청구법인은 쟁점매입처와의 실제거래금액보다 과다하게 공급가액을 기재하여 쟁점매입세금계산서를 수취하였음.

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2013.5.1. 개업하여 ○○○○에서 실내외놀이터 가맹사업을 영위하고 있는 법인으로, 대형마트 등에 ‘AAAA(청구법인의 자사브랜드이기도 하다)’를 입점시켜 운영하고 있다.
• 나. 청구법인은 2018년 제2기부터 2019년 제2기 과세기간에 BBBB(이하 “쟁점매입처”라 한다)에서 부동산컨설팅 용역을 제공받고 5매 공급가액 000백만원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하였으며, 부가가치세 신고 시 매입세액을 공제받았으며, 법인세 신고 시 손금에 산입하였다.
• 다. 처분청은 2021.6.23.부터 2021.9.2.까지(조사중지 1회 8.18.부터 8.30.까지) 청구법인에 대한 2018년 제2기부터 2019년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세조사를 실시하여,

1. 쟁점매입세금계산서상 거래금액(공급가액) 중 000백만원(이하 “쟁점과다수취금액”이라 한다)을 실제거래금액보다 과다하게 기재하여 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아, 2021.9.16. 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 법인세를 손금부인하여 법인세 및 부가가치세를 부과한다는 세무조사결과를 통지하였다.

2. 처분청은 2021.12.6. 청구법인의 과세전적부심사청구의 불채택결정(적부분당2021-0042, 0043, 2021.12.2. 결정)에 따라 2018년 제2기부터 2019년 제2기까지 과세기간 부가가치세 000원(2018년 제2기 000원, 2019년 제1기 000원, 2019년 제2기 000원)과 2019년 사업연도 법인세 000원을 경정고지하였다.

• 라. 청구법인은 처분청의 위 부과처분에 대하여 2022.3.4. 재결청(○○지방국세청장)에 이의신청을 하였고, 재결청은 2022.5.19. 기각결정 하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022.8.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 쟁점매입처에서 받은 쟁점매입세금계산서가 과다수취한 것이라고 주장하나, 청구법인은 과다수취한 사실이 없고, 가사 과다수취라 하더라도 그 잘못을 청구법인에 돌리는 것은 부당하다.
• 나. 처분청은 자체 조사만으로 청구법인의 직원 CCC․DDD가 청구법인의 자금을 유출하기 위하여 쟁점매입처 대표자 EEE․FFF을 통해 매입세금계산서를 과다하게 수취한 것으로 판단하고 있으나, 처분청의 자체 조사만으로 위와 같이 판단하는 것은 과세요건에 관한 입증책임을 다하였다고 보기는 어렵다.
• 다. 이의신청에 대해 재결청(○○지방국세청장)은 기각결정하면서 ‘이 건의 경우 처분청이 금융조사에 의해 쟁점매입세금계산서상 공급가액이 과다 기재된 세금계산서임을 상당한 정도로 증명한 것으로 볼 수 있다고 판단’하고 있으나, 청구법인은 본 건 처분을 받은 후 본 건 처분을 근거로 CCC, DDD, EEE 등을 업무상 횡령으로 고소하였다. 그러나, GGG경찰서장은 2022.8.10. 불송치(혐의없음)처분을 하였다.
• 라. 물론 위 불송치(혐의없음)처분의 경우 일부 법리적인 문제(업무상횡령죄의 보관자 지위 인정 여부 및 간접정범 여부)로도 위와 같이 처분되기는 하였으나, 불송치 이유에서 언급된 내용 즉, ‘쟁점매입처 대표 EEE은 명의만 빌려주었고, FFF이 실질적으로 쟁점매입처를 운영한 것’이 사실이라면, 처분청이 위와 같은 사실관계를 알지 못한 채 HHHH 관계자 등에게 받은 진술 등에 기초하여 이 건 과세처분을 한 것이 되므로, 처분청이 금융조사에 의해 쟁점매입세금계산서상 공급가액이 과다 기재된 것임을 상당한 정도로 증명한 것으로 볼 수 있다고 판단한 것은 부당하다 할 것이다.
• 마. 한편, 재결청(○○지방국세청장)은 관련 대법원 판례(대법원2012두959)를 언급하면서 ‘이 건의 경우 쟁점매입세금계산서는 공급가액이 실제 공급가액보다 과다하게 기재된 세금계산서라 할 것이나, 청구법인은 선량한 관리자의 주의의무를 다하였음을 입증하지 않고 무지·미인지만을 주장하고 있다’는 이유로 ‘기각’결정을 하였으나, 위 대법원 판례는 세금계산서의 발행 및 교부 경위, 공급받은 재화 또는 용역의 가격, 당해 재화 또는 용역이 공급된 구체적인 경로 및 과정 등에 비추어 볼 때 실제 공급자가 누구인지, 세금계산서의 명의상 공급자가 자료상은 아닌지에 관하여 수급자가 의심할 만한 충분한 사정이 있는 경우에 책임을 인정한 것이지, 청구법인과 같이 담당 직원을 통해 확인 후 중개계약을 체결하고, 위 계약에 따라 청구법인이 원하던 중개업무가 실제로 성사되어 실제 공급자가 누구인지, 세금계산서의 명의상 공급자가 자료상은 아닌지에 관하여 수급자가 의심할 만한 사정이 전혀 없는 이 건의 경우와는 다른 사례로 위 대법원 판례를 근거로 본 처분이 정당하다고 본 것은 부당하다 할 것이다.
• 바. 대법원은 ‘과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청인 피고가 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자인 원고에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가는 것이므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 그 입증책임을 돌리는 경우가 있는 것이다(대법원 1990.2.13. 선고 89누2851 판결 ; 1992.3.27. 선고 91누12912 판결 등 참조)’라고 판결하여 처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청에 입증책임이 있다고 판결하고 있다.
• 사. 아울러, 대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결은 ‘납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지 비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청인 피고에 의해 원고측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 원고가 그 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요 사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 그 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 할 것이다’라고 판결하여, 이 건과 같이 청구법인이 쟁점매입처에 지급한 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도에 관하여는 처분청이 상당한 정도로 입증할 의무가 있다 할 것인데, 관련 형사사건에서 불송치(혐의없음) 처분을 받은 사정 및 단순히 청구법인이 쟁점매입처에 지급한 돈 중 일부가 청구법인의 직원이었던 CCC, DDD에게 지급된 사정만으로 과세한 이 건 부과처분은 위법하다 할 것이다.

