고유목적사업준비금의 손금산입은 고유목적사업에 사용될 것을 전제로 준비금 설정시점에 손금을 인정하는 것이라 할 것으로 볼 수 있어(서울고등법원2016누60081, 2017.5.25., 같은 뜻), 교육부의 수익사업 재산처분 허가조건에 따라 비수익사업회계에 사용이 금지된 소득은 준비금 설정대상 소득에 포함되지 아니함
고유목적사업준비금의 손금산입은 고유목적사업에 사용될 것을 전제로 준비금 설정시점에 손금을 인정하는 것이라 할 것으로 볼 수 있어(서울고등법원2016누60081, 2017.5.25., 같은 뜻), 교육부의 수익사업 재산처분 허가조건에 따라 비수익사업회계에 사용이 금지된 소득은 준비금 설정대상 소득에 포함되지 아니함
이 건 심사청구는 기각합니다.
③ 의 서류는 대부분 제출하였으나 5개 사업연도 고유목적사업준비금 관련서류 중 준비금설정 및 사용내역은 제출하고 지출증빙은 업무량 과다로 제출하지 못하였다. 2) 청구법인이 2018.1월경 00지방국세청 법인세 정기 세무조사시 2018 사업연도를 제외한 과거 4개 사업연도에 대하여 관련 내용의 조사를 받은 사실이 있고, 종합병원 등의 수익사업에서 발생한 소득 300억원 상당액을 매 사업연도마다 비수익사업회계에 전출하여 교육사업에 사용하고 있으며, 2018 사업연도는 세무조정으로 고유목적사업준비금 500억원을 손금산입하여 세법상 당기 손금산입한도액 471억원을 초과함으로써 조세특례제한법상 100% 설정 법인인 청구법인의 과세표준은 항상 0원으로 계산됨에도 경정청구와 전혀 관련 없는 서류를 과다하게 제출요구한 것으로 부당하다.
1. 처분청은 청구법인이 당초 2018사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 쟁점금액(52억원)에 대하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있었으나 쟁점금액을 차감한 금액을 한도로 착각하여 부족하게 설정한 것을 사유로 경정청구한 것이라고 판단하였다.
2. 그러나 청구법인의 당기 세법상 총 소득금액은 쟁점금액을 포함하여 471억원이고 설령 서류 미제출관련 금액을 제외하여도 세무조정으로 그 한도액을 초과하여 500억원을 손금산입한 것이므로 준비금을 과다하게 설정하였고, 세법상 손금산입한도액이 471억원이나 청구법인이 쟁점금액 52억원을 차감한 419억을 준비금 손금산입한도액으로 잘못 계산하여 신고함으로써 한도초과액으로 52억원을 과다하게 부인하여 세법상 납부하여야 할 법인세보다 과다하게 납부한 것이다.
1. 쟁점금액 52억원을 포함한 세법상 손금산입한도액 471억원은 서류를 미제출하였다는 결산조정 금액을 제외하고도 세무조정에 의하여 고유목적사업준비금으로 500억원을 손금산입한 것이다.
2. 그리고 쟁점 양도대금을 수익사업회계 정기예금으로 예치하고 있어 비수익사업회계로 전출한 사실도 없었음에도 처분청은 ①청구법인이 양도대금 270억원 상당액을 비수익사업회계에 전출하였다는 이유[대법원2013두690(2013.3.28.) 및 서면인터넷상담2팀-341 (2006.2.14.)]로 손금산입한 것으로 판단하였고,
② 쟁점금액은 고유목적사업준비금으로 사용이 금지되었다는 사유로 쟁점 처분이익의 손금산입을 인정하지 않는 것은 부당하다. 3) 처분청이 제시한 대법원2013두690(2013.3.28.) 판례 및 서면인터넷 상담2팀 -341(2006.2.14.)의 사례는 “수익사업에 속하는 자산을 수익사업을 목적으로 비수익사업회계에 전출한 것은 그 실질이 비수익회계로 전출한 것으로 볼 수 없으므로, 고유목적사업비로 손금산입하거나 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 없다”는 취지인데, 청구법인의 경우 쟁점금액이 비수익사업회계로 전출된 사실이 전혀 없고 비수익사업회계 전출을 사유로 손금산입한 것이 아니라 세무조정으로 500억원의 준비금을 설정하여 손금산입한 것이다.
