조세심판원 심사청구 법인세

쟁점인건비 등을 손금불산입한 처분 등은 정당함.

사건번호 심사-법인-2021-0021 선고일 2021.12.15

여러 사정에 비추어 볼 때, 쟁점인건비 등을 사업과 관련 없는 비용으로 보아 손금불산입한 처분 등은 타당함.

주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2014.2.13. 농산물 생산 및 사육, 유통, 가공, 판매 등(농산물 재배 및 가공․유통)을 주업으로 하여 설립된 후, 2014.4.17.부터 사업을 개시한 농업회사법인이다.
  • 나. 조사청(○○○지방국세청장)은 2021.4.1.부터 2021.5.14.까지(조사중지 2021.4.28.부터 5.11.까지) 청구법인에 대해 2017년부터 2019년 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 1) 청구법인이 실제 근무사실이 없거나 청구법인관련 업무를 수행하지 않은 AAA 등에게 2018년 사업연도 001.281백만원, 2019년 사업연도에 000.25백만원 합계 001.531백만원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 업무와 관련없이 지급한 사실을 확인하였다(쟁점①관련). 2) 또한, 청구법인은 특수관계법인인 MMM NNN 소유로 되어 있는 ○○○ 아파트(이하 “쟁점사택”이라 한다)를 임차하였으나, 실제 거주는 청구법인의 대주주인 BBB 일가가 거주하였음에도 주택임차료 명목으로 2018년 사업연도 15.5백만원, 2019년 사업연도 4.5백만원 합계 20백만원 상당의 금원(이하 “쟁점사택임차료”라 한다)을 지급하고, 동 금액에 상당하는 계산서를 수취하여 손금에 산입한 사실을 확인하였다(쟁점②관련). 3) 그리고, 청구법인은 특수관계법인인 MMM JJJ와 2018.5.31. 슈퍼마켓과 관련 전자상거래업 컨설팅계약서를 작성하였으나, 동 컨설팅용역은 이루어지지 않았음에도 2018.6.22. 공급가액 0005백만원, 2018.7.31. 공급가액 005백만원 상당의 금원(이하 “쟁점컨설팅용역 수수료”라 한다)을 지급하고, 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제받고, 법인의 손금에 계상한 사실을 확인하였다(쟁점③관련).

4. 2017.6.30. 청구법인은 농업회사법인 주식회사 KKK에 □□□ 소재 답 2,000㎡, 같은 곳 △△△ 답 2,000㎡(이하 이 두 필지를 “쟁점토지”라 한다, 취득일: 2014.7.18., 취득금액 0,694백만원)를 0,480.5백만원에 양도하였는데, 청구법인은 쟁점토지를 농업에 사용하지 아니한 것으로 보고법인세법제55조의2 제2항의 규정에 의한 비사업용토지에 해당한다고 보았다(쟁점④관련).

5. 2021.5.27. 조사청은 위 1)~4)의 조사결과 내용에 대하여 쟁점인건비, 쟁점사택임차료, 쟁점컨설팅용역 수수료는 손금불산입하고, 쟁점매입세금계산서 수취분에 대한 부가가치세 매입세액은 불공제하는 한편, 쟁점토지 양도분에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 등 법인세 039,429천원, 부가가치세 04,071천원 등 합계 073,500천원을 과세하는 것으로 하여 다음과 같이 세무조사결과를 통지하였다.(생략)

  • 다. 2021.6.24. 처분청(○○○세무서장)은 조사청에서 위 세무조사결과를 통보받고, 2021.7.1. 청구법인에 2017년 사업연도 법인세 08,005,900원, 2018년 사업연도 법인세 040,713,250원, 2019년 사업연도 법인세 010,610원 등 법인세 039,429,760원과 2018년 제1기 과세기간 부가가치세 04,149,370원, 2018년 제2기 과세기간 부가가치세 0,921,370원 등 부가가치세 04,070,740원 합계 073,500,500원을 경정고지 하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
  • 가. (쟁점①ㆍ② 관련) 쟁점인건비 및 쟁점사택임차료 손금부인의 부당성 1) AAA 등 7인에게 지급한 인건비는 정당한 인건비 지급으로 인정된 다른 직원들과 비교하여 볼 때 일부 근무조건과 형태에 개별적인 차이가 있을 뿐, 위 7인의 경우도 청구법인이 직원으로 채용하여 근무를 명한 직원들로 이들에게 지급한 급여 등과 쟁점사택임차료는 정당하게 지급한 경비이므로 손금에 산입되어야 한다.
  • 나. (쟁점③ 관련) 쟁점컨설팅용역 수수료 손금부인 등 부당성

