단순히 연구개발전담부서 소재지의 이전신고를 지연하였다고 하여 연구개발전담부서가 아니라고 보기 어려움

AAA세무서장이 2016.

2.

2. 청구법인에게 한 2013년 사업연도 법인세 420,671,470원, 2014년 사업연도 법인세 29,156,714원, 합계 449,828,184원의 부과처분은 2013년 사업연도에 손금불산입한 윤BB 상무에 대한 급여 81,000,000원을 손금으로 인정하고, 공제배제한 2013년 사업연도분 26,043,130원, 2014년 사업 연도분 29,156,714원, 합계 55,199,844원의 연구․인력개발비에 대한 세액을 공제하여 그 과세표준과 세액을 각 경정합니다.

가. 청구법인은 1983.2.1. 개업하여 식품용기 포장지를 제조하는 업체로 1999.7.21. 기술개발팀을 ㈔한국산업기술진흥협회로부터 연구개발전담부서로 인정받았고, 2013.12.23. 사업장 소재지를 당초 ○○ □□시 △△동 693-26번지 에서 ○○ ◎◎시 ▣▣면 544-16번지로 이전하였으며, 2013년 사업연도 법인세 신고시 청구법인의 대표자 윤CC의 딸 윤BB 상무(미등기, 당시 36세)에 대한 급여 81,000천원을 인건비로 손금처리하고, 2013년 및 2014년 사업연도에 각 26,043,130원, 29,156,714원을 연구인력개발비세액공제 처리하였다. 나. ◇◇세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 2013년 사업 연도에 대하여 2015.10.1.부터 2015.10.30.까지 법인세통합 교차세무조사를 실시한 결과, 윤BB 상무가 2008년부터 2014년까지 근무기간 중 결재에 날인한 막도장 등을 근거로 2013년도에는 실제 근로를 제공하지 않았다고 보아 그 급여 81,000천원을 손금 부인하여 상여처분하고, 청구법인이 2013.12.23.자 사업장 소재지를 이전하였으나, 연구개발전담부서 인정기관인 ㈔한국산업기술진흥협회에 연구개발전담부서 소재지의 이전사실은 신고기한인 14일 이내에 신고하지 않았을 뿐만 아니라, ㈔한국산업기술진흥 협회에 신고한 연구개발전담부서인 기술개발팀 소속직원 3명 중 2명은 2013.12.31. 현재 청구법인의 조직구성표상 품질관리과 소속으로 확인되어 2013년 사업연도 연구인력개발비세액 26,043,130원을 공제배제하고, 기타 부당 이월결손금공제액 1,400,000천원을 공제배제하였다. 한편, 조사대상 사업연도가 아닌 2014년 사업연도 연구인력개발비세액 29,156,714원의 공제액에 대해서는 해당 사업연도 소득금액의 결손으로 인해 고지세액 없이 이월공제세액을 감액하여 사후관리하도록 하였다. 이에 처분청은 2016.2.2. 2013년 사업연도 법인세 420,671,470원을 경정․고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 거쳐 2016.3.21. 조사청의 조사내용 중 윤BB 상무의 급여 손금 부인액 81,000천원과 연구인력개발비 세액 공제배제액 55,199,844원(2013년 26,043,130원, 2014년 29,156,714원)에 대해 이 건 심사청구를 제기하였다.

가. 윤BB 상무는 청구법인에 2013년을 포함하여 2008년부터 2014년까지 장기간 청구법인에 실제 근무하였던바, 유독 2013년만 근무하지 않았다고 할 수 없다. 나. 청 구법인이 연구개발전담부서 소재지 이전사실을 지연신고하였다 하여 연구 인력개발비세액을 공제배제할 수 없고, 2013.5.28.자 ㈔한국산업기술진흥협회의 ‘연구개발전담부서 변경신고 처리결과통보서’ 등에 의하여 연구개발전담부서 소속요건을 충족한 사실도 확인된다.

가. 윤BB 상무의 출퇴근현황, 결재내역, 경영관여도 등으로 미루어 볼 때 2013년도에 윤BB 상무는 실제 청구법인에 근무하였다고 볼 수 없다. 나. 청구법인은 2013.12.23. 연구개발전담부서의 소재지가 이전되었음에도 신고 기한인 14일 이내에 변경신고하지 않았고, 2013.12.31. 현재 청구법인의 조직구성표상 연구개발전담부서인 기술개발팀 소속직원은 3명이 아니라 1명 으로 2명은 품질관리과 소속으로 연구개발전담부서 소속요건을 충족하지 않은 사실도 확인된다. 설령 청구주장대로 연구개발전담부서 소재지 이전신고 지연이 연구인력 개발비 세액 공제배제사유가 되지 않는다고 하더라도 청구법인이 기술 개발팀 소속직원으로 공제받은 3명의 인건비 중 품질관리과 소속 직원 2명의 인건비는 연구개발전담부서 직원이 아니므로 공제배제되어야 한다.

• 가. 쟁점

① 2013년도 윤BB 상무에게 지급한 급여 81,000천원은 실제 근무한 사실이 없어 손금부인대상인지 여부

② 청구법인이 공제받은 연구인력개발비세액은 ⅰ)연구개발전담부서 소재지 이전 기한내 미신고, ⅱ) 연구개발전담부서 소속요건 미충족으로 공제배제대 상인지 여부

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】 [2013.1.1.-11607호] 일부개정

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비 (損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외 하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 1-1) 법인세법 제26조 【과다경비 등의 손금불산입】 [2013.1.1.-11607호] 일부개정 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1-2) 법인세법 시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】 [2013.2.15.-24357호 ] 일부개정

① 법 인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금 (제20조제1항 각호의 1에 해당하는 성과급을 제외한다)은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다. 1-3) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 [2013.1.1.-11607호] 일부개정

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. <개정 2011.12.31>

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-4) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 [2013.2.15.-24357호 ] 일부개정

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2011.6.3, 2012.2.2>

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율・요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 2) 조세특례제한법 제9조 【연구・인력개발준비금의 손금산입】 [2013.1.1.-11614호] 일부개정

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력 개발(이하 "연구・인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구 ・인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구・인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구・인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구・인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 2-1) 조세특례제한법 제10조 【연구・인력개발비에 대한 세액공제】 [2013.1.1.-11614호] 일부개정

① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력개발비에 대해서만 적용한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1> (이하 각호 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구・인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니 하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2-2) 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 [2013.2.15.-24368호] 일부개정 [별표 6] <개정 2012.2.2> 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 (제8조제1항 관련) 구분 비용

• 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비(소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외 한다)

2. 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 3) 전담부서등에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. (단서 생략) 2-3) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 [ 2013.2.15.-24368호] 일부개정

⑤ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15> 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

⑨ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발 계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2010.12.30> 2-4) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 [2013.2.23.-322호] 일부개정

① 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담 부서등"이라 한다)를 말한다. <개정 2008.4.29, 2009.4.7, 2009.8.28, 2010.4.20, 2011.4.7, 2012.2.28>

1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제16조제1항 및 제2항에 따라 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서

③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원 하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. <개정 2008.4.29, 2009.4.7, 2010.4.20, 2011.4.7, 2012.2.28> (각 호 생략) 2-5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 【특정연구개발사업의 추진】 [2011.3.9.-10445호] 전문개정

① 교육과학기술부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구 개발사업”이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표 자와 협약할 수 있다.

