조세심판원 심사청구 법인세

청구법인의 수익사업용 건물 취득가액 중 얼마만큼을 고유목적사업준비금의 환입으로 보아야 하는지

사건번호 심사-법인-2021-0006 선고일 2022.01.19

고유목적사업준비금의 환입으로 익금에 산입되어야 할 금액은 수입사업용 건물 취득가액에서 ‘쟁점토지 취득가액 원금 중 차입원리금을 상환하고 남은 잔액’을 차감한 금액이 되어야 한다.

주 문

○○세무서장이 2022.2.1. 청구법인에게 한 2019.2.사업연도 법인세 2,9,*,***원의 부과처분과 관련하여서는

1. 처분청이 쟁점준비금 환입으로 익금산입한 10,,,***원 중 ‘쟁점토지 취득가액 원금 중 차입원리금을 상환하고 남은 잔액’ 만큼은 쟁점준비금 환입(익금산입)액에서 제외하여 각 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분내용
  • 가. 청구법인은 1966... 중등교육의 실시를 목적으로 하여 설립된 학교법인으로 □□시 △△구에 소재하고 있다.
  • 나. 청구법인은 1973... 취득한 □□시 ▽▽구 대지 등 7필지와 2005...에 취득한 인접 임야 2필지 총 9필지의 토지(면적 3,㎡, 취득가액 9,백만원, 이하 “쟁점토지”라고 한다)를 2016... 주식회사 ☆☆홀딩스에 26,백만원에 일괄 양도하여 처분하였다. 청구법인은 쟁점토지 처분 금액을 재원으로 하여 쟁점토지 매입 시 차입한 차입금의 원리금 합계 8,백만원(이하 “차입 원리금”이라 한다)을 2016.*.. 및 2016..**.에 걸쳐 상환하였다.
  • 다. 청구법인은 2017.2.사업연도(2016.3.1.∼2017.2.28.) 법인세 신고 시, 쟁점토지의 처분에 따라 발생한 처분이익 16,백만원 및 그 외 이자‧임대료 수익 47백만원을 포함한 17,백만원(이하 “쟁점준비금”이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2017.2.사업연도 소득금액을 산정하였다.
  • 라. 이후 청구법인은 2018... ♡♡시 ♧♧구 소재 다가구주택을, 2019... 같은 동 소재 근린생활시설(이하 ♧♧구 소재 다가구주택과 함께 “수익사업용 건물”이라 한다)을 합계 10,백만원에 취득하여 현재까지 수익사업(부동산임대업)을 영위하고 있다.
  • 마. □□지방국세청장(감사관)은 처분청에 대한 종합감사 시, 청구법인이 2017.2.사업연도 소득금액 산정 과정에서 손금산입하여 고유목적사업준비금으로 계상하고 있던 17,백만원 중 수익사업용 건물 취득가액 10,백만원만큼은 고유목적 사업이 아닌 다른 용도에 사용한 것으로 보아, 2020... 부동산 취득 시점인 2019.2.사업연도의 소득금액 산정에 있어서 10,***백만원을 익금에 산입하고 관련 법인세를 경정하도록 처분청에 시정조치를 지시하였다.
  • 바. 이에 따라 처분청은 과세전적부심사를 거쳐 2021.2.1. 청구법인의 2019.2.사업연도 법인세 2,9,,원(가산세 9,,원 포함)을 경정‧고지하였다.
  • 사. 청구법인은 이에 불복하여 2021... 이 건 심사청구를 제기하였다. ※ 양측 주장의 개략적 비교

○ (기초 사실관계) 청구법인은 쟁점토지를 약 91억원에 취득하여 약 263억원에 처분하였으며, 이 중 약 2억원을 관련 경비로 지출, 약 170억원의 처분이익이 발생하여 이를 고유목적사업준비금(쟁점준비금)으로 전입하였다.

○ (양측 주장 비교표) <표>

2. 청구법인 주장
  • 가. 주요 주장

1. 청구법인의 차입원리금 상환(81억원) 재원은 쟁점준비금(170억원)이다.