1. 청구법인은 농산물 슈퍼마켓 및 관련 전자상거래업을 영위하고자 계열사(주식회사 JJJ산업개발) 소유 건물을 임차하여 MMM JJJ와 그 전반적인 업무진행을 위한 컨설팅계약을 체결한 후, 농산물 슈퍼마켓 및 관련 전자상거래업을 준비하기 위한 설계도면 작성, 공사발주 등 제반사업을 진행하던 중 사업타당성 검토결과 수익성이 기대치에 미치지 못하여 해당 사업을 중도에 포기하였다.

2. 사업의 중도포기로 잔여 용역료를 반환받고 싶었지만, 동 컨설팅계약 조건 자체가 중도해지되더라도 용역사의 귀책사유로 인한 것이 아니라면 기지급된 보수의 반환을 청구할 수 없었고, 의뢰인(청구법인)의 사정으로 컨설팅계약이 중도해지될 경우 잔여 용역보수를 전액 지급하도록 되어 있어 손해를 감수할 수밖에 없었던 실정이었음을 감안하여 쟁점컨설팅용역 수수료에 대해서 손금으로 인정하지 않는 것과 부가가치세 매입세액을 불공제하는 것은 심히 부당하다.

  • 다. (쟁점④ 관련) 쟁점토지를 비사업용토지로 판정한 것은 부당하다. 1) 쟁점토지와 관련하여 ○○시는 2016년도 지방세 세무조사 당시 실무관의 쟁점토지에 대한 현장출장 결과 쟁점토지에서 쌀 경작이 이루어지는 등 영농에 사용된 사실이 명백하게 확인되었고, 청구법인의 특수관계인(주주)이 직접 경작을 하였지만, 다만 청구법인 명의로 된 영농기록 증명서류인 농자재 등 매입자료 및 농산물 판매자료가 없어 쟁점토지를 ‘해당 용도(영농)로 직접 사용하지 아니한 경우’로 취급하는 것은 부당하다. 2) 쟁점토지는 가족 경작을 해오던 청구법인의 주주인 BBB 등이 계속하여 경작을 해 온 토지로(첨부한 거래자별 매출상세내역, 농가별 양곡 매입내역 참조), ‘종중 소유의 농지를 종중원이 위토로 경작한 경우 자경에 해당한다고 보는 점(대법원94누13213, 1995.6.29. 판결 참조), 농지를 자경한다 함은 자기가 직접 경작하는 경우뿐만 아니라 생계나 세대를 같이하는 가족으로 하여금 경작케 한 경우도 포함한다고 보는 점’(대법원94누11859, 1995.2.3. 판결 참조) 등 관련 판례 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 자기의 계산과 책임 하에 농사를 지은 것이라고 보는 것이 합당하다.
3. 조사청 의견
  • 가. (쟁점① 관련) 조사 착수 당시 청구법인 사업장에서 확보한 업무일지 서류에는 업무팀장 CCC, 법무팀장 DDD, 경리담당 EEE 등이 경매업무와 회사 내부 업무 등을 수행한 기록은 있으나 AAA 등이 업무를 수행한 기록은 없었던 점, 그 외 AAA 등의 근무이력, 출근기록부, 성과명세서 등을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점인건비는 근로 또는 업무수행의 대가로 지급된 것으로 보기 어려워 사업과 관련 없는 비용으로 보아 손금불산입함이 타당하다. 나. (쟁점② 관련) 쟁점사택에는 청구법인의 대주주인 BBB의 배우자인 FFF가 전입신고하여 현재까지 거주하고 있는 것으로 확인되는바, 법인세법 시행령제50조 [업무와 관련이 없는 지출] 제1항에 의해 쟁점사택임차료를 손금불산입한 처분은 정당하다.
  • 다. (쟁점③ 관련) 청구법인은 슈퍼마켓을 운영할 계획으로 쟁점컨설팅용역을 제공받기로 하고, 컨설팅용역 수수료로 050백만원을 지급하였다고 주장하나, 2021.5.12. 조사청이 사업장을 현장확인한 바에 따르면, 지하1층에는 유흥주점으로 사용한 소극장과 가구ㆍ비품 등이 있었고, 청구법인은 슈퍼운영업을 영위한 적이 없는 것으로 보이는 점(청구법인은 2014년부터 2019년까지 매출액은 0원이고, 부동산양도로 인한 유형자산처분이익만이 있을 뿐이다), 쟁점컨설팅용역을 수행하였다는 LLL의 근로소득지급조서 제출내역을 보면, 2018.1.1.~3.31 동안에 직원 3명에게 26백만원을 지급한 것이 전부인 점, 쟁점컨설팅용역외에는 별다른 매출이 없었던 점 등에 비추어 보면 쟁점컨설팅용역 수수료는 실제 제공없이 지급한 것이다. 따라서, 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하므로 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고 법인 손금을 불산입한 처분은 정당하다.
