중과실로 인한 것이 아닌 경우에는 그 지출한 손해배상금은 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다. 8) 법인세법 제27조 【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 9) 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 10) 폐기물관리법 제8조 【폐기물의 투기 금지 등】

① 누구든지 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장이나 공원ㆍ도로 등 시설의 관리자가 폐기물의 수집을 위하여 마련한 장소나 설비 외의 장소에 폐기물을 버려서는 아니 된다. 11) 폐기물관리법 제18조 【사업장폐기물의 처리】

① 사업장폐기물배출자는 그의 사업장에서 발생하는 폐기물을 스스로 처리하거나 제25조제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받은 자, 폐기물처리 신고자, 제4조나 제5조에 따른 폐기물처리시설을 설치ㆍ운영하는 자, 건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률 제21조 에 따라 건설폐기물 처리업의 허가를 받은 자 또는 해양환경관리법 제70조제1항제1호 에 따라 폐기물 해양 배출업의 등록을 한 자에게 위탁하여 처리하여야 한다.

③ 환경부령으로 정하는 사업장폐기물을 배출, 수집ㆍ운반, 재활용 또는 처분하는 자는 그 폐기물을 배출, 수집ㆍ운반, 재활용 또는 처분할 때마다 폐기물의 인계ㆍ인수에 관한 사항과 계량값, 위치정보, 영상정보 등 환경부령으로 정하는 폐기물 처리 현장정보(이하 "폐기물처리현장정보"라 한다)를 환경부령으로 정하는 바에 따라 제45조제2항에 따른 전자정보처리프로그램에 입력하여야 한다. 다만, 의료폐기물은 환경부령으로 정하는 바에 따라 무선주파수인식방법을 이용하여 그 내용을 제45조제2항에 따른 전자정보처리프로그램에 입력하여야 한다. 12) 폐기물관리법 제48조 【폐기물 처리에 대한 조치명령 등】

① 환경부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 부적정처리폐기물(제13조에 따른 폐기물의 처리 기준과 방법 또는 제13조의2에 따른 폐기물의 재활용 원칙 및 준수사항에 맞지 아니하게 처리되거나 제8조제1항 또는 제2항을 위반하여 버려지거나 매립되는 폐기물을 말한다. 이하 같다)이 발생하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "조치명령대상자"라 한다)에게 기간을 정하여 폐기물의 처리방법 변경, 폐기물의 처리 또는 반입 정지 등 필요한 조치를 명할 수 있다.

2. 부적정처리폐기물이 처리된 폐기물처리시설의 설치 또는 운영을 제5조제2항에 따른 수탁자에게 위탁한 자

5. 부적정처리폐기물과 관련하여 제18조제3항을 위반하여 폐기물 인계ㆍ인수에 관한 사항과 폐기물처리현장정보를 전자정보처리프로그램에 입력하지 아니하거나 거짓으로 입력한 자

③ 제1항에 따라 조치명령을 받은 자가 자기의 비용으로 조치명령을 이행한 경우에는 동일한 사유로 조치명령을 받은 자의 부담부분에 관하여 구상권을 행사할 수 있다. 13) 폐기물관리법 제65조 【벌칙】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 3년 이하의 징역이나 3천만원 이하의 벌금에 처한다. 다만, 제1호, 제6호 및 제11호의 경우 징역형과 벌금형은 병과할 수 있다.

11. 제18조제1항을 위반하여 사업장폐기물을 처리한 자 14) 폐기물관리법 제66조 【벌칙】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 2년 이하의 징역이나 2천만원 이하의 벌금에 처한다. 4의4. 제18조제3항을 위반하여 폐기물의 인계ㆍ인수에 관한 사항과 폐기물처리현장정보를 입력하지 아니하거나 거짓으로 입력한 자 15) 폐기물관리법 제67조 【양벌규정】 법인의 대표자나 법인 또는 개인의 대리인, 사용인, 그 밖의 종업원이 그 법인 또는 개인의 업무에 관하여 제63조부터 제66조까지의 어느 하나에 해당하는 위반행위를 하면 그 행위자를 벌하는 외에 그 법인 또는 개인에게도 해당 조문의 벌금형을 과(科)한다. 다만, 법인 또는 개인이 그 위반행위를 방지하기 위하여 해당 업무에 관하여 상당한 주의와 감독을 게을리하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계

1. 처분청은 대상기간을 2020.1.1.에서 2020.12.31까지로 하여 2022.6.29.～2022.7.28. 청구법인을 법인통합조사 실시하였으며 2022.7.22. 범칙조사로 전환하였다.

