청구법인의 농약판매소득을 조세특례제한법 제66조에 따라 법인세 면제대상으로 보는 것은 타당하지 않음

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구법인은 199... 설립된 영농조합법인으로 2010.4.1.∼2015.3.31. 사업연도에 발생한 농약판매소득과 퇴비판매소득을 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제66조 ‘영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제’ 대상으로 보아 백만원을 감면세액으로 계산하여 각 사업연도 법인세를 신고하였으며, 처분청은 청구법인이 세액감면 신청한 소득 중 농약판매소득은 조특법 제66조에 의한 법인세 감면대상 소득에 해당되지 않는다고 보아 감면 신청한 세액 중 백만원을 배제하여 2015... 청구법인에게 법인세 ,,원을 경정‧고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2016... 이의신청을 거쳐 2016..**. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 농축산 경영에 필요한 전 과정의 협업지원을 위해 농약 등 농자재를 공동 구매 및 판매하고, 퇴비를 공동 생산·판매하는 등 일체의 작업을 유기적으로 조합원들과 협업하여 운영하고 있는 법인으로 청구법인의 정관에 규정된 ‘목적’과 ‘사업’에 의하여 발생한 농약판매소득을 처분청이 감면대상 소득에서 제외한 처분은 부당하므로 청구법인의 농약판매소득 중 조합원에게 판매한 소득은 감면대상소득에 포함하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 농약 도·소매업은농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률시행령 제11조제1호 내지 제4호에서 정한 영농조합법인의 사업에 준한다거나 협업적 농업경영을 통한 생산성 증대라는 영농조합법인의 목적달성에 직접적으로 필요한 사업이라고 할 수 없으므로 농약 도·소매업 소득 관련 법인세 감면세액 신고분에 대하여 감면배제하고 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 조합원에게 판매한 농약판매소득이 조세특례제한법제66조 ‘영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등’에 해당하여 법인세가 감면되는 소득에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

② 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “농업소득”이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.(2010.1.1.개정) 2) 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다.(2009.10.8.개정) {1천 200만원 × 조합원 수 × (사업연도 월수 ÷ 12)} 3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 【영농조합법인 및 영어조합법인의 설립】

① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농어업·농어촌 및 식품산업기본법제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상의 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.(2009.5.27.개정) 4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조 【조합법인의 사업범위】

① 영농조합법인의 사업범위는 다음 각 호와 같다.

2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치·운영

3. 농산물의 공동 출하·가공 및 수출

5. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업(2010.8.제정)

5. 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농어업”이란 다음 각 목의 산업을 말한다.

• 가. 농업: 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. “농어업인”이란 다음 각 목의 자를 말한다.

• 가. 농업인: 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자

3. “농어업경영체”란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제2조 제7호에 따른 농어업경영체를 말한다.

4. “생산자단체”란 농어업 생산력의 증진과 농어업인의 권익보호를 위한 농어업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다.

5. “농어촌”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.

• 가. 읍·면의 지역
• 나. 가목 외의 지역 중 그 지역의 농어업, 농어업 관련 산업, 농어업인구 및 생활여건 등을 고려하여 농림축산식품부장관이 해양수산부장관과 협의하여 고시하는 지역

6. “농수산물”이란 다음 각 목의 것을 말한다.

• 가. 농산물: 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것(2009.5.27.개정)

6. 농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조【농업의 범위】 농업·농촌 및 식품산업 기본법(이하 “법”이라 한다) 제3조제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

① 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자·묘목 재배업(임업용 종자·묘목 재배업은 제외한다)(2009.10.8.개정)

7. 농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제3조【농어업인의 기준】

① 법 제3조제2호가목에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지(농어촌정비법 제98조 에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람

2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람

4. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

5. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

③ 제1항에 따른 농업인의 확인 방법 등에 관하여 필요한 사항은 농림축산식품부장관이 정하여 고시한다.(2009.10.8.개정)

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 구농어촌발전특별조치법에 의하여 199... 설립된 영농조합법인으로 2016...현재 조합원은 ,명으로 ○○지역 전역 및 ○○시·○○시·○○군·○○군 등에도 일부 분포되어 있으며, 농업에 종사하는 조합원 및 일반인에게 유류, 농약, 퇴비 등을 판매하고 있다.

