조세심판원 심사청구 법인세

대표이사에게 지급한 직무발명보상금을 손금부인 한 처분이 정당한지 여부

사건번호 심사-법인-2018-0028 선고일 2019.01.23

대표자가 특허권과 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지가 확인되지 않고, 기술적인 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할 만한 입증자료의 제시도 부족한 점 등으로 보아 정당한 직무발명보상금으로 보기 어려움

주 문

이건 심사청구는 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1975.3.5. 설립한 ㈜AAA으로부터 2002.12.15 냉각탑사업부문을 분할하여 설립한 법인으로 냉각탑 설계, 제작, 설치 및 수리업등을 영위하고 있다.
  • 나. 청구법인의 대표이사인 구AA(이하 “대표자”라 한다)은 청구법인이 특허권자 및 디자인권자로 등록된 특허권 27건과 디자인권 17건의 발명자로 되어 있다.
  • 다. 청구법인은 이 중 3건의 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)에 대해 외부의 감정평가를 거쳐 직무발명보상금 2,017백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대표자에게 지급하기로 결정하여 지급한 후에 비과세 기타소득으로 원천세를 신고하였다.
  • 라. 조사청은 2018.1.25.부터 2018.3.21.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 대표자에게 허위의 보 상규정 및 절차를 통하여 직무보상금을 지급하는 등 발명진흥법 제15조 에 규정하고 있는 절차적ㆍ실체적 정당성을 결여한 것으로 보아 직무발명보상금 2,017백만원에 대해 손금불산입한다는 내용 등의 세무조사 결과를 2018.4.6. 청구법인에게 통지하였고, 청구법인은 직무발명보상금 2,017백만원에 대해 손금불산입한다는 내용에 대해 과세전적부심사청구를 제기하였으나 불채택되어 처분청이 2018.6.15. 경정ㆍ고지하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2018. 9.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
  • 가. 쟁점특허권과 관련한 직무발명보상금 2,017백만원은 발명진흥법 제15조 에서 정한 보 상규정 및 절차에 따라 적법하게 지급하였다.

1. 청구법인은 발명진흥법에 따라 청구법인의 종사자로서 발명자인 대표자가 특허청장으로부터 발명특허를 얻은 쟁점특허권에 대하여 관련 법률에 따라 전용실시권을 사용한 대가로 지급한 것이다.

2. 청구법인은 발명진흥법의 관련규정에 따른 전문감정평가법인이 시가평가한 내용에 따라 청구법인의 이해관계자인 종업원위원으로 구성된 ‘직무발명심의위원회’의 의결을 거치고 쟁점특허권 발명자인 대표자에게 정당하게 쟁점금액을 직무발명보상금으로 지급하였다.

3. 조사청은 객관적이고 구체적인 절차없이 쟁점금액을 지급하였다고 주장하나, 허위절차란 보유하지 아니한 특허권을 보유한 것처럼 자료를 꾸며 허위로 직무발명보상금을 지급한 것을 말하는 것이고, 청구법인은 특허권 발명자에게 전용실시권 사용대가로 쟁점금액을 지급한 것이므로 이는 발명진흥법 입법취지에도 부합한 내용이다.

4. 조사청은 청구법인이 2016.12.1. HH컨설팅과 특허재무컨설팅계약 체결시 실제 특허권 평가도 하기 전에 직무발명보상금을 20억원에 결정하였다고 주장하나, 관행상 계약체결 이전에 구두로 견적과 시가평가액을 제의받고 계약을 체결한 것이며, 컨설팅과 시가평가가 계약체결일 이후 실행되는 것이 일반적이다.

5. 또한, 청구법인은 2016.9.23. 직무발명보상제도 도입을 위하여 발명진흥법에 따라 임시주주총회를 개최하였으며, 2016.9.26. 직무발명심의위원회 위원선출 등 일련절차를 진행하여 2016.12.23. 전문감정평가법인에서 직무발명보상금에 대한 감정평가서를 수령한 후 직무발명보상금을 쟁점특허권 발명자인 대표자에게 적법하게 지급하였다.

6. 청구법인은 중소기업으로 관련자료 및 기록이 경미하게 미비한 점도 있으나, 계약은 원칙적으로 당사자 의사합치만으로 성립하고 일정한 방식은 요구되지 아니한바, 조사청이 일부 자료의 미비를 들어 경영환경이 어려운 중소기업에 대한 직무발명보상금 자체를 무효화하는 것은 관련 법령의 입법취지에도 어긋난다고 사료된다.

7. 따라서 청구법인이 쟁점특허권 발명자에게 관련 법령의 입법취지와발명진흥법제15조에서 정한 보 상규정 및 절차에 따라 적법하게 시가평가한 직무발명보상금을 지급하였으므로 쟁점특허권 발명자인 대표자에게 지급한 직무발명보상금은 정당하고 적법하다.

  • 나. 청구법인은 2016.12.1. 컨설팅업체와 직무발명보상제도 도입부터 향후 국세청 대응까지 용역에 대해 자문계약을 하였다.

1. 조사청은 사후에 청구법인의 직무발명보상제도를 정관에 표기하였으며 직무발명심의위원 인사발령도 사후에 기록하였다는 주장이나, 청구법인은 본 건뿐만 아니라 30년 전부터 특허발명을 해 왔음에도 중소기업으로서 관습상 관련자료 및 기록을 비치하지 않았던 것이지 특허청에 기존에 수십건의 특허권을 등록한 기업이 허위로 발명을 한 것처럼 문서를 조작하거나 사실관계를 왜곡하여 기록하는 등의 부정한 행위를 하지 않았다.

2. 또한 조사청은 직무발명보상금은 종업원과 협의하에 직무발명심의위원회를 구성하는 등 실제로 직무발명보상제도를 도입하고 사용자등이 얻을 이익을 고려하여 정당한 보상을 하는 것이라고 설명하는데, 대표자는 대표임원으로서 국세청 예규에서 규정한 것처럼 종업원과 똑같이 직무보상금을 수령할 수 있으며, 그 내용을 정관이나 이사회의사록에 규정하면 정당한 직무보상금에 해당되는 것이고, 대표자는 이사회에서 직무보상을 결의하였기 때문에 ‘종업원과 협의’에 해당하는 것으로 보아야하며 사후에 관련 서류를 보완하였다고 하여 그 사실 관계를 부인할 수 없는 것이다.

  • 다. 조사청은 쟁점특허권을 대표자의 단독발명이라고 볼 수 없다는 주장이나, 쟁점특허권 발명자가 대표자 외에 종업원이 관여하였다는 사실은 조사청이 입증하여야 하는 것이다.

1. 쟁점특허권 발명자인 대표자는 선친이 운영했던 ‘HH공업사’에서 산업용 기계제작의 개발과 제조현장에 직접 참여했으며, 가업승계를 한 이후 1975년도에 청구법인을 설립하여 산업용 냉방ㆍ냉각기계의 제품개발ㆍ연구ㆍ제작 등에 오로지 한길로 종사하였고, 현재까지도 계속적으로 동종제품을 제조 생산하는 청구법인을 기업가로서 성실히 경영하였다고 자부한다.

