당초 용역계약서와 달리 새롭게 변경된 계약서에 따라서 지출된 증빙으로 확인될 경우 법인세 손금에 해당함

○○세무서장이 2018. 7. 18. 청구법인에게 한 2016.4.1.～2016.12.31. 사업연도 법인세 38,871,862원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2016. 4. 8. A시 AA동 AA조합(이하 “쟁점조합”이라 한다)과 사이에 A시 BB구 AA동 000-0번지 일원에 A시 A동 지역주택조합 아파트를 신축하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 추진에 필요한 사항을 수행하는 용역계약을 체결하였다.
• 나. 청구법인은 2017년 1기 확정분 부가가치세 신고를 하면서 주식회사 BBB(이하 “BBB”이라 한다)으로부터 수취한 3억 원 및 주식회사 CC(이하 “CC”이라 한다)으로부터 수취한 3억 원의 세금계산서(이하 BBB과 CC으로부터 수취한 세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 포함하여 주식회사 DD(이하 “DD”이라 한다)으로부터 2억 원, 주식회사 EEE(이하 “EEE”라 한다)로부터 251백만 원 합계 1,054백만 원의 세금계산서를 수취하고, 부가가치세 99백만 원의 환급을 신청하였다.
• 다. 처분청은 2017. 9.경 부가가치세 환급검토를 하여 청구법인은 컨설팅 및 업무지원을 하는 용역회사로서 시행사가 아니므로 쟁점사업과 관련하여 수취한 1,054백만 원의 세금계산서는 쟁점조합이 지급하여야 하는 비용이라는 이유로 이에 대한 매입세액 공제를 부인하는 한편, 쟁점세금계산서는 실제 공급시기인 2016년이 지나서 수취한 세금계산서라는 이유로 거래처에 자료통보를 하였다.
• 라. 청구법인은 처분청의 매입세액 공제 부인에 대하여 불복하지 않았으나, 2018. 3. 30. 쟁점세금계산서의 매입비용 6억 원을 청구법인의 2016사업연도 법인세 손금으로 인정하여 달라는 내용의 경정청구를 하면서, 부가가치세 환급검토 시 제출하지 않았던 사업비 부담 확인서를 제출하였다.
• 마. 처분청은 2018. 7. 18. 청구법인에 ‘쟁점세금계산서의 매입비용 6억 원(이하 “쟁점금원”이라 한다)은 청구법인이 아니라 쟁점조합이 부담하여야 할 비용인 점, 청구법인이 BBB과 CC으로부터 실제로 용역을 제공받았는지 불분명한 점, 청구법인이 제출한 사업비부담합의서의 진위가 불명확한 점’을 사유로 들어 경정청구거부처분을 하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2018. 10. 1. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장
• 가. 청구법인은 2016 사업연도에 BBB과 CC으로부터 용역을 제공받았음에도 용역대금을 지급하지 못하여 2017사업연도에 세금계산서를 수취하였다. 청구법인과 쟁점조합은 사업비 부담 합의서를 작성하여 당초 계약에 의하면 쟁점조합이 부담할 용역비를, 청구법인이 용역을 받아 청구법인 부담으로 쟁점조합에 제공하는 것으로 변경하였다.
• 나. 쟁점세금계산서는 청구법인이 2016사업연도에 수취하여야 하는데 2017사업연도에 수취하였으므로 처분청의 부가가치세 환급불가 통지를 수용한 것이다. 또한, DD과 EEE로부터 수취한 세금계산서에 대한 매입세액불공제 처분에 불복하지 않은 이유는 매출에누리의 성격 또는 청구법인에 직접 귀속되는 용역이 아니라고 볼 수 있는 논란의 소지가 있기 때문이다.
• 다. 쟁점금원은 쟁점조합과의 합의에 따라 청구법인이 부담한 것으로서, 청구법인이 받기로 한 용역대금 64억 원에 대응하는 비용이므로 손금산입하여야 한다. 청구법인은 2016 사업연도에 회계처리를 하지 않고 2017사업연도에 전기오류수정손실로 회계처리를 하였으므로 2016사업연도 손금에 해당한다.
• 라. 부가가치세법상 매입세액공제 여부와 법인세법상 손금인정 여부는 다른 것이므로 부가가치세 매입세액불공제 처분에 이의를 제기하지 않았다고 하여 실제로 부담한 비용을 법인세법상 손금으로 인정하지 않는 것은 위법부당하다. 설사 쟁점조합이 부담하여야 하는 부분이더라도 쌍방의 합의에 의하여 청구법인이 부담하였다면 용역매출의 에누리 성격이라 부가가치세 매입세액은 불공제되더라도 법인세법상 손금에 해당한다.
• 마. 청구법인과 쟁점조합이 사업비부담합의서를 작성하기 전에 2016. 4. 8.자 업무수임용역계약서 제5조제9호 규정에 의하여 이미 구두합의가 있었고, 이를 확실히 하기 위하여 일자미상의 날에 사후적으로 사업비부담합의서를 소급하여 작성하였다. 당초부터 작성되지 않았다는 이유로 청구법인이 부담한 사업비가 없던 것으로 되는 것은 아니다.
• 바. 청구법인이 2017. 4. 4. 쟁점조합에 청구하여 받은 BBB 홍보관 신축 공사비용 330,000,000원은 청구법인이 2016년도 중에 집행한 홍보관 공사비용을 청구하여 받은 것이며, 2016년도 중에 지출한 공사비용을 2017년 4월에 받은 이유는 2017. 2. 14. 쟁점조합의 설립인가가 되어 그 이전에는 청구를 할 수가 없어서 2017년 3월에 쟁점조합에 경비집행에 대한 대금지급을 청구하고 2017. 4. 4. 대금을 지급받게 된 것이다. (단위: 원) 날짜 적요 출금액 출금계좌