2. 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설 연구소 및 기업의 연구개발전담부서 2-6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 【특정연구 개발사업 참여기관 등의 기준】 [2012.9.28.-24123호] 일부개정

② 법 제14조제1항제2호에서 "연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 교육과학기술부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구 시설을 갖춘 연구개발부서로서, 교육과학기술부령으로 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 특정연구개발사업 참여기관 등이 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 교육과학기술부령으로 정한다. 2-7) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설 연구소 등의 준수사항】 [2012.9.28.-24123호] 일부개정

① 제16조제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 "기업 부설연구소등"이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 "연구 전담요원등"이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없 으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생 산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

② 기업부설연구소등의 직원 및 연구시설은 같은 소재지에 있어야 한다. 다만, 연구의 원활한 수행을 위하여 필요한 경우에는 주소지를 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개의 장소에 둘 수 있다. 이 경우 각 주소지에 독립된 연구시설을 갖추고 기업부설연구소등의 직원 1명 이상이 근무하여야 하며, 제16조제1항 및 제2항에 따른 연구전담요원의 수는 각 주소지의 연구전담요원을 합산한 수로 할 수 있다. 2-8) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제4조 【기업의 연구개발전담부서의 신고 등】 [2013.3.24.-1호] 타법개정

① 영 제16조제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서로 인정을 받으려는 자는 별지 제6호서식의 연구개발전담부서 신고서에 제3조제1항제1호부터 제4호까지의 서류와 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

2. 연구개발전담부서가 위치한 층의 전체 도면 및 연구개발전담부서의 내 부 도면(전용 출입구 현판 및 내부 사진 포함)

② 협회는 제1항에 따른 신고를 받고 기업의 연구개발전담부서로 인정하였으면 별지 제7호서식의 연구개발전담부서 인정서를 발급하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에서 규정한 사항 외에 연구개발전담부서의 신고에 필요한 사항은 미래창조과학부장관이 따로 정하여 고시한다. <개정 2013.3.24.> 2-9) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제5조 【변경신고등】 [2013.3.24.-1호] 타법개정 기업부설연구소등의 신고 내용 중 변경사항이 발생한 경우 해당 기업은 변경된 날부터 14일 이내에 별지 제8호서식의 변경신고서에 변경 내용을 적고 관련 서류를 첨부하여 협회에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 2-10) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제20조 【권한의 위탁】 [2011.3.9.-10445호] 전문개정 관계 중앙행정기관의 장은 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하 는 바에 따라 다른 관계 중앙행정기관의 장, 기초연구진흥 및 기술개발지원 관련 업무를 수행하는 기관이나 단체의 장에게 위탁할 수 있다. 2-11) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제27조 【권한의 위탁】 [2012.9.28.-24123호] 일부개정

① 법 제20조에 따라 교육과학기술부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 민법제32조 및공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 교육과학 기술부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.

2. 제16조제2항에 따른 전담부서 신고의 수리 및 인정에 관한 사무

• 다. 사실관계 등 1) 청구법인의 윤BB 상무 급여 지급내역 및 연구인력개발비세액공제 내역 등
• 가) 윤BB 상무에 대한 2013년 급여 지급내역과 사업이력

① 윤BB 상무에 대한 2013년 급여 지급내역 청구법인이 제출한 윤BB 상무에 대한 근로소득원천징수영수증에 의하면, 윤 BB이 2013.1.1.부터 2013.12.31.까지 청구법인에 근무하였다고 하여 급여로 지급한 근로소득은 급여 54,000천원, 상여 27,000천원, 합계 81,000천원으로 나타난다.

② 윤BB 상무의 2013년 사업이력 국세통합 전산망에 의하면, 윤BB 상무는 아래와 같이 여행업을 영위한 사실이 있고, 사업장 소재지는 청구법인이 2013.12.23.자로 소재지를 이전하기 전 소재지인 ○○ □□시 △△동 693-26번지와 같은 장소로 나타난다. 상호 업종 개업일 폐업일 사업장 투어LLL 서비스/여행업 2010.6.1 2013.8.20

○○ □□시 △△동 693-26

• 나) 청구법인의 연구인력개발비세액 공제내역 등

① 청구법인의 연구인력개발비세액 공제내역 국세통합 전산망상 청구법인의 2013년 및 2014년 법인세 신고서에 의하면, 청구법인이 공제받은 연구인력개발비세액은 다음과 같다. < 청구법인의 연구인력개발비세액 공제내역 > (단위: 천원) 사업 연도 수입금액 각사업연도 소득금액 총부담 세액 세액 공제액 (이월) 비고 2013 20,591,706 4,402,235 163,027 126,165 26,043 당기 공제세액 26,043천원과 이월분 100,122천원의 합계액 * 당기 공제세액 2014 19,106,402 △321,771

• (29,156) 당기 공제세액 이월 사후관리 * 자산수증익 15,703,091천원이 반영되어 소득금액 발생

② 연구개발전담부서 현황과 연구인력개발비세액 공제내역 청 구법인이 제출한 2013.5.27.자 ㈔한국산업기술진흥협회에 대한 연구개발전담 부서 변경신고서 및 2013.5.28.자 연구개발전담부서 인정서에 의하면, 연구개발 전담부서의 명칭은 기술개발팀으로, 소속직원은 3명으로 나타나고, 2013.5.28. 이를 인정기관으로부터 인정받았으며, 그 현황은 다음과 같다. 이에 청구법인은 2013년 및 2014년도에 연구개발전담부서에서 발생한 인건비와 재료비 등의 연구인력개발비에 대해 연구 인력개발비세액을 공제받았다. < 연구개발전담부서 현황과 연구인력개발비세액 공제내역 > (단위: 천원) 사업 연도 연구개발전담부서(기술개발팀) 현황 해당연도 연구인력개발비 발생액 공제세액 (이월) 성명 직위 구분 발령일 학위 및 전공 인건비 재료비 등 합계 2013 권DD 과장 보조원 2012.01.01 기타, 인문계 46,342 신EE 사원 전담요원 2013.02.01 학사, 화학 23,390 유FF 사원 전담요원 2010.08.11 학사, 생명공학 26,183 합계 3명 95,916 8,255 104,172 26,043 2014 권DD 과장 보조원 2012.01.01 기타, 인문계 48,376 신EE 사원 전담요원 2013.02.01 학사, 화학 30,127 유FF 사원 전담요원 2010.08.11 학사, 생명공학 27,137 합계 3명 105,641 10,985 116,626 (29,156) * 발생액의 25% < 2013.5.27.자 연구개발전담부서 변경신고서 일부 > 2) 조사청의 윤BB 상무 급여 부인 및 연구인력개발비세액 공제배제 조사 내용 조사청의 이 건 쟁점사항에 대한 조사내용은 다음과 같다. < 쟁점사항 조사내용 > (단위: 천원) 사업연도 항목 금액 부인사유 비고 2013 윤BB 상무 급여부인 상여처분 81,000 근무사실 없음 2013 연구인력개발비세액 공제 배제 26,043 연구개발전담부서 소재지 이전 사실 기한내(14일) 미신고 및 소속요건 미충족 2014 연구인력개발비세액 공제 배제 (29,156) 이월 사후 관리 3) 윤BB 상무 급여지급 및 연구인력개발비 세액공제 관련 당사자의 주요 제출증빙 가) 윤BB 상무 급여지급 관련 주요 제출증빙 조사청은 이 건 세무조사 당시 청구법인에 출퇴근한 현황을 제시하지 않은 윤BB 상무가 국내에 거주한 사실, 상무인 윤BB이 게임아이템을 구입한 사실 등을 입증할 증빙을 제출한바, 그 주요 제출 증빙은 아래와 같다. 청구법인은 출퇴근 현황을 제시하지 못하였고, 2011년부터 2013년까지 의 품의서 등에 날인된 결재인장이 동일하고, 결재란의 다른 사람의 결재도 결재 인장을 사용한 사실, 각종 회의 참석 등을 통해 실제 근무하다가 본인이 참석한 2014년 구조조정 노사협의를 거쳐 2014.12.30.까지 근무한 사실을 입증할 증빙을 제출한바, 그 주요 제출증빙은 아래와 같다. 조사청 청구법인 제출증빙 비고 제출증빙 비고 ․ 윤BB 상무 출입국에 관한 사실 증명 ․ 2013년 이후 출국기간: 2015.1.10～2015.1.17