2. 청구법인은 1986년도에 유망중소기업으로 선정되었고, 쟁점특허권 발명자인 대표자는 청구법인의 발전을 위하여 1986년부터 냉각탑외 9종의 상표등록을 시작으로 특허권 27건과 디자인권 17건 등 상표권ㆍ실용신안ㆍ디자인ㆍ특허권 등(이하 “특허권 등”이라 한다)을 연구ㆍ고안ㆍ개발업무를 수행하여 특허 발명자로 등록하였으며 현재까지도 연구발명을 계속하고 있다.

3. 청구법인은 특허권 등의 기술을 한층 더 효율적인 제품화 및 상품화를 시키기 위하여 1998년 기업부설연구소(이하 “연구소”라 한다)를 만들어 주요업무로 특허권의 특허기술을 기반으로 한 발명품의 제품상용화, 양산화를 위한 시연, 시제품을 제작 수행을 하는 장소로 활용하였고, 또한 부수업무로 쟁점특허권을 포함한 산업재산권에 대하여 특허출원 등록사항의 내용, 발명계기, 발명내용 등을 상세히 기록 명시하고 관리하는 보조업무를 수행하는 장소로 사용되었으므로 연구소는 쟁점특허권의 발명과는 직접 연관성이 없다.

4. 조사청은 쟁점특허권을 인정하면서, 특허청에서 심사하여 등록한 쟁점특허권 발명자는 연구소가 존재하고 관련비용이 지출되었다는 사실만 가지고 그 존재이유, 성격, 해당업무의 내용 규명도 하지 않고, 종업원 및 연구소가 공동개발하였다는 입증자료나 종업원의 확인서도 없이 조사공무원의 단순한 추정만으로 공동발명하였다고 주장하고 있다. 만약 조사공무원이 주장하는 공동발명이라고 한다면 발명자인 대표자가 발명한 부분을 객관적으로 시가를 계산하여 대표자의 직무발명보상금에 대하여는 인정하여야 할 것인데, 쟁점특허권이 부존재하는 것처럼 전액을 부인함으로서 논리적·법리적으로도 부합되지 않는다.

5. 8년 자경농지의 비과세 경작기간을 판단할 때에도 세법에서는 “직접경작이란 농작업에 상시 종사하거나 1/2이상을 자기노동력으로 경작하는 것을 말한다.”라고 규정하여 적용함으로써 보조자의 자경기간도 직접경작으로 인정하고 있다.

6. 또한, 황MM 박사의 줄기세포에 대하여도 황MM 박사가 발명자이며 조교들은 발명자로 보지 않고 있다. 또한 세계등산가들도 등산로 개척 및 짐꾼 등 보조자인 셀파를 등산가로 보지 않는 것처럼 상기 내용과 같이 관련 법률의 규정에서도 특허등록시에 발명자가 진정한발명자이며, “단순히 기술의 착상에만 그치고 이를 구체화하는 과정에 관여하지 않은 자, 일반적인 지식을 제공한 조언자, 단순한 보조자, 자금제공자, 도급인, 명령자는 진정한 발명자라고 할 수 없다.”라고 규정하고 있다. 관련예규에서도 같은 논리로 판단하고 있어 대표자를 진정한 발명자로 보아야 할 것이다.

7. 만일 조사청에서 본건에 대하여 과세를 하려면, 쟁점특허권 발명자가 대표자외 종업원이 관여하였다는 사실을 조사청이 객관적으로 입증하여야 하는 것이며, 조사청은 연구소에서 매년 6〜7억원의 연구인력개발비가 지출되어 단독발명으로 보기 어렵다고 주장하나, 청구법인의 연구인력개발비는 청구법인의 장치와 관련하여 특허등록 이후에 지출된 것으로 쟁점특허권과 직접 관련된 비용에 해당되지 않는 것이다.

8. 따라서, 쟁점특허권의 특허발명품은 발명자인 대표자의 단독 발명품에 해당하는 것으로 특허청에서 장기간 심사하여 합법적으로 등록한 것이다. 그러므로 과세관청에서 과세대상으로 거론할 사항이 아니라고 사료되며, 만일 조사청에서 쟁점특허권 존재 및 등록내용을 인정하지 않는다는 것은 특허법 및 발명진흥법을 집행한 관련 법률을 위배하게 되어 이율배반적 현상에 빠지고 정부를 불신하게 되는 것이므로 마땅히 본건에 대하여 법률구제가 되어야 한다고 사료된다.

  • 라. 대표자는 특허권의 진정한 발명자로 볼 수 없다는 조사청의 주장에 대하여

1. 납세의무자는 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서라도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위의 효력을 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 한다.(대법원 1999.11.9. 선고 98두14082 판결, 대법원 2001. 8.21.선고 2000두963 판결, 대법원 2009.5.14. 선고 2008두14067 판결 등 참고).

2. 또한 법인과 특수관계자 사이의 거래가 법인세법상 부당행위계산부인 사유에 해당한다는 사실의 입증책임은 과세관청에 있고, 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없게 된다(대법원 2005.1.13선고 2003두10343 판결, 대법원 2007.2.22.선고 2006두13909 판결 등 참고).

3. 위 법리에 비추어 보면, 이 사건의 경우 대표자와 청구법인이 상호 간에 법인세법상 소정의 특수관계가 있는 사실, 청구법인이 설립된 이후에 이 사건 특허가 출원된 사실로 보면 위 조사청이 주장하는 것만으로는 쟁점특허권이 대표자의 단독발명품이 아니어서, 쟁점특허권의 지급대가가 ‘청구법인의 업무와 직접 관련이 없는 지출’ 내지 ‘청구법인과 특수관계에 있는 대표자와의 거래로 인하여 청구법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것’에 해당한다고 보기에 부족하고 달리 이를 입증할 증거가 없으므로 이런 취지에 따라 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점특허권은 대표자가 개인적으로 발명하였다고 봄이 타당하다.

4. 만약 연구노트가 사후에 작성되었다고 하더라도 특허권과 관련되어 필요에 의해 보완한 서류일 뿐 허위서류에 해당하지 않는다. 대표자가 발명한 냉각탑은 수십년전부터 청구법인의 매출을 증대하는 데 있어 중요한 기능을 하는 시설이며 동 시설 또한 법인설립에서부터 현재까지 대표자가 발명하여 다수 특허출원을 하였다.

5. 대표자는 1975년에 새로 설립된 (주)AAA으로부터 분할한 청구법인의 대표이사로서 냉각탑 설계·제작·설치·수리에 관련된 수많은 특허 및 디자인권을 출원하여 취득한 특허권을 사용하여 회사의 발전에 기여를 해오고 있다.

