쟁점임야를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였는지 여부

가.청구종중은 성현봉사 등을 고유목적사업으로 하여 2019.11.18. 법인으로 보는 단체 승인을 받은 종중으로, 승인 이전인 2019년 3월부터 9월까지 청구종중 소유의 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 42-1 전 2,746㎡ 외 15필지를 양도하고 양도소득세 317,967천원을 예정신고‧납부하였다.

• 나. 청구종중은 2020.3.31. 토지양도로 인한 소득을 최초 사업연도 손익에 산입하여 2019 사업연도 법인세를 신고하면서, 양도 토지 중 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 44 임야 4,068㎡와 같은 리 44-1 임야 1,864㎡, 같은 리 44-2 임야 4,068㎡(이하 ‘쟁점임야’라 한다)는 청구종중이 고유목적사업에 사용한 토지로 그 양도차익이 과세소득에 해당하지 않는다는 이유로, 쟁점임야의 양도차익 314,200천원(양도가액 444,200천원 – 취득가액 130,000천원)을 손금산입하고, 법인세 산출세액 110,337천원에서 기납부한 양도소득세 등 317,994천원을 공제한 207,657천원을 환급세액으로 하여 신고하였다.
• 다. 처분청은 법인세 신고 내용을 검토한 결과, 청구종중이 쟁점임야를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아 쟁점임야의 양도차익 314,200천원을 익금산입하여 2020.9.10. 청구종중에게 법인세 환급신고세액 중 138,533천원에 대해 환급금 결정통지를 하였다.

• 가. 법인세법제4조 및 같은 법 시행령 제3조에 의하면 비영리 내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분수입은 과세소득에서 제외되는 것으로 규정하고 있다.
• 나. 청구종중은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 314에 재실을 두고 있으며, 쟁점 임야 등 선산에 분묘를 설치하고 매년 시제를 지내는 등 오랜 기간 고유한 업무를 수행하여 오던 중 2018년 초 ○○면 ○○리·○○리의 종중 토지를 처분하고 일대 선산에 산재한 선조들의 묘소를 재실 근처인 ○○시 ○○면○○리 산 33번지에 모으기로 하였다. 임야 양도시 최대의 걸림돌이 묘소 이장 문제였고, 선산에 묘소가 있으면 계약조차 할 수 없었기 때문에 임야를 양도하기 위해서는 분묘를 이장할 수밖에 없었다.
• 다. 이에 따라 청구종중은 쟁점임야(○○시 ○○면 ○○리 산44번지)와 ○○면 ○○리 산72번지에 소재한 선조 ‘유AA’과 ‘유B’의 묘소를 이장하게 되었는데, 위 임야는 과거 ‘한미산’으로 불리던 곳으로 연접하여 위치하고 있다.
• 라. 쟁점임야의 분묘를 이장한 후 2018.11.28. 계약서를 작성하고 2018.11.30. 계약금 1억원을 지급받았으나(당초 묘소 이장 후 계약하기로 함), 매수인의 요구에 따라 분할등기를 하는 등 등기이전에 필요한 조치를 한 후 2019.8. 계약서를 재작성하고 2019.9.5. 등기이전 되었다.
• 마. 청구종중은 성현봉사를 목적으로 2019.11.18. 법인으로 보는 단체 승인을 받은 비영리 내국법인이고, 쟁점임야는 위와 같이 종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이므로 그 처분이익을 손금에 산입하여 전액 환급 결정하여 주기 바란다.

• 가. 쟁점임야는 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 44 임야 10,000㎡에서 분할된 토지로, 분할 전 임야에 분묘 1기가 소재하였음이 확인되나, 해당 분묘의 주인이 누구인지를 확인할 수 있는 객관적 증빙이 제출되지 아니하였다.
• 나. 쟁점임야의 면적이 10,000㎡임에도 불구하고 누구의 분묘인지도 불명확한 분묘 1기가 소재하고 있다는 사정만으로 쟁점임야 전체를 청구종중이 고유목적사업을 위해 사용하였다고 단정할 수 없다.
• 다. 한편, 청구종중은 쟁점임야의 최초 매매계약일인 2018.11.28. 전에 이미 분묘를 이장하여 처분일 현재 지상에 분묘가 소재하지 않았음이 확인될 뿐만 아니라, 2019.8. 현재 쟁점임야에 가설휀스 설치 및 토목공사가 실시되었고, 양수인 주식회사 ◎◎◎ 등 3인이 쟁점임야 처분일로부터 수개월 전 ○○시장으로부터 개발행위 허가를 받은 사실이 확인되므로, 쟁점임야는 처분일 현재 성현봉사를 위한 선산으로서의 기능을 유지하고 있다고 볼 수 없다.
• 라. 쟁점임야는 비영리 내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 없어 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구종중이 쟁점임야를 처분일 현재 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였는지 여부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체 등】

