농업회사법인이 양도한 토지는 비사업용토지임

이 건 심사청구는 기각합니다.

1.처분내용

• 가. 청구법인은 농산물 유통·가공·농작업의 전부 또는 일부 대행 등의 사업 영위를 목적으로 2013.3.20. 설립된 법인으로, 무한책임사원 A○○(현물출자 736,445,600원), 유한책임사원 B○○(출자금 50,000,000원)으로 구성된다.
• 나. 청구법인은 A○○이 2004.10.7. 경매로 취득하여 보유한 경남 ○○시 ○○동 ○○번지 외 12필지 11,365m²(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2013.3.20. 현물출자를 원인으로 736,445,600원에 취득하였고 이와 관련하여 2013.3.29. ｢농지법｣ 제8조 에 따라 ○○동장으로부터 농지취득자격증명을 발급받았다.
• 다. 청구법인은 2017.10.16. 쟁점토지 중 10,776m²를 3,910,000,000원에 C○○ 등 2인에 매각하는 계약을 하였고, 2019.1.8. 잔금 2,260,000,000원을 계좌입금으로 지급받았다. 나머지 쟁점토지 중 589m²는 2020.2.20. A○○의 배우자 B○○(유한책임사원)에게 16,700,000원에 양도하였다.
• 라. 청구법인은 2019 사업연도 결산서상 양도가액에서 장부가액을 차감한 3,350,254,400원을 유형자산 처분이익으로 계상하여 법인세를 신고하였으나, 토지 양도소득에 대한 법인세는 신고하지 않았다.
• 마. 처분청은 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 양도한 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 2022.11.10. 2019 사업연도 법인세 444,954,451원과 2020 사업연도 법인세 16,492,290원을 경정·고지하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 농업만을 주업으로 하는 법인이다. 1) 청구법인은 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제19조 에 따라 2013.3.20. 농업경영·농산물 판매를 주업으로 설립한 농업회사 법인으로, 쟁점토지 양도까지 계속적·반복적으로 농업만을 주업으로 실제 농작물을 경작해왔다. 이는 항공사진과 통장 사본·영수증으로 확인되며 농업에 지출한 금액은 2014년 9,338,500원, 2015년 2,889,500원, 2016년 1,578,500원, 2017년 12,298,600원, 2018년 11,462,800원으로 쟁점토지 매입 후 매각까지 총 37,567,900원이다. 2) 또한, 유기농을 고집하여 병충해가 심해 상품성이 없고, 자동 농기계를 사용할 수 없는 비탈진 농지여서 대규모 수확이 불가능하여 쟁점토지 계약 후 다른 농지를 취득하여 농업을 영위하고 있는 바, 신고수입금액이 없다는 이유로 농업을 주업으로 하지 않는 법인으로 보는 처분청의 의견은 부당하다.

3. 쟁점토지에서 취득이전부터 재배하던 과수목에서 일년생 과일 및 채소 등을 재배하였다. 과일은 상품성이 떨어지나 관리가 필요하여 잡초 제거 등을 꾸준히 하여야했으며 지속적인 수입이 발생하였고, 채소 등은 부정기적 수입으로 인해 일용 임금을 현금 지불하거나 시장에서 종자 구입비로 즉시 지출하여 장부에 누락되었을 뿐 수입금이 전혀 없었던 것은 아니다.

4. 매주 2～3일씩 쟁점토지에 임하여 농지를 관리하며 2016년부터는 매년 30만원 상당의 영농자재 카드를 지급받아 직접 농약 구입과 농자재 구입비에 사용하였음에도 당초 농지를 그대로 유지하였다는 주장은 사실이 아니다.

5. 쟁점토지 매도계약서 상 ‘과수목 수거 및 퇴거후 부동산 인도하여야 한다’는 명도의무를 명시한 계약에 불과하고 실제 양도 시까지 농업에 임한 토지임에도 농업과 관련이 없다고 보는 것은 부당하다.