6. 대표자는 청구법인의 연구개발 업무를 담당하거나 기술개발부 또는 기술연구 개발부를 총괄하는 업무를 담당하였고, 이 건 각 발명 당시에도 그 직위를 계속하여 유지하고 있던 사실과 발명보상금은 그 발명의 실시로 발생될 법인의 전체 매출금액을 감안하여 직무발명보상금을 산정한 것이다. 그리고 조사청이 제시한 매출액의 증가가 크지 않았다는 주장에 대하여는 발명품이 매출액에 기여를 하는 기간은 단기간에 반영이 되는 경우도 있지만 실제로 매출액에 반영이 되기 위해서는 거래처확보, 상품홍보, 발명 후 기계의 보완 생산 등에 있어서 그 기간이 상당시간 소요되는 것도 많이 있다.

7. 위 사실관계를 미루어 보면, 쟁점특허권은 대표자가 그 재직 중에 청구법인의 업무범위에 속하는 냉각탑공사와 관련한 발명을 한 것이므로 구 특허법 또는 발명진흥법에 따른 직무발명에 해당한다고 볼 여지가 많고, 일부 조력자가 있었다는 점만으로 그 발명이 직무발명에 해당하지 않는다고 볼 것은 아니다.

8. 참고로 조선일보(2018.8.18. 변희원/신수지 기자)의 기사내용을 보면 앤디워홀도 조수를 썼으며, 조수가 그린 그림에 가필해 자기이름으로 판매한 가수 조MM도 대작 혐의에 대해 무죄로 판시했다고 하면서 이는 누가 물감을 칠했느냐가 아니라 누가 아이디어를 냈는지가 중요하다고 판결내용을 밝힌 바 있다. 조MM은 현대미술에서 작가의 영역은 오로지 아이디어 창출에 있다는 견해를 가진 작가들이 있고, 다수의 조수 또는 전문 인력을 고용해 미술품을 대량 생산하는 방식이 점점 널리 퍼지는 추세라고 주장한 내용이 판결에 영향을 준 것이다.

  • 마. 직무발명보상금 산정시 공헌도 및 보상율을 근거 없이 높게 책정하였다는 조사청의 주장에 대하여

1. 발명진흥법에 의하면 직무발명보상금의 구체적인 액수는 “원칙적으로 그 직무발명에 의해 사용자가 얻을 이익의 금액”을 말하는 것으로 발명에 대한 사용자 및 종업원의 공헌도(발명자 보상율), 공동발명자가 있을 경우 그 중 발명자의 개인기여도(발명자 기여율) 등의 요소를 종합적으로 고려하여 산정하여야 할 것이다.

2. 청구법인은 특허권의 평가 및 직무발명보상금을 당해 특허권의 성질, 특성, 생산성 기여도, 미래평가가치, 시장성 등에 따라 국가가 공인한 전문감정평가법인에 의뢰하여 평가하였고, 발명자는 특허청으로부터 공동발명이 아닌 개인발명으로 등록되었으므로 발명자 기여율은 100%가 당연한 것이고, 청구법인은 쟁점특허권을 사용하여 제품화가 가능하게 되었고, 해당제품을 판매하여 얻은 이익도 실제보상율에 상응하므로 보상율 또한 정당하다고 사료된다.

3. 조사청이 인적ㆍ물적시설로 기여한 회사 공헌을 도외시하고 직무발명보상금 산정시 공헌도 및 보상율 책정이 잘못되었다고 주장하나, 발명자인 대표자가 발명과정에 청구법인에게 장소 등을 제공받았다는 부분은 쟁점특허권 발명과 직접 연관성이 없는데도 조사청이 쟁점특허권 및 감정평가액을 부인하는 것은 특허권 존재사실을 부인하는 것이나 다름없는 것으로 법리적으로 배치되는 것이다.

4. 보상율은 각각 제품과 회사별로 상이할 수 있는 것이 실제 현실이고, 실제 법원에서도 기여율 100%를 인정한 경우도 많으나, 청구법인은 발명진흥법의 규정에 따라 아래의 ‘특허재무컨설팅계약서 사본’과 같이 쟁점특허권에 대하여만 전문감정평가법인에 의뢰하여 객관적으로 시가 평가한 내용에 따라 직무발명심의위원회가 보상율을 75%로 의결하여 특허권발명자에게 지급한 것이므로 세법 등 관련 법률의 입법취지에 적법하다고 사료된다.

5. 또한, 경제현실에 따르면 1개의 특허권으로 사업체가 운영될 수도 있고, 반대로 특허권이 없거나 특허권의 전용실시권을 사용할 수 없다면 해당업체는 폐업하거나 도산할 수 있는 것이 현실인데, 조사청에서 이러한 일반적 경제현상을 도외시하고 중소기업인 청구법인을 대기업(삼성전자, 풍산)의 소송사례와 일률적으로 비교하여 판단하는 것은 적법하지 않다고 사료된다.

6. 법원(대전고등법원2014누29, 2014.11.20.) 판결에 따르면 발명진흥법에 의해 보상형태와 보상액을 결정할 때 사용자 등과 종업원 사이에 행하여진 협의사항에 따라 책정된 보상기준의 공표ㆍ게시 등 합리적인 보상기준에 의하면 정당한 보상금으로 보고 있으므로 청구법인이 지급한 직무발명보상금은 당연히 인정되어야 할 것이다.

7. 쟁점특허권의 직무발명보상가액은 전문감정평가기관의 감정을 거친 정당한 시가에 해당하며, 감정가액을 시가로 인정하는 것은상속세 및 증여세법제60조 등 세법에서 규정하고 있는 내용으로 조사공무원이 객관적인 아무런 근거없이 단순히 그럴 것이라는 추정만으로 세법에서 규정한 감정평가액을 부인하는 것은 명백한 과세관청의 권한남용에 해당하는 것이다.

8. 조사청에서 쟁점특허권 존재를 인정하면서 단지 발명자가 대표자 단독발명이 아니라고 추정하고 직무발명보상금 전액을 부인하였는데, 감정가액을 부인하려면 청구법인이 사전공모 등 부정한 방법으로 시가를 조작했다는 객관적인 입증서류 및 조사청이 평가한 시가를 제시하여야함에도 객관적이고 스스로 평가한 시가도 전혀 제시하지 못하면서 청구법인이 관련 법률에 따라 적법하게 감정평가한 시가를 전부 부인하는 것은 조세법률주의를 일탈한 처분이라고 아니할 수 없다.

9. 따라서 청구법인은 발명진흥법 규정에 따라 HHH컨설팅과 계약체결하고 전문감정평가법인에 의뢰하여 객관적으로 시가로 감정평가한 직무발명보상금을 특허권 발명자인 대표자에게 지급한 것은 관련 법률의 입법취지에 적법한 것이므로 당연히 경정 취소되어야 할 것이다.

