연구보조원에게 지급한 인건비가 연구개발비 세액공제 대상인지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다

• 가. 청구법인은 2004. 1. 2. 개업하여 통신판매업 및 식품 제조업, 건강식품 도․소매업을 영위하는 법인으로서, 2014. 10. 30. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률시행령 제16조제2항에 따른 연구개발전담부서(명칭: 건강식품개발 연구부)를 개설하고 2015 사업연도 법인세 신고 시 연구전담요원 1인(A) 및 연구보조원 4인(B, C, D, E) 총 5인에게 지급한 인건비 181,320,960원을 조세특례제한법 제10조제1항 의 연구개발비로 보아 세액공제 55,055,240원을 적용하였다.
• 나. 처분청은 2017. 8.경 청구법인의 2015 사업연도 법인세 사후검증 결과 연구개발전담부서 연구보조원 B(1984년, 남자)이 연구개발 업무 외에 마케팅 업무를 한 것으로 보아, B의 인건비 33,900,000원에 대한 세액공제 8,475,000원을 부인하여 법인세 10,720,875원을 과세하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였다.
• 다. 청구인이 이에 불복하여 2017. 9. 22. 과세전적부심사청구를 하였으나 2017. 11. 23. 불채택되자, 처분청은 2017. 12. 1. 청구법인에 법인세 10,823,847원을 경정․고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.
• 라. 청구인이 이에 불복하여 2018. 1. 22. 이의신청을 하였으나 2018. 3. 29. 이의신청이 기각되어, 2018. 4. 11. 청구인에게 이의신청결정서가 송달되었다. 청구인은 이에 불복하여 2018. 6. 4. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점처분은 근거과세원칙에 위반된다. 과세처분의 적법성은 처분청이 입증하여야 한다. 연구전담부서 직원 B이 설문조사를 한 사실이 없음에도 마케팅 업무를 겸직하였다는 간접사실은 과세요건사실을 존재를 추정할 수 있는 증명이 아니다. 처분청은 청구법인이 2015. 11. 16. F대학교 한국어학당 인터넷 게시판에 B이 중국 국적의 대학생을 대상으로 ‘중국시장 진출을 위한 설문조사와 간단한 인터뷰’라는 글을 게시한 것을 발견하여 마케팅 업무에 종사한 사실이 확인된다는 이유로 연구개발비 세액공제를 부인하였다. 그러나 설문조사에 참여한 사람이 없어서 설문조사는 이루어지지 않았다. 또한 인터넷에 게시된 설문조사서를 B이 작성한 사실이 없다. 따라서 B이 설문조사글을 게시했다는 이유로 연구개발인력이 아니라고 본 것은 부당하다. 청구법인은 ㈔△△협회에서 인정받은 연구․개발전담부서를 운영하면서 ‘기력회복식으로서 최적합화한 식물성 단백질 배합연구, 콩발효물을 이용한 단백질 섭취 유용성 연구, 내몸의 하루콩력, 라인밸런스 편안한 발효티’ 등의 연구실적을 가지고 있다. 청구법인은 ㈔△△협회에 연구과제명과 연구내용, 연구원 현황을 주기적으로 보고하고, ㈔△△협회로부터 통제와 관리를 받았다. 청구법인은 6개의 부서를 운영하며, 각 층별로 조직도별 사무실이 구분되며, B은 독립된 연구전담부서 소속이다. 