추정 매출액과 실제 매출액에 많은 차이가 있으며 계속 결손난 법인으로, 적정한 영업권 평가로 인정하기 어려움

청구법인은 대표이사 김HH이 2001.01.01.부터 개인사업자로 운영하던 “◇◇◇유통”을 2007.06.01 법인 전환하여 설립된 법인으로, 2008.04.22. 신설법인 주식회사 ○○○(이하 “○○○”라 한다)에게 프랜차이즈 사업을 양도하였다가 2011.03.31. 동 프랜차이즈 사업권을 30,000,000원에 다시 양수(포괄양도양수)하면서 2011사업년도에 영업권 754,037,955원(이하 “쟁점영업권”이라 한다)을 장부에 계상한 후 감가상각비로 2011사업년도 113,105,693원, 2012사업년도 150,807,590원, 2013사업년도 150,807,590원을 비용 처리하여 법인세 신고하였다.

□□지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.04.27.∼2015.06.10 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하면서 청구법인이 2011사업년도 계상한 쟁점영업권의 가액을 부인하고 ｢상속세 및 증여세법｣상의 보충적 평가방법에 따라 영업권을 평가하는 등 2015.09.02. 청구법인에게 20011사업년도 귀속 법인세 47,617,706원, 2012사업년도 귀속 법인세 87,844,985원, 2013사업년도 귀속 법인세 2,353,227원 합계 137,815,918원(이 건 관련 청구세액은 79,933천원임)을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.07. 심사청구를 제기하였다.

쟁점영업권은 세법 및 기업회계 관행에 따라 계상한 것으로서 회계법인에서 적절한 평가방법에 의해 결정되었고, ○○○로부터 적법하게 영업권을 취득하여 감가상각비를 계상하였으므로 손금으로 인정되어야 한다. 청구외법인 주식회사 ○○○는 2008.04.22. 청구법인으로부터 프랜차이즈 사업권을 인수한 신설법인으로서 “NN이 MMMM”라는 닭강정 체인점에 관한 제품개발 및 연구, 가맹점주 교육업무, 특정한 조사 용역 및 정보제공에 강점이 있는 회사이고, 이런 노하우를 바탕으로 2008∼2010년 3년간 평균 84개(2008년 40개, 2009년 134년, 2010년 77개) 가맹점을 개설하였고 향후에도 가맹점이 계속 늘어날 추세이며, 아울러 신규점포 관련 마케팅, 점포 디자인, 홈페이지 관리와 교육 등에 노하우를 가지고 있

• 다. 상기 내용과 같이 영업권 평가대상 법인인 ○○○는 양도사업에 관한 허가․인가 등 법률상의 지위, 영업상의 비법, 신용 및 거래선 등 많은 영업상의 이점을 가지고 있는 회사로 향우 미래에 많은 이익을 창출 할 수 있는 가치가 있는 법인이다. 따라서 청구법인의 영업권은 회계법인에서 기업회계 기준에 따라 영업권가치 750,466천원으로 평가하였으므로 영업권과 관련된 감가상각비는 손금으로 인정되어야 한다.

청구법인은 쟁점영업권 평가시 회계법인에 제출하였던 추정 매출자료의 구체적 산정근거를 제시하지 못하고 있고, 심사청구 과정에서 제시하고 있는 회계법인의 감정평가액도 사후에 작성하는 등 실제 객관적인 영업권 평가라고 볼 수 없으므로 상증법상 평가액(“0”원)을 시가로 적용함이 타당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 특수관계법인인 ○○○로부터 취득한 쟁점영업권의 평가액이 적정한지 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

② 제1항 본문에도 불구하고 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조제1항제1호에 따른 회계처리기준(이하 "국제회계기준"이라 한다)을 적용하는 내국법인이 보유한 고정자산 중 유형고정자산과 대통령령으로 정하는 내용연수가 비한정인 무형고정자산의 감가상각비는 개별 자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 금액이 제1항에 따라 손금에 산입한 금액보다 큰 경우 그 차액의 범위에서 추가로 손금에 산입할 수 있다.

