청구종중이 처분청에 제출한 양도소득세 신고서에 첨부된 매매계약서에 청구종중의 명칭, 대표자의 인적정보 등이 기재되어 있어, 양도소득세 신고의 주체가 청구종중이었음이 객관적으로 확인 가능하고 처분청 역시 청구인이 법인으로 보는 단체에 해당함을 알 수 있었던 것으로 보이는바, 청구인이 착오로 양도소득세 과세표준신고서를 제출한 것일 뿐 과세특례규정에 따라 법인세를 신고납부한 것으로 볼 수 있음
청구종중이 처분청에 제출한 양도소득세 신고서에 첨부된 매매계약서에 청구종중의 명칭, 대표자의 인적정보 등이 기재되어 있어, 양도소득세 신고의 주체가 청구종중이었음이 객관적으로 확인 가능하고 처분청 역시 청구인이 법인으로 보는 단체에 해당함을 알 수 있었던 것으로 보이는바, 청구인이 착오로 양도소득세 과세표준신고서를 제출한 것일 뿐 과세특례규정에 따라 법인세를 신고납부한 것으로 볼 수 있음
○○세무서장이 2022.10.21. 청구인에게 한 2017사업연도 법인세 무신고 가산세 ○○○원과 납부지연가산세 ○○○원의 부과처분은 이를 취소한다.
1. 국세심사위원회는 과세전적부심사에서 청구인이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전 종중 명의로 양도소득세 예정신고를 하고 양도소득세를 납부한 점, 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 법인세를 기한 내에 신고할 수 있었음에도 이를 이행하지 않은 점, 법인세법에 의한 산출세액이 소득세법에 의한 산출세액과 동일하거나 그 이하라는 이유만으로 청구인이 소득세법상 양도소득세를 신고한 것으로 보아법인세법제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】규정(이하“쟁점특례규정”이라 한다)을 적용하여 신고한 것으로 보기는 어렵다고 하여 불채택 결정을 하였다. 그러나, 청구인의 경우 쟁점토지의 양도는 법인으로 보는 단체 승인 전에 이루어졌고, 양도 소득세 예정신고는 단체로 승인받은 이후에 하였음에도, 청구인의 사실관계와 달리 법인으로 보는 단체로 승인받기 전 부동산을 양도하고 예정신고를 한 조세심판사례(조심 2021광3852, 2021.11.3., 조심 2021전3573, 2011.12.7.)를 들어 이 건 과세가 정당하다고 판단을 한 것이다.
2. 청구인은 쟁점토지를 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전에 양도하였으나, 이후 법인으로 보는 단체로 승인받았고, 양도소득세 신고가 아닌 법인세 신고를 하였어야 하나, 단순한 서식 적용의 실수로 양도소득세 신고서를 제출한 것일 뿐이다.
3. 비록 청구인이 양도소득세 신고시 법인고유번호를 기재하지 아니하였다 하더라도, 대표자의 인적사항이 기재된 매매계약서를 신고서에 첨부하여 제출하였으므로 처분청은 청구인이 법인으로 보는 단체에 해당한다는 것을 알 수 있었을 것이다.
4. 또한, 청구인이 제출한 양도소득 신고서식이 거주자용 양도소득세 신고서였다 하더라도 신고의 주체가 청구인이라는 사실과 쟁점특례규정을 적용하여 신고하였다는 사실에는 변함이 없으므로, 청구인이 쟁점특례규정에 따라 적법하게 양도소득세 과세표준 예정신고를 한 것으로 보는 것이 타당하다.
5. 쟁점특례규정은 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인의 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중해지지 아니하도록 하고, 기장과 세무신고능력이 부족한 비영리법인의 납세절차를 간소화시켜 주는 것을 취지로 하는 규정으로, 비영리법인인 청구인이 법인세 대신 소득세법에 따라 계산한 양도소득세를 선택할 수 있도록 하는 규정인바, 쟁점과세특례규정을 적용받기 위해서는 반드시 양도소득세 규정을 준용하여 양도소득세 예정신고 납부를 해야 하는 것이고, 예정신고기한이 경과한 자산에 대하여는법인세법제60조의 규정에 따라 신고를 하여야 하는 것으로, 청구인은 양도소득세 규정을 준용하여 양도소득세 예정신고․납부를 한 바 있다.