• 나. 청구법인은 부동산매매업자로 볼 수 없다. 1) 청구법인은 계속적·반복적인 부동산 매매행위를 하지 않았고, ｢부가가치세법시행규칙｣ 제1조 제1항 의 1 과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매한 경우가 아니므로 부동산매매업을 영위한다고 볼 수 없는 바, 부동산매매업과 겸영하는 경우가 아니므로 사업연도 수익으로 주업을 판단하는 ｢법인세법 시행규칙｣ 제18조 제11항 제1호 의 규정 또한 적용할 수가 없다.

2. 농업법인 설립 후 2년간은 전액 소득감면 되고 있는데 굳이 소득을 신고하지 않을 이유가 없으며, 농업으로 인한 수입이 부정기적으로 발생하고 지출 경비에 미치지 않아 결손이 발생되어 신고 누락하였을 뿐인데 세법이 정한 부동산매매업으로 보는 것은 실질과세원칙에 위배되는 것이다.

3. 쟁점토지 양도 후 대체 농지를 구입하기까지 이자도 없는 예금으로 그냥 두는 것보다 일시적으로 다른 용도로 자금운용을 한 것이며, 양도시점을 기준으로 판단해야 할 비사업용 토지 여부를 양도 후 거래한 토지와 비교하여 비사업용으로 보는 것은 부당하다. 실제 쟁점토지 양도 후 거래한 비사업용 토지는 성실히 신고의무를 다하였다.

4. 양도계약서는 당초 7,555m²만 거래하기로 하였다가 최종 매수자가 11,365m²를 인수하고자 하여 변경된 계약서로, 면적이 변함에 따라 금액이 증가한 것이다. 쟁점토지 양도 후 매수자의 사업결과와 청구법인과는 아무 상관이 없는 일이며 14년 이상 보유하다가 발생한 양도차익이 고액이라 하여 시세차익을 노린 비사업용 토지로 본 과세관청의 과세논리는 억측에 불과하다.

5. 무한책임사원 A○○의 개인 토지거래 64건 중 쟁점토지가 포함된 32건은 법원경매물건 단 1건을 취득한 것이고 선산 및 친척이 계신 고향(함양)에 농지와 임야 2건 취득한 것을 제외하고는 상속재산으로 종중재산을 명의신탁 받은 것이며, 타지의 아파트 매매는 재직 시 전근하여 살다가 매매한 것이다. 또한 A○○ 개인의 부동산 거래는 본 건과는 무관하며 연관지어 청구법인을 부동산매매업으로 보는 것은 부당하다.

6. 과세관청은 사안이 전혀 다른 제주지방법원 판례 등의 예를 들어 과세하였으나 ○○지역과 투기가 성행한 제주지역과는 토지거래 환경이 다르고 제주 건은 부동산업 및 택지개발사업을 목적으로 설립한 법인이 부동산 투기가 만연한 지역에서 행한 건으로 부동산투기 억제 대책으로 신설된 비사업용 토지 규정 입법취지에 비추어 볼 때 청구법인의 거래와는 별개의 사안이다.

