조세심판원 심사청구 법인세

EEEE과 관련된 공사부분 매입금액 상당의 금액은 손금으로 인정함이 타당함

사건번호 심사-법인-2020-0024 선고일 2021.02.09

여러 사정을 종합하여 볼 때, EEEE과 관련된 공사부분 매입금액 상당의 금액은 손금으로 인정함이 타당하나, 나머지 금액은 공사수행 사실에 대한 신빙성이 없어 손금으로 인정해달라는 청구주장을 받아들이기 어려움 ​

주 문

○○세무서장이 2020.10.1. 청구법인에게 한 2016년 제2기 과세기간 부가가치세 0,989,530원, 2017년 제1기 과세기간 부가가치세 00,975,370원, 2016년 사업연도 법인세 0,207,020원, 2017년 사업연도 법인세 00,241,210원 등 부가가치세 및 법인세 00,413,130원의 부과처분은

1. 쟁점매입금액 중 2016.11.8. 00,000,000원, 2016.12.13. 00,650,000원 2016년계 00,650,000원과 2017.2.28. 00,100,000원을 손금으로 인정하여 각 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2011.1.10. 설립된 후 ○○도 ○○시 ○○구 ○○로 2(○○ 814-1) 소재에서 건설업/시설물유지관리업을 영위하는 법인이다.
  • 나. 청구법인은 2016.2기부터 2017.1기 과세기간 동안에 ○○광역시 ○○구(○○구) ○○동에 소재하는 건설/인테리어업을 영위하는 AAA(대표: BBB, 2016.7.14.개업 후 2017.7.27.폐업, 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 00,470천원(2016.2기 2매 00,650천원, 2017.1기 3매 00,820천원, 이하 “쟁점매입금액”이라 한다) 상당의 매입세금계산서 5매를 교부받아(이하 “쟁점매입거래”라 한다) 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 매입세액을 공제받았으며, 해당 사업연도에 대한 법인세 신고 시 쟁점매입금액을 손금으로 계상하였다.
  • 다. 조사청(○○세무서장)은 2017.8.29.부터 2017.11.27.까지 쟁점매입처에 대한 세금계산서 수수질서 위반에 따른 조세범칙조사를 실시하여, 쟁점매입처의 매출 및 매입거래 전부에 대하여 실물거래 없는 가공거래로 확정하면서, 2018.8.13. 쟁점매입처의 명의상 대표 BBB와 실제 운영자 CCC을 명의대여 및 세금계산서 발급의무 위반 등의 혐의로 검찰에 고발하였다(2018.1.11. BBB 고발 후, 2018.8.13. CCC을 추가로 고발하였다).
  • 라. 한편, 조사청은 검찰고발전인 2017.12.12. 청구법인의 쟁점매입금액 전부에 대하여 실물거래 없는 가공거래로 확정 후, 처분청에 위장가공자료(부가)로 과세자료를 통보하였고, 처분청은 통보받은 과세자료를 검토한 결과,

• 실물거래 없는 가공세금계산서 수취로 확인됨에 따라 쟁점매입금액에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제하고 해당 사업연도 법인의 소득금액계산 시 쟁점매입금액을 손금불산입한 후, 2020.7.22. 2016년 제2기 과세기간 부가가치세 0,989,538원, 2017년 제1기 부가가치세 00,975,376원 계 00,964,914원과 2016년 사업연도 법인세 0,207,021원, 2017년 사업연도 법인세 00,241,219원 계 00,448,240원 합계 00,413,154원을 과세한다는 과세예고통지를 하였다.

  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.20. 과세전적부심사청구를 하였으나, 2020.9.23. 재결청(○○세무서장)은 재결청 국세심사위원회를 거쳐 불채택결정을 하였고, 이에 따라 처분청은 2020.10.1. 2016년 제2기 과세기간 부가가치세 0,989,530원, 2017년 제1기 과세기간 부가가치세 00,975,370원, 2016년 사업연도 법인세 0,207,020원, 2017년 사업연도 법인세 00,241,210원 등 부가가치세 및 법인세 00,413,130원을 경정고지하였다(심리일현재 체납상태이다).
  • 바. 청구인은 이에 불복하여 2020.12.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장

쟁점매입거래는 실제 매입처가 따로 있는 위장거래이다.

