부외철거비용 인정 여부

○○세무서장이 2020.3.31. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 000원의 부과처분은

1. 쟁점 부외철거비용 000원을 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2000.3.20. 설립되어 자산유동화업을 영위하는 외국법인의 국내지점으로, 2012.11.28. ○○ ○○시 ○○동 산00-00 등 23필지 토지 418,726㎡ 중 377,867.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 경매로 취득하였다.
• 나. 청구법인은 2013.9.23. 위 23필지 토지 중 14필지 토지 398,769㎡(청구법인 소유면적 365,185.9㎡와 공유자 소유면적 33,583.1㎡을 합한 면적이며, 이하 “당초 매매대상토지”라 한다)를 ㈜AAAA(이하 “양수법인”이라 한다)에 000원에 매매하는 계약을 체결(이하 “당초 매매계약서”라 한다)하였는데, 그 계약내용에는 ‘청구법인이 매매대상지 위 지상건축물의 철거를 완료하고 철거비용을 청구법인이 부담하는 조건’과 ‘청구법인이 청구법인의 비용으로 매매대상지내의 공유자 소유지분을 확보하여 양도하는 조건’이 있었다.
• 다. 이후 2014.4.17. 청구법인과 양수법인은 매매대상 목적물을 ‘쟁점토지’로 변경하는 계약을 체결(이하 “변경 매매계약서”라 한다)하였는데, 그 계약내용에는 ‘청구법인이 매매대상지 위 지상건축물의 철거를 완료하고 철거비용을 청구법인이 부담하는 조건’과 ‘청구법인의 책임으로 매매대상지내 공유자 소유면적에 대해 양수법인과 공유자간 교환계약을 체결할 수 있도록 하여야 하는 조건’이 있었다.
• 라. 청구법인은 2014.4.22. 양수법인의 요청으로 중도금 및 잔금을 수령하지 않은 상태에서 변경 매매계약서상 매매대상 목적물인 쟁점토지를 양수법인에 소유권 이전등기를 경료해주었으나 중도금 및 잔금을 수령하지 않아 2014사업연도 법인세 신고시 쟁점토지 매매대금에 대하여 신고누락하였다.
• 마. 이후 청구법인과 공유자는 2015.3.24. 위 23필지 토지에 있는 공유토지 14필지에 대하여 공유토지 8필지의 양수법인 소유면적(이전 청구법인 소유면적) 12,605.7㎡와 공유토지 6필지의 공유자 소유면적 33,638.4㎡을 교환하고 청구법인이 공유자에게 000원을 지급하기로 합의서를 작성하였고, 이후 합의서 내용대로 2015.3.31. 공유토지 6필지의 공유자 소유면적 33,638.4㎡의 소유권이 양수법인에 이전되었고, 2015.5.28. 공유토지 8필지의 양수법인 소유면적 12,605.7㎡가 공유자에 이전되었다.
• 바. 한편, 청구법인은 2013.8월부터 12월까지 3차례에 걸쳐 ㈜BBBB(이하 “청구외법인”이라 한다)과 매매대상지 위 지상건축물의 철거공사 도급계약 및 추가공사 계약을 체결하고, 2013.10.22.부터 2016.5.17.까지 공사대금 000원을 지급하였으나, 이 중 2015.4.1.부터 2016.5.17.까지 지급한 000원(이하 “쟁점 부외철거비용”이라 한다)은 세금계산서 미수취 및 장부계상 누락하였다.
• 사. 처분청은 쟁점토지 매매대금 신고누락에 대한 해명안내 결과, 청구법인이 소명한 내용 중 매매대상지 위 지상건축물의 철거공사(이하 “쟁점 철거공사”라 한다)와 관련하여 장부계상 누락한 쟁점 부외철거비용(000원)을 손금으로 추인하지 않고(쟁점①), 2014사업연도 쟁점토지 양도가액을 산정함에 있어 쟁점토지 매매대금에서 차감할 공유자 소유지분 확보비용 상당액을 쟁점토지(23필지 377,867.3㎡)와 양수법인의 소유로 확정된 공유자의 소유지분(6필지 33,638.4㎡)을 대상으로 안분계산함으로써 2014사업연도 쟁점토지 양도가액 000원을 익금산입하고(쟁점②), 취득가액 및 취득세 000원을 손금산입하여 2020.3.31. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 000원을 경정․고지하였다. 이후 처분청은 2021.11.24. 위 안분계산 과정에 착오 계산한 사실을 발견하여 2014사업연도 양도가액을 000원으로 000원 감액하여 법인세 000원을 감액경정하였다(이로써 2020.3.31.자 2014사업연도 법인세 부과처분은 000원으로 감액․경정되었는바, 이하 ‘이 건 부과처분’이라 한다).
