현 대표이사 취임 후 전 대표이사가 업무수행을 하였다고 보기 어려운바 전 대표이사의 퇴직시점은 현 대표이사 취임 전날이고, 전 대표이사 개인용도로 사용한 급여를 현 대표이사의 급여로 볼 수 없으며, 연구·생산 겸직 직원의 인건비에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 부당하며, 미등록사업자가 발급·수취할 세금계산서이므로 사실과 다른 세금계산서에 해당함
현 대표이사 취임 후 전 대표이사가 업무수행을 하였다고 보기 어려운바 전 대표이사의 퇴직시점은 현 대표이사 취임 전날이고, 전 대표이사 개인용도로 사용한 급여를 현 대표이사의 급여로 볼 수 없으며, 연구·생산 겸직 직원의 인건비에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 부당하며, 미등록사업자가 발급·수취할 세금계산서이므로 사실과 다른 세금계산서에 해당함
이 건 심사청구는 기각합니다.
① 청구법인이 현 대표이사 취임 이후 전 대표이사에게 지급한 급여 합계 617,005,626원(2012∼2014년, 이하 “쟁점 급여” 라 한다)을 가공급여로 보아 손금 부인하고, 당초 2014년 9월말로 보았던 전 대표이사의 퇴직일을 현 대표이사 취임일 전인 2012년 4월말로 보아 퇴직금을 재계산하고 과다 지급된 퇴직금 173,810,036원(이하 “쟁점 퇴직금” 이라 한다)을 손금부인한 후 쟁점 급여와 쟁점 퇴직금을 전 대표 이사에 대한 배당으로 소득처분 하였으며,
② 청구법인의 기업부설연구소 직원 중 일부가 연구개발을 전담하지 않고 생산 활동도 겸직하였다고 보아 당해 인건비 194,661,880원(이하 “쟁점 인건비” 라 한다)에 대한 연구인력개발비 세액공제 합계 48,665,470원(2012∼2014년, 이하 “쟁점 세액 공제” 라 한다)을 부인하였으며,
③ 청구법인이 미등록사업자인 이▴▴(청구법인의 현 대표이사의 동생)로부터 임가공용역을 제공받고 청구법인2 명의의 매입세금계산서 합계 884,633,171원(공급 가액, 2013년 제2기∼2014년 제2기, 이하 “쟁점 세금계산서” 라 한다)을 수취한 사실과 ㈜○○에이유로부터 재화의 공급시점(2015년)보다 먼저 발행된 매입세금계산서 100,000,000원(공급가액, 2014년 제2기, 이하 “쟁점 선발행 세금계산서” 라 한다)을 수취한 사실, ④ 청구법인이 실물 거래 없이 청구법인2로부터 매입세금계산서 합계 473,192,000원(공급가액, 2013년 제2기∼2014년 제2기, 이하 “쟁점 거짓세금계산서” 라 한다)을 수취한 사실을 각각 확인하여 청구법인은 부가가치세 매입세액을 불공제 하였고, 청구법인2는 부가가치세 매출 과세표준을 감액하였으며,
⑤ 기타 접대비성 복리후생비를 접대비에 포함하여 한도액 재계산한 후 한도 초과액 합계 34,522,450원(2012∼2014년)은 손금불산입하고, 2013년 기계장치 즉시 상각비 25,000,000원을 손금불산입 후 연도별 감가상각비 17,64,975원(2013∼2014년)은 손금 추인하였다. 처분청은 2016.5.2. 청구법인에게 법인세 합계 497,386,060원(2012년 42,896,680원, 2013년 184,554,180원, 2014년 269,938,200원)과 부가가치세 합계 259,613,670원 (2013년 제2기 112,089,980원, 2014년 제1기 81,848,990원, 2014년 제2기 65,674,700원)을 경정 고지하였고, 또한, 2016.5.4. 청구법인2에게 2014사업연도 법인세 32,817,320원과 2013년 제2기부터 2014년 제1기 과세기간 부가가치세 합계 83,481,647원(2013년 제2기 37,651,455원, 2014년 제1기 27,685,504원, 2014년 제2기 18,144,688원)을 환급 결정하고, 2016.5.11. 2013사업연도 법인세 13,960,827원을 경정 고지하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 현 대표이사가 금융거래 부실자에 해당하여 대외활동이 어려웠기 때문에 현 대표이사 취임 후에도 청구법인의 전 대표이사가 실질적으로 근무하면서 자금관련 사안과 대외업무처리 등을 수행하였고, 청구법인은 이에 대해 급여를 지급 하고 실제 퇴직한 2014.9.30. 기준으로 퇴직금을 지급한 것인바 정상적으로 지급한 쟁점 급여와 쟁점 퇴직금을 부인하는 것은 부당하다.
(2) 설령, 전 대표이사에게 지급한 쟁점 급여를 부인하더라도 쟁점 급여는 대표이사로서 실제 업무를 수행한 현 대표이사의 급여로 보아 현 대표이사에게 상여로 처분하고 법인의 손금으로 인정하는 것이 타당하다.
(3) 명확한 불공제 사유가 없음에도 청구법인 기업부설연구소 근무직원 중 일부를 연구전담직원이 아니라고 보아 해당 인건비에 대하여 쟁점 세액공제를 부인한 것은 부당하다.
(4) 쟁점 세금계산서는 청구법인2가 실제 청구법인에 제품을 납품하고 발행한 세금계산서를 청구법인이 정상적으로 수취한 것이며, 쟁점 선발행 세금계산서는 선급금을 지급하고 수취한 세금계산서로서 이후 실제 재화의 공급이 있었으므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.
(1) 청구법인의 현 대표이사의 진술(2016.2.27.)에 따르면 2012년 5월부터 청구법인의 모든 업무는 본인이 처리하였고 전 대표이사는 금융관련 업무가 있을 시 형식적인 지위에서 계약서에 사인을 하거나 인장을 찍는 일이 전부라고 확인하고 있는바 2012년 5월 이후 전 대표이사에게 지급된 쟁점 급여나 2014년 9월말 기준으로 과다하게 지급된 쟁점 퇴직금은 손금 부인하는 것이 타당하다.
(2) 청구법인의 지분 90%를 소유한 전 대표이사 명의의 금융계좌로 쟁점 급여와 쟁점 퇴직금이 지급되었으므로 실제 쟁점 급여 등의 귀속자로서 주주인 전 대표이사 에게 배당으로 소득처분 하는 것은 정당하다.