  • 가. 청구법인은 2016.8.22. ○○ DDDD ○○○○ 누수하자 보수공사와 관련 ㈜EEEE(220-81-*, ○○도 ○○시 소재, 대표 ○○○, 이하 “EEEE”이라 한다)과 도급계약을 체결하여 공사를 진행하면서, 실제는 FFF(미등록사업자이다)에게 하도급을 주었으나, 관련 매입세금계산서(공급가액 00,650천원 상당)는 쟁점매입처로부터 수취한 바 있으며, GGGG 사우나입식샤워장 벽체 교체공사건과 관련해서도 같은 방식으로 FFF과 실제 거래를 하고, 매입세금계산서(공급가액 00,100천원 상당)는 쟁점매입처로부터 수취하였으며, 실제 거래가 있었음은 쟁점매입처에게 지급한 공사대금의 금융이체내역을 보면 알 수 있다.
  • 나. 또한, 청구법인은 ○○ HHHH아파트 ○○○○외 4세대 보수공사와 관련 JJJJ(주)(○○○-81-*, ○○광역시 ○○구 소재, 건설업, 이하 “JJJJ”이라 한다)으로부터 하도급받아 공사를 진행하면서(매출세금계산서는 JJJJ의 사정으로 발행하지 못하였다), FFF에게 하도급을 주어 공사를 실제로 진행하였고, 같은 방식으로 매입세금계산서(공급가액 00,720천원 상당)를 쟁점매입처로부터 수취하였으며, 관련 공사대금은 쟁점매입처에 금융이체 하였고, 청구법인은 FFF과 실제 계약하여 공사를 진행하였고, FFF이 미등록사업자라 쟁점매입처로부터 세금계산서를 수취한 부분이 잘못된 부분이라 할지라도, 이 건은 가공거래가 아닌 실질공사가 존재하는 위장거래라고 봐야 하며, 쟁점매입처의 조세범처벌법위반(세금계산서 발급의무위반 등) 혐의와 관련 ○○지방법원 ○○○○9460, 2019.11.26. 선고)의 범죄일람표(허위발급)를 보더라도 청구법인과 일치하는 날짜는 하나도 없는바, 쟁점매입거래는 실제 공사가 이루어진 부분을 감안하여 위장거래로 봄이 타당하다.
3. 처분청 의견

쟁점매입거래는 가공거래로 봄이 타당하다.

  • 가. 조사청의 조세범칙조사 결과, 쟁점매입처가 2016.2기 및 2017.1기 매출․매입 세금계산서는 전액 가공세금계산서로 확정되었으며, 동 업체는조세범처벌법제10조 제3항 제2호에 의거 고발되었다.
  • 나. 청구법인은 쟁점매입거래 관련 실제 하자보수공사는 FFF에게 하도급을 주었고, 매입세금계산서는 쟁점매입처로부터 받았으며, 세금계산서 수취금액과 맞추려고 금융이체를 쟁점매입처에게 하였다고 주장하나, 조사청이 쟁점매입처를 조세범칙조사할 당시 쟁점매입거래와 관련 청구법인은 거래사실 확인요청을 받고 거래명세서, 입금표 등을 회신하였으나, 조사청은 금융거래내역 조사결과 청구법인으로부터 대금을 입금 받은 즉시 현금대체거래나 CCC, ○○○, △△△ 및 기타 불특정인에게 이체되는 등 금융거래가 비정상적인 것으로 확인한 바 있다.
  • 다. 청구법인은 EEEE 및 JJJJ으로부터 수주받은 하자보수공사를 FFF에게 재하도급 주었다고 주장하나, EEEE에 발행한 매출세금계산서보다 매입세금계산서 수취금액이 과다한 경우(○○ DDDD 보수공사의 경우)가 있고, 공사별 매출 대비 이익률이 상이한 것으로 확인되는 등 일반적인 하도급거래와 수익 구조가 달라 실제 거래가 있었다고 보기 어렵다.
  • 라. 또한, 청구법인은 처음에는 선의의 거래당사자임을 주장하다 과세전적부심사청구시에는 JJJJ(원도급자)과의 거래는 가공거래로, EEEE(원도급자)과의 거래는 위장거래인 것으로 쟁점을 변경하였고, 이 건 심사청구시에는 쟁점매입거래 모두를 위장거래라고 주장하고 있는 등 주장에 일관성이 없다.
  • 마. 따라서, 청구법인이 제출한 자료만으로는 실제 거래를 인정할 수 없는바, 쟁점매입금액관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 법인의 소득금액 계산시 손금불산입한 처분청의 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

○ 쟁점매입금액을 가공매입으로 보아 과세한 처분의 당부

  • 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】<2017.12.19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것>

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 2) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 3) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】<2017.12.19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것>

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. 5) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 6) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 7) 부가가치세법 제37조 【납부세액 등의 계산】

① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다. 8) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 <2014.1.1>

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8-1) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】<2017.12.19. 대통령령 제28475호로 개정되기 전의 것> 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17>

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 9) 부가가치세법 제60조 【가산세】

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. <개정 2016.12.20>

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우

⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. <개정 2016.12.20>

1. 제39조제1항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트 9-1) 부가가치세법 시행령 제108조 【가산세】