• 아. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2020.12.9. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 2014사업연도에 쟁점 철거공사가 완료되었으므로 쟁점 부외철거비용을 2014사업연도 손금으로 인정하여야 한다. 1) 청구법인은 청구외법인과 쟁점 철거공사와 관련하여 아래와 같이 철거공사 도급계약을 체결하였다. <표1> 청구법인과 청구외법인이 체결한 철거공사도급계약 (기재 생략) 2) 청구법인은 쟁점 철거공사 대금으로 2013년부터 2016년까지 총 000원(부가가치세 포함, 이하 철거공사 지급액은 ‘부가가치세 포함’임)을 지급하였다. 이중 2014년까지 지출된 금액이 4,037,792천원이고 2015년과 2016년에 지출된 금액이 000원(쟁점 부외철거비용)이다. 쟁점 철거공사는 2014사업연도에 완료되었으므로 철거비용 중 2015년과 2016년에 지출된 000원도 2014사업연도 철거비용으로서 손금으로 인정되어야 한다. 3) 처분청은 항공사진을 근거로 2015년 이후에도 철거공사가 진행되었다고 주장하면서 상기 2015～2016년 지급된 비용에 대하여 손금으로 인정을 하지 않았으나, 항공사진상 철거가 완료되지 않은 것처럼 보이는 것은 공사계약서상 지상구축물(주차장 시설 등)은 철거 완료하였으나 지하에 매립되어 있었던 예상하지 못한 폐기물이 대량으로 쏟아져나와 이에 대한 처리가 2014년 말까지 완료되지 않아서 그런 것이다. 4) 폐기물에 대한 건은 철거공사계약과 관련이 없는 것이어서 청구법인은 2016년에 별도의 폐기물 처리업체와 폐기물 처리에 대한 계약을 체결하여 폐기물을 처리하였다. 5) 청구법인은 2014년 당시 자금사정이 좋지 않아 철거비용을 공사계약서 내용에 맞춰 제대로 지급을 못하고 있었다. 이에 철거회사인 청구외법인은 청구법인에게 청구법인 소유토지에 대한 근저당권 설정을 요구하여 공사계약서상 공사가 완료되지 않은 2014.1.28.에 설정계약을 하여 2014.2.17.에 ○○시 ○○동 000 외 4필지에 근저당권을 설정한 사실이 있다. 6) 상기 철거공사계약서 내용을 보면 공사기간이 제일 긴 것이 2014.3.31.까지이고, 청구외법인이 ○○시청에 제출한 ‘특정공사 사전신고서’와 ‘비산먼지 발생사업 신고서’를 보더라도 쟁점 철거공사는 2014.3.31.까지이다. 더구나 청구외법인은 사실상 공사를 완료한 후 공사대금 지급을 요구하면서 공사현장에 대하여 유치권을 행사하고 있었음이 청구법인과 청구외법인 간에 2015.3월에 작성한 ‘확인서’에 의해 확인된다. 청구법인은 위 확인서 2번 항목에 따라 2015.4.1.에 000원을 청구외법인에 지급하였는바, 확인서의 내용과 이러한 대금 지급 사실을 보더라도 2015년～2016년에 지급한 금액은 2014사업연도 공사비용이라는 사실을 알 수 있다. 7) 위와 같이 철거공사계약서, 청구외법인이 시청에 제출한 서류, 청구법인과 청구외법인 간에 작성된 유치권 행사 관련 확인서 등에 의해 2015년～2016년에 지급한 금액의 손금 귀속사업연도가 2014사업연도임이 명백하다. 8) 처분청은 단순히 항공사진의 상황만을 근거로 철거가 완료되지 않은 것으로 판단하였으며, 2015년～2016년 지급한 쟁점 부외철거비용(계좌이체와 수표로 지급)에 대하여 2014사업연도 귀속인지 여부를 전혀 확인조차 하지 않았다. 과세에 있어서 이런 결정적인 사안에 대하여 전혀 확인조차 하지 않고 항공사진상의 상황만을 근거로 자의적인 판단으로 2015년～2016년에 지급한 쟁점 부외철거비용이 2014사업연도 귀속이 아니라고 단정하면서 과세함은 부당하다. 9) 설령 처분청이 주장하는대로 2015년 이후에도 철거공사가 진행되었다고 하더라도, 상기 부동산매매로 인한 청구법인의 수익은 부동산 매매대금이고 그에 대응하는 비용은 부동산 취득원가와 철거비용 그리고 공유지분 확보비용이므로 ｢법인세법 기본통칙｣ 14-0…2(기간손익계산원칙)에 따라 수익․비용 대응의 원칙을 적용하여 매매대금 중 2015년～2016년에 지급한 쟁점 부외철거비용에 해당하는 금액을 이후 사업연도로 이월하고 2014사업연도 법인세를 경정함이 타당하다.