(3) 조사청은 2016.1월 청구법인에 대한 세무조사 착수 시 청구법인의 기업부설연구소 직원이 생산관련 작업을 수행하는 것을 확인하였고, 2016.3.2. 청구법인의 현 대표이사가 이러한 사실을 인정하는 확인서를 작성한바 이에 근거하여 기업부설 연구소 인건비 중 연구전담직원이 아닌 직원의 인건비에 대한 쟁점 세액공제를 부인한 것은 정당하다.
(4) 쟁점 세금계산서는 미등록사업자인 이▴▴가 청구법인에게 공급한 임가공용역에 대하여 청구법인의 현 대표이사의 지시로 청구법인2 명의로 세금계산서를 발행하여 수수하였다고 청구법인의 현 대표이사와 청구법인2의 대표이사가 2016.2.15. 문답형 진술과 2016.2.27. 범칙혐의자 심문조서에서 일관되게 진술하였고, 쟁점 선발행 세금계산서는 실제 재화는 같은 과세기간에 공급하지 않고 세금계산서만 먼저 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당하는바 쟁점 세금계산서와 쟁점 선발행 세금계산서에 대해 부가가치세 매입세액 불공제 등 경정 결정을 하는 것은 정당하다.
① 청구법인의 현 대표이사 취임일을 전 대표이사 퇴직일로 보아 전 대표이사에게 지급한 급여와 퇴직금을 손금부인한 것이 부당한지
② (쟁점① 기각 시) 전 대표이사에게 지급한 급여를 현 대표이사에게 지급한 급여로 보아 법인의 손금으로 인정할 수 있는지
③ 기업부설연구소 연구전담요원이 아니라고 보아 해당 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 것이 부당한지
④ 청구법인이 특수관계인 등으로부터 교부받은 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 본 것이 부당한지
(2) 법인세법 시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】
④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다. (3) 소득세법 제20조 【근로소득】
① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여
3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액
4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득 (4) 소득세법 제22조 【퇴직소득】
① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금
2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득
③ 퇴직소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)으로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액(제1항제1호의 금액은 제외하며, 2011년 12월 31일에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 대통령령으로 정하는 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다. 퇴직한 날부터 소급하여 3년(근무 기간이 3년 미만인 경우에는 해당 근무기간으로 한다) 동안 지급받은 총급여의 연평균환산액 × 1 × 2012년 1월 1일 이후의 근무기간 × 3 10 12 (5) 법인세법 시행령 제44조 【퇴직급여의 손금불산입】
① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(근로자퇴직급여 보장법 제2조제5호 의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.
④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.
1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액
2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[ 소득세법 제20조제1항제1호 및 제2호에 따른 금액 (같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획 재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. (생략)
⑤ 제4항제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다. (6) 국세기본법 제14조 【실질과세】
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세 의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (7) 법인세법 제67조 【소득 처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內 留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (8) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분 】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(중략)에게 귀속된 것으로 본다.
① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니 하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25 (10) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】
① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2제1항 에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. (11) 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】
① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 (12) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】
① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 (13) 부가가치세법 제17조 【재화 및 용역의 공급시기의 특례】 (2014.1.1. 법률 제13556호로 개정된 것)
① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조 에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급 시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일 부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 적을 것
2. 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것 (14) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.
③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. (15) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) (16) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금 계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (17) 조세범처벌법 제10조 【세금계산서의 발급의무 위반 등】
② 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자와 매입처별세금계산서 합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 통정하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 행위를 한 경우에는 1년 이하의 징역 또는 매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 경우
2. 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출한 경우
③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 그 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금계산서합계표, 매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출처별계산서합계표, 매입처별계산서합계표에 기재된 매출ㆍ매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
3. 부가가치세법에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 정부에 제출한 행위 (18) 조세범처벌법 제18조 【양벌 규정】 법인(국세기본법 제13조 에 따른 법인으로 보는 단체를 포함한다. 이하 같다)의 대표자, 법인 또는 개인의 대리인, 사용인, 그 밖의 종업원이 그 법인 또는 개인의 업무에 관하여 이 법에서 규정하는 범칙행위를 하면 그 행위자를 벌할 뿐만 아니라 그 법인 또는 개인에게도 해당 조문의 벌금형을 과(科)한다. 다만, 법인 또는 개인이 그 위반행위를 방지하기 위하여 해당 업무에 관하여 상당한 주의와 감독을 게을리 하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
(1) 청구법인이 2012년부터 2014년까지 청구법인의 전 대표이사와 현 대표이사에게 지급한 급여 및 퇴직금, 특별위로금 내역은 다음과 같다. (원) 귀속 2012년 2013년 2014년 전 대표이사 현 대표이사 전 대표이사 현 대표이사 전 대표이사 현 대표이사 1월 15,400,000
• 17,560,000 5,000,000 19,762,240 9,984,210 2월 15,400,000
• 17,560,000 5,000,000 19,762,240 9,984,210 3월 15,400,000
• 17,560,000 5,000,000 19,762,240 9,984,210 4월 15,400,000
• 17,560,000 5,000,000 19,762,240 9,984,210 5월 17,560,000 2,600,000 19,762,240 6,102,400 20,355,107 14,127,754 6월 17,560,000 5,000,000 19,762,240 6,102,400 20,355,107 10,483,736 7월 17,560,000 5,000,000 19,862,240 6,202,400 27,855,107 13,883,736 8월 17,560,000 5,000,000 19,762,240 9,984,210 20,455,107 10,583,736 9월 17,560,000 5,000,000 19,862,240 10,084,210 128,264,204 10,483,736 10월 17,560,000 5,000,000 19,762,240 9,984,210
• 31,258,375 11월 17,560,000 5,000,000 19,762,240 9,984,210
• 28,500,000 12월 26,930,332 5,000,000 59,046,022 19,968,420
• 32,806,223 계 184,520,000 32,600,000 267,821,702 78,444,040 296,333,592 159,257,913 부인대상 급여 계 149,850,332 267,821,702 296,333,592
• 제외 97,000,000
① 급여 손금부인 52,850,332 267,821,702 296,333,592 특별퇴직위로금 2014.09.29. 임시주총 결의 97,000,000 퇴직금 2014.09.30 퇴직일 863,139,351
② 퇴직금 손금부인 173,810,036
(2) 청구법인의 등기사항전부증명서상 청구법인의 전 대표이사와 현 대표이사의 임원에 관한 변경 이력은 다음과 같다. 일 자 전 대표이사(송○○) 현 대표이사(이◇◇) 2004.11.15. 이사 취임(’04.11.26.등기)
• 2007.11.15. 이사 퇴임(’09.3.16.등기)
• 2009.3.16. 사내이사 취임(’09.3.16.등기)
• 2012.4.25. 공동 대표이사 취임 (’12.4.25.등기) 사내이사, 공동 대표이사 취임(’12.4.25.등기) 2014.9.30. 사내이사, 공동 대표이사 퇴임(’14.9.30.등기) 공동 대표이사 퇴임(’14.9.30.등기) 2015.6.1. 각자 대표이사 취임(’15.6.1.등기) 각자 대표이사 취임(’15.6.1.등기) * 2014.10.1.부터 2015.5.31.까지는 청구법인의 현 대표이사가 단독 대표이사
(3) 국세통합전산망의 사업자세적변경이력에 따르면 청구법인의 대표이사 변경이력은 다음과 같다.
