당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 산정한 것이 적정한지

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1990.7.6. 개업하여 AA AA구 AA로 **에서 레미콘 제조업을 영위하는 계속사업자이다.
• 나. 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고 및 2017사업연도 법인세 신고를 하면서 특수관계인인 ㈜BBBB(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대여한 금액에 대해 가중평균차입이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하여 신고하였다.
• 다. AA지방국세청장은 2018.8.27.부터 2018.9.13.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 2015사업연도 법인세 신고 시 제출한 ‘가지급금 인정이자 등의 조정명세서’에 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 에 따른 당좌대출이자율을 시가로 선택하였으므로 2016사업연도와 2017사업연도에도 당좌대출이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하여야 함에도 가중평균차입이자율을 적용하여 인정이자를 계산한 사실을 확인하고 처분청에 법인세 등을 경정하도록 처분지시를 하였고, 이에 따라 처분청은 2019.1.2. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 10,230,510원, 2017사업연도 법인세 19,710,343원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2015사업연도 법인세 신고는 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우에 해당하여 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제1호 에 따라 종전 대여금에 대해서만 당좌대출이자율을 적용한 것이므로, 가중평균차입이자율의 적용이 가능한 2016사업연도에 발생한 새로운 대여금은 가중평균차입이자율을 적용해야 한다. 1) ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 에 따르면 해당 법인이 특수관계인에게 금전을 대여하는 경우에는 가중평균차입이자율을 시가로 하는 것이 원칙이나 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우 그 대여금에 한해서 당좌대출이자율을 시가로 적용하도록 되어 있어, 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고 시 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 관계로 청구외법인에 대여한 금액에 대해 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제1호 에 따라 당좌대출이자율을 시가로 적용하여 신고하였다. 2) 이후 청구법인은 2016.1.28. AA은행으로부터 5억원을 연 2.61%의 이자율로 차입하였고, 2016.7.15.과 2016.7.19. 청구외법인으로부터 종전 대여금 42억원을 모두 회수하였으며, 2016.7.18. 청구외법인에 새로이 42억원을 대여하였다(이하 종전 대여금과 새로운 대여금을 통칭할 경우에는 “쟁점대여금”이라 한다). 3) 이에 2016사업연도 법인세 신고는 종전 대여금에 대해서는 당좌대출이자율을 적용하고 새로운 대여금에 대해서는 가중평균차입이자율을 적용하여 신고하였으며, 2017사업연도 법인세 신고는 새로운 대여금만 있었기에 가중평균차입이자율을 적용하여 신고하였다. 4) 당좌대출이자율로 선택하여 가지급금에 대한 인정이자를 계산하는 경우 당해 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 보는 것이지만, 청구법인의 경우는 비특수관계자와의 차입금이 없어 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제1호 에 따른 경우이므로 가중평균차입이자율을 적용할 수 없는 사유에 해당하는 종전 대여금만 당좌대출이자율로 인정이자를 계산하여야 하고 새로운 대여금의 경우 특수관계인이 아닌 금융기관으로부터 차입한 금액이 있으므로 가중평균차입이자율로 인정이자를 계산하는 것이 타당하다.

2015사업연도 법인세 신고시 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에 해당하므로 당좌대출이자율을 시가로 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 적용하여야 한다. 1) 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고 시 종전 대여금만 당좌대출이자율을 적용하는 것으로 선택하였다고 주장하나, 청구법인의 법인세 신고서를 살펴보면 청구법인은 2011사업연도～2014사업연도 법인세 신고서에 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서’를 제출한 사실이 없고, 2015사업연도 법인세 신고서에 ‘ ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 에 따른 당좌대출이자율’을 선택하여 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서’를 제출한 사실이 확인된다. 2) ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 는 법인세 신고 시 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다고 규정하고 있으므로, 청구법인은 당좌대출이자율을 시가로 선택한 2015사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 한다. 3) 설령 청구법인이 2015사업연도에 비특수관계자와의 차입금이 없어 ‘ ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제1호 에 따라 해당 대여금에 대해서만 당좌대출이자율을 적용’하려고 하였으나 법인세 신고를 하면서 착오로 ‘ ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택’하였다고 하더라도, 세법에서는 여러 가지 세무조정 사항에 대해 납세자의 선택권을 부여하고 그 결과를 존중하되 선택 사항에 대해서는 일정 기간 의무적으로 적용하도록 책임을 부여하고 있고, 가지급금 인정이자의 적용 이자율 역시 납세자의 선택권이 부여되어 일단 납세자가 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에는 세법에 따라 해당 사업연도 및 이후 2개 사업연도는 의무적으로 당좌대출이자율을 시가로 적용해야 하는 것이다. 4) 따라서 청구법인은 2016～2017사업연도에도 대여금에 대해 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 계산하여야 하므로 인정이자를 재계산하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 당좌대출이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 산정하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 2) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사 유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다. 3) 법인세법 시행규칙【가중평균차입이자율의 계산방법 등】

③ 영 제89조제3항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우 (이하 생략)

④ 영 제89조제3항제1호의2에서 "기획재정부령으로 정하는 경우"란 대여한 날(계약을 갱신한 경우에는 그 갱신일을 말한다)부터 해당 사업연도 종료일(해당 사업연도에 상환하는 경우는 상환일을 말한다)까지의 기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우를 말한다.

