쟁점 계산서불부합자료는 수정신고와 폐업확정 신고시 정상 제출하였으나 계산서합계표를 처분청에서 전산입력 누락한 것으로 확인됨
쟁점 계산서불부합자료는 수정신고와 폐업확정 신고시 정상 제출하였으나 계산서합계표를 처분청에서 전산입력 누락한 것으로 확인됨
○○세무서장이 2017.12.22. 청구법인에게 한 2012년 사업연도 법인세 25,989,666원과 2013년 2월 귀속 근로소득세 44,148,429원(매입과다자료)의 부과처분은 이를 취소한다.
• 2012년 사업연도에 AA와 BB(이하 “쟁점매입처”라 한다) 으 로부터 128,802,00원(이하 “쟁점매입과다자료”이라 한다)이 포함된 매입 계산서를 수취하고, 2014년 사업연도에 CC(이하 “쟁점매출처”라 한다)에 215,027,000원(이하 “쟁점매출과소자료”이라 한다) 이 포함된 매출계산서를 교부하고 부가가치세 신고 시 계산서합계표를 제출하였다. (이하 매출, 매입거래를 합쳐 “쟁점거래”라 한다)
○ 쟁점매입처 BB과의 계산서불부합자료는 청구법인이 수정신고를 하였으나 제출한 계산서합계표가 전산입력 누락된 것이다.
○ 쟁점매입처 AA는 매출과 매입이 같이 발생하던 거래처로 농산물을 매입하여 가공을 거쳐 납품하였으며, AA의 대표자 사망으로 부가가치세 (폐업)확정신고서를 제출하였으나 계산서합계표가 전산입력 누락된 것으로 보인다.
• 청구법인은 갑작스런 거래중단으로 농산물 가공비에 대한 대금을 회수하지 못해 손실이 발생하였으므로 처분청의 매입과다에 대한 처분은 부당하다.
○ 쟁점매입처 BB과의 계산서불부합자료에 대해서는 당초 매입과다를 인정하였다.
○ 쟁점매입처 AA와의 계산서불부합자료는 AA가 부가가치세 신고 시 정상 제출한 계산서합계표가 전산입력 누락된 것으로 확인되나, 거래 사실에 대한 입증이 부족하다.
• 청구법인은 기간별 구매명세서와 사업자등록증 사본만을 증빙으로 제시할 뿐 구체적인 계산서, 거래처별 원장, 대금증빙 등 거래사실을 입증할 어떠한 객관적인 증빙도 제시하지 못하고 있다.
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 의 과세표준과 세액을 결정한다.
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령 으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 2) 법인세법 제112조 【장부의 비치·기장】 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장 하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 3) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다 만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
② 제104조제2항[추계결정 및 경정]의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다. 4) 법인세법 제121조 【계산서의 작성·발급 등】 [시행 2012.01.01] [2011.12.31일부개정
① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
② 부가가치세법제12조제1항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서 등을 작성 하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
⑤ 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서 의 매출·매입처별합계표(이하 “매출·매입처별 계산서합계표”라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 부가가치세법에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성・발급하였거나 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서 등을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.
⑦ 계산서 등의 작성·발급 및 매출·매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
5. 법인세사무처리규정 제128조【계산서 관리】 [국세청 훈령 제1929호, 2012.3.12.]
① 법인세법 제121조 에 따른 계산서의 관리는 소득세 사무처리규정의 관련 규정을 준용한다. 6) 소득세사무처리규정 제106조【계산서합계표제출일람표의 활용】 [국세청 훈령 제1875호, 2010.12.27.]
① 사업장서장은 전산처리 된 계산서합계표 불일치명세를 사업장현황신고서 및 계산서합계표와 비교하여 해명안내를 하기 전에 이중입력 및 입력누락 등 오류를 반드시 확인하여야 하며, 사업자가 제출한 계산서합계표에 의해 확인되지 않는 경우에는 사업자에게 불일치명세서를 송부하여 해명하도록 안내하여야 한다.
② 사업장서장은 과세자료를 처리하는 과정에서 계산서합계표의 입력누락 또는 이중입력, 제출누락을 발견한 경우에는 반드시 추가로 전산에 입력하거나 입력내용을 정정하여야 한다.
③ 사업장서장은 사업자의 해명 등에 따라 수입금액의 누락을 확인한 경우에는 수입금액을 정정하여 전산에 입력한 후 주소지서장에게 즉시 통보하여야 한다.
④ 사업장서장은 법 제81조3항에 따른 계산서합계표 미제출자 등에 대한 가산세 관련내용을 주소지서장에게 통보하고 주소지서장은 해당 자료를 통보받아 즉시 가산세를 부과한다.
