조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없음
조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없음
○○세무서장이 2020. 12. 4. 청구인에 대하여 한 별지 목록 기재 법인세 및 농어촌특별세 경정청구 거부처분은 이를 취소합니다.
AAA의 자산총액이 중소기업의 독립성 요건을 충족하는지 여부는, ‘해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표 상 외화로 표시된 자산총액’을 ‘해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율로 환산’하여 판단하여야 한다. 조세특례제한법제5조 제1항, 조세특례제한법 시행령제2조 제1항은 조세특례가 적용되는 중소기업의 범위를 정하면서, 제3호 전문에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것’을 요구할 뿐, 중소기업의 최다출자자인 외국법인의 자산총액 환산방법에 관하여는 조세특례제한법령 및 법인세법령에 명시적인 규정이 없다. 그런데 세법 조문의 해석은 중소기업기본법령이 아닌 세법의 범위 안에서만 하여야 하며, 대법원과 조세심판원, 감사원 역시 중소기업의 해당 여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다는 입장이다. 법인세법상 납세의무 성립시기나 기업회계존중원칙, 기획재정부와 국세청의 최근 유권해석에 따르더라도 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.
AAA의 자산총액은 ‘직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계’에 ‘직전 5개 사업연도의 평균환율을 적용’하여 계산하여야 한다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 가 준용하는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목은 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 주식의 30% 이상을 소유한 경우로서 최다출자자인 경우에는 중소기업에서 제외하고 있다. 그런데 위 중소기업기본법 시행령 규정의 ‘자산총액’ 및 ‘외국법인의 경우 자산총액’은 중소기업기본법 시행령 제7조의2 제1항, 제3항이 정하고 있으므로, 중소기업에 해당하는지 여부를 가려낼 때에도 위 제7조의2를 적용하는 것이 문리적 해석, 통일적·체계적 해석이라 할 것이다. 기획재정부와 국세청의 유권해석은 조세법률주의에 반하며, 외국출자법인의 자산총액과 원화 환산 방법에 관하여 조세특례제한법령 또는 법인세법령 상 별도의 규정을 두기 전까지는 관련 법령인 중소기업기본법 시행령 규정을 적용하여야 한다. 위 기획재정부의 예규가 생성되기 전까지 청구법인 역시 ‘직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계’에 ‘직전 5개 사업연도의 평균환율’을 적용하여 AAA의 자산총액을 산정하였고, 이는 법 해석 상 지극히 당연한 것이다.
① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 항, 제2항, 제4항, 제8조의3제3항 및 제25조에서 "중견기업"이라 한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2021년 12월 31일까지 투자(괄호 생략)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(괄호 생략)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[괄호 생략] 또는 법인세에서 공제한다. (각호 생략) 2) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (중략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29>
중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 (중략), 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조제1항제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 2-1) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되어 2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)
① 「조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29>
중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 (중략), 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조제1항제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.
4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】(2020. 3. 13. 기획재정부령 제776호로 개정되기 전의 것)
④ 조세특례제한법 시행령(이하 "영"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. (단서 생략) ※ 2020. 3. 13. 기획재정부령 제776호로 개정된 것
④ 조세특례제한법 시행령(이하 "영"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다. (단서 생략)
⑤ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액으로 한다.
⑧ 영 제2조제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다. 4) 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】
① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것
① 제3조제1항제1호나목 및 같은 항 제2호나목에 따른 자산총액은 회계관행에 따라 작성한 직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계로 한다.
③ 제3조제1항제2호나목에 따른 외국법인의 경우 자산총액을 원화로 환산할 때에는 직전 5개 사업연도의 평균환율을 적용한다.