  • 라. (쟁점④ 관련) 청구법인은 2014.2.13. 농업을 주된 사업으로 하는 농업회사법인으로 설립된 후(개업일: 2014.4.17.), 2014.7.18. 쟁점토지를 0,694백만원에 취득하여 농업 용지로 사용하였다고 주장한다. 그러나, 청구법인의 손익계산서를 보면 2014년부터 2019년 사업연도까지 매출액은 0원이고, 2017년부터 2019년 사업연도까지 유형자산처분이익만이 있을 뿐으로 청구법인은 2014.4.17. 개업한 이래 2019년 사업연도까지 농업 관련의 매출이 발생하지 않은 것으로 보이고, 부가가치세 신고 및 세금계산서 수취내역을 살펴보아도 농업관련 매출과 농업용 기자재·원자재를 매입한 사실이 전혀 없는 점, 청구법인이 쟁점토지를 보유한 기간 중인 2015년에는 쟁점토지에 대한 쌀 직불금을 전 소유자인 GGG가 수령한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지를법인세법제55조의2 제2항의 규정에 의해 비사업용토지로 보아 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 조사청의 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 쟁점인건비의 손금산입을 부인한 처분이 적정한지 여부

② 쟁점사택임차료를 손금부인한 처분이 적정한지 여부

③ 쟁점컨설팅용역 수수료를 손금부인하고 매입세액 불공제한 처분이 적정한지 여부

④ 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는지 여부

  • 나. 관련법령 <쟁점①~③ 손금불산입 등 관련> 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】<2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것>

① 손 금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 1-1) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】<2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정된 것> 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.3.15, 2010.12.7, 2012.1.25, 2012.2.2, 2013.6.11, 2013.6.28, 2014.2.21, 2015.2.3, 2017.2.3, 2018.2.13>

10. 제세공과금

22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 2) 법인세법 제26조 【과다경비 등의 손금불산입】 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 복리후생비

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 3) 법인세법 제27조 【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것 3-1) 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】

① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30>

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 소액주주 등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

2. 해당 법인의 주주 등(소액주주 등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

② 제1항제1호 및 제2호에서 "소액주주 등"이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주 등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 "소액주주 등"이라 한다)을 말한다. <개정 2012.2.2.> 3-2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조 【부대사업의 범위】<2017.9.19. 대통령령 제28309호 개정된 것>