1. 2013년 12월 31일 이전 취득분: 국제회계기준을 적용하지 아니하고 종전의 방식에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 경우 제1항 본문에 따라 손금에 산입할 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "종전감가상각비"라 한다)

2. 2014년 1월 1일 이후 취득분: 기획재정부령으로 정하는 기준내용연수를 적용하여 계산한 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "기준감가상각비"라 한다)

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리, 국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

• 가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권 3) 법인세법 시행규칙 제12조 【감가상각자산의 범위】 (2015.03.13. 개정되기 전의 것)

① 영 제24조제1항제2호가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금ㆍ입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등 4) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 6) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제1항제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 7) 상속세 및 증여세법 제64조 【무체재산권의 가액】 무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상의 감가상각비를 뺀 금액

2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액 8) 상속세 및 증여세법 시행령 제59조 【무체재산권의 평가】

② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)]

③ 제2항을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조제1항 및 제2항을 준용하여 평가한다. 이 경우 같은 조 제1항 중 "1주당 순손익액"과 같은 조 제2항 중 "1주당 추정이익"은 "순손익액"으로 본다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액중 많은 금액으로 한다.

1. 사업소득금액 ÷ 소득세법 시행령 제165조제10항제1호 에서 규정하는 자기자본이익률

2. 수입금액 ÷ 소득세법 시행령 제165조제10항제2호 에서 규정하는 자기자본회전율 9) 소득세법 시행령 제165조 【토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정】

⑩ 제8항제2호의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 양도자가 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액 중 많은 금액으로 한다.

1. 사업소득금액 / 기획재정부령이 정하는 자기자본이익률

2. 수입금액 / 기획재정부령이 정하는 자기자본회전율 10) 소득세법 시행규칙 제81조 【토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정】

⑥ 영 제165조제10항제1호 및 제2호에 규정하는 자기자본이익률 및 자기자본회전율은 한국은행이 업종별, 규모별로 발표한 자기자본이익률 및 자기자본회전율을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 국세청 전산자료에서 확인되는 청구법인과 ‘○○○’의 사업자등록 현황은 다음과 같다.

• 가) 청구법인

○ 개업: 2007.6.1. ○ 업태: 식품제조․가공 ○ 종목: 조미식품

• 나) ○○○

○ 개업: 2008.4.22. ○ 업태: 도매․중개 ○ 종목: 프랜차이즈

2. 국세청 전산자료에서 확인되는 청구법인과 ‘○○○’의 법인세 신고내용은 다음과 같다.

• 가) 청구법인 (단위: 백만원) 연도 2015 2014 2013 2012 2011 2010 수입금액 7,488 9,066 11,800 15,312 16,201 14,237 과세표준 17 181 -71 554 804 146
• 나) ○○○ (단위: 백만원) 연도 2010 2009 2008 수입금액 994 271 152 과세표준 -520 -93 -132

3. 국세청 전산자료에서 확인되는 2010.12.31. 현재 청구법인 및 ‘○○○’의 주주현황은 다음과 같다.

• 가) 청구법인: 김HH 94,000주(94%), 고SH(김HH의 배우자) 6,000주(6%)
• 나) 푸 디 노: 김HH 9,000주(90%), 고SH(김HH의 배우자) 1,000주(10%) ※ 위 사항은 2011.3.31.(양도양수 계약일)까지 변동 없음

4. 처분청은 법인세 조사 시 청구법인의 대표이사 김HH이 작성하였다는 사실확인서를 제시하고 있으며, 사실확인서에는 “경기도 광주시 CH읍 SSS리 74번지 소재 청구 법인의 대표자로서 법인세 조사와 관련하여 2011사업연도∼2013사업연도 법인세 신고 시

○○○의 사업 부분 인수 영업권 754,037,955원을 과대 계상하였음을 확인합니다.”라 는 내용이 기재되어 있다.