2. 청구법인은 2012.10.23. f시에서 개업하였고 업종은 제조업(고형연료제품, 비계 구조물 해제 공사업, 고철, 비철, 사업장폐기물수집운반, 폐기물종합재활용)이며 2019.4.11.～2021.3.17. 대표이사는 ee로 확인된다.

3. 세무조사 결과 a세무서장이 가공으로 확정한 청구법인의 매입세금계산서 내역과 업무무관 경비로 판단한 매입세금계산서 내역은 다음과 같다. <a세무서장의 조사내역> (단위: 원) 공급자 공급가액 (매수) 합계 가공 여부 비고 2020.1기 2020.2기 b 0 461,031,125 (28) 461,031,125 여 청구법인 시인 c 750,000,000 (13) 200,000,000 (4) 950,000,000 여 쟁점거래처 d 0 100,000,000 (4) 100,000,000 여 쟁점거래처 합계 750,002,020 661,033,145 1,511,031,125 (단위: 원) 공급자 ‘20.2기 피의자 비고 법무법인 ff 90,000,000 z, 청구법인 법무법인 gg 10,000,000 bb 법무법인 hh 70,000,000 청구법인 외 3 법무법인 ii 60,000,000 z, aa, bb 법무법인 jj 50,000,000 z, aa, bb 법무법인 kk 20,000,000 청구법인, z 합계 300,000,000

4. 처분청은 쟁점세금계산서 및 변호사비용을 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 경정하였고, 쟁점거래처에 지급한 1,155,000,000원을 유보처분하였다.

5. 청구법인에 대한 세무조사의 계기가 된 2020.12.3.자 검찰 공소장 내용의 요지는 아래와 같다(x지방법원 y지원 2020고단1***, 이 건 관련 피고인: z, aa, bb, h, 청구법인).

• 가) z는 청구법인 대표이사 ee의 남편이자 ll의 대표이사로서 이른바 mm그룹의 회장이다.
• 나) aa는 청구법인의 사장이자 피고인 ll의 사내이사로 z의 지시를 받아 각 회사의 폐기물 수집 및 배출 내역을 관리하는 자이다.
• 다) bb는 청구법인의 전무로서 청구법인이 반입 및 반출하는 폐기물의 인계·인수에 관한 전자정보처리 프로그램(이하 “○○○시스템”이라 한다.)의 입력 및 폐기물 인계·인수에 관한 서류 등을 보관하는 업무를 하는 자이다.
• 라) h는 청구법인의 이사의 직함을 사용하여 폐기물의 소각, 매립, 재활용 등 그 처리와 관련하여 거래업체 물색 및 계약 협상, 화물차 배차 업무 등을 담당하는 자이다.
• 마) e는 고물상 업체인 쟁점거래처 중 하나인 c를 운영하며 사업장 폐기물을 건네받아 이를 제3자에게 전달하는 폐기물 브로커이다.
• 바) z, aa, bb, h는 e 등과 공모하여 쟁점폐기물을 e 지인 소유의 창고에 투기하기로 하였다.
• 사) z는 aa 및 h로 하여금 폐기물창고 임차에 필요한 자금과 수당 및 운반비를 청구법인 계좌에서 e가 운영하는 c 명의 계좌에 입금하도록 지시하였고, z의 지시에 따라 h는 e와 함께 빈 창고를 물색하다 e 지인 소유의 창고를 임차하였다.
• 아) aa와 bb는 임차한 창고에 청구법인이 배출한 쟁점페기물을 위 창고에 보낸 다음 ○○○시스템에 입력하지 않고 사후에 폐기물처리 허가를 보유한 업체에 배출한 것처럼 허위입력하는 방식으로 저가에 폐기물을 무단으로 폐기하고, 이를 통해 발생하는 수익 중 일부를 나눠 갖기로 계획하였다.
• 자) 누구든지 특별자치시장, 특별자치도시장, 시장, 군수, 구청장이나 공원, 도로 등 시설의 관리자가 폐기물의 수집을 위하여 마련한 장소나 설비 외의 장소에 폐기물을 버려서는 아니 된다.