⑤ 법 제60조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 그 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우를 말한다. <개정 2016.2.17.> 10) 법인세법 제19조 【손금의 범위】<2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것>

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 10-1) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】<2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것> 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.3.15, 2010.12.7, 2012.1.25, 2012.2.2, 2013.6.11, 2013.6.28, 2014.2.21, 2015.2.3>

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

3. 인건비

22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 11) 법인세법 제67조 【소득 처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 11-1) 법인세법 시행령 제○○○조【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2009.2.4, 2012.2.2, 2013.2.15, 2016.2.12>

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 12) 조세범처벌법 제10조 【세금계산서의 발급의무 위반 등】<2018.12.31. 법률 제16108호로 개정되기 전의 것>

부가가치세법에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 작성하여 발급하여야 할 자와 매출처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 경우

2. 거짓으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우

부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자와 매입처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 통정하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 1년 이하의 징역 또는 매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 경우

2. 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출한 경우

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 그 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금계산서합계표, 매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출처별계산서합계표, 매입처별계산서합계표에 기재된 매출ㆍ매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. <개정 2012.1.26>

1. 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

3. 부가가치세법에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 정부에 제출한 행위 13) 조세범처벌절차법 제17조 【고발】<2018.12.31. 법률 제16108호로 개정되기 전의 것>

① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 통고처분을 거치지 아니하고 그 대상자를 즉시 고발하여야 한다.

1. 정상(情狀)에 따라 징역형에 처할 것으로 판단되는 경우

2. 제15조제1항에 따른 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되는 경우

3. 거소가 분명하지 아니하거나 서류의 수령을 거부하여 통고처분을 할 수 없는 경우

4. 도주하거나 증거를 인멸할 우려가 있는 경우

② 지방국세청장 또는 세무서장은 제15조제1항에 따라 통고처분을 받은 자가 통고서를 송달받은 날부터 15일 이내에 통고대로 이행하지 아니한 경우에는 고발하여야 한다. 다만, 15일이 지났더라도 고발되기 전에 통고대로 이행하였을 때에는 그러하지 아니하다.

  • 다. 사실관계

1. 청구법인에 대한 법인세 등 경정내역, 주주현황, 대표자 변경사항 등

  • 가) 법인세 등 경정내역

(1) 법인세 경정내역 (생략)

(2) 부가가치세 경정내역 (생략)

  • 나) 청구법인 주주현황(2016년~2019년) (생략)
  • 다) 청구법인 대표자 변경사항(법인등기부등본상)(생략)

2. 청구법인과 쟁점매입처간 2016.7.부터 2017.6.까지의 매입세금계산서 수수(전자세금계산서 수수)내역은 다음과 같다. (생략) 3) 조사청과 청구법인간에 다투는 쟁점매입금액 관련 공사시행내용(청구법인과 EEEE 등), 공사하청내용을 도식화하면 다음과 같다(거래금액은 공급가액기준이다).(생략) 4) 청구법인이 EEEE에 발행한 매출세금계산서 내역은 다음과 같다(2016년~2017년).(생략) 5) 청구법인이 JJJJ에 발행한 매출세금계산서 내역은 다음과 같다(2016년~2017년).(생략)

6. 조사청의 쟁점매입처에 대한 조세범칙조사 시 청구법인 직원(과장) □□□은 쟁점매입처와의 거래가 실제거래라고 주장하면서, 확인서와 세금계산서, 거래명세서, 금융이체자료 등을 제출한 것으로 확인되고 있다.(생략)

7. 조사청이 처분청에 쟁점매입거래 관련 과세자료를 통보한 내용과 쟁점매입처에 대한 주요 조사내용은 다음과 같다.(생략) 8) 조사청은 쟁점매입처에 대한 거래질서관련 조세범칙조사를 실시한 후, 매출처(청구법인 포함 31개업체)와 매입처 전부에 대하여 가공거래로 확정하면서 쟁점매입처와 명의상 대표자 BBB를 2018.1.11. 세금계산서 발급의무 위반 등의 혐의로 검찰에 고발한 후, 2018.8.13. 쟁점매입처의 실제 운영자 CCC을 명의대여 및 세금계산서 발급의무 위반 등의 혐의로 추가로 고발하였다(아래 고발내용-세금계산서발급의무위반 부분-참조).(생략)

