조세심판원 심사청구 법인세

2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우로서 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부

사건번호 심사-법인-2021-0007 선고일 2021.08.25

실질적인 독립성 요건을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 않게 된 법인이 중소기업이 되었다가 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 「조특법 시행령」 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용할 수 있음

주 문

○○세무서장이 2021.

3.

16. 청구법인에게 한 2015 사업연도 법인세 297,319,184원의 경정청구 거부처분은 이를 취소합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2008.

7.

30. ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 *** 소재 AAA㈜(2000.

11.

30. 설립, 건설/건축공사)에서 인적분할하여 같은 소재지에 설립된 건설업 영위법인으로 AAA㈜가 시행하는 ‘○○○○’라는 브랜드의 아파트 시공을 주사업으로 하고 있다.

  • 나. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.

11. 26.부터 2021.

1. 8.까지 청구법인의 2017 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인과 관계기업인 AAA㈜(이하 “쟁점관계기업”이라 한다)의 매출액 규모기준 초과로 청구법인이 2015 사업연도부터 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 중소기업특별세액감면을 배제하는 등 2017 사업연도 법인세 1,606,623,264원을 과세할 예정으로 세무조사결과를 통지하였다.

  • 다. 이에 따라 청구법인은 2015 사업연도에 대해서도 중소기업특별세액감면을 배제하 는 등 법인세 336,745,058원을 2020.

12.

30. 수정신고

․ 납부하였으나, 이후 2015 사업연도는 중소기업 유예기간에 해당한다면서 중소기업특별세액감면 등을 다시 적용하여 법인세 297,319,184원을 환급해 달라는 취지로 2021.

1.

18. 처분청에 경정청구하였다.

  • 라. 처분청은 위 경정청구가 청구법인이 조사청의 세무조사결과통지에 대하여 2021.

2.

3. 제기한 과세전적부심사청구와 사안이 동일하고, 과세전적부심사청구가 심리 진행 중에 있어 기한 내에 경정청구 처리가 곤란함을 2021.

3.

16. 통지하였다.

  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.

4.

14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장
  • 가. 청구법인은 2015.

1.

1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하였으므로 2015 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다. 1) 쟁점관계기업이 2013.

11.

30. 박○○ 외 5인으로부터 청구법인 지분 100%(126, 000주)를 인수함에 따라 쟁점관계기업과 청구법인은 지배 ․ 종속관계가 성립되었고, 「중소기업기본법 시행령」 제2조 제3호 에 규정되어 있는 관계기업에 해당하게 되었다. 2) 청구법인은 2012 사업연도 이전에는 중소기업이었으나, 2013 사업연도에 관계기업 간의 매출액 합계(0,000억원)가 졸업기준(조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서, 매출액 1,000억원)을 초과함에 따라 독립성 요건을 충족하지 못하여 중소기업에서 제외되었고, 「조세특례제한법 시행령」(2015.02.03. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 제3호의 규정에 따라 중소기업 유예기간도 적용받지 않았다. 3) 이후 2014 사업연도에는 매출규모(000억원)가 감소하여 중소기업에 해당하였다가, 2015 사업연도에는 다시 관계기업 간의 매출액 합계(0,000억원)가 규모기준(중소기업기본법 시행령 별표1, 부동산업 400억원)을 초과하여 중소기업에서 제외되었다. 4) 중소기업 유예는 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항 및 부칙 제4조에 따라 2015.

1.

1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하는 것이므로 청구법인의 경우 2015 사업연도부터 2018 사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다.

  • 나. 중소기업 유예는 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 않은 사유가 발행한 경우에 적용하는 것이다. 1) 「조특법 시행령」 제2조 제1항 및 제2항(2015.

2.

3. 대통령령 제26070호)의 개정이유는 「중소기업기본법 시행령」 개정사항(2015.

1.

1. 시행)을 반영하여 중소기업 요건을 간소화하고, 관계기업도 비관계기업과 동일하게 졸업 유예기간을 적용하여 기업 간 형평을 제고하기 위한 것으로, 「조세특례제한법」상 세제지원의 대상이 되는 중소기업의 규모 기준을 상시종업원 수, 자본금 및 매출액에서 매출액으로 간소화하여 「중소기업기본법」상 중소기업의 범위와 세법상 중소기업의 범위를 동일하게 일치시켰다.

2. 세법상 중소기업 유예는 위 개정된 「조특법 시행령」의 부칙 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례)에 따라 2015.

1.

1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하는 것인바, 「중소기업기본법」에서는 「중소기업기본법 시행령」 부칙<대통령령 제25302호, 2014.

