중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 조특법 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간 적용이 배제된다고 봄이 타당하다.
중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 조특법 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간 적용이 배제된다고 봄이 타당하다.
이 건 심사청구는 기각합니다.
붙임과 같습니다.
① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법 제45조제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의2 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. 2) 조세특례제한법 제10조 【연구・인력개발비에 대한 세액공제】
① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (이하 생략)
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구・인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구・인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 [2013.1.1. 법률 제11614호로 일부 개정]: 3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8 추가 3) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 (2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수・폐기물 처리(재활용을 포함한다)・원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상・오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍・시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29>
중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 4) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
③ 법 제10조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다. 5) 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】 (2011.7.25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것)
① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업과 중기업으로 구분한다.
③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. 6) 중소기업기본법 시행령 제2조 【정의】 (2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것, 이하 동일) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 7) 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】
① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원
2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 9) 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】 법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우
2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조제1호의 기준을 초과하게 되는 경우
3. 중소기업이 제3조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
4. 중소기업이 제3조제2호에 해당되지 아니하는 경우
1. 청구법인이 ① 2009사업연도 매출액(1,190억원)이 중소기업 기준(1,000억원)을 초과함에 따라 2010.1.1.～2012.12.31. 중소기업 유예기간 적용을 받게 되었던 사실, ② 2012사업연도에 관계기업 합산 기준을 적용할 경우 매출액과 자기자본이 1,000억원 이상이어서 중소기업에 해당되지 않게 되는 사실에 대하여는 다툼이 없다.
2. 청구법인은 당초 법인세 신고시 연구‧인력개발비 세액공제율을 일반 기업 공제율(2012사업연도는 6%, 2013～2015사업연도는 법 개정으로 8% 적용)로 적용하였다가, 이 건 경정청구시 중소기업 공제율(2012사업연도 25%, 2013～2015사업연도는 중소기업 졸업 후 단계적 인하 공제율 15% 적용)을 적용하였다.
3. 처분청이 제출한 경정청구 검토서의 주요 내용은 다음과 같다.
(1) 대기업 또는 중소기업 규모로 그룹을 형성하여 계열사와 합하면 실질적으로 대기업 규모인 기업들이 각각 중소기업으로 분류되어 각종 지원을 받는 불합리한 사례가 발생하여 이 기업들을 중소기업에서 제외하고자 2009.3.25. 중소기업기본법 시행령 제3조제2호 다목 “실질적인 독립성” 판정기준에 관계기업 관련 조항을 추가하였고, 관계기업 합산 기준을 도입하면서 중소기업기본법 시행령 부칙 제2조는 “종전 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011.12.31.까지는 중소기업으로 본다”고 하면서, 단서에서 관계기업 합산 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외하고 있다.
(2) 조특법 시행령의 중소기업 범위는 중소기업기본법 시행령 요건을 준용하여 2010.12.30. 개정된 것으로 법적안정성을 확보하고자 2012.1.1.부터 시행하였고, 조특법 시행령 제2조제2항 단서 및 제3호는 중소기업기본법 시행령의 “실질적인 독립성” 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있다.
(3) 국세청 사전답변 법규법인2012-443(2013.3.7.)도 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하는 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 회신하고 있으므로 경정청구 이유가 없다고 판단된다.
1. 가. 舊조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 舊 조세특례제한법 제5조 의 위임에 따른 舊 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우’(제3호)를 들고 있다. 한편 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 제2조 제1항 제3호 후문에 舊 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다.목의 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, ‘관계기업에 속하는 기업’들의 매출액 등의 합산규모가 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 위 다.목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있다.
2. 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하는 것으로서, 독립성이나 업종 요건을 충족하지 못하여 중소기업에서 제외되는 기업에 대해서는 원칙적으로 유예기간이 적용되지 않는다고 보아야 하는 점, 舊 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각호 외의 부분 단서가 규정하고 있는 중소기업 제외요건에 해당하거나 제1항 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있는 점, 중소기업기본법 시행령 및 조세특례제한법 시행령이 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입한 목적은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 것으로 보이고, 이러한 입법취지에 따라 중소기업기본법 시행령 부칙<대통령령 제21368호, 2009. 3. 25> 제2조는 ‘이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011. 12. 31.까지는 중소기업으로 본다’고 하면서, 단서에서 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외하고 있는 점, 2015. 2. 3. 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 의 유예기간 규정을 개정하여 관계기업에 따른 독립성 위배 시에도 유예기간을 적용받을 수 있도록 하였으나 그 적용시기를 2015. 1. 1. 이후 최초로 그 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 한 것은 개정 전에 관계기업에 따른 독립성 위배 경우에는 유예기간을 적용받지 못한다는 것을 전제한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 종전에 중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 조세특례제한법 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간 적용이 배제된다고 봄이 타당하고, 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항 에 따라 단계적 인하 공제율의 적용 역시 배제된다고 봄이 타당하다(기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26., 법규법인2012-0443, 2013.3.7., 광주지방법원2015구합11332, 2015.11.12. 등 참조).
4. 따라서 청구법인은 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 관계기업 기준에 따라 투자회사와의 매출액 등 합산규모가 중소기업 범위를 초과하게 된바, 처분청이 중소기업 유예기간 적용을 전제로 한 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.