반면 마케팅 업무는 편집기획부 업무여서 연구전담부서와 별개로 존재한다. B은 2014. 10. 24.부터 2016.경까지 ‘기력회복식으로서 최적합한 식물성 단백질 배합연구’ 등의 연구실적에 관여하였으며, 연구용으로 사용하는 원재료와 시약류 구입, 실험, 검사, 데이터 작성, 측정 등 연구 보조업무를 수행하였으며, 원거리 개발용 원재료 관리 등을 위한 유일한 남자 근무자로서 외부에서나 내부에서 연구전담부서의 직원으로 일하였다. 중국시장 진출을 위한 설문조사서의 설문내용은 연구전담부서와 편집기획부 7명의 의견으로 구성되었으며, 중국 시장 진출을 위하여 목적 상품 개발이 우선 과제이므로 업무주관 소속 직원인 B을 담당자로 하였으며, 사전설문 내용 중 시장조사 성격의 설문 부분은 마케팅 전담부서의 부장 1명, 차장 2명으로 구성된 편집기획부에서 작성하였다. 이와 같이 B의 인건비는 세액공제 대상이다. B이 겸직하였다는 과세요건 사실을 추론할 수 있는 합리적인 근거도 없이 국세기본법 제81조의3 이 정한 납세자의 성실성 추정을 무시한 쟁점처분은 부당하다.
• 나. 청구법인은 업무분장을 가진 조직별로 운영되는 법인이다 청구법인은 발효식품을 제조하여 판매하는 법인으로 영업부 20명, 물류센터 3명, 온라인 사업부 2명, 편집기획부 3명, 관리부 2명, 연구개발부 4명의 6개 사업부서로 조직되어 있고, 부서별 사무분장이 명확하게 구분되어 있다. 영업결정을 위한 정책은 해당부서에서 직접 수립하고, 경력이 없는 타부서 직원에게 의뢰하지 않는다. 설문조사가 종료되고 해외진출이 확정된다면 마케팅 업무계획은 편집기획부서에서 수립하는데 연구전담부서 직원이 마케팅 계획을 수립할 이유가 없다.
• 다. ‘연구활동 조사표’의 연구․개발인력의 평균연구 참여비율의 의미 연구활동 조사표는 통계 목적으로 작성되는 것으로서 연구전담부서의 업무만을 대상으로 ‘순수 연구개발의 업무’를 평균 연구 참여비율로 계산한 것이다. 조사표의 작성요령에 ‘통상 30% 정도의 시간을 연구개발을 위해서 사용하고, 나머지 시간은 기타 활동에 사용하는 경우 평균 연구 참여 비율은 30%가 됩니다’ 라고 예시되어 있는 바와 같이, 위 조사표는 연구전담부서의 업무 외에 타부서의 업무를 하였다는 자료가 아니다. 청구법인의 연구전담부서 근무자 중 이공계 학사 이상이 1명이고, 보조원이 3명이나 4명으로 잘못 계산하여 총 5명 중 이공계가 1명이라는 의미로 연구활동 조사표의 연구․개발인력을 20%로 기재하였다.
• 라. B이 타부서 업무를 겸직하였다면 겸직한 날 이후의 인건비에 대하여만 세액공제를 부인하여야 한다. 국세청의 질의회신(서면 법규과-2017, 2014. 9. 21.)에 따르면 연구전담요원에서 제외되는 경우 그 제외사유 발생일 이전 기간에 상당하는 인건비에 대하여는 연구․인력개발비 세액공제를 적용할 수 있다. B은 2015년부터 2016년까지 연구전담부서에서만 근무하였다. 처분청이 B에 대한 1년간의 인건비를 전부 세액공제 부인대상으로 보려면 B이 1년 동안 연구전담부서 외 타업무를 겸직하였다는 입증을 하여야 한다. B이 설문조사서를 게시한 것은 2015. 11. 16.이므로 2015. 1. 1.부터 2015. 11. 15.까지는 연구전담부서 외의 다른 업무를 겸직한 것으로 볼 수 있는 근거가 없어서 근거과세 원칙에 어긋난다.