• 다. 쟁점토지는 비사업용 토지가 아니다. 1) ｢법인세법｣이 정한 비사업용 토지가 성립하기 위해서는 기간과 종류, 이 두 가지 요건 모두가 성립하여야 한다. 따라서 쟁점토지를 비사업용 토지로 보기 위해서는 ｢법인세법｣제55조의2 제2항 중 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지이거나 농지 외의 토지라도 재산세가 비과세되거나 분리과세 되지 않는 토지여야 한다는 종류의 요건과 ｢법인세법 시행령｣제92조의3 중 양도일 직전 5년 중 2년, 3년 중 1년, 소요기간의 100분의 40을 초과해야 한다는 기간 요건에 해당해야 하는 것이다. 2) 하지만 쟁점토지는 비사업용 토지의 종류와 기간 요건 모두 해당하지 않는다. 먼저, 쟁점토지는 농업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 토지이므로 종류 요건에 해당하지 않는다. 쟁점토지는 관리부서의 까다로운 절차를 적법하게 통과하여 농지원부에 등재되었다. 3) ｢법인세법 시행령｣제92조의4에서 ‘법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 의한다’고 하였다. 4) 농지원부 등재 시 지자체에서 확인한 재배식물, 식재 항공사진과 2019.1.8. 매각 당시 경작현황에서 꾸준히 동종을 식재한 사실을 확인할 수 있으므로 사실상의 현황 또한 사업용으로 사용한 농지였음이 확인되며 이는 비사업용으로 사용한 기간이 양도일 직전 5년 중 2년, 3년 중 1년, 소요기간의 100분의 40을 초과해야 한다는 기간 요건 또한 충족하지 않는다. 5) 2021.6.16. 처분청에 소명자료와 함께 제출한 D○○의 경작 사실 확인서에서도 지속적으로 일당을 지급한 것과 정상적인 판매가 불가능했던 사유, 상품성이 떨어지는 수확물을 자급자족하거나 친지들에게 나눈 것을 알 수 있다. 사실상의 현황이 분명하지 않다고 주장할지라도 법인 등기부등본에 등록된 공부상의 농지임이 명확하다. 6) 또한 ｢법인세법｣제55조의2 제2항에서 ｢농지법｣이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다고 한 바, 쟁점토지는 대통령령으로 정하는 농지 중 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지다. 이는 해당 사실을 입증하는 서류가 있어야만 받을 수 있는 농지취득자격증명으로 확인할 수 있다. 7) ｢법인세법｣제55조의2 제2항에서 농지 외의 토지라 할지라도 ｢지방세법｣제106조 제1항 제3호에 따른 재산세 분리과세 대상이 되는 토지를 비사업용 토지 기간에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지는 법인 설립 시점인 2013.3.20.부터 양도일까지 분리과세로 재산세가 부과되었으므로 비사업용 토지로 볼 수 없다.

8. 따라서 부동산 투기나 과열지구가 아닌 ○○지역에서 농업을 영위한 법인에 쟁점토지가 비사업용 토지라는 이유로 한 과세처분은 취소되어야 한다.

• 가. 청구법인은 농업을 주업으로 하는 법인이 아니다.

1. 토지 취득 당시 과수목 식재 현황이 유지되었다.

• 가) 청구법인의 유한책임사원 A○○ 개인이 2004년 쟁점토지 경매 취득 당시 감정평가표에 기재된 쟁점토지의 필지별 과수목 식재 현황은 향나무 196주 및 감나무 300주 등이며, 양도 당시의 필지별 경작내용 소명자료를 보면, 289번지에 호두 20주 및 아로니아 100주 추가 식재 외 2004년 당초 경매 받을 당시 식재된 감나무 300주를 15년간 1주도 변동 없이 그대로 유지하다 매각하였다.
• 나) 감나무 300주는 2013년에 이미 성과기(15년)가 지나 노쇠기에 접어들어 상품성 있는 과실을 수확하기 어려운 수령이며, 납세자의 소명 내용으로는 쟁점토지에서 농업을 영위함으로 인해 발생된 수입금액은 확인할 수 없다.

2. 지출 소명 금액에서 농업 필수 자재나 수확 관련 경비 등이 전무하다. 가) 쟁점토지는 13필지 3,443평으로 지목이 ‘전’ 및 ‘답’ 농지에 해당하는데, 6년 동안 농업에 지출한 금액이라고 소명한 금액은 38백만원에 불과하며, 농업에 필수 자재인 농약 및 비료 구입액, 수확 관련된 경비 등은 전무하다. 나) 쟁점토지의 감나무의 경우, 상품성 있는 감을 수확하기 위해서는 10번 이상의 농약을 살포해야 된다고 알려진 바, 농약 구입액이 전혀 없다는 점은 당 법인의 주장대로 감나무를 농업(수확)목적으로 관리한 것이 아니라 다른 목적을 위해 단순히 그 상태를 유지한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

• 다) 2017.10.16. 쟁점토지 부동산 매매계약서 특약사항에 “매도인은 잔금일 이전에 농막과 필요한 과수목을 수거하고 경작자를 퇴거시킴으로써 전체 부동산을 인도하여야 한다.”라고 명시된 바, 그 후에 청구법인이 농사와 관련된 비용이라고 소명한 금액은 쟁점토지의 농업과 관련되었다고 보기 어렵다.