(1) 그럼에도 불구하고 피고인들은 e 등과 공모하여 폐기물 수집을 위하여 마련된 장소나 설비 외의 장소인 p시 및 q군 소재 창고에 사업장폐기물을 버렸다.

(2) 이로써 피고인들은 e 등과 공모하여, 폐기물 수집을 위하여 마련된 장소나 설비 외의 장소에 사업장폐기물을 버렸다.

• 차) 사업장폐기물을 배출, 수집·운반, 재활용 또는 처분하는 자는 그 폐기물을 배출, 수집·운반, 재활용 또는 처분할 때마다 폐기물의 인계·인수에 관한 사항과 계량값, 위치정보, 영상정보 등 환경부령으로 정하는 폐기물 처리 현장정보를 환경부령으로 정하는 바에 따라 ○○○시스템에 입력하여야 한다.

(1) 그럼에도 불구하고, 피고인들은 위와 같은 공모에 따라 청구법인에서 2020.6.초경부터 같은 해 8.1.경까지 중간가공 폐합성수지 등 사업장폐기물을 배출하면서 폐기물의 인계·인수에 관한 사항과 폐기물처리현장정보를 ○○○시스템에 입력하지 아니하였다.

(2) 이로써 피고인들은 공모하여 폐기물의 인계·인수에 관한 사항과 폐기물처리 현장정보를 ○○○시스템에 입력하지 아니하였다.

6. 조사청은 검찰의 기소내용과 같이 쟁점거래처가 청구법인으로부터 쟁점폐기물을 인도받으면서 ○○○시스템에 입력이 되지 않아 불법투기로 보았고 쟁점거래가 불법거래이기 때문에 쟁점세금계산서를 가공으로 확정하였다.

7. 2023.2.9. 위 2020고단1*** 형사사건 1심 판결이 선고되었고 청구법인과 관련된폐기물관리법주요 혐의 및 그 선고결과는 아래와 같다. <청구법인 관련 혐의에 대한 형사재판 선고결과> 피고인(청구법인과의 관계) 무단투기

○○○시스템 미입력 z(대표, 회장) 무죄 유죄 aa (사장) 무죄 유죄 bb (전무) 무죄 유죄 h (이사) 유죄 유죄 청구법인 유죄(h 의 유죄로 인하여) 유죄 (피고인들의 유죄로 인하여)

• 가) 기소된 혐의 중 z, aa, bb, h가 공모하여 쟁점거래처의 쟁점폐기물 투기한 혐의(폐기물관리법에 따른 불법투기 혐의)에 대해 z, aa 및 bb는 무죄로 판결되었다(법원은 z, aa, bb는 무단투기의 고의가 명백히 증명되지 않았다는 취지로 설시하며, h가 e 등과 공모하여 폐기물을 불법투기한 것으로 판단하였다).
• 나) 청구법인은 폐기물관리법에 따른 폐기물 무단투기 혐의에 대해서 유죄로 선고되었다(법원은 h를 청구법인의 이사로 보았고, h가 동 혐의에 대해 유죄로 선고됨에 따라 폐기물관리법상 양벌규정에 의해 청구법인 또한 유죄로 판단하였다).
• 다) z, aa, bb, h 및 청구법인 모두 폐기물관리법에 따른 ○○○시스템 미입력 혐의에 대해서는 유죄로 선고되었다.
• 라) 상기 판결에 대해 청구법인 및 검사는 쌍방 항소하였고, h 또한 항소하였다.

8. 처분청이 제출한 청구법인 심문조서에 따르면 청구법인과 e는 이전에는 알지 못하는 관계였고, 청구법인 명의상 대표이사는 ee지만 실제 대표이사는 aa이며, d의 세금계산서 실제 발급자가 e인 것으로 진술되어 있다.

