비영리내국법인이 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용받은 경우, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액으로 경정을 청구할 수 있음

○○세무서장이 2019.10.1. 청구종중에게 한 2018사업연도 법인세 000,000,000원의 부과처분은 각 사업연도의 소득금액을 000,000,000원으로 하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액으로 경정합니다.

• 가. AAAAAA공파종중(이하 “청구종중”이라 한다)은 2018.11.15. BB도 BB시 BB읍 BB리 000 답 0,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고, 2019.1.29. 양도가액을 000,000천원, 취득가액을 00,000천원으로 하고 자경농지에 대한 감면세액 100,000원을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. CC지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사 결과, 위 양도소득세 예정신고에 대해 청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인(승인일자 2014.3.20.)을 받은 비영리내국법인이므로 ｢법인세법｣ 제62조의2 규정에 따른 ‘비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고’를 한 것으로 보고, 청구종중은 비영리내국법인에 해당하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 없음을 사유로 감면세액을 부인하면서 ｢법인세법｣ 제62조의2 제2항 에 따라 ｢소득세법｣상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 법인세를 경정하도록 감사지시를 하였다.
• 다. 처분청은 위 감사지시에 따라 2019.10.1. 청구종중에게 2018사업연도 법인세 000,000,000원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2019.12.19. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 이 건 부과처분은 ｢법인세법｣ 규정에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액으로 감액경정하여야 한다. 1) ｢법인세법｣ 제60조 제1항 과 같은 법 제62조의2 특례규정은 선택적 규정이다. 가) 납세의무가 있는 모든 내국법인은 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고할 의무가 있으며, 그 의무를 이행하지 아니한 경우에는 과세관청은 ｢법인세법｣ 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. 나) 한편, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 세무신고능력이 부족할 것을 감안하여 ｢법인세법｣ 제62조의2 (비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)에 의거 비영리내국법인의 자산양도소득에 대해 ｢소득세법｣상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 것을 허용하고 있다. 다) 처분청은 ｢법인세법｣ 제62조의2 제2항 의 “제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 ｢소득세법｣ 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다”는 규정의 의미를 지나치게 확대해석하여 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 의해 신고기한 이내에 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 ｢법인세법｣ 규정에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로 경정할 수 없고, 오직 ｢소득세법｣상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 경정하여야 한다는 의미로 해석하고 있다. 라) 그러나 ｢법인세법｣ 제62조의2 제2항 의 “납부하여야 한다”는 규정은 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 의한 신고의무를 이행하기에 세무처리능력이 부족함을 감안하여 자산양도소득에 대해 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 의한 신고의무 부담을 면제하여 주었으나 법인세는 납부하여야 하므로 ｢소득세법｣상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 법인세를 납부할 수밖에 없는 불가피성을 규정한 것으로 보아야 한다. 마) 따라서, 청구종중은 자산양도소득에 대하여 일반 영리법인과 동일하게 ｢법인세법｣ 일반조항에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 납부하는 과세방법을 적용받기를 원한다면 그 방법으로 적용받을 권리가 있다. 즉, ｢법인세법｣ 제62조의2 특례규정은 납세자의 편의를 고려한 시혜적 조항이며 일반조항인 ｢법인세법｣ 규정에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세방법을 보완하는 선택적 규정으로 보아야지 결코 일반조항에 우선하는 조항으로 보아서는 안 된다. 2) 청구종중은 법인세 과세표준신고서를 제출한 것에 해당한다. 가) ｢법인세법｣ 제62조의2 제2항 에 따라 ｢소득세법｣상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하고, 제2항에 따른 법인세의 과세표준 신고․납부 등에 관하여는 법인세의 과세표준의 신고․납부 등에 관한 규정을 준용하며(제6항), 같은 조 제8항은 비영리내국법인이 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다고 규정하고 있다. 나) 처분청은 청구종중이 법인세 과세표준을 무신고하고 법인세를 납부하였다고 보고 있는바, 신고납세제도를 택하고 있는 현행 법인세법 체계에서 과세당국의 결정고지에 의한 납세가 아닌 경우 납세자가 과세표준을 무신고하고서 어떻게 법인세를 납부할 수 있는 것인지 의문이 든다. 다) ｢법인세법｣ 제62조의2 특례규정은 비영리내국법인이 제출한 양도소득과세표준신고서를 법인세과세표준신고서로 인정하기 위한 과세체계라 할 수 있으며, 이 특례규정에 의하여 비영리내국법인이 제출한 양도소득과세표준예정신고서는 법인세과세표준신고서로 간주된다. 