• 국내 거주하며, 근무 사실 입증자료 미제출 ․

□□공장 및 ◎◎ 공장의 윤BB 상무 사무실 도면 청구법인 등기부등본 ․미등기 상무 ․간부사용 인장사진 윤BB 상무 주민등록초본 ․2013년 당시 주소:◉◉ ◈◈구 우면동 주소 ․2011.9.5.자 수출클 레임 싱가폴 출장회계 전표 등 ․ 2012.9.24.자 동경팩 참관 출장품의서 등 윤BB 상무 인장 날인 ․ 윤BB 상무 현금 영수증 수취내역 ․대부분 게임 아이템 구입비(2010 ～ 2014년) ․투 어LLL 폐업 조회 등 윤BB 상무 개인사업 관련 ․ 윤BB 상무 가구사항 조회 ․ 2015.7.1.자 주소 변경지: 전북 남원 주천면(국내 거주) ․2 013.1.27.자 2013년 사업계획서(안) ․2013.9.26.자 한국포장협의 회의록 윤BB 상무 참석 ․2 013.6.21.자 근로자 건강검진 결과 윤BB 상무 포함 ․2013.10.14.자 화재보험 갱신 기안 윤BB 상무 인장 날인 ․2013.12.6.자 위탁급식비용 기안 윤BB 상무 인장 날인 ․2 013.1～12 회계전표 12매 윤BB 상무 인장 날인 ․ 2014.12월 시행 구조 조정 보고서 - 2014.10.22.자 조직 구성표 - 2015.1월 적용 조직 구성표 - 2014.12.15.자 노사 협의회 회의록 -노사합의서 윤BB 상무 해임 관련 ․ 윤BB 상무의 불량품 제조에 대한 업무지시 메모(일자 불명) ․ 생산부 직원 면담자료 (일자 불명) ․ 인사위원회 개최 자료 (2012.8.29.) ․ 2013.6.12.자 윤BB 상무 외환카드 우편물 송달장소: ○○ □□시 △△동 693-26 2016.4.8.자 윤BB 상무 확인서 근무사실 관련 확인서 나) 연구인력개발비 세액공제 관련 주요 제출증빙 조사청은 연구원 3명 중 2명이 품질관리과에 소속된 사실, 청구법인이 연구 개 발 전담부서 소재지를 2013.12.23. 이전하고도 14일 이내에 이전신고를 하지 않은 사실 등을 입증할 증빙을 제출한바, 그 주요 제출 증빙은 아래와 같다. 청구법인은 연구원 3명이 연구개발전담부서인 기술개발팀에 소속된 사실, 연구 개발전담부서 소재지를 이전신고기한 이후에 신고한 사실 등을 입증할 증빙을 제출한바, 그 주요 제출 증빙은 아래와 같다. ※ 일자별 연구원 소속 관련 조직구성표와 담당업무 현황 2013.12.31. (조사청 제출) 2014.10.22. (청구법인 제출) 2015.1월. (청구법인 제출) 부서명 생산부 품질관리과 기술개발팀 기술개발팀 기술개발팀 소속직원 과장 최GG 사원 신EE 사원 유FF 팀장 권DD 차장 권DD 계장 신EE 사원 유FF 차장 권DD 계장 신EE 사원 유FF 담당업무 품질관리 수입검사 공정관리 소재개발 제품개발 소재개발 제품개발 품질관리 소재개발 제품개발 품질관리 조사청 청구법인 제출증빙 비고 제출증빙 비고 ․청구법인 기본사항 및 사업자 세적 변경이력 ․2013.12.23. 사업장 소재지를 ○○ □□시 △△동 693-26번지 에서 ○○ ◎◎시 ▣▣면 544-16번 지로 이전 ․2013.5.27.자 연구개발전담부서 변경신고서 ․2013.5.28.자 연구개발전담부서 변경신고 처리결과 통보서 ․소속부서 -기술개발팀 ․연구전담직원 -신EE, 유FF ․연구보조원 -권DD ․2013.12.31. 조직구성표 ․권DD 팀장 -기술개발팀 소속 ․ 신EE, 유FF - 생산부 품질관리과 소속 ․ 2015.11.19.자 연구 개발전담부서 변경신고서 ․연구전담직원 2명에서 1명으로 ․ 연구보조원 1명에서 2명으로 ․ 소재지 □□시 △△ 693-26번지에서 ◎◎시 ▣▣면 5 44- 16번지로 변경 등 ․2013.5.27.자 연구개발전담부서 변경신고서 ․2013.5.28.자 연구개발전담부서 변경신고 처리결과 통보서 및 연구개발전담부서 인정서 ․소속부서 -기술개발팀 ․연구전담직원 -신EE, 유FF ․연구보조원 -권DD 조직구성표상 소속과 다름 ․ 2015.12.18.자 연구 개발전담부서 인정서 ․ 전담부서명 및 소재지 변경 - 전담부서명: 기술 개발부 ․2014.5.28.자 1년 이상 변경미신고 연구소/전담부서 변경신고 안내문 ․ 안내문 수령후 청구 법인이 연구개발 전담부서 소재지 이전신고 하지 않음 ․ 2013년, 2014년 연구 인력 개발비 발생내역 ․2015.6.2.자 기업부설연구소/연구개발전담부서 연구인력 및 전용면적 변경사항 미신고시 불이익 안내문 ․ 안내문 수령후 청구 법인이 연구개발 전담부서 소재지 이전신고 하지 않음 ․2014년 등록 발명특허증 3부 ․2013년 한국산업기술진흥협회보고 연구개발활동조사표 ․작성자 기술개발팀 신EE ․ 연구원 2명, 보조원 1명 ․연구개발비 104백만원 ․연구개발과제 수행 현황: 투습방지필름, 이지필 필름(2건) ․기타 조사청 청구법인 제출증빙 비고 제출증빙 비고 ․2014년 한국산업기술진흥협회보고 연구개발활동조사표 ․작성자 기술개발팀 신EE ․ 연구원 2명, 보조원 1명 ․연구개발비 116백만원 ․연구개발과제 수행 현황: 기능성투습 방지필름, 반복리드 필름, 대전방지필름 (3건) ․기타 ․ 2 013.3.27, 2013. 4.9.자 특허내용 보완보고 ․2013.7.22.자 2013년 연구개발 상반기 실적보고 ․ 공장이전 전후 연구 개발전담부서 배치도 ․연구개발전담부서 이전 사실 관련 ․ 2014.12월 시행 구조 조정 보고서 -2014.10.22.자 조직구성표 -2015.1월 조직구성표 ․연구원 3명 소속 부서 관련 품질관리과 및 최GG은 조직구성표상 나타나지 않음 한편, 이 건 사전열람후 청구법인은 2013.1월, 2013.12월, 2014.1월분 부서별 급여 명세서 및 급여 지급대장을 제출한바, 청구법인이 공제받은 연구인력개발비세액과 관련한 연구원 3명(권DD, 신EE, 유FF), 조사청이 제출한 2013.12.31. 청구법인의 조직구성표상 품질관리과 과장 최GG의 부서 소속내용은 다음과 같이 요약되며, 이에 의하면, 2013.12.31. 현재 권DD, 신EE, 유FF은 기술개발팀, 최GG은 인쇄과에 소속된 것으로 나타나고, 품질관리과에 소속된 직원은 없는 것으로 나타난다. 급여지급 월 근무기간 소속부서 소속부서 인원수 소속인원 직책 및 성명 2013.1월 2012.12.21 ～ 2013.01.20 기술개발팀 5 과장 권DD 사원 신EE, 사원 유FF 사원 변HH, 사원 이JJ 품질관리과 0 - 인쇄과 14 차장 이KK 팀장 최GG, 기타 12명 2013.12월 2013.11.21 ～ 2013.12.20 기술개발팀 3 과장 권DD 사원 신EE, 사원 유FF 품질관리과 0 - 인쇄과 11 차장 이KK 팀장 최GG, 기타 9명 2014.1월 2013.12.21 ～ 2014.01.20 기술개발팀 3 과장 권DD 사원 신EE, 사원 유FF 품질관리과 0 - 인쇄과 11 차장 이KK 팀장 최GG, 기타 9명 4) 윤BB 상무 급여 지급에 대한 조사청과 청구법인의 주장과 입증 가) 조사청의 조사내용과 입증 등 ① 조사청 주장 요지 청 구법인은 대표이사 윤CC의 특수관계자 윤BB 상무에게 2013년도에 급여 81,000천원을 지급하였으나, 윤BB 상무의 출퇴근 현황, 결재내역, 경영관여도 등으로 미루어 볼 때 실제 근로를 제공하고 정당하게 급여를 받았다고 볼 아무런 근거가 없고, 실제 근무한 사실에 대한 입증책임은 청구법인에 있다. ② 청구법인이 제출한 증빙서류나 주장은 윤BB 상무가 실제 근무한 사실을 입증하지 못함 청구법인이 윤BB 상무가 상근임원으로 청구법인에 출퇴근하며 실제 근무 한 것이 맞다고 제출한 증빙서류나 주장은 아래내용과 같이 받아들여 인정하기 어렵다(대법원2006두16137, 2007.10.26. 