  • 가) 청구법인은 2016.9.20. 쟁점토지의 처분으로 발생한 처분이익 16,백만원과 그 외 이자‧임대료 수익 47백만원의 합계 17,백만원을 2017.2.사업연도(2016.3.1.∼2017.2.28.) 수익사업회계 상 익금에 산입하는 한편, 동 금액을 고유목적사업준비금 전입액(쟁점준비금)으로 설정하여 손금 산입하였다. 청구법인은 당해 준비금 전입액 중 이자수익에 대한 원천징수세액 7백만원을 제외한 17,***백만원을 비영리사업회계(=고유목적사업회계, 학교법인회계)로 전출하였다.
  • 나) 청구법인(비영리사업회계)은 수익사업회계에서 전출받은 쟁점준비금을 정기예금계좌에 예치하여 보관하던 중 관할 교육청의 허가를 얻어 2016... 법인차입금의 원금상환을 위해 4,699백만 원을 사용하고, 2016... 동 차입금의 이자 상환을 위해 3,백만 원을 사용하였다. 참고로, 당해 차입 원리금은 청구법인이 2006... ‘쟁점토지 중 2005... 취득 분(취득가액 5,백만 원)’ 취득자금 보전, 세금 납부 및 교사(校舍) 설계비 지급을 위해 수협중앙회에서 차입한 차입금 원금 및 차입일로부터 2016...까지의 10년 6개월간의 누적 이자이다.

2. 수익사업용 건물의 취득(101억원) 재원은 쟁점준비금이 아니라 쟁점토지의 양도대금 중 취득원가 부분(91.4억원)이며, 수익사업용 건물의 취득부대비용(9.6억원)만 쟁점준비금에서 사용되었다.

  • 가) 청구법인은 쟁점토지의 처분일로부터 2년이 지난 2018..*. 수익사업용 건물 중 000-00 소재 다가구주택을 4,8백만원에, 2019.2.1. 수익사업용 건물 중 000-0 소재 근린생활시설을 4,3백만원에 취득하였다. 이들의 합계액 9,1백만원은 쟁점토지의 취득가액(원금)에서 지출된 금액으로 금액도 정확히 일치한다. 쟁점준비금은 고유목적사업을 위해서만 사용되어야 하므로(대법원2012두690, 2013.3.28. 판결 등), 상기의 수익사업용 건물 취득을 위해 고유목적사업준비금을 사용할 수도 없었고, 차입원리금 상환 후 남은 쟁점준비금 잔액(8,9**백만원)으로는 수익사업용 건물 취득을 위해 필요한 금액을 모두 충당할 수도 없었다.
  • 나) 다만, 수익사업용 건물 취득에 필요한 부대비용 9**백만원은 쟁점토지 취득가액(원금) 상당액의 소진으로 불가피하게 쟁점준비금에서 사용하였다.
  • 다) 처분청은 청구법인이 수익사업용 건물 취득을 위해 사용한 10,*백만원 전액에 대하여 고유목적사업준비금 환입으로 보아 청구법인의 2019.2.사업연도 수익사업회계상 익금 산입하였으나, 이 중 청구법인의 쟁점준비금 사용액인 9백만원을 제외한 나머지 금액(9,1**백만원)에 대한 익금 산입은 타당하지 않다. 따라서, 본 건 법인세 경정‧고지는 일부 취소되어야 한다.
  • 나. 상세 주장

○ 청구법인 주장에 따른 쟁점토지 취득가액(원금) 및 처분이익(쟁점준비금) 사용 명세 <표>

1. 차입원리금 상환(81억원) 재원 관련

  • 가) 청구법인의 쟁점토지 취득 관련 경위

(1) 쟁점토지의 구체적 내역을 정리하면 다음과 같다. <표>

(2) 국가(국방부, 육군)는 1973... 청구법인에게 쟁점토지 사용 협조 요청서를 보내면서 그 때부터 쟁점토지를 육군 제00사단 예하 대대시설 및 예비군훈련장으로 무상 사용하여 왔다. 청구법인은 해양전문학교를 설립할 목적으로 1973...(등기접수일 1973..*.) 쟁점토지를 취득하였던 것으로서 당시 문교부에 학교설립 인가신청도 하였다. 하지만 상기의 대대시설 및 예비군훈련장의 이전 거부로 인해 무산되었다. 이후에도 청구법인은 국방부와 해당 부대 등에 대하여 수시로 쟁점토지의 반환을 요구하였지만, 이런저런 핑계들로 반환이 계속 거부되었다. 1988..**. □□시 도시계획결정으로 쟁점토지가 학교용지로 지정된 후에도 마찬가지였다. 당시 청구법인은 도시계획결정을 계기로 쟁점토지에 향촌전자공고를 설립할 계획이었고 이에 대해 국방부의 동의까지 받았지만, 위 대대시설 및 예비군훈련장의 이전이 지연되어 계획이 무산되었다.