1. 청구법인은 청구법인이 2015.11월경 진행한 설문조사 업무에 B(대표자의 친인척)이 보조적인 역할로 참여하였는데도 불구하고 B이 연구업무 외에 타 업무를 겸업하였다고 보아 B의 급여분에 대한 연구인력개발비세액공제를 부인하는 것은 부당하다고 주장하나,

• 가) 2015. 11. 16. 쟁점설문조사 상단에 있는 설문조사 실시 계획의 내용을 보면 서울대, F대, 총신대 어학당 중국인 수강생을 대상으로 중국시장에 대한 이해, 중국인의 한국산 건강식품의 구매정도 및 선호도, 주요 구매채널, 중국 시장 진출에 적합한 자사제품선별을 위한 주요 7개 제품 혜택 및 맛, 패키지 이미지 등의 호감도를 조사할 것을 계획하고 있으며, 설문의 내용도 “한국산 건강식품에 대한 인식 조사” 단일 주제로 구성되어 있어 쟁점설문조사가 연구개발 업무에 관련이 있다기보다는 중국진출을 위한 마케팅 업무의 성격이다.
• 나) 마케팅의 사전적 정의는 상황의 변화에 대응해가면서, 소비자의 수요를 만족시키기 위하여 상품 또는 서비스를 효율적으로 소비자에게 제공하기 위한 활동으로 시장 조사, 상품화계획, 선전, 판매 등을 의미하는 것으로, 연구원이 진행한 시장조사도 마케팅활동에 해당되므로 B이 실시한 쟁점설문조사를 연구업무로까지 포함시킬 여지는 없다.
• 다) 또한 청구법인이 청구외 □□협회에 제출한 “연구개발활동조사표(2015 사업년도분)” “나항 연구개발인력표”에 의하면 청구법인의 연구개발인력 5명의 평균 연구참여 비율이 20%에 불과한 것으로 기록되어 있어 B이 연구업무를 전담하였다고 보기도 어렵다.
• 라) 더구나 청구법인은 이 건 청구이유에서 B이 연구개발업무에 종사하였으므로 B의 급여분에 대한 세액공제를 부인하는 것은 부당하다고 반복적으로 주장하면서도 B이 연구개발업무에 근무하였다는 객관적이고 명백한 증빙을 제출하지 않고 있어 청구주장의 진위 여부를 가릴 수 없다.

2. 연구업무만을 전담하지 않고 다른 업무를 겸직하는 연구원의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 아니하는 것(조심2014중3244, 2014. 8. 11.)으로 B이 마케팅 업무에 종사한 것으로 본 처분청의 당초처분은 정당하다

3. 가사 B이 마케팅 업무에 관여하였다고 하더라도 쟁점설문조사가 참여율이 저조하여 중간에 취소되는 등 1회의 사업으로 종료되었으므로 그 기간에 해당하는 급여분에 대해서만 부인되어야 한다는 예비적 청구는, B이 2015. 11. 16. 설문조사 게시 이전부터 해당 업무를 추진해 왔음이 분명하여 그 기간을 구분하기 어렵고, 겸직사실이 확인된 이상 처분청에서 연구에 종사한 기간까지 입증하여 구분 과세할 이유가 없으므로 이유 없다.

• 가. 쟁점 연구보조원(B)에게 지급한 인건비가 연구개발비 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련법령

1. 구 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】 (2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 구 조세특례제한법 제9조 【연구·인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 2-1) 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. (단서 생략)

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

2-2) 조세특례제한법 시행령 [별표6] 구분 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

• 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥을 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비 2-2-1) 구 조세특례제한법 시행규칙 제7조 (2017. 3. 17. 기획재정부령 제614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조제2항 에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 2-3) 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 【정의】 (2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “연구전담요원”이란 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

8. “연구보조원”이란 연구전담요원의 지시에 따라 실험․검사 및 측정 등 연구보조업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다. 2-4) 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】

② 법 제14조제1항제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다. 2-4-1) 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제2조 【기업부설연구소등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준】 (2016. 9. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

③ 기업부설연구소등의 연구전담요원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자격기준을 갖추어야 한다. 이 경우 제3호부터 제5호까지의 기준은 중소기업에만 적용하되, 중소기업이 설립한 기업부설연구소등에서 제3호부터 제5호까지의 자격 중 어느 하나에 해당하는 자격을 갖추고 연구전담요원으로 근무하던 자가 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업이 된 후에도 계속하여 그 기업부설연구소등의 연구전담요원으로 근무하는 경우에는 해당 기업이 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업에 해당할 때까지는 연구전담요원의 자격을 갖춘 것으로 본다.