9. 쟁점폐기물이 청구 법 인에서 e가 임차한 창고들(쟁점거래처 중 하나인 d 창고 포함)로 이동되었다는 사실은 다툼이 없고, 청구법인 계좌에서 c 계좌로 1,045,000,000원 d 계좌로 110,000,000원이 여러 차례에 걸쳐 지급되고, 청구법인은 쟁점거래처들로부터 매입세금계산서를 수취하여 매입세액공제한 것으로 확인된다. <청구법인의 대급지급내역과 매입세금계산서 수취내역> (단위: 원) 순번 일자 공급자 공급가액 대금지급일 1 ’20.4.20. c 50,000,000 ’20.4.20. 2 ’20.4.23. c 50,000,000 ’20.4.24. 3 ’20.4.23. c 50,000,000 4 ’20.4.23. c -50,000,000 5 ’20.4.29 c 50,000,000 ’20.4.29. 6 ’20.5.4. c 50,000,000 ’20.5.4. 7 ’20.5.8. c 100,000,000 ’20.5.8. ’20.5.11 8 ’20.5.18. c 100,000,000 ’20.5.19. ’20.5.22 9 ’20.5.27. c 100,000,000 ’20.5.27. ’20.5.29. 10 ’20.6.5. c 50,000,000 ’20.6.5. 11 ’20.6.17. c 100,000,000 ’20.6.17 ’20.6.19 12 ’20.6.24. c 50,000,000 ’20.6.24 13 ’20.6.29. c 50,000,000 ’20.6.29 14 ’20.7.2. c 50,000,000 ’20.7.2. 15 ’20.7.6. c 50,000,000 ’20.7.6. 16 ’20.7.7. d 50,000,000 ’20.7.7. 17 ’20.7.7. d 50,000,000 18 ’20.7.7. d -50,000,000 19 ’20.7.10. c 50,000,000 ’20.7.10. 20 ’20.7.15. c 50,000,000 ’20.7.15. 21 ’20.7.31. d 50,000,000 ’20.7.31.

10. 청구법인이 쟁점거래처에 지급한 대금이 다시 청구법인으로 재입금된 사실은 확인되지 않고, 청구법인은 동 대금을 반환을 구하는 민사소송을 e(청구법인은 d의 실사업자를 e로 판단하였다) 및 h에게 제기하여 청구법인이 승소하여 판결이 확정되었다(oo지방법원 pp지원 2022.7.13. 선고 2022가합1 판결, 무변론) <2022가합1판결 중 발췌>

1. 피고들은 연대하여 원고에게 1,155,000,000원 및 이에 대하여 2020.8.1.부터 2022.5.10.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라. (중략) 청구취지 주문과 같다.(중략) 청구원인

• 나. 피고들의 구체적인 기망행위 피고 h는 원고 임원돌에게 2020.4.초 경 qq시 소재 고물상 업체인 c (사업자등록증상 g 명의이지만 실제 피고 e가 인수한 것으로 확임됨)를 소개하면서 사업자등록증상 폐합성수지 폐기물 및 건축자재가 기재되어 있음을 기화로 하여, 정상 허가받은 업체로 거짓말하였습니다. 이를 믿은 원고는 피고 h가 받아온 "사업자등록증 및 c 명의의 세금계산서“ 발행을 확인하고,2020.4.20.경 55,000,000원을 지급한 이후부터 2020.7.15.경까지 총 15 차례 걸처 1,045,000,000원을 폐기물처리 선급금으로 지급한 사실이 존재합니다. (중략)
• 다. 원고의 구체적인 손해액에 관하여 위와 같이 원고는 피고 h 의 기망행위에 속아 c, d 가 정상허가업체로서 폐기물 처리가 가능한 것으로 알았으나, 실제 c는 허가를 받지도 않은 상태였고, d 는 허가는 있으나, 이는 실제 설비를 갖추지 않은 상태였으므로 폐기물처리 거래가 불가능하였던 것입니다. 결국 2020.4.20.경 부터 같은 해 7.31.경까지 아래의 표와 같이 총 1,155,000,000원의 선급금을 지급하게 되었습니다.(중략) 원고가 배출한 폐기물들은 결과적으로 피고들에 의해 무단투기가 되었고, 어찔 수 없이 p시 소재 창고, q군 소재 창고, r시 소재 창고에 쌓여진 무단투기 폐기물 모두 원고의 비용을 들여 별도로 처리하게 되었습니다.(중략)