① 농업회사법인의 부대사업의 범위는 다음 각 호와 같다. <개정 2015.7.6.>

1. 영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업

2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

3. 농산물의 구매 및 비축사업

4. 농업기계나 그 밖의 장비의 임대·수리 및 보관사업

5. 소규모 관개시설(灌漑施設)의 수탁 및 관리사업 4) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】<2017.12.19. 법률 제15223호로 개정된 것>

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 <2014.1.1.>

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 개별소비세법 제1조제2항제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. <쟁점④ 비사업용토지 관련> 5) 법인세법 제55조의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】<2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것>

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. <개정 2014.1.1, 2014.12.23>

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.7.24>

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

  • 가. 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다)
  • 나. 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 5-1) 법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】<2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정된 것> 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. <개정 2009.2.4, 2011.6.3, 2015.2.3>

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  • 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
  • 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 5-2) 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의2제2항제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2제2항제1호가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조·생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

③ 법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. <개정 2008.2.22, 2008.2.29, 2011.6.3, 2015.2.3>

1. 농지법 제6조제2항제2호·제6호·제10호가목 또는 다목에 해당하는 농지

2. 농지법 제6조제2항제7호 에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

3. 농지법 제6조제2항제10호 라목부터 바목까지의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

4. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

5. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령 제22조 에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지

6. 농지법 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지 5-3) 농지법 제6조 【농지 소유 제한】<2017.1.17. 법률 제14532호로 개정된 것>

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다. <개정 2008.2.29, 2008.12.29, 2009.5.27, 2009.6.9, 2012.1.17, 2012.12.18, 2013.3.23, 2016.5.29>

1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우

2. 초·중등 교육법고등교육법에 따른 학교, 농림축산식품부령으로 정하는 공공단체·농업연구기관·농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지·연구지·실습지·종묘생산지 또는 과수 인공수분용 꽃가루 생산지로 쓰기 위하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

3. 주말·체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미생활이나 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다. 이하 같다)을 하려고 농지를 소유하는 경우

4. 상속[상속인에게 한 유증(遺贈)을 포함한다. 이하 같다]으로 농지를 취득하여 소유하는 경우

5. 대통령령으로 정하는 기간 이상 농업경영을 하던 자가 이농(離農)한 후에도 이농 당시 소유하고 있던 농지를 계속 소유하는 경우

6. 제13조제1항에 따라 담보농지를 취득하여 소유하는 경우(자산유동화에 관한 법률 제3조 에 따른 유동화전문회사등이 제13조제1항제1호부터 제4호까지에 규정된 저당권자로부터 농지를 취득하는 경우를 포함한다)

7. 제34조제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가·허가·승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

8. 제34조제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우

9. 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조제2항 에 따른 농지의 개발사업지구에 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 1천500제곱미터 미만의 농지나 농어촌정비법 제98조제3항 에 따른 농지를 취득하여 소유하는 경우 9의2. 제28조에 따른 농업진흥지역 밖의 농지 중 최상단부부터 최하단부까지의 평균경사율이 15퍼센트 이상인 농지로서 대통령령으로 정하는 농지를 소유하는 경우

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  • 가. 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따라 한국농어촌공사가 농지를 취득하여 소유하는 경우
  • 나. 농어촌정비법 제16조·제25조·제43조·제82조 또는 제100조에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우
  • 다. 공유수면매립법에 따라 매립농지를 취득하여 소유하는 경우
  • 라. 토지수용으로 농지를 취득하여 소유하는 경우
  • 마. 농림축산식품부장관과 협의를 마치고 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우
  • 바. 공공토지의 비축에 관한 법률제2조제1호가목에 해당하는 토지 중 같은 법 제7조제1항에 따른 공공토지비축심의위원회가 비축이 필요하다고 인정하는 토지로서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제36조 에 따른 계획관리지역과 자연녹지지역 안의 농지를 한국토지주택공사가 취득하여 소유하는 경우. 이 경우 그 취득한 농지를 전용하기 전까지는 한국농어촌공사에 지체 없이 위탁하여 임대하거나 사용대(使用貸)하여야 한다.