판결 등 참조). ③ 제 출한 회계전표 등으로는 근무사실이 입증되지 않고, 출퇴근 자료의 제출이 없음 조사청이 조사기간 중 윤BB 상무가 실제 근무한 사실을 확인할 수 있 는 증빙서류의 제출을 요청했을 때부터 제출한 자료는 회계전표 일부, 윤 BB 상무의 친필이라고 주장하는 글씨가 메모된 일부 서류 몇 장이 전부 이며, 상근임원이었다고 주장하면서도 윤BB 상무에 대한 출퇴근 자료의 제출요구에 대해서는 그런 자료가 없다고 하였다. ④ 윤BB 상무는 국내에 거주하고 있어 실제 근무사실을 입증할 증빙을 제출하지 못할 상황이 아님 청구법인은 과세전적부심사청구시 윤BB 상무가 2014.11.30. 퇴사하고 출국 하여 더 이상의 증거자료 수집이 어렵다고 하였으나, 윤BB 상무에 대한 출입 국 내역을 보면, 최근 3년간 1회(2015.1.10.～2015.1.17.) 출입국한 사실 외에는 없어, 조사 진행 기간은 물론 의견서 작성일 현재까지도 국내에 거주하고 있는 것으로 확인되었고, 이 건 심사청구시에는 개인적 감정으로 일체의 연락이 되지 않는다고 주장하고 있다. ⑤ 회계전표에는 윤BB 상무의 친필사인이 아닌 나무도장이 날인되어 있어 근무사실 입증 안 됨 청구법인이 제출한 회계전표 몇 장을 보면, 윤BB 상무의 친필사인이 아닌 나무도장(‘BB’)이 찍혀 있을 뿐이어서 실제 근로사실을 입증하는 자료로 인정 하기 어렵다. ⑥ 2011년, 2012년 관련 증빙은 2013년 근무사실의 입증이 될 수 없음 또한, 청구법인이 싱가폴 클레임건 출장이나 도쿄상품전 참관 관련 증빙을 제출하였으나, 싱가폴 일정은 2011.9월이고, 도쿄 일정은 2012.10월로 확인되어 쟁점이 되는 2013년 근로 제공여부의 판단에는 전혀 도움이 되지 않는바, 조사청은 윤BB 상무의 입사사실 자체를 부인한 것이 아니라 2013년도 인건비에 한하여 부인한 것이다. ⑦ 2011년, 2012년 관련 품의서상 증빙은 나무도장 날인이 전부임 청구법인이 각종 관리서류(품의서)를 결재하였다고 제출한 서류 역시 윤BB 상무의 위 출장 2건 관련 품의서에 나무도장이 찍혀 있는 것이 전부이다. ⑧ 2013년 사업계획서의 작성자로 윤BB 상무가 나타나지 않고, 2013년도에 작성되었다고 볼 수도 없음 청구법인이 제출한 2013년 사업계획서의 작성자는 누구인지 확인할 수도 없을뿐더러 사업계획서의 작성은 통상 전년도(2012년)에 이루어지는 것으로 미루어 볼 때, 2013년에 근로를 제공했다는 주장을 뒷받침 하지는 못한다. ⑨ 한국포장협회 회의 참석자 명단 및 근로자 건강검 진 수검내역도 실제 근무 사실의 입증서류가 될 수 없음 청구법인이 제출한 2013.9.26.자 한국포장협회 회의 참석자 명단 및 2013년 근로자 건강검진 수검내역의 경우, 이미 청구법인이 윤BB 상무를 상무이사로 직책을 부여하여 매월 급여처리를 해오고 있었기 때문에 과거부터 이어져 온 모임 성격의 회의에 한 번 참석하는 것이 그리 어려운 일이 아니라 판단되며, 건강검진 역시 상용근로자로서 4대 보험신고를 하고 있는 상황에서는 당연한 의무사항으로 이러한 사실만으로 실제 근로를 제공한 상근임원으로 볼 여지가 없다. ⑩ 작성연도가 기재되지 않은 직원 면담자료 등은 실제 근무 사실 증빙 으로 볼 수 없음 업무지시 증거자료로 제출한 종이 2매는 생산연도가 언제인지 알 수도 없고, 생산부 직원 면담자료나 인사위원회 개최자료 또한 생산연도가 기재되어 있지 않아 판단자료로 활용하기 어렵다. 또한, 면담자료상 최근 입사직원들의 입사일이 2011.2.7, 2011.3.21, 2011.3.28, 2011.8.1인 것으로 볼 때 2011년 후반 또는 2012년에 만들어진 것으로 추정되어 2013년 인건비 부인에 대한 항변자료로는 부적합하다. ⑪ 상무이사의 직책으로 게임 아이템 구매가 많음 윤BB 상무는 2013년 당시 ◉◉ ◈◈구에 주소를 두고 있었으며, 상근 상무이사라는 청구주장과 다르게 1년치 대부분의 현금영수증 수취내역이 ㈜ 네오위즈게임즈, ㈜아이템베이 등 인터넷(휴대폰) 게임에 사용하는 아이템 구매 건이며 매우 빈번하게 결제된 것으로 확인된다(2013년 112건 7,494천원). ⑫ 윤BB 상무의 급여를 손금부인한 사유는 윤BB 상무가 개인사업을 운영한 사유가 아니라 청구법인에 실제 근무한 사실이 없기 때문임 청구법인은 마치 조사청이 윤BB 상무의 인건비를 부인한 것이 윤BB상무가 운영했던 개인사업자(투어LLL) 때문인 것으로 판단하고 있으나, 투어LLL의 2013년 1기 매출액은 125천원, 2기 매출액은 0원이며 2013.8.26.폐업하였기 때문에 판단에 별 영향을 미치지 못하였고, 사실상 윤BB 상무의 투어LLL는 물론 청구법인에서도 상근임원으로서 출근하지 않은 것으로 판단되었기 때문에 급여를 부인한 것이다. ⑬ 윤BB 상무의 청구법인에 실제 근무사실에 대한 입증책임은 청구법인임 청구법인은 “객관적 사유 없이 노무를 제공하지 않은 임원으로 판단하는 것은 부당하다”라고 주장하고 있으나, 윤BB 상무가 청구법인에 노무를 제공한 사실을 객관적 근거자료로 입증해야 할 책임은 청구법인에 있을 뿐 아니라 이는 결국 바꿔서 말하면, 객관적 근거가 없어 노무를 제공하지 않은 임원으로 판단한 조사청의 입장을 납득한다는 논리로 해석된다. 나) 청구법인의 주장내용과 입증 등 ① 청구주장 요지 조사청은 2013년도 사업계획서, 해외출장자료, 회의참석자료, 회계전표, 업무품의서, 업무지시 메모 등 역사적으로 작성되고 비치된 증거자료를 부인하고 윤BB 상무의 2008년부터 2014년까지 장기간의 근무기간 중 유독 2013년만 근무하지 않았다고 객관적 반증 없이 임의로 판단하였다. ② 윤BB 상무는 관리상무로 실제 근무하였음 윤BB 상무는 청구법인의 대표이사 윤CC의 딸로서 1996년부터 2002년까지 미국 콜로라도 주립대학 등에서 호텔경영학을 전공하였으며, 입사 전 미국 LA하얏트호텔 등에서 2006.7월까지 호텔경영과 회계업무에 종사하였다. 청구법인에는 2008.1월 입사하여 관리상무로서 총무업무와 회계업무를 총괄하 여 대표이사를 대리하여 수입과 지출을 관리하고, 회계전표 결재업무를 수행 하였고, 외국어 구사능력과 해외업무 경력을 활용하여 수출클레임 등 해외 영업의 문제해결과 업계 회의참석 등 대외업무에도 매진하였다(영문이력서, 2011.9월 싱가폴 클레임건 출장, 2012.10월 도쿄상품전 참관자료 참조). ③ 윤BB 상무가 청구법인의 □□공장내 여행업체를 운영한 사실이 청구 법인에 근무하지 않은 근거가 될 수 없음 윤BB 상무가 청구법인에 근무 중 부(父)로부터 독립하여 여행사업을 준비할 목적으로 □□공장 내에서 2010.6월경 “투어LLL”라는 상호로 사업자등록 하였으나, 한국 실정에 어둡고 청구법인 사업장내에 소재하는 사업장과 아르바이트생의 전화에 의존하는 소극적 운영으로 실적이 미미하여 사실상 명목상의 사업자가 되었다. 