  • 가) 검찰은 2018.12.31. 동 고발건(사건번호 ○○지방검찰청 ○○○○ 형제89954호) 중 명의상 대표자 BBB에 대한 명의대여 및 세금계산서 발급의무 위반 등의 혐의는 증거불충분으로 혐의없음(불기소)을 결정하였다(사법경찰관은 검찰송치의견에서 BBB의 명의대여혐의를 기소로 하였지만, 검찰은 불기소 결정하였다).
  • 나) 한편, 같은 날 실제 운영자 CCC에 대해서는 명의대여 혐의는 기소, 허위세금계산서 발급 및 수취 혐의에 대해서는 일부기소, 일부 불기소(혐의없음) 결정을 하였다(아래 검찰 및 사법경찰관의 기소 및 불기소 의견 참조)(생략)
  • 다) 그러나, 동 고발건에 대한 1심 판결(○○지방법원 ○○○○9460, 2019.11.26., 조세범처벌법위반→2심 ○○지방법원 ○○○○4118, 2020.6.12.선고, 상소포기로 종국)에서는 실제 운영자 CCC에 대해 명의대여 혐의는 유죄, 허위세금계산서 수수 혐의에 대해서는 25회 000,291천원 상당의 매출세금계산서 허위발행과 1회 0,845천원 상당의 허위매입세금계산서 수취만을 유죄로 확정하였다.(생략)

9. 양측의 상세주장

  • 가) 청구법인 주장 청구법인은 시설물유지관리업을 하는 전문면허건설업자로 10년 이상 운영해온 건실한 회사로 이제껏 세무대리인의 도움을 받아 성실히 신고, 납부하였으며, 쟁점매입거래는 위장거래임을 주장한다. 이하 공사별(가) ○○ DDDD 보수공사, 나) GGGG 보수공사, 다) ○○ HHHH 아파트 ○○○○외 4세대 보수공사)로 실제거래가 있었음을 설명하겠다.

(1) ○○ DDDD 보수공사 (가) 2016.8.22. 청구법인은 ○○ DDDD ○○○○ 누수하자 보수공사와 관련 EEEE과 표준도급계약서를 작성ㆍ계약을 체결하여 공사를 진행한 후, 2016.9.25. 0,300천원(공급가액), 2016.10.25. 0,200천원(공급가액), 2016.12.25. 00,600천원(공급가액) 3매 총 공급가액 00,100천원상당의 전자세금계산서를 EEEE에 발행ㆍ교부하였다. (나) EEEE(기술연구소, 품질연구팀)의 ‘KKK 5년차 종결관련 미처리 하자보수공사 계획보고서’에 의하면 2016.6.30. KKK 하자관련 인수인계라고 나오고, ○○○○의 하자현황이 사진으로도 확인이 되며, EEEE과의 거래는 계속된 거래로 한 건 한 건이 매입ㆍ매출비율이 맞지 않을 수 있다.(아래 ‘KKK 5년차 종결관련 미처리 하자보수공사 계획보고서’ 상 관련 내용 참조)(생략) (다) 청구법인의 대한시설물유지관리협회에서 확인된 ‘2016년도 건설공사 기성실적내역표’를 보면 실적연번 1번인 ○○○(주)부터 마지막 130번인 ㈜EEEE에 걸쳐 확인할 수 있으며, 본 건과 관련해서는 실적연번 57, 58번에서 실제 공사가 있었음을 볼 수 있으며, EEEE과 관련해서는 이 건 외에 여러 건임을 확인할 수 있다.(아래 ‘2016년도 건설공사 기성실적내역표’ 참조)(생략) (라) 공사일보를 보면 2016.8.22. 시작으로 동년 10.20.까지 청구인의 직원인 □□□과장이 작성하였음을 확인할 수 있고, 이에 따른 공사일보의 대조사항으로 사진대지가 각각 첨부되어 있으며, 본 공사는 ○○○○의 세대누수공사로 테라스외 2군데를 시공하였는바, 이 거래가 거짓이라면 가공거래로 인정하겠으며, 청구법인이 가공이면 EEEE과의 거래도 가공이라고 하는 점이 일관성 있는 판단이 될 것이다.(생략) (마) (쟁점매입처와 하도급거래) 일명 건설현장 오야지(십장)라는 FFF은 미등록사업자로 청구법인으로부터 하도급 받아 공사를 진행하였고, 청구법인이 세금계산서를 원하자 쟁점매입처로부터 세금계산서를 수취하면 된다고 하여 거래를 하였으며, 10년 이상 운영해온 청구법인은 거래금액은 세금계산서 내용과 일치하여야 한다는 세무대리인의 도움을 받고 쟁점매입처의 통장에 세금계산서 내용(공급가액, 날짜, 이체내역 등)을 일치시키면 된다는 생각에 FFF에게 이체를 하지 않고 전부 쟁점매입처와 일치시켰으며, 추후 청구법인은 동 거래내용의 경우 가공거래가 아닌 실체는 존재하는 위장거래로 들었다. 또한, 청구법인은 쟁점매입처로부터 2016.11.8. 00,000천원(공급가액)과 12.11. 00,650천원(공급가액) 등 총 00,650천원(공급가액) 상당의 전자세금계산서를 발급받았는데, 이와 관련하여 금융이체내역이 전부 존재한다.