  • 바. 사용자 등이 얻을 이익을 고려하지 않고 합리적인 근거 없이 과다 산정한 쟁점금액은 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 조사청의 주장에 대하여

1. 쟁점금액(직무발명보상금)은 직무발명보상규정에 따라 감정기관의 평가를 거쳐 직무발명에 관여한 청구법인의 대표이사에게 보상을 하는 과정에서 특허권을 인식한 것이지 가공자산을 계상하거나 부당한 방법으로 조세를 회피할 의도가 있었던 것으로 보기 어려울 뿐만 아니라 청구법인의 대표이사는 냉각탑 부분의 전문가로서 발명품 특허권의 대부분을 주관한 점 등에 비추어 쟁점금액에 대하여 단지 금액이 과다하다고 하면서, 조사청이 시가를 평가한 내용도 없이 감정가액을 부인하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

2. 또한법인세법제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다고 규정되어 있다. 1.감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).

  • 사. 청구법인을 사실상 지배하고 있는 대표자가 직무발명보상금 비과세 축소에 대한 법률 개정을 앞두고 직무발명보상금 규정을 악용하여 법인자금을 유출한 것에 불과하다는 조사청의 주장에 대하여

1. 청구법인의 대표이사인 대표자는 수십년 동안 청구법인의 발전을 위해 평생을 공헌하여 청구법인을 경영해 온 공학 엔지니어이다. 조사청에서는 대표자가 직무발명보상금 비과세 축소에 대한 법률 개정을 앞두고 이 규정을 악용하여 법인자금을 유출하였다고 주장하지만, 대표자는 세법을 악용할 만큼 세법지식이 많은 사람도 아니다. 따라서 대표자가 세법을 악용하였다는 것은 조사청의 지나친 억지 추측 주장일 뿐이다.

2. 종업원 등(임원도 포함)은 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는발명진흥법제15조 제1항에 따라 직무발명보상금을 받을 권리를 가진다.

3. 한편 직무발명보상의 정당한 범위에 관하여발명진흥법제15조 제2항은 “직무 발명보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황, 책정된 보상기준의 공표ㆍ게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황, 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견청취 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다.”라고 규정하고 있는 바와 같이 이사회의결을 통해 발명보상금 지급을 결의하고 동 발명보상금 지급가액은 세법에서 정하는 바에 따라 감정을 통하여 지급한 만큼 조사청이 청구법인과 대표자가 특수관계자라 하여 본건 특허권은 인정하면서 세법에 따른 감정가액을 부인하고 일부 서류상 미비점이 있다하여 특허청에 특허 출원된 사실관계 자체를 부인한다는 것은 행정남용이라고 판단되니 부디 청구법인 및 대표자의 의견을 존중하여 억울한 과세가 되지 않도록 하기 바란다.

  • 아. 결론

1. 쟁점특허권 발명자인 대표자는 상기 내용과 같이 청구법인의 발전을 위해 수많은 연구와 노력을 거듭하여 특허권을 출원하였고, 쟁점특허권의 직무발명보상금을 발명진흥법의 입법취지에 근거하여 지급 받은 것인데 단지 직무발명보상금의 지급액이 많다는 이유로 발명자가 청구법인에 기여한 공로를 인정하지 아니한 것은 정상적인 기술개발노력을 저해하는 것으로 판단되고, 발명진흥법 입법취지에도 어긋나므로 납세고지서 내용 중에서 청구법인에게 쟁점특허권의 직무발명보상금과 관련하여 과세 처분한 내용은 경정ㆍ취소되어야 한다고 사료된다.

2. 이에 청구법인은 상기내용과 같이 특허청에 등록된 쟁점특허권의 발명자인 대표자에게 관련 법률 규정에 따라 외부 감정기관에서 시가 평가한 직무발명보상금을 적법하게 지급한 것이므로 과세 제외하여야 할 것이다. 만일 조사청에서 직무발명보상금을 전액 부인하는 경우에는 발명진흥법에서 종업원의 보상심의권 및 세제지원책으로 규정한 관련 법률을 위배하게 되어 이율배반적 현상에 빠지고 정부를 불신하게 되는 것이므로 경영환경이 어려운 중소기업의 현실을 참작하시고 정부의 세제지원정책인 본건에 대하여 심사청구를 하오니 합목적성에 따라 경정ㆍ취소하여 납세자가 억울하지 않도록 선처하여 주시기를 바란다.

3. 조사청 의견
  • 가. 쟁점금액은 직무발명보상제도 절차의 중대한 하자로 발명진흥법 제15조 에 따른 직무발명보상금으로 볼 수 없다. 1)발명진흥법제15조에는 “사용자등은 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.”고 규정되어 있는바, 쟁점금액은 다음과 같이 직무발명보상제도 절차의 중대한 하자로 인하여 발명진흥법에 따른 직무발명보상금으로 볼 수 없다.
  • 가) 청구법인은 2016.12.1. 컨설팅업체와 ‘직무발명보상제도 도입(임시주주총회에서 정관 수정)부터 향후 국세청 대응까지’에 대하여 자문계약을 하였다. 청구법인이 직무발명보상금을 도입하는 과정을 시간적 흐름으로 나타내면 다음과 같다.(생략)
  • 나) 청구법인은 직무발명보상제도와 관련한 임시주주총회 의사록, 직무발명보상제도 심의위원 투표내용, 심의위원 선출, 인사발령 공고, 직무발명제도규정, 직무발명채점표 등 일련의 절차와 서류가 날짜별로 보관된 철(이하 “직무발명보상금철”이라 한다)을 보관하고 있다.

① 2016.9.23. 임시주주총회를 열어 직무발명보상제도를 도입하도록 정관을 개정한 것으로 되어 있으나 청구법인에서최종정관으로 확인을 받은 정관사본주주총회 및 정관철에는 관련내용이 누락되어 있고,

② 2016.10.20. 직무발명심의위원 인사발령을 기안하고 2016.10.25. 인사발령한 것으로 되어 있으나, 인사기록카드에는 동 기록이 없으며, 기획관리부 인사관련 기안문에도 누락되어 있어 실제 심의위원 인사발령이 없었던 것으로 판단된다.

③ 청구법인은 매주 주간업무회의를 하고 있으며 임ㆍ직원 초등학생 자녀조사(어린이날 선물지급)가 있고 우수사원 포상(30만원 포상), 수능직원 격려 등 회사 대소사를 주간업무회의에서 논의하면서도 2016.9.23부터 2016.12.23.까지 진행된 직무발명보상제도 절차는 주간업무회의에서 한 번도 논의된 사실이 없다.

④ 전 직원 공지(서명) 결과물은 직원들의 서명만 되어 있을 뿐 문서제목과 날짜도 누락되어 어떤 사안에 대한 직원 서명인지도 불분명하다.

⑤ 2016.9.26. 심의위원회 선출을 위한 기안문 및 인사발령ㆍ직무발명규정 및 세칙통지ㆍ의견수렴을 담은 기안문 등 직무발명보상제도 관련철에 담긴 전체의 일정이 세무조사 과정에 실시한 일시보관시 확보한 내부기안 문서나 전산화일에서는 발견되지 않았다.