1. 기초사실
(1) 청구법인이 처분청에 경정청구 시 ‘해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표 상 외화로 표시된 자산총액’에 ‘해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율’을 적용하여 계산한 AAA의 사업연도별 자산총액 및 환산액은 다음과 같이 5천억 원 미만이다. <청구법인 주장에 따른 AAA 자산총액> 사업연도 2015 2016 2017 2018 2019 사업연도 종료일 2015.3.31. 2016.3.31. 2017.3.31. 2018.3.31. 2019.3.31. 당해 과세연도 종료일 2015.3.31. 2016.3.31. 2017.3.31. 2018.3.31. 2019.3.31. 당해 자산총액 (백만엔) 매매기준율 (사업연도말) 자산총액 (억원) 4,430 4,766 4,790 4,934 5,242
(2) 청구법인이 당초 처분청에 법인세 신고 시 ‘직전 사업연도 말일 현재 재무상태표 상 자산총계’에 ‘직전 5개 사업연도의 평균환율’을 적용하여 AAA의 사업연도별 자산총액 및 원화 환산액을 계산한 결과는 다음과 같이 5천억 원 이상이다. <처분청 주장에 따른 AAA 자산총액> 사업연도 2015 2016 2017 2018 2019 사업연도 종료일 2015.3.31. 2016.3.31. 2017.3.31. 2018.3.31. 2019.3.31. 직전 사업연도 말일 2014.3.31. 2015.3.31. 2016.3.31. 2017.3.31. 2018.3.31. 직전 자산총액 (백만엔) 직전 5년 평균환율 자산총액 (억원) 5,889 5,938 5,373 5,214 5,011
2. 청구법인 세부주장 및 제출증빙 요건 사업연도 내용 청구법인의 경우
① 업종 요건 2) 2015 ~2016 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업 (괄호 생략), 하수ㆍ폐기물 처리ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, (중략)을 주된 사업으로 영위할 것 기타화학물질 제조업을 주된 사업으로 영위함 (업종 요건 충족 O) 2017 ~2018 호텔업 및 여관업, 주점업, 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업 등 소비성서비스업 을 주된 사업으로 영위하지 않을 것 소비성서비스업을 영위하지 않음 (업종 요건 충족 O)
② 규모 요건 2015 ~2018 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품 제조업 제외): 평균매출액 등이 1,000억 원 이하 일 것 약 166억 ~ 480억 원 (규모 요건 충족 O) 졸업 요건 2015 ~2018 자산총액이 5천억 원 이상 일 것 약 526억 ~ 584억 원 (졸업 요건 해당 X)
③ 독립성 요건 2015 ~2018 상호출자제한기업집단 에 속하지 않을 것 해당 없음 (독립성 요건 충족 O) 자산총액이 5천억 원 이상인 법인(외국 법인 포함) 이 주식 등의 30% 이상을 직접 또는 간접소유 한 경우로서 최다출자자인 기업 이 아닐 것 청구법인의 주식 50% 이상을 소유한 외국법인 AAA 자산총액은 5천억 원 미만 (독립성 요건 충족 O) 관계기업 에 속하는 기업의 경우에는 중소 기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업이 아닐 것 관계기업 부존재 (독립성 요건 충족 O)
(1) 조세특례제한법은 제2조 제1항에서 내국인, 과세연도, 과세표준신고, 익금과 손금 등 위 법에서 사용하는 용어의 뜻을 정의하였고, 제2항은 ‘제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다’고 하며, 제3조 제1항 제1호부터 제19호에서는 소득세법과 법인세법 등 각종 세법을 열거하고 있다(제16호 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제외). 요컨대, 조세특례제한법 상 용어의 정의는 동법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 세법의 범위 내에서 해석하여야 하는 것이고, ‘중소기업’의 정의 역시 조세특례제한법에서 특별히 중소기업기본법과 중소기업기본법 시행령 규정에 따라야 한다고 정하지 않은 이상 세법에 따라 판단하여야 한다.
(2) 대법원도 위와 같은 취지에서 중소기업기본법 시행령 개정으로 인하여 더 이상 중소기업에 해당하지 않게 된 법인이 위 시행령 부칙 경과규정에 따라 3년간 중소기업으로 의제될 수 있는지 여부가 쟁점인 사건에서, “구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 구 조특법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없다.”고 판시하였다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결). 하급심 판결 중에는 관계기업에 속하는 기업 여부를 판단하는 기준시점을 조세특례제한법 시행규칙상 ‘당해 과세연도 종료일 현재’로 볼지 아니면 중소기업기본법 시행령 규정 상 ‘직전 사업연도 말일 현재’로 볼지가 문제된 사안에서, “조세특례제한법에서 중소기업기본법을 준용하도록 하는 명확한 규정이 없는 한 조세특례제한법에서 세금의 혜택을 주고자 하는 대상의 기준, 즉 조세를 감면해 줄 중소기업 해당여부는 조세특례제한법의 독자적인 기준에 따라 판단해야 할 것이다.”라고 한 판결도 있다(서울행정법원 2016. 9. 23. 선고 2016구합59102 판결). 동 판결은 위 대법원 2013두10458 판결의 설시를 인용하면서, “조세특례제한법이 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위한 목적으로 설립된 법인 반면, 중소기업기본법은 중소기업이 나아갈 방향과 중소기업을 육성하기 위한 시책의 기본적인 사항을 규정하여 창의적이고 자주적인 중소기업의 성장을 지원하고 나아가 산업구조를 고도화하고 국민경제를 균형 있게 발전시키는 것을 목적으로 설립된 법으로 그 입법취지가 서로 다르다.”고 하였다.