2016. 4. 23. 홍보관 공사계약금 200,000,000 00-000-00

2016. 5. 18. 홍보관 공사비용 20,000,000 00-000-00

2016. 5. 21. 홍보관 공사비용 50,000,000 00-000-00

2016. 5. 24. 홍보관 공사비용 50,000,000 00-000-00

2016. 6. 13. 기업 BBB 10,000,000 00-000-00 합계 330,000,000 00-000-00

2017. 4. 4. BBB에 지급한 310,000,000원은 쟁점사업의 단위세대 내부 인테리어디자인 용역에 대한 대금을 지급한 것으로서 위의 홍보관 공사비용과는 별개로 사업비부담합의서에 따라 청구법인이 부담하는 대금이다. 즉 청구법인이 2017. 4. 4. 쟁점조합으로부터 지급받은 330,000,000원과 같은 날 청구법인이 BBB에 지급한 310,000,000원은 지급성격이 전혀 다르다.

• 사. 접대비란 지출의무가 없고, 지출이 수익의 실현에 직접 대응될 수 없는 비용이지만, 쟁점비용은 청구법인의 용역수익 6,444백만 원에 대응하는 비용이며, 사업비부담합의서에 따라 지출의무가 부여된 비용이기 때문에 접대비가 아니라 판매부대비용 또는 매출에누리에 해당한다.
• 아. 처분청이 제시한 예규는 모두 부가가치세법상 매입세액불공제와 관련된 것으로서 법인세의 경정청구거부처분 취소를 구하는 이 사건에 적용될 수 없다. 또한 조심2008서3916호, 2017부0180호 결정 등은 조합이 설립되면 조합으로부터 사후정산 받을 수 있어서 비용을 대여금으로 판단한 사건으로서 이 사안과 다르다.
• 나. 처분청 의견
• 가. 청구법인이 DD과 EEE로부터 발급받은 세금계산서가 매입세액 불공제된 이유는 공급시기에 발급되었으나 쟁점조합과의업무수임용역계약서 제7조에 의하면 업무와 관련 없는 사실과 다른 세금계산서로 판단되었기 때문이다. 그러나 청구법인이 이에 대하여 별도의 불복을 제기하지 않았다. 따라서 쟁점세금계산서가 과세기간을 경과하여 수취한 것이어서 불복을 하지 않았다는 청구법인 주장은 신뢰하기 어렵다.
• 나. 쟁점조합과 청구법인의 업무수임계약서 제4조및 자금관리대리사무계약서 제19조에 의하면 쟁점조합은 시행사 및 손익의 주체로서 “본 사업”에 대한 최종적인 권리 의무는 조합에게 있음을 나타내고 있는바, 쟁점사업과 관련된 용역의 권리의무자는 쟁점조합이므로 쟁점금원을 청구법인의 비용이 아닌 것으로 본 경정청구 거부처분은 정당하다. 업무수임계약서 제4조: “갑(조합)”은 본사업과 관련한 최종적인 책임 및 의무는 “갑(조합)”에게 있음을 확인한다. 자금관리대리사무계약서 제19조: “갑(조합)”은 본사업의 시행자 및 손익주체로서 “본사업”과 관련한 모든 권리와 의무를 갖는다.