5. 2011.3.25. 청구법인과 ○○○ 사이 작성된 “사업 포괄 양도․양수 계약서” 내용은 아래와 같이 확인된다. ============================================================== 본 계약은 “갑”이 경영하고 있는 서울시 송파구 gg동 20-5번지에 소재하 는 ‘○

○○’의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 “을”과 포괄적으로 양도 및 양수함에 관한 계약을 체결한다. 제2조(양수․양도방법) “갑”은 부가가치세법 제6조 제6항 의 규정에 의한 사업양도 에 따른 부가가치세를 면제받기 위하여 2011.3.31. 현재 평가한 사업용 자산총액과 부채총액을 일금 삼천만원(￦30,000,000)을 대가로 하여 “을”에 게 사업 일체를 포괄적으로 양도한

• 다. 제3조(자산․부채의 평가) “을”은 “갑”이 제출한 2011.3.31. 현재의 대차대조표를 확인 한 후 특별한 사정이 없는 한 양수할 자산과 부채(별지 참조)를 장부가액대 로 평가한 금액으로 한다. 제10조(기타) 본 계약에서 정하지 않은 사항은 “갑”과 “을” 쌍방 협의에 의하여 정하기로 한다.

2011. 3. 25. “갑” ○○○, “을” 청구법인 =============================================================

6. 청구법인이 제시한 상표 및 서비스표 등록 내용은 다음과 같다. 종 류 번 호 발명의 명칭 특허(상표․ 서비스표)권자 발명자 등록증명일 특허증 특허 제10- 104**호 강정 소스 조성물과 그 강정 소스 제조 방법 청구법인 김HH 2011.6.9. 특허증 특허 제10- 101호 닭 자동 절단 장치 청구법인 김HH 2011.2.1. 상표등록증 등록 제40- 075호 김HH 2008.7.22. 서비스표 등록증 등록 제41- 016**호 김HH 2009.5.13.

7. 조사청은 “영업권가치 평가보고서”의 당초 보고서와 수정된 보고서를 제시하고 있다. * DD회계법인은 위 평가보고서의 한계에 대하여 “영업권 가치 산정을 위한 미래 추정재무제표는 회사가 제시한 영업권 가치 산정 자료상의 추정 매출액 등 추정자료 및 과거 결산서 등을 이용하였으며, 이용된 추정자료가 향후 기업 상황을 설명하는데 있어서 적합하다는 가정 하에 자료를 이용하였고, 따라서 회사 제시 추정매출액 등 이용된 자료에 변동이 생기는 경우 영업권 가치 산정 결과는 달라 질 수 있다.”는 의견을 제시하였음

8. 청구법인의 영업권 관련하여 다음과 같이 회계처리하였음이 확인된다. (일자: 2011.4.1.) 계정과목 적 요 금 액 차 변 대 변 영업권 영업권 754,037,955 미지급금 물품대 31,643,007 미지급금 직원급여 52,747,600 선수금 선수금 66,850,000 가수금 대표이사 가수금 477,133,528 예수보증금 보증금 30,000,000 퇴직급여충당금 직원 퇴직급여 62,990,149 미지급금 계약금 30,000,000 예수금 기타 예수금 등 2,673,671

9. 이 건과 관련한 처분청 의견의 요지는 아래와 같다.