4. 14.> 제3조(중소기업 간주 범위 변경에 관한 특례)에서 ‘제9조 제3호의 개정규정에도 불구하고 이 영 시행 전에 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간에 있었거나 그 기간에 있는 기업이 이 영 시행 후 중소기업에 해당하게 되는 경우에는 이 영 시행 전에 중소기업으로 보았던 횟수에 관계없이 이 영 시행 후 1회에 한정하여 중소기업으로 볼 수 있다’라고 동일한 취지로 명확하게 규정하고 있다. 3) 개정된 「중소기업기본법 시행령」(2015.

1.

1. 시행)의 중소기업 요건 간소화라는 동일 취지에 비추어 2015.

2.

3. 개정된 「조특법 시행령」 제2조 제2항의 중소기업 유예기간 적용은 부칙<대통령령 제26070호, 2015.2.3.> 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례)에 따라 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행(2015.

1. 1.)이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하는 것으로서, 이때 “최초”는 청구법인의 설립일 이후가 아닌 2015.

1.

1. 개정법률 시행 이후이므로 이는 2014년 이전 귀속분에서 비록 중소기업에 해당하지 않았다 하더라도, 2015년부터 새로 판단하자는 것이다(기획재정부조세특례-360, 2021.05.07. 등 참조).

3. 처분청 의견

청구법인은 관계기업 간의 매출액 합계 기준 초과로 2013년에 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로 2015.

1.

1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 않게 되었다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

  • 가. 「조특법 시행령」 제2조 제2항 본문의 유예기간은 제1항 단서 또는 「중소기업기본법 시행령」 별표1의 규모 기준을 초과하는 최초 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 연속하여 중소기업 여부를 별도로 판단하는 과정을 거치지 않고 중소기업으로 간주하는 제도이다. 국세청이 2018.

3. 발간한 ‘중소기업 세제․세정지원 제도’에 따르면 중소기업 유예기간은 법인별로 최초 1회에 한하여 적용되며, 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정하는 것으로 유예기간 경과 후 중소기업에 해당하더라도 다시 유예기간을 적용할 수 없다. 따라서 「조특법 시행령」 제2조 제2항 본문의 유예기간의 적용 요건으로서 ‘최초로 그 사유가 발생한 날’의 의미는 법인별로 최초 1회에 한하여 적용된다는 의미이다. <그림> 중소기업 세제․세정지원제도(2018.3.)(생략)

  • 나. 관계기업의 경우 중소기업 유예기간 적용 대상에 해당하지 않았으나, 「조특법 시행령」 제2조 제2항 본문에 ‘제1항 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때’를 추가함으로써 관계기업도 유예기간을 적용받을 수 있도록 2015.

2.

3. 개정된 것으로 유예기간 적용 요건은 동일하다.

  • 다. 위 개정된 「조특법 시행령」의 적용 시기를 정하고 있는 부칙 제4조의 ‘ 조세특례제한법 일부개정법률 시행(2015.

1. 1.) 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생하는 경우’의 의미는 「조특법 시행령」 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간의 적용 요건으로서 ‘최초로 그 사유가 발생한 날’과 표현이 유사하고, 부칙은 적용 시기만을 규정할 뿐 중소기업 유예기간 적용 요건 의미를 해석하는 규정이 아니므로, 관계기업이 된 이래로 최초 1회에 한하여 유예기간을 적용한다는 의미이다.

  • 라. 대전지방법원은 관계기업에 해당하는 기업의 중소기업 유예기간 적용에 대해서, 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업 유예기간을 적용하여야 하고, 부칙 제1, 2조에는 위 시행령은 2011. 1. 1. 이후에 최초로 개시되는 과세연도 분부터 적용된다고 되어 있을 뿐 특별히 위 규정을 소급적용한다는 내용은 없다고 판시하였다(대전지방법원2017구합105851, 2018.06.08.).
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우로서 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】(2015.02.03. 대통령령 제2607 0호로 개정된 것)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 … (중략) … 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 매출액이 업종별로

「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 1-1) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】(2015.02.03. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 … (중략) … 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 2) 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】(2015.02.03. 법률 제13157호로 개정된 것)

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

  • 가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
  • 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. 3) 중소기업기본법 시행령 제2조 【정의】(2018.10.30. 대통령령 제29269호로 개정되기 전의 것) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다 4) 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것)

① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

  • 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것
  • 나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  • 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항 에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사
  • 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  • 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업 4-1) 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

  • 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
  • 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
  • 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
  • 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

  • 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
  • 나. 제1항제1호나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  • 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 5) 중소기업기본법 시행령 제7조 【평균매출액등의 산정】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것)

① 제3조제1항제1호가목에 따른 평균매출액등을 산정하는 경우 매출액은 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 회계관행(이하 "회계관행"이라 한다)에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 업종의 특성에 따라 매출액에 준하는 영업수익 등을 사용하는 경우에는 영업수익 등을 말한다.

② 평균매출액등은 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따라 산정한다.