(3) 결국, 쟁점토지를 예비군훈련장으로 사용한지 30년이 지난 2003...이 되어서야 육군은 청구법인 소유의 쟁점토지 7필지(상기의 1∼7 대지)를 청구법인에게 반환하겠다는 의사를 표시함과 함께 예비군훈련장으로 같이 사용되던 국유지 2필지(상기의 8∼9 임야)를 청구법인이 매수할 것을 요청해 왔다.

(4) 청구법인은 2003년 당시 □□ △△구 소재 동일 부지 내에 BB외국어고등학교와 BB전자디자인고등학교가 공존하면서 강당, 급식실, 운동장 등 학교 시설을 같이 사용하고 있었다. 두 학교는 설립목적과 교육 내용이 전혀 다르고, 학생들 간에도 다툼이 빈번하여 학교의 이전과 분리가 너무도 절실한 상황이었다. 이러한 상황 속에서 국방부의 쟁점토지 반환(1∼7) 및 매각(8∼9) 제안을 환영할 수밖에 없었다.

(5) 국방부(육군)는 2004... 청구법인에게 상기의 임야 2필지를 수의계약으로 4,7**백만원에 매도하겠다는 내용의 공문을 보냈다. 이에 따라 청구법인은 매매계약의 체결 및 이행(매수자금의 조달 포함)을 준비하게 되었다.

(6) 청구법인은 2004... 매매대금 조달을 위한 차입허가신청을 하였고, □□ 교육청은 당해 매매계약이 학교시설 용도로 사용될 부지의 구입을 위한 계약이고 도시계획 상으로도 학교시설로만 사용해야 하였으므로 매매대금 차입은 문제가 없다고 판단하여 2004..*. 차입을 사전적으로 허가하였다. 교육청이 이러한 차입 허가를 내리자 청구법인은 2004..**. 국방부와 매매계약을 체결하였다. 당해 차입금은 임야 매수대금(약 47억원) 자금 원천의 대부분을 차지하였다.

(7) 당해 매매계약서에는 청구법인이 당해 임야들을 학교시설 사업용으로 사용해야 하고 이러한 조건을 토지 등기부에도 기재하여야 한다고 기재되어 있다. 즉, 청구법인의 쟁점토지(임야) 취득 목적은 학교시설 용지로 사용하기 위한 것임이 분명하게 나타나 있다. <그림>

  • 나) 청구법인의 학교이전계획 추진 및 무산 경위

(1) 청구법인은 국방부와 임야 매매계약을 체결하고 곧바로 학교이전계획을 추진하였다. 2004.**월경 △△구 소재 BB전자디자인고등학교(실업계고)를 BB영상애니메이션 고등학교(특성화고)로 개편하여 쟁점토지로 이전하겠다는 계획을 세워 □□교육청 담당공무원에게 승인을 신청하려고 하였다. 하지만, 허가신청서를 정식으로 제출하기 전 미리 교육청 담당자에게 안건을 설명하고 의견을 듣는 실무상의 과정에서, □□교육청 담당자는 “교육부 정책 때문에 허가를 내릴 상황이 아니니 일단은 기다려 보라.”고 하면서 신청서를 제출하지 말라고 하여, 신청서 제출을 잠정 보류하였다.

(2) 출산율 감소가 범국가적 문제로 대두되면서 2005년부터 정부종합대책이 시행되었는데 교육부에서는 학생 수 감소에 따른 학교 신설 자제 및 학교 통합 등의 방안이 추진되었다.