③ 제23조제1항제2호부터 제6호까지의 규정에 따라 농지를 임대하거나 사용대(使用貸)하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 그 기간 중에는 농지를 계속 소유할 수 있다. <개정 2015.7.20>

④ 이 법에서 허용된 경우 외에는 농지 소유에 관한 특례를 정할 수 없다.

  • 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실

  • 가) 청구법인은 쟁점토지를 2014.7.18. 취득하여 2017.6.30. 양도하였다.
  • 나) 쟁점토지의 사실상 이용현황은 농지(답)이다.

2. 청구법인 주주현황(2014년~2020년) (생략)

3. (조사청 제출) 청구법인이 제출한 2018사업연도 및 2019사업연도 근로소득지급내역과 쟁점인건비 손금불산입 내역은 다음과 같다. (생략)

4. (조사청 제출) 청구법인의 근로소득지급조서 제출자 중 타소득 발생내역은 아래와 같다.(생략)

5. 쟁점사택 등기부등본 내역, 임대차내용, BBB, FFF 주민등록 사항 등(생략)

6. 청구법인은 슈퍼마켓 등 사업과 관련하여 ○○시 지하1층, 1층, 2층 중 일부를 ㈜JJJ산업개발에서 2018.4.6.부터 2020.4.5.까지 임차(2018.10.5. 동 임대차계약은 해지되었다)하면서, 2018.5.31. MMM JJJ와는 쟁점컨설팅용역 계약을 체결하였는데, 관련 내용은 다음과 같다.(생략) 7) (2014년~2020년) 청구법인 매출액, 유형자산처분이익 등 손익계산서 주요내용 (생략)

8. 2014년~2017년 쌀 직불금 수령내역, 쟁점토지의 토지등기부등본 내용 등(생략)

9. 심리담당은 청구법인에게 쟁점인건비, 쟁점컨설팅용역 수수료 지급, 재산세 부과내역 등 추가 증빙자료 제출을 보정요구 하였는데, 그 회신내용은 다음과 같다.(생략)

10. 양측의 상세주장 내용(생략) 11) 국립농산물품질관리원 홈페이지에서 청구법인의 <농업경영체 등록여부>를 조회한바, 다음과 같이 농업경영체로 2017.12.4. 신규 등록 되어 있는 것으로 확인된다(국립농산물품질관리원 관계자에게 문의한바, 개인 또는 법인(농업회사법인 등)은 동 관리원에 농업경영체로 등록되어 있어야 해당 농지에 대한 쌀 직불금을 받을 수 있다고 하였다).(생략)

12. HHH, BBB, GGG의 농업경영체 등록 내용은 다음과 같다.(생략)

  • 라. 판단

1. 관련규정 등(생략)

2. 쟁점인건비의 손금산입을 부인한 처분이 적정한지 여부에 대하여

  • 가) 다음의 사정을 고려할 때, 쟁점인건비를 사업과 관련 없는 비용으로 보아 손금불산입한 조사청의 처분은 타당하다고 판단된다. (1) 법인세법상 손금은 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다(법인세법§19②).

(2) 조사청이 세무조사 착수 당시 청구법인 사업장에서 확보한 업무일지 서류에는 업무팀장 CCC, 법무팀장 DDD, 경리담당 EEE 등이 경매업무와 회사 내부 업무 등을 수행한 기록은 있으나 AAA 등이 업무를 수행한 기록은 없었던 점, 그 외 AAA 등의 근무이력, 출근기록부, 성과명세서 등을 제시하지 못하고 있어 실질적으로 특정한 업무를 담당하였다는 점을 입증할만한 기록이 전혀 없는 점(보정요구하였으나 역시 제출하지 못하고 있다) 등에 비추어 볼 때, 쟁점인건비는 근로 또는 업무수행의 대가로 지급된 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

  • 나) 따라서, 쟁점인건비를 손금불산입한 처분은 정당하다.