아래 투어LLL의 부가가치세 신고현황과 같이 사업실적으로 2012년은 연간 4,908천원이고, 2013년은 사실상 폐업상태로서 2013.8월 폐업처리하였다(부가가치세 납부서 및 환급통지서 참조). 투어LLL는 과세미달되는 명목상 업체로서 이를 근거로 윤BB 상무가 청구 법인에 근무하지 않고 별도의 실질 사업체를 운영하였다고 할 수 없고, 사업실적이 없어 윤BB 상무의 업무기여도는 거의 없다(서면인터넷방문상담2팀-214, 2006.1.25. 참조). < 투어LLL의 부가가치세 신고현황 > (단위: 천원) 과세연도 기분 공급가액 부가가치세액 비고 2012 1기 3,358 18 2기 1,550 △175 소계 4,908 △157 2013 1기 125 △53 2기 0 0 소계 125 △53 2013.8.26. 폐업 ④ 윤BB 상무는 임원으로 출근카드가 별도로 없고, 별도 사무실이 있었음 청구법인의 출근관리는 임원을 제외한 부장이하 직원들만 출근카드를 사용(현재 지문인식)하므로 임원들의 출근카드는 별도로 없다. 윤 BB 상무는 청구법인의 조직상 대표이사 윤CC의 1인 직속부하이며 관리 이사 권MM의 직속상관으로 조직전체를 관리하는 직책으로서, 근무한 □□ 공장과 ◎◎공장의 사무실은 아래 도면의 상무실과 같다(사무실 배치도면 참조). < □□공장: 2013년 > < ◎◎공장: 2013.11.1.자 > ⑤ 윤BB 상무는 회계전표에 막도장이 아닐 결재인장을 직접 날인하였음 윤BB 상무는 상근임원으로 2013년도 모든 회계전표에 대표이사 전결권을 행사하여 직접 날인하였다. 윤상무의 결재인장에 대해 조사청이 막도장이라고 주장하나, 임원들의 인장 제작업체에서 제작한 것이다(윤BB 상무, 권MM 이사 인장사진 참조). < 간부 인장사진 > ⑥ 윤BB 상무가 근무한 사실은 2013년도 사업계획서 등에 나타남 윤BB 상무는 관리총괄 임원으로서 2013.1.27. 청구법인의 2012년도 실적을 분석하여 2013년도 사업계획서를 작성하였고, 2013.9월 한국포장협회 회의 등 업계 회의참석 및 대외 업무, 2013년 임직원 근로자 건강검진 수검, 불량품제조에 대한 업무지시, 생산부 직원면담, 인사위원회 개최, 각종 관리업무 내부품의 결재 등 2013.1월부터12월까지 담당업무를 충실히 수행하였다(사업계획서, 한국포장협회 회의자료, 근로자 건강검진표, 품의서 및 전표결재 자료, 업무지시 메모 참조). 2013년 윤BB 상무가 결재인장으로 결재한 내부품의서 - 10월 국민건강보험료 및 국민연금보험료 산출명세(2013.11.7. 기안) - 화재보험 갱신(2013.10.14. 기안) - 11월 위탁급식(참드림푸드) 비용(2013.12.6. 기안) 내부품의서 결재자료 - 2013.1월부터 12월까지 월별 1매 총 12매 ⑦ 윤BB 상무는 2014.12.30.자 구조조정 실시에 따른 책임으로 해임되었음 2 013년 청구법인의 사주 윤CC이 자금난에 빠진 회사를 살리기 위해 157억원의 사재를 청구법인에 증여하여 자산수증익을 계상하고 지방으로 이전하였으나, 2014년 청구법인은 심각한 경영위기에 빠져 2014.12.30. 노사협의에 의한 구조조정을 실시하여 24명의 직원을 해고할 때 윤BB 상무도 책임을 물어 해임하였던바, 근무임원이 아니면 해임할 이유가 없었을 것이다(구조조정 보고서, 노사협의회 회의록 참조). 이후 윤BB 상무는 청구법인과 사주에 대하여 개인적 감정으로 일체의 연락을 두절하여 청구법인은 현재 윤BB 상무의 협조나 근황을 알 수 없는 상황이었다. ⑧ 윤BB 상무의 확인서 윤BB 상무는 구조조정 해임후 사주와 청구법인에 대한 불만으로 출국한다고 통보 후 일체의 연락을 끊어 국외체류로 알고 있었으나, 이 건 심사청구시 조사청의 국내거주 확인에 따라 현재 권MM 이사와 연락이 닿아 근무사실에 대한 진술이 가능한 상태이다(윤BB 상무 확인서, 2013.6.12. 외환카드 우편물 참조). ⑨ 윤BB 상무가 구입한 게임 아이템은 개인취미에 관한 것으로 청 구법인의 실제 근무여부와 상관 없음 조사청은 윤BB 상무는 상근임원임에도 현금영수증 수취내역상 인터넷게임 아이템을 빈번하게 구매한 등 상근임원으로서 출근하지 않은 것으로 판단 하였으나, 윤BB 상무 개인이 지출한 현금영수증내역은 윤BB 상무의 청구법인 근무사실과 관련 없는 스트레스 해소용 개인취미 사생활에 관한 것으로 이를 근거로 청구법인 상근여부를 판단할 수 없다. ⑩ 기타 증빙자료 기타 윤BB 상무가 청구법인에 근무한 증빙으로 ⅰ) 윤BB 상무의 불량품 제조에 대한 업무지시 메모(일자 불명), ⅱ) 생산부 직원 면담자료(일자 불명), ⅲ) 인사위원회 개최 자료(2012.8.29.)가 있다. 5) 연구인력개발비세액 공제배제에 대한 조사청과 청구법인의 주장과 입증 가) 조사청의 조사내용과 입증 등 ① 조사청 주장 요지 청구법인은 연구개발전담부서 이전 후 14일 이내에 이전신고를 하지 않아 청구 법인의 기술개발팀은 인정받은 연구개발전담부서라 할 수 없다. 한편, 청구법인은 2013.12.31.자 조직구성표는 단순히 주된 매출처의 품질관리 강화요구 지시에 따라 임의작성한 자료일 뿐 사실과 다르다고 주장하나, 회사의 조직도는 구성원의 근무현황을 확인하는 중요한 자료로 거래처의 요구에 따라 임의작성이 가능한 자료가 아닌 것으로 판단되는바, 조직구성표에서 확인되듯이 기술개발팀에 소속된 권DD(팀장)의 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 되는 인건비로 볼 수 있으나, 품질관리과 소속으로 확인되는 신EE, 유FF은 연구전담요원이 아닌 타부서 직원의 인건비를 부당 계상한 것이므로 제외되어야 한다. ② 연구개발전담부서 이전 후 14일 이내에 이전신고를 하지 않은 경우 인정받은 연구개발전담부서가 아님 조세특례제한법 시행규칙제7조제1항제1호에 의하면,기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조 과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발 업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비, 재료비 등에 한하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 있는 것이므로 2013.12.23. 청구법인이 사업장을 ○○도 □□시 △△동 693-26번지에서 ○○ ◎◎시 ▣▣면 544-16번지로 이전하고. 이에 따라 연구개발전담부서 또한 소재지가 전혀 다른 곳으로 변경되었음에도 불구하고 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙제5조(변경신고)에 따른 신고된 사항에 변경이 발생한 경우 14일 이내에 변경신고를 하도록 규정을 위반함에 따라 조세특례제한법상 연구인력개발비세액 공제의 대상이 되는 법정기관으로부터 인정받은 연구개발전담부서가 아닌 것이다(조심2008중1575, 2009.10.5., 국심 2006부1275, 2007.1.10. 