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 2) 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】([2018.12.24-16008호] 일부개정)

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조제1항 에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조제1항 에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 2-1) 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】([2019.02.12.-29529호] 일부개정)

② 법 제3조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 고정자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

• 다. 사실관계

1. 기초사실

• 가) 청구종중은 2019.11.18. ○○세무서로부터 아래와 같이 법인으로 보는 단체의 승인을 받았으며, 별도의 수익사업은 없다. (표 생략)
• 나) 청구종중의 종중규약의 주요 내용은 다음과 같다. 제2조 (목적) 본 종중은 ☆☆ 유씨 ◇◇◇ 및 그 후예들의 유덕을 현양하며, 분묘, 별묘, 사당의 수호와 종손을 중심으로 그 유물 및 종중재산의 보존관리에 만전을 기하고 종중원 상호간의 친목을 도모함을 목적으로 한다. 제3조 (종중원) 본 종중은 ☆☆ 유씨 제11세손 ◇◇◇의 자손 중 19세 이상의 사람으로 구성한다. 제27조 (종중재산) 본 종중의 재산은 기본재산과 기타 재산으로 구분한다. <1> 본 종중의 기본재산은 선대로부터 전해 내려오는 토지, 임야, 분묘 부동산 및 총회에서 기본재산으로 정한 재산으로 구분된다. <2> 기본재산 이외의 재산은 기타 재산으로 분류한다. 제28조 (기본재산의 처분) <1> 본 종중의 부동산을 매도하거나 지상권, 지역권, 전세권 기타 제한물권을 설정할 때에는 이사회에서 출석이사 3분의2 이상의 찬성 또는 총회에서 출석 종중원 과반수의 찬성을 얻어야 한다. 종중총회의 찬성은 추인의 방법으로 할 수 있다. <2> 총회에서 정한 기본재산을 처분하는 경우에도 전항과 같다. 단 부동산 매도, 매수시에는 종손의 최종 승인을 받아야 한다. 제30조 (종중재산관리의 특칙) 종중재산 중 임야와 분묘, 재실 등은 종손으로 하여금 관리케 한다. 선대 제사 봉행 또한 종손이 주관한다.
• 다) 쟁점임야의 토지(임야)대장에 의하면 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 44 임야 10,000㎡에서 2019.3월 같은 리 44-1 임야 1,864㎡, 2019.5월 같은 리 44-2 임야 4,068㎡로 토지분할 되어 2019.9.5. 주식회사◎◎◎ 등에게 소유권 이전되었으며, 이후 대지 또는 도로로 지목이 변경되었다. (표 생략)
• 라) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구종중은 2019.8.26. 매매를 원인으로 2019.9.5. 주식회사◎◎◎ 등에게 아래와 같이 쟁점임야의 소유권이전등기를 경료한 사실이 나타난다. < 쟁점임야의 매매 내역 > (표 생략)
• 마) 양도소득세 예정신고 내용 청구종중은 2019년 3월부터 2019년 9월까지 양도된 쟁점임야 등 16필지의 토지 양도소득에 대해 2019년 귀속 양도소득세 317,967,472원을 예정신고 하였다. (표 생략)
• 바) 청구종중은 2019 사업연도 법인세 신고 시 쟁점임야의 양도는 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이라는 이유로 쟁점임야의 양도차익 314,200천원을 손금산입하여 207,657천원을 환급세액으로 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 위 신고내용을 검토한 결과, 고유목적 사업에 계속하여 3년 이상 사용하지 않은 고정자산의 양도차익을 손금산입한 오류가 있어 이를 경정(314,200천원 익금산입)하고 138,533천원을 환급 결정하였다. ※ 청구세액: 69,124천원(환급신고 세액 207,657천원 – 환급결정 세액 138,533천원)