• 나. 2014사업연도 양도가액을 산정함에 있어 매매대금에서 차감할 공유지분 확보비용 상당액은 당초 매매대상토지의 청구법인 소유지분(14필지 365,185.9㎡)과 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 대상으로 안분계산하여야 한다. 1) 청구법인이 양수법인과 2013.9.23. 체결한 당초 매매계약서상 내용을 보면, 청구법인은 양수법인에 당초 매매대상토지인 14필지 398,769㎡(청구법인 소유면적 365,185.9㎡와 공유자 소유면적 33,583.1㎡을 합한 면적)를 000원에 매매하되, 청구법인이 당초 매매대상토지에 있는 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 청구법인의 비용으로 확보하여 양수법인에 인도하는 조건이었다. 이후 2014.4.17. 변경된 매매계약서에서는 쟁점토지를 양수법인에 양도하되, 그 중 공유지분이 있는 14필지에 대하여 청구법인의 책임으로 9필지의 청구법인 소유면적 12,681.4㎡와 5필지의 공유자 소유면적 33,583.1㎡를 교환하는 계약을 통하여 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)를 확보하도록 하였는바, 이는 당초 매매대상토지 중 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 확보하는 방법만 달리 하였을 뿐 결과적으로 당초 매매계약서상의 매매대상토지를 매매하는 것과 차이가 없다. 2) 청구법인은 2014년 말까지 공유자의 소유지분을 확보하지 못하였고, 청구법인은 2015.3.24. 공유자와 공유지분 정리와 관련한 합의서를 작성하고 합의서 내용에 따라 공유자의 소유지분을 확보하여 양수법인에 인도하였으며, 공유자 소유지분 확보에 대한 비용으로 청구법인은 공유자에게 총 000원을 지급하였다. 3) 2014사업연도 법인세 결정은 2014사업연도말을 기준으로 결정함이 타당하고, 2013.9.23.자 당초 매매계약서 및 2014.4.17.자 변경 매매계약서에 따라 양수법인이 실제 매수하는 토지는 당초 매매대상토지이므로, 2014사업연도 양도가액을 산정함에 있어 부동산 매매대금에서 차감할 공유자 소유지분 확보비용 상당액은 양수법인이 매수하는 당초 매매대상토지 중 청구법인 소유지분(14필지 365,185.9㎡)과 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 대상으로 안분계산하여 산정함이 타당하다. 4) 설령 처분청이 공유자 소유지분 확보비용 상당액을 산정한 것처럼 합의서에 의해 확보한 공유자 소유지분(6필지 33,638.4㎡)를 기초로 안분계산하는 것이 맞다고 한다면, 합의서에 의해 최종적으로 양수법인의 소유로 확정된 청구법인 소유지분(15필지 365,261.6㎡)과 공유자 소유지분(6필지 33,638.4㎡)을 대상으로 안분계산함이 타당하다.