• 다. 쟁점조합과 청구법인, ZZZ신탁 주식회사(이하 “ZZZ신탁”이라 한다)의 자금관리대리사무계약서 제3조를 보면 “업무수임료”와 “조합원 부담금”이 구분되어 각각 별도 관리 되고 있는 것으로 나타나며, 동 계약서 제12조제4항에 의하여 쟁점세금계산서는 업무수임료가 아닌 조합원 부담금의 비용으로 판단되는바, 업무수임계약서상 청구법인 업무수임료 매출 총 64억 원과 대응하는 비용은 아닌 것으로 판단된다. 자금대리사무계약서 제12조제4항: 조합원 부담금은 설계·감리비 등 각종용역비, 광고·홍보비, 조합원모집 마케팅 홍보용역 수수료등 필수 사업비로 사용되어야 한다.
• 라. 또한 쟁점조합과 청구법인의 업무수임계약서 제7조에 의거 업무진행에 따른 사업추진비는 조합원 부담금으로 조합에게 회계처리하여 보고하고 지급하는 비용으로 약정되어 있으므로 쟁점비용은 청구법인의 비용이 아닌 쟁점조합의 비용으로 판단된다. 업무수임계약서 제7조:업무진행에 따른 비용처리는 “갑(조합)”이 지급할 의무가 있는 사업추진비인바 매월 “을(청구법인)”이 회계처리하여 보고하고 “갑(조합)”이 지급하기로 한다.
• 마. 만약 청구법인의 주장처럼 사업비부담합의서에 의해 쟁점금원을 실제로 청구법인에서 부담하였다 하더라도 청구법인이 제출한 불복청구서의 내용조합과 합의에 따라 조합측이 제공받은 용역 중 일부 용역비용 등을 청구법인이 부담한 것이라는 문구대로 용역의 권리의무주체는 쟁점조합이며, 비용만 청구법인이 부담한 것으로 이는 접대비로 보아야 할 것이다.
• 바. 청구법인과 조합이 2016. 4. 8. 작성한 업무수임용역계약서 제7조에 반하는 내용을 담은 사업비 부담 확인서를 동일자에 작성하였다고 하면서 쟁점세금계산서는 청구법인의 비용이라고 주장하고 있으나, 청구법인이 경정청구시 제출한 사업비부담확인서는 다음의 사유로 신뢰하기 어려우므로 처분청 판단과 같이 사업의 권리의무 주체는 조합이므로 청구법인은 업무대행사의 지위에서 본인의 업무로 볼 수 없다(같은 뜻, 조심2017부0180).

1. 2017. 9월 처분청의 환급현장확인 과정에서 쟁점이 되었던 BBB, CC, EEE, DD 4개의 업체와의 대금 지급내역에 대한 합의서로 이는 주요 매입용역에 대한 필수적인 서류로 현장확인 과정에서 제출했다면 결정적 판단의 근거가 될 수 있음에도 동 서류를 제출한 사실이 없다.

2. 당초 환급현장확인 과정에서 경황이 없어 제출하지 못했다고 하더라도 경정청구 과정에서 제출할 수 있었음에도 불구하고 제출한 사실이 없으므로 당초부터 사업비부담확인서가 작성되었다는 청구법인의 주장을 신뢰성이 떨어진다.

3. 청구법인은 쟁점금원에 대한 대금증빙을 첨부하며 실제 대금지급을 주장하고 있으나 청구법인이 제출한 금융증빙 중 BBB에게 입금한 310백만 원은 2017. 4. 4. 조합에 청구하여 지급받은 대금을 동일자에 BBB에게 입금한 것으로 판단되는바 청구법인이 제출한 대금증빙은 신뢰하기 어렵다.