1. 쟁점매입·매출처와의 계산서불부합자료 발생내역은 다음과 같다. (원) 2012년 BB 청구법인 제출차이 매출 182,341,000 매입 192,533,000 매입과다 10,192,000 2012년 AA 청구법인 제출차이 매출 0 매입 118,610,000 매입과다 118,610,000 2014년 CC 청구법인 제출차이 매입 1,345,575,000 매출 1,130,548,000 매출과소 215,027,000
• 처분청이 심사청구 심리기간 중 쟁점매출과소자료(CC)에 대해 청구법인은 정상 신고하였고 거래처가 중복 제출한 것으로 확인하고 경정결정(직권시정)하였으므로 심리대상에서 제외한다.
2. 쟁점거래 관련업체의 기본사항은 다음과 같다. 구분 소재지 대표자 업태종목 개업일 폐업일 청구법인 경기 ○○시 ○○면 이○○ 제조/농산물가공 ’08.11.15. ’18.06.30. (매입처) BB 충북 ○○군 ○○면 곽○○ 금융/금융 ’79.09.10. 계속 (매입처) AA 경기 ○○시 ○○동 정○○ 도소매/농수산물 ’11.02.22. ’12.05.29.
• 청구법인의 주주현황은 2012년 사업연도부터 대표이사 이○○(50.0%), 배우자 송○○(25.0%), 이○○(기타, 25.0%)으로 구성되어 있다.
• 쟁점매입처 중 AA는 2012.5.29. 대표자의 사망으로 폐업되었으며 2012.6.26. 2012.1기 부가가치세 폐업확정 신고서를 수동으로 제출한 것으로 확인된다.
3. 청구법인의 2012년 부가가치세 신고내역은 다음과 같다. (천원) 구분 과세 면세 계산서발급·수취 매출과표 매입과표 납부세액 수입금액 발급금액 수취금액 ’12.1기예정 0 57,963 0 491,857 491,857 237,374 ’12.1기확정 0 100,931 0 654,057 654,057 376,807 ’12.1기 0 158,894 0 1,145,914 1,145,914 614,181 ’12.2기예정 0 47,506 0 1,149,786 1,149,786 680,661 ’12.2기확정 0 50,552 0 1,140,497 1,140,497 1,113,363 ’12.2기 0 98,058 0 2,290,283 2,290,283 1,794,024 2012년 합계 0 256,952 0 3,436,197 3,436,197 2,408,205
4. 청구법인의 법인세 신고내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 사업연도 수입금액 각 사업연도소득금액 과세표준 납부세액 2011년 3,373,690 712,353 712,353 117,154 2012년 3,436,197 24,770 24,770 1,734 2013년 5,223,064 70,852 70,852 4,960 2014년 4,290,769 141,391 141,391 9,897 2015년 4,551,727 △59,825 △59,825 0
• 청구법인은 2015년 사업연도부터 경영악화로 계속 결손이 발생하였고, 2016년 △318백만원, 2017년 △122백만원이다.
• 청구법인은 2008년 설립이후 경기도 친환경학교급식 시범사업에 참여하여 2015.9.25. 국립농산물품질관리원으로부터 식재료 우수관리업체로 지정되는 등 사업을 유지하다가 2016.10.25. 경매개시로 폐업하였다.
5. 청구법인의 대표이사 이○○의 사업이력은 다음과 같다. 상호 구분 소재지 업태종목 개업일 폐업일
○○식품 개인 경기 ○○시 ○○면 제조/콩,녹두 ’97.12.30. ’11.12.22. 청구법인 법인 경기 ○○시 ○○면 제조/농산물가공 ’08.11.15. ’18.06.30. 농업회사법인 ○○ (주) 법인 경기 ○○시 ○○면 제조/농산물가공 ’12.06.26. ’16.12.31. 6) 계산서불부합자료에 대한 청구법인 주장에 대한 처분청의견은 다음과 같다. (원) 귀속 거래처 금액 혐의 청구주장 처분청의견 2012 BB 10,192,000 매입과다 매입과다 2013.1.30. 수정신고필 당초처분정당 2012 AA 118,610,000 매입과다 당초신고 정당 당초처분정당
7. 처분청은 이의신청과 심사청구 기간 중 청구법인의 주장을 일부 인정하여 직권시정 조치하였으며, 그 결정내역은 다음과 같다. (단위: 원) 과세기간 세목 당초고지세액 (’17.12.22.) 경정·결정(직권시정) 잔여세액 일자 세액 2012.12 법인 25,989,666
• - 25,989,666 2013.12 법인 9,638,900 ’18.2.28. △9,638,900 0 2014.12 법인 84,318,524 ’18.2.28. △30,396,459 ’18.9.4. △51,556,802 2,365,263 계 119,947,090 △91,592,161 28,354,929 2013.02 근로 44,148,429
• - 44,148,429 2014.02 근로 14,965,200 ’18.2.28. △14,965,200 0 2015.02 근로 113,356,885 ’18.2.28. △33,537,743 ’18.9.4. △79,439,431 379,711 계 172,470,514 △127,942,374 44,528,140 합계 292,417,604
• △219,534,535 72,883,069