• 가. 쟁점 부외철거비용의 귀속사업연도 및 적정성 여부 1) ｢법인세법｣ 제40조 제1항 은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고 있는바, 쟁점 철거공사의 경우 작업진행률을 추정할 수 없고 항공사진상 실제 철거공사가 2015사업연도 이후에도 계속된 점에 비추어 보면, 쟁점 부외철거비용은 2014사업연도말 권리의무가 확정되지 않은 미확정 비용으로서 2014사업연도 손금으로 볼 수 없다. 2) 또한, 쟁점 부외철거비용은 회계장부에도 계상하지 않았을 뿐 아니라 적격증빙 미수취 및 개인통장으로 거래하는 등 제출된 증빙만으로는 쟁점토지 양도와 관련성 및 신빙성이 부족하여 손금으로 인정하기 어렵다. 3) 한편, 청구법인은 매매대금에서 쟁점 부외철거비용에 해당하는 금액을 차감하여 2014사업연도 양도가액을 산정하여야 한다고도 주장하나, 법인이 건축물과 부수토지 중 토지만을 양도함에 있어서 계약조건에 따라 그 지상 건축물을 철거하는 경우에 당해 건축물의 철거 당시의 장부상 잔액과 철거비용을 그 철거일이 속하는 사업연도의 손비로 하는 것(법인46012-2502, 1998.9.5.)이므로 매매대금 중 쟁점 부외철거비용에 해당하는 금액을 이후 사업연도의 양도가액으로 이월하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
• 나. 2014사업연도 양도가액 산정시 매매대금에서 차감한 공유자 소유지분 확보비용 상당액의 계산이 적정한지 여부 1) ｢법인세법 시행령｣ 제68조 제1항 제3호 단서에 따르면, 상품 등 외의 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도로 하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2014.4.22. 변경 매매계약서상 매매대상 목적물인 쟁점토지를 양수법인에 소유권 이전등기를 해주었으므로 쟁점토지 매매대금의 귀속사업연도는 쟁점토지 소유권 이전등기일이 속하는 2014사업연도의 익금에 해당한다. 다만, 변경 매매계약서 계약내용을 살펴보면, 쟁점토지를 매매대금 000원에 양도하되, 청구법인의 책임으로 매매대상지내 공유지분에 대해 양수법인과 공유자간 교환계약을 체결할 수 있도록 하여 매매대상지내 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 양수법인이 취득하도록 하는 조건이 있었는바, 쟁점토지 매매대금에는 청구법인이 부담할 공유자 소유지분 확보비용 상당액이 포함되어 있으므로 쟁점토지 매매대금 중 공유자 소유지분 확보비용 상당액을 이후 사업연도의 익금으로 이월하고 2014사업연도 쟁점토지 양도가액을 산정하였다. 2) 2014사업연도 쟁점토지 양도가액을 산정함에 있어 쟁점토지 매매대금 중 이후 사업연도의 익금으로 인식할 공유자 소유지분 확보비용 상당액은 2014.4.17.자 변경 매매계약서에 따른 매매대상 목적물인 ‘쟁점토지’(23필지 377,867.3㎡)와 청구법인의 책임으로 ‘양수법인의 소유로 확보한 공유자의 소유지분’(6필지 33,684.4㎡)을 대상으로 안분계산하여 산정함이 타당하다. 3) 설령 청구법인 주장대로 2014사업연도말에는 2015.3.24.자 합의서가 존재하지 않으므로 2014사업연도말 계약내용에 따라 청구법인의 책임으로 확보할 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 기초로 안분계산하는 것이 맞다고 하더라도, 2014.4.17.자 변경 매매계약서에 따라 매매대상 목적물인 ‘쟁점토지’(23필지 377,867.3㎡)와 청구법인의 책임으로 ‘양수법인의 소유로 확보하여야 할 공유자 소유지분’(5필지 33,583.1㎡)을 대상으로 안분계산하여야 하므로, 이 경우 쟁점토지 매매대금 중 이후 사업연도의 익금으로 인식할 공유자 소유지분 확보비용 상당액이 더 적어 이 건 부과처분을 증액경정하는 청구법인에 불리한 결과가 되므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 1)

부외철거비용을 2014사업연도 손금으로 인정할 수 있는지 2) 2014사업연도 쟁점토지 양도가액 산정시 매매대금에서 차감한 공유자 소유지분 확보비용 상당액의 계산이 적정한지

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 3) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[괄호 생략]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)․인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 5) 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설․제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우 6) 법인세법 기본통칙 14-0…2【기간손익계산원칙】 각 사업연도소득을 계산함에 있어서 기간손익은 법에서 정하고 있는 경우를 제외하고는 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계의 기준 또는 관행에 따라 계산한다.