• 사. 또한, 사업비부담확인서의 진위는 별론으로 하고 사업비부담합의서에 의해 청구법인이 실제 지급한 비용이라 할지라도 조합이 지급할 비용을 청구법인이 지급한 것으로 청구법인이 수취한 쟁점 세금계산서는 청구법인의 사업과 무관한 비용으로 당초 경정청구 기각처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 사업비부담확인서에 따른 이 사건 비용이 법인세법 손금에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 제25조 【접대비의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액(부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인의 경우에는 그 금액에 100분의 50을 곱한 금액)을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점조합 관련 정보

• 가) 사업자등록내역 쟁점조합은 2016. 0. 00. 사업장소재지를 ‘FF DDE시 AA구 00대로29번길2, 2층(A동 406-2, 2층)’으로 하여 주업종이 없이 면세사업자(종교단체이외의 단체)로 개업하여 2017. 0. 00. 폐업한 후, 2017. 0. 00. 사업장소재지를 종전과 동일하게 하고, 주업종을 주택신축판매업으로 하여 일반과세자로 개업한 후 현재까지 계속사업자이다.
• 나) 주택조합 인가내역 쟁점조합은 2017. 2. 14. FF DDE시장으로부터 인가번호 ‘2017-공동주택과-주택조합설립인가-00’, 조합명 ‘DDE A동 지역주택조합’, 대표자 ‘KKK’, 사무소 소재지 ‘FF DDE시 CA구 FF대로00번길 0’, 조합원 수 ‘000명’으로 하여 주택조합 설립인가필증을 받았다.

2. 업무수임 용역계약서 청구법인(“을”)이 2016. 4. 8. 쟁점조합(“갑”)과 체결한 업무수임용역계약의 주요 내용은 아래와 같다. <아 래>

• 가) 쟁점조합은 쟁점사업의 진행을 위하여 분양홍보관 건립, 운영, 광고, 조합원 모집, 관리 등의 관련 업무, 사업과 관련된 설계, 공사도급계약 결정 등의 관한 업무를 하며 이에 대한 최종적 책임과 의무는 쟁점조합에 있다.
• 나) 청구법인은 쟁점사업의 분양홍보 관련한 총괄 업무 및 업체의 선정 계약 등과 관련하여 쟁점조합의 지시 및 요구에 따라 쟁점조합을 지원하고 컨설팅 수임업무를 진행한다.
• 다) 업무진행에 따른 비용처리는 쟁점조합이 지급할 의무가 있는 사업추진비로서 쟁점조합이 지급하고, 조합설립 전 집행금액에 대한 세금계산서 당사자는 청구법인으로 하며, 이에 대한 비용은 쟁점조합이 지급할 의무가 있다.

3. 자금관리대리사무계약서 청구법인(“병”)이 2016. 4. 19. 쟁점조합[“갑”, 조합이 설립되기 전으로서 “AB지역주택조합추진위(가칭)”], ZZZ신탁(“을”)과 체결한 자금관리 대리사무계약의 주요 내용은 아래와 같다. <아 래>

• 가) 쟁점사업의 시행자는 쟁점조합이다.
• 나) ‘업무수임료’는 조합원부담금과 별도로 청구법인의 업무수임 용역대금으로 납부하는 금액으로 정의하고, ‘조합원 부담금’은 조합원에게 배정된 공동주택의 소유권을 이전받기 위하여 지역주택조합에 납부하여야 하는 조합운영비, 사업부지매입비, 건축비 등 일체의 금액으로 정의하였다..
• 다) 청구법인이 사업 필수 사업비로 기 집행한 고유자금(대여금 포함) 및 업무수임료로 대납한 사업비는 조합원 부담금으로 상환받는다.
• 라) 쟁점조합은 쟁점사업의 시행자 및 손익주체로서 쟁점사업과 관련한 모든 권리와 의무를 가진다.

4. 사업비 부담 합의서 청구법인은 이 건 작성일자 2016. 4. 8.로 기재된 를 제출하였는데, 주요내용은 아래와 같다. <아 래>

• 가) 쟁점조합과 청구법인은 기체결한 업무수입 용역계약서를 근거로 조합원을 모집하는 주택전시홍보관 건립비용은 쟁점조합이 부담하고, 주택전시홍보관 디자인 비용은 청구법인이 부담하기로 한다.
• 나) 본사업을 위한 설계비용은 쟁점조합이 부담하고, 최적의 설계를 위한 프리젠테이션 모형자문 및 제작에 필요한 비용은 청구법인이 부담하기로 한다.
• 다) 청구조합과 청구법인이 별도로 업체에게 지급하기로 한 용역에 대해서는 쟁점조합과 청구법인이 별도로 해당 업체와 용역계약을 체결하여 처리하기로 한다.