2. 청구종중의 주장 및 제출 증빙 검토

• 가) 쟁점임야의 처분 및 분묘 이전 과정 개요 연월일 내용 증빙 ’17년경

○○면 ○○리 일대 종중재산을 매각하기로 하고 매수자 등과 협의 시작

• ’18.01.19. 종중재산 처분에 관한 이사회 회의 개최 이사회 회의록 ’18.02월 설계사무소로부터 매장허가가 불가하다는 의견을 받음

• ’18.06월 매장 이전 견적서를 받고, ○○ 율곡리 산33번지에 무허가 이전하기로 종중 결의

• ’18.10월-11월 이장 작업(묘소 이전이 계약의 선결조건) 견적서 ’18.11.28. 쟁점임야를 포함하여 ○○면 ○○리 일대 필지 86,986㎡를 3,850백만원에 매도하기로 일괄 계약함 매매계약서 (’18.11.28.) ’18.11.30. 계약금으로 100백만원 수령 통장 사본 ’19.09.05. 일괄계약 했던 토지 중 쟁점임야를 포함한 16,618㎡를 1,259백만원에 소유권 이전 매매계약서 (’19.8.26.) ’19.10.30. 양도소득세 예정신고 ’19.11.18. 법인으로 보는 단체 승인 고유번호증 ’20.03.31. 법인세 신고 ’20.09.09. 법인세와 양도소득세 차액 139백만원 환급결정

• 나) 이사회 회의록 청구종중의 2018.1.19.자 이사회 회의록 사본에 의하면, 청구종중은 쟁점임야를 포함한 종중 소유의 부동산 처분에 관하여 아래와 같이 ‘대표자 선임의 안건’과 ‘신탁재산 귀속 및 부동산 처분에 관한 전용허가 사용승낙서의 동의에 대한 안건’을 심의한 것으로 나타나며, 부동산 처분을 목적으로 매수인의 요구시 전용허가 및 사용승낙서에 대한 동의 및 부동산 처분을 하기로 하고, 전용허가의 사용승낙에는 “선영의 묘지 이장 등을 포함”한다는 내용이 기재되어 있다(별첨 1 이사회 회의록 사본).
• 다) 매매계약서 등

(1) 2018.11.28.자 부동산 매매계약서 사본에는 분할 전 쟁점임야를 포함한 10필지 합계 86,946㎡를 매수인 측의 대표로 안CC에게 매도한다는 내용이 기재되어 있다(별첨 2 당초 매매계약서 사본).

(2) 청구종중은 최초 매수인과 쟁점임야의 매도에 관한 합의가 있었던 시점에는 쟁점임야에 선조의 묘지가 존재하고 있었으나 묘지 이전이 계약서 작성의 선결조건이어서 2018.10월, 11월경 이장 작업을 완료하였다고 주장한다.

(3) 위 매매계약서에는 청구종중의 상임이사 유DD이 계약 당시 1억원을 계약금으로 영수하고 날인한 것으로 되어 있고, 유DD의 국민은행 계좌 사본에는 2018.11.30. 자기앞수표 1억원이 입금된 사실이 확인된다.

(4) 청구종중은 쟁점임야 분할 이후 2019.8.26. 분할된 지번 별로 각각의 매수인과 매매계약서를 재작성(2019.9.2. 인도일 및 잔금약정일)한 후 2019.9.5. 매수인들에게 소유권이전등기를 마쳤다(별첨3 재작성한 매매계약서 사본).

(5) 매매계약서에는 분묘의 이전에 관하여 당사자가 약정한 내용은 확인되지 아니한다.

• 라) 묘소도 등 청구종중은 쟁점임야에 선조 ‘유AA’의 묘소가 있었는데 쟁점임야의 처분을 위해 다른 곳으로 이장하였다고 주장하며, 아래와 같이 ○○유씨○○파보에 기록된 ‘○○군○○면○○리한미산묘소도’를 제출하였다. 위 족보에는 ★★★ ☆☆파 ‘유▣▣’의 손자(孫子)가 ‘유AA’, ‘유B’은 ‘유AA’의 자(子)로 표기되어 있으며, 유AA 묘소의 위치가 ‘○○면 ○○리 한미산’으로 기재되어 있다.
• 마) 견적서 등 청구종중은 묘소를 청구종중의 재실 근처인 ○○시 ○○면 ○○리 산33번지로 이장하였는데, 묘소 이전 허가가 나지 않는 곳이라 허가 없이 이장하여 개장신고필증 등은 존재하지 않는다고 한다. 묘소 이장에 대한 증빙으로 아래와 같이 ○○ ○○시에 소재한 한일석재공예미원의 2018.6.자 견적서를 제출하였는데, 동 견적서에는 ‘빈묘 2기와 비석 13기’에 대한 비용이 포함되어 있다.
• 바) 묘소 사진 등 (그림 생략)