e는 거래상대방으로서 선급금 반환 채무도 존재합니다. 피고 e는 피고 h와 함께 공동불법행위 책임을 지는 것과 더불어 원고는 피고 e가 운영하는 c 및 d 에 폐기물처리 위탁을 하였고, 이에 선급금을 모두 지급한 것입니다. 그렇다면 피고 e는 원고에 대한 관계에서 계약상 의무로서 폐기물을 정상적으로 처리하여야 함에도 불구하고 전혀 처리하지 못하여 오히려 원고에게 피해를 입힌 사실이 존재합니다. 따라서 피고 e는 결국 원고가 배출한 폐기물을 전혀 처리하지 못한 것이므로, 원고가 지급한 선급금 1.155000,000원을 모두 반환하여야할 지위도 존재한다 하겠습니다.

11. 폐기물 배출자, 운반자, 처리자 모두 폐기물을 인계하거나 인수하고 2일 이내 ○○○시스템에 입력하여야 하나, 청구법인이 폐기물을 인도하고 ○○○시스템에 입력하지 않은 사실은 다툼이 없고, 법원은 z 등이 쟁점폐기물 인도 후 ○○○시스템에 입력되지 않은 사실을 인지하고 있다고 보았으나 폐기물 무단투기 사실을 인지하였다고 볼 수 없다는, 즉 고의가 입증되지 않았다는 취지인 것으로 확인된다. <2020고단1*** 판결문 38면 중 발췌> h는 c 로 배출되는 폐기물에 대한 ○○○시스템 입력이 되지 않는다고 피고인 bb 로부터 확인을 요청받자, 2020.4.20. 피고인 bb 에게 종목이 ‘폐합성수지, 폐기물수지, 건축자래’라고 기재된 c 의 사업자등록증(증거기록 2권 817쪽), 건설폐기물 처리계획신고증서(증거기록 2권 818쪽), 건설폐기물 처리계획신고증명서(증거기록 2권 818쪽)을 가져다주면서 c가 폐기물중간재활용업에서 폐기물종합재활용으로 허가를 변경하는 과정에 있다고 말하였다. (증거기록 2권 7936쪽), 즉 h가 mm그룹 회장인 피고인 z, 청구법인 에서 ○○○시스템 입력의무를 담당하는 피고인 bb 에게 c 에 대한 폐기물 배출내역이 ○○○시스템에 입력되지 않는다고 말한 사실은 있으나, 피고인 들이 ○○○시스템 미입력 사실을 인지하였다고 하여 폐기물 무단투기 사실을 인지하였다고 볼 수 없다.

16. rr시장은 2020.12.29. 폐기물관리법위반에 따라 청구법인에게 쟁점폐기물을 제거조치할 것을 명령하는 행정처분명령을 하였고, 이에 청구법인은 직접 쟁점폐기물을 제거하였다.

• 라. 판단

1. 청구법인이 쟁점거래처들로부터 폐기물처리 용역을 공급받았는지에 대한 판단

• 가) 관련법리 부가가치세법제38조제1항1호에 따르면 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있다.
• 나) 위 관련법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 살펴보건대 이 건 폐기물처리 용역계약은 폐기물관리법에 따른 적법한 처리를 제공하는 계약임이 확인되는 점, 청구법인 등의 폐기물관리법 위반에 대한 1심 형사판결에서 폐기물이 불법투기되었다고 인정된 점, rr시장의 폐기물관리법 위반을 이유로 한 폐기물 제거조치 명령에 따라 청구법인이 자신의 계산으로 직접 폐기물을 처리한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 e와 h를 상대로 쟁점매입처가 폐기물처리계약을 불이행하였음을 이유 등으로 기 지급한 쟁점세금계산서상 공급가액 상당 금원의 지급을 구하는 민사소송을 제기하여 원고 승소로 확정된 점 등에 비추어 보면 쟁점세금계산서에 대해 부가가치세 매입세액을 공제하고 법인세 손금산입함이 타당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
• 다) 따라서 청구법인이 쟁점거래처들로부터 폐기물처리용역을 공급받지 않았다고 보아 쟁점세금계산서의 공급가액에 대해 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 법인세 손금불산입함을 전제로 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

2. 폐기물관리법등 위반 혐의 형사사건 변호사비용을 청구법인의 손금으로 산입할 수 있는지 등에 대한 판단

• 가) 관련법리

(1) 법인세법제19조제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다”고 규정하면서, 같은 조 제2항은 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”고 규정하고 있다.