(3) 조세심판원과 감사원 역시 조세특례제한법과 중소기업기본법 상의 중소기업의 판단기준이 반드시 일치하여야만 하는 것은 아니라는 입장이다. 조세심판원은 “조특법이 ‘중소기업’ 해당 여부에 대하여 중기법의 내용을 따르고 있긴 하나 양 법령의 구체적인 제정취지가 서로 달라 그 판단기준이 반드시 일치하여야 하는 것은 아니”라고 결정한 바 있다(조심2009구0189, 2009.4.28.). 감사원은 “구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 의 규정이 “실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것”이라고 규정하고 있을 뿐 직전 사업연도 말일 기준으로 판단하는 중소기업기본법 시행령 제3조의2 및 제7조의4 등 다른 규정은 인용하고 있지 않다”고 전제한 뒤 위 대법원 2013두10458 판결의 위 판시사항을 인용하면서, 관계기업의 합산 자기자본 계산은 중소기업기본법에 따라 직전 사업연도 기준으로 주식 소유비율을 적용하여야 한다는 위 사건 청구인의 주장을 배척하였다(감사원 2016-심사-789, 2018. 9. 5.).
(4) 위와 같이 조세특례제한법의 해석은 세법의 범위 내에서 가능한 점, 조세특례제한법과 중소기업기본법은 그 입법취지가 서로 다르므로 조세특례제한법 상의 중소기업은 중소기업기본법 상의 중소기업과 반드시 일치하게 해석하여야 하는 것은 아닌 점, 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호는 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것’만을 요구할 뿐 처분청 주장과 같이 중소기업기본법 시행령제7조의2를 준용하지 않은 점 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법 상 중소기업의 독립성 요건을 충족하는지 여부는 중소기업기본법이 아닌 세법에 따라 판단하여야 한다.
(5) 대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 관련 처분청 주장에 대한 반박 (가) 처분청은 청구법인이 원용한 대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결의 원고법인이 2008 사업연도에 조세특례제한법 상 중소기업에 해당하였는지 여부를 판단함에 있어 최다출자자인 외국법인의 자산총액을 직전 사업연도인 2007사업연도 말일 기준으로 보았다는 점을 근거로 처분청의 경정거부처분이 타당하다고 주장한다. (나) 그러나 위 대법원 판결은 “조특법상 중소기업 해당 여부를 판단할 때 ‘중소기업기본법상 유예규정’과 ‘ 조세특례제한법 규정’ 중 어떤 법령을 따라야 하는지 여부”가 쟁점이었던 사안이고, 위 쟁점에 관해 원심(광주고등법원 2013. 4. 25. 선고 2012누1197 판결)은 중소기업기본법상 유예규정에 따라 해당 사건의 원고가 중소기업에 해당한다고 판단하였으나, 대법원은 조세특례제한법상 중소기업 해당 여부는 중소기업기본법이 아닌 세법에 따라야 한다고 보아 원심 판결을 파기하고 사건을 고등법원으로 환송한 것이다. (다) 위 대법원 판결은 ‘최다출자자인 외국법인의 자산총액의 판단기준 시점’과는 무관한 판례이며, 오히려 조세특례제한법 상의 중소기업 판단은 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다는 점을 명확히 하고 있는바, 이에 관한 처분청의 주장은 타당하다고 보기 어렵다.