• 가) 청구법인은 2008.04.22. 신설된 특수관계법인인 ○○○에게 프랜차이즈 사업을 양도하면서 별도의 영업권 대가를 받은 사실이 없으며, 2011.04.01. ○○○로부터 프랜차이즈 사업을 재차 양수하는 과정에서 영업권을 754,037천원으로 평가하여 2011.03.25. 사업포괄양수도 계약을 체결하였으며, 붙임 사업포괄양수도 계약서와 같이 2011.03.31. 현재 평가한 사업용 자산총액과 부채총액을 제외한 30,000천원을 대가로 하여 청구법인에게 사업 일체를 포괄적으로 양도하였다.
• 나) ○○○는 계속(3년간) 결손 법인으로서 법인세를 납부한 사실이 없으며, DD회계법인에서 감정평가한 가액 1,296,062천원이 아닌 장부상 영업권 평가액 754,037천원으로 계상한 사실이 확인되어 청구법인 및 DD회계법인 담당자에게 질문하였으나 구체적인 답변을 회피하였다.
• 다) DD회계법인은 붙임 영업권가치 평가보고서와 같이 ○○○의 영업권 가치를 평 가함에 있어서 회사가 제시한 추정자료를 바탕으로 ‘현금흐름할인법’을 사용하여 평가한 것으로 확인됨에 따라, ○○○에 대한 세무조사 과정에서 당초 영업권 평가와 관련된 구체적인 추정 매출자료를 요구하였으나 조사종결 시까지 제출하지 않았다. 또한 청구법인이 제시한 영업권 가치산정에 사용된 추정 매출액 등 추정자료가 영업권 가치산정을 위한 미래 추정 재무제표를 작성하는데 중요한 자료임에도 청구법인은 객관적인 영업권의 산정근거를 제시하지 못하였다.
• 라) 청구법인은 심사청구 과정에서 쟁점영업권을 인정하여야 한다고 주장하면서 영업권가치 평가보고서(○○○의 영업권 평가액 750,466천원)를 제출하였으나, 당초 법인에 대한 세무조사 시 확보한 영업권가치 평가보고서상의 내용(○○○의 영업권 평 가액 1,296,062천원)과는 서로 다른 것으로 확인되는바, 이는 심사청구 과정에서 영업 권가치 평가 보고서를 재작성한 것으로 확인된다.
• 마) 세무조사 과정에서 청구법인의 실제 매출액 내역과 영업권 평가서상 재무제표 추정관련 추정 영업이익을 비교 검토한바, 아래 표와 같이 가맹점 매출 등이 매우 저조한 것으로 확인되어 영업권 평가시 청구법인이 제출하였던 구체적인 추정 매출자료를 요구하였으나, 조사종결시까지 제출하지 않았다. 추정매출과 실제매출이 크게 차이가 나는 것으로 보아 영업권 가치를 높게 평가하기 위하여 매출을 높게 추정한 것으로 판단되므로 객관적인 평가로 보기 어렵다. < 실제 매출액과 추정매출액의 비교 > (단위: 천원) 구 분 2011년 2012년 2013년 합계액 비고 Ⅰ. 추정매출액 1,223,000 1,257,650 1,320,533 3,801,183 가맹점매출 350,000 350,000 367,500 1,067,500 수수료매출 693,000 727,650 764,033 2,184,683 내부거래 교육비매출 120,000 120,000 126,000 366,000 주방기기매출 60,000 60,000 63,000 183,000 Ⅱ. 추정매출액 530,000 530,000 556,500 1,616,500 내부거래 제외 Ⅲ. 실제매출액 115,322 92,200 62,623 270,145 Ⅳ. 비율(Ⅲ÷Ⅱ) 21.8% 17.4% 11.2% 16.7% 실제 매출액: 청구법인 매출 중 가맹점매출․교육비매출․주방기기매출 금액
• 바) 위 내용과 같이 회계법인에게 제출하였던 추정매출자료의 산정근거를 제시하지 못하고 있고, 심사청구시 제시하고 있는 회계법인의 감정평가액도 사후에 작성하는 등 실제 객관적인 영업권 평가라고 볼 수 없으므로 상증법상 평가액을 시가로 보아 영업권의 감가상각비를 손금불산입함이 타당하다.

10. 청구주장의 요지를 정리하면 아래와 같다.