• 다. 사실관계 1) 기초 사실관계 가) 청구법인의 법인세 신고 및 손익계산서 내역 청구법인의 2013사업연도～2017사업연도 법인세 신고 및 손익계산서 내역은 아래 <표2>와 같으며, 쟁점토지 양도와 관련된 손익은 신고누락하였다. <표2> 청구법인의 2013사업연도～2017사업연도 법인세 신고 및 손익계산서 내역 (기재 생략) 나) 청구법인의 장부상 철거비용 및 폐기물처리비 계상 내역 청구법인의 2013사업연도～2017사업연도 지급수수료 계정별원장에 따르면, 청구외법인에 철거공사대금을 지급한 것으로 비용 계상한 금액은 아래 <표3>과 같이 2013사업연도 000원, 2014사업연도 000원, 합계 000원이고, 2015사업연도～2017사업연도 중에 청구외법인에 철거공사대금을 지급한 것으로 비용 계상한 금액은 없는 것으로 확인되며, 폐기물처리비를 지급한 것으로 비용 계상한 금액은 아래 <표4>와 같이 2014사업연도 000원, 2016사업연도 000원, 2017사업연도 000원, 합계 000원인 것으로 확인된다. <표3> 청구법인의 장부상 청구외법인에 철거공사대금을 지급한 것으로 비용계상한 내역 (기재 생략) <표4> 청구법인의 장부상 폐기물처리비를 지급한 것으로 계상한 내역 (기재 생략) 다) 처분청의 2014사업연도 법인세 경정결의 내역 처분청의 이 건 부과처분 내역은 아래 <표5>와 같으며, 처분청은 쟁점토지 매매대금 신고누락에 대해 청구법인이 소명한 내용 중 ① 쟁점 부외철거비용을 손금으로 인정하지 않고, ② 2014사업연도 쟁점토지 양도가액을 산정함에 있어 아래 <표6>과 같이 쟁점토지 매매대금에서 차감할 공유자 소유지분 확보비용 상당액을 ‘쟁점토지’(23필지 377,867.3㎡)와 ‘양수법인의 소유로 확정된 공유자 소유지분’ (6필지 33,638.4㎡)을 대상으로 안분계산하여 2014사업연도 쟁점토지 양도가액 000원을 익금산입하고, ③ 취득가액 등 000원을 손금산입하여 이 건 부과처분을 하였다. <표5> 처분청의 2014사업연도 법인세 경정결의 내역(이 건 부과처분) (기재 생략) <표6> 처분청이 산정한 2014사업연도 쟁점토지 양도가액 (기재 생략) ※ 청구법인이 주장하는 2014사업연도 쟁점토지 양도가액 청구법인은 2013.9.23.자 당초 매매계약서 및 2014.4.17.자 변경 매매계약서에 따라 양수법인이 실제 매수하는 토지는 ‘당초 매매대상토지’이므로, 2014사업연도 양도가액을 산정함에 있어 부동산 매매대금에서 차감할 공유자 소유지분 확보비용 상당액은 당초 매매대상토지의 청구법인 소유지분(14필지 365,185.9㎡)과 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 대상으로 안분계산하여야 하므로 2014사업연도 쟁점토지 양도가액은 000원이라는 주장임 ⇨ 2014사업연도 쟁점토지 양도가액 000원 감액 주장 <표7> 청구법인이 주장하는 2014사업연도 쟁점토지 양도가액 (기재 생략) 2) 쟁점 부외철거비용 관련 사실관계 가) 청구법인의 청구외법인과의 철거공사 도급계약 청구법인은 2013.8월경부터 청구외법인과 철거공사 도급계약을 체결하고 쟁점 철거공사를 진행하였는데, 도급계약서는 아래 <표8>과 같이 총 4차례에 걸쳐 작성되었으며 1차 도급계약서 작성 이후 공사면적 확장 관련 수정사항이 발생하여 1차 도급계약서를 무효화하고 2차 도급계약서로 수정 계약을 체결하였으며, 3차 및 4차 도급계약서는 추가공사 계약을 체결한 것으로 확인된다. <표8> 청구법인과 청구외법인이 체결한 철거공사 도급계약 (기재 생략) 나) 청구법인이 제출한 철거공사대금 지급내역 청구법인이 제출한 철거공사대금 지급내역에 따르면, 아래 <표9>와 같이 000원을 지급하였으며, 지급액 중 000원은 2013년 및 2014년에 세금계산서 수취 및 장부계상되어 있어 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없으나, 나머지 000원(쟁점 부외철거비용)은 세금계산서 미수취 및 장부계상 누락된 금액으로서 청구법인이 손금 추인을 요청하였으나 처분청이 이를 손금으로 추인하지 않았다. <표9> 청구외법인에 철거공사대금 지급내역 및 세금계산서 수취내역 (기재 생략) 다) 청구외법인에 대한 과세 및 불복 진행상황 (1) 처분청은 2020.11.26. 