(1) 법인세 납세의무 성립시기에 관한 법리 (가) 법인세 납세의무 성립일은 과세기간이 끝나는 사업연도 종료일이므로(국세기본법 제21조 제2항 제1호) 법인세 세액감면 등 조세특례제한법 상 각종 세제 혜택이 적용되는지 여부 또한 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하여야 한다. 따라서 조세특례제한법 시행령 제2조 의 중소기업에 해당하여 각종 조세감면 혜택을 받을 수 있는지 여부 역시 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이 타당하다. (나) 이와 달리 중소기업기본법 제1조 는 위 법의 목적을 ‘중소기업이 나아갈 방향과 중소기업을 육성하기 위한 시책의 기본적인 사항을 규정하여 창의적이고 자주적인 중소기업의 성장을 지원(후략)’하는 것이라고 정하고 있다. 따라서 위 법의 지원 대상이 되는 중소기업에 해당하는지 여부는 연초에 미리 확정이 되어야 하고, 이를 위해 중소기업기본법령은 그 판단의 기준시점을 ‘직전 사업연도 말일 현재’로 삼는 것이다. 이는 조세특례제한법 시행규칙제2조가 매출액, 자산총액, 관계기업에 속하는 기업인지 여부 등 중소기업 요건 판단의 기준시점을 ‘과세연도 종료일 현재’로 삼는 것과는 차이가 있다.
(2) 기업회계 존중의 원칙 (가) 법인세법 제43조 는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.’고 정하고 있다. 따라서 법인세법과 조세특례제한법에서 30% 이상 최다출자자인 외국법인의 자산총액 환산에 관한 명문의 규정이 없는 한 기업회계기준에 따라야 한다. (나) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항, 제5항은 중소기업 판단 요소인 매출액과 자산총액은 ‘기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액 및 재무상태표상의 자산총액’으로 한다고 정하고 있다. 법인이 외화자산을 보유하고 있는 경우 그 자산총액은 위 시행규칙 제2조 제5항에 따라 ‘과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액’으로 하고, 위 ‘재무상태표상의 자산총액’은 해당 과세연도 종료일 현재 환율(매매기준율)에 따라 환산하여 산정할 것이다. 따라서 해당 법인의 최다출자자인 외국법인의 자산총액 역시 위와 동일한 기준으로 산정하는 것이 조세특례제한법령의 체계적·통일적 해석에 부합한다. 이와 달리 처분청의 주장에 따를 경우에는 외화자산을 포함한 해당 법인의 자산총액 계산과 최다출자자인 외국법인의 자산총액 산정방식이 불일치하는 모순이 발생하게 된다. (다) 처분청의 주장에 의하면 중소기업의 독립성 요건 충족 여부를 판단할 때에 내국법인과 외국법인에 적용되는 환율이 불일치하게 된다. 법인세법 제53조의2 기능통화 도입기업의 과세표준 계산특례 규정이 적용되는 내국법인(甲법인)이 다른 내국법인(乙법인)의 30% 이상 주주인 경우, 乙법인이 중소기업 독립성을 갖추고 있는지 판단할 때에 甲법인의 자산총액은 위 조항에 따라 ‘사업연도종료일 현재의 환율’을 적용하여 원화로 환산하게 된다. 법인세법 제53조의2 【기능통화 도입기업의 과세표준 계산특례】
① 기업회계기준에 따라 원화 외의 통화를 기능통화로 채택하여 재무제표를 작성하는 내국법인의 과세표준 계산 은 다음 각 호의 구분에 따른 방법(이하 이 조에서 "과세표준계산방법"이라 한다) 중 납세지 관할 세무서장에게 신고한 방법에 따른다. 다만, 최초로 제2호 또는 제3호의 과세표준계산방법을 신고하여 적용하기 이전 사업연도의 소득에 대한 과세표준을 계산할 때에는 제1호의 과세표준계산방법을 적용하여야 하며, 같은 연결집단에 속하는 연결법인은 같은 과세표준계산방법을 신고하여 적용하여야 한다.