□□교육청은 교육재정분야(학교설립과 학생수용)에 대한 감사원 감사 결과가 나온 2005.3월경부터 사립학교들에 대한 학교 계열간 통폐합, 학급 감축 등 정부 교육 정책을 강력하게 밀어붙이기 시작하였고, 청구법인의 학교 개편 및 이전 계획에 대해서도 허가를 내 주지 않았다. 다) 쟁점토지의 실제 사용 용도 및 차입원리금의 성격 (1) 대법원 판례(대법원2003두12455, 2005.9.9. 판결, 대법원95누14435, 1996.6.14. 판결 등)에 따르면, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 여부는 사업 자체가 수익성을 가지는지 또는 수익을 목적으로 영위하였는지를 기준으로 판단해야 하는 것이지, 처분청이 주장하듯이 “고유목적사업에 사용되지 않았으므로 곧 수익사업에 해당된다.”고 할 수는 없다. (2) 청구법인은 기존 학교를 쟁점토지로 이전할 계획을 세우고 갖은 노력을 다하였음에도 교육 정책의 급변으로 말미암아 뜻을 이루지 못하게 되었지만, 쟁점토지를 임대사업 등 수익사업용으로 사용하거나, 쟁점토지로 수익을 얻으려고 시도하거나, 수익 창출을 계획한 적이 없다. 일례로, 인근 주민들이 쟁점토지를 밭으로 무단 사용하기도 하였지만 청구법인은 사용료를 받은 적이 없고, 감사원에서 청구법인이 주민들로부터 돈을 받았는지 조사한 적도 있었지만 그렇지 않았다는 점이 밝혀지기도 하였다. (3) 다시 말해, 청구법인은 국방부의 약 30년 동안의 쟁점토지 무상 사용과 급작스러운 교육정책 시행에 따른 학교 이전 불허가로 인하여 쟁점토지에 해양전문학교, 향촌전자공고, BB영상애니메이션고등학교 등을 설립하지는 못했지만 쟁점토지를 이용하여 수익을 얻거나 수익을 얻을 목적이 있었던 적은 한 번도 없었다. (4) 사정이 이와 같다면, 쟁점토지는 고유목적사업회계에 속한 자산임이 분명하고, 이를 매입하기 위해 차입한 차입금과 그 차입이자 역시 고유목적사업회계에 속한 부채라고 보아야 한다. 라) 쟁점토지의 처분 및 차입원리금의 상환 (1) 청구법인은 2017.2.사업연도 중에 쟁점토지를 처분하고, 이로 인해 발생한 처분이익(170억원)을 당해 사업연도의 손금에 산입하여 쟁점준비금으로 계상하였다. (2) 한편, 법인세법 제29조 제2항 에 따르면 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업에 지출한 금액이 있는 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다. 이 경우 고유목적사업에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다. (3) 청구법인은 2016.2.사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금이 거의 없는 상태에서, 고유목적사업회계에 속한 부채인 차입원리금을 2017.2.사업연도 중에 상환하였으며 이는 고유목적사업에 대한 지출에 해당한다. 상기의 법인세법제29조 제2항에 따르면 이 경우, 차입원리금의 상환은 2017.2.사업연도에 계상한 쟁점준비금(170억원)에서 지출한 것으로 보아야 한다. 요컨대, 차입원리금 상환의 재원은 쟁점준비금이다. (4) 국세청 해석례(법인46012-2543, 1999.7.6.)에 따르면, 학교법인이 수익사업회계에서 전출받은 고유목적사업준비금으로 법인차입금을 상환한 경우에는 당해 준비금을 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다. 청구법인 역시 쟁점준비금으로 ‘학교 용지를 확보하기 위한 차입금 및 차입이자’를 상환하였으므로, 이 경우는 상기의 해석례에 따라 쟁점준비금을 고유목적사업에 사용한 경우로 보아야 한다. 2) 수익사업용 건물(101억원) 재원 관련 가) 위에서 살펴 본 바와 같이 차입원리금 상환의 재원이 쟁점준비금인 이상, 차입원리금 상환 단계에서는 쟁점토지 취득가액 원금이 지출된 바 없이 그대로 보전되어 있다고 보아야 한다. 나) 처분청은 합리적 근거 없이 청구법인이 수익사업용 건물을 취득함에 있어서 고유목적사업준비금을 우선적으로 사용했다고 보고 있다. 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것인데, 처분청은 아무런 입증 없이 자의적으로 사용 재원의 우선 순위를 판단하고 있다. 이는 법률에 근거가 없다는 점에서 조세법률주의 위반이기도 하다. 다) 청구법인은 수익사업용 건물 매입가액(101억원, 부대비용 포함)과 관련하여 쟁점토지 취득가액 원금(91억)에서 우선적으로 지불하였다. 쟁점토지의 양도대금은 취득원가 부분과 양도차익(쟁점준비금) 부분으로 구성되어 있고, 양자는 동일 계좌에 보관되어 있었는데, 그 중 양도차익(쟁점준비금) 부분으로 수익사업용 건물을 취득하였다고 보는 것은 근거가 없다. 오히려 쟁점토지의 취득원가 부분이 수익사업용 건물의 취득원가를 구성한다고 보는 것이 세무‧회계의 기초에 부합한다. - 또한, 청구법인이 쟁점준비금 170억원으로 차입원리금 81억원을 상환하였다고 볼 경우 쟁점준비금 잔액 89억원으로는 수익사업용 건물의 취득자금 101억원을 전부 지불할 수도 없다. - 대법원 판례(대법원2012두690, 2013.3.28. 판결 등)는 일찍이 “ 법인세법 제29조 의 입법취지에 비추어 고유목적사업준비금은 수익사업을 위하여 지출할 수 없다”는 점을 확고하게 해 왔는 바, 이를 고려하더라도 수익사업용 건물 매입 자금은 쟁점준비금이 아닌 쟁점토지 취득가액 원금을 우선적으로 사용한 것이라고 보는 것이 타당하다. - 다만, 자금이 부족하여 부득이 쟁점준비금 965백만원도 매입을 위해 사용하였다. 라) 따라서, 수익사업용 건물 매입가액 중 쟁점토지 취득가액 원금에서 지불한 9,135백만원에 대해서는 처분청의 익금산입(고유목적사업준비금 환입)이 부당하다.