1. 쟁점토지의 양도는 법인으로 보는 단체 승인 이전에 이루어졌으나, 중요한 신고 의무인 양도소득세 과세표준 예정신고는 단체 승인일 이후에 이루어졌고, 기납부한 세액을 환급받은 사실이 없는데도 기신고 및 납부의 효력을 부인하고 가산세를 소급하여 부과하는 행위는, 법에 의한 과세특례규정을 만들어 놓고 조세회피 목적이 아닌 단순한 실수나 착오 신고의 이유로 기납부한 양도소득세 환급가산금과 법인세 가산세의 차액을 처분청에 귀속시키는 결과를 초래하였다.
2. 처분청은 양도소득세와 법인세는 별개의 세목이라 별개의 법을 적용해야 한다고 주장하나, 청구인은 단체 승인 전 발생한 양도손익을 법인에 귀속시켰고, 법인으로 보는 단체 승인 후에 바로 예정신고 납부를 하였는바, 이는 양도 및 납부의 주체가 모두 법인으로써, 법인세 기한 후 신고를 할 때까지 그 신고 및 납부효력은 여전히 유효하다고 할 것이다.
3. 처분청은 청구인이 법인으로 보는 단체로 승인을 받기 전 양도한 쟁점토지의 양도소득에 대하여 소득세법을 적용하고 거주자로 신고 납부하였으니 법인세를 무신고 및 무납부한 것으로 보고 있으나, 처분청은 청구인이 양도소득세를 납부한 2017년 당시 양도소득세 예정신고서를 검토하면서도 청구인에 법인세 예정신고서로 교체하여 제출할 것을 안내하거나 양도소득세를 즉시 환급한다거나 또는 법인세 세목으로의 과목경정 등 어떠한 직권 경정조치를 하지 않은 채 신고 시인 처리하여 지금까지 청구인의 착오 신고와 과오 납부를 묵인하여 왔다.
4. 청구인은 2021년에 비로소 고유목적사업에 사용한 토지와 미사용한 토지를 구분하여 기한 후 신고를 하였는데, 쟁점토지 양도일을 기준으로 볼 때 양도소득의 신고 주체는 당연히 거주자이고, 납부일 기준으로 볼 때 청구인은 양도소득세를 기납부 하였으므로 어떠한 가산세도 부과할 수 없음에도, 처분청은 청구인이 기왕에 신고한 양도소득세의 신고 및 납부 주체를 모두 1거주자 단체로 보아 청구인에게 느닷없이 쟁점가산세를 부과하였다.
5. 과세관청은 양도자가 비영리단체인 경우 거주자용 양도소득세 예정신고서의 감면세액(8년 자경감면, 금양토지 비과세 등) 검토 시 법인세법에 따라 법인세 정기 신고를 했다는 이유로 감면세액을 부인하면서도, 법인세 기한 후 신고와 경정청구서 검토 시에는 소득세법을 적용하여 법인세 무신고를 이유로 가산세를 부과하는 등 처리담당자마다 소득세법과 법인세법을 양손에 쥐고 그때그때 상황에 따라 임의적으로 적용하고 있다.
6. 또한, 납세자의 권리 구제인 신고안내, 직권경정, 경정청구서 적극 처리 등에 대해서는 과세관청의 재산팀과 법인팀이 서로 업무처리를 미루는 등 소극적 행정으로 일관하고 있으면서도, 유독 가산세 부과나 경정청구 거부만큼은 서로가 적극적으로 대처하고 있는바, 이는 구조적 소극행정의 강요가 낳은 부작용의 결과로, 수많은 유사 심판례가 생성되는 원인이라고 할 것이다.
7. 돌이켜보면, 2017년 당시 처분청 재산팀에서 양도소득세 신고서 검토 시 착오신고를 지적하고 2018년 3월말까지 법인세를 신고하도록 안내하거나 양도소득세를 즉시 환급을 하였다면 청구인이 고율의 양도소득세를 납부하고도 가산세를 부담하는 불이익을 받지 않았을 것이므로, 처분청 또한 직권경정이나 신고 안내를 하지 않은 채 4년간 방치한 책임으로부터 자유로울 수 없다.