(2) GGGG 보수공사 (가) 청구법인은 GGGG 사우나입식샤워장 벽체 교체공사건과 관련하여 EEEE과 표준도급계약서 작성ㆍ계약을 체결하여 공사를 진행한 후, 2016.2.24. 00,700천원 및 4.25. 0,300천원 합계 00,000천원으로 전자세금계산서를 발행하였는데,

• 공사내용으로는 남자입식사우나 14개소, 여자입식사우나 6개소 및 좌식 3개소 벽체보수공사를 하였으며, 이는 보수공사 현장설명서와 견적서, 그 내역서를 보면 구체적으로 확인이 가능하다.(생략) (나) 청구법인의 대한시설물유지관리협회에서 확인된 2016년도 건설공사 기성실적내역표를 보면 실적연번 46, 47번에서 확인이 되며, 이 내역표에서도 EEEE과의 공사가 여러 건이 존재함을 알 수 있는데, 공사일보에서는 2017.1.2.를 시작으로 이 당시 청구법인의 대표인 LLL이 작성하였으며, 공사일보 일자마다 사진대지가 각각 첨부되어 있음이 확인되며, 위 두 건의 공사와 관련해서는 실질공사가 있었음을 확인하는 EEEE 직원 ○○○, ○○○의 확인서도 존재한다.(생략) (다) (쟁점매입처와의 하도급거래) 이 공사건 또한 오야지인 FFF이 실제 현장공사를 진행하였으며, 관련 매입세금계산서도 FFF이 쟁점매입처로부터 수취한 것으로 명세서상의 총 공급가액은 00,100천원으로 첨부된 금융이체내역과도 일치함을 알 수 있다.

(3) ○○ HHHH 아파트 ○○○○외 4세대 보수공사 (가) 청구법인은 ○○ HHHH아파트 ○○○○외 4세대 보수공사와 관련 JJJJ으로부터 하도급받아 공사를 진행하였는데(매출세금계산서는 JJJJ의 사정으로 발행하지 못하였다), 실제공사를 확인하는 각 입주자의 성명은 아래와 같으며, 첨부된 사진은 각 아파트내부관련 보수공사내역이고, 이 공사와 관련 발주기업인 JJJJ의 ○○○ 팀장의 확인서를 첨부한다.(생략) (나) (쟁점매입처와의 재하도급거래) 이 공사 또한 오야지 FFF이 실제 공사를 진행하였으며, 완료 후 쟁점매입처로부터 매입세금계산서를 수취하였으며, 첨부되는 금융이체내역도 매입세금계산서 수취금액인 00,720천원(공급가액)과 일치한다.

(4) 이와 같이 청구법인은 시설물유지관리업(전문면허건설업)을 영위하는 법인으로 주로 발주자와 원도급계약을 맺고 필요에 따라 하청을 주고 있는데, 위 세 건의 공사는 모두 실질공사가 이루어진 부분으로, EEEE에서도 ○○ DDDD 보수공사나 GGGG 내 샤워장 보수공사는 실제로 공사가 진행되었음을 확인하는 직원도 있고, EEEE과는 계속ㆍ반복적으로 공사가 진행되고 있으며, ○○ HHHH 아파트 보수공사건도 각 입주자의 확인과 사진이 존재하는바, 설령 오야지 FFF과 실제 계약하여 공사를 진행하였고, FFF이 미등록사업자라 쟁점매입처로부터 세금계산서를 수취한 부분이 잘못된 부분이라 할지라도, 이 건은 가공거래가 아닌 실질공사가 존재하는 위장거래라고 볼 것인데, 쟁점매입처가 가공업체로 조세범처벌법에 따라 처벌을 받았다 하여 실제 존재하는 공사를 무시하고 이를 전부 가공으로 보는 것은 무리가 있고, 쟁점매입처의 판결문(○○○○9460, 2019.11.26. 선고)의 범죄일람표(허위발급)를 보더라도 청구법인과 일치하는 날짜는 하나도 없다.

(5) 따라서, 청구법인의 쟁점매입거래가 가공거래라 하면, EEEE앞으로 발행한 청구법인의 매출세금계산서도 가공이라고 볼 수 있을 것이고, ○○센트럴뷰 아파트도 존재하지 않아야 할 것이다. 실제 공사를 진행한 FFF으로부터 실제 매입세금계산서를 받지 못한 점은 인정하나, 하지도 않은 공사를 했다고 하여 이렇게 주장하는 것은 아니므로 국가 또한 존재하는 공사를 부인하고 위장거래가 아닌 가공거래로 판단하는 것도 무리가 있는 것으로 이 부분 청구법인은 너무나 억울하다.