8. 쟁점매입처에 대한 계산서불부합자료(매입과다) 검토 가) 쟁점매입처 중 BB과 거래 (1) 청구법인은 충북 ○○군 소재 BB로부터 주로 감자를 구입하였으며, 다음과 같이 계산서불부합자료가 발생한 것으로 나타난다. (원) 2012년 BB 청구법인 제출차이 매출 182,341,000 매입 192,533,000 매입과다 10,192,000 (2) 국세청 전산시스템(NTIS)에 의하면 청구법인은 2012.1기 예정·확정 부가가치세 정기신고 후 2013.1.30. 수정신고한 것으로 확인된다. 과세기간 신고구분 민원접수일자 신고방법 세무서 비고 2012.1기 예정 정기신고 2012.04.25. 홈택스(직접입력)
○○ 정상 2012.1기 예정 수정신고 2013.01.30. 방문(서면)
○○ 정상 2012.1기 확정 정기신고 2012.07.25. 홈택스(직접입력)
○○ 정상 2012.1기 확정 수정신고 2013.01.30 방문(서면)
○○ 정상 (3) 청구법인이 2013.1.30. 신고한 수정신고 내용을 검토한 결과, BB 과 거래한 매입계산서합계표가 취소·감액된 것으로 확인된다. 과세기간 청구법인 BB 당초신고 수정신고 일자 금액 일자 금액 금액 2012.1/예 ’12.04.25. 10,193,500 ’13.01.30. △10,193,500 0 2012.1/확 ’12.07.25 45,376,947 ’13.01.30. △25,175,510 20,201,437 2012.2/예 ’12.10.25 162,139,393 162,139,393 합계 217,709,840 △ 35,369,010 182,340,830
• 2012.1기 예정 10,193,500원에 대한 수정신고서의 매입처별계산서합계표가 전산입력 누락된 것으로 판단된다.
• 청구법인의 계좌에서 3회에 걸쳐 187,300,562원이 BB계좌로 이체되었음이 확인된다. (4) 청구법인이 제출한 2013.1.30. 수정신고서는 다음과 같다. (생략) 나) 쟁점매입처 중 AA와 거래 (1) 계산서합계표 불부합자료 금액 (원) 2012년 AA 청구법인 제출차이 매출 0 매입 118,610,000 매입과다 118,610,000 (2) 청구법인이 제출한 2012.1기 예정 및 확정 부가가치세 신고서의 매입처별 계산서 합계표 상에 2012.1기 예정 1매 58,860,000원, 확정 1매 59,750,000원이 기재되어 있다. (2매 118,610,000원) (생략) (3) 쟁점매입처 AA의 2012.1기 폐업확정신고서 관련
• 쟁점매입처 AA는 대표자의 사망(자살)으로 2012.5.29. 폐업하여 당시 세무대리인 ○○세무법인 ○○점(김○○ 세무사)에서 2012.6.26. 2012.1기 폐업확정신고서를 제출하였고, 신고서 상 계산서 발급 및 수취금액이 기재되었으나 관련 계산서합계표가 국세청 전산시스템에 전부 입력누락된 것으로 확인된다. (세금계산서합계표는 정상입력)
• 2018.8.29. AA 세무대리인으로부터 보관 중인 신고서를 팩스로 받아 확인한 결과 2012.1기 매출처별 계산서합계표에 2매 118,610,000원이 기재되어 있다. (4) AA와 매출·매입대금 상계처리 주장 관련
• AA의 매입처별계산서합계표에 2매 292,045,655원이 기재되어 있는바, 청구법인은 AA와 매출·매입이 같이 발생하였음을 알 수 있으며 청구법인은 매출·매입 대금을 상계하고도 AA 대표의 갑작스런 사망(자살)으로 매출대금을 회수하지 못하여 막대한 손해를 입었다고 주장하고 있다. <청구법인의 AA와 거래내역> (원) 과세기간 매출 매입 차이 회수불능금액 2012.1기 292,045,655 118,610,000 173,435,655 108,841,655 회수불능금액(108,841,655원) = 173,435,655원 - 64,594,000원(통장입금액)
• 심리담당자는 2018.8.30. 청구법인에 거래처 AA와의 거래분에 대한 대금지급 금융증빙자료를 제출할 것을 보정요구하였고, 청구법인은 2018.9.3. 주거래은행 ○○은행 계좌 입출금내역을 제출하였으며, 그 내용은 다음과 같다. 사업자번호: 조회시작일자: 2012-01-01 고객명: 청구법인 예금종류: 자유예금 (단위:원) 거래일자 출금액 입금액 잔액 거래내용 상대은행 2012.04.10. 10,000,000 12,800,823 AA
○○은행 2012.04.13. 1,140,000 15,140,309 AA
○○은행 2012.04.16. 354,000 -5,776,933 AA
○○은행 2012.05.10. 5,400,000 -11,788,395 AA
○○은행 2012.05.11. 10,000,000 185,545 AA
○○은행 2012.05.11. 5,700,000 5,885,545 AA
○○은행 2012.05.12. 5,000,000 885,545 AA
○○은행 2012.05.22. 6,000,000 20,098,938 AA
○○은행 2012.05.22. 1,000,000 26,098,938 AA
○○은행 2012.06.09. 10,000,000 -8,702,115 AA
○○은행 2012.06.13 10,000,000 -8,967,619 AA
○○은행 합계 64,594,000
9. 청구법인이 2018.2.1. 제기한 이의신청 결정내용은 다음과 같다. 이의-화성-2018-0007 결정일자 2018.4.23. (기각) 결정이유 처분청이 쟁점거래를 매출누락 및 매입과다로 판단한 이 사건 부과 처분에 대해 살펴본다.