8. 청구인이 과세전적부심사 과정에서 이를 아무리 주장하여도 처분청의 직무 태만 내지 귀책사유에 대해서는 언급조차 하지 않고, 법인으로 보는 단체 승인 전 양도 및 자진 신고라는 청구인의 책임만 부각하여 기각 결정 하였는바, 이는 착오 납부는 모르쇠로 일관하고 과소납부 및 가산세는 즉시 추징하려는 보수적인 소극행정의 표본으로, 납세자의 권리 구제 강화라는 국세청의 개혁에 역주행하는 처분을 너무나 자연스럽게 행한 것이며, 처분청은 2022.11.8.에서야 양도소득세를 결정 취소하고 청구인에 환급통지를 하였다.
9. 수익사업을 영위하지 아니하고 신고 능력이 떨어져 고유목적사업 사용 토지와 미사용 토지를 일괄 양도하여 이를 구분하지 않고 토지 등 매매차익에 대하여 예정신고 및 납부를 한 후 4년 뒤에 이를 정확하게 구분하여 기한후신고(양도소득세율과 법인세율의 차이로 인하여 환급액은 소액임)를 하였다는 이유로 4년간의 가산세를 소급하여 부담시키는 등의 불이익을 주는 처분은, 당초부터 조세회피 목적이 없었고 권리 구제 또한 전혀 받지 못한 청구인에는 너무나도 가혹하므로 취소되어야 할 것이다.
1. 처분청은 2021년 법인세 기한 후 신고에 이르러서야 최초로 법인의 손익으로 귀속시킨 행위에 해당한다는 의견이나, 처분청 의견대로라면 최초 사업연도의 범위가 1년내 임에도 4년 이나 경과하여 거주자의 손익을 법인으로 귀속시킨 것이므로 법인세 기한 후 신고 자체가 무효이다. 그러므로 처분청은 기한후 신고를 거부하면 그만인 것을, 스스로 자진신고 했다고 하여 그 이유를 불문하고 가산세를 소급하여 부과하는 것은 위법한 부실과세이다.
2. 처분청의 주장대로라면, 법인에 귀속시킨 손익의 각사업연도 산입은, 그 손익에 대한 납세의무가 확정되는 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 때에 이루어지므로,‘최초 사업연도 손익의 법인 귀속시기를 언제로 볼 것인가’라는 새로운 쟁점이 생겨나는 것이다. 2017년도로 본다면 청구인이 다른 서식과 세목이기는 하나 예정신고 납부를 하였고, 2021년도로 본다면 최초 사업연도 범위를 1년 초과 하였으므로 기한 후 신고 자체가 무효이다.
3. 청구인은 거주자 양도손익을 최초 사업연도 범위 내에 법인으로 귀속시키고 예정신고 납부는 법인이 행한 것으로 법인세법 적용을 일관되게 주장하면서도 기한 후 신고가 기각(거부)될 것을 예상하였으나, 처분청은 예상 밖으로 양도 및 납부 주체는 거주자로 보고, 기한 후 신고는 법인이 행한 것으로 양 날의 칼처럼 두 개의 세법을 동시에 적용하여 기신고․납부는 양도소득세 착오신고․납부로, 기한 후 신고는 법인세 무신고․무납부로 보아 청구인이 ○○○원의 세금을 납부하였음에도 불구하고 아무것도 신고하지 않은 것으로 보아 쟁점가산세를 부과하였다.
4. 쟁점토지의 양도라는 하나의 행위에 두 개의 세법을 동시에 적용할 수는 없는 것이므로, 처분청이 청구인에게 소득세법을 적용하였다면 기왕의 신고가 정당한 신고이므로 청구인에게 가산세를 부과할 것이 아니라 기한 후 신고를 기각(거부)했어야 한다.
5. 만약, 법인세법을 적용한다면 법인으로 보는 단체 승인 전 양도손익을 최초 사업연도 범위 내에 단체 승인 후 법인 손익으로 귀속시키고 비록 다른 서식이긴 하나 법에 의한 예정신고․납부를 하였으므로 서식과 세목을 따질게 아니라 신고․납부한 주체가 법인이고 조세회피목적이 없다면 쟁점특례규정에 의한 신고로 보아야 한다. 그 이유는 비영리법인의 경우 고유목적사업에 의한 과세제외여부 판단은 신고기한 2개월 내에 판단하기가 쉽지 않고, 가산세 부담 문제로 고율의 소득세율을 적용하여 우선 예정신고․납부할 수 밖에 없는 비영리법인이라는 특수요인 때문이다.