• 가) 청구법인은 제조업(식육류등 가공업) 영위 법인으로, 2011.3.31.자로 프랜차이즈 사업을 영위중인 ‘○○○’로부터 동 사업을 인수하면서 사업과 관련된 인․허가, 브랜드, 영업상 비밀 등 영업권을 외부 회계법인인 ‘DD회계법인’으로부터 별도 평가 의뢰하여 754,037,955원으로 인수한 사실이 있다.
• 나) 청구법인은 2001년부터 개인사업으로 식육가공을 하다가 2007.6월 법인 전환하였으나 위탁생산 및 물류대행으로 매출이 한정된 상태였으며, ‘○○○’는 2008.4월 설립하여 가맹점 사업(“ NN이 MMMM”)을 시작하여 32개월만에 가맹점 251개를 개설 한 프랜차이즈 사업을 주업으로 하는 법인으로, 매출액은 가맹비 매출, 수수료 매출, 주방기기(인테리어) 매출, 교육 매출 등이다. 다) 청구법인은 매출 증대와 사업 다각화를 위하여 프랜차이즈를 직접 운영하기 위해 ‘○○○’의 프랜차이즈 매출과 사업 운영에 관한 슈퍼바이저, 영업, 마케팅 및 전산 인력에 대한 평가를 하게 되었다.
• 라) 회계법인은 향후 5개연도의 추정 재무제표 등을 근거로 DCF평가방법에 따라 영업권을 750,466천원으로 평가하였다.
• 마) 조사청은 상속세 및 증여세법 시행령 제59조 【무체재산권 등의 평가】에 의거 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산하여 평가액이 “0원”이라고 하나, 쟁점영업 권 평가대상 법인인 “○○○”는 개업 후 약 3년 경과한 신설법인으로 사업초기 매출은 발 생하지 않고 시설 투자비용만 발생하는 등 이월결손금이 많은 관계로 위 산식에 따 른 평가는 부적정한 것이다.
• 바) “○○○”는 “ NN이 MMMM” 라는 닭강정 체인점에 관한 신제품 개발 및 연구, 가맹점주 교육업무, 특정한 조사용역 및 정보 제공에 강점이 있는 회사이며, 이런 노하우를 바탕으로 과거 2008년∼2010년 3년간 평균 84개(2008년 40개, 2009년 134개, 2010년 77개) 가맹점을 개설하였고, 청구법인이 영업권을 양수한 2011년에는 72개의 가맹점 개설을 하여 창사 이래 최고의 매출이 발생하였다. 또한 “○○○”는 신규 점포 개설 마케팅, 점포 디자인, 홈페이지 관리 및 교육 등에 많은 노하우를 가지고 있었으며, 제품 종류별 튀기는 방법 및 포장, 배달 등에도 차별화․전문화된 교육인력을 확보하여 운영하고 있었다.
• 사) 상기 내용과 같이 “○○○”는 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 많은 영업상의 이점을 가지고 있는 회사로 향후 미래에 많은 이익을 창출할 수 있는 가치가 있는 법인이다. 따라서 청구법인은 세무 전문 지식이 부족해 회계법인에 영업권 평가를 의뢰하게 되었고 회계법인은 기업회계 기준에 따라 영업권 가치를 750백만원으로 평가한 것이므로, 쟁점영업권으로 계상한 금액은 세법 및 기업회계 관행에 따라 계상한 것으로서 적절한 평가방법에 의해 결정되었음에도 이에 대한 검증 없이 영업권에 대한 감가상각비를 부인한 것은 실질과세 원칙, 세법의 고정자산에 대한 취득가액 등 규정을 잘못 적용한 것이다.
• 아) 영업권 평가금액인 754백만원은 2012.2월경 2011사업연도 법인결산 시 이미 재작성되어 2011사업연도에 반영되었으며, 조사 시점은 2015.4월경으로 사후에 재작 성 되었다는 것은 부당하다. 조사청은 영업권 추정자료를 제출하지 않았다고 주장하나, 영업권 평가보고서에 의하면, 매출 및 원가추정에 대하여 과거 점포수 증가를 반영한 수수료매출․주방기기매출 및 원가 추정 등에 대한 구체적인 추정치를 제시하였다.
• 자) 당초 평가금액인 1,296백만원과 수정금액인 750백만원의 차이발생 사유는 수수료매출 중 2011년 기준금액 변경에 따른 차이이며, 이외에 항목은 전혀 변경된 사실이 없다. 수수료매출은 신규 점포 개설 관련 마켓팅, 점포 디자인, 기존 가맹점 관련 홈페이지 관리, 기존 가맹점 관리 및 교육 등에 대하여 포괄적인 용역을 제공하면서 발생되는 매출이다. (당초) 과목 2011년 2012년 2013년 2014년 2015년 수수료매출 693,000 727,650 764,033 802,234 842,346 2010년 이후 매년 5%p 증가하는 것으로 추정 (수정) 과목 2011년 2012년 2013년 2014년 2015년 수수료매출 646,000 678,300 712,215 747,825 785,217 증감 -47,000 -49,350 -51,818 -54,409 57,129 2011년 이후 매년 5%p 증가하는 것으로 추정