  • 다) 2018.2.6. 조사청 직원이 청구법인으로 출장하여 ‘직무발명보상제도 관련철’을 구성하고 있는 전산화일과 실제로 기안한 문서를 요청하였으나 제출하지 못하였고, 2018.2.19. 대표자는 문답서에서 다음의 절차적 하자를 인정하였다.

① 청구법인은 2016.12.23. 특허권에 대한 감정평가서를 수령하고 심의위원회를 열어 직무발명보상금을 2,017백만원으로 결정한 것처럼 서류를 갖추었으나, 쟁점특허권에 대한 감정평가를 하기 전인 2016.12.1. 컨설팅업체와 용역계약을 체결하면서 이미 직무발명보상금을 20억으로 책정하였다. 그러므로 감정평가 등도 요식적인 행위에 불과하다.

② 직무발명보상제도 관련철에 따른 일련의 절차를 담은 문서들은 청구법인의 기안문서 형식 및 글씨체와 다른 것으로서 2016.12.1. 컨설팅업체와 용역계약을 하면서 컨설팅업체가 제공한 문서양식을 소급하여 준비해놓은 허위 절차에 불과하다.

2. 청구법인은 절차적 하자에 대해 소기업으로서 자료나 기록이 미비할 수도 있다고 항변하지만, 소득세법에서 비과세소득으로 규정한 직무발명보상금은 종업원과 협의하에 직무발명심의위원회를 구성하는 등 실제로 직무발명 보상제도를 도입하고 ‘사용자 등이 얻을 이익’을 고려하여 정당한 보상을 한 경우를 말하는 것이다.발명진흥법제15조에서 규정한 형식적·실체적 정당성을 결여한 경우 비과세 대상 직무발명보상금이 아닌 법인자금을 유출한 것에 불과하다.

  • 나. 쟁점 특허권은 대표자의 단독발명으로 볼 수 없다.

1. 법원판결(서울동부지방법원2011노302, 2011.7.22.)에서 “특허청은 진정한 발명자에 관한 심사를 하지 않은 상태에서 단지 출원서에 기재된 발명자를 단순 등록할 뿐이고, 사용자 역시 발명자를 지정하는 과정에 큰 주의를 기울이지 않으며, 직무발명에 있어서 실질적으로 발명에 기여한 진정한 발명자 외에 관리자 등의 상급자, 팀원 등이 공동발명자로 기재되고 있는 경우가 많은 우리나라 기업의 현실상 특허출원서 또는 특허원부상에 기재된 종업원을 바로 진정한 발명자로 추정하는 것에는 무리가 있다.”고 판결하였다. 청구법인은 특허권 27건 및 디자인권 17건 모두 대표자를 발명자로 등록한 것은 특허법상 발명자를 자연인으로 기재함에 따라 대표자의 명의를 관행적으로 단독 기재한 것으로 진정한 발명자에 대한 검토없이 지급된 쟁점금액은 비과세대상인 직무발명보상금에 해당되지 않는다.

2. 청구법인의 직무발명보상제도 관련철에 따르면 대표자는 2016.11.4. 연구노트를 첨부하여 발명신고를 한 것으로 되어 있으나 연구노트가 사후(2017.2.7.)에 컨설팅업체 관계자에 의해 작성된 정황이 확인되었다.

  • 가) 연구노트는 연구자가 수행하는 연구, 실험 등 모든 과정을 기록하는 노트로써 연구자가 발표한 결과를 과장, 허위 및 표절 없이 직접 수행하였는지 증명할 수 있는 기록물이며 연구에 관련된 특허를 등록할 때나 특허분쟁이 일어날 때 법적근거로써 유용하게 활용된다.
  • 나) 한편 특허권 중 ‘백연 저감 기능을 구비하는 직교류형’은 대표자 및 두 자녀가 공동 발명자로 등록된 것으로 동 특허권 출원 이전인 2015.3.9. 발명의 명칭과 주요 도안이 동일한 특허권이 대표자 단독 발명자로 출원되었다가 거절된 사실이 있다. 동일한 명칭과 도안을 담은 특허의 발명자가 당초 대표자에서 자녀들과의 공동발명으로 변경된 사유를 묻는 조사공무원의 질문에 대표자는 실무자를 불러 동일한 명칭으로 출원된 사유를 묻거나 자녀들의 추가 아이디어가 있었을 것이라는 원론적인 답변을 했을 뿐, 비교적 최근(2018.1.2) 등록된 특허권임에도 두 특허의 차이점을 특정하여 설명하지 못하였다.
  • 다) 원시 연구노트 유무를 떠나 응당 발명자가 작성해야할 연구노트를 타인으로부터 제공받았고, 최근에 등록된 특허권에 대해서도 대표자는 명확한 설명을 하지 못한 사실로 보아 대표자가 모든 특허권의 진정한 발명자로 보여지지 않는다.

3. 청구법인은 1998년 기술연구소를 설립하여 연간 6〜7억원의 연구인력개발비를 지출하고 있고 개발 및 특허업무가 기술연구소의 주요업무로 규정되어 있다.

  • 가) 대표자 및 前 연구소장(현 생산기술부)은 2018.2.9. 조사공무원과의 문답에서 선출원주의에 따라 대략의 아이디어로 우선 출원을 하고, 이후에 변리사를 통해 명세서작성ㆍ선행기술조사 및 시험ㆍ보정에 대한 대응이 이루어진다고 답변을 하였으며 기술연구소가 변리사와 협업으로 명세서제출 및 보정요구 등을 진행하여 특허출원하였음이 내부서류에서도 확인된다.
  • 나) 특허출원은특허법제42조에 따라 발명의 설명·청구범위를 적은 명세서와 필요한 도면 및 요약서를 첨부하여야 하므로 대표자 및 전 연구소장은 특허청 출원이 아닌 변리사에 의뢰하는 시점을 출원으로 표현하였다.
  • 다) 조사 착수일에 일시 보관한 前 연구소장의 사용 컴퓨터에서 특허 출원에 필요한 선행조사 및 보정요구에 대한 의견서와 심판청구서 등이 확인된다.

4. 청구법인이 매년 10명 이상을 연구원으로 신고하였고, 연간 6~7억원의 연구인력개발비를 계상하면서도 한국산업기술진흥협회에 제출한 과제물이 없다는 조사자의 지적에 대해서 청구법인은 기술개발 및 특허업무가 연구소의 주요업무이며 ‘냉각탑 자체가 큰 구조물이어서 실험 등에 많은 인원이 필요하다.’고 소명하였다.

5. 세무조사 과정에 일시보관한 대표자의 컴퓨터에는 2007년 이후 현재까지 작성된 전산화일이 수록되어 있었지만 연구·개발의 흔적을 발견할 수는 없었고, 수동서류에서도 연구노트를 포함한 발명관련 근거 등을 확보할 수 없었다.