  • 나) 청구법인이 추가로 제기한 주장은 다음과 같다.

(1) 실거래처는 따로 있으나 세금계산서를 사실과 달리 수취하여 매입세액불공제는 맞으나 법인의 손금은 실재이므로 손금은 인정해 주어야 한다. EEEE과 연속하여 거래를 하고 있어 세금계산서발행에 있어 수시로 이루어지기 때문에 날짜는 정확히 맞지 않으며, 업무의 특성상 계약한 부분과 실제 공사를 진행하다 보면 추가적으로 보수공사가 이루어지는 등 딱히 날짜를 맞출 수 없는 게 현실이다. 참고로, 상대거래처인 EEEE에게 사실확인은 언제든 가능하다.

(2) JJJJ으로부터 하청을 받아 공사한 부분이나 JJJJ에서 합병 문제로 세금계산서 발행을 보류해 달라는 요청을 받고 발행하지 않았으며, 이에 대한 청구금액은 아직도 미수금으로 남아 있으며, ○○의 아파트공사 또한 사실이다.

  • 다) 처분청 주장 (1) 쟁점매입처는 2016.7.14. 개업하여 2017.7.27.자로 직권폐업된 사업자로, 조사청의 조세범칙조사 결과 2016.2기 및 2017.1기 중 수수한 매출․매입 세금계산서에 대하여 전액 가공확정 되어조세범처벌법제10조 제3항 제2호에 의거 고발된 업체로, 청구법인은 실제 하자보수공사는 제3자(FFF)에게 하도급을 맡겨 진행하였으나 쟁점매입처에 정상적으로 대금지급을 하였고, 하자보수공사 또한 실제로 진행된 것으로 쟁점매입처관련 법원판결문(○○○○9460, 2019.11.26. 선고)에 청구법인과의 범죄사실이 포함되어 있지 아니한 점 등을 들어 위장거래임을 주장하고 있다. (2) 하지만, 쟁점매입처는 인건비 지출이 필수적으로 수반되는 건설업(인테리어)을 주업으로 하고 있음에도 관련 지급명세서 등의 제출내역이 없고, 사업자등록 기간 중인 2016년 ~ 2017년 귀속에 대한 부가가치세 및 종합소득세 등을 무신고 하였을 뿐 아니라, 사업자등록 시 제출된 임대료 관련 대금 지급내역도 확인되지 않는 등 실제 사업을 영위하지 않은 것으로 판단된다는 내용이 조사청의 조사보고서에 적시되어 있는 점과 쟁점매입처의 세금계산서 수수 내역을 살펴보면 사업자등록기간 중 세금계산서 발행금액과 세금계산서 수취금액이 현저하게 차이나는 점 등을 고려할 때, 정상적으로 사업을 영위한 것으로 볼 수 없다.(생략)

(3) 쟁점매입처의 세무조사 당시 청구법인은 쟁점매입금액에 대한 거래사실 확인요청을 받고 거래명세서, 입금표 등을 회신하였으나, 조사청은 금융거래내역 조사결과 청구법인으로부터 대금을 입금 받은 즉시 현금대체거래나 CCC, ○○○, △△△ 및 기타 불특정인에게 이체되는 등 금융거래가 정상적이지 않은 것으로 확인하였고, 쟁점매입처의 매출에 상당하는 매입이 없어 전액 거짓 세금계산서를 발행한 것으로 보아 가공거래로 확정하였는데, 이러한 청구법인과 쟁점매입처 간에 이루어진 자금거래 내역의 형태(입금 직후 다른 계좌로 이체되거나 현금으로 출금하는 방식)는 금융기관에 보고되는 것을 피하기 위해 이루어지는 전형적인 자료상의 금융거래 형태와 유사하다.

(4) 또한, 청구법인은 EEEE 및 JJJJ으로부터 수주받은 하자보수공사에 대하여 청구법인이 직접 공사하지 아니하고 제3자(FFF)에게 하도급을 맡겨 진행하면서 해당 거래금액에 대한 매입세금계산서를 쟁점매입처로부터 발급받았다고 주장하나, 아래와 같이 원도급자에게 발행한 매출세금계산서 금액보다 쟁점매입처로부터 수취한 매입세금계산서의 금액이 더 과다하거나(○○ DDDD 보수공사의 경우), 공사별 매출 대비 이익률이 상이한 것으로 확인되는 등 일반적인 하도급거래와 수익 구조가 달라 실제 거래가 있었다고 보기 어렵고, 청구법인은 EEEE과는 계속된 거래로 매입ㆍ매출비율이 맞지 않을 수 있다 주장하나, 청구법인이 제출한 건설공사 기성실적내역표의 EEEE(원도급자)과의 거래 중 어떤 공사가 쟁점매입처와 하도급으로 진행된 공사인지 여부도 불분명하다.