• 2012.4월 현 대표이사 취임에 따라 2012.5.10. 사업자등록증상 대표자를 단독 대표에서 공동대표로 정정하였고, 2014.9월 전 대표이사 퇴임에 따라 2014.10.6. 공동 대표를 단독대표로 정정하였으며, 2015.6.5. 전 대표이사를 다시 현 대표이사와 함께 공동대표로 등록하였다. 일 자 변경 전 변경 후 2004.11.29. 이◎◎ 송○○(전 대표이사) 2012.5.10.(공동) 송○○(전 대표이사) 송○○, 이◇◇(현 대표이사) 2014.10.6.(단독) 송○○, 이◇◇(현 대표이사) 이◇◇(현 대표이사) 2015.6.5.(공동) 이◇◇(현 대표이사) 이◇◇, 송○○(전 대표이사) (4) 2016.2.27. 청구법인의 현 대표이사가 서명한 진술서 에 따르면 ‘청구법인의 전 대표이사는 현 대표이사가 업무를 시작한 2012년 5월 즉시 퇴임 하였으나 현 대표이사가 신용불량으로 금융관련 업무를 처리할 수가 없어 금융업무가 원활하게 되는 2014년 까지 전 대표이사를 공동대표자로 등재하여 급여를 지급한 것으로 처리 하였고 실질적 으로 진행한 업무는 없다’고 답변 하였다.
(5) 국세통합전산망 수록자료에 따르면, 청구법인은 2016.5.20. 기 신고하였던 2014년 귀속 퇴직소득에서 쟁점 퇴직금을 차감한 후 2012년 귀속 퇴직소득으로 원천 징수영수증을 제출하였으며, 청구법인의 전 대표이사는 배당으로 소득처분된 쟁점 급여에 대해 2016.5.19.(2014년 과세연도)과 2017.11.7.(2012년∼2013년 과세연도) 종합소득세 수정신고(경정청구)서를 제출한 사실이 확인된다.
(6) 청구법인이 이 건 불복청구 시 제출한 임시주주총회의사록(2012.4.20., 2014.9.29., 2015.6.1.)과 내부품의서(2012.5.11., 2015.6.10.)에 따르면 청구법인은 각자 대표이사 선임·변경 등과 관련한 주총결의 등을 하였으며 그 내용은 다음과 같다. (가) 2012.4.20. 임시주주총회의사록에 따르면 ‘청구법인의 현 대표이사를 대표이사로 선임하여 각자 대표이사체계로 진행 한다’고 안건 상정하여 승인하였으며, 이에 따라 전 대표이사와 현 대표이사의 업무를 구분 한 사실이 확인된다. (나) 2012.5.11. 내부품의서 “각자 대표이사 선임의 건”은 전 대표이사와 현 대표이사의 각자 대표이사 선임 에 따라 사업자등록증과 등기사항 변경, 각자 대표이사의 업무권한을 지정 하여 품의하여 결재하였다. (다) 2014.9.29. 임시주주총회의사록에 따르면 전 대표이사 사임과 특별위로금 지급, 현 대표이사 업무변경에 따른 급여변경 등을 안건 상정하여 승인하였다. (라) 2015.6.2. 작성된 임시주주총회의사록에 따르면 해외투자 진행을 청구법인의 전 대표이사가 진행 하고 이에 따른 보수 산정 안건을 상정하여 승인하였다. (마) 2015.6.10. 내부품의서 “2015년 각자 대표이사 선임의 건”은 각자 대표이사의 권한 및 업무, 전 대표이사의 급여 산정 건을 품의하여 결재하였다.
(7) 청구법인은 2018.4.26. 청구법인의 현 대표이사가 금융거래 제한이 있어 청구법인의 전 대표이사가 2012년 5월부터 2014년 9월까지 청구법인을 위하여 정기 및 임시주주총회 참석 6회, 이사회 참석 6회, 운영자금 마련 융자신청 및 여신거래 약정 57회 등 구체적인 업무를 수행하였다고 주장하면서 청구법인 현 대표이사의 파산선고·면책결정 등 자료와 청구법인의 2012년-2015년 이사회의사록 명세, 은행별 금융거래 확인서(25부)를 제출하였다. (가) 청구법인의 현 대표이사는 2010.3.12. 춘천지방법원으로부터 파산선고를, 2010.7.12. 면책결정을 받았으며, 2017.5.22. 인천지방법원으로부터 채무불이행자명부 말소 결정을 받은 사실이 제출 자료로 확인된다. (나) 2012년∼2015년 이사회의사록 명세는 2012.1.30.부터 2015.12.30.까지 총 56건의 이사회 일자, 내용, 참석자, 금액을 기재한 자료로 그 내용 중 일부는 다음과 같다. 번호 일자 내용 참석자 금액 1 12.01.30. ♤♤은행 전자어음 연장의 건 송○○, 장▼▼ 700,000,000 15 12.12.24. ♡♡은행 외상매출채권전자대출(순) ㈜아모텍 송○○, 장▼▼, 이◇◇ 1,000,000,000 16 12.12.29. ♤♤은행 전자방식 외상매출 채권(구매업체서비스) 연장의 건 송○○, 장▼▼, 이◇◇ 4,000,000,000 20 13.05.20. ♤♤은행 구매카드(주계약업체) 연장의 건 송○○, 장▼▼, 이◇◇ 1,500,000,000 27 13.12.02. ♤♤은행 전자방식 외상매출 채권(구매업체서비스) 연장의 건 송○○, 장▼▼, 이◇◇ 4,000,000,000 32 14.02.20. ♤♤은행 구매카드(주계약업체) 연장의 건 송○○, 장▼▼, 이◇◇ 2,500,000,000 46 14.12.02. ♤♤은행 전자방식 외상매출 채권(구매업체서비스) 연장의 건 송○○, 장▼▼, 이◇◇ 4,000,000,000 (다) 은행별 금융거래확인서(25부)는 ♤♤은행, ♧♧은행, ♥♥은행, ♣♣은행에서 발급한 2010년부터 2016년까지 대출종류(할인어음, 중소기업자금대출 등), 대출일자·상환일자, 대출금액 및 잔액 등을 표시한 자료이다.