6. 반면 前 연구소장이 사용한 컴퓨터에서는 자료량이 방대하여 일부만 일시 보관하였음에도 ‘냉각탑 개선방안 검토’ 또는 ‘PVC 공기가열기가 장착된 백연저감형 공조용 냉각탑’등 개발 또는 특허 관련 화일들이 대부분으로 연구소가 주도적으로 개발 또는 특허 관련업무를 수행한 것으로 판단된다.

7. 국세청 심사결정례(심사기타2017-0043, 2017.12.08.)에서도 “기술 내용에 비추어 단순한 구상만으로는 개발이 불가능하며, 기술의 실현 가능성, 효율성 등을 검증하기 위해서는 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하고, 거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 어느 한 개인의 힘으로 이를 모두 고안해 내는 것은 매우 어려운 것으로 보이는 반면, 전담연구원과 연구시설을 갖추고 있는 청구법인은 시제품 제작, 다양한 실험 등의 발명활동이 가능해 보이는 점에서 발명에 대한 연구개발을 실제 수행한 자는 기업부설연구소를 통한 청구법인이라고 할 것”이라고 결정하였다.

8. 특히 특허권 중 ‘백연방지 향류형 냉각탑’은 산학연공동기술개발사업 성과로 청구법인이 주관하여 출원한 것임에도 발명자가 연구원 다수가 아닌 대표자 단독으로 등록되어 있고, 1987년에 입사하여 오랜 시간 기술개발업무를 수행한 前 연구소장이나 박사학위를 소지한 연구원들도 발명자로 등록된 사실이 없는 반면 회계학을 전공한 장남 및 근무경력이 불과 6~7개월인 차남이 ‘백연 저감 기능을 구비하는 직교류형’의 공동발명자로 등록된 점은 관행적으로 대표자를 발명자로 기재하거나 법인에 대한 지배력을 이용하여 발명자를 대표자로 등록한 것에 불과하므로 진정한 발명자에 대한 검토없이 지급된 쟁점금액은 비과세대상인 직무발명보상금에 해당되지 않는다.

  • 다. ‘사용자 등이 얻을 이익’을 고려하지 않고 합리적인 근거없이 과다 산정한 쟁점금액은 직무발명보상금에 해당되지 않는다.

1. 법인은 종업원으로부터 직무발명을 승계하지 않더라도 직무발명에 대해 무상의 통상실시권을 갖게 되므로 ‘사용자 등이 얻을 이익’은 통상실시권을 넘어 ‘직무발명을 배타적·독점적으로 실시할 수 있는 지위를 취득함으로써 얻을 이익’을 의미한다.

2. 따라서 판례에서는 아래와 같이 관련 매출액에 독점권 기여도 및 실시료율을 고려하여 사용자가 얻을 이익을 판단하여 직무발명보상금을 결정하고 있으나 청구법인은 특허권 전체가치를 ‘사용자 등이 얻을 이익’으로 보았다.

  • 가) 즉 통상실시권 부분은 청구법인의 권리임에도 불구하고 통상실시권 부분을 포함한 특허권 전체가치에 대해 직무발명보상금을 산정한 것이다.
  • 나) 청구법인도 제3회 직무발명심의위원회록에서 ‘직무발명으로 인하여 사용자가 얻을 이익’을 아래와 같이 규정하고 있으므로 직무발명심의위원회 실재(實在)여부에 불구하고 청구법인의 보상금 산정액은 합리성을 결여한 과다지급으로 판단된다.
  • 다) 한국발명진흥회의 ‘직무발명보 상규정 표준모델 및 해설집’에 나타난 직무발명 실시보상금 인용 사례를 보면 다음과 같다.(생략)
  • 라) 청구법인은 쟁점특허권에 대하여 다음과 같이 ‘대표자 보상금’을 산정하였다. 직무발명보상금 20.1억원 = 특허권 가치(26.9억원) × 발명자 공헌도(75%) × 기여도 100%

3. 청구법인은 감정평가액을 기준으로 직무발명보상금을 산정하였으므로 정당한 평가라고 주장하고 있지만, 특허권을 제3자에게 양도하거나 전용실시권을 설정(처분보상)하는 경우법인세법시행령제89조 제2항에 따른 감정평가액을 시가로 활용할 수 있겠으나,

  • 가) 쟁점금액의 시가는 청구법인이 대표자로부터 특허권리를 취득하는 것이 아닌 당초부터 청구법인이 가진 통상실시권을 제외한 ‘직무발명을 배타적·독점적으로 실시할 수 있는 지위를 취득함으로써 얻을 이익’에 대한 것이다(통상실시권 가치분 제외).
  • 나) 특허권이 법에서 권리존속기간(20년)을 인정한다 해도 경쟁업체 또는 청구법인에서 더 획기적인 특허를 출원하는 경우 또는 기술력의 급변으로 동 특허권이 사장(死藏)되는 경우도 흔한 상황에서 현재 청구법인이 얻은(을) 이익이 아닌 2016년〜2022년 현금흐름 추정에 의한 이익은 ‘사용자 등이 얻을 이익’으로 볼 수 없다.

4. 청구법인은 소기업으로서 1개의 특허권이 회사의 흥망을 좌우할 수도 있다고 주장하지만 쟁점특허권 등록에도 불구하고 연도별 청구법인의 매출액은 큰 변동이 없다. 따라서 청구법인이 쟁점특허권 감정평가액을 기준으로 하여 합리적 근거 없이 과다하게 산정한 것은발명진흥법제15조에 따른 정당한 직무발명보상금으로 볼 수 없다.

  • 라. 쟁점금액은 청구법인을 사실상 지배하고 있는 대표자가 직무발명보상금 비과세 축소에 대한 법률 개정을 앞두고 직무발명보상금 규정을 악용하여 법인자금을 유출한 것에 불과하다.

1. 앞서 살펴본 바와 같이 소득세법에서 비과세소득으로 규정한 직무발명보상금은 종업원과 협의하에 직무발명심의위원회 구성하는 등 실제로 직무발명보상제도를 도입하고 ‘사용자 등이 얻을 이익’을 고려하여 정당한 보상을 한 경우를 말하는 것이다.