○ 청구법인의 쟁점이익은 교육부장관으로부터 ‘수익사업용 대체 부동산 취득’을 처분금의 사용용도로 허가 받은 기본재산의 처분으로 발생된 것이므로, 2018 사업연도에 발생한 쟁점금액도 고유목적사업준비금 산입대상 소득으로 보아 손금산입한도액을 늘려 추가로 손금산입해 달라는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
- 가. 청구법인은 당초 2018 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 쟁점금액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있으나 쟁점금액을 차감한 금액을 한도로 착각하여 부족하게 설정한 것을 사유로 경정청구한 것 1) 으로, 고유목적사업준비금에 해당하는 금액의 영업외비용인 고유목적사업비로 계상 여부 등의 적정여부를 검토하고자 ①부동산양도관련 서류일체 ②최근 5개 사업연도 수익사업과 비수익사업의 재무제표 ③최근 5개 사업연도 고유목적사업준비금 관련 서류 일체를 제출 요구하여,
①·② 서류는 제출하였지만 ③서류를 제출하지 아니하여 경정청구 대상 2018 사업연도의 고유목적사업비 원장만이라도 제출할 것을 요청하였으나 제출하지 않았다.
- 나. 청구법인은 수익사업(임대)을 영위하는 비영리학교법인으로 2016.4.15. 교육부장관으로부터 ‘ 수익사업용 대체 부동산 취득 ’을 처분금의 사용용도로 하여 수익용 기본재산 처분 허가(사립대학제도과-0000)를 받고 2017.4.26. 수익사업용 자산 1부동산을 처분하였으며, 2016.11.25. 교육부장관으로부터 ‘수익용 기본재산 대체취득(정기예금)’을 처분금의 사용용도로 하여 수익용 기본재산 처분 허가(사립대학제도과-00000)를 받고 2017.8.14. 수익사업용 자산 2부동산을 처분하였는데, 대법원판례(대법원2012두690, 2013.3.28.)에 따르면 다음의 사실을 인정 하면서도 “학교법인이 수익사업에 사용할 목적인 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로는 손금에 산입할 수 없는 것”이라고 판시한 바 있고, <인정 사실> 학교법인으로 2005.8.29 교육인적자원부장관으로부터 처분금 용도를 ‘대체수익용 기본재산(임대건물) 취득’ 등으로 하여 처분허가를 받은 다음 이를 매도하고, 2006. 1.25 관할관청에 부동산임대업 폐업신고를 한 사실, 원고는 2005 사업연도 결산 시 전액 비영리사업회계에 전출하고, 이를 ‘고유목적사업 전출’ 항목으로 손금 계상하여 2005 사업연도 귀속 법인세를 신고(산출세액 0원)한 사실, 2006.12.22 ‘서울 강남구’ 토지를 매수하고 원고는 비영리사업회계에서 관리하고 있던 이 사건 전출금 중 000원은 고유목적사업에 지출하였으나, 나머지는 위 토지 취득 자금 등 수익사업에 지출하였던 사실, 피고는 2008.9.1. 2005사업연도 법인세 000원(가산세 포함)을 경정·고지한 사실 청구법인은 수익용 기본재산 대체취득을 처분금의 사용용도로 하여 교육부장관 으로부터 수익용 기본재산 처분 허가를 받아 당초 수익사업용 자산을 양도하였는바 쟁점금액을 손금산입할 수 없다.
- 다. 즉, 위 대법원판례는 2005 사업연도에 수익용 기본재산 취득을 전제로 교육부장관으로부터 허가를 받아 부동산 처분 및 비수익사업회계로 전출한 후, 2006사업연도에 대체 수익용 부동산을 취득한 경우에 2005사업연도의 손금산입을 부인하여 가산세 포함 경정·고지함이 정당하다는 것으로서 비수익사업회계로 전출한 경우에도 손금을 부인한 것이므로, 비수익사업회계로 전출하지 않은 청구법인의 경우 또한 손금 부인함이 타당하다.