(8) 청구법인이 2018.5.4. 추가 심리자료로 ⅰ) 청구법인의 전 대표이사의 사업이력, ⅱ) 해외사업 확장 및 투자참여기록, ⅲ) 청구법인 설립 후 매출변화, ⅳ) 환경업무 대처 및 행정처분에 관한 자료를 제출하였으며 그 내용을 정리하면 다음과 같다. (가) 청구법인의 전 대표이사의 사업이력 2002.9월경 청구법인의 현 대표이사가 운영하던 회사 ‘매스램’이 부도가 나고 청구법인의 현 대표이사도 행방불명 상태가 되면서 배우자인 청구법인의 전 대표이사가 가족의 생계를 책임지게 되었으며, 2004.11.30. 친정에서 차입한 자금 5천만원으로 청구법인의 주식을 인수하였다. 청구법인의 초기 운영형태는 단순 임가공업무(직원 5∼6명)를 수행하는 것으로 생산설비나 특별한 기술 없이도 운영이 가능하였으며 청구법인의 전 대표이사가 직접 일을 하며 회사를 운영하였다. 2009.6월 영업경력자인 이◎◎를 임원으로 영입하여 단순 임가공에서 전자부품 제조로 사업 전환을 시도하였으나 엔지니어가 없어 고질적인 품질문제가 지속적으로 발생하였다. 2012.5월 엔지니어 출신인 청구법인의 현 대표이사를 영입하여 생산전반을 총괄 하게 하면서 현재와 같이 제조와 품질이 성공적으로 운영되고 있다. 청구법인의 현 대표이사는 2010.7월 면책허가가 확정되었으나 기술신용보증기금 등 금융권으로부터 완전하게 면책된 것이 아니었으므로 청구법인의 전 대표이사가 재무·자금을 총괄하고, 현 대표이사는 생산총괄 진행, 임원(이◎◎)은 영업총괄을 분담 하여 수행하고 있다. (나) 해외사업 확장 및 투자참여 기록 제출된 해외직접투자신고서에 따르면, 2015.6월 베트남 FINEELECCOM VINA에 미화 324,524불(지분 70%), 2015.7월 중국 FINEELECCOM SUZHOU에 미화 150,000불(지분 100%)를 투자하면서 청구법인의 전 대표이사를 청구법인의 대표자로 신고한 사실이 확인된다. (다) 청구법인 설립 후 매출변화 (원) 사업연도 매출액 대표이사 재무담당 2003 26,135,600 이◎◎ 이◎◎ 2004 348,805,639 청구법인의 전 대표이사 청구법인의 전 대표이사 2005 703,499,805 2006 1,080,008,394 2007 2,427,874,402 2008 4,045,172,295 장▼▼ (청구법인2의 대표이사) 2009 4,537,754,982 2010 10,813,524,430 2011 14,865,959,080 2012 17,304,484,045 청구법인의 전 대표이사 청구법인의 현 대표이사 2013 27,826,096,126 2014 34,244,753,837 (라) 환경업무 대처 및 행정처분 청구법인의 사업은 국가 환경규제를 만족하여야 하며 지역, 시설 등이 갖추어져야만 사업 활동이 가능하다. 2014.4월과 2015.2월 인천광역시청 대기보전과에서 환경검열이 진행되었고 청구 법인의 전 대표이사가 시료채취 확인서에 서명한 사실이 확인되며, 과태료처분(2014년 480,000원, 2015년 1,193,640원) 미이행 시 그 책임은 청구법인의 전 대표이사가 부담 해야한다고 주장한다.
(9) 국세통합전산망에 수록된 청구법인의 2012∼2014 사업연도 연구·인력개발비 세액공제 신고 및 처분청의 세액공제 부인 내역은 다음과 같다. (원) 연도별 신고 공제세액① 경정 세액공제② 공제부인(①-②) 2012년 72,377,019 57,172,121 15,204,898 2013년 61,617,844 45,325,904 16,291,940 2014년 91,405,255 74,236,623 17,168,632 계 225,400,118 176,734,648 48,665,470
(10) 처분청은 청구법인의 기업부설연구소 직원 중 생산업무를 겸직한 아래 직원의 쟁점 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 부인하였다. (원) 연도별 기업부설연구소 직원 중 생산업무 겸직자 인건비 이(소장) 조(연구) 임(보조) 박(연구) 계 2012년 37,030,538 9,324,054 14,465,000
• 60,819,592 2013년 39,085,996 21,297,153 2,790,000 1,994,611 65,167,760 2014년 50,322,916
• - 18,351,612 68,674,528 합계 126,439,450 30,621,207 17,255,000 20,346,223 194,661,880
(11) 청구법인이 제출한 ‘기업부설연구소 인정서’에 따르면 청구법인은 2012.1.19. 한국산업기술진흥협회로부터 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조, 같은 법 시행령 제16조제1항 및 제27조제1항에 따라 ‘기업부설연구소’로 인정받았으며, 최초 기업부설연구소 직원현황은 연구전담요원 5명, 연구보조 1명 총 6명으로 확인된다. (12) 2016.2.27. 청구법인의 현 대표이사가 서명한 진술서 에 따르면 ‘연구업무는 대부분 실무자가 하고 있으며, 일부 보조자들은 생산관련 조립업무를 병행 하고 있다’고 진술하였다. (13) 청구법인의 현 대표이사가 2016.3.2. 서명 날인한 확인서 에 따르면 “연구개발비 세액 공제 받은 내역 중 이, 임, 조, 박는 연구개발 이외 생산관련 업무에 주로 종사한 직원 ”이며, “2012년도부터 2014년도까지 연구개발비 과대계상내역은 194,661,880원”이라고 확인하였다. * 이은 기업부설연구소 소장이며, 조사청에서 이 등 쟁점 인건비 수령자로부터 생산업무를 겸직했는지 여부에 대한 사실 확인을 받은 자료는 없다.