2. 따라서발명진흥법제15조에서 규정한 형식적ㆍ실체적 정당성을 결여한 경우에는 직무발명보상금으로 볼 수 없고, 청구법인을 사실상 지배하고 있는 대표자가 직무발명보상금 비과세 축소에 대한 법률 개정을 앞두고 직무발명보상금 규정을 악용하여 법인자금을 유출한 것에 불과하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인의 대표이사에게 지급한 직무발명보상금 2,017백만원을 손금부인한 처분이 정당한지 여부
  • 나. 관련 법령 1) 소득세법 제12조 【비과세소득】(2015.7.24. 법률 제13426호 개정 전) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 라.발명진흥법제2조제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금

1. 종업원이 발명진흥법 제15조 에 따라 사용자로부터 받는 보상금 2) 소득세법 제12조 【비과세소득】(2016. 12. 20. 법률 제14389호 개정) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 어.발명진흥법제2조 제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금 (이하 "직무발명보상금"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 금액 1)발명진흥법제2조 제2호에 따른 종업원등(이하 이 조, 제20조 및 제21조에서 "종업원등"이라 한다)이 같은 호에 따른 사용자등으로부터 받는 보상금 3) 소득세법 시행령 제18조 【비과세되는 기타소득의 범위】

② 법 제12조제5호 라목에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 연 300만원(해당 과세기간에 법 제12조 제3호 어목에 따라 비과세되는 금액이 있는 경우에는 300만원에서 해당 금액을 차감한 금액으로 한다) 이하의 금액을 말한다. <신설 2017.2.3> 4) 발명진흥법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자・법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 5) 발명진흥법 제10조 【직무발명】

① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정 6) 발명진흥법 제15조 【직무발명에 대한 보상】

① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다.

④ 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알려야 한다.

⑤ 사용자등이 제3항에 따라 협의하여야 하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위, 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 7) 발명진흥법 제17조 【직무발명심의위원회의 운영 등】

① 사용자등은 종업원등의 직무발명에 관한 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 직무발명심의위원회(이하 "심의위원회"라 한다)를 설치ㆍ운영할 수 있다.

1. 직무발명에 관한 규정의 작성ㆍ변경 및 운용에 관한 사항

2. 직무발명에 대한 권리 및 보상 등에 관한 종업원등과 사용자등의 이견 조정에 관한 사항

3. 그 밖에 직무발명과 관련하여 필요한 사항

② 심의위원회는 사용자등과 종업원등(법인의 임원은 제외한다)을 각각 대표하는 같은 수의 위원으로 구성하되, 필요한 경우에는 관련 분야의 전문가를 자문위원으로 위촉할 수 있다.

③ 그 밖에 심의위원회의 구성 및 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 발명진흥법 시행령 제7조의3 【직무발명심의위원회의 구성】

① 법 제17조제2항에 따라 직무발명심의위원회(이하 "심의위원회"라 한다)를 구성하는 경우 사용자등을 대표하는 위원(이하 "사용자위원"이라 한다)과 종업원등(법인의 임원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)을 대표하는 위원(이하 "종업원위원"이라 한다)은 다음 각 호의 요건을 충족하여야 한다.

1. 사용자위원: 사용자 또는 법인의 대표자와 사용자 또는 법인의 대표자가 위촉하는 사람일 것

2. 종업원위원: 종업원등이 직접ㆍ비밀ㆍ무기명투표로 선출한 사람일 것

② 법 제17조제2항 및 제18조제3항 후단에 따른 자문위원은 사용자위원과 종업원위원이 합의하여 위촉한 사람으로 한다.

③ 법 제18조제3항에 따른 심의위원회의 사용자위원과 종업원위원의 수는 각각 3명 이상으로 하여야 한다. 다만, 상시 근무하는 종업원의 수가 30명 미만인 경우에는 각각 1명 이상으로 할 수 있다.

④ 심의위원회에 위원장을 두며, 위원장은 사용자위원과 종업원위원 중에서 호선(互選)한다. 이 경우 사용자위원과 종업원위원 각각 1명을 공동위원장으로 할 수 있다. 9) 발명진흥법 시행령 제7조의4 【직무발명심의위원회의 운영】

① 위원장은 심의위원회의 회의를 소집하여 그 의장이 되며, 회의 개최 15일 전에 회의 일시, 장소 및 의제 등을 각 위원에게 통보하고 심의 관련 자료를 제공하여야 한다.

② 위원장은 필요하다고 인정하는 경우 위원이 아닌 사람을 심의위원회에 참석하게 하여 의견을 들을 수 있다. 다만, 종업원등이 법 제18조제1항에 따라 심의를 요구한 경우에는 그 종업원등의 의견을 들어야 한다.

③ 심의위원회의 회의는 사용자위원과 종업원위원의 각 과반수의 출석으로 개의(開議)하고, 출석위원(법 제17조제2항 및 제18조제3항 후단에 따른 자문위원은 제외한다) 과반수의 찬성으로 의결한다.

④ 심의위원회의 회의는 공개한다. 다만, 심의의원회의 의결로 공개하지 아니할 수 있다.

⑤ 심의위원회는 회의록을 작성하여 회의를 개최한 날부터 3년간 보존하여야 한다. 다만, 심의위원회가 활동 종료 등으로 회의록을 보존할 수 없는 경우에는 사용자 또는 법인의 대표자가 회의록을 보존하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 심의위원회의 운영 등에 필요한 사항은 심의위원회의 의결을 거쳐 위원장이 정한다. 10) 특허법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 11) 특허법 제33조 【특허를 받을 수 있는 자】

① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. 12) 특허법 제42조 【특허출원】

① 특허를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 특허출원서를 특허청장에게 제출하여야 한다.

1. 특허출원인의 성명 및 주소(법인인 경우에는 그 명칭 및 영업소의 소재지)

2. 특허출원인의 대리인이 있는 경우에는 그 대리인의 성명 및 주소나 영업소의 소재지[대리인이 특허법인·특허법인(유한)인 경우에는 그 명칭, 사무소의 소재지 및 지정된 변리사의 성명]

4. 발명자의 성명 및 주소

② 제1항에 따른 특허출원서에는 발명의 설명·청구범위를 적은 명세서와 필요한 도면 및 요약서를 첨부하여야 한다.

③ 제2항에 따른 발명의 설명은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 그 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 사람이 그 발명을 쉽게 실시할 수 있도록 명확하고 상세하게 적을 것

2. 그 발명의 배경이 되는 기술을 적을 것

④ 제2항에 따른 청구범위에는 보호받으려는 사항을 적은 항(이하 "청구항"이라 한다)이 하나 이상 있어야 하며, 그 청구항은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 발명의 설명에 의하여 뒷받침될 것

2. 발명이 명확하고 간결하게 적혀 있을 것 13) 특허법 제100조 【전용실시권】

① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 전용실시권을 설정할 수 있다.

② 전용실시권을 설정 받은 전용실시권자는 그 설정행위로 정한 범위에서 그 특허발명을 업으로서 실시할 권리를 독점한다. 14) 특허법 제102조 【통상실시권】

① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 통상실시권을 허락할 수 있다.

② 통상실시권자는 이 법에 따라 또는 설정행위로 정한 범위에서 특허발명을 업으로서 실시할 수 있는 권리를 가진다.

  • 다. 사실관계

1. 2002.12.15. 개업한 청구법인은 냉각탑제조 및 설치를 주업으로 AAA건설 및 NNN공사에 산업용냉각탑을 공급하고 있으며, 대표이사 및 가족의 주식소유비율이 72.11%이고, 형제 및 조카 22.89%, 특수관계법인이 5%를 보유하고 있고, 대표이사는 개업일부터 단독으로 되어 있다가 2018.1.2. 아들이 공동대표로 등재되어 있다.