(2) 법인세법제19조제2항에서 말하는 “일반적으로 용인되는 통상적인 비용”이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되고, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 참조).

(3) 원칙적으로 단체의 비용으로 지출할 수 있는 변호사 선임료는 단체 자체가 소송당사자가 된 경우에 한하므로 단체의 대표자 개인이 당사자가 된 민․형사사건의 변호사 비용은 단체의 비용으로 지출할 수 없고, 예외적으로 분쟁에 대한 실질적인 이해관계는 단체에게 있으나 법적인 이유로 그 대표자의 지위에 있는 개인이 소송 기타 법적 절차의 당사자가 되었다거나 대표자로서 단체를 위해 적법하게 행한 직무행위 또는 대표자의 지위에 있음으로 말미암아 의무적으로 행한 행위 등과 관련하여 분쟁이 발생한 경우와 같이, 당해 법적 분쟁이 단체와 업무적인 관련이 깊고 당시의 제반 사정에 비추어 단체의 이익을 위하여 소송을 수행하거나 고소에 대응하여야 할 특별한 필요성이 있는 경우에 한하여 단체의 비용으로 변호사 선임료를 지출할 수 있다(대법원 2006.10.26. 선고 2004도6280 판결 등 참조).

(4) 법인의 구성원은 적법한 방법으로 그 법인을 위한 업무를 수행하여야 하므로, 법인의 구성원이 업무수행에 있어 관계 법령을 위반함으로써 형사재판을 받게 되었다면 그의 개인적인 변호사비용을 법인자금으로 지급하는 것은 횡령에 해당하고, 그 변호사비용을 법인이 부담하는 것이 관례라고 하여도 그러한 행위가 사회상규에 어긋나지 않는다고 할 만큼 사회적으로 용인되어 보편화된 관례라고 할 수 없다(대법원 2003.5.30. 선고 2002도235 판결 등 참조).

• 나) 위 관련법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 살펴보건대, 아래과 같은 이유로폐기물관리법등 위반 혐의 형사사건 변호사비용을 청구법인의 손금으로 산입할 수 없다고 판단된다.

(1) 일반적으로 청구법인과 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 납세의무자도 동일한 상황에서폐기물관리법위반 혐의로 기소되어 형사절차에 따른 변호사비용을 지출하였을 것으로 보기 어려우며, 동 변호사비용이 청구법인의 수익과 직접 관련되어 있다고 보기도 어렵다.

(2) 형사사건의 당사자(피고인)는 청구법인 뿐만 아니라 청구법인의 임·직원인 z(대표자), aa 및 bb도 당사자인 바, 청구법인은 폐기물관리법의 양벌규정에 의하여 형사사건의 당사자가 된 것으로 보이는 사정 등에 비추어 보면 쟁점변호사비용은 실질적으로 법인의 구성원 개인이 당사자가 된 형사사건의 비용으로 보이므로, 이를 청구법인의 비용으로 보아 손금 산입할 수 없다 할 것이다. (3) 나아가 청구법인의 임원인 z, aa 및 bb의 폐기물관리법등 위반 행위가 청구법인의 업무수행과 관련이 있다고 보더라도 위반 행위가 고의나 중과실로 인한 것이 아니어야 임·직원의 변호사비용을 청구법인의 손금에 산입할 수 있다고 보이는 바(법인세법 기본통칙19-19…14, 서면2팀-934, 2006.5.25. 참조), 관련 형사판결문에서 z 등이 쟁점폐기물 배출이 ○○○시스템에 입력되지 않은 사실을 알았다고 판단한 사정 및 선고 결과 등에 비추어 보면 위반행위에 고의 또는 적어도 중대한 과실이 있다고 보인다.

• 다) 따라서 쟁점변호사비용의 공급가액에 대해 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 법인세 손금불산입함을 전제로 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.