(5) 당초 청구법인은 선의의 거래당사자임을 주장하다 과세전적부심사청구시 JJJJ(원도급자)과의 거래는 가공거래로, EEEE(원도급자)과의 거래는 위장거래인 것으로 쟁점을 변경하였다가, 과세전적부심사청구가 불채택결정된 후, 이 건 심사청구시에는 쟁점매입거래 모두를 위장거래라고 주장하고 있으며, 심사청구시 추가로 제출된 서류 역시 과세전적부심사청구시 제출한 증빙서류와 동일한 것인데, 이는 원도급자와의 거래에 관한 내용일 뿐 청구법인이 실제로 제3자(FFF)와 거래가 이루어졌는지 확인할 수 있는 자료가 아니며, 청구법인이 쟁점매입거래가 위장거래임을 주장하려면 적어도 쟁점매입처에서 FFF에게 이체한 내역 등 관련 증빙자료 등에 의해 확인되어야 하나, 이에 관련 증빙서류 등이 제출된 바 없이 사인간에 임의로 작성한 확인서로 쟁점매입거래가 실거래임을 주장하는 것은 구체적인 증빙서류에 의한 주장이라고 볼 수 없다(심사-소득-2014-0109 참조) (생략)

(6) 일반적으로 과세요건사실에 관한 입증 책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 납세자가 이를 적용함에 적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한, 이를 위법한 처분으로 단정할 수 없는 것으로(대법원2002두6392, 2002.11.13 참조) 이 건과 같이 대금지급과 관련한 자금거래 내역이 비정상적이고, 쟁점매입처의 신고내역 및 수익구조 등 제반 사정이 실제 사업을 영위한 것으로 볼 수 없는 이상, 청구법인이 제출한 자료만으로 실제 거래하였다고 인정할 수는 없으며, 쟁점매입거래는 실제 거래사실 없는 가공거래로서 부가가치세 매입세액을 불공제하는 한편, 법인의 소득금액 계산시 손금불산입함은 타당하다.

10. 청구법인이 쟁점매입거래 관련 실제공사를 하였다고 주장하는 FFF은 사실확인서를 2회 제출하였는바, 각 확인서의 내용은 다음과 같다.

  • 가) 청구법인이 심사청구 당시 제출한 FFF의 사실확인서(생략)
  • 나) 심리일 현재 다시 제출한 FFF의 사실확인서(생략) 다) 당초 심사청구 당시 제출한 확인서에는 공사내용 중 ○○ HHHH 아파트 보수공사내용이 없었으나, 추가로 제출한 확인서에는 기재 되어 있으며, 작업자 등도 나와 있다.
  • 라. 판단

1. 관련규정 등

  • 가)부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 “부가가치세법”이라 한다) 제32조 제1항에서는 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(1호), 공급받는 자의 등록번호(사업자가 아닌 경우에는 고유번호 또는 주민등록번호)(2호), 공급가액과 부가가치세액(3호), 작성 연월일(4호) 등(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.’라고 규정하고 있다. 나) 부가가치세법 제39조 제1항 제1호 에서는 ‘매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액에 대하여는 매출세액에서 공제하지 아니한다.’라고 규정하면서, 같은 항 제2호에서는 ‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액에 대하여는 매출세액에서 공제하지 아니한다.’라고 규정하고 있다.
  • 다)법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 “법인세법”이라 한다) 제19조에서는 ‘손금이란, 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로(1항), 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것(2항)’이라고 규정하면서, 같은 법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1호에서는 “판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용”을, 제22호에서는 “그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액”을 손비로 규정하고 있다.
  • 라) 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 ‘과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우’를 가리키는 것이므로(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재한다 하더라도 그 공급주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 세금계산서도 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다.

• 이때 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 참조). 마) 한편, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 서울고등법원2015누43232, 2015.11.17. 판결 참조)