2. 청구법인의 수입금액 신고현황은 다음과 같다. (단위: 백만원) 기 간 수입금액 감면 신고분 감면 제외분 농약 퇴비 등 유류 담배 등 ’10.4.1∼’11.3.31 , , , , ’11.4.1∼’12.3.31 , , , , ’12.4.1∼’13.3.31 , , , , ’13.4.1∼’14.3.31 , , , , ’14.4.1∼’15.3.31 , , , , 합 계 , , , ,* ***

3. 청구법인은 품목별로 구분경리를 하지 않거나 소득구분계산서를 미제출하였으며, 신고서상 안분된 소득금액은 다음과 같다. (단위: 백만원) 기간 소득금액 감면 신고분 감면 제외분 농약 퇴비 등 유류 담배 등 ’10.4.1∼’11.3.31 소득구분계산서 미제출 ’11.4.1∼’12.3.31 소득구분계산서 미제출 ’12.4.1∼’13.3.31 ’13.4.1∼’14.3.31 ’14.4.1∼’15.3.31 합 계 *

4. 처분청은 청구법인이 신고한 감면대상 소득 중 농약판매소득은 조특법 제66조의 감면대상소득에 해당하지 않는다고 판단하고 감면세액을 차감 고지하였으며, 경정내역은 다음과 같다. (단위: 백만원) 기간 산출세액 감면 세액 고지세액 당초 경정 차감액 ’10.4.1∼’11.3.31 ’11.4.1∼’12.3.31 ’12.4.1∼’13.3.31 ’13.4.1∼’14.3.31 ’14.4.1∼’15.3.31 합 계 ※ 감면세액 차감은 당초 감면세액에서 수입금액 기준으로 안분하여 계산함

5. 청구법인은 농약매출을 다음과 같이 조합원 판매분과 비조합원 판매분으로 구분한 후, 조합원 판매분은 조특법 제66조의 감면대상에 해당하므로 조합원 매출분까지 감면배제하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. (단위: 백만원) 기간 합계 조합원 판매분 비조합원 판매분 금액 비율 금액 비율 ’10.4.1∼’11.3.31 , , 87.84 12.16 ’11.4.1∼’12.3.31 , , 80.57 19.43 ’12.4.1∼’13.3.31 , , 88.15 11.85 ’13.4.1∼’14.3.31 , , 84.23 15.77 ’14.4.1∼’15.3.31 , , 88.37 11.63 합 계 , , 85.97 14.03

6. 청구법인의 농약판매소는 다음과 같다. 설립연도 1994년 1995년 1999년 2000년 농약판매소

○○면

○○면

○○면

○○읍

7. 청구법인의 ‘정관’에 기재된 내용 중 주요내용은 다음과 같다. 제2조(목적) 본 조합법인은 농업경영의 합리화로 농업생산성의 향상과 공동판매, 공동구매를 실현하여 조합원의 소득증대를 도모하고 농민권익 향상에 앞장섬을 목적으로 한다. 제5조(사업) 본 조합법인은 설립목적을 달성하기 위하여 다음 각 항의 사업을 행한다.

① 농축산의 경영(본 조합법인이 직접 행하는 농축산업에 관련된 생산 활동 전체)

② 제반 영농자재 및 기계의 공동구매와 판매(농약, 거름 등 영농활동에 소요되는 모든 자재 및 기계를 포함함, 조합원과 조합원 이외의 자에게 판매함을 말함)

③ 영농 및 농민권익향상에 대한 교육 및 홍보사업(괄호생략)

④ 집단재배 및 공동 작업에 관한 사업(괄호생략)

⑤ 영농에 관련된 공동이용시설의 설치 및 운영(괄호생략)

⑥ 농축산물의 가공 및 판매(괄호생략)

⑦ 농작업의 대행(괄호생략)