3. 인근 주민 D○○에게 지급하였다는 금액도 용도가 불분명하다. 가) D○○에게 작업비 및 묘목대로 지급하였다고 주장하는 금액은 출금 내역만 있을 뿐 관련된 거래증빙이 없어 주장하는 용도대로 지출하였는지도 불분명하며, 현물출자하지 않은 토지를 A○○ 개인 명의로 계속 보유한 점을 감안하면 쟁점토지의 경작을 위하여만 지출하였는지 여부도 명확하지 않다.

• 나) 농업에 가장 필요한 인건비 측면에서, 쟁점토지 3,443평의 경작을 위해 작업비 명목으로 6여년간에 걸쳐 지출한 금액이 10백만원에 불과한 점과, 쟁점토지의 보유 기간 중 다른 직원이 전혀 없었던 점이 원천세 신고 내용 및 소명내용 상 확인되며, A○○이 다른 시에서 ‘법무사’업을 영위하고 있어 농업에 전념할 수 없음을 고려하면 농업을 영위하였다고 보기 어렵다.

4. 청구법인의 법인세 신고 내용에는 기업의 관리측면에서 발생되는 판매관리비만 소액 계상되어 있을 뿐 농업에 소요된 원가를 특별한 사유 없이 전혀 계상하지 않고 있어 청구법인이 농업을 영위하였다고 할 수 없다.

5. 쟁점토지에 식재된 과수목 현황이나 당 법인이 소명한 지출금액의 규모 및 용도, 농업에 필수적인 인건비 투입 측면 등을 고려하여 판단하면, 쟁점토지에 지출되었다고 소명한 금액은 그 지목대로 농지로서 생산력 등 그 고유한 특성을 이용할 목적으로 사용하였거나 지출한 금액이 아니라 농지법 저촉 등을 회피하기 위해 농업을 영위하는 것으로 보이기 위한 용도 등으로 지출된 금액으로 봄이 더 타당성 있다 할 것이다.

• 나. 청구법인은 부동산매매업 영위 법인이다.

1. 법인세 신고내용 검토 결과 부동산매매업으로 봄이 타당하다.

• 가) 청구법인의 법인세 신고내용을 보면, 쟁점토지의 현물출자 연도인 2013 ～2014 사업연도에 대해서는 법인세 신고 사실이 없어 수입금액 발생여부를 알 수 없으나, 그 외 쟁점토지의 매각까지의 법인세 신고내용으로는 쟁점토지에서 발생한 수입금액은 없는 것으로 신고하였다.
• 나) 납세자가 소명 내용에 적시한 월 1～2백만원의 수입이 법인세 신고만 누락 하였을 뿐, 쟁점토지에서 발생한 판매수익으로 인정한다 하더라도 그 금액이 신고 된 쟁점토지 등의 양도차익인 유형자산처분이익에 미치지 못하는 이상 청구법인의 주된 사업을 부동산매매업으로 보는 것에 지장이 없다.

2. 법인의 부동산 취득은 농업 외 목적으로 양도차익을 얻기 위한 것이다.

• 가) 청구법인이 추가로 거래한 토지 등의 내역을 살펴보면, 농업과 전혀 관련 없는 아파트 및 묘지를 별도로 구입하여 단기에 매매차익을 거두고 매각하거나 보유 중에 있으며, 구입한 일부 농지의 평당 단가에 비추어 농업목적으로 이용하기에는 지나치게 고액인 점, 토지들이 서로 지리적으로 떨어진 관계로 농업에 절대 불리한 점에 비추어 위 토지는 농업 외 다른 목적으로 구입한 것으로 봄이 타당하다.
• 나) 또한 위 농지의 경우에도 농업에 관련된 신고 수입금액이 전혀 없는 점에 비추어 쟁점토지를 포함한 당 법인의 부동산 취득은 매매용으로서 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 얻기 위하여 취득한 것이다.
• 다) 청구법인이 제출한 통장사본 상 E○○에서 계약금을 수취하고 2017.2.17. 쟁점토지를 양도하려했던 사실이 확인되며, 2017.11.17. E○○에 계약금을 그대로 반환하고 2017.10.16. C○○ 등에게 쟁점토지를 양도하는 계약서를 작성한 사실이 확인된다. 8개월 만 에 양도가액이 1,786백만원 증가함을 고려하면 쟁점토지는 순수하게 농업을 경영하기 위한 토지라고 보기 어렵고, 법인은 부동산 양도차익을 위해 사업을 영위하였다고 봄이 타당하다.
• 라) 쟁점토지는