① BB와의 신고불부합자료에 대해 청구법인은 거래방식의 변경과정 중에 발행된 계산서를 양자폐기하기로 하였으나 실수로 신고 반영하였을 뿐이며 당해 금액에 대한 사외유출의 의도가 전혀 없었다고 주장하나, 법인세법 시행령 제106조제1항제1호 단서는 “귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.”라고 규정하고 있으며 매입과다 신고분에 대해 사내유보 되었거나 사외 유출 되지 않았음을 입증할만한 증빙을 제시하여 귀속을 명백히 하지 못하고 있고,
② AA와의 신고불부합자료에 대해 청구법인은 AA 대표자의 사망(’12.5.14.) 으로 AA가 계산서합계표를 제출하지 않은 것이지 정상적인 거래 및 신고 였다고 주장하나, 거래처원장, 계산서원본, 금융증빙 등 거래사실을 뒷받침할 객관적인 증빙을 제시하지 못하며,
③ CC과의 신고불부합자료에 대해 청구법인은 CC 과의 신고차액이 ’14년 5월 거래분과 정확히 동일한 금액이고, CC의 횡령사건 등으로 정상적인 사업운영 및 정상신고가 되지 않았을 가능성에 대해 주장하고 있으나, 청구법인이 제출 한 거래처원장은 회계프로그램에 의해 작성된 문서로 실제 작성시기 및 원시자료 등을 알 수 없고 제출된 일부 금융증빙만으로는 거래사실이 입증되기 부족하고 (중략) 위와 같은 사실을 종합적으로 고려할 때, 청구법인은 주장의 정당성을 입증 할만한 객관적인 증빙을 달리 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 전산자료를 토대로 이 건 법인세, 부가가치세 및 상여처분에 따른 근로소득세을 경정·고지 한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
- 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입 과다자료(BB, AA)는 거래처 계산서합계표의 전산입력누락 으로 발생한 것이고 쟁점매입처와의 거래는 정상거래라고 주장하는바, 청구법인은 쟁점매입처 BB과의 계산서불부합자료는 청구법인이 착오신고를 발견하고 결산확정 전에 수정신고를 하였으나 제출한 계산서합계표를 처분청에서 전산입력 누락한 것으로 확인되는 점 쟁점매입처 AA와의 계산서불부합자료는 AA의 대표자 사망으로 부가가치세 (폐업)확정신고서를 제출하였으나 관할세무서에서 계산서합계표를 전산입력 누락한 것으로 확인되는 점 쟁점매입처 AA는 매출과 매입이 같이 발생하던 거래처로 청구법인은 농산물을 매입하여 가공을 거쳐 납품하였으며, 갑작스런 거래중단으로 농산물 가공비에 대한 대금을 회수하지 못해 오히려 손실이 발생하였으므로 처분청의 매입과다에 대한 처분은 부당하다고 주장하는 점 등을 종합하여 볼 때, 계산서 합계표 불부합자료(BB, AA)는 거래처가 신고한 계산서 합계표의 전산입력누락으로 발생한 것이고 쟁점매입처와의 거래는 정상거래라는 청구법인의 주장은 이유가 있다 할 것이다. 따라서 처분청에서 계산서합계표제출일람표 과세자료처리 시 쟁점매입과다 자료를 손금불산입하고 대표자 상여 처분하여 법인세 및 근로소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.