비영리내국법인이 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 다른 용도에 사용하였다면 그 사유발생 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있음

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1953.1.1. 설립되어ㅇㅇ대학교 및ㅇㅇ여고 등을 운영하고 있는 사립학교 법인으로서, 1990.5.29.부터 부동산 임대소득 및 이자소득 등의 수익사업을 영위하면서 발생한 이익은 전액 법인세법 제56조 에 따라 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입하고 동 금액을 ‘고유목적사업회계(학교회계)’로 전출시키고 있다.
• 나. 처분청은 2018.6.7.∼2018.7.16. 기간 동안 청구법인의 2015.3.1.∼2016.2.28.사업연도 법인세를 조사하여, 청구법인이 손금산입한 고유목적 사업준비금을 청구법인의 설립자인 故 홍길동의 배우자인 나배우(2018.2.20. 사망, 이하 “배우자”라 한다)에게 생계비지원 명목으로 매월 5백만원 연간 60백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급한 사실을 확인하고, 동 금액은 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하여 2018.7.18. 청구법인에게 2015.3.1.∼2016.2.28.사업연도 법인세 10,385,000원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

배우자에게 지급한 쟁점금액은 청구법인의 경상적인 수입과 지출을 관리하는 계좌에서 지급한 것으로서 그 재원이 적립된 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 특정할 수 없음에도 처분청이 손금산입한 고유목적사업준비금에서 고유목적사업을 위하여 지출하지 아니한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하여 이 건 법인세를 부과하는 것은 부당하다. 청구법인은 임대료, 예금이자, 기부금 등 경상적인 수익을 모두 1개의 계좌번호로 관리하고 있으며, 동 계좌에서 직원 인건비 등 운영비용을 지급하고 있으며, 쟁점금액도 이 계좌에서 지출하였다. 또한, 배우자에게 쟁점금액을 지급한 이유는 그가 무재산이고 생계가 곤란하였기 때문에 사립학교법 제26조 에 따라 생계비를 지원한 것이다. 따라서, 쟁점금액의 지출이 손금산입한 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 볼 수 없고, 설령 그렇게 보더라로 사립학교법 제26조 에 따라 생계비를 지원한 것이어서 동 금액은 고유목적사업으로 지출된 것이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

청구법인은 쟁점금액의 재원이 고유목적사업준비금에서 지출한 것이 아니라고 주장하나, 청구법인은 매 사업연도에서 발생한 이익 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하고 있고, 쟁점금액을 지급한 별도의 재원이 확인되지 아니하며, 청구법인이 신고한 재무제표 및 원장을 보아도 쟁점금액이 ‘고유목적사업 회계’에서 지출된 것이 확인되므로 청구주장은 사실과 다르다. 또한, 청구법인은 배우자에게 2013년 1월부터 사망한 2018년 2월까지 매월 생계비 지원을 위하여 5백만원을 지급한 것으로 나타나나, 배우자의 자녀 홍딸1은 ㅇㅇ대학교 이사로 재직 중이고, 다른 두 자녀는ㅇㅇ대학교 교수로 재직 중인 것으로 나타나 배우자에게는 사립학교법 시행령 제10조의2 에서 정하고 있는 부양의무자가 존재하고 있었음에도 배우자를 생계곤란자로 보아 쟁점금액을 지출한 것이므로 동 지출이 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보기는 어렵다.

• 가. 쟁점 학교법인 설립자의 배우자에게 생계비로 지급한 쟁점금액이 고유목적사업을 위하여 사용한 것인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제29조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 (2014.12.23. 법률 제12850호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 소득세법 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액.(단서 생략)

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립・운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(상계)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

국세기본법 제13조제3항 에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)

⑥ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑦ 제1항을 적용받으려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치・보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 1-1) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 (2015.2.3. 대통령령 제26068호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1-2) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부 개정된 것)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2016년 12월 31일(제7호 바목의 경우에는 2015년 12월 31일, 제9호의 경우에는 2017년 12월 31일) 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

• 가. 사립학교법에 따른 학교법인
• 나. 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단
• 다. 평생교육법에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조 에 따른 비영리법인 2) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산・부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 2-1) 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. 2-2) 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】 (2015.3.13. 기획재정부령 제480호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. 2-3) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. 3) 사립학교법 제26조 【임원의 보수제한】(2015.3.27. 법률 제13224호로 일부개정된 것)

① 학교법인의 임원 중 정관에서 정한 상근하는 임원을 제외한 임원에 대하여는 보수를 지급하지 아니한다. 다만, 실비의 변상은 예외로 한다.

② 학교법인은 그 학교법인의 기본재산액의 3분의 1 이상에 해당하는 재산을 당해 법인의 기본재산으로 출연 또는 기증한 자 중 생계가 곤란한 자에 대하여는 당해 학교법인의 수익이 있는 범위 안에서 생계비·의료비·장례비를 지급할 수 있다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 보수를 받는 자에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제2항의 재산을 출연 또는 기증한 자중 생계가 곤란한 자의 기준과 생계비·의료비·장례비의 범위는 대통령령으로 정한다. 3-1) 사립학교법 시행령 (2014.7.1. 대통령령 제25407호로 일부개정된 것) 제10조의2 【생계곤란자의 기준】 법 제26조 제2항에 규정된 재산을 출연 또는 기증한 자 중 생계가 곤란한 자의 기준은 다음과 같다.