○ 고유목적사업준비금 손금산입 한도액 계산시 교육부의 재산처분 허가조건에 따라 비수익사업회계에 사용이 금지된 소득도 고유목적사업준비금 설정대상 소득에 포함해야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령 1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
4. 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32제2항 에 따른 미환류소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.
6. 소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입 2) 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업 준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액(제4호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호부터 제3호까지의 소득금액을 합한 금액에서 그 결손금을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.<개정 2011.12.31, 2015.12.15>
1. 소득세법 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.
④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. <개정 2014.1.1>
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)
⑤ 제4항제4호 및 제5호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. <개정 2014.1.1>
⑥ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.
⑦ 제1항을 적용받으려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑧ 제1항 및 제3항에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 법인세법 제61조 【준비금의 손금 계상 특례】
① 내국법인이 조세특례제한법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.
② 제1항에 따른 준비금의 손금 계상 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 법인세법 시행령 제98조 【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】
① 법 제61조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다. 5) 법인세법 기본통칙 61-98…1【준비금등의 손금계상특례규정적용】 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금이 다음 각호에 해당하는 경우에는 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 적립금 또는 처분하여야 할 금액을 초과하여 처분한 적립금에 상당하는 준비금을 당해 준비금을 손금 계상한 사업연도에 손금불산입한다. 이 경우 적립금에는 기업회계기준에 따라 당해사업연도에 세무조정계산서에 손금으로 산입한 준비금 및 특별감가상각충당금으로 인한 법인세 효과를 고정부채인 이연법인세대로 계상한 금액을 포함한다. <개정 2001.11.01>
1. 당해 준비금을 손금산입한 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 아니하거나 일부만을 적립하는 경우. 다만 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하여야 한다.
2. 당해 준비금을 익금에 산입하는 사업연도의 이익처분에 있어서 익금산입에 상당하는 적립금을 초과하여 처분하는 경우 <신설 1985.01.01> 6) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
⑤ 법 제29조제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.
⑥ 법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액
⑨ 법 제29조제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.<개정 2008.2.29> 7) 법인세법 시행규칙 제82조 【서식】
① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조제5항제1호에 따른 세무조정계산서 부속서류는 제4호, 제5호, 제6호, 제6호의2, 제7호부터 제13호까지, 제15호 및 제16호, 제16호의2, 제17호부터 제29호까지, 제32호부터 제35호까지, 제37호부터 제40호까지, 제40호의2, 제41호부터 제44호까지, 제44호의2 및 제44호의3, 제45호부터 제50호까지, 제50호의2부터 제50호의4까지, 제52호부터 제56호까지, 제60호의 서류 중 해당 법인과 관련된 서류로 한다.
27. 영 제56조제9항의 규정에 의한 별지 제27호서식의 고유목적사업준비금조정명세서(갑)(을) 8) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 10) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】
① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다. 11) 법인세법 기본통칙 29-56…5【고유목적사업준비금의 임의환입】
① 법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 동조 제3항제4호의 기한이 경과되기 전에 당해 준비금을 환입계상한 경우에는 이를 환입한 사업연도의 익금으로 본다.
② 제1항에서 익금으로 보는 고유목적사업준비금 환입액에 대하여는 법 제29조제4항의 규정을 적용한다. (01.11.1. 신설) 12) 사립학교법 제6조 【사업】
① 학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 범위안에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업(이하 “收益事業"이라 한다)을 할 수 있다. <개정 1997.1.13>
③ 학교법인이 제1항의 규정에 의한 수익사업을 할 때에는 지체없이 다음 사항을 공고하여야 한다.