2. 쟁점매입금액을 가공매입으로 보아 과세한 처분의 당부에 대하여

  • 가) 먼저, 쟁점매입금액과 관련하여 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지에 대하여 살펴보면, 관련 법리와 다음의 여러 사정을 고려할 때, 쟁점매입금액관련 수취한 매입세금계산서를 공급자 등이 다르게 기재된 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제한 처분청의 처분은 정당하다. (1) 청구법인은 2016년 ○○DDDD 보수공사와 GGGG 보수공사는 EEEE로부터, 같은 해 ○○ HHHH 아파트 ○○○○외 4세대 보수공사를 JJJJ으로부터 하청을 받아 해당 공사를 모두 FFF(67년생, 미등록사업자)에게 재하청을 주고 공사를 진행하였으나, 실제는 쟁점매입처로부터 2016.2기 2매 00,650천원, 2017.1기 3매 00,820천원 상당의 매입세금계산서를 수취하였음을 인정하고 있다. (2) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에 의하면, 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 세금계산서 작성연월일 등’ 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 교부받는 경우에는 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않도록 하고 있는바, 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입금액 관련 세금계산서는 공급자가 달라 전부 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 청구법인이 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 공제받을 수 없는 것이므로(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 참조), 처분청이 쟁점매입금액관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다. 나) 다음으로, 쟁점매입금액을 법인세 소득금액계산 시 손금불산입한 처분에 대하여 살펴본다. 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, EEEE과 관련된 공사부분 매입금액 00,750천원 상당의 금액은 손금으로 인정함이 타당하나, 나머지 금액 00,720천원 상당의 금액은 공사수행 사실에 대한 신빙성이 없어 손금으로 인정해달라는 청구주장을 받아들이기 어렵다. (1) 청구법인은 2016년 ○○DDDD 보수공사와 GGGG 보수공사는 EEEE로부터, 같은 해 ○○ HHHH 아파트 ○○○○외 4세대 보수공사를 JJJJ으로부터 하청을 받아 해당 공사를 모두 FFF(67년생, 미등록사업자)에게 재하청을 주고 공사를 진행하였다고 주장하면서 공사대금은 세금계산서를 교부한 쟁점매입처 계좌로 입금하였다고 주장하고 있다. (2) 첫째, EEEE과의 거래와 관련이 있다고 주장하는 매입금액 2016.2기 2매 00,650천원과 2017.1기 1매 00,100천원 합계 00,750천원의 손금인정 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 EEEE과 연속적인 거래를 하고 있음이 관련 매출세금계산서 발행내역(P.17 참조)과 같이 알 수 있고, 관련 보수공사를 하려면 공사인부를 사용함은 당연하여 인건비 등 공사비용 발생은 당연한 것으로 여겨지나(서울고등법원2015누43232, 2015.11.17. 판결 등 참조), 쟁점매입처외 관련 공사증빙서류(세금계산서 등)를 수취한 것은 보이지 않는다. (나) 그런데, 조사청이 쟁점매입처를 고발한 사건(사건번호 ○○지방검찰청 ○○○○ 형제89954호)에서 검찰은 쟁점매입처의 실제운영자인 CCC을 전체 매출ㆍ매입세금계산서 중 일부에 대해서만 기소하였고, 법원의 1심판결(○○지방법원 ○○○○9460, 2019.11.26. 선고, 2심 ○○지방법원 ○○○○4118, 2020.6.12. 선고, 상소포기로 종국)에서는 검찰이 기소한 범죄 중 매출세금계산서 25회 000,291,140원 상당의 허위발행과 매입세금계산서 1회 0,845,455원 상당의 허위 수취에 대하여 가공거래로 유죄확정 되었다. (다) 그리고, 청구법인이 제출한 금융이체내역, FFF의 사실확인서, EEEE 직원의 사실확인서 등에 의해 관련 공사비용을 지출하였음이 확인되므로 이 부분에 대한 공사비용 00,750천원은 손금으로 인정해 줌이 타당하다(설령 공사건별로 매입세금계산서 금액이 매출세금계산금액보다 많을 수는 있으나, 이는 청구법인 주장과 같이 연속적인 거래에서 나타나는 사안으로 EEEE과의 보수공사와 관련하여 발생한 공사비용을 부인할 정도는 아닌 것으로 보인다).

(3) 둘째, JJJJ과의 거래와 관련 있다고 주장하는 매입금액 2017.1기 2매 00,720천원에 대하여 살펴본다. 청구법인은 JJJJ과 2016.1.15., 2016.2.26. 거래한 것외에 그 이후부터 계속하여 연속되는 거래는 확인되지 않고 있고, 청구법인이 JJJJ에 제출한 관련 공사견적서를 보면 작성일이 2016년인 것으로 보아 최소한 2016년에 착공한 것을 알 수 있으나, 청구법인이 쟁점매입처로부터 매입세금계산서를 받은 시기는 2017.3.29.과 2017.5.31.로 공사시기와 세금계산서 작성일간에 괴리가 있어 당해 거래의 신빙성이 높아 보이지 않는바, JJJJ과의 보수공사 관련 매입금액으로 주장하는 00,720천원을 손금으로 인정해 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

  • 다) 따라서, 쟁점매입금액관련 부가가치세 매입세액 불공제는 정당하고, 쟁점매입금액 중 EEEE로부터 하도급받아 진행한 공사와 관련이 있는 공사비용 00,750천원은 손금으로 인정해줌이 타당하나, 나머지 비용 00,720천원은 그 신빙성이 없어 손금으로 인정하기 어려워 이 부분 청구주장은 받아들이기 어렵다.
5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)