등 다수). 따라서, 청구법인은 2013년 사업연도 법인세 신고일 기준으로 조세특례제한법상 연구인력개발비 세액공제를 신청할 요건을 갖추지 못했음에도 불구하고 세액공제를 구하는 신청서를 작성·제출한 것이다. ③ 연구개발전담부서 이전 신고는 신고기한이 지난 과세예고통지서를 수령한 이후 2015.11.19.에야 접수함 청구법인은 연구개발전담부서 소재지 이전과 관련한 변경신고를 하였다고 청구서에 기재하였으나, 조사종결일(2015.10.30.) 이후 과세예고통지서를 수령(2015.11.10.)하고 나서 2015.11.19.에 이르러서야 접수한 것으로 확인된다. ④ ㈔한국산업기술진흥협회로부터 연구전담부서 및 연구인력에 대한 변경신고 공문을 두 차례나 수령하고도 변경신고하지 않음 청 구법인은 ㈔한국산업기술진흥협회로부터 2014.5.28 및 2015.6.2 일자로 발송된 연구전담부서 및 연구인력에 대한 변경신고 공문을 두 차례나 수령하고도 조사착수일 현재까지 변경신고를 하지 않고 있었으므로 업무미숙이라는 주장 또한 전혀 설득력이 없다. ⑤ 업무착오나 무지의 사정으로 세액공제 요건 미충족을 정당화할 수 없음 세법에 정한 요건을 충족한 경우에 한하여 적용하도록 한 각종 세액공제, 세액감면 제도 및 각종 의무를 해태한 경우 적용하도록 한 각종 가산세 제도의 경우, 단순히 업무착오나 무지로 인해 행정적 절차 등을 제대로 이행하지 못했다고 해서 그 사정을 감안하여 편의를 봐주게 된다면 별도의 입법절차를 거쳐 법조항을 명문화할 필요도 없을 것이며, 이는 법치주의국가의 근간이 되는 법의 존재이유와 그 적용가치를 심각하게 훼손하는 매우 위험한 발상이다. ⑥ 연구원 3명 중 2명은 인정된 연구개발전담부서상은 기술개발팀이나, 조직구성표상은 품질관리과 소속임 이와 관련하여, ㈔한국산업기술진흥협회에 신고한 연구개발전담부서명이 ‘기술개 발팀’인데 반해 청구법인이 제출한 2013년말 현재 조직구성표상 기술개발팀에는 권DD(팀장) 혼자만 있고, 연구원이라는 신EE, 유FF은 품질관리과(팀장 최GG)에 소속한 직원인 사실이 확인되고, ㈔한국산업기술진흥협회의 연구소 인정단에 이 같은 차이가 발생할 수도 있는지에 대해 유선으로 문의 한 결과, “품질관리과는 연구 개발전담부서가 될 수 없다”는 답변을 받았다. 청구주장의 연구원 신EE, 유FF이 권DD 팀장과 함께 연구개발전담부서 소속으로 ㈔한국산업기술진흥협회의 현지확인시 연구개발전담부서의 연구원으로 공식 인정받았다고 주장하는 근거자료를 확인할 수 없고, 청구법인이 2014.10.22.자 조직구성표를 근거로 2013년 당시 연구개발전담부서 소속으로 ㈔한국산업기술진흥협회의 인정을 받고 연구개발활동에 전담하였다는 주장은 청구법인이 수시로 편의에 따라 조직구성표를 변경한다는 것으로, 품질관리 강화를 요구하는 거래처의 요구에 따라 신EE, 유FF을 품질관리과 소속으로 조직구성표를 변경한 것은 실제로 연구업무 이외에 품질관리 업무를 같이 수행 하였다고 보는 것이 합리적이다. 연구개발활동 내역을 ㈔한국산업기술진흥협회에 보고하는 것은 조세특례 제한법상 세액공제의 요건과 전혀 관련 없는 것으로, 보고서 양식 후단을 보면 ㈔한국산업기술진흥협회에서도 통계 작성용으로만 사용할 뿐 다른 목적으로 사용하지 않는다고 명시해 놓은 것을 확인할 수 있다. ⑦ 특허출원 사업연도는 2013년이 아니라 2012년 및 2014년인 등 세액 공제요건을 충족하지 못함 연구개발 활동이 있었음을 증명하기 위해 특허증 3부를 제출하였으나, 이 중 2건은 이미 2012년말에 출원한 것이고, 나머지 1건의 경우도 2014.6월말에 출원한 것으로 확인된다. 특허출원 여부가 세액공제의 직접적인 판단 기준도 아닐 뿐만 아니라 조사청은 청구법인의 연구개발 활동 자체를 전면 부인한 사실이 없고, 다만, 해당직원들의 인건비나 경상개발비 명목의 재료비 등을 법인세법상 손금산입하는 것은 인정하되 요건을 충족한 경우에 한하여 엄격하게 적용하고 있는 조세특례제한법상 세액공제의 대상은 아니라는 것이다. ⑧ 세액공제 배제가 청구법인의 연구개발활동을 무시하는 것은 아님 청구법인은 마치 조사청이 청구법인의 연구개발활동을 무시하고 행정적절차만 강조하여 세액공제를 부인하는 것은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법상 세액공제의 추가혜택을 부인하는 것이 연구개발활동을 무시했다고 볼 수도 없고, 조사청은 세무조사와 관련하여 조세법률주의에 입각한 조세법의 엄격해석원칙에 따라 문리해석한 법 조항을 청구법인의 세무조사에 적용한 것일 뿐이다. ⑨ 연구개발전담부서 소재지 이전신고 지연이 세액공제 배제사유가 될 수 없다하더라도 그 공제대상은 연구전담인원 인건비만 공제대상임 만약 청구주장대로 연구개발전담부서 소재지 이전신고가 지연되었으나 추후 변경신고하여 이를 인정받은 경우에는 세액공제가 가능하다고 하더라도, 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 되는 인건비는 연구개발전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원으로 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비만 해당된다고 할 것이다. 나) 청구법인의 주장내용과 입증 등 ① 청구주장 요지 청구법인은 플라스틱 포장자재 제조업체로서 1999.7.21. ㈔한국산업기술진흥 협회에 연구개발전담부서를 등록․인정받아 청구법인의 사무소 내에 독립공간 (69.66㎡)으로 설치하여 연구원을 중심으로 독립적으로 연구개발전담부서를 운영하여 왔으며, 2013년도에는 연구개발전담팀장 권DD을 책임자로 연구전담직원 신EE, 유FF과 함께 신제품개발, 공정개선, 품질개선, 불량률 축소, 원가절감 등에 적극적으로 노력하여 왔고, 또한 자체개발 위주(투습도, 산소투과도 시험은 전문기관에 위탁검사)로 업무를 수행하여 왔다. 따라서, 실제 운영한 연구개발전담부서의 이전신고를 기한내에 하지 않았다고 하여 연구인력개발비세액을 공제배제할 수 없고, 이 건 연구인력개발비세액은 전액 공제되어야 한다. ② 연구개발전담부서의 운영실적도 있음 아래표와 같이 2011년 이후 청구법인은 과자류 등 새로운 가공식품의 필름 포장재 개발과 생산에 주력하였으며, 연구전담부서의 적극적인 연구개발로 2012년 이후 특허출원에 따라 3건의 발명특허를 취득한 등 활발한 연구활동을 수행하고 있다. < 연구개발전담부서 운영 실적 요약 > 사업연도 항목 일자 적요 비고 2013 특허내용 보완보고 2013.03.27 트위스트 필름 개발 보완 내부품의서 특허내용 보완보고 2013.04.09 리드 필름 개발 보완 내부품의서 연구개발활동 조사보고 2014.04. 