청구법인이 주장하는 부외철거비용(세금계산서 미수취분) 중 2016.5.17.자 000원과 2016.7.19.자 000원에 대해 매출신고과소 과세자료를 통보하였다. (2) ◇◇세무서장(청구외법인의 사업장 관할세무서장)은 수보한 과세자료에 대해 2016년 제1기 및 제2기 과세기간의 공사수입 신고누락으로 보아 청구외법인에 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 및 2016사업연도 법인세 과세예고 통지를 하였다. (3) ◇◇세무서장은 청구외법인이 제기한 과세전적부심사청구에 대한 심사결과 2016사업연도 공사수입금액으로 보아 과세전적부심사청구를 불채택 결정을 하고, 2021.8.19. 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 및 2016사업연도 법인세를 과세하였다. (4) 이에 대해 청구외법인은 이의신청을 제기하였으나 불복청구기간 도과를 사유로 각하 결정되었다. 라) 처분청은 쟁점 철거공사가 2015사업연도 이후에도 계속되었다고 주장하면서 그 근거로 2012년～2016년 촬영한 항공사진을 제출하였다. <항공사진> (기재 생략) 마) 쟁점 철거공사 관련 청구법인이 제출한 증빙자료 (1) 폐기물 처리 위․수탁계약서 청구법인은 항공사진상 2014사업연도까지 철거가 완료되지 않은 것처럼 보이는 것은 철거공사계약서상 지상구축물은 철거 완료하였으나 지하에 매립되어 있던 폐기물이 대량으로 쏟아져나와 이에 대한 처리가 완료되지 않은 것 때문이라고 주장하면서, 그 근거로 청구법인이 2016.6.9. 폐기물 처리업체인 ㈜CC와 체결한 ‘건설폐기물 수집․운반 및 처리용역 위․수탁 계약서’를 제출하였다. <건설폐기물 수집․운반 및 처리용역 위․수탁 계약서> (기재 생략) (2) 청구외법인의 작업일보 ㈎ 청구법인은 청구외법인이 2014.1.2.부터 2014.5.8.까지 작성한 쟁점 철거공사 관련 작업일보(110매)를 제출하면서, 2014.2.23.～2014.5.8. 기간의 작업일보상에 ‘현장 정리’ 작업이 기재되어 있고 2014.5.8. ‘현장 마무리’ 작업이 기재되어 있는 점을 근거로 2014.5.8. 사실상 쟁점 철거공사가 완료되었다고 주장하고 있다. ㈏ 청구외법인의 작업일보에 기재된 일자별 주요 작업내용을 정리한 내역은 아래 <표10>과 같으며, 2014.1.2.부터 2014.5.7.까지의 작업일보에는 명일작업란에 다음날 작업할 내용이 기재되어 있으나, 2014.5.8.자 작업일보에는 명일작업란에 다음날 작업할 내용이 기재되어 있지 않다. <표10> 청구외법인의 작업일보에 기재된 일자별 주요 작업내용 (기재 생략) <청구법인이 제출한 ‘청구외법인의 작업일보’ 중 일부 발췌> (기재 생략) (3) 청구외법인이 ○○시청에 제출한 철거공사 관련 신고서 청구법인은 청구외법인이 2013.11월경 ○○시청에 제출한 ‘특정공사 사전신고서’와 ‘비산먼지 발생사업 신고서’를 보면 철거공사는 2014.3.31.까지임을 알 수 있다고 주장하는바, ‘특정공사 사전신고서’에는 특정장비를 사용하는 공사기간이 ‘2013.11.1.～2014.2.28.’로 기재되어 있고, ‘비산먼지 발생사업 신고서’에는 공사기간이 ‘2013.10.1.～2014.3.31.’로 기재되어 있다. (4) 청구법인이 2015.3.31. 청구외법인에 제출한 ‘유치권 확인서’ 청구법인은 청구외법인이 사실상 공사를 완료한 후 공사대금 지급을 요구하면서 공사현장에 대하여 유치권을 행사하고 있었다고 주장하면서 청구법인과 청구외법인 간에 2015.3.31. 작성한 ‘유치권 확인서’를 제출하였다. 위 확인서에는 “청구법인은 철거 계약에 따른 금액을 완전히 정산하기 전까지 유치권을 행사하는데 이의가 없다”는 내용이 기재되어 있고, 위 확인서는 청구외법인이 2016.4.15. 