1. 사업의 명칭과 그 사무소의 소재지
(이하 생략)
④ 제1항의 수익사업에 관한 회계는 당해 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 경영에 관한 회계와 구분하여 별도회계로 경리하여야 한다. 13) 사립학교법 제28조 【財産의 管理 및 保護】
① 학교법인이 그 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다. <개정 1990.4.7, 1997.1.13> 14) 사립학교법 제73조 【罰則】 학교법인의 이사장 또는 사립학교경영자(法人의 경우에는 그 代表者 또는 理事)가 다음 각호의 1에 해당할 때에는 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다. <개정 1981.2.28, 1990.4.7, 1997.1.13, 1999.8.31>
1. 제46조의 규정에 의한 관할청의 명령에 위반하여 사업을 계속한 때
2. 제28조(第51條에 의하여 準用되는 경우를 포함한다)의 규정에 위반한 때
2. 재산처분금은 지정된 용도 이외에 사용하지 못합니다. (이하 생략)
2. 국세통합전산망에 수록된 청구법인이 2018.5.30. 제출한 “2018 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서” 및 청구인이 제출한 서류에 따르면 이 건 청구와 관련된 주요계정 등의 내용이 다음과 같이 확인된다. 가) 표준손익계산서에 따르면 고유목적사업비로 영업외비용에 00,448,526,592원이 계상된 상태에서의 당기순이익이 00,648,294,259원으로 계상되어 있고, 부동산처분에 따른 처분이익으로 00,941,402,443원이 영업외수익에 계상되어 있는 것이 확인된다. 나) 주요계정명세서(갑)에 따르면 고유목적사업준비금으로 00,116백만원을 계상하였고 그 중 00,203백만원을 한도초과액으로 부인하고 00,913백만원만 손금으로 세무조정한 것이 확인된다. <작성방법>
1. ①소득금액란: ‘법인세 과세표준 및 세액조정계산서(별지 제3호서식)’의 란의 차가감소득금액을 적습니다. 다만, 해당서식 익금산입란, 손금산입 란에 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액 또는 5년 내 미사용하여 익금에 산입한 금액이 포함되어 있는 경우에는 란의 차가감소득금액에 손금부인된 금액과 5년 내 미사용하여 익금에 산입한 금액을 더하거나 빼고 적습니다.
2.
② 당기 계상 고유목적사업준비금란: 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액을 포함하여 적습니다.
5. ⑨수익사업소득금액란: 금액이 음수(-)인 경우에는 ‘0’으로 적습니다.
6. 손금산입률란: 일반 비영리내국법인은 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률 에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100 분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을, 조세특례제한법제74조제1항 또는 제4항을 적용받는 법인은 100분의 100 또는 100분의 80을, 조세특례제한법」제121조의23제3항을 적용받는 법인은 100분의 50을 적습니다.
8. 손금부인액과 5년 경과분란의 금액은 익금에 산입합니다. 다) 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)(생략)와 작성방법 일부 내용은 아래와 같다.
① 의 소득금액이 △00,989백만원이 되고, 여기에 ②당기 고유목적사업준비금 손금산입 총액 00,116백만원을 더하면
④ 당해 사업연도 소득금액이 00,127백만원이 되는데 청구법인은 조특법상 고유목적사업준비금 설정율이 100%이므로 ⑪세법상 고유목적사업준비금 한도액이 00,127백만원으로 산출됨에도, 청구법인이 법인세 과세표준 확정신고 시 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)상 소득금액을 △46,203백만원으로 잘못 계상하여 고유목적사업준비금 한도액을 41,913백만원으로 산출함에 따라 쟁점금액만큼 법인세 과세표준을 과다하게 신고 1,023백만원의 법인세를 과다하게 납부하여 경정청구한 것이라 주장하며 다음 표를 제출하였다. <소득금액 환산(고유목적사업준비금을 제외한 금액)> 구분 소득금액 계산 비고 당기순이익 익금가산 손금가산 소득금액 당초 신고 00,648 00,765 00,199 0,214 가감(+, -) +00,448 -00,203 -00,668 00,913 고유목적사업 준비금 합계 00,096 0,562 00,531 00,127 청구법인 주장 설정대상 금액 손익계산서상 당기순이익에서 결산조정대상이나 손금에 산입한 고유목적사업준비금과 세무조정상 익금·손금에 산입대상 고유목적사업준비금을 가감하여 산정함 4) 심리담당자가 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)의 작성방법에 따라 한도액을 계산한바 청구법인이 이 건 청구에서 주장하는 한도액과 같은 금액의 한도액 00,127백만원이 산출되어 손금부인액은 00,989백만원으로 확인된다.