2013년 연구개발활동조사표 한국기술진흥협회 보고 발명특허 취득 2014.10.13 밀봉리드필름 제조방법 2012.12.27출원 발명특허 취득 2014.11.11 포장필름 제조방법 2012.12.26출원 발명특허 취득 2015.01.06 복합 포장필름 제조방법 2014.06.30출원 연구개발활동 조사보고 2015.04 2014년 연구개발활동조사표 한국기술진흥협회 보고 ③ 청구법인 사업장 이전시 연구개발전담부서도 이전하였음 청구법인은 글로벌 ○○불황의 영향으로 수년간 적자경영을 타개하고자 2013년 거액의 사주 개인재산을 수증받아 157억원의 수증익을 계상하여 청구법인의 회생에 주력하였으며, 경영정상화를 위해 2013년 ○○ □□시 △△동 693-26번지 소재 본사와 공장의 지방이전을 추진하여 2013.12.23.○○ ◎◎시 ▣▣면 544-16번지로 이전하여 가동을 개시하였다. 이때 연구개발전담부서도 당초 □□공장 내에 설치 운영하던 것을 공장이전과 동시 ◎◎공장 내에 설치하여 연구개발업무를 계속하여 운영하였다(공장 지방 이전 전후 연구전담부서 배치도 참조). ④ 연구전담부서 연구요원 변경신고는 2013.5.27. 기한내 신고하였고, 연구전담부서 소재지 이전은 2015.11.19. 지연신고하였으나, 연구전담 부서로 계속 인정받았음 청구법인은 2013.5.27. 연구전담부서 연구요원 변경신고(연구전담요원 4명에서 2 명으로, 연구보조원은 1명 동일)하였으며, ㈔한국산업기술진흥협회의 현지확인 으로 긍정적 수리결과를 통보받았다(연구전담부서 변경신고 및 수리결과 통보 참조). 2014년도에는 신고사항에 변동이 있는 경우에 변경신고를 하도록 한 ‘미래창 조과학부고시2013-94호’ 제8조에 따라 연구원의 변동이 없어 신고를 하지 않았으나, 업무착오로 연구개발전담부서 이전 변경신고가 지연되어 2015.11.19. 신고하였으며 2015.12.18 ㈔한국산업기술진흥협회로부터 연구개발전담부서 인정서를 받았다(인정서 참조). ⑤ 실제로 운영한 연구개발전담부서 이전신고의 지연을 이유로 세액공제 배제할 수 없음 조사청은 2013.12.23. 청구법인이 사업장 소재지를 이전하고 연구개발전담부서 변경신고를 하지 않아 기술개발관련 법규상의 연구개발전담부서에 해당되지 않는다는 주장이나, 국세청 해석사례(법인-1002, 2010.10.29., 법인-1286, 2009.11.17.)는 연구개발전담부서 이전신고가 지연되었더라도 세액공제를 받을 수 있다고 해석 하고 있으므로, 이 건 실제로 운영한 연구개발전담부서 이전신고의 지연을 문제 삼아 세액공제를 부인하는 것은 부당하다. 한편, 조사청이 제시한 조세심판원 결정사례(조심2008중1575, 2009.10.5.)는 “기 인정된 장소 외에 별도로 기업부설연구소 설치 후 변경신고하지 아니한 경우, 별도 설치 기업부설연구소는 인정받은 연구소에 해당되지 않는다”는 것으로 청구법인의 “기존 연구개발전담부서 이전 지연신고” 사례와는 다르고, 또한, 조사청이 제시한 조세심판원 결정사례(국심2006부1275, 2007.1.10.)는 “연구개발전담부서를 신고하지 않은 연구요원에 대한 것”으로 청구법인의 “신고하여 인정받은 연구요원”과는 다른 사례이다. ⑥ 연중 계속적으로 제품을 개발한 사실이 실적에서 확인됨 연구개발은 자체개발 위주로 추진하였으며 필름제품의 투습도와 산소투과도 등 품질검사는 전문외부기관을 활용하여 실시하였다. 재료비 등의 사용내역에 의하면, 연중 계속적인 제품개발실적을 확인할 수 있고, 2013년도, 2014년도 연구인력개발비 발생 상세내역은 아래 연구개발비 발생 내역서와 같다. ⑦ 연구전담요원 2명은 실제 연구개발업무를 수행하였음 연구원 신EE, 유FF은 연구전담부서의 연구전담요원으로 실제 모든 연구 개발업무를 수행하였다. 이들은 제출한 연구개발활동조사표 작성(작성자 신EE), 발명특허 출원 업무를 수행하였으며, 신제품 개발업무에 주력하였다. 독립된 연구개발전담부서 사무실에서 근무하고 연구개발전담부서 변동신고에 따른 ㈔한국산업기술진흥협회의 현지 확인조사를 거쳐 연구전담부서의 연구원 으로 인정받았다(연구개발전담부서 변동신고, 연구개발활동조사표 참조). ⑧ 청구법인의 연구원 3명은 모두 세액공제 대상 연구원임 국세청은(서면인터넷방문상담2팀-176, 2006.1.23.)은 “연구인력개발비세액공제 적용시 연구요원의 범위”에 대해 “연구요원은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’를 대상으로 하는 것으로 연구개발전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사한 직원을 포함하는 것입니다”라고 해석한바, 청구법인의 제품 연구개발을 전담한 연구요원 3명은 모두 연구개발비 세액공제 대상에 해당된다. ⑨ 2013년 조직구성표상 품질관리과 소속 2명의 실제 근무처는 연구개발 전담부서임 조사청은 청구법인의 조직구성표상 연구원 3명중 과장 권DD만 기술개발팀이고 신EE, 유FF 2명은 품질관리과 소속으로 연구개발비 세액공제 대상이 아니라고 주장하지만, 2013.12.31.자 청구법인의 조직구성표는 주 매출처인 관계 회사의 품질관리강화 요구 지시에 따라 연구개발부서 전담요원인 신EE, 유FF을 품질관리과 소속으로 작성하여 통보한 임의자료로서 실제 근무처는 연구개발전담부서이다. 위 연구원 3명의 소속은 2014.12월 공식적인 노사협의에 의한 구조조정보고서상 구조조정 전후 조직구성표에서 확인할 수 있다(구조조정보고서 참조). ㈔한국산업기술진흥협회가 청구법인의 연구개발전담부서를 현지확인하여 수리한 바와 같이 연구개발 업무를 수행한 3명의 연구전담요원은 세액공제 대상에 해당한다. ⑩ 2014년 및 2015년 연구개발전담부서 소재지 변경신고를 하지 않은 것 은 연구원 인원의 변동이 없었던 사정에 의한 것이고, 연구원 3명의 인건비 모두가 공제대상임 조사청은 청구법인이 ㈔한국산업기술협회가 2014년 및 2015년 발송한 연구전담부서 및 연구인력 변경신고 공문을 접수하고도 변경신고를 하지 않았고, 설령 연구개발전담부서 소재지 지연신고가 이 건 공제배제 사유가 되지 않는다 하더라도 기술개발팀 권DD 팀장은 세액공제 대상이나 품질관리과 소속 신EE, 유FF은 엄격한 세법적용으로 세액공제를 부인해야 한다는 의견이나, 청구법인은 위 공문에 대하여 연구인력 인원의 변동이 없어 위와 같이 신고 대상이 아닌 것으로 착각했으며(지연신고), 조사청이 인정하는 권DD 팀장뿐만 아니라 실제 기술개발팀 소속 신EE, 유FF 연구원의 인건비도 세액공제 대상이다. 라. 판단 먼저, 청구법인이 2013년도에 윤BB 상무에게 지급한 급여 81,000천원은 윤BB 상무가 청구법인에 실제 근무한 사실이 없어 손금부인대상인지 여부에 대해 살펴본다. 