(14) 청구법인은 쟁점 인건비는 연구전담요원에게 지급한 인건비임을 주장하며 기업부설연구소 인사발령서(‘임’은 ‘보조원’ 으로 인사발령)와 연구개발 활동 개요서, 연구개발일지(① 박리형INK(SGC2500) 시험연구건, 2013.2.4.∼2.22. 조·이**,
② 열경화 모델별 연구건, 2014.4.2.∼4.19. 박·이) 사본을 입증자료로 제출하였다.
(15) 조사청의 조사내용에 따르면 2013년 제2기부터 2014년 제2기 과세기간 동안 청구법인이 청구법인2와 ㈜○○에이유로부터 교부받은 위장·거짓 세금계산서(1,357백만원)와 선발행 세금계산서(100백만원) 내역은 다음과 같다. (공급가액, 원) 과세기간 청구법인이 받은 사실과 다른 매입세금계산서 청구법인2 발급 ㈜○○에이유 발급 계 (①+②+③)
① 위장 세금계산서
② 거짓 세금계산서
③ 선발행 세금계산서 2013.2기 383,421,171 223,192,000
• 606,613,171 2014.1기 256,212,000 200,000,000
• 456,212,000 2014.2기 245,000,000 50,000,000 100,000,000 395,000,000 계 884,633,171 473,192,000 100,000,000 1,457,825,171 (가) 거짓 세금계산서는 청구법인도 실물 거래 없이 세금계산서만 발행·수수 하였음을 인정하고 있어 조사청과 다툼이 없다. (나) 선발행 세금계산서는 청구법인이 임가공업을 영위하는 ㈜○○에이유에게 2014.11월 임가공 대가를 지급하지 않고 매입세금계산서를 수취하였으며 실제 임가공품은 2015.1월에 지연 납품된 것을 조사청이 확인한 것이다.
(16) 조사청은 청구법인2가 청구법인에게 발급·교부한 위장세금계산서에 대응하는 위장 매입세금계산서 209,478,829원(이하 “쟁점 매입세금계산서” 라 한다)을 수취하였다고 조사하였다. (공급가액, 원) 과세기간 청구법인2가 받은 거짓 매입세금계산서 네오○○ 발급 외주업체 8개 발급 계(①+②+③) 2013.2기 21,894,200 68,752,531 90,646,731 2014.1기 37,167,400 36,203,792 73,371,192 2014.2기 20,550,100 24,910,887 45,460,987 계 79,611,700 129,867,210 209,478,910
(17) 청구법인의 현 대표이사와 청구법인2의 대표이사가 2016.2.15.과 2016.2.27. 조사청에서 작성한 진술서 및 범칙혐의자 심문조서에는 청구법인과 청구법인2 간의 위장·거짓 세금계산서를 수수한 사유와 사실관계를 밝히고 있으며 그 내용은 다음과 같다. (가) 위장·거짓 매출세금계산서를 발행한 청구법인2의 대표이사의 2016.2.27. 진술서 및 범칙혐의자 심문조서 내용은 다음과 같다.
• 2016.2.15. 청구법인2의 대표이사 ‘진술서’ 내용은 다음과 같다.
• 2016.2.27. 청구법인2의 대표이사 ‘범칙혐의자 심문조서’ 내용은 다음과 같다. (나) 청구법인2로부터 위장·거짓 매입세금계산서를 받은 청구법인의 현 대표이사의 2016.2.27. 진술서 및 범칙혐의자 심문조서 내용은 다음과 같다.
• 2016.2.27. 청구법인의 현 대표이사 ‘진술서’ 내용은 다음과 같다.
• 2016.2.27. 청구법인의 현 대표이사 ‘범칙혐의자 심문조서’ 내용은 다음과 같다.
(18) 선발행 세금계산서와 관련하여 청구법인의 현 대표이사가 2016.2.15. 서명 날인한 진술서의 내용은 다음과 같다.
(19) 조사청은 청구법인과 청구법인2의 거짓·위장세금계산서 수수가 조세범처벌법 제10조 제2항 및 제3항의 규정을 위반하였다고 보아 2016.3월 청구법인과 청구법인의 현 대표이사(2016형제), 청구법인2(2016형제)를 ○○지방검찰청에 고발하였다. 가) 청구법인 과 청구법인의 현 대표이사의 범칙년월일 및 사실은 다음과 같다. 범칙혐의자 ㈜파인◈◈◈ 및 대표자 이◇◇는 2013년 2기~2014년 2기까지 ㈜●●●●●●로부터 실제 재화 및 용역을 공급받은 사실 없이 거짓매입세금 계산서 6매 공급가액 473,192,000원을 수취하고, 미등록사업자로부터 재화 및 용역을 공급받은 분에 대하여 ㈜●●●●●●로부터 거짓매입세금계산서 11매 공급가액 884,633,171원을 수취하는 등 총 17매 공급가액 1,357,825,171원의 거짓매입세금계산서를 수취 하고, 부가가치세법에 따른 매입처별세금계산서 합계표를 거짓으로 기재하여 과세관청에 제출하고 부당하게 매입세액을 공제받은 사실이 확인되는 바, 이는 조세범처벌법 제10조제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 세금계산서의 발급 및 수수의무 위반 등에 해당함 (나) 청구법인2 와 청구법인의 현 대표이사의 범칙년월일 및 사실은 다음과 같다. 범칙혐의자 ㈜●●●●●● 및 전대표자 이◇◇는 2013년 2기~2014년 2기까지 매출처인 ㈜파인◈◈◈에 실제 재화 및 용역을 공급한 사실 없이 거짓매출세금계산서 17매 공급가액 1,357,825,171원을 발행 하여 부가가치세법에 따른 매출처별세금계산서합계표를 거짓으로 기재하고 과세관청에 제출하여 거래처로 하여금 부당하게 부가가치세를 공제받게 하였으며, 2013년 2기~2014년 1기까지 네오메쉬 등 8개 업체로부터 재화 및 용역을 공급받은 사실 없이 거짓매입세금계산서 57매 공급가액 209,478,910원을 수취 하여 부가가치세법에 따른 매입처별세금계산서합계표를 거짓으로 기재하고 과세관청에 제출하여 부당하게 매입세액을 공제받은 사실이 확인되는 바, 이는 조세범처벌법 제10조제3항 의 규정에 의한 세금계산서의 발급 및 수수의무 위반 등에 해당함
(20) ○○지방검찰청은 2016.7.29. 쟁점 세금계산서와 쟁점 거짓 세금계산서를 수취한 청구법인과 청구법인의 현 대표이사(2016형제)가 조세범처벌법을 위반 하였다고 보아 구약식 벌금 각 1천만원을 처분하는 통지를 하였으나 2016.10.19. 쟁점 거짓 세금계산서만 조세범처벌법을 위반한 것으로 보아 약식기소 하였고, ○○ 지 방법원은 2016.11.28. 청구법인과 청구법인의 현 대표이사에게 벌금 각 7백만원을 약식명령 하였다. 쟁점 세금계산서와 쟁점 거짓 세금계산서를 발급한 청구법인2와 청구법인의 현 대표이사(2016형제)에 대해서는 2016.8.31. 조세범처벌법 위반으로 기소하여 현재 ○○지방법원에서 2심 소송(2016고정****) 진행 중에 있으며 1심 판결내용(2017.1.13.)은 다음과 같다.