○○ 시에서 고시된

○○ 시

○○ 동

○○ 번지와 연접한 토지로 현재 매수인 C○○ 등이 택지개발하여

○○시 타운하우스를 조성하여 분양중이며, 현재

○○ 동

○○ 지구 도시개발사업 진입도로와 관련하여 [

○○동 지구 지구단위계획, 도로] 결정안에 따라 도로 확장공사 진행 중이다.

• 마) 타운하우스는 택지분양가가 1단 평당 400만원, 2단 평당 500만원, 3단 평당 500만원으로 확인되며, 경전철역 도보 10분거리, 병원, 백화점, 시외버스터미널 자동차 6분거리, 공원 500m 이내, 초등학교 근처에 위치하여 청구법인은 지리적 이점을 판단하여 개발호재에 따른 시세차익을 취하기 위한 부동산 매매용으로 보유하고 있었다고 볼 수 있다. 바) 매매계약서 특약사항에는 “잔금지급 기일 이전에 매수인은 본 건 매매토지 개발계획 도면을 작성하여 매도인이 도면에서 개발지 중 400평을 지정할 수 있도록 하여야 한다. 쌍방은 지정된 400평을 매매면적에서 제외하여 매매잔금에서 차감 정산하고, 매수인은 허가비용과 공사비용을 부담해 다른 분양필지와 동일수준의 택지공사를 완료해주기로 한다.”고 명시되어 있다. 사) A○○은 현물 출자 당시 개발 예정 토지의 정중앙에 위치한 대지를 계속 보유하면서 본인의 토지를 거래하지 않으면 개발사업을 진행할 수 없다는 점을 이용하여 상기와 같은 매도인에게 유리한 계약을 성사하였다.

3. A○○은 다수의 부동산 거래 경험이 있고 세법을 잘 아는 전문가다. 가) 청구법인의 유한책임사원 A○○은 부동산 임대업을 영위하며 현재까지 전문 직역에 종사 중이다. A○○의 부동산 취득 및 양도내역을 살펴보면, 1986년부터 현재까지 총 62건의 부동산 취득 및 총 64건의 물건 양도하였고 총 양도가액 5,386,679,600원으로 다수의 부동산 거래 경험이 있다. 나) A○○은 2014년부터 적용되는 ｢조세특례제한법｣ 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】제14항에 따라 양도소득세 감면을 적용받을 수 없는 개인에 해당하여 농업회사법인을 설립하여 쟁점토지를 현물출자함으로써 개인 양도소득세를 감면받은 것과, ｢법인세법｣ 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】에 따라 농업회사법인으로 보유하였다가 양도한 것은 부동산매매와 관련하여 세제상 유리함을 이용하였다고 봄이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】 (2018.12.31. 법률 제16096호로 개정된 것)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다
• 나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[ 지방자치법 제3조제4항 에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조제1호 에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 1-1) 법인세 법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】 (2018.2.13. 대통령령 28640호로 개정된 것) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 1-2) 법인세 법 시행령 제92조의4 【토지지목의 판정】 법 제55조의2제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 1-3) 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의2제2항제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조·생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

③ 법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

2. 농지법 제6조제2항제7호 에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

④ 법 제55조의2 제2항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제55조의2 제2항 제1호 나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 3년을 말한다. 2) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분 등】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지 2-1) 지방세법 시행령 제102조 【분리과세대상 토지의 범위】

① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 전ㆍ답ㆍ과수원

• 나. 농지법 제2조제3호 에 따른 농업법인이 소유하는 농지로서 과세기준일 현재 실제 영농에 사용되고 있는 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(읍ㆍ면 지역은 제외한다)의 도시지역의 농지는 개발제한구역과 녹지지역에 있는 것으로 한정한다.