5. 청구법인의 경정청구 사업연도 법인세 과세표준 신고 내용 및 경정청구 내용은 다음과 같다. (단위: 백만원) 사업 연도 당초신고① 경정청구② 증가(②-①) 과세 표준 총부담 세액 납부할 세액 과세 표준 총부담 세액 납부할 세액 과세 표준 총부담 세액 납부할 세액 2018 0,214 0,023 000
• - △000 △0,000 △0,000 △0,000
6. 청구법인은 다음의 “출연재산 매각대금 사용내역 해명서”와 2018.10.19. 현재 출연재산 매각대금 잔액 00,361,163,799원을 정기예금으로 예치하고 있다며 우리은행계좌 사본 3매와 하나은행계좌 사본을 제출하였고 계좌 사본의 예금 합계액이 잔액과 일치함이 확인된다. 구분 매각일자 매각대금 매각부대비용 매각대금 잔액 현재 보유 잔액 마산 2017.4.26. 00,912 000 00,934 00,955 대전 2017.8.14. 0,723 000 0,427 0,433 합계 (단위: 백만원)
7. 처분청은 청구법인의 경정청구 검토과정에서 2018.9.10. 다음과 같이 ① 부동산양도관련 서류일체 ②최근 5개 사업연도 수익사업과 비수익사업의 재무제표 ③최근 5개 사업연도 고유목적사업준비금 관련서류 일체를 2018.9.13.까지 3일내 제출하도록 보정요구를 하였으며, 청구법인이
①, ②서류는 제출하였으나
③ 서류를 제출하지 아니하여
③ 서류 중 경정청구 대상 2018 사업연도(2017.03∼2018.02)의 고유목적사업비 원장만이라도 제출해 달라고 요구하였지만 제출하지 않았다고 하며, 청구법인은 이에 대하여 업무량 과다로 당해 서류를 제출하지 못했다고 주장한다. <처분청의 보정요구 공문내용>(생략) 다툼내용 청구법인 주장 처분청 주장
① 당초 신고시 고유목적사업준비금 부족 설정 여부 쟁점이익을 포함한 세법상 각사업 연도 소득금액(준비금설정전)은 000억원이고, 000억원을 고유목적사업준비금 등 설정 손금산입 함에 따라 세법상 준비금한도초과액이 000억원이나 법인세 신고시 소득금액을 000억원으로 쟁점이익을 차감하여 신고함으로써 쟁점금액을 더 손금불산입하게 되어 세법상 신고할 과세표준을 초과하므로 경정청구한 것임 당초 쟁점이익 00억원은 고유목적사업준비금 등으로 손금산입 불가하기에, 당초 신고내용대로 세법상 한도액에서 차감하여 고유목적사업준비금을 설정함이 타당함
② 세법상 과세표준계산 시 고유목적사업비 지출증빙 등 필요여부 세법상 과세 소득금액이 000억원이고, 세무조정으로 000억원 손금산입한 것으로 세법상 100% 준비금설정 대상법인의 세법상 과세표준은 0원이 됨에도, 과세표준을 00억원으로 신고하여 과다신고 하였기에 경정청구는 정당하고 쟁점이익을 포함한 양도대금은 비 영리회계로 전출 사실 없어 고유목적 사업비 지출여부는 경정청구 판단 시 관련 없음 지출증빙이 아닌 경정청구 대상 1개 사업연도의 고유목적사업비 원장만이라도 제출 요구한 것으로, 실제 고유목적사업지출 여부 또는 개인적 사용여부 등을 검토하여 법인세 경정함이 타당함. 예를 들어 매입누락을 사유로 경정청구 하는 경우 매입누락에 대응하는 매출누락여부, 개인적사용여부 등을 종합적으로 검토하여 환급함이 타당함
③ 쟁점이익의 비영리회계 전출에 따른 손금산입인지 여부 양도대금 000억원 상당액은 수익사업회계 정기예금으로 예치중이고, 비영리회계의 전출을 사유로 손금산입한 것이 아님 세무조정으로 고유목적사업준비금 000억원을 설정하여 손금산입한 것임 세무조정으로 000억원을 고유목적사업준비금으로 설정하였으므로, 비영리회계로 전출한 것임. 즉, 비영리회계로 전출한 경우에도 손금부인하는 것으로 비영리회계로 전출하지 않은 경우 또한 손금부인 함이 타당함