은 사업연도종료일 현재의 환율, 포괄손익계산서(포괄손익계산서가 없는 경우에는 손익계산서를 말한다. 이하 같다) 항목은 해당 거래일 현재의 환율(대통령령으로 정하는 항목의 경우에는 해당 사업연도 평균환율로 한다)을 적용하여 원화로 환산 한 재무제표를 기준으로 과세표준을 계산하는 방법 법인세법 시행령 제91조의3 【기능통화 도입기업의 과세표준계산방법 관련 세부 규정】
⑤ 법 제53조의2제1항제3호 및 제3항제2호에 따른 환율은 해당하는 날의 매매기준율등 으로 하고, 사업연도 평균환율은 기획재정부령으로 정하는 해당 사업연도 평균환율(이하 이 조 및 제91조의5에서 "평균환율"이라 한다)로 한다. 그런데 처분청의 주장에 따른다면 중소기업의 최다출자자인 외국법인은 위 내국법인(甲법인)과 달리 과거 5개 사업연도의 평균환율을 적용하여 자산총액을 산출하게 된다. 중소기업의 독립성 판단에 그 최다출자자가 외국법인인지 기능통화를 도입한 내국법인인지 여부에 따라 적용 환율을 달리할 아무런 근거가 없다. (라) 기업회계기준에 따르면 외화로 표시된 재무상태표의 환산은 해당 보고기간말의 마감환율로 계산한다. K-IFRS 제1021호【환율변동효과】 39 기능통화가 초인플레이션 경제의 통화가 아닌 경우 경영성과와 재무상태를 기능통화와 다른 표시통화로 환산하는 방법은 다음과 같다. ⑴ 재무상태표(비교표시하는 재무상태표 포함)의 자산과 부채는 해당 보고기간 말의 마감환율로 환산 한다. ⑵ 포괄손익계산서(비교표시하는 포괄손익계산서 포함)의 수익과 비용은 해당 거래일의 환율로 환산한다. ⑶ 위 ⑴과 ⑵의 환산에서 생기는 외환차이는 기타포괄손익으로 인식한다. 일반기업회계기준 제23장【환율변동효과】 23.14 경영성과와 재무상태를 기능통화와 다른 표시통화로 환산하는 방법은 다음과 같다. ⑴ 재무상태표(비교표시하는 재무상태표 포함)의 자산과 부채는 해당 보고기간 말의 마감환율로 환산 한다. ⑵ 손익계산서(비교표시하는 손익계산서 포함)의 수익과 비용은 해당 거래일의 환율 또는 평균환율로 환산한다. ⑶ 위 ⑴과 ⑵의 환산에서 생기는 외환차이는 기 타포괄손익으로 인식한다. 용어의 정의 기능통화 – 영업활동이 이루어지는 주된 경제 환경의 통화 표시통화 – 재무제표를 표시할 때 사용하는 통화 마감환율 – 보고기간말의 현물환율 현물환율 – 즉시 인도가 이루어지는 거래에서 사용하는 환율 따라서 조세특례제한법령 상의 중소기업 독립성 기준 판단에 있어 최다출자자인 AAA의 자산총액도 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율을 사용하여 환산하여야 한다.
(1) 과세관청의 유권해석 (가) 기획재정부장관은 2019. 9. 3. 질의회신(기획재정부 조세특례제도과-584)에서 ‘ 조세특례제한법 시행령 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는지를 판단하기 위해 해당 기업의 최다출자자인 외국법인의 자산총액이 5천억원 이상인지 여부를 판단할 때에는 해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표 상 외화로 표시된 자산총액을 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율 등으로 환산하여 계산하는 것임’이라고 해석하였다. (나) 국세청장은 위 기획재정부 해석(2019. 9. 3.) 전에는 ‘ 조세특례제한법 시행령 제2조 제3호 의 실질적인 독립성 기준을 판단함에 있어 중소기업기본법 시행령제3조 제1호 ‘나’목에서 규정하는 법인에는 외국법인을 포함하는 것이며, 이 경우 외국법인의 자산총액은 ‘외국법인의 직전사업연도 말일 현재의 대차대조표상의 자산총액을 원화로 환산한 금액’으로 판단하는 것입니다.’(법인세과-1172, 2009.10.20.)라고 해석하였으나, 기획재정부가 2019. 9. 3. 해석을 생산(기획재정부 조세특례제도과-584)함에 따라 위 기존 국세청 해석(법인세과-1172)을 삭제하였다. 또한 국세청장은 2019. 9. 18. 과세기준자문에 대한 답변(기준-2019-법령해석법인-0024)에서 “자산총액이 5천억원 이상인 비영리법인이 기업의 주식을 30% 이상 직ㆍ간접적으로 소유하는 경우, 해당 자회사는 중소기업 요건 중 독립성기준에 위배되지 않는 것임”이라고 하면서 “귀 과세기준 자문신청의 경우, 기획재정부의 해석(기획재정부 조세특례제도과-584, 2019.9.3.)을 참고하시기 바람”이라고 자문한 바 있다.