라) 서울고등법원 판결(서울고법2009누18396, 2010.1.21.)에 따르면, “ ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정을 둔 취지는 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 기장과 세무신고능력이 부족한 경우가 많기 때문에 납세절차를 간소화하기 위하여 마련된 것으로, 이 과세특례규정을 적용하여 양도소득세 과세체계에 따라 신고․납부한 것도 그 성질은 법인세이다”라고 판결한 것도 이러한 취지를 반영한 것으로 볼 수 있다. 마) 따라서 청구종중은 법인세과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하였으므로 ｢국세기본법｣ 제45조의2 에 의거 과세표준 및 세액을 경정할 것을 청구할 권리가 있는 것이다. 3) 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 가) 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용받는 ‘수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인’은 수익사업을 전혀 영위하지 아니하거나 ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제1항 각 호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 의미하는바(｢법인세법｣ 제62조 의 제1항), ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제1항 각 호의 수익사업은 축산업, 연구개발업, 초중등학교법 및 고등교육법에 의한 교육서비스업 등 공공성이 강한 사업들로 규정되어 있다. 나) 원래 ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정이 도입되었을 때(1994.12.22. 법률 제4804호로 신설된 조문임, 당시 법인세법 제59조의6)에는 양도소득세의 실거래가액 산정방식이 본격적으로 도입되기 전이었기에 ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정의 적용이 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 의한 세액보다 유리하여 과세특례규정의 적용 여부가 쟁점인 경우가 많았으며, 그 상황에서는 ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제1항 각 호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인은 그 외 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에 비해 공공성이 강하여 합리적인 차별로 인정되었다. 다) 그러나 양도소득세의 실거래가액 산정방식이 전면 도입된 현행 세법체계에서는 법인세율과 소득세율의 차이로 인하여 ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정을 의무적으로 적용하면 공공성이 강한 비영리내국법인이 부당하게 과다한 법인세액을 부담하게 되는 경우가 발생한다. 라) 또한, ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정의 입법취지는 납세의무가 있는 모든 내국법인은 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 의한 법인세 신고의무를 기본 전제로 하고, “수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 기장과 세무능력이 부족한 경우가 많기 때문에 납세절차를 간소화하기 위한 것임을 감안해야 할 것이다. 마) 따라서 ｢소득세법｣에 의한 양도소득세가 실거래가액 기준으로 바뀐 상황에서 ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정도 ｢국세기본법｣ 제18조 제1항 에 따라 해당 조항의 입법취지와 세법 전체의 맥락에서 차지하는 위치 등도 고려하여 합목적적으로 해석하여야 한다.
• 나. 조세평등주의에 위배된다. 1) ｢헌법｣의 평등권 조항은 기본적으로 ｢법인세법｣의 입법과정에서 고려하여야 할 사항이나 입법 후에 다른 세법이 개정됨으로써 평등권을 침해하게 되는 경우에는 그 ｢법인세법｣을 개정하거나 개정 전이라도 ｢헌법｣에 규정된 평등권 등을 침해하지 아니하도록 해석하고 적용하여야 한다. ｢국세기본법｣ 제18조 제1항 의 규정도 그러한 취지를 반영한 것으로 본다. 2) 이 건의 문제점도 ｢법인세법｣ 제62조의2 가 처음 규정되었을 때는 토지 등의 양도소득세를 산정할 때 양도가액을 양도 당시의 기준시가에 의하였으나, 지금은 양도 당시의 실거래가액 기준으로 개정되었다는 사실에 있다. 이로 인하여 법인세율과 양도소득세율의 차이로 ｢법인세법｣ 규정에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세액보다 같은 법 제62조의2 과세특례규정에 의하여 ｢소득세법｣상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 법인세액이 과다한 경우가 적지 않게 발생한다는 점이다. 3) 영리, 비영리 불문하고 모든 내국법인은 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 따라 법인세를 신고할 의무가 있다. 그런데 영리내국법인이나 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 따른 법인세를 신고하지 아니한 경우, 과세당국은 ｢법인세법｣ 규정에 의하여 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 결정하여 부과하여야 한다. 4) 그런데 ｢법인세법｣ 제62조 의 제2항을 해석함에 있어, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 자산양도소득에 대해 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 따른 법인세를 신고하지 아니한 경우, 신고기한이 경과한 후에 ｢법인세법｣ 제60조 제2항 의 첨부서류를 구비하여 제출함에도 불구하고 ｢법인세법｣ 규정에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 결정 또는 경정할 수 없으며 ｢소득세법｣상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다는 의미로 해석한다면, ｢법인세법｣ 제62조의2 제2항 은 ｢헌법｣ 제11조의 평등권을 침해하여 ｢헌법｣에 위배된다.