④ 수익사업용으로 사용 제한된 쟁점금액의 손금산입(준비금) 가능 여부 쟁점이익은 법인세법제3조에 의해 법인세 과세대상이고 이러한 소득 금액은 회계감사를 받는 청구법인의 경우 법인세법제29조제1항 및 조세특례제한법제74조제1항에 의하여 세무조정으로 소득금액 전부를 준비금으로 손금산입 가능하고 손금에 산입한 준비금은 청구법인의 수익 사업(대체부동산 임대소득, 종합병원 소득 등)에서 발생한 소득으로 5년 내에 고유목적사업에 사용하면 됨 (법령해석과-98, 2015.2.2.같은 뜻) 부동산처분이익 00억원을 포함한 양도대금 000억원 상당액은 수익용 대체부동산 취득에 사용되어야 함에 따라 고유목적사업비 등으로 사용할 수 없으므로 쟁점이익은 손금산입할 수 없으므로 당초 신고내용 정당함
8. 처분청과 청구법인 간의 주요 다툼 내용을 정리하면 다음과 같다.
8. 청구법인은 처분청이 경정청구 거부 근거로 든 대법원판례(2012두690, 2013.3.28.)에 대하여 다음과 같이 해석하며 처분청의 경정청구 거부 처분이 부당하다고 주장하였다.
○ 대법원판례
사립학교법에 따라 설립된 학교법인으로 2005.8.29. 교육인적자원부장관 으로부터 수익사업(부동산임대업)에 제공하던 ‘수원시 팔달구 OO 대 8,624㎡ (이하 ‘당초 자산’이라고 한다.)‘에 대하여 처분금 용도를 ‘대체 수익용 기본재산(임대건물) 취득’ 등으로 하여 처분허가를 받은 다음 이를 000원에 매도하고 2006.1.25. 관할관청에 부동산임대업 폐업신고를 한 사실 원고는 수익사업 폐쇄에 따라 2005 사업연도(2005.3.1.~2006.2.28.) 결산 시 위 매매대금 등이 포함된 수익사업회계의 270억원(이하 ‘이 사건 전출금’이라고 한다.)을 전액 비영리사업회계에 전출하고, 이를 ‘고유목적사업 전출’ 항목으로 손금 계상하여 당기순손실을 218억원으로 산출한 다음, 이러한 결산 결과에 따라 2005 사업연도 귀속 법인세를 신고(산출세액 0원)한 사실 피고는 2008.3. 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과 이 사건 전출금 중 실제 학교법인의 고유목적사업에 사용된 금액은 1억원에 불과하다고 보아 나머지 269억원(이 사건 전출금
• 000원)의 손금 산입을 부인하는 등 소득금액을 조정하여 2008.9.1. 원고에게 2005 사업연도 귀속 법인세 000원(가산세 포함)을 경정․고지한 사실 등을 인정하였다.
전출금 000원 중 000원만이 고유목적사업에 사용되고, 나머지는 수익사업에 사용되었는바, 이와 같이 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 위 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고, 그 후 실제 위 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 구 법인세법제29조의 입법취지에 비추어 볼 때 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로 이를 손금에 산입할 수는 없다고 할 것이다.
○ 대법원판례에 해당되기 위한 청구법인의 회계처리
1. 회계처리 및 손금산입(00학원 양도대금 및 처분이익으로 작성)
- 가. 매매대금 등 비수익사업회계 전출시 회계처리
- 차) 고유목적사업비 000억원 / 대) 정기예금 000억원
• 손익계산서에 영업외비용으로 00 0억원 계상함.