3. 처분청이 제출한 증빙 검토

• 가) 개발행위 허가 통보 관련 공문 처분청은 쟁점임야의 처분일(소유권이전등기일2019.9.5.)보다 수개월 이전인 2019.1월∼6월 ○○시장으로부터 개발행위허가를 받아 개발행위가 진행되고 있었으므로, 쟁점임야는 처분일 현재 선산으로서의 기능을 상실하였다고 주장한다.
• 나) 위 공문에 첨부된 토지사용승낙서에 의하면, 청구종중은 쟁점임야의 매수인들인 안CC, 윤EE, 주식회사◎◎◎에게 최초 매매계약서가 작성된 즈음인 2018.11월경 개발행위 및 건축 인허가(분할)등을 위해 토지사용을 승낙하고 토지사용승낙서를 ○○시장에게 제출한 사실이 확인된다.
• 다) 카카오맵 로드뷰 쟁점임야의 2019년 8월 현재 카카오맵 로드뷰에 의하면, 당시 개발행위에 착공하여 공사진행 중인 상태로 나타난다.

4. 기타

• 가) 쟁점임야의 항공사진 2018년경 쟁점임야의 항공사진을 검색한 결과, 아래와 같이 쟁점임야(현 ○○리 44-2)에 분묘 1기가 소재하였던 사실이 확인되며, 청구종중은 쟁점임야에 소재한 분묘 1기가 족보에서 확인되는 선조 ‘유AA’의 묘라고 주장한다. (그림 생략)
• 나) ○○면 ○○리 산72, 산72-1 토지의 항공사진 쟁점임야에 인접한 (분할 전)○○리 산72 임야 53,662㎡, 산72-1 임야 3,065㎡의 항공사진은 아래와 같으며, 산72 임야는 이후 산72-2 임야 45,431㎡, 산72-3 임야 4,321㎡로 분할되어 2020.4.29.경 주식회사 ◭◭◭◭ 등에 양도되었다. 2018년경 ○○리 산72, 산72-1 임야의 항공사진은 아래와 같으며, 위 임야에 분묘 1기가 존재하였음이 확인된다. 청구종중은 위 분묘가 선조 ‘유B’의 묘라고 주장한다. (그림 생략)
• 라. 판단

1. 관련법리 법인세법 제4조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 의하면, 비영리내국법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세소득의 범위에 포함되나, 다만 ‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 그 규정형식과 문언에 비추어 해당 고정자산이 ‘처분일 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당하여 과세소득의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명해야 한다고 할 것이다(서울고등법원 2018.06.27. 선고 2017누70955 판결 등 참조).

2. 청구종중이 쟁점임야를 처분일 현재 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였는지 여부

• 가) 이상의 사실관계, 관련법리 및 아래와 같은 사정을 종합하여 살피건대, 청구종중이 쟁점임야를 처분일 현재 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였다고 보기 어려우므로, 쟁점임야의 처분수입은 법인세 과세소득의 범위에서 제외되지 않는 것으로 판단된다.

(1) 조세법규는 과세요건은 물론 비과세 요건이나 감・면세요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 1994.2.22. 선고 92누18603 판결), 법인세법제4조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 의하여 법인세 과세소득에서 제외되는 고정자산의 처분수입은 취득 시부터 양도에 이르기까지의 전체 기간 중 3년 이상 고유목적사업에 사용하였다는 점만으로는 부족하고, “처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용”한 경우에 한정된다.

(2) 청구종중도 쟁점임야에 관한 최초의 매매계약이 체결된 2018.11월 이전에 쟁점임야에서 분묘 이장을 완료하였다는 점을 스스로 인정하고 있고, 쟁점임야의 매수인들이 2019.5월경 개발행위 허가를 통보받아 2019.8월경 로드뷰 사진에 의하면 쟁점임야에 개발행위가 진행 중인 상황이 확인되는바 처분일 현재 선조의 묘가 존재하지 아니하였음은 분명하다.

(3) 청구종중은 분묘이장이 매매계약의 선결조건으로 되어 쟁점임야를 처분하기 위해서는 사전에 이장이 필수적이었다고 주장하나, 2018.11.28. 최초 작성한 매매계약서 등에는 분묘의 이장과 관련된 당사자 간의 약정 내용이 확인되지 아니한다.

(4) 2019.9.5. 쟁점임야의 처분일 현재 임야가 종중의 고유목적사업인 성헌 봉사, 분묘수호에 사용되고 있다는 점에 관한 다른 입증이 없고, 쟁점임야의 면적(10,000㎡)에 분묘의 수, 분묘가 차지하는 면적 등을 고려하면 쟁점임야 전체를 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보는 것은 합리적이지 않다.

• 나) 따라서 쟁점임야의 처분수입이 법인세 과세소득에서 제외되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.