⑤ 영 제89조제3항제2호에 따라 법인이 이자율을 선택하는 경우에는 제82조제1항제19호에 따른 별지 제19호서식의 가지급금 등의 인정이자조정명세서(갑)를 작성하여 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 청구외법인에 쟁점대여금을 대여한 사실, 청구법인과 청구외법인이 법인세법상 특수관계인에 해당하고 쟁점대여금이 인정이자 계산 대상이라는 사실에는 다툼이 없고, 2016사업연도와 2017사업연도 법인세 신고 시 2016사업연도에 발생한 새로운 대여금에 대해 가중평균차입이자율을 적용할 수 있는지에 대하여 다툼이 있다. 2) 국세청 전산시스템(NTIS)에 수록된 청구법인의 법인세 신고서에 의하면, 2010사업연도부터 2016사업연도까지 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서’ 제출내역은 다음과 같다. <표> 청구법인의 ‘가지급급 등의 이정이자 조정명세서’ 제출 내역 사업연도 신고방법 조정명세서 제출 여부 선택/의무 구분 신고시 적용한 이자율 2011 홈택스 부

• 2012 부

• 2013 부

• 2014 부

• 2015 여 선택 당좌대출이자율 2016 여 의무 당좌대출이자율 및 가중평균차입이자율 2017 여 의무 가중평균차입이자율 가) 청구법인은 2011사업연도～2014사업연도 법인세 신고 시 ‘가지급급 등의 인정이자 조정명세서’를 제출한 사실이 없다. 나) 2015사업연도 법인세 신고 시 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서’를 제출하였으며, 제출한 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서’를 보면 아래와 같이 ‘ ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 에 따른 당좌대출 이자율’을 적용 이자율로 선택한 것으로 확인된다. <그림> 2015사업연도 법인세 신고 시 제출한 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서 (생략) 다) 2016사업연도 법인세 신고 시 제출한 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서’를 보면 종전 대여금에 대해서는 당좌대출이자율을 적용하고 2016사업연도에 발생한 대여금에 대해서는 가중평균차입이자율을 적용한 것으로 확인된다. 라) 2017사업연도 법인세 신고 시 제출한 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세’를 보면 2016사업연도 및 2017사업연도에 발생한 대여금(종전 대여금은 2016사업연도에 회수되었음)에 대해 가중평균차입이자율을 적용한 것으로 확인된다. 3) 청구법인의 2015～2016사업연도 재무상태표에 의하면 2015사업연도말 단기차입금이 10억원으로, 2016사업연도말 단기차입금이 5억원으로 계상되어 있으며, 2015～2016사업연도 단기차입금 계정별원장에 의하면 2015.12.15. 특수관계인 심OO로부터 10억원을 차입하였다가 2016.1.7. 상환하였고, 2016.1.29. AA은행으로부터 5억원을 차입하여 차기이월한 것으로 계상되어 있다.

4. 청구법인이 제출한 2015～2016사업연도 단기대여금 계정별원장에 의하면 청구외법인과의 대여금 현황은 아래와 같다. (단위: 백만원) 날 짜 구 분 금 액 비 고 2015.12.15. 대 여 4,200 종전 대여금 2016.7.15. 회 수 △4,100

• 2016.7.18. 대 여 4,200 새로운 대여금 2016.7.19. 회 수 △100

• 라. 판단 1) ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 은 “제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령이 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령이 정하는 당좌대출이자율을 시가로 한다”고 규정하면서 제1호에 “가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다”고 규정하고, 제2호에 “해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌좌대출이자율을 시가로 한다”고 규정하고 있다. 또한 ｢법인세법 시행규칙｣ 제43조 제5항 은 “영 제89조 제3항 제2호에 따라 법인이 이자율을 선택하는 경우에는 별지 제19호 서식의 가지급금 등의 인정이자조정명세서(갑)를 작성하여 제출하여야 한다”고 규정하고 있다. 2) 위 규정의 개정 연혁에 더하여 그 문언과 내용 및 형식과 체계 등에 비추어 볼 때, ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 은 ① 특수관계인 사이의 금전의 대여 또는 차용의 경우 원칙적으로 가중평균차입이자율을 시가로 적용하되, ② 만약 해당 법인이 일단 당좌대출이자율을 시가로 선택하면, 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 반드시 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, ② 해당 법인이 당좌대출이자율을 시가로 선택하지 아니한 경우로서 ㉮ 가중평균차입이자율의 적용이 가능한 경우에는 그해에 가중평균차입이자율을 시가로 적용하고, 그 다음 해에 다시 당좌대출이자율을 시가로 선택할 수 있는 기회를 주고, ㉯ 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우에는 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 적용하는 방법을 채택한 것임을 알 수 있다(같은 뜻 조심2018구0068, 2018.3.2., 대구지방법원2018구합22113, 2018.11.16. 등 다수). 3) 이 건의 경우, 청구법인은 2015사업연도에 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우에 해당하여 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제1호 에 따라 종전 대여금에 한정하여 당좌대출이자율을 적용한 경우이므로 가중평균차입이자율의 적용이 가능한 2016사업연도에 발생한 대여금은 가중평균차입이자율을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 법인세 신고서에 의하면 청구법인은 2011사업연도～2014사업연도 법인세 신고서에 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서(갑)’를 제출한 바 없고, 2015사업연도 법인세 신고서에 ‘ ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 제2호 에 따른 당좌대출이자율’을 시가로 선택하여 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서(갑)’를 제출한 사실이 확인된다. 4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에 해당하므로 당좌대출이자율을 시가로 선택한 2015사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 한다. 따라서 청구법인의 2016사업연도와 2017사업연도 대여금에 대해 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 산정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.