6. 청구인이 기한 후 신고를 한 이유는 소득세율을 적용한 예정신고를 법인세율로 재계산하기 위한 것으로, 세율 차이로 인한 환급은 소액(○○○원)에 불과하다. 청구인은 기한 후신고가 아닌 경정청구를 했어야 하는데, 기한 후 신고를 잘못하는 바람에 엉뚱한 가산세 쟁점이 발생하게 된 것이다.
7. 착오 신고 또한 납세자가 스스로 신고하는 때에 알 수 있다는 처분청의 주장은, 근거 없는 주장에 불과한 것으로, 각종 신고내용 검증 및 확인을 통하여 과소 신고 적발이나 가산세를 부과하는 것처럼 각종 정보의 우선권을 가진 처분청이 신고 안내, 과오납 환급, 과목경정 등 적극적으로 납세자 권익(가산세 절감)을 보호할 수 있다는 것은 누구나 다 아는 사실이며, 적극적 행정을 몸소 실천하는 국세공무원도 점차 늘어나고 있다.
8. 결론적으로, 쟁점토지 양도손익의 주체가 거주자라면 기한 후 신고 자체가 무효인 것이며, 법인이라면 기한 후 신고를 문제삼을 것이 아니라 이미 예정신고 납부를 하였으므로 쟁점특례규정에 의한 신고로 보아야 할 것이다.
1. 청구인은 2017.11.6. 법인으로 보는 단체로 승인받았으며, 쟁점토지는 청구인이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전인 2017.7.26., 2017.9.1. 양도한 것으로, 쟁점토지 양도차익의 귀속은 1거주자로서의 청구인에게 속하는 것이며, 청구인은 2017.8.31.,과 2017.11.24. 1거주자로서 쟁점토지의 양도차익에 대하여 양도소득세를 신고․납부 하였으므로, 당초 신고한 양도소득세 신고는 청구인의 양도소득을 1거주자로 착오 신고한 것이 아니라 1거주자의 적정한 양도소득세 신고에 해당한다.
2. 쟁점토지의 양도차익을 법인으로 귀속시키기 위해서는 법인세법 시행령제4조제1항제1호라목 및 제2항에 따라 법인의 최초 사업연도 1년이 초과하지 않는 범위에서 이를 손익에 산입한 경우에 한하여 법인의 귀속으로 볼 수 있을 뿐이고, 법인으로 보는 단체로 승인받기 전 쟁점토지의 양도차익이 최초 사업연도의 1년이 초과하지 않는 범위 내에 발생했다고 하여 반드시 법인 소득에 귀속된다고 할 수 없으며, 1거주자로서 양도소득세를 신고하고 납부한 것을 법인 소득으로 귀속시킨 것으로 볼 수도 없다.
3. 청구인이 2021.12.22. 2017년에 발생한 쟁점토지 양도차익을 법인의 최초 사업연도 손익에 귀속시키기 위하여 법인세 기한 후 신고를 한 것은, 2017.8월과 11월에 1거주자로서 양도소득세를 신고한 것과는 납세의무자 및 납부세액이 다른 별개의 신고로 보아야 하며, 쟁점특례규정이 소득세법을 준용하여 계산하는 규정이라는 사정만으로 1거주자를 납세의무자로 하여 양도소득세로 신고․납부한 것을 청구인이 쟁점특례규정을 적용하여 신고한 것이라고 볼 수 없고, 2021년 법인세 기한 후 신고에 이르러서야 최초로 법인의 손익으로 귀속시킨 행위에 해당한다.
4. 청구인이 쟁점토지 양도차익에 대한 손익을 양도한 지 4년이 경과한 이후에 1거주자에서 법인으로 손익의 귀속을 변경하여 법인세 기한 후 신고를 한 것에 대한 이유는 차치하더라도, 당초 신고․납부한 양도소득세는 납세의무자를 착오 신고한 것으로 보아 경정청구를 할 수 있을 뿐, 1거주자의 양도소득세로 신고한 것을 법인세로 신고한 것으로 보아 법인세 기한 후 신고 시 기납부세액으로 결정한다면, 법인세법 규정이 형해화 될 수 있는바, 기납부한 법인세액으로 볼 수 없으며, 법인세 기한 후 신고한 납부세액에 대해 쟁점가산세를 가산하여 결정한 당초 결정은 적법하다.
