중소기업에 해당하지 않으므로 중소기업유예기간 적용배제는 적법함

이건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 터치패널 제조업체로서 2009년에 최초로 매출액이 1,000억원을 초과하여 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 따라 그 사유가 발생한 날이 속하는 2009과세연도부터 2012과세연도까지 중소기업유예 중에 있는 법인으로 2012과세연도 법인세 신고 시 중소기업관련 세액공제 및 감면을 적용하여 산출세액 1,194,253,667원중 515,828,280원을 총 부담세액으로 신고하였다.
• 나. OO지방국세청장은 청구법인이 청구외 ㈜OO전자의 주식 100%를 소유함으로써 청구법인과 청구외 ㈜OO전자는 관계회사에 해당하고 매출액이 중소기업 졸업기준에 해당되어 독립성 요건에 위배됨에도 중소기업대상 조세특례인 사업전환중소기업세액 감면과 연구인력개발비 세액공제를 중소기업 수준으로 과다 공제받았다하여 수정신고 안내를 하였고, 청구법인은 이에 따라 2013.8.14. 2012사업연도 법인세 633,860,276원을 수정신고 납부하였다.
• 다. 청구법인은 2009년에 매출액이 최초로 1,000억원을 초과하여 그 사유가 발생한 날이 속한 과세연도와 그 다음 3개 과세연도(2010.1.1∼ 2012.12.31.)까지 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이므로 2012사업연도 법인세 신고 당시 중소기업에 해당한다고 보아 2015.8. 24. 2012사업연도 법인세 수정신고 납부분에 대하여 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 라. 처분청은 청구법인과 청구외 ㈜OO전자는 중소기업기본법 시행령제2조 제3호에 따른 관계회사에 해당하고, 2012.1.1. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호의 시행으로 2012.1.1. 이후 개시되는 과세연도부터는 관계회사와의 매출액 합계액이 규모기준(1,000억원)을 초과하는 경우, 매출액이 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않고, 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합하지 않다고 보아 2015.10.23. 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 2009사업연도 매출액이 1,000억원을 초과하여 조특법 시행령 제2조의 규정에 따라 2009사업연도부터 이미 중소기업 유예기간이 적용되고 있었으므로 2012년도부터 도입된 관계회사 제도를 적용하여 중소기업 유예기간을 실효 시킬 수는 없다.

2012.1.1. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호의 시행으로 2012.1.1. 개시하는 과세연도에 관계회사와의 매출액 및 자기자본 합계액이 규모기준을 초과하는 경우 중소기업에 해당하지 아니하게 되고, 독립성 기준에 위배되는 경우에는 중소기업유예기간을 적용할 수 없는바, 중소기업 적용 유예기간 중중소기업기본법제2조에 따른 관계기업에 해당된다 하여 경청청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 중소기업 적용 유예기간 중 관계기업에 해당하는 것으로 보아 중소기업 유예기간의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

○ 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

• 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
• 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 사회적기업 육성법 제2조 제1호 에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 중소기업협동조합법이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기업협동조합이나 그 밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다.

○ 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제3조【중소기업의 범위】

① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

○ 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 부칙(대통령령 제23412호, 2011.12.28.) 제1조【시행일】 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다. 제3조【중소기업의 범위에 관한 경과조치】 이 영 시행당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2012년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 터치패널 제조업을 영위하고 있는 법인으로서 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 본문에 따른 중소기업에 해당하는 업종을 영위하고 있고, 청구법인과 청구외 ㈜OO전자의 2009∼2012사업연도 매출액과 자기자본 등은 아래와 같다. (억원) 구 분 ’09사업연도 ’10사업연도 ’11사업연도 ’12사업연도 규모 상한 기준 청구 법인 OO전자 합산 청구 법인 OO전자 합산 청구 법인 OO전자 합산 청구 법인 OO전자 합산 종업 원수 188

• 188 202

• 202 483 62 545 476 80 556 1,000 자기 자본 371 1.9 372.9 879 1.8 880.8 1,000 60 1,060 1,050 77 1,127 1,000 매출액 1,192 0 1,192 2,385 0.6 2,385.6 2,341 23 2,364 1,820 149 1,969 1,000 자산 총액 1,200 2.2 1,202.2 2,427 2 2,429 2,581 108.8 2,689.8 3,092 309 3,401 5,000

2. 청구법인은 2009년도 매출액이 1,192억원으로, 중소기업 해당 매출액 기준 1,000억원을 초과하였다.

3. 청구법인은 2009.10.5.부터 강화글라스 제조업을 영위하는 (주)OO전자의 발행주식 100%를 보유하고 있다.

4. 청구법인은 2013.3.31. 2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서, 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 [중소기업 제외 사유가 발생한 날이 속한 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지(2009.1.1.부터 2012.12.31.) 중소기업 적용]에 따라, 중소기업에 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제 449,365,609원(조세특례제한법 제10조), 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 222,553,986원(조세특례제한법 제33조 의 2)을 적용하였다.

• 라. 판단 청구법인은 2009사업연도 매출액이 1,000억원 이상으로 2010년부터 3년간은 중소기업으로 보는 유예 중인 기업에 해당되나, 2012.1.1.부터는 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 단서에 따라 중소기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 않는 것인바(조심2014중0588, 2014.7.29. 등 참조), 청구법인과 청구법인의 100%자회사인 청구외 ㈜OO전자의 2012사업연도 매출과 자기자본 합계액은 모두 중소기업기준인 1천억원을 초과하여 2012.1.1.부터는 조세특례제한법상 중소기업 및 중소기업 유예기업에 해당되지 아니한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 2012사업연도에 대하여 중소기업 유예 규정을 적용받을 수 없다 하여 청구법인의 경청청구를 거부한 것은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.