3. 부가가치세법 제2조 【사업의 범위】

② 건설업과 부동산업 중 재화를 공급하는 사업으로 보는 사업에 관한 영 제3조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

1. 부동산 매매(주거용 또는 비거주용 건축물 및 그 밖의 건축물을 자영건설하여 분양ㆍ판매하는 경우를 포함한다) 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하는 사업

2. 사업상 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 사업

• 다. 사실관계

1. 연도별 묘목 등 지출 상세내역(생략)

2. 농지취득자격증명 및 농지원부등재 신청 결과 통보서(생략)

3. 쟁점토지 매각 당시 경작현황(생략)

4. 경작 사실 확인서(생략)

5. 쟁점토지의 경매 취득 당시 과수목 식재현황(생략)

6. 청구법인의 쟁점토지 매각 양도대금 입·출금내역(생략)

7. 청구법인 법인세 신고내역(생략)

• 라. 판단

1. 관련 법리 가) ｢법인세법｣ 제55조의2 에 의하면 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 추가하여 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

• 나) 춘천지방법원은 “원고의 수입금액은 토지의 매각에 따른 유형자산처분이익과 이자수익만 존재하며, 손익계산서상 농업활동에 따른 매출이나 관련 원가의 지출은 일체 확인되지 아니하고, 4,790,850원의 매출액이 발생하였다고 하더라도 이를 이 사건 토지의 매각으로 인한 양도차익인 2,599,485,600원과 비교하면 이는 결코 원고의 주업으로 평가할 수 없는 극히 소액이다”고 하며, “원고가 이 사건 토지의 소유기간 동안 농업을 수행하였다거나 이를 주된 사업으로 하였다고 보기 어렵고, 위 기간 중 ‘부동산업’ 또는 ‘부동산매매업’을 주된 사업으로 하였다고 보일 뿐이다. 따라서 이 사건 토지는 구 법 인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 ‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지’로서 비사업용 토지에 해당한다고 판단된다”고 판시하였다 (춘천지방법원 2023.1.17. 선고, 2022구합30315 판결 참조).

2. 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 것이 부당한지에 대한 판단

• 가) 앞서 살핀 사실관계와 청구인이 제출한 증빙 및 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 쟁점토지는 비사업용 토지로 봄이 타당하다.

① 청구법인의 대표자가 쟁점토지 매입 당시 식재된 과수목 현황이 유지되었고, 과수목을 재배하는 데 필수적인 농약 등의 지출액이 없는 점에 비추어 실제 농업을 영위하여 수입을 얻고 있다고 볼 수 없다.

② 지출금액 중 작업비 및 묘목대 등으로 지급하였다는 금액도 출금 내역만 있을 뿐 실질적 거래증빙이 없고, 대표자가 현물출자 토지 외에도 다른 토지를 보유하고 있던 점을 감안하면 지출대금의 금액과 용도가 불분명하다.

③ 쟁점토지에 청구법인이 지출한 금액의 규모 및 용도, 농업에 필수적인 인건비 투입 등을 고려하면 농지법 저촉을 회피하기 위하여 최소한의 농업을 영위한 것으로 보인다.

④ 법인세 신고서 상 수입금액이 없는 반면 유형자산 처분이익만 존재하여 실제로 농업을 영위하여 수입을 올릴 목적보다는 토지 양도차익에 대한 조세를 회피할 목적으로 청구법인을 설립하여 운영한 것으로 보인다.

⑤ 청구법인이 주장한 대로 일부 수입금액이 있었다 하더라도, 그와 관련된 총 지출금액이 38백만원에 불과하여 수입금액이 지출금액만큼 있다고 전제하더라도 이를 쟁점토지 양도차익 3,350백만원과 비교하면 농업을 주업이라고 평가할 수 없는 극히 소액에 해당한다.

• 나) 따라서, 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하는바, 처분청이 2022.11.10. 부과한 2019사업연도 및 2020사업연도 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.