5. 청구법인 명의 계좌의 거래내역 쟁점조합의 자금집행을 대리하는 ZZZ신탁은 2017. 4. 4. 청구법인 명의의 계좌에 972,041,737원을 입금하였는데, 쟁점조합이 BBB에게 ‘홍보관 신축공사’에 대하여 지급하는 330,000,000원이 포함되었다. 청구법인의 위와 다른 명의의 계좌에서 BBB 및 CC 명의의 계좌로 아래와 같이 각 330,000,000원 합계 660,000,000원이 출금되었다. <아 래> 날짜 금액 상대방 날짜 금액 상대방

16. 12. 30. 10,000,000원 BBB

17. 03. 28. 110,000,000원 CC

17. 03. 02. 10,000,000원 BBB

17. 03. 29. 220,000,000원 CC

17. 04. 04. 310,000,000원 BBB 합계 330,000,000원 합계 330,000,000원

6. BBB에 대한 계약내용

• 가) BBB과 쟁점조합의 계약 쟁점조합은 2016. 4. 11. BBB과 사이에 공사대금을 21억 원(계약금 3억 원)으로 하여 전시홍보관 신축공사계약을 체결하였는데, 청구법인이 업무수임사로서 위 계약에 참여하였으며, 쟁점조합은 BBB으로부터 다음의 세금계산서를 발급받았다. (단위: 원) 작성일자 발급일자 합계금액 공급가액 세액 품목

2017. 03. 24.

2017. 03. 24. 531,000,000 482,727,272 48,272,728 홍보관

• 나) BBB과 청구법인의 계약 청구법인은 2016. 5. 2. BBB과 사이에 용역대금을 3억 원으로 하여 단위세대 내부 인테리어 디자인 용역계약을 체결하면서, BBB으로부터 다음의 세금계산서를 발급받았다. (단위: 원) 작성일자 발급일자 합계금액 공급가액 세액 분류 품목 2016.06.30. 2016.07.04. 330,000,000 300,000,000 30,000,000 주택홍보관 공사 2016.07.04. 2016.07.04. 800,000,000 727,272,728 72,727,272 주택홍보관 공사 2016.08.01. 2016.08.01. 220,000,000 200,000,000 20,000,000 홍보관공사 2016.09.06. 2016.09.06. 330,000,000 300,000,000 30,000,000 주택홍보관 공사 2017.04.04. 2017.04.04. 310,000,000 281,818,181 28,181,819 세대디자인 개발 2017.04.04. 2018.07.11. -310,000,000 -281,818,181 -28,181,819 수정 세대디자인 개발 2017.05.16. 2017.05.16. 20,000,000 18,181,818 1,818,182 단위세대 내부디자인 2017.05.16. 2018.07.23. -20,000,000 -18,181,818 -1,818,182 수정 단위세대 내부디자인 2016.06.30. 2018.07.11. 310,000,000 281,818,181 28,181,819 수정 세대디자인 개발 2016.06.30. 2018.07.23. 20,000,000 18,181,818 1,818,182 수정 단위세대 내부디자인

7. CC에 대한 계약내용

• 가) CC과 쟁점조합의 계약 쟁점조합은 2016. 4. 29. CC과 사이에 용역대금을 12억 원으로 하여 광고대행계약을 체결하였는데, 청구법인이 업무수임사로서 위 계약에 참여하였으며, 쟁점조합은 BBB으로부터 다음의 세금계산서를 발급받았다. (단위: 원) 작성일자 발급일자 합계금액 공급가액 세액 품목 2017.04.21. 2017.04.21. 107,258,250 97,507,500 9,750,750 광고제작비 2017.03.24. 2017.03.24. 700,000,000 636,363,636 63,636,364 광고제작비
• 나) CC과 청구법인의 계약 청구법인은 2016. 4. 7. CC과 사이에 용역대금을 3억 원으로 하여 프리젠테이션 모형 자문 및 제작용역계약을 체결하면서, CC으로부터 다음의 세금계산서를 발급받았다. (단위: 원) 작성일자 발급일자 합계금액 공급가액 세액 품목 2016.07.01. 2016.07.01. 400,000,000 363,636,363 36,363,637 광고제작 2016.08.01. 2016.08.01. 220,000,000 200,000,000 20,000,000 광고제작 2017.04.18. 2017.04.18. 330,000,000 300,000,000 30,000,000 PT모형자문 &제작비