○ 유죄의 이유 피고인 회사(청구법인2)가 아닌 이▴▴가 이 사건 거래들의 실질적인 계약 당사자로 봄이 상당 하고 그럼에도 불구하고 피고인 회사(청구법인2)가 허위로 공소사실 기재와 같이 매출·매입처별세금계산서합계표를 작성하여 제출한 사실을 충분히 인정할 수 있으므로, 피고인들(청구법인2와 이◇◇)의 위 주장은 받아 들이지 않는다.
○ 범죄사실
1. 피고인 이◇◇ 피고인은 2013.10.25.경 ○○ □□구 △△로 ***에 있는 ▴▴▴세무서에서, 2013년 2기 부가가치세 예정신고를 하면서, 사실은 피고인 회사가 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 않았음에도, 별지 범죄일람표(1) 연번 1. 기재와 같이 ㈜파인◈◈◈에 재화 또는 용역을 공급한 것처럼 공급가액 209,283,171원의 매출처별세금계산서합계표 및 별지 범죄일람표(2) 연번 1. 기재와 같이 네오메쉬 등 3개 업체로부터 재화 또는 용역을 공급받은 것처럼 공급가액 43,016,964원의 매입처별세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 담당자에게 각 제출한 것을 비롯하여 그때부터 2015.1.25.경까지 별지 범죄일람표(1)·(2) 각 기재와 같이 공급가액 합계 1,357,825,171원의 매출처별세금계산서합계표 및 공급가액 합계 209,478,910원의 매입처별세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 담당자 에게 각각 제출하였다.
피고인 회사는 위와 같은 일시 및 장소에서 피고인 회사의 대표이사인 피고인 이◇◇가 회사 업무에 관하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 아니하고 공급가액 합계 1,357,825,171원의 매출처별세금계산서합계표 및 공급가액 합계 209,478,910원의 매입처별세금계산서합계표를 담당자에게 각각 제출하였다.
(21) 청구법인과 청구법인2는 당초 세무조사 내용과 달리 쟁점 세금계산서가 청구 법인2의 ◆◆동공장에서 실제 발생한 정상거래에 대한 세금계산서임을 주장하며 이를 입증할 자료로 ⅰ) 청구법인2의 본점 및 ◆◆동공장 임대차계약서 사본, ⅱ) 청구법인2의 작업공정 과정도, ⅲ) 청구법인2의 본점과 ◆◆동공장 근무 인원 현황 및 급여 지급내역, ⅳ) ◆◆동공장의 조립생산품 거래명세서, ⅴ) 청구법인2의 쟁점 세금계산서에 대응하는 위장매입거래에 대한 대금 출금상황 등을 제출하였다. (가) ◆◆동공장 임차계약서(‘상가 월세 계약서’)에 따르면 청구법인2는 2013.3.19. ○○ □□구 ◆◆동 -7 소재 호(91.59㎡) ◆◆동공장을 보증금 1천만원, 월세 550천원, 24개월(2013.3.27.∼2015.3.26.) 임차하였다. (나) 청구법인2의 작업공정 과정도는 반제품을 임가공하는 인쇄공정, 완성품을 만드는 조립공정을 흐름별로 설명하고 있다. (다) 청구법인의 본점과 ◆◆동공장 근무인원 현황 및 급여 지급내역은 사업장별 공정 근무자 명단, 2013.12월과 2014.12월 근무 노무비 내역을 기재하였다. (라) ◆◆동공장의 조립생산품 거래명세서는 2013.7월부터 2013.10월까지 청구법인2(STIF∼검사) 거래내역과 2013.7월분부터 2014.10월분 외주 정산내역(일부) 내부 보고서, 청구법인의 외상매입금 원장과 청구법인2에 대한 외상매입대금 계좌이체 내역이다. (마) 청구법인2의 위장 매입거래에 대한 대금 출금상황은 원재료 매입처(레오 **) 및 외주업체((주)유▲▲▲ 등 8개)에 대한 외상매입금 원장과 외상매입대금 계좌 이체 내역, 외주업체 노무비 산정근거 등이다.
(22) 조사청은 청구법인이 제출한 위 자료는 청구법인에 대한 세무조사 당시 확 인한 자료로서 청구법인의 외주업체인 이▴▴(미등록사업자)가 수행한 용역과 관련한 매출·매입 및 비용을 청구법인2가 청구법인2 명의의 매출·매입으로 관리하며 대금결제도 대행한 것이라고 주장한다.
(23) 퇴직일과 소득처분에 대한 청구법인과 처분청의 주장요지 (가) 청구법인의 주장에 따르면 청구법인의 전 대표이사가 2014.9.30. 퇴직일까지 각자 대표이사로서 대외활동을 수행하였으므로 퇴직일까지 지급된 쟁점 급여와 퇴직일을 기준으로 산정된 쟁점 퇴직금은 정상적인 손비에 해당한다.