청구법인에 내용증명으로 보낸 ‘계약 만료 통지 및 계약해지의 예고 통지의 회신’ 문건에 첨부한 적이 있는 문건인 것으로 확인된다. <청구법인이 작성한 ‘유치권 확인서’> (기재 생략) 3) 2014사업연도 양도가액 관련 사실관계 가) 이 건 부동산 매매계약 당시 소유내역은 아래 <표11>과 같다. <표11> (기재 생략) 나) 이 건 부동산 매매계약서 (1) 2013.9.23.자 당초 매매계약서 청구법인과 양수법인이 2013.9.23. 체결한 당초 매매계약서는 ‘당초 매매대상토지’ 14필지 398,769㎡(청구법인 소유면적 365,185.9㎡와 공유자 소유면적 33,583.1㎡)를 매매대상 목적물로 하고 있고, 계약조항 제6조에 청구법인이 당초 매매대상토지내 공유자 소유지분을 확보하여 양도하는 것으로 계약되어 있다. <당초 매매계약서 주요 내용> (기재 생략) (2) 2014.4.17.자 변경 매매계약서 ㈎ 청구법인과 양수법인이 2014.4.17. 체결한 변경 매매계약서는 매매대상 목적물을 쟁점토지로 변경하고, 계약조항 제6조에 “청구법인의 책임으로 매매대상지내 공유지분에 대해 첨부2와 같이 양수법인과 공유자간 교환계약을 체결할 수 있도록 하여야 한다”는 조건으로 변경하였으며, 그 외 내용은 2013.9.23. 체결된 당초 매매계약서와 동일하다. ㈏ 변경 매매계약서 첨부2에는 쟁점토지 23필지에 있는 공유토지 14필지에 대해 공유토지 9필지의 청구법인 소유면적 12,681.4㎡와 공유토지 5필지의 공유자 소유면적 33,581.1㎡를 교환대상지로 작성되어 있다. <변경 매매계약서 주요 내용> (기재 생략) ㈐ 변경 매매계약서 첨부2 교환대상지 목록은 아래 <표12>와 같으며, 교환 후 양수법인이 실제 소유하게 되는 토지는 당초 매매대상토지와 일치한다. <표12> 변경 매매계약서상 첨부2 교환대상지 목록 (기재 생략) 다) 2015.3.24.자 공유자와 작성한 ‘합의서’ (1) 청구법인과 공유자가 2015.3.24. 작성한 ‘합의서’에 따르면, 쟁점토지 23필지에 있는 공유토지 8필지의 양수법인 소유면적 12,605.7㎡와 공유토지 6필지의 공유자 소유면적 33,638.4㎡을 교환하고 청구법인이 공유자에게 70억원을 지급하는 것으로 작성되어 있다. <청구법인과 공유자가 2015.3.24. 작성한 ‘합의서’ 주요 내용> (기재 생략) (2) 합의서의 별지1, 별지2에 기재된 교환대상지 목록을 정리하면 아래 <표13>과 같으며, 합의서로 인해 교환 후 양수법인이 소유하게 되는 토지는 당초 매매계약서상 당초 매매대상토지 외에도 <표11>의 15번 토지(○○동 산00-00)을 양수법인이 소유하게 되는 것으로 합의되었다. <표13> 합의서상 별지1, 별지2의 교환대상지 목록 (기재 생략) 라) 이 건 부동산 매매계약 및 합의서에 따른 소유권 이전내역은 아래 <표14>와 같다. <표14> (기재 생략) 마) 청구법인이 공유자에게 지급한 금액 등 (1) 청구법인이 제출한 금융증빙에 따르면, 청구법인은 공유지분 정리와 관련하여 공유자에게 아래 <표15>와 같이 000원을 지급하였다. <표15> 청구법인이 공유자에게 지급한 금액 (기재 생략) (2) 공유자는 양수법인과 2015.3.31. 합의서상 소유권 이전하기로 합의한 공유자 소유토지 6필지(<표13> 번호 1～6번 토지)의 공유지분을 000원에 매매하는 부동산 매매계약을 체결하였다. (3) 청구법인과 양수법인이 2015.3.31. 작성한 ‘부동산 매매대금 수령 확인서’에 따르면, 양수법인과 공유자가 체결한 매매계약서에 따라 매매대금 000원을 양수법인이 공유자에게 직접 지급하기로 하였으며, 이는 청구법인과 양수법인 간 체결한 변경 매매계약서에서의 토지매매대금 중 잔금 일부를 지급한 것으로 하였음이 확인된다. 바) 청구법인은 이 건 심리일 현재 매매대금 000원 중 000원을 수령하여 000원을 수령하지 못한 상태이고 000원을 못받고 있는 사유는 시공사인 DD건설과 시행사인 양수법인이 건설대금에 대하여 분쟁 중이어서 양수법인은 위 분쟁이 해결되어야 청구법인에 대한 잔금을 정산할 수 있다고 소명하였다.