1. 직전 3개 사업연도의 총 사업기간이 36개월인 경우: 직전 3개 사업연도의 총 매출액을 3으로 나눈 금액 5-1) 중소기업기본법 시행령 제7조 【매출액】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

① 제3조제1항제1호에 따른 매출액은 회계관행에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 업종의 특성에 따라 매출액에 준하는 영업수익 등을 사용하는 경우에는 영업수익 등을 말한다.

② 제1항에 따른 매출액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따라 산정한다.

1. 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업: 직전 사업연도의 매출액 6) 중소기업기본법 시행령 제7조의4 【관계기업의 평균매출액등의 산정】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것)

① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 평균매출액등의 산정은 별표 2에 따른다. 이 경우 평균매출액등은 제7조에 따라 산정한 지배기업과 종속기업 각각의 평균매출액등을 말한다. 6-1) 중소기업기본법 시행령 제7조의4 【관계기업의 상시근로자수등의 산정】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. 7) 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것) 법 제2조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

2. 중소기업이 제3조제1항제2호가목 또는 나목에 해당하는 경우

3. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보았던 기업이 같은 조 제1항에 따른 중소기업이 되었다가 그 평균매출액등의 증가 등으로 다시 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 7-1) 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

3. 중소기업이 제3조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 중소기업이 다른 중소기업의 주식등을 소유하여 제3조제1항제2호다목에 해당하는 경우는 제외한다.

  • 다. 사실관계 1) 법인기본사항 및 주주현황 가) 청구법인 및 쟁점관계기업의 법인기본사항은 다음과 같다. <표> 법인기본사항(생략) 나) 청구법인의 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지 연도별 주주 현황은 다음과 같다. <표> 연도별 주주 현황(2011 ~ 2015년)(생략) 2) 수정신고 및 경정청구 내역 청구법인의 2015 사업연도 법인세 수정신고(2020.

12. 30.) 및 경정청구(2021.

1. 18.) 내역은 다음과 같다. <표> 2015 사업연도 법인세 수정신고 및 경정청구 내역>(생략) 3) 신고수입금액 및 상시 근로자 수 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면, 청구법인과 쟁점관계기업의 신고 수입금액(2012 ~ 2016년) 및 상시 근로자 수(2013 ~ 2015년)는 다음과 같다. <표> 신고 수입금액(2012 ~ 2016년) 및 상시 근로자 수(2013 ~ 2015년)(생략) 4) 세법상 중소기업 기준

2.

3. 「조특법 시행령」 제2조 개정에 따라 2015년 전․후의 세법상 중소기업 범위를 정리하면 다음과 같다. <세법상 중소기업 범위 비교(개정 전 ․ 후)> 구분 2015.02.03. 개정 전 2015.02.03. 개정 후 규모 기준 (§2①1) ▪ 중소기업기본법 시행령 별표1 (근로자수, 자본금, 매출액 기준) ▪ 중소기업기본법 시행령 별표1 (매출액 기준) 졸업 기준 (§2①단서) ▪상시근로자수 1천명 이상 ▪자기자본 1천억원 이상 ▪매출액 1천억원 이상 ▪자산총액 5천억원 이상 ▪자산총액 5천억원 이상 독립성 기준 (§2①3) ▪ 다음 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 상호출자제한기업, 채무보증제한기업

• 자산총액 5천억원 이상인 법인이 30 % 이상 출자(최다출자자)한 피출자기업

• 관계기업과의 매출액 등 합산액이 졸 업기준에 해당하는 기업 ▪ 다음 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 상호출자제한기업, 채무보증제한기업

• 자산총액 5천억원 이상인 법인이 30 % 이상 출자(최다출자자)한 피출자기업

• 관계기업과의 매출액 등 합산액이 규모 기준에 해당하는 기업 중소기업 유예기간 적용 (§2②) ▪규모기준 또는 졸업기준을 초과한 경우 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동기간 경과한 후에는 과세연도 별로 중소기업 해당여부 판정 ▪ 규모기준 또는 졸업기준을 초과하거나 관계기업과의 매출액 등 합산액이 규모기준 요건을 갖추지 못한 경우 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하 는 과세연도와 그다음 3개 과세연도까지 는 이를 중소기업으로 보고, 동기간 경과한 후에는 과세연도 별로 중소기업 해당 여부 판정 5) 청구법인의 중소기업 해당 여부 가) 청구법인은 쟁점관계기업이 2013.

11.