1. 대학설립ㆍ운영 규정 별표 1에 따른 자연과학계열ㆍ공학계열 및 의학계열(이하 "자연계분야"라 한다)의 학사 이상 학위를 가진 사람으로서 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하였거나 해당 연구 분야에서 1년 이상 근무한 사람

국가기술자격법 제9조제1항제1호 에 따른 기술ㆍ기능분야의 기사 이상 기술자격을 가진 사람

3. 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공한 자연계분야 전문학사 또는 이와 같은 수준의 학력이 있다고 인정되는 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상(3년제 전문대학을 졸업한 경우에는 1년 이상) 근무한 사람

국가기술자격법 제9조제1항제1호 에 따른 기술ㆍ기능분야의 산업기사 이상 기술자격을 가진 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상 근무한 사람

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 고등학교를 졸업(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 고등학교로 지정ㆍ고시되기 전에 그 학교를 졸업한 경우를 포함한다)하고 법 제14조제1항제2호의 기관에서 1년 이상 근무한 경력을 포함하여 기업의 연구개발활동과 관련된 분야에서 4년 이상 근무한 사람

• 가. 초ㆍ중등교육법 시행령제90조제1항제10호에 따른 산업수요 맞춤형 고등학교
• 나. 초ㆍ중등교육법 시행령제91조제1항에 따른 특정분야의 인재양성을 목적으로 하는 특성화고등학교 2-5) 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】

① 제16조제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 "연구전담요원등"이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없다. 다만, 창업일부터 3년이 경과하지 아니한 중소기업기본법 시행령 제8조제1항 에 따른 소기업에 종사하는 연구전담요원등이 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 기업부설연구소등을 설립 또는 설치하는 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. 3) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 4) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

• 다. 사실관계

1. 연구개발전담부서 관련 ◯ “연구개발전담부서 인정서”에 의하면, 청구법인의 ‘건강식품개발 연구부’가 2014. 10. 30. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 연구개발전담부서로 인정받은 사실이 확인된다. ◯ 청구법인이 2014. 10. 30. □□협회장에게 제출한 ‘[연구개발전담부서] 연구개발 인력현황’에 의하면, ‘건강식품개발연구부’에 소속된 ‘전담요원’은 A 1명, ‘연구보조원’은 C, B, E 3명이다. ◯ 연구원들의 대학에서의 전공은 A가 ‘화학’, C이 ‘불문학’, B이 ‘법학’, E이 ‘경제학’이다.