살피건대,법인세법제26조제1호는 “인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하고 있는바, 이 건의 경우, 청구법인이 제출한 2011년부터 2013년까지의 품의서 등에 의하면, 윤BB 상무의 결재는 자필서명이 아닌 결재인장인바, 결재란에 결재한 윤 BB 상무외의 다른 사람도 자필서명이 아닌 결재인장으로 나타나므 로 결재란에 결재한 다른 사람과 달리 유독 윤BB 상무에 대해서만 회계전표 등에 자필서명이 없다는 사실에 의하여 윤BB 상무가 청구법인에 근무하지 않는 근거로 삼기 어려울 뿐만 아니라, 윤BB 상무가 청구법인에 근무하였다는 2008년부터 2014년까지의 기간 중 2011년부터 2013년까지 윤BB 상무가 동일한 결재인장으로 회계전표 등에 결재하고 있음에도 유독 2013년도만을 자필서명을 하지 않았다는 사실에 의하여 윤BB 상무가 청구법인에 근무하지 않은 근거로 삼기도 어려운 점, 청구법인이 제출한 □□공장 및 ◎◎공장의 사무실 배치도면에 의하면, 윤BB 상무에 대한 별도의 사무실이 배치된 사실이 나타나고, 2013.9.26.자 한국포장 협의 회의록, 2013.10.14.자 화재보험갱신 기안문, 2013.1월부터 2013.12월까지의 월별 샘플 1건의 회계전표 등에 의하면, 윤BB 상무가 지속적으로 청구법인의 업무를 수행한 사실이 확인되는 점, 청구법인이 제출한 구조조정 관련 2014.12.15.자 제4차 노사협의회 회의록에 의하면, 윤BB 상무의 자필서명이 확인되므로 윤BB 상무는 이때까지도 청구 법인의 업무를 수행한 것으로 나타나고, 2014.12.30.자 구조조정 합의에 따라 2014.12.30.경 비로소 퇴직한 것으로 보이는 점, 조사청은 대법원 판례(대법원2006두16137, 2007.10.26. 참조)를 제시하며, 윤BB 상무가 청구법인에 실제 근무한 사실은 청구법인이 입증하여야 한다는 의견이나, 위 판례는 납세의무자가 부외경비를 인정하여 달라는 청구를 한 경우, 과세요건 충족여부에 대한 과세관청의 원칙적인 입증책임에 대한 예외로 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임을 전환한 사례인바, 이 건 청구법인이 부외경비를 인정하여 달라는 청구가 아니라, 청구법인이 이미 손금산입한 인건비를 조사청이 부인한 것에 대한 청구로서, 이에 대한 입증책임은 입증책임의 원칙에 따라 이를 부인한 조사청에게 있는 것으로서, 조사청이 윤BB 상무가 청구법인에 근무하였다는 2008년부터 2014년까지 기간 중 유독 2013년도에 청구법인에 근무하지 않은 사실을 객관적 증빙으로 제대로 입증하지 못하면서 위 제시한 판례를 근거로 청구법인에게 입증책임이 있다 는 의견은 입증책임에 대한 법리를 오해한 것인 점 등 이상의 관련 법령과 사실관계를 종합하면, 윤BB 상무가 2013년도에 청구 법인에 실제 근로를 제공하지 않았다고 보아 그 급여 81,000천원을 손금 부인하여 상여로 소득처분한 이 건 법인세의 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다. 다음으로 청구법인이 공제받은 연구인력개발비세액은 ⅰ) 연구개발전담부서 소재지 이전 기한내 미신고, ⅱ) 연구개발전담부서 소속요건 미충족을 이유로 공제배제대상인지 여부에 대해 살펴본다. 살피건대,조세특례제한법제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액 공제를 적용함에 있어 연구개발을 위한 전담부서에 대해서는 같은 법 시행규 칙제7조제1항제1호가 “ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조제1항 및 제2항에 따라 교육과학기술부장관의 인정을 받은 연구개발전담 부서”라고 규정하고 있고, 연구개발전담부서에서 근무하는 직원에 대해서는 같은 법시행규칙제7조제3항이 “연구개발전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 각 호에 규정한 어느 하나에 해당하는 자 제외)를 말한다”라고 규정하고 있는바, 이 건의 경우, 청구법인은 기술개발팀을 연구개발전담부서의 요건을 갖추어 ㈔ 한국 산업기술진흥협회로부터 1999.7.21. 연구개발전담부서로 인정받았고, 청구 법인이 2013.12.23. 사업장 소재지를 당초 ○○ □□시 △△동 693-26번지에서 ○○ ◎◎시 ▣▣면 544-16번지로 이전하고도 그 연구개발전담부서의 소재지 변경신고를 그 변경일로부터 14일이 훨씬 지난 2015.11.19.자에 비로소 연구개발전담부서 소재지 변경신고를 하였으나, 연구개발전담부서 소재지 변경 신고 지연 등으로 연구개발전담부서 인정이 취소된 사실 없고(법인세과-1286, 2009.11.17. 참조), 그 연구개발전담부서의 요건을 현재까지도 계속 유지하여 오고 있어[서울고등법원2010누25635, 2011.2.10.(대법원2011두6844, 2011.6.24. 심리불속행) 참조], 청구법인의 기술개발팀은 연구인력개발비 세액공제요건의 기술연구개발전담부서 요건을 충족하고 있어 단순히 연구개발전담부서 소재지의 이전신고를 지연하였다고 하여 연구개발전담부서를 실제 운영하지 않았다거나, 인정기관이 인정한 연구개발전담부서가 아니라고 보기 어려운 점(법인세과-1002, 2010.10.29. 같은 뜻), 청구법인이 제출한 2013.5.27.자 ㈔한국산업기술진흥협회에 신고한 연구개발전담부서 변경신고서에 의하면, 연구개발전담부서명은 기술개발팀이고, 연구전담직원은 신EE, 유FF, 연구보조원은 권DD으로, 2014.1월 급여대장상 2013.12.31. 현재 연구원 3명은 기술개발팀으로 나타나고, 품질관리과 소속직원은 없으며, 청구법인이 2014.4월경 및 2015.4월경 2013.12.31.자 및 2014.12.31.자를 기준으로 인력현황을 작성하여 ㈔한국산업기술진흥협회에 보고한 연구개발활동조사표에 의하면, 그 작성자는 기술개발팀 신EE이고, 연구원 2명, 보조원 1 명 으로 나타나므로 2013.5.27.자 연구개발전담부서 변경신고서상 연구개발전담부 서명과 연구원 3명은 2014.12.31. 현재까지도 변경이 있었다고 보이지 않고, 한편, 2015.11.19.자 연구개발전담부서 변경 신고서에 의하면, 연구전담직원은 2명에서 1명으로, 연구보조원은 1명에서 2명으로 변경된바, 연구원은 2015.11.19. 경 에 비로소 변경되었다고 보이며, 또한, 청구법인이 제출한 2013년 및 2014년 연구인력개발비 발생내역, 청구법인이 ㈔한국산업기술진흥협회에 보고한 연구 개발활동조사표상 2013년 2건, 2014년 3건의 연구개발과제 수행현황, 2013년에 작성된 발명특허내용 보완보고서 등을 종합하면, 청구법인이 이러한 업무를 연구보조원인 권DD 팀장 1명을 통해서만 수행하였다기보다는 신EE, 유FF을 포함한 연구원 3명 전원을 연구개발전담부서인 기술개발팀에 소속시켜 이들 연구원 3명의 실질적인 전업적인 연구 개발 업무를 통해 수행하였다고 보이는 점 (서면인터넷방문상담2팀-176, 2006.1.23. 참조), 한편, 기술개발팀에서 수행한 품질관리 업무는 일반적인 영업․생산부서 등의 지원업무가 아닌 연구개발 활동의 일환으로 이루어지는 연구개발의 범주에 속 하는 업무라고 보이는 점 등 이상의 관련 법령과 사실관계를 종합하면, 청구법인의 연구개발전담부서 소재지 이전 기한내 미신고, 연구원들의 연구개발전담부서 소속요건 미충족을 이유로 연구인력개발비세액공제를 배제한 이 건 법인세의 부과처분도 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.