30. 청구법인 주식 126,000주(100%)를 인수하여 2013 사업연도부터 「중소기업기본법 시행령」 제2조 의 관계기업에 해당하게 된바, 이에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. 나) 청구법인은 2013년 관계기업 매출액 합산액(0,000억원)이 졸업기준(매출액 1천억원 이상)에 해당됨에 따라 중소기업에 해당하지 않았다가 2014년에는 이를 충족(매출액 합산액 000억원)하여 중소기업에 해당하였고, 2015년에는 관계기업 매출액 합산액(0,000억원)이 규모기준(부동산업 400억원 이상)을 충족하지 못하여 다시 중소기업에 해당하지 않은 것으로 확인된다. <연도별 청구법인의 중소기업 해당 여부> 구분 2013년 2014년 2015년 규모 기준 (건설업) ▪적합

• 상시 근로자 수 300명 미만(00.00명) ▪적합

• 상시 근로자 수 300명 미만(00.00명) ▪적합

• 매출액 1천억원 미만 (000억원) 졸업 기준 ▪적합

• 상시 근로자 수 1천명 미만(00.00명)

• 자기자본 1천억원 미 만(00억원)

• 매출액 1천억원 미만(000억원)

• 자산총액 5천억원 미 만 (000억원) ▪적합

• 상시 근로자 수 1천명 미만(00.00명)

• 자기자본 1천억원 미만(000억원)

• 매출액 1천억원 미만(000억원)

• 자산총액 5천억원 미만 (000억원) ▪적합

• 자산총액 5천억원 미만 (000억원) 독립성 기준 ▪부적합

• 상호출자제한기업 해당 ×

• 자산총액 5천억원 이 상 법인의 피출자기업 해당 ×

• 관계기업 매출액 합산 액 1천억원 이상(0,000억원) ▪적합

• 상호출자제한기업 해당 ×

• 자산총액 5천억원 이 상 법인의 피출자기업 해당 ×

• 관계기업 매출액 합산 액 1천억원 미만(000억원) 등 졸업기준 해당 × ▪부적합

• 상호출자제한기업 등 해당 ×

• 자산총액 5천억원 이 상 법인의 피출자기업 해당 ×

• 관계기업 매출액 합산 액 부동산업 400억원 이상 (0,000억원) 중소기업 해당 여부 부 여 부 6) 중소기업 요건 조정 및 관계기업에 대한 중소기업 유예기간 적용 2015년 개정세법 해설(국세청)에 따르면, 「조특법 시행령」 제2조 제1항 및 제2항의 개정취지 및 개정내용 등은 다음과 같다. <그림> 2015년 개정세법 해설(국세청, 284 ~ 285쪽)(생략)

  • 라. 판단

1. 관련 법리

2.

3. 대통령령 제26070호로 개정된 「조특법 시행령」 제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각 호 외의 부분 단서의 중소기업 제외요건에 해당되거나 같은 항 제1호의 중소기업 규모기준을 초과한 경우 외에 같은 항 제1호 제3호의 실질적인 독립성(관계기업의 매출액 합계 기준에 한함) 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에도 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하였고, 그 부칙 제4조는 제2조 제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행(2015.1.1.) 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다고 규정하고 있다. 2) 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우로서 중소기업 유예기간을 적용할 수 있는지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 청구법인은 2015.

1.

1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우로서 중소기업 유예기간을 적용함이 타당하다.

① 청구법인은 2013년 실질적인 독립성 요건(관계기업의 매출액 합계)을 갖추지 못하여 중소기업에서 제외되었으나, 다음 해 이를 충족하여 중소기업이 되었다가 2015년 다시 중소기업에 해당하지 않게 되었고, 「조특법 시행령」(2015.02.03. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 제3호의 규정에 따라 중소기업 유예기간도 적용받지 않은 것으로 확인된다.

2.

3. 대통령령 제26070호로 개정된 「조특법 시행령」 제2조 제1항 및 제2항은 「중소기업기본법 시행령」 개정사항(2014.04.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것, 2015.

1.

1. 시행)을 반영하여 중소기업 요건을 간소화하고 관계기업에 대해서도 중소기업 유예기간을 적용(부칙 제4조에서 제2항의 개정규정은 2015.

1.

1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 하였다)하도록 하였는데, 위 「중소기업기본법 시행령」 부칙 제3조는 중소기업으로 보았던 기업이 중소기업이 되었다가 그 평균매출액등의 증가 등으로 다시 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2015.

1.

1. 전에 중소기업으로 보았던 횟수에 관계없이 2015.

1.

1. 이후 1회에 한정하여 중소기업으로 볼 수 있도록 규정하고 있다.

③ 기획재정부장관은 2021.

5.

7. 이 건과 유사한 사례의 질의(2012년 이후 관계기업제도 시행에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 법인이 중소기업이 되었다가 2017년 다시 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 「조특법 시행령」 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예대상에 해당하는지)에 대하여 중소기업 유예기간을 적용할 수 있다고 회신(기획재정부 조세특례제도과-360, 2021.05.07.)하였음이 확인된다. 나) 따라서, 처분청이 중소기업 유예기간 적용대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)