• 라. 판단 1) 쟁점 부외철거비용의 2014사업연도 손금 인정 여부 가)

｢법인세법｣ 제40조 제1항 은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”라고, “제2항은 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제69조 제1항은 건설․제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 용역제공 완료일)이 속하는 사업연도까지 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하되, 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우에는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 용역제공 완료일)이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입하는 것으로 규정하고 있다. 나) 쟁점 부외철거비용의 2014사업연도 손금 인정 여부에 대한 판단 (1) 다음과 같은 사정에 비추어 쟁점 부외철거비용은 2014사업연도에 완료된 쟁점 철거공사의 공사대금 미지급금을 지급한 것으로서 2014사업연도의 손금에 해당된다고 판단된다.

① 처분청은 항공사진을 근거로 2015년 이후에도 철거공사가 진행되었다고 주장하나, 청구법인이 2016년에 폐기물 처리업체와 ‘폐기물 처리 위․수탁계약’을 체결하고 2016.5월～2017.11월 기간에 폐기물처리비 000원을 지급한 사실로 볼 때 철거공사는 완료되었으나 지하에 매립되어 있던 대량의 폐기물로 인해 항공사진상 철거공사가 완료되지 않은 것처럼 보이는 것이라는 청구법인의 주장이 신빙성이 있어 보인다.

② 청구외법인은 철거공사대금을 완전히 정산받지 못하여 공사대금 지급을 요구하면서 공사현장에 대하여 유치권을 행사하고 있었던 사실이 청구법인과 청구외법인 간에 2015.3.31. 작성한 ‘유치권 확인서’(2016.4.15.자 내용증명에 첨부된 문건)에 의해 확인된다.

③ 청구법인은 유치권 확인서상 2번 항목에 기재된 “수익권증서의 000원을 변제하고 나머지 계약금액에 대하여는 청구법인이 2015.10.30.까지 지급할 것”이라는 내용에 따라 2015.4.1.에 000원을 청구외법인에 지급한 점으로 볼 때 2015년～2016년에 지급한 쟁점 부외철거비용은 2014사업연도에 완료된 쟁점 철거공사의 공사대금을 지급한 것으로 보인다.

④ 철거공사 도급계약서, 추가공사 계약서 및 청구외법인이 관공서에 제출한 공사관련 신고서의 공사기간이 2014.3.31.까지이고 철거공사 도급금액이 000원인데, 청구법인이 2013.10월부터 2016.5월까지 지급한 철거공사의 공사대금이 000원이므로 쟁점 부외철거비용은 2014사업연도에 완료된 쟁점 철거공사의 공사대금 미지급금을 지급한 것으로 보인다. (2) 따라서, 이 건 부과처분 중 쟁점 부외철거비용을 2014사업연도 손금으로 인정하지 않은 부분은 부당하다고 판단된다. 2) 매매대금에서 차감한 공유자소유지분 확보비용 상당액의 적정 여부 가) 관련 법리 ｢법인세법｣ 제40조 제1항 에 따라 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 그 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고 이런 정도에 이르지 아니하여 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 확정되었다고 할 수 없다(대법원2003두14802, 2004.11.25. 판결 참조). 나) 공유자소유지분 확보비용 상당액의 적정 여부에 대한 판단 (1) 2014.4.17.자 변경 매매계약서 계약내용에는 쟁점토지를 매매대금 000원에 양도하되, 청구법인의 책임으로 매매대상지내 공유지분에 대해 양수법인과 공유자간 교환계약을 체결할 수 있도록 하여 매매대상지내 공유자 소유지분(5필지 33,583.1㎡)을 양수법인이 취득하도록 하는 조건이 있었는바, 변경 매매계상서상 매매대상 목적물은 쟁점토지이며, 쟁점토지 매매대금에는 청구법인이 부담할 공유자 소유지분 확보비용 상당액이 포함되어 있으므로 쟁점토지 매매대금 중 공유자 소유지분 확보비용 상당액을 이후 사업연도의 익금으로 이월하여 2014사업연도 쟁점토지 양도가액을 산정함이 타당하다고 하겠다. (2) 따라서 처분청이 2014사업연도 쟁점토지 양도가액을 산정함에 있어 쟁점토지 매매대금 중 이후 사업연도의 양도가액으로 인식할 공유자 소유지분 확보비용 상당액을 2014.4.17.자 변경 매매계약서에 따른 매매대상 목적물인 쟁점토지(23필지 377,867.3㎡)와 양수법인의 소유로 확보한 공유자의 소유지분(6필지 33,684.4㎡)을 대상으로 안분계산하여 산정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.