(2) 사실상의 구속력 및 납세자의 신뢰 위배 (가) 위와 같이 과세당국은 중소기업의 독립성 요건 충족 여부를 판단 시 최다출자자인 외국법인의 자산총액은 ‘해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표 상 외화로 표시된 자산총액’을 ‘해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율 등으로 환산’하여 계산하여야 한다고 해석하였다. 기획재정부장관과 국세청장의 유권해석에 법적인 구속력은 없으므로 납세자에 대한 대외적 효력은 없으나, 정부 견해의 통일과 행정운영의 일관성을 위한 기준을 제시한다는 의미에서 이에 위반할 경우 부적절한 집행으로 인한 징계나 감사원의 감사 등을 통한 책임문제가 언제든지 제기될 수 있으므로 과세관청에 대해서는 사실상 내부훈령과 같은 효력(=사실상의 구속력)을 가진다. 3) 4) (나) 그럼에도 불구하고 국세청의 산하기관인 처분청이 ‘기획재정부의 유권해석에는 세법 해석의 오류가 있다’는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 바, 이는 사실상의 구속력에 반하는 처분이다. 또한 납세의무자로서는 과세관청의 유권해석을 신뢰하고 그에 따라서 법인세 신고·납부를 할 수밖에 없고, 청구법인 역시 위 해석을 신뢰하여 경정청구를 한 것이다. 그런데도 처분청이 돌연 위와 같은 기준과 다른 견지에서 중소기업 해당 여부를 판단하고 법인세 등을 부과·추징한다면, 정당한 신뢰에 반하게 된다.
3. 처분청 세부주장 및 제출증빙 가) 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 는 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것’을 요구하므로 독립성 기준은 전적으로 중소기업기본법령에 따라 판단해야 한다. (1) 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호 전문은 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것’을 요건으로 정하고 있다. 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호는 ‘소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것’을 요구하면서, 나목에서 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함)이 주식등의 30% 이상을 직·간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 경우를 정하여 중소기업의 범위에서 제외하였다.
(2) 그런데 중소기업기본법 시행령 제7조의2 는 제3조 제1항 제2호 나목을 구체화하여, 법인의 자산총액 산정 기준시점(제1항) 및 외국법인의 자산총액 원화 환산방법(제3항)을 규정하고 있다. ※ 중소기업기본법 시행령 제7조의2 【자산총액】
① 제3조제1항제1호나목 및 같은 항 제2호나목에 따른 자산총액 은 회계관행에 따라 작성한 직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계 로 한다.
③ 제3조제1항제2호나목에 따른 외국법인의 경우 자산총액 을 원화로 환산할 때 에는 직전 5개 사업연도의 평균환율을 적용 한다. (3) 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호, 조세특례제한법 시행규칙제2조에서는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 따라 30% 이상의 최다출자주주인 외국법인의 자산총액이 5천억원 이상이 아닐 것을 요건으로 하면서도, 그 해당 여부를 판단하기 위하여 외국통화로 산정된 자산총액을 원화로 환산하는 방법에 관하여는 아무런 규정도 두고 있지 않다. 위 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 가 직접 준용한 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 를 해석하기 위해서는 같은 시행령 제7조의2 제1항, 제3항에 따라야만 법 문언의 문리해석 및 법령의 통일적·체계적 해석에 부합한다. 따라서 AAA의 자산총액이 5천억원 이상인지 여부는 직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계를 기준으로 직전 5개 사업연도의 평균환율로 환산한 가액을 기준으로 판단하는 것이 타당하다. 나) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항, 제5항, 제8항과 같이 ‘매출액’, ‘자산총액’ ‘관계기업에 속하는 기업인지의 판단’은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다는 별도의 규정이 없는 한 기획재정부 예규와 같이 해석할 수는 없다. (1) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 은 ‘영 제2조 제1항 제1호에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다’고 정하고, 제5항은 ‘영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액으로 한다’고 하며, 제8항은 ‘영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다’고 규정한다. (2) 조세특례제한법 시행규칙을 정한 기획재정부장관은 위와 같이 매출액, (당해 법인) 자산총액, 관계기업 여부를 가리는 기준일을 정하면서도 본 건의 쟁점인 ‘30% 이상의 최다출자자인 외국법인의 자산총액 판단 기준’에 관하여는 아무런 규정을 두지 않았다. 따라서 이는 관련 법령으로서 명문의 규정을 두고 있는 중소기업기본법 시행령에 근거하여 해석하여야 하며, 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항, 제5항, 제8항과 같이 별도의 규정을 두지 않는 한 기획재정부처럼 ‘해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표 상 외화로 표시된 자산총액’을 ‘해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율로 환산하여 판단’한다고 해석할 근거가 없다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항 에서 정한 관계기업의 판단기준일 역시 과세관청과 납세의무자 사이에 여러 건의 다툼 끝에 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정이 이루어져 위 조항이 신설됨으로써 그 견해 대립을 종결지었다. 30% 이상 최다출자자인 외국법인의 자산총액을 판단하는 기준도 조세특례제한법령 또는 시행규칙 상 입법이 되기 전까지는 명문의 규정인 중소기업기본법 시행령 제7조의2 를 적용하여야 한다.
(4) 청구법인도 위와 같이 중소기업의 독립성 요건 충족 여부를 중소기업기본법 시행령에 따라 해석하여 ‘직전 과세기간 종료일 현재의 재무상태표상 자산총액에 직전 5개 사업연도의 평균환율을 적용하여 원화로 환산’한 뒤 법인세 신고를 한 것이고, 이는 법 문언의 해석 상 지극히 당연하고 일반적인 신고이다.
(1) 청구법인의 경정청구를 검토한 BB지방국세청 성실납세지원국은 경정청구의 처분을 기획재정부 예규에 따라 하게 되면 중소기업기본법 시행령의 명문 규정에 반하는 위법한 처분이 될 것으로 보이고 중소기업기본법 시행령을 유추적용하게 되면 상급기관인 기획재정부 및 국세청 예규에 반하게 된다는 이유로 2020. 10. 28. BB지방국세청장(감사관)에게 사전컨설팅을 신청하였다. BB지방국세청 성실납세지원국 담당자가 2020. 10. 16. 기획재정부 세제실을 방문하여 유권해석 검토보고서를 열람하였고 그 내용은 다음과 같다. <기재부 유권해석 검토보고서 요약>
(2) BB지방국세청 감사관실은 2020. 11. 17. 다음과 같이 회신하였다. <BB지방국세청 감사관실 사전컨설팅 의견서 발췌> - 그림 생략
(3) 청구법인은 대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결이 ‘구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 구 조특법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없다’고 판시한 점만을 들어 주장의 근거판례로 삼고 있다. 그러나 위 판결의 사실관계를 살펴보면, ① 위 사건의 원고는 그 발행주식 총수의 49%를 일본국 법인이 소유하고 있는 회사로서, 2008. 12. 31.을 기준으로 2008 사업연도에 대한 결산을 하고 법인세를 신고하였고, ② 일본국 법인의 2007 사업연도 말일인 2008. 3. 31. 당시 대차대조표에 표시된 자산총액을 원화로 환산한 사실이 각 인정되었다. 위 판결은 일본 출자법인의 자산총액을 직전 사업연도 말일을 기준으로 산정함이 타당하다는 전제에서 선고된 것이다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] - 표 생략 1) 대표이사 김○○은 1999. 11. 청구법인의 전신인 ‘○○’(1998. 7. 1. 신규등록)의 대표자가 되었고, 2000. 4. 법인 전환하였다. 2) 조세특례제한법 시행령이 2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되면서 제2조 제1항 업종 요건에 차이가 발생하였다. 3) 오윤·김진수, 법적안정성 제고를 위한 세법해석제도 개선방안, 한국조세연구원, 2008, 69~70쪽 참조 4) 법제처 홈페이지(https://www.lawmaking.go.kr/nl4li/lsItptStm/intro)
결정 내용은 붙임과 같습니다.