• 가. 청구법인은 세금계산서를 과다 수취한 사실이 없으며, 설령 과다수취라 하더라도 담당자였던 CCC의 보고 및 내부결재를 통해 CCC의 보고가 사실이라고 판단할 수밖에 없었고 처분청에서 주장하는 의혹이 있다는 사실을 전혀 알지 못하였으므로 그 잘못을 청구법인에 돌리는 것은 부당하다고 주장한다.
• 나. 그러나, 청구법인은 청구법인의 직원인 CCC이 기획한 품의서에 최종결재권자인 대표자 JJJ 이름으로 서명이 되어 있고 쟁점매입세금계산서 거래에 대하여 몰랐다고 할 수 없으며, 처분청이 처분한 내용을 근거로 CCC과 DDD를 고발하는 행위는 선량한 관리자의 주의의무를 다하지 못한 고의 또는 중과실에 해당하는바, 쟁점매입세금계산서 수수에 대한 책임은 청구법인에 귀속되는 것이 타당하다.
• 다. 또한, 청구법인은 관련자들의 일부 진술 등에 의존하여 처분청이 부과처분을 한 것은 위법하다고 주장하나, 다음과 같이 그 주장은 타당하지 않다.

1. 처분청은 청구법인의 관련자들이 진술한 내용을 토대로 진술의 사실유무를 확보하기 위한 목적으로 제3자에 해당하는 HHHH 본사 입점 담당자에게 진술을 요구하였고 객관적인 제3자에 해당하는 HHHH 본사 입점담당자는 쟁점매입처의 EEE 및 FFF을 전혀 모르고 있었으며 HHHH 입점과 관련하여 오직 청구법인의 CCC 팀장하고만 업무를 하였다고 진술하였다. 2) 청구법인의 직원이 진술한 내용에 대한 사실확인을 위한 제3자의 진술은 청구법인이 쟁점매입처(대표자 FFF․EEE)에서 용역을 제공받았다는 부분의 사실을 판단하는데 객관적이고 중요한 진술에 해당하는 점을 고려하면, 처분청이 제3자를 통한 진술을 토대로 실제로 제공받은 용역의 거래규모보다 세금계산서를 과다 수취(청구법인의 직원에게 귀속된 부분)한 것으로 판단하여 관련 부가가치세 및 법인세를 부과처분한 것은 타당하다.

• 라. 그리고, 처분청은 금융계좌조회 및 제3자 진술내용을 통해 용역의 공급과는 상관없이 대가를 지급한 부분(세금계산서를 과다 수취한 부분) 및 대가의 귀속자가 누구인지를 명확히 파악하였는바, 처분청은 과세요건에 관한 부분을 상당부분 입증하였다.
• 마. 청구법인은 처분청의 이 건 과세처분을 근거로 청구법인의 직원인 CCC과 DDD를 수사기관에 고발하였으나 해당 사건이 불송치(혐의없음) 처분되었으므로 처분도 부당하다고 주장하나, 과세관청의 처분은 경찰의 불송치(혐의없음) 처분에 따라 구속받는 것이 아니고, 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 과세요건에 대하여 상당한 정도의 입증을 하였고, 그렇다면 처분의 위법성을 다투는 청구법인이 관련 증빙과 자료를 제시하여야 하나 그러지 못하고 있으므로 해당 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세금계산서는 실제 거래에 따라 수취한 것이므로 실제거래금액보다 과다수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 손금부인한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 2) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다. <개정 2018.12.24>