3. 쟁점사택임차료를 손금부인한 처분이 적정한지 여부에 대하여

  • 가) 다음의 사정을 고려할 때, 쟁점사택임차료를 업무무관비용으로 보아 손금불산입한 조사청의 처분은 정당하다. (1) 법인세령 제50조 제1항에 따르면, ‘해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 소액주주 등인 임원 및 사용인은 제외)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금(1호)’과 ‘해당 법인의 주주 등(소액주주 등은 제외)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금(2호)’ 등 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액은 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있다.

(2) 청구법인은 쟁점사택을 MMM NNN에서 2018.4.30.부터 2020.4.29.까지 임대보증금 10백만원, 월 임차료 150만원으로 임차한 사실이 관련 임대차계약서에 의해 확인되고, 청구법인의 대주주인 BBB의 배우자 FFF의 주민등록상 주소지 변동사항을 살펴보면, FFF는 2017.7.31. 쟁점사택에 전입한 이후 주소변동사항이 없는 것으로 확인된다. 따라서 쟁점사택에는 FFF가 현재까지 거주하고 있는 것으로 보여 쟁점사택은 FFF의 개인 거주용으로 사용되고 있는 것으로 보이는바, 쟁점사택임차료는 청구법인의 업무와는 관련이 없는 지출금액으로 봄이 타당하다.

  • 나) 따라서, 쟁점사택임차료를 손금불산입한 조사청의 처분은 타당하다고 판단된다. 4) 쟁점컨설팅용역 수수료를 손금부인하고 매입세액 불공제한 처분이 적정한지 여부에 대하여
  • 가) 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, 쟁점컨설팅용역 수수료는 실제 용역제공없이 지급된 것으로 보이는바, 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고 법인 손금을 부인한 조사청의 처분은 정당하다. (1) 청구법인은 슈퍼마켓, 전자상거래업 등을 영위하는 사업을 진행할 예정으로 ㈜JJJ산업개발과 ○○시 지하1층, 1층, 2층 중 일부(이하 “슈퍼마켓 사업장”이라 한다)를 2018.4.6.부터 2020.4.5.까지 임차하는 사무실임대차계약을 체결하면서, 2018.5.31. MMM JJJ와는 쟁점컨설팅용역 계약을 체결하였으나, 사무실임대차계약은 2018.10.5. 해지되었고, 쟁점컨설팅용역에 대한 수수료 050백만원은 2018.7.31. 지급이 완료되었으나, 슈퍼마켓 등 사업은 사업계획 단계에서 포기되었음은 청구법인도 인정하고 있다. (2) 조사청은 2021.5.12. 슈퍼마켓 사업장을 현장 확인하였는데, 지하1층에는 유흥주점으로 사용한 소극장과 가구ㆍ비품 등이 있었고, 청구법인은 슈퍼마켓을 운영한 적이 없는 것으로 보인다고 하였다. 2014년부터 2019년까지 청구법인의 손익계산서상 매출액은 0원이고, 슈퍼마켓 운영과 관련된 비용발생내역이 없으며, 청구법인도 슈퍼마켓 사업을 중도에 포기하였음을 인정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 조사청의 이러한 주장은 타당해 보인다.

(3) 청구법인에 쟁점컨설팅용역을 수행하였다는 MMM JJJ의 2018년도 근로소득지급조서 제출내역을 보면, 2018.1.1.부터 3.31.까지 직원 3명에게 26백만원을 지급한 것이 전부이고, 쟁점컨설팅용역 외에는 별다른 매출이 없었던 점, 청구법인은 사업계획단계에서 슈퍼마켓 등 사업을 포기한 상태에서 쟁점컨설팅용역계약상 어쩔 수 없이 쟁점컨설팅용역에 대한 수수료를 전부 지급할 수밖에 없었다고 주장하는데 이는 통상의 사인간 거래에서는 이루어지기 어려운 경우로 보이는 점, 또한 쟁점컨설팅용역 제공이 실제로 이루어졌는지, 사업구상단계에서 중지된 것이라면 자문단계에서 중지된 것인데 이러한 단계에서 컨설팅용역수수료로 당초 계약대로 050백만원 전액을 지급했다는 것이 선뜻 수긍이 가지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점컨설팅용역 제공이 실제로 이루어졌는지 의문이 들어 이 점에 대한 청구법인 주장은 받아들이기 어렵다(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령제19조에서 정하고 있는 농업회사법인이 영위할 수 있는 부대사업의 범위에는 공산품을 판매하는 슈퍼마켓 사업은 없다).