8. EEE 및 DD 관련 내용

• 가) 청구법인이 2017년 1기 확정기간 EEE로부터 발급받은 세금계산서 (단위: 원) 작성일자 발급일자 합계금액 공급가액 세액 품목 2017.04.27. 2017.04.27. 276,000,000 250,909,090 25,090,910 부동산용역
• 나) 청구법인 2017년 1기 확정기간 DD로부터 발급받은 세금계산서 (단위: 원) 작성일자 발급일자 합계금액 공급가액 세액 품목 2017.04.07. 2017.04.07. 220,000,000 200,000,000 20,000,000 수수료

9. 청구법인의 2016 내지 2017사업연도 손익내용 청구법인의 매출은 쟁점조합에서 받는 업무대행수수료로 이루어지는데, 청구법인은 2016년부터 2017년까지 약 33억 원의 업무대행수수료를 지급받았다. (단위: 백만원) 구 분 2016사업연도 2017사업연도 매출액 1,521 1,775 매출원가 0 0 판매비와 관리비 1,278 1,335 전기오류수정손실 0 660(쟁점금원의 부가세 포함 금액) 이익 243 -220 청구법인이 작성한 2017 사업연도 손익계산서에 쟁점금원의 부가세포함금액 660,000,000원이 전기오류수정손실로 포함되어 2017 사업연도 법인세 신고 시 위 전기오류수정손실 660,000,000원을 손금불산입하는 세무조정을 하고, 2016 사업연도에 쟁점금원 600,000,000원을 손금에 산입하여 달라는 경정청구를 하였다.

10. 쟁점조합의 세무신고 내역

• 가) 종합소득세 신고 쟁점조합의 대표자 KKK는 쟁점조합을 개인사업자로 하여 2017년 귀속 종합소득세를 신고하였는데, 쟁점조합에 대한 사업소득의 총수입금액 0원, 필요경비 0원, 소득금액 0원, 납부세액으로 신고하였다.
• 나) 부가가치세 신고 쟁점조합은 2017년 1기에 BBB, DD, CC 등으로부터 수취한 매입세금계산서에 대하여 339백만원의 환급신청을 하였으나, 처분청 담당공무원이 현장확인을 한 바 국민주택 규모 이하 주택분에 대한 부분이 포함된 것으로 확인되어 이에 대한 매입세액을 불공제처분하여 79백만 원의 환급결정을 하였다. 법인세법 제19조 제1항 은 원칙적으로 ‘손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’라고, 제2항은 원칙적으로 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 각 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2009. 11. 22. 선고 2007두12422 판결, 대법원 2015. 1. 29. 선고 2014두4306 판결 등 참조). 처분청은 쟁점조합과 청구법인 사이의 업무수임용역계약서에 따라 이 건 용역비는 조합원 부담금에 해당하고, 쟁점조합이 사업시행자로서 조합원 부담금에 관한 최종적인 권리와 의무를 지는 자로 확인되므로 이 건 용역비는 쟁점조합의 수입에 대응되는 손금에 해당하고, 청구법인의 법인세법상의 손금에 해당되지 아니하여 경정청구 거부처분이 적법하다고 한다. 그러나, 청구법인과 쟁점조합이 사업비부담합의서를 작성하여 쟁점조합이 부담하여야 할 용역비를 청구법인이 부담하는 것으로 이 건 용역을 업무수임 용역계약서와 별도로 계약한 점, 이 건 용역비에 대하여 청구법인이 거래상대방으로부터 세금계산서를 발급받은 점이 확인되고 달리 실제 거래를 부인할 증거자료가 없는 점 등을 고려할 때에 청구법인이 실제 부담한 비용으로 볼 수 있고, 일반적인 사회통념에 의할 때에 쟁점조합과 쟁점법인은 쟁점조합의 쟁점사업이 완료되는 시점에 이르러 이 건 용역비용을 반영하여 상호 정산할 것으로 예상할 수 있는 점 등을 종합하면 청구법인의 주장과 같이 이 건 용역비용은 청구법인의 법인세 손금에 해당하는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. (문서 마지막에 아래 마크가 나타나도록 부탁드립니다)