1. 단순한 법령의 무지·착오로 인하여 청구인이 법령서식 등을 착오하여 신고한 것은 가산세 감면대상에 해당하지 않으며, 처분청 입장에서 볼 때 부동산 양도차익을 1거주자 또는 법인 모두에게 귀속시켜 신고할 수 있는 상황에서 청구인 본인이 직접 1거주자에 귀속시켜 신고한 양도소득세에 대하여 청구인이 법인세로 납부하는 것이 유리하다는 사정만으로 당초 신고한 것을 무효로 하고 법인세로 경정할 수는 없다.
2. 납세자가 양도소득세 경정청구 및 법인세 신고를 하여야 비로소 처분청은 양도소득세를 착오 신고한 것이라고 알 수 있었으므로, 청구인이 주장하는 처분청의 소극행정 내지 부적정한 처분에 해당하지 않는다.
1. 2017년에 발생한 쟁점토지 양도차익을 1거주자로 양도소득세 신고한 뒤 이를 4년이 경과한 2021년에 법인에게 귀속시키기 위하여 법인세 기한 후 신고한 것이 무효인지 여부에 대하여, 청구인이 법인세법 시행령제4조제2항에 의거 청구인의 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있으므로, 위 요건을 갖춘 법인세 기한 후 신고를 무효라고 볼 수 없다.
2. 또한, 청구인이 2017년 발생한 쟁점토지 양도차익에 대하여 1거주자로서 양도소득세를, 또는 법인으로서 법인세를 신고할 수 있었던 상황에서 청구인이 양도소득세로 신고한 것을 착오 신고한 것이고 2021년에 법인세 기한 후 신고한 것이 무효가 아니라고 한다면 처분청은 법인세법에 따라 신고 내용과 증빙서류 등을 검토하여 결정하여야 할 것으로, 이에 처분청은 법인세법에 따라 기한 후 신고 결정하였는바 당초 처분은 정당하다.
3. 처분청은 청구인이 1거주자로서 양도소득세를 착오 신고한 것을 사유로 경정청구 함에 따라 이를 인용하였으며, 청구인이 2017년 발생한 쟁점토지 양도차익에 대하여 1거주자가 아닌 법인으로 귀속시키고자 한 행위에 대하여 세법상 이를 거부할 규정이 없다.
4. 처분청이 양도소득세에서 법인세로 결정한 것이 청구인의 납부세액에 있어 불리하다는 사정만으로 법인에게 귀속시킬 수 있는 양도차익을, 청구인의 요청에 따라 법인에게 귀속시켜 결정한 당초 결정이 적정하지 않다고 할 수 없다.
① 청구인이 거주자로 신고납부한 양도소득세를 착오신고한 것으로 보아 청구인이 법인세를 신고․납부한 것으로 볼 수 있는지
② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. <개정 2010.12.27>
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. 2) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례】
① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는소득세법제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만,상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며,국세기본법제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는소득세법제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우소득세법제112조를 준용한다.
⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. 3) 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 신고특례】
② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.
⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.
⑥ 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. 4) 법인세법 제64조 【납부】
① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. 5) 법인세법 시행규칙 제82조 【서식】
① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 56의2. 영 제99조의2제6항의 규정에 의한 별지 제57호의2서식의 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서 5) 법인세법 제6조 【사업연도】
① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다. 6) 법인세법 시행령 제3조 【사업연도의 개시일】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 이전의 것)
① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조제2호다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다. 라.국세기본법제13조제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다. 7) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 6.소득세법제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입 8) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】
① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법및종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20>
2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 9) 국세기본법 제47조의4 【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】
① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 10) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 일자별 사건진행내역을 정리하면 다음과 같다.
2. 청구인이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전인 2017.7.26.과 2017.9.1., 청구인은 쟁점토지①과 ②를 AAA와 BBB에 각각 양도하고 소유권이전등기를 마친 것으로 확인된다.