3. 처분청 의견
  • 가. 주요 의견

1. 청구법인의 차입 원리금 상환(81억원) 재원은 고유목적사업준비금(쟁점준비금)이 아니라 쟁점토지 취득가액(원금, 91억원)이다.

  • 가) 청구법인은 쟁점토지를 고유목적 사업에 사용하지 않았다. 또한, 2007.*.**. □□시교육청 사학지원 등 교육재정 운용실태감사결과 등에 따르면, 국유지 2필지(쟁점토지 중 8∼9 임야)와 관련하여 청구법인은 학교이전을 사실상 포기하였음에도 국방부와의 매매계약을 취소하지 않고 매입한 사실이 나타난다.
  • 나) 따라서, 쟁점토지는 물론, 상기의 국유지 2필지를 매입하기 위한 차입원리금 역시 청구법인의 고유목적사업회계 상의 자산‧부채라 할 수 없다. 그렇다면, 차입원리금의 상환은 고유목적사업에의 사용이라고 보기 어렵다.
  • 다) 차입원리금의 상환은 2016.2.사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금이 거의 없는 상태에서 2017.2.사업연도 중에 이루어진 것이다. 청구법인은 법인세법제29조 제2항 후단을 근거로 차입원리금의 상환이 2017.2.사업연도에 계상한 고유목적사업준비금(쟁점준비금)에서 지출한 것이라고 주장하고 있지만, 차입원리금의 상환은 “고유목적사업에 지출한 금액” 에 해당하지 않으므로, 당해 규정을 근거로 차입원리금 상환액이 쟁점준비금에서 지출된 금액이라고 볼 수는 없다. 이 경우 차입원리금의 상환(81억원)은 쟁점토지 처분이익 내지 쟁점준비금이 아닌 쟁점토지 취득가액 원금(91억원)에서 지출되었다고 보는 것이 논리적이다.

2. 수익사업용 건물의 취득 재원은 고유목적사업준비금(쟁점준비금)이다.

  • 가) 쟁점토지 처분액(관련경비 차감, 261억원)은 쟁점토지 취득가액(원본) 91억원과 쟁점준비금 170억원으로 구성되어 있으며, 차입원리금 상환(81억원)으로 쟁점토지 취득가액 원본은 1,0**백만원만 남게 되었다.
  • 나) 이러한 상황 속에서, 처분청은 수익사업용 건물의 취득(101억원)의 재원을 전액 쟁점준비금으로 보았다. 설령, 청구법인의 의사가 수익사업용 건물의 취득 재원으로 쟁점토지 취득가액 원본을 우선적으로 사용하는 것이었다 하더라도 원본 사용액으로 인정될 수 있는 금액은 청구법인이 주장하듯 원본 전액(91억원)이 아니라 원본 중 잔액 1,0**백만원 뿐이다.
  • 다) 법인세법제29조 제5항 제4호 및 대법원 판례(대법원2016두59249 등)에 따르면, 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 다른 용도에 사용한 이상 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있는 바, 청구법인은 쟁점준비금 계상 사업연도인 2017.2.사업연도로부터 5년의 유예기간이 지나지 않은 2019.2.사업연도에 쟁점준비금을 고유목적이 아닌 ‘수익사업용 건물의 취득’이라는 다른 목적을 위해 사용한 것으로, 당해 사용금액(101억원)은 쟁점준비금 환입으로 익금에 산입하는 것이 타당하다. 만일 수익사업용 건물 취득가액(101억원) 중 일부가 쟁점토지 취득가액 원본 잔액 1,0백만원으로 지출된 것임을 인정한다 하더라도 나머지 쟁점준비금에서 지출된 9,0백만원에 대하여는 여전히 익금 산입(쟁점준비금 환입)하는 것이 타당하다. 즉, 청구법인의 주장을 최대한 인정한다 하여도 처분청이 익금산입한 금액(101억원) 중 1,0**백만원에 대해서만 취소 가능하다(일부인용 수긍 취지).
  • 나. 상세 의견