• 법인세 신고시 세무조정: 한도초과액 000억원 손금불산입 ☞ 고유목적사업비 000억원 - 부동산처분이익 00억원 = 000억원
• 법인세과세표준 0원(손익계산서상 당기순손실 000 + 한도초과 000)
• 손금불산입 00억원(부동산처분이익 00억원 - 고유목적사업비 0억원)
• 경정근거 법인세법제29조제1항: 수익사업에 사용된 금액은 고유 목적사업비로 볼 수 없으므로 당초부터 고유목적사업비에 사용된 0억원만 준비금 설정 후 사용으로 봄
○ 청구법인의 실제 손금산입 및 법인세 신고 내용
• 양도대금 000억원(처분이익 00억원 포함) 상당액을 수익사업회계 정기예금 예치 중으로 비수익사업회계로 전출하지 않았으므로 이를 근거로 고유목적사업비로 손금산입한 것이 아님(할 수 없음)
• 소득금액 000억원(처분이익 00억원 포함)을 세무조정으로 준비금설정 000억원, 경정청구와 관련 없는 양도대금 재원 외 자금으로 지출된 고유목적 사업비 000억원 합계 000억원을 손금산입하고 세법상 한도초과액 000억원 (000억원- 000억원)에 처분이익 00억원을 합한 000억원을 준비금 한도초과액으로 손금불산입하고 법인세 00억원 납부 후 세법상 준비금 한도초과액 000억원을 초과하여 손금불산입한 00억원에 대하여 경정청구한 것임
○ 법인세법제29조제1항을 적용하여 경정청구 거부가 가능한지
• 대법원판례의 경우는 수익사업에 사용한 금액은 고유목적사업비가 아니므로 000억원 중 고유목적사업에 사용한 0억원을 제외한 금액은 000억원은 준비금설정이 없는 것으로 보므로 법인세법제29조제1항을 위배하였다 보아 법인세 경정
• 청구법인의 경우는 당해 사업연도 소득금액 000억원(처분이익포함)을 세무 조정으로 000억원을 준비금으로 설정하였고 경정청구와 관련 없는 쟁점 양도대금 외의 재원으로 지출한 고유목적사업비로 000억원 합계 000억원을 손금 계상하고 세법상 한도초과액 000억원(000억원- 000억원)을 초과하여 익금 산입한 000억원 중 차액 00억원에 대한 경정청구를 거부한 것이므로 법인세법 제29조제1항을 적용할 수 없음 왜냐하면, 경정청구와 관련 없는 고유목적사업비 000억원이 설령 전부 수익 사업에 사용되었다고 가정하더라도 세법상 과세표준은 0원으로 변동이 없기 때문임 ☞ 수익사업 지출 고유목적사업비 000억원 손금불산입 + 준비금한도초과액 00억(당초 000 억 - 고유목적사업비 감소 000
- 억) = 000억원이 당초 준비금한도초과액과 일치
○ 따라서 대법원판례와 같이 법인세법제29조제1항을 적용할 수 없습니다. 손금산입 사업연도의 손금산입의 여부의 결정은 법인세법제29조제1항 및 조세특례제한법제74조에 따라 청구법인이 하기 때문입니다.
- 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 고유목적사업 준비금의 손금산입은 장차 고유목적사업에 사용될 것을 전제로 준비금 설정시점에 손금을 인정함으로써 고유목적사업에 사용할 자금이 세금부담으로 인하여 줄어드는 것을 막고 고유목적사업준비금이 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하는데 그 취지가 있는 것(서울고등법원2016누60081, 2017.5.25., 같은 뜻)으로 볼 수 있어, 교육부장관이 수익사업용 부동산 처분금액을 수익사업용 대체부동산 취득에 사용하도록 용도를 제한한 당해 부동산의 처분에 따라 발생한 쟁점이익은 고유목적사업 준비금 설정대상 소득금액에서 제외함이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 쟁점이익을 고유목적사업 준비금 설정대상 소득금액에 포함하여 손금산입한도액을 증액한 경정청구에 대하여 거부 통지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 실제는 준비금을 부족하게 설정한 것이 아니라 한도액을 과소하게 산정하여 준비금 중 한도초과액으로 과다하게 손금불산입한 것임
결정 내용은 붙임과 같습니다.