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. <개정 2018.12.24>

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24> 4) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것) 법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. <개정 2018.2.13, 2019.2.12>

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다) 5) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】(2019.12.31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. 7) 부가가치세법 제37조 【납부세액 등의 계산】

① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다. 8) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1>

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 9) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 9-1) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】(2020.2.11. 대통령령 제30397호로 개정되기 전의 것) 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17, 2019.2.12>

1. 제11조제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우 10) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

• 다. 사실관계

1. 청구법인 주주현황은 다음과 같다.(생략)

2. 2018년 제2기부터 2019년 제2까지 과세기간에 청구법인이 쟁점매입처에서 수취한 쟁점매입세금계산서 내역은 다음과 같으며, 청구법인은 쟁점매입처에 부동산컨설팅 수수료 명목으로 000백만원 상당의 쟁점매입세금계산서를 00회에 걸쳐 수취하였음이 확인된다.(생략) 3) 처분청의 조사내용에 따르면, 쟁점매입처(대표자: EEE)는 2018.8.22. 부동산컨설팅업을 영위하는 것으로 개업하여 2020.6.26. 사업부진으로 폐업한 개인사업체이다.(생략)

4. 국세청 대내포털시스템에 따르면, 2018년 제2기부터 2019년 제2기까지 과세기간에 대한 부가가치세 신고 및 경정내역은 다음과 같다.(생략)

5. 국세청 대내포털시스템에 따르면, 2018년부터 2019년까지 사업연도 법인세 신고 및 경정내역은 다음과 같다.(생략)

6. 처분청은 청구법인이 2018년 제2기부터 2019년 제2기까지 과세기간에 쟁점매입처에서 실제거래금액보다 과다하게 쟁점매입세금계산서를 수취한 것으로 보았는데, 그 과다수취내역은 다음과 같다.(생략)

7. 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 주요내용은 다음과 같다.(생략)

8. 청구법인은 CCC, DDD를 ‘업무상 횡령죄’로 수사기관(GGG경찰서장)에 고소(사건번호2022-○○○○)하였는데, 2022.8.10. GGG경찰서장은 ‘증거불충분 혐의없음’으로 ‘불송치’결정하였다. 수사결과내용은 다음과 같다.(생략)

9. 청구법인의 이의신청에 대한 재결청(○○지방국세청장)의 결정내용(이의○○청2022-○○○○)은 다음과 같다.(생략)

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제39조제1항에서는 “제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서, 제1호에 “제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다”를, 제2호에는 “세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다”를 규정하고 있다.
• 나) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제19조제1항에서는 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, 제2항에서는 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”라고 규정하고 있다. 다) 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 한다(대법원2010두8263, 2012.11.15. 판결 등 참조).
• 라) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원97누13894, 1998.7.10. 판결, 대법원2002두6392, 2002.11.13. 판결 참조).

2. 쟁점매입세금계산서를 실제거래금액보다 과다수취한 것으로 보고 관련 매입세액을 불공제하고 손금부인하는 것은 부당한지에 대한 판단

• 가) 관련 법리와 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, 처분청은 청구법인이 쟁점매입처에서 수취한 쟁점매입세금계산서가 공급가액이 과다 기재된 세금계산서임을 상당한 정도로 증명한 것으로 볼 수 있어, 쟁점과다수취금액에 대해 부가가치세 매입세액을 불공제하고 손금부인한 처분은 정당하다.

① HHHH 관계자(본사 입점담당자)인 KKK의 진술내용에 따르면, 청구법인의 HHHH 입점관련 중개역할을 한 것으로 알려진 쟁점매입처 대표 EEE 및 FFF을 전혀 모르고, 청구법인의 HHHH 입점 협의 등은 청구법인 CCC팀장과만 한 것으로 확인되고 있어 쟁점매입처에서 부동산컨설팅용역을 제공받았다는 청구법인 주장에 믿음이 가지 않는다.

② 처분청은 세무조사 과정에서 금융거래 확인을 통해 쟁점매입세금계산서의 거래대금 000백만원 중 약 000%인 000백만원이 청구법인의 직원 CCC과 DDD에게 재이체된 것을 확인하였으며, 이에 대해 청구법인은 명확한 사유를 밝히지 못하고 있고, 오히려 청구법인은 처분청의 이 건 과세처분 후 2022.2.4. CCC과 DDD를 업무상횡령 혐의로 수사기관에 고소(사건번호2022-○○○○, GGG경찰서)한 사실이 확인된다.

③ 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점매입세금계산서는 CCC, DDD 등에 의해 실제거래금액보다 과다하게 수취된 것으로 확인된 반면에, 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 정상 세금계산서라는 주장만 할 뿐, 이를 뒷받침하는 입증자료를 제출하지 못하고 있다.

• 나) 따라서, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 실제거래금액 보다 과다 수취한 것으로 보아 쟁점과다수취금액에 대해 부가가치세 매입세액을 불공제하고 손금부인한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.