  • 나) 따라서, 쟁점컨설팅용역 수수료는 실제 용역제공없이 지급된 것으로 봄이 타당한바, 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 법인 손금을 부인한 처분은 정당하다.

5. 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는지 여부에 대하여

  • 가) 다음의 법리와 청구법인이 농업을 주업으로 하는 법인에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등 여러 사정을 종합하여 보면, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지 등의 양도소득에 대한 법인세를 추가 과세한 조사청의 처분은 정당하다고 판단된다. (1) 구 법인세법 제55조의2 제2항 에 따르면, 비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간이 3년 미만인 경우에는 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간 및 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하는 기간 동안 ‘농지로서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지(다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다)’를 말하고, 비사업용 토지의 양도에 대해서는 토지 등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가 납부하게 되어 있다(법인세법§55의①3호).

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원2001.3.15.선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조). 구 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목은 ‘토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지(다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다))’가 같은 조 제1항 제1호에서 정한 “비사업용 토지”에 해당한다고 규정하고 있는데, 동 조항은 농업을 주된 사업으로 하였는지 여부와 관계없이 비사업용 토지 해당 여부를 판단하여야 한다는 취지로는 보이지 않고 농업을 주된 사업으로 하였는지 여부도 함께 고려해야 하는 것으로 보인다[광주고등법원(제주)2021누1024, 2021.9.8. 판결 참조].

(3) 청구법인의 주장대로 청구법인이 농작물을 재배, 수확, 판매할 목적으로 쟁점토지를 농지로 취득하였고, 주주인 HHH과 BBB이 쟁점토지를 청구법인을 위하여 경작하였다면, 쟁점토지 중 ○○동 ○○○번지의 전 소유자인 GGG가 쌀 직불금을 수령한 2015년외 2016년, 2017년에 쟁점토지에 대한 농업경영체 등록을 신청하여 직불금을 수령할 수 있었음에도 이와 같이 하고 있지 않다가(국세청 대내포털시스템에 의하면 2016년, 2017년에는 어느 누구도 직불금을 수령하지 않은 것으로 나타난다), 쟁점토지를 양도한 이후인 2017.12.4.에 이르러서야 농업경영체 등록을 하였는데, 실제로 청구법인이 쟁점토지를 농지로 직접 사용하였는지 의문이 들어 청구법인의 주장을 믿기 어렵다(국립농산물품질관리원의 공익직불제지침서에 따르면, 농업경영체 등록 신청은 매년 2월~4월에 하고, 직불금 수령은 11월~12월에 하는 것으로 나온다). (4) 청구법인은 쟁점토지를 소유한 기간(2014.7.18.부터 2017.6.30.까지) 내내 농작물 수확실적, 판매실적 등이 확인되지 않고(제시하지도 못하고 있다. 주주 등의 양곡 수확실적을 제시하고 있으나, 쟁점토지와 관련된 청구법인의 수확실적인지 여부가 불분명하다), 오히려 쟁점토지를 취득한지 3년이 안된 시점에 매매하였고, 법인세 신고시 제출한 손익계산서상에서도 매출액은 2014년부터 2020년까지 ‘0’원인 반면에 토지 양도에 따른 유형자산처분이익이 2017년 0,009백만원, 2018년 0,675백만원, 2019년 032백만원 등 총 0,116백만원에 이르러 부동산매매에 의한 매출이 농작물 재배ㆍ판매에 의한 매출보다 많아 청구법인의 주된 사업이 ‘농업’이 아닌 ‘부동산매매업’으로 보인다.

  • 나) 따라서, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지 등의 양도소득에 대한 법인세를 추가 과세한 조사청의 처분은 타당하다.
5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장 이유없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)