2. 청구법인의 법인세 신고내역은 아래와 같다.(생략)

3. 청구법인의 대표자가 발명자로 되어있는 특허권 27건의 명세는 아래와 같다.(생략)

  • 가) 청구법인의 대표자가 발명자로 되어있는 특허권 27건 중 3건의 쟁점특허권에 대하여 청구법인은 대표자에게 직무발명보상금을 지급하기로 한 2016.12월 결의에 따라 2017.1.6.자에 대표자에게 2,017백만원(쟁점금액)을 지급하였다.
  • 나) 청구법인은 쟁점금액을 손금산입하고, 비과세 기타소득으로 원천세를 신고하였다.(생략)

4. 조사청은 청구법인이 대표자에게 지급한 직무발명보상금 2,017백만원을 적법하지 못한 것으로 보아 2016사업연도 직무발명보상금 전액을 손금부인하였다.

5. 청구법인이 직무발명보상금 도입과정은 아래와 같다. (생략)

  • 가) 2016.12.1. 청구법인이 컨설팅업체인 HHH재무설계와 체결한 특허관련 재무컨설팅계약서의 주요 내용은 아래와 같다.(생략)
  • 나) 청구법인이 컨설팅업체로부터 수령한 “청구법인에 대한 직무발명보상금 산정 검토보고서”에는 쟁점특허권의 평가액을 2,690백만원으로 평가하고, 최종 보상율 75%를 적용하여 직무발명보상금액을 2,017백만원으로 정한 내용과 보상금의 산정방식, 최종 보상금액, 회계처리방법, 직무발명보상금의 세무처리방법이 기술되어 있다.

6. 청구법인의 직무발명보상제도 도입일정표는 다음과 같다. (생략)

  • 가) 2016.9.23. 실시한 임시주주총회 의사록은 다음과 같다. (생략)
  • 나) 조사청은 청구법인이 2015.3.27. 최종 변경한 정관에 의하면 임시주주총회 개최시 결의한 직무발명보상금에 관한 조항이 기재된 바 없으며 청구법인이 보관중인 이사회 및 주주총회 의사록 관련철에는 2016.9.23. 개최한 임시주주총회 회의록은 보관되어 있지 아니한 것으로 확인하였으므로 쟁점금액은 적법하지 못한 직무발명보상금이라는 의견이다.
  • 다) 청구법인은 직무발명보상제도와 관련하여 주주총회 의사록 외 종업원심의위원선출(2016.9.26. 작성) 및 심의위원투표결과(2016.10.5. 작성)에 대한 공지사항이 기재된 서류를 제출하였다.
  • 라) 청구법인 대표자가 2016.11.4. 청구법인의 특허관리 전담부서장에게 신고한 발명신고서를 다음과 같이 제출하였다.(생략)
  • 마) 청구법인은 2016.12.23. 컨설팅업체를 통해 HHH감정평가법인(주)로부터 쟁점특허권에 대하여 2,690백만원으로 평가된 평가서를 수령하였는데, 평가보고서의 주요내용은 다음과 같다.(생략)
  • 바) 2016.12.23. 개최한 제3차 직무발명심의위원회 회의에서 감정평가액에 보상율 75%를 적용하여 보상금액을 2,017백만원으로 정한 회의록의 내용은 아래와 같다.(생략)

7. 청구법인은 1998.3.11. 기업부설 냉각탑 기술연구소를 설립하여 매년 아래와 같이 연구개발비를 계상하였고, 기술연구소 직무 중 특허업무도 주요업무 중 하나로 확인된다.(생략)

8. 조사청은 쟁점특허권 연구노트가 컨설팅업체 관계자에 의해 사후에 작성한 것으로 보이는 이메일내역을 제출하였고, 2016.11.4.자 발명신고서상 연구노트가 존재하는 것으로 기재되어 있다.

9. 2018.2.19. 세무조사 과정에서 대표이사가 작성한 문답서의 내용은 아래와 같다.(생략)

10. 쟁점특허권의 사본과 특허청의 등록특허공보 일부는 다음과 같다.(생략)

11. 한국발명진흥회 발간직무발명보 상규정 표준모델 및 해설집에 기재된 직무발명보상금 산정기준은 아래와 같다.(생략) 12) 특허법 등 관련법령 및 특허청과 한국발명진흥회 발간 직무발명보 상규정 표준모델 및 해설집을 참고한 용어정리는 아래와 같다. (생략)

  • 라. 판단 발명진흥법 제15조 제1항 에서는 ‘종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.’고 규정되어 있고, 같은 법 제15조 제2항, 제3항에서는 ‘사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 하고, 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다.’라고 규정되어 있다. 또한특허법제33조 제1항 본문은 ‘발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다.’고 규정하고 있는데,특허법제2조 제1호는 ‘발명’이란 ‘자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다.’고 규정하고 있으므로,특허법제33조 제1항 본문에서 규정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다고 할 것이다(대법원 2014.11.13. 선고 2011다77313, 77320 판결 등 참조). 위와 같은 법리에 비추어 보건대 이 건의 경우, 청구법인이 제출한 자료의 내용만으로 대표자가 쟁점특허권과 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지가 확인되지 않고, 기술적인 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할 만한 입증자료의 제시도 부족한 점, 쟁점특허권의 특성상 기술의 실현가능성․효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 실험에 따른 상당한 설비, 비용, 인원이 소요되므로 이를 대표자 개인 혼자 모두 하였다고는 보기 어려운 반면 쟁점특허권은 청구법인의 사업과 직접적인 연관이 있고, 1998년 설립된 냉각탑 기술연구소는 2012년부터 2016년까지 연평균 13명의 인원이 근무하면서 연구개발비로 총 3,182백만원을 지출한 것으로 나타나는바, 청구법인이 전담연구원과 연구시설을 이용하여 다양한 구상과 수많은 실험 및 시행착오를 거쳐 쟁점특허권을 발명하였다고 보는 것이 합리적인 점, 또한발명진흥법상 보상청구권을 규정하고 있는 절차규정은 상대적으로 사회ㆍ경제적 약자인 종업원의 발명에 대한 권리를 보호하기 위하여 규정된 것으로 사용자가 이를 부인하거나 정당한 이유 없이 유보할 수 없는 강행규정으로 해석되는바(서울지방법원 2003.7.3. 선고 2002가합3737 판결 참조), 청구법인의 대표자가 세무조사 과정에 직무발명보상제도 관련철의 연구노트 부존재 및 규정도입의 절차, 종업원등에게 공지미비를 인정하고 있어 절차상 하자가 있는 것으로 보이는 점 등을 종합해 볼 때, 쟁점금액이발명진흥법제15조에 따른 정당한 직무발명보상금으로 보기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 직무발명보상금 2,017백만원을 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)