3. 국세청 전산시스템에 따르면, 청구인은 2017.10.13. 법인으로 보는 단체(결성연월일: 1993.10.3.) 승인 신청을 하여 2017.11.6. 고유번호증을 부여받았으며, 청구인은 2022.8.25. 부동산 임대업을 주업종으로 하고 수익사업 개시일을 2022.7.1.로 하여 수익사업 개시신고를 한 것으로 확인된다.
4. 국세청 전산시스템에 따르면, 청구인은 2017.8.31. 쟁점토지①에 대한 양도소득세 예정신고를 하였고, 2017.11.30. 쟁점토지①과 쟁점토지②를 합산하여 아래와 같이 신고한 것으로 확인되며, 신고인은 모두 청구인으로 되어 있고 청구인 대표자 YYY의 도장이 날인되어 있음이 확인된다.
5. 청구인의 2017년 사업연도 법인세 기한 후 신고내역과 처분청의 결정 내역을 비교하면 다음과 같다.
6. 국세청 전산시스템에 따르면, 청구인은 2022.9.8. 기 납부한 양도소득세액 ○○○원에 대한 경정청구서를 처분청에 접수하였으며, 처분청은 아래 내용과 같이 경정청구 내용을 검토한 후 2022.11.8. 환급 결정한 사실이 확인된다.
7. 처분청이 2022.8월 청구인의 2017사업연도 법인세 기한 후 신고내역에 대하여 검토한 내용 일부를 발췌하면 다음과 같다.
8. 비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례규정의 입법취지
○ 1994.12. 국회 재무위원회의 ｢법인세법 중 개정법률안 심사보고서｣ 국회 의안정보시스템에 게재되어 있는 1994.12. 재무위원회의 ｢법인세법 중 개정법률안 심사보고서｣에는, 비영리법인의 부동산등 양도소득에 대한 과세특례개정안(구 ｢법인세법｣ 제59조의6, 제59조의7)에 대해“개정안의 입법취지는 이번 국세기본법의 개정에서 법인으로 보는 단체의 범위가 늘어나고 있고 이들 비영리법인 중에는 법인세법에 의한 납세의무 이행을 사실상 기대할 수 없는 경우가 다수 포함될 수 있으므로 부동산등 양도소득이 있는 경우에는 당해 법인의 선택에 의해 개인과 같이 양도소득세의 적용을 받을 수 있도록 규정하려는 것으로 이해되고, 이는 납세편의 도모 측면에서 긍정적인 것으로 보여짐”이라는 내용이 담겨있다.
- 라. 판단
- 가) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구인이 2017.11.30. 1거주자로서 양도소득세를 신고․납부하였는바 쟁점특례규정에 따라 법인세를 신고한 것으로 볼 수 없고, 따라서 청구인의 2017사업연도 법인세 기한후 신고 결정 시 쟁점가산세를 합산하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이다. 그러나, 청구인은 2017.11.16. 법인으로 보는 단체로 승인받은 이후인 2017.11.30. 양도소득과세표준신고및납부계산서에 양도부동산의 정보, 양도가액 등을 모두 기재하여 양도소득세 신고를 하였고, 청구인이 제출한 양도소득과세표준신고및납부계산서 상 신고인란에 법인 고유번호를 기재하지 아니하였다 하더라도 청구인이 첨부한 계약서에 청구인의 명칭, 대표자 인적사항 등이 기재되어 있어 양도소득과세표준 신고의 주체가 청구인이었음이 객관적으로 확인가능 하였을 것으로 보이는 점, 청구인이 이처럼 거주자용 양도소득세 신고서를 제출한 사실은 있으나,법인세법제62조의2와 같은 방법으로 계산된 세액을 처분청에 납부하였는바 이는 단순한 서식 적용의 실수로 볼 여지가 있는 점, 이 건과 같이 청구인에 대한 양도소득세가 취소되는 결과 법인세가 과세될 수 밖에 없는 경우와 같이 서로 밀접한 관계에 있는 경우에는 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라 할 것인 점(조심2012서3715, 2013.1.16. 참조) 등에 비추어 처분청이 청구인이 법인세를 무신고한 것으로 보아 쟁점가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
- 나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
이 건 심사청구의 청구주장이 이유가 있다고 인정되므로국세기본법제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.