시행 중인 법령에 따른 부과처분이므로 소급과세금지원칙에 위배되지 아니함

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구법인의 대표자 백○○은 1999.9.1. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 687-10에서 개인사업자로 △△△△(제조, 인쇄 및 사출가공 등)을 개업하여 운영하다가 2008.6.1. 법인전환하면서 공장으로 사용하던 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 687-10 토지 1,539.51㎡ 및 건물 1,784㎡(이하 “쟁점부동산”이라 함)를 2008.7.3. 청구법인에 현물출자하고 이에 대한 양도소득세 289,461천원을조세특례제한법제32조 제1항에 따라 이월과세를 적용받았다. 청구법인은 2010.6.7. 현 사업장인 충북 ○○시 ○○읍 ○○3길 29로 공장시설을 전부 이전하였고, 2010.7.30. 쟁점부동산을 양도하였다. 처분청은 청구법인이 양도소득세 이월과세가 적용된 쟁점부동산을 양도하였음에도 이에 대한 법인세를 납부하지 아니하였다는 이유로 2016.1.7.청구법인에게 2010사업연도 법인세 440,560천원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인의 대표이사 개인이 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 신청할 당시인 2008년도 및 쟁점부동산을 양도한 2010년도에는조세특례제한법제32조 각항에는 양도소득세 이월과세분을 징수한다는 내용이 없음에도, 납세의무성립일 이후인 2011.11.31. 신설된 같은 조 제5항의 규정을 적용하여 과세한 처분은 소급과세 금지의 원칙에 위배되어 무효이다.

처분청은 2011.12.31. 개정 전조세특례제한법제1항 제6호【정의】와 제32조【법인전환에 따른 양도소득세의 이월과세】를 적용하여 청구법인에게 법인세를 적법하게 과세하였다. 다만, 이월과세제도가 부동산 등에 대한 양도소득세 회피수단으로 악용되는 것을 방지하기 위하여 2011.12.31.조세특례제한법제32조 제5항을 신설하여 사후관리 규정을 마련하였으므로 청구법인의 주장은 해당 조항의 취지를 오해한 것으로 보인다.

• 가. 쟁점 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세가 적용된 사업용고정자산을 양수한 법인이 해당 자산을 양도한 경우 법인세 과세대상 여부
• 나. 관련법령

1. 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(현물 출자) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는소득세법제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이 상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. 2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부 개 정되기 전의 것) 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

② 법 제32조제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. <개정 2006.2.9, 2009.6.19>

③ 법 제32조제1항에서 “대통령령으로 정하는 소비성서비스업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다. <신설 2010.2.18>

1. 호텔업 및 여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업은 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 식품위생법 시행령제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되,관광진흥법에 따른 외국인전용유흥 음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2010.2.18.>

⑤ 법 제32조제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2002.12.30., 2010.2.18.>

3. 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(현물 출자) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는소득세법제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도・양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다. <신설 2011.12.31>

1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우

2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우  부칙 (법률 제11133호, 2011.12.31. 개정) 제12조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례】 제32조제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다. 4) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부 개정된 것) 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의“ 이월과세】

⑥ 법 제32조제5항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다. <신설 2012.2.2>

1. 법 제32조제5항제1호의 경우: 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액

2. 법 제32조제5항제2호의 경우: 해당 법인의 유상감자액이 법인전환 당시 자본금에서 차지하는 비율을 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금 액에 곱한 금액  부칙 (대통령령 제23590호, 2012.2.2. 개정) 제2조【일반적 적용례】

① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11133호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 5) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받은 쟁점부동산을 청구법인이 2010.7.30. 양도하고 이에 대한 법인세를 납부하지 아니하였다는 점에 관하여는 당사자 간에 다툼이 없다. 다만, 처분청은조세특례제한법제2조 제1항 제6호 및 제32조 제1항에 의하여 이 건 법인세 부과처분을 하였다고 주장하는 반면, 청구법인은 2011.12.31. 신설된조세특례제한법제32조 제5항을 적용하여 과세하였다고 주장하고 있다.

2. 국세청 예규(재산세과-157, 2009.9.9., 재산세과-1162, 2009.6.11., 재산세과-3244, 2008.10.13., 법인세과-4067, 2008.12.18., 서면4팀-2169, 2005.11.14. 등)에 의하면, 2011.12.31.조세특례제한법제32조 제5항이 신설되기 이전에도 같은 법 제2조 제1항 제6호 및 제32조 제1항에 따라 거주자가 ‘법인전환에 대한 양도소득세 이월과세’가 적용되는 사업용고정자산 등을 법인에게 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우에는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용고정자산 등을 동 법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것이라고 일관되게 적용․해석해 온 것으로 나타난다.

3. 국세청 발간2012년 개정세법해설에 의하면, 부동산 등에 대한 양도소득세 회피수단으로 악용되지 않도록 하기 위하여 2011.12.31.조세특례제한법제32조 제5항을 신설하여 법인전환시 이월과세에 대한 사후관리규정을 마련하였고, 2012.1.1. 이후 사업폐지 또는 유상감자하는 분부터 적용한다고 설명하고 있다.

4. 한편, 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2013.12.12. 선고 2013두16531 판결, 대법원 2009.10.29. 선고 2008두2736 판결 등 참조).

5. 위의 법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점부동산을 양도한 2010년 당시 시행 중이던조세특례제한법제1항 제6호와 제32조 제1항에 따라 처분청이 청구법인에게 법인세를 과세한 것으로 보이는 반면, 2011.12.31. 신설된조세특례제한법제32조 제5항을 적용하였다고 볼 만한 아무런 근거가 없는 이상, 이 건 법인세 부과처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다 하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.