• 차) 2010년도에 수수료 매출액이 660,000천원 발생되었고, 2011년 이후부터는 매년 발생금액의 5%씩 증가되는 것으로 추정하였으나, 실제로 영업권 산정보고서 발행시점(2011년 4월)에 실제 발생한 수수료 매출의 감소 및 영업환경의 경쟁치열(점포 디자인 비용감소)등을 고려하지 못한 점을 추가로 반영하여 2011년도 수수료 매출 발생금액을 47백만원 감소하여 추정하였으며, 2012년부터는 매년 5%씩 성장하는 것으로 추정하였다.
• 카) 영업권은 평가시점에 과거의 데이터를 가지고 향후 미래의 초과수익력을 평가함에도 조사청은 평가시점 이후 실제매출액이 크게 차이가 나는 점을 들어 인위적으로 영업권 가치를 높였다는 주장은 부당하다. 또한 일부 추정치의 변경 등으로 인한 평가금액의 적정성은 차치하고라도 전혀 영업권 가치가 없다는 평가금액이 “0원”이라는 조사청의 처분은 부당하다.
• 라. 판단 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 거래형식을 취함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정될 때에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것이다(대법원2005두14257, 2007.12.13., 대법원2006두19143, 2009.2.12. 같은 뜻). 아울러, 법인세법 제23조제2항 및 동법 시행령 제24조제1항제2호가목에서는 ‘영업권’을 감가상각자산의 하나로 규정하고 있고, 동법 시행규칙 제12조제1항제1호는 위 영업권에 ‘사업의 양도․양수과정에서 양도․양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가․인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용․명성․거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액’이 포함되는 것으로 규정하고 있다(대법원2006두2558, 2008.09.11. 참조). 한편, 영업권은 그 기업의 전통, 사회적 신용, 그 입지조건, 특수한 제조기술 또는 특수거래관계의 존재 등을 비롯하여 제조판매의 독점성 등으로 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 말하는 것인바(대법원84누281, 1985.4.23., 대법원2006두19143, 2009.2.12. 같은 뜻), 위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 수정된 ‘평가보고서’상 영업권은 750,466천원이나, 청구법인이 2011사업연도 대차대조표에 반영한 영업권은 754,037,955원으로 금액이 서로 일치하지 아니한 점, 청구법인이 이 건 청구에서 쟁점영업권을 인정하여야 한다고 주장하며 ‘영업권가치 평가보고서’(○○○의 영업권 평가액 750,466천원)를 제출하였으나, 세무조사 시 제출한 “영업권가치 평가보고서”상의 내용(○○○의 영업권 평가액 1,296,062천원)과는 서로 상이한 것으로 확인되어 평가의 객관성과 합리성이 떨어진다고 보이는 점, 쟁점영업권 평가보고서상 추정 매출액과 실제 매출액에서 상당한 차이를 보이는 점, 그리고 ○○○는 최초 사업연도인 2008사업연도부터 2010사업연도까지 계속하여 결손을 기록한 법인으로 영업권이라는 무형의 자산이 있다고 보기 어려운 점, “○○○”의 영업권 가치를 평가함에 있어 쟁점영업권 평가 회계법인이 회사가 제시한 추정자료를 바탕으로 ‘현금흐름할인법’으로 평가하였다고 하여 조사청이 세무조사 시 당초 영업권 평가와 관련한 추정 매출자료 산정 근거를 요구하였음에도 조사종결 시까지 제출하지 않았으며, 이 건 심리기간 중에도 추정 매출자료의 객관적인 산출 근거를 제시하지 못하므로 쟁점영업권 평가의 공정성이 의심된다고 보이는 점 등을 종합하여 판단할 때 처분청의 이 건 처분에 달리 잘못이 있다고 보기 어렵다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.