1. 차입원리금 상환(81억원) 재원 관련

  • 가) 청구법인이 제시한 국세청 해석례(법인46012-2543, 1999.7.6.)의 회신 내용은 “사립학교법에 의한 학교법인이 고유목적사업인 교사를 신축하기 위하여 대출받은 차입금의 이자를 고유목적사업준비금에서 지급한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 본다”는 것이다.
  • 나) 청구법인은 당해 해석례를 근거로 차입원리금 상환이 고유목적사업에의 지출이라고 주장하고 있다. 하지만, 동 사례는 학교법인이 대출금을 학교법인의 교사신축공사비로 실제 이용한 경우에 해당하는 반면, 청구법인의 경우는 학교이전을 사실상 포기한 상태에서 쟁점토지(임야)의 매입을 완료하고 쟁점토지 매도시까지 학교용지로 사용한 적이 없다는 점에서 차입금을 교사신축공사비 등으로 실제 이용한 경우라 보기 어렵다.
  • 다) 따라서, 당해 해석례를 원용하여 청구법인의 차입원리금 상환도 마찬가지로 쟁점준비금에서 지급된 것이라고 보는 것은 타당하지 않다.

2. 수익사업용 건물(101억원) 재원 관련

  • 가) 법인세법제29조 제1항은 고유목적사업에 지출하기 위한 고유목적사업준비금의 손금산입에 대해 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에 따르면 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는 잔액은 익금에 산입하여야 한다. 이는 고유목적사업준비금 설정에 대해 5년이라는 기한을 정하여 실제로 고유목적사업에 사용하도록 강제하는데 그 취지가 있는 것이다.
  • 나) 그런데, 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 비영리법인이 5년 내 준비금을 고유목적사업이 아닌 타 용도에 사용함으로써 더 이상 이를 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한을 기다릴 필요 없이 곧바로 해당 사유가 발생한 사업연도의 익금에 산입할 수 있다(대법원2016두59249, 2016.10.5., 수원지방법원 2015구합69509, 2016.7.20. 등).
  • 다) 청구법인이 관할 교육청으로부터 허가를 얻어 쟁점토지 양도대금을 수익사업용 건물 취득에 사용함으로써 고유목적사업준비금을 고유목적사업이 아닌 임대사업에 전용한 이상 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용할 수 없다는 점이 분명해졌다 할 것이므로, 수익사업용 건물 취득자금은 지출일이 속하는 2019년 사업연도 익금(고유목적사업준비금 환입)에 산입하여야 하는 것이다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인의 수익사업용 건물 취득가액만큼을 고유목적사업준비금의 환입으로 익금산입한 법인세 경정이 부당한지 여부
  • 나. 관련 법령 1) 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】([2018.12.24.-16008호]일부개정, 이하 같다)

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 1-1) 법인세법시행령 제3조 【수익사업의 범위】([2019.2.12.-29529호]일부개정, 이하 같다)

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. (단서 이하 생략) 1-2) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 2) 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. (각 호 생략)

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다) 2-1) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】([2018.12.24. -16009호]일부개정)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

  • 가. 사립학교법에 따른 학교법인 2-2) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  • 다. 사실관계 등

1. 청구법인의 쟁점토지 취득 및 처분 내역 <표>

2. 청구법인의 쟁점토지 처분가액 처리 내역

  • 가) 청구법인이 작성한 “수익용 기본재산 처분결과 보고서” 등에 따르면, 청구법인은 2016... 주식회사 ☆☆홀딩스에 쟁점토지를 26,백만원에 양도했으며, 2017.2.사업연도 중 양도대금의 사용 및 처리 내역은 다음과 같다. <표>
  • 나) 청구법인의 수익사업회계 상 2017.2.사업연도 손익계산서 등에 따르면, 쟁점토지 처분이익 및 쟁점준비금 전입액 등은 다음과 같이 계산된다. <표>

3. 청구법인의 수익사업용 건물 취득 관련 내역

  • 가) 청구법인은 정기예금으로 보관 중이던 ‘쟁점토지 처분가액 잔액(18,***백만원)을 재원으로 하여 2019.2.사업연도 중 다음의 수익사업용 건물들을 취득하였다. <표>
  • 나) 청구법인은 2018.10.1. 부동산 임대 수익사업개시 신고를 하고 심리일 현재까지 수익사업을 영위 중이다.