⑧ 농산물의 유통 및 직거래로 인한 생산자와 소비자 보호운동(괄호생략)

⑨ 관광농장의 개발 및 시설(괄호생략)

⑩ 사업준비금으로 봉사와 자선사업(괄호생략)

⑪ 농자재 생산 및 판매업

⑫ 생활필수품 및 일용잡화 판매업

⑬ 위 각 항에 부대되는 사업 일체 ※ ‘법인등기부등본’상 청구법인은 목적은 정관과 동일함

8. 2007.2.28. 조세특례제한법 시행령제63조 제1항의 개정으로 영농조합법인 등에 대한 법인세 면제대상 소득의 범위를 명확히 하였으며, 2007년 개정세법 해설책자의 내용은 다음과 같다.

□ 영농조합법인 등에 대한 법인세 면제 일몰 연장 및 면제대상 소득의 범위 명확화(조세특례제한법 제66조, 같은 법 시행령 제63조 제1항) 가. 개정취지 한·미 FTA 추진 등과 관련하여 농·어업 경쟁력 강화를 위해 농·어업 분야에 대해 지원을 당분간 유지할 필요 감면대상 소득은 영농조합법인의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정 나. 개정내용 종 전 개 정

○ 영농조합법인 소득에 대한 법인세 면제 면제소득 ­ 농업소득: 전액 면제·지방세법 §197에 의한 소득: 작물재배업소득 ­ 농업소득 외의 소득: 한도 내에서 면제 1,200만원×조합원수×사업연도 월수/12 〈 신 설 〉 * 일몰시한: ’06.12.31

○ 농업·농촌기본법 시행령(§66)에 의한 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득에 한함 〈농업·농촌기본법 시행령 §66〉·농업의 경영 및 부대사업·농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영·농산물의 공동출하·가공 및 수출·농작업의 대행·기타 이와 유사한 사업 * 일몰시한: ’09.12.31

• 다. 적용시기 및 적용례 * 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용

9. 청구법인은 2014... ‘농약 판매·매입의 영농조합법인 사업적합여부’에 대하여 농림축산식품부에 질의하였으며, 농림축산식품부는 2014..*. 다음과 같이 회신하였다.(경영인력과-**)

1. 관련:

○○ 영농조합법인 2014**호(2014..**)

2. 위 호로 문의하신 농약 농자재 공동구매, 공동판매를 위한 농약판매업의 영농조합법인 사업 적합 여부와 관련하여 아래와 같이 회신 드리오니, 업무에 참고하시기 바랍니다.

• 아 래 - * 영농조합법인은 농업인 5인 이상의 협업적 농업경영을 통한 생산성 향상 및 농자재 등의 공동 사용을 통한 효율성 향상 등을 목적으로 도입된 제도로, 영농에 필요한 자재의 공급 사업인 농약판매업은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조 및 동법 시행령 제11조에 따른 영농조합법인의 사업에 해당함

• 라. 판단 청구법인의 정관에 규정된 ‘목적’과 ‘사업’에 의하여 발생한 농약판매소득은 조세특례제한법제66조의 감면대상 소득에 해당한다고 청구법인이 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 청구법인의 조합원들은 ○○지역 전역 및 ○○시·○○시·○○군·○○군 등에 분포되어 있어 조합원들이 일체의 작업을 협업적 농업경영을 했다고 보기 어려운바, 청구법인이 협업적 농업경영을 하고 있다는 전제하에 회신한 농림축산식품부의 공문을 청구법인에게 적용하기는 어려우며, 또한 청구법인의 농약판매업은 농업의 생산성 증대와 관련이 있을 뿐 협업적 농업경영을 통한 생산성 증대라는 영농조합법인의 목적달성에 직접적으로 필요한 사업으로 보이지 않는 점 등을 고려 시, 청구법인의 농약판매소득을 조세특례제한법제66조에 따라 법인세 면제대상으로 보는 것은 타당하지 않다고 판단된다. 따라서 처분청이 법인세를 경정‧고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.