① 청구법인의 전 대표이사는 현 대표이사의 배우자이며 청구법인 발행주식의 90%를 소유한 실질적인 사주로서 2004.11.15. 이사로 경영에 참여하였으며 2009.3.16. 사내이사(대표이사)에 취임하여 청구법인을 운영하였다.
② 청구법인의 전 대표이사는 청구법인의 현 대표이사가 ‘파산면책 신용불량 및 외환관리법 위반 금융기관 제재자’로 오랜 기간 은행 등 금융기관 거래와 해외송금 등 외환거래에 어려움이 있어 현 대표이사 취임 후에도 여신설정 등 금융권에 대한 업무, 4대 보험 업무, 기타 금융권 및 관공서에 대한 지원금 신청 등 실질적인 대표 이사로서 법률적·경제적으로 대외활동을 하여 왔음이 주주총회의사록 등에 의해 확인된다.
③ 또한 청구법인의 전 대표이사의 거주지는 인천광역시 연수구로서 청구법인 소재지인 인천광역시 남동구까지는 10㎞ 이내의 거리에 있어 수시로 출근하여 업무 보고 등을 받고, 청구법인의 자금과 관련된 사안 및 대외업무처리 등 중요한 의사결정에 참여하였다.
④ 쟁점 급여는 청구법인의 전 대표이사의 역할에 대해 청구법인의 급여지급규정에 따라 적정하게 지급된 인건비이며, 급여대장, 금융계좌 이체내역, 쟁점 급여의 사용 내역(자녀 유학비·생활비) 등 증빙자료가 존재한다.
⑤ 법인세법 시행령 제43조 제4항 에서 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급 하는 보수는 법인세법 제52조 부당행위계산의 부인규정에 해당하는 경우를 제외 하고는 이를 손금에 산입하는 것으로 규정하고 있다 또한, 각자 대표이사직을 수행하는 청구법인의 전 대표이사와 현 대표이사가 생계를 같이 하는 특수관계인으로 법인세법 제52조 규정에 의한 부당행위 대상이 되지 않는 한 청구법인의 전 대표이사의 급여를 부인한다 하더라도 실질적으로 업무를 수행한 청구법인의 현 대표이사의 급여로 상여 처분하고 법인의 손금으로 인정하는 것이 마땅하다. (나) 처분청의 주장에 따르면 청구법인의 전 대표이사의 역할은 형식적으로 이루어 졌을 뿐이고 실제 진행한 업무는 없으므로 쟁점 인건비는 부인되어야 하며, 실제 퇴직일을 기준으로 퇴직금을 재산정하는 것이 정당하다.
① 청구법인이 주장하는 바와 같이 청구법인의 현 대표이사는 2014년 취임 이전 까지 금융거래 부실자로서 금융관련 업무를 진행할 수 없는 상황이었으나, 2014년 부터는 경영·회계 및 생산 등 전 분야에 걸쳐 실질적으로 모든 업무를 직접 처리하고 있는 것이 관련문서 등에서 확인된다.
② 청구법인의 현 대표이사가 2016.2.27. 서명한 문답형 진술서에서 ‘모든 업무는 2012년 5월부터 실질 대표자인 현 대표이사 본인이 처리하였으며, 전 대표이사는 업무에 일체 관여하지 아니하고 금융관련 업무가 있을 시 형식적인 공동대표자의 지위에서 계약서에 사인하거나, 인장을 찍는 일이 전부이며, 실질적으로 진행한 업무 는 없었습니다’라고 진술하였다. 따라서 금융권의 제재 때문에 형식적으로 공부상 등재한 전 대표이사에게 지급한 급여는 가공급여에 해당한다.
③ 또한, 조사내용과 같이 청구법인의 전 대표이사의 실제 퇴사일이 2012년 4월말 임에도 2014년 9월말로 퇴직 처리하여 퇴직급여를 계산하여 지급하였으므로 청구 법인의 임원퇴직금지급규정에 실제 근속연수를 적용하여 퇴직금을 재계산한 후 과다 하게 지급한 퇴직금을 부인한 것은 정당하다.
④ 쟁점 급여와 쟁점 퇴직금은 청구법인의 대주주인 전 대표이사가 수령한 것인바 주주에게 배당으로 소득처분하는 것이 타당하다.
(24) 연구·인력개발비 세엑공제에 대한 청구법인과 처분청의 주장요지 (가) 청구법인은 다음과 같은 사유로 쟁점 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 것은 부당하다고 주장한다.
① 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 '기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무 하 는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비'를 연구・인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있음에도 이를 명확한 사유 없이 연구・인력개발비 세액공제액을 불공제한 당초 처분은 국세기본법 제16조 근거과세 규정을 위반한 처분으로 부당하며,
② 기업부설연구소 연구원들이 연구 활동에 전념하지 아니하였다고 볼 수 없고, 일반 매출부서의 영업활동과 구분되는 연구 활동을 실질적이고 지속적으로 수행한 것으로 볼 수 있으므로 쟁점 인건비에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다고 주장한다. (나) 처분청은 다음과 같은 사유로 쟁점 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 것은 정당하다고 주장한다.
① 청구법인은 연성회로기판 제조업체로서 발주업체로부터 관련부품의 개발의뢰나 유사제품을 새로운 부품으로 변형요구를 받을 경우 개발팀 직원들로 하여금 당해 업무를 수행하게 하고 있으나,
② 조사착수 시 개발실의 직원 등이 생산업무와 관련하여 조립 등 작업을 하고 있었으며, 청구법인의 현 대표이사가 서명한 2016.2.27. 문답형진술서와 2016.3.2. 확인서에서도 이 건 심사청구 주장과는 다르게 당초 조사내용에 따라 쟁점 인건비는 연구개발 이외 생산관리 업무에 주로 종사한 직원에게 지급한 인건비임을 일관성 있게 답변하고 확인서를 작성한 사실이 있는바, 쟁점 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 정당하다.
(25) 사실과 다른 세금계산서에 대한 청구법인과 처분청의 주장요지 (가) 청구법인의 주장에 따르면 쟁점 세금계산서와 쟁점 선발행 세금계산서는 실제 거래에 근거하여 수수한 정상적인 세금계산서이다.