4. 처분청의 법인세 경정‧고지 내역

  • 가) 처분청은 2021.2.1. □□지방국세청장(감사관)의 시정조치 지시에 따라, 청구법인의 2019.2.사업연도 법인세와 관련하여 수익사업용 건물 취득가액 10,***백만원 만큼을 쟁점준비금 환입액으로 익금산입하였다.
  • 나) 청구법인의 2019.2.사업연도 법인세 당초 신고‧경정 내역은 다음과 같다. <표>

5. 청구법인 제출 증빙자료 검토

  • 가) (법인등기부등본) 청구법인이 제출한 청구법인의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 1966.12.19. □□ △△구에서 중등교육을 목적으로 하여 설립된 학교법인이다.
  • 나) (국유재산 매매계약서) 청구법인은 <표> 상의 쟁점토지 중 8∼9 임야의 취득(취득일 2005.*.**.)과 관련하여 “국유재산 매매계약서”를 제출하였다. 당해 매매계약서 제10조에는 청구법인이 당해 임야를 학교시설사업용으로 10년간 사용하여야 하며, 당해 조건이 특약등기되어야 한다는 내용이 기재되어 있다.
  • 다) (쟁점토지 중 8∼9 임야 등기부등본) 청구법인이 제출한 토지 등기부등본에 따르면, 청구법인의 8∼9 임야 취득과 관련하여 “본 토지를 학교시설사업용으로 계약일(2004...)로부터 10년간 사용하여야 한다. 기간 내에 국유재산법 제41조 제3호 의 사유가 발생한 때에는 본 매매계약을 해제한다.”라는 문구가 기재되어 있었다. 학교시설사업용으로 10년간 사용하여야 한다는 약정의 부기등기는 2014... 말소된 것으로 나타난다. 청구법인은 이에 대해 “10년의 약정기간이 경과하여 해당 약정의 효력이 소멸(해지)되었기 때문에 청구인이 위임한 법무사가 해당 약정의 부기등기를 일방적으로 말소한 것”이라고 주장하고 있다.
  • 라) (융자금 가배정 통지서) 청구법인은 “ 사립학교법 상 학교교육에 직접 사용되는 교지 및 교사(校舍)에 대해서는 담보설정이 불가능하기에 시중 은행들은 학교부지로 예정된 쟁점토지(8∼9 임야)에 대한 담보대출을 꺼려하였으므로, 청구법인은 매매계약 직후 HH재단에 ‘교육시설 지원사업 융자금’을 신청하였다. HH재단은 2005... 청구법인에 융자금 22억 원을 가배정하였음을 통보해왔으므로, 청구법인은 융자금 수령을 위한 필수 제출서류인 학교이전 및 신축계획에 대한 교육청의 허가서를 제출해야 하였다.”라고 언급하며 “2005년도 HH기금 융자금 가배정 통지 안내”를 제출하였다. <그림> 이와 관련, 청구법인은 “HH재단은 정부출연금 등으로 조성된 HH기금을 이용하여 학교용지, 교사(校舍), 교육용 설비 등에 필요한 자금 융자사업을 수행하는데, 담보를 받지 않는 대신 융자의 대상과 조건 등이 법령에 규정한 바에 따라 엄격히 운영되고 있다. 따라서 HH재단이 융자금을 가배정하였다는 것은 청구법인의 학교이전계획의 적법성과 타당성을 인정하였다는 의미가 된다.”라고 주장하고 있다. 다만, “□□ 교육청이 학급감축 등 정부교육정책을 이유로 청구법인의 학교개편 및 이전계획에 대해서 허가를 내 주지 않아 청구법인은 HH재단의 융자실행에 필요한 교육청 허가서를 제출할 수 없게 되었고 부득이 2005... HH재단에 대한 융자금 신청을 철회할 수밖에 없었다.”라고도 설명하고 있다.
  • 마) (수익용 기본재산 처분 결과 보고서) 청구법인이 제출한 수익용 기본재산 처분 결과 보고서에 따르면, 다음과 같은 차입 원리금 상환 내역이 나타난다. <그림>