1. 건강하고 문화적인 최저생활을 유지할 수 있는 개인적인 재산이나 수입이 없는 자로서 부양의무자가 없거나 부양의무자가 있어도 부양할 능력이 없는 자

2. 학교법인의 이사로 되어 법 제26조 제1항의 규정에 의한 보수만으로 생계를 유지하다가 그 직을 사임한 자 제10조의3 【생계비등의 범위】 법 제26조 제2항에 규정된 생계비ㆍ의료비 및 장례비의 범위는 제10조의2에 해당하는 자와 그 배우자 및 18세미만의 자녀에 대한 것으로 하되, 다음 각호의 금액을 초과하지 아니한 것으로 한다.

당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장의 최고 호봉 또는 호급에 해당하는 봉급월액의 70퍼센트. 다만, 다른 법령에 의하여 연금ㆍ퇴직연금일시금ㆍ퇴직일시금 또는 퇴직금을 받거나 기타의 수입이 있는 자의 월 생계비의 한도액은 그 수입을 참작하여 당해 학교법인이 정한다.

의료시설에의 입원가료에 요하는 의료비

당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 장의 최고 호봉 또는 호급에 해당하는 봉급월액의 3배에 상당하는 금액 제10조의5 【생계비등의 지급】 학교법인은 법제26조 제2항의 규정에 의하여 생계비ㆍ의료비 또는 장례비를 지급하고자 할 때에는 이사회의 의결을 거쳐야 한다. 4) 민법 (2012.2.10. 법률 제11300호로 일부개정된 것) 제974조 【부양의무】 다음 각호의 친족은 서로 부양의 의무가 있다.

3. 기타 친족간(생계를 같이 하는 경우에 한한다.) 제975조 【부양의무와 생활능력】 부양의 의무는 부양을 받을 자가 자기의 자력 또는 근로에 의하여 생활을 유지할 수 없는 경우에 한하여 이를 이행할 책임이 있다.

• 다. 사실관계

1. 배우자의 재산 및 부양가족 여부 등

• 가) 국세청대내포털시스템에 의하면, 설립자의 배우자는 2013.4.30. 자녀 홍아들에게 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ아파트 0동 000호를 증여한 이후 확인되는 재산은 없는 것으로 나타나고, 주민등록현황에 의하면 배우자의 사망 당시(2018.2.20.) 주소지는 증여한 아파트인 것으로 나타나나 자녀 홍아들과는 별도로 세대를 구성하였던 것으로 나타난다.
• 나) 배우자의 자녀 홍딸1은 ㅇㅇ대학교 이사로 재직 중이고, 다른 두 자녀는ㅇㅇ대학교 교수로 재직 중인 것으로 나타나 배우자에게는 사립학교법 시행령 제10조의2 제1호 에서 말하고 있는 부양의무자는 있었던 것으로 나타난다.

2. 청구법인의 고유목적준비금 설정 내역 청구법인이 제출한 2015.3.1.～2016.2.28.사업연도 표준손익계산서를 다음과 같이 보면, 동 사업연도의 전체 수익사업 수입금액에서 여러 손금을 제외한 나머지 금액 3,960,094,489원(고유목적사업준비금 설정전 순이익)은 전액 고유목적사업준비금 전입으로 하여 손금산입한 것으로 나타난다.

3. 청구법인이 쟁점금액을 지출한 재원 2015.3.1.～2016.2.28. 기간 동안 청구법인의 운영비용 명세를 다음과 같이 보면, 쟁점금액은 고유목적사업회계에서 기타운영비 항목(Ⅱ.관리운영비>(3)운영비>8.기타운영비)에서 지출되었던 것(기타운영비 60,755,810원 중 60,000,000원)으로 나타난다.

• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. 1) 법인세법 제29조 제1항 은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 법 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 그러나 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러난 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다하겠다(대법원 2017.3.9. 선고 2016두59249 판결 같은 뜻임).

2. 청구법인은 쟁점금액을 지출한 재원이 고유목적사업준비금이 아니라고 주장하나, 청구법인은 매 사업연도에서 발생한 이익 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하고 있는 것으로 나타나고, 쟁점금액을 지급한 별도의 재원이 확인되지 아니하며, 청구법인이 신고한 재무제표 및 청구법인이 작성한 원장을 보아도 쟁점금액이 ‘고유목적사업 회계’에서 지출된 것으로 나타난다. 또한, 청구법인 설립자의 배우자에게는 ㅇㅇ대학교 이사로 재직 중이거나ㅇㅇ대학교 교수로 재직 중인 자녀들이 있는 것으로 나타나 배우자가 사립학교법제26조 및 같은 법 시행령 제10조의2에서 정하고 있는 ‘부양의무자가 없거나 부양의무자가 있어도 부양할 능력이 없는 자’ 요건에 부합하여 생계가 곤란한 자에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 청구법인의 고유목적사업을 위하여 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.