① 청구법인2는 2013년 공장이 협소하여 FPCB의 조립 부착 생산파트와 인쇄 생산 파트를 분리하기로 계획하고 본점 사업장에서는 인쇄 생산파트 가공공정을, ◆◆동공장(지점 미등기, 사업자등록 미등록)에서는 조립·부착 생산파트를 운영하였으나, ◆◆동공장에서 진행한 부착파트의 중량물 물류이동, 물류이동간의 품질, 납기준수의 어려움 등 문제가 발생됨에 따라 ◆◆동공장 운영을 중단할 수밖에 없었고, ◆◆동공장의 철수를 진행함에 따른 계약기간 미도래 문제를 해결하고자 타업체(제이엠전자)와 협의 하여 인계완료 하였다. 그 이후 모든 거래는 청구법인2의 본점 사업장에서 진행하여 청구법인에게 납품하였다.
② 청구법인2가 청구법인으로부터 외주가공의뢰서를 받으면 청구법인2의 인쇄 생산파트 공정은 환경허가가 필요한 부분이라 청구법인의 공장 일부를 임차한 장소 (□□구 ☆☆동 *-, 청구법인2의 본점 사업장)에서 가공과정을 전체 진행 하였고, 조립·부착 생산파트 공정은 대부분 수작업으로 진행되어 공수(운반)계획에 벗어나는 물량은 일부 사외외주로 처리하여 탄력적으로 임가공 생산하였다. 이렇게 생산된 제품을 청구법인에게 납품하면서 청구법인2는 거래명세서와 매출세금계산서를 교부 하였다.
③ 쟁점 세금계산서는 청구법인2가 제시하는 증빙자료와 같이 청구법인2의 ◆◆동 공장 사업부명으로 청구법인에게 사실 그대로 납품하였음을 확인할 수 있고, 납품 대금 또한 정상적으로 금융이체 거래로 수수하였으며, 발주의뢰 주문과 거래명세서에 의하여 실질거래임이 입증되고 있음에도 사업장이 발주업체인 청구법인과 같은 건물에 위치하여 물류이동 흐름을 입증할 수 없다는 사유와 대표이사가 동일하다 하여 위장 거래로 판단한 것은 부당하다.
④) 또한, 청구법인2 발행 쟁점 세금계산서에 대응하는 원가 209,478,910원의 세부내역을 보면 2013년 제2기 원재료비(305W평각 외) 매입처 네오○○ 21,894,200원과 외주가공비(아웃소싱 8개 업체) 68,752,531원 합계 90,646,650원을 정상적으로 지급 하고 매입세금계산서를 수취 하였으며, 2014년 원재료비 매입처 네오○○ 57,717,500원과 외주가공비(아웃소싱 8개 업체) 61,114,679원 합계 118,832,179원도 정상적으로 지급 하고 매입세금계산서를 수취 하였음에도 이를 가공매입세금계산서로 보아 청구법인2의 부가가치세를 경정한 당초 처분은 부당하다. (나) 처분청의 주장에 따르면 쟁점 세금계산서는 실제 용역이나 재화를 공급한 자가 아닌 자가 발행하여 수수한 것이고, 쟁점 선발행 세금계산서는 동일 과세기간에 실물 공급이 이루어지지 않고 세금계산서만 수취한 것인바 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.
① 청구법인2가 ◆◆동공장을 임차한 사실은 있으나, 실제 당해 공장에 대한 지점을 등록한 사실이나 ◆◆동공장에서 직접 작업한 사실은 없으며, 청구법인이 미등록사업자인 이▴▴에게 일부 조립작업을 지시하여 청구법인이 직접 당해 물품을 인도받았음은 청구법인2의 대표이사 및 청구법인의 현 대표이사가 2016.2.15. 및 2016.2.27. 작성한 문답형 진술서 및 2016.2.27. 작성한 범칙혐의자 심문조서에서도 확인할 수 있다.
② 청구법인2의 실질적 운영자는 청구법인의 현 대표이사이며, 청구법인2의 대표 이사는 2008.11.1. 청구법인에 입사하여 회계 및 경영 등 관리업무를 총괄하며 청구 법인의 현 대표이사를 보좌하는 자이다. 2016.2.15. 청구법인2의 대표이사가 작성한 진술서에 의하면 ‘2012년까지 청구 법인과 거래가 있었던 ㈜★★을 운영한 이▴▴사장이 사업부진으로 폐업하면서 생활이 어렵게 되자 친형인 청구법인의 현 대표이사에게 부업거리를 요구하여 청구법인 으로부터 하도급을 받아 ◆◆동에서 작업을 하였다’고 하였으며, ‘이▴▴사장이 작업을 종료하면 명의만 청구법인2 앞으로 정리하여 세금계산서를 발행’하였다고 진술하였고, ‘청구법인2의 대표이사가 제출한 “청구법인2 부당행위 처리내역”상의 금액 473,000,000원은 실질적인 작업 없이 작성교부된 것이며, 나머지 887,825,171원 (쟁점 세금계산서)은 청구법인에서 작업지시를 하여 정상적인 작업을 한 후 청구법인2 에서 대신하여 세금계산서를 작성 교부하였다’라고 진술하고 있으며, ‘◆◆동 관련 매입자료는 이▴▴사장이 직접 청구법인의 관리담당에게 직접 제출하고, 청구법인의 현 대표이사가 청구법인2에 결제하여 주면 청구법인2에서 대납형식으로 결제처리하고 대금지급은 이전부터 선지급된 금액들과 상계 및 사후정산 하였다’고 진술하였으며, 2016.2.15. 청구법인의 현 대표이사 진술서에 의하면 2016.2.15. 청구법인2의 대표이사가 한 답변에 대해 질문한 것에 대해 ‘일부 거짓으로 발행받고 추가로 실제 외주 주었다고 매입자료를 처리할 수 없어서 청구법인2로 하여금 대신하여 발행토록 한 사실은 맞습니다’라고 진술하고 ‘본인이 외주자료를 좀 더 정확하게 처리하기 위하여 지시하였으나, 잘못된 것을 사후 알았습니다’라고 진술하였으며, 2016.2.27. 청구법인의 현 대표이사와 청구법인2의 대표이사의 문답형 진술서와 범칙혐의자 심문조서에서도 쟁점 세금계산서 등과 관련하여 일관성 있게 답변한 사실이 있다. 따라서, 청구법인과 청구법인2가 진술서와 심문조서와 다르게 하는 주장은 이유 없고 당초 부과처분은 정당하다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.