6. 처분청 제출 증빙자료 검토

○ (감사결과 처분서) 처분청은 2007.3.27. □□시교육청(감사담당관-000)으로부터 수신된 “2007 감사원 사학감사” 감사결과 처분을 제출하였다. 이와 관련하여 일부 내용은 다음과 같다. <그림> 이에 대해 청구법인은 감사결과 처분서에 기재된 ‘국방부와의 매매계약 취소’는 사실상 불가능한 일이라고 주장하고 있다. “계약의 취소는 사인간에도 사기, 공갈, 무능력 등과 같이 법에 정한 사유가 있는 경우에만 행사할 수 있는데, 하물며 법령에 따라 계약을 체결하는 국가기관을 상대로 ‘매수인이 대상토지 활용계획을 당장 실천하기 어렵게 되었으니 계약을 취소해 달라.’라고 요구하는 것은 법리적으로나 현실적으로 생각할 수 없는 일”이라고 언급하고 있다.

  • 라. 판단

1. 관련 법리

  • 가) 법인세법제4조 제3항 등에 따르면 각 사업연도의 소득과 관련하여 비영리내국법인의 경우에는 수익사업에서 생기는 소득에 한하여 과세대상으로 삼고 있으며 여기에는 유형자산의 처분으로 인한 수입이 포함된다. 다만, 해당 유형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세대상에서 제외된다.
  • 나) 법인세법제29조 및 조세특례제한법제74조 등에 따르면, 사립학교법에 따른 학교법인의 경우에는 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 이렇게 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 고유목적사업에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적 사업에서 지출한 것으로 본다. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우 당해 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 환입하여 익금산입한다.
  • 다) 이와 관련하여 대법원 판결(대법원2016두59249, 2017.3.9.)은 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다고 판시하고 있다.

2. 청구법인의 수익사업용 건물 취득가액만큼 고유목적사업준비금의 환입으로 익금산입하여야 하는지 여부에 대한 판단

  • 가) 청구법인은 쟁점토지를 고유목적 사업에 사용하지 않았으므로 쟁점토지 및 쟁점토지 취득 재원인 차입원리금은 고유목적사업회계가 아닌 수익사업회계에 속한 자산‧부채라고 보는 것이 타당하다.
  • 나) 따라서, 차입원리금 상환은 “고유목적사업에 지출한 금액”에 해당하지 않으며, 2016.2.사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액이 거의 없는 상태에서 2017.2.사업연도 중에 이루어진 지출로서 쟁점토지 취득가액 원금에서 지출된 것이라 보아야 한다. 쟁점토지 처분 이익은 전액 2017.2.사업연도에 고유목적사업준비금(쟁점준비금)으로 전입되었으며, 차입원리금의 상환이 고유목적사업에의 지출에 해당하지 않는 이상 법인세법제29조 제3항 단서를 근거로 쟁점준비금에서 지출된 것으로 볼 여지는 없기 때문이다.
  • 다) 처분청은 청구법인이 2019.2.사업연도 수입사업용 건물 취득에 있어서 전액 쟁점준비금을 사용한 것으로 보고 있으나, 청구법인의 의사는 당해 취득과 관련하여 쟁점토지 취득가액 원금을 우선적으로 사용하는 것으로 보이므로 수입사업용 건물 취득은 ‘쟁점토지 취득가액 원금 중 차입원리금을 상환하고 남은 잔액’ 전액과 쟁점준비금 일부의 합계로 보는 것이 타당하다.
  • 라) 그렇다면 쟁점준비금의 환입으로 익금에 산입되어야 할 금액은 수익사업용 건물 취득가액 전액이 아니라, 수입사업용 건물 취득가액에서 ‘쟁점토지 취득가액 원금 중 차입원리금을 상환하고 남은 잔액’을 차감한 금액이 되어야 한다.
  • 마) 이상을 종합하면, 청구법인의 2019.2.사업연도 법인세와 관련하여 수익사업용 건물 취득가액 전액만큼을 고유목적사업금의 환입으로 보아 익금산입한 처분청의 경정‧고지에는 일부 잘못이 있으며, ‘쟁점토지 취득가액에서 차입원리금 상환액을 차감한 가액’ 만큼을 익금산입액에서 취소하고 나머지 익금산입액과 관련하여서는 처분청의 경정을 그대로 유지하는 것이 타당하다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)