• 나. 연구개발활동조사표 ◯ 청구법인이 □□협회에 보고한 2015 사업연도 ‘연구개발활동조사표’에는 연구원 및 연구보조원의 평균 연구참여 비율이 20%라고 기재되어 있다.
• 다. 청구법인의 조직도 ◯ 청구법인이 제출한 2015년 초경 청구법인의 조직도는 아래 그림과 같다.
• 라. B이 인터넷에 게시한 글 ◯ B은 2015. 11. 16. F대학교 한국어학당 홈페이지에 “㈜푸른친구들 설문조사 및 간단한 인터뷰 아르바이트”라는 제목으로 아래와 같은 글을 게시하였다. ◯ 위 게시글에 첨부된 설문조사 문항은 아래와 같다.
• 마. 과세전적부심사청구 심리과정의 조사내용 ◯ 과세전적부심사청구 과정에서 심리담당자는 2017. 11. 13. 청구법인을 방문하여 B과 아래와 같은 내용의 문답을 하였다. 문 2013년 당시 연구개발부서 업무분장표와 B의 인사기록표를 보 여주시 기 바랍니다. 답 이미 제출한 조직도가 전부이며 업무분장표 및 인사기록표는 따로 없습니다. 문 언제부터 청구법인에서 일한 겁니까? 답 2012년부터 1년동안 7층 고객센터에서 일하다가 2013년부터 5층으로 내려와 연구개발업무를 하게 되었습니다. 문 한국어학당의 설문조사 이후 그것을 참조하여 개발한 제품은 무엇입니 까? 답 설문을 위해 중국인 20명을 모집하는 것이었지만 모집이 되지 않아 그 계 획은 무산되었습니다. 문 2016년 2월 연구개발전담부서를 취소하였는데 현재 청구법인에서 하는 일은 무엇입니까? 답 현재 전담연구원 A가 건강상 이유로 휴직이라 연구개발전담 부서를 취소하였고(연구개발전담부서는 1명이상 전담연구원 필수요건으로 연구개발전담부서를 취소하였음) 나머지 B 외 보조연구원 2명이 연구개발업무를 계속 하고 있습니다. ◯ 과세전적부심사청구 과정에서 심리담당자가 청구법인을 방문하여 연구개발전담부서를 촬영한 모습은 아래와 같다.
• 바. 청구법인이 출시한 제품 ◯ 청구법인은 2015년에 아래의 제품을 개발하여 출시하였다.
• 사. 청구법인의 연구인력에 대한 인건비 지출내역 ◯ 청구법인이 2014 내지 2016 사업연도의 법인세 신고서에 기재한 연구원 인건비 및 공제세액은 아래와 같다. (단위: 천원) 성명 연구구분 2014사업연도 2015사업연도 2016사업연도 인건비 공제 세액 인건비 공제 세액 인건비 공제 세액 합 계 16,900 없음 181,321 55,055 20,050 5,013 ➀ A (76년생) (주주 G 의 여동생) 전담 84,200 10,000 ➁ B (84년생, ➀의 친조카) 보조 5,500 33,900 3,000 ➂ C (83년생) 보조 5,900 37,400 3,250 ➃ D (74년생) 보조 4,200 3,800 ➄ E (84년생) 보조 5,500 21,621 주주 G: 신청법인 대표이사의 배우자, 지분 50%
• 라. 판단 구 조세특례제한법 제10조제1항, 같은 법 시행령 제8조제1항 별표6, 같은 법 시행규칙 제7조제1항에 의하면, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서에 근무하면서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 대한 인건비는 세액공제대상이 된다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로(대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두1507 판결 등 참조), 구 조세특례제한법 제10조제1항 에서 정하는 연구개발비 세액공제제도는 엄격하게 해석하여야 하며, 과세대상인 인건비가 비과세 혹은 면세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조). 구 조세특례제한법 제10조제1항, 같은 법 시행령 제8조제1항 별표6, 같은 법 시행규칙 제7조제1항은 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있는 점(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결), 전담부서에 근무하는 직원으로서 연구업무에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점, 전담부서의 지원인력의 경우에도 연구업무에 종사하는 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 한하여 그 인건비에 대한 세액공제를 인정하고 있는 점 등을 종합해보면, 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것이며, 나아가 연구업무 외의 다른 업무는 연구업무 수행과 직접적인 관련성을 갖는다는 사정이 인정되지 않는 한 연구업무에 포함되는 것으로 해석할 수 없다. 이 사건에서 보건대 B이 연구업무만을 전담하여 수행하였다는 점에 관하여 청구법인의 증명이 부족한 점, 오히려 B이 대학교의 인터넷 사이트에 “중국시장 진출을 위한 설문조사 실시계획”이라는 설문조사 글을 올린 사실에 비추어 보면 B이 마케팅 업무에 종사한 것으로 보이는 점, 청구법인이 □□협회에 보고한 2015 사업연도 ‘연구개발활동조사표’에 연구보조원의 평균 연구참여 비율이 20%라고 기재되어 있는 점 등을 고려하면 B에게 지급한 인건비를 구 조세특례제한법 제10조제1항 에 의한 세액공제 대상이라고 보기 어려우므로 쟁점처분은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.