1) 앞에 살펴본 바와 같이 ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정을 공공성이 강한 수익사업을 운영하는 비영리내국법인에게 부동산임대업 등의 영리사업을 운영하는 비영리내국법인보다 부당하게 과다한 법인세액을 부과하도록 해석하여 집행하는 것이 과연 입법취지에 맞는 것인지 의문이 든다. 2) ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정이 신설되었을 때에는 양도소득세 계산방식이 기준시가 기준이었으나 지금은 실거래가액 기준으로 개정되어 ｢법인세법｣ 제62조의2 규정을 강제 적용하면 비영리내국법인이 일반 영리법인에 비해 과다한 법인세액을 부담하게 되는 경우가 많이 발생한다. 3) 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이라는 이유만으로 일반 영리법인 또는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에 비하여 부당하게 과다한 법인세를 부담하게 되는 이 건 처분은 시정되어야 한다.

• 가. 청구종중은 2014.3.17. 주사무소 소재지를 BB도 BB시 BB읍 BB리 000로, DDD을 대표자로 하여 법인으로 보는 단체 승인신청을 하였고, 2014.3.20. 처분청에서 법인으로 보는 단체 승인을 하였음이 확인되므로 청구종중은 비영리내국법인에 해당한다.
• 나. 청구종중은 이 건 법인세 부과처분 시 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 에 따라 법인세를 계산하여야 함을 주장하나, 청구종중은 법인으로 보는 단체 승인 후 법인세를 신고한 사실이 없고 수익사업을 개시한 사실도 없는 것으로 확인된다.
• 다. ｢법인세법｣ 제62조 제2항 은 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인이 각 사업연도의 법인세 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 ｢소득세법｣ 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다고 규정하고 있다.
• 라. 상기와 같이 청구종중은 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인에 해당하고 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고한 사실이 없는바, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 자산양도소득에 대해 과세특례규정을 적용하는 경우에는 소득세법상 계산한 과세표준에 소득세법상 세율을 적용하여 법인세로 납부하여야 하므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비영리내국법인이 자산양도소득에 대해 ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정을 적용받은 경우, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액으로 경정할 수 있는지
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32제2항 에 따른 미환류소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1.～3. (생략)

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. ｢소득세법｣ 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입 (이하 생략) 2) 법인세법 제60조 【과세표준 등 신고】

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류 2-1) 법인세법 시행령 제97조 【과세표준의 신고】

① 법 제60조제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다. (후단 생략)

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

④ 법 제60조제2항제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. 3) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. ｢소득세법｣ 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 ｢소득세법｣ 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 ｢소득세법｣ 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 ｢소득세법｣ 제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 ｢소득세법｣ 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. (후단 생략)

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 ｢소득세법｣ 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 ｢소득세법｣ 제112조 를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3-1) 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】

② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. 3-2) 소득세법 제92조 【양도소득과세표준의 계산】

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다. 3-3) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 4) 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준 신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조제3항제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(｢소득세법｣ 제16조제1항제11호 의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4-1) 법인세법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. 5) 국세기본법 제3조 【세법 등과의 관계】

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 중 다음 각 호의 규정에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다. 1.～4. (생략)

5. 제5장제1절․제2절제45조의2․제2절제45조의3(｢법인세법｣ 제62조 에 따른 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례만 해당한다) 및 제3절(｢조세특례제한법｣ 제100조의10 에 따른 가산세만 해당한다) (이하 생략) 5-1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 5-2) 국세기본법 제45조의3 【기한 후 신고】

① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실관계 가) 청구종중은 2014.3.17. 주사무소 소재지를 BB도 BB시 BB읍 BB리 000로 하여 법인으로 보는 단체의 승인을 신청(개업일자: 2014.3.14.)하였으며, 처분청은 2014.3.20. 청구종중을 법인으로 보는 단체로 승인하였다. 나) 청구종중이 신청한 ‘법인으로 보는 단체 승인신청서’ 및 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘사업자기본사항조회’에 의하면, 청구종중은 수익사업을 하지 않는 비영리내국법인으로 고유번호(사업자번호: 000-00-00000)를 발급받았고 대표자는 DDD인 것으로 나타난다. 다) 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘신고서 목록조회’에 의하면, 청구종중은 개업한 이래 법인세 및 부가가치세 등을 신고한 사실이 없는 것으로 확인된다. 라) 양도소득과세표준 신고내역 및 경정내역 (1) 청구종중은 쟁점토지의 양도에 대해 2018년 귀속 양도소득세 예정신고서(성명란에 청구종중의 명칭을 기재, 주민등록번호란에 부동산등기용 등록번호를 기재)를 제출하면서 ｢조세특례제한법｣ 제69조 에 따라 자경농지에 대한 감면을 신청하였고, (2) 처분청은 청구종중은 법인으로 보는 단체로 비영리내국법인에 해당하여 ｢조세특례제한법｣ 제69조 의 자경농지에 대한 감면을 적용할 수 없음을 사유로 감면을 부인하여 이 건 부과처분을 하였으며, 청구종중의 양도소득세 신고 및 처분청의 법인세 경정내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> (생략) 마) 청구종중은 쟁점토지의 양도소득에 대해 신고서식을 ｢소득세법｣ 규정의 ‘양도소득과세표준 신고 및 납부계산서’ 양식에 의하여 신고․납부하였고, 처분청은 위 양도소득세 예정신고에 대해 ｢법인세법｣ 제62조의2 의 과세특례규정에 따라 ‘비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고’를 한 것으로 보아 이 건 부과처분을 하면서 예정신고납부세액공제 및 과소신고가산세를 적용하여 경정고지하였는바, 청구종중이 제출한 위 양도소득세 예정신고서는 ｢법인세법｣ 제62조의2 의 과세특례규정의 ‘비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고’를 한 것으로 볼 수 있다는 점에 관해서는 청구종중과 처분청 간에 다툼이 없다. 2) 청구종중이 재계산하여 제출한 법인세 과세표준 및 세액 등 청구종중은 이 건 부과처분에 대해 ｢법인세법｣ 규정에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 00,000,000원으로 재계산하여 법인세 00,000,000원을 감액경정하여야 한다고 주장하면서 2018사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서, 재무제표, 세무조정계산서 등을 제출하였는바, 그 주요 내용은 다음 <표2>,<표3>과 같다. <표2>, <표3> (생략) 3) 비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례규정의 입법취지 가) 국회 의안정보시스템에 게재되어 있는 1994.12. 재무위원회의 ｢법인세법 중 개정법률안 심사보고서｣에는, 비영리법인의 부동산등 양도소득에 대한 과세특례개정안(구 ｢법인세법｣ 제59조의6, 제59조의7)에 대해 “개정안의 입법취지는 이번 국세기본법의 개정에서 법인으로 보는 단체의 범위가 늘어나고 있고 이들 비영리법인 중에는 법인세법에 의한 납세의무 이행을 사실상 기대할 수 없는 경우가 다수 포함될 수 있으므로 부동산등 양도소득이 있는 경우에는 당해 법인의 선택에 의해 개인과 같이 양도소득세의 적용을 받을 수 있도록 규정하려는 것으로 이해되고, 이는 납세편의 도모 측면에서 긍정적인 것으로 보여짐”이라는 내용이 담겨있다. 나) 국세청이 발간한 ｢1995 개정세법해설｣에는, 구 ｢법인세법｣ 제59조의6 (비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례) 및 같은 법 제59조의7(비영리내국법인의 자산양도차익의 예정신고등)을 신설한 취지에 대하여, “사업소득이 없는 비영리내국법인의 납세절차를 간소화하고 조기성실신고를 유도하기 위해 특별부가세를 일반영리법인의 신고방법 또는 개인과 동일하게 신고하는 방법 중에서 하나의 과세방법을 기업 스스로 선택할 수 있도록 함”이라고 기재되어 있다(* 2001.12.31. 특별부가세 관련 규정이 삭제되면서 “법인세로 납부하여야 한다”는 현행 조문으로 개정되었음(제62조의2로 조문 번호 변경되었음)

• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 다음과 같은 사정에 비추어 쟁점토지 양도에 대한 이 건 부과처분은 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액으로 감액경정함이 타당하다고 판단된다.

① 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 둔 취지는 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 기장과 세무신고능력이 부족한 경우가 많기 때문에 비영리내국법인의 납세절차를 간소화하기 위해 당해 법인의 선택에 의해 일반영리법인의 신고방법 또는 개인과 동일하게 신고하는 방법 중에서 하나의 과세방법을 선택할 수 있도록 마련된 것이다.

② ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정이 신설되었을 때에는 양도소득세 계산방식이 기준시가 기준이었으나 현재는 실거래가액 기준으로 개정되었는바, ｢법인세법｣ 제62조의2 과세특례규정을 적용함으로써 법인세 과세표준을 신고하지 않은 경우에는 ｢법인세법｣ 규정에 의한 일반적인 법인세 과세방법을 적용할 수 없다고 해석하게 되면, 비영리내국법인이 일반 영리법인에 비해 과다한 법인세액을 부담하게 되므로 과세특례규정을 둔 취지에 반한다.

③ 비영리내국법인이 자산양도소득에 대해 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 ｢법인세법｣ 제60조 에 의한 과세표준을 신고한 것으로 보아 무신고가산세를 부과하지 않는다고 유권해석(법인-703, 2010.7.26.)하고 있다.

④ ‘과세표준신고를 하지 아니한 이자소득’의 경우 ｢법인세법 시행령｣ 제99조 제2항 에 명문으로 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있는 것에 반해, ‘과세표준신고를 하지 않은 자산양도소득’의 경우 이러한 규정을 두고 있지 않으므로 위 이자소득에 관한 규정을 확대 적용하는 것은 타당하지 않다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.