2014사업연도에는 조특법상 관계기업의 졸업유예 규정을 적용할 수 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구법인은 침구 및 관련제품 판매업체로 2014사업년도에 관계기업에 있던 ㈜○○○ 주식을 추가 취득하여 사업연도 종료일 현재 76.22%를 소유하게 되었으며, 청구법인의 매출액 961억원과 ㈜○○○ 매출액 100억원을 합하여 1,061억원이 됨에 따라 일반기업을 기준으로 하여 “연구 및 인력개발 세액공 제” 및 “접대비 한도액”을 계산하여 2014사업연도 법인세를 신고하였다가, 2015.6.29. 2014사업연도에 청구법인이 중소기업에 해당한다고 보아 “연구 및 인력개발 세액공제” 및 “접대비 한도액”을 재계산하여 2014사업연도 법인세 214,589,725원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 나. 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토하여 중소기업 판단시 기업군내 출자 비율에 따라 매출액을 합산한 결과 1,000억원 이상으로 유예적용 없이 일반기업에 해당한 것으로 판단하여 2015.7.6. 경정청구 거부 통지를 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 중소기업기본법상의 중소기업의 범위와 조세특례제한법에서 정하는 중소기 업의 범위가 그 발생과 적용범위가 다를 수 있다는 것은 인정하나, 중소기업의 범위에 대해서는 중소기업기본법이 먼저 개정되면 그에 따른 후속 조치로 동 질성의 조세특례제한법을 개정 반영하는 특징이 있는 것으로, 2014년도부터 시행중인 중소기업기본법상 관계기업에 대한 중소기업의 범위에 대한 동일한 내용을 기획재정부가 2014.8.6.일 개정 반영 예고하였지만 2015.2.3.에서야 개정되었고 그 시행시기도 2015사업연도부터 적용하도록 함에 따라 청구법인과 같이 관계기업에 투자한 중소기업 범위가 2014년도에 한해서 조세특례제한법상 중소기업에서 배제되는 문제점이 발생하게 되었다. 일시적으로 규모가 증대된다고 하여 중소기업에 대한 혜택을 모두 박탈하는 결과가 되면 국세기본법 제18조 제1항 이 규정하고 있는 “과세의 형평”과 “해당 조항의 합목적성”에 위배되는 것으로 볼 수 있음으로 중소기업요건이 해제되는 그 시행일부터 3년간 그 기업을 중소기업으로 보도록 하는 “중소기업졸업요 건”에 대해서도 청구법인에게 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2014사업연도 중 관계기업에 해당하는 ㈜○○○ 주식을 추가로 취득함에 따라 사업연도 종료일 현재 청구법인과 ㈜○○○ 매출액의 합계가 1,000억원을 초과하게 되었더라도 2013.10.16. 중소기업기본법의 개정에 따라 중소기업 졸업사유가 발생한 연도의 다음연도부터 3년간 중소기업 으로 보아야 한다고 주장하나, 조세특례제한법상 관계기업에 대한 유예적용이 2 015.2.3. 개정되었고, 그 적용시기가 2015.1.1부터이므로 조세특례제한법상 2014사업연도에는 청구법인이 중소기업에 해당되지 아니하여 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2014사업연도에 조세특례제한법상 중소기업에 해당 여부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 2) 법인세법 제25조 【 접대비의 손금불산입 】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 1천200만원[대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 1천800만원(2016년 12월 31일이 속하는 사업연도까지는 2천400만원)]에 해당 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액

2. 해당 사업연도의 수입금액에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액. 다만, 제52조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에서 발생한 수입금액에 대하여는 그 수입금액에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다. 3) 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 ⑴ 중소기업인 경우: 100분의 25 ⑵ 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 4) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수・폐기물 처리(재활용을 포함한다)・원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상・오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍・시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 도시가스사업법 제2조제4호 에 따른 일반도시가스사업, 무형재산권 임대업(지식재산 기본법 제3조제1호 에 따른 지식재산을 임대하는 경우로 한정한다), 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제2조제4호 나목에 따른 연구개발지원업, 개인 간병인 및 유사 서비스업, 사회교육시설, 직원훈련기관, 기타 기술 및 직업훈련 학원, 도서관・사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・자본금・매출액・자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 5) 조세특례제한법 시행령 부칙

○ 제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조제1항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다. 6) 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

• 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
• 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

② 생략

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. 6) 중소기업기본법 시행령 제3조 (중소기업의 범위)

① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조제1항 에 따른 상호출자제한 기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조제2항 을 준용한다. ⑴ 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원 ⑵ 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업 7) 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】 법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. <개정 2013.10.16.>

1. 2. 생략

3. 중소기업이 제3조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 중소기업이 다른 중소기업의 주식등을 소유하여 제3조제1항제2호다목에 해당하는 경우는 제외한다. 8) 중소기업기본법 시행령 부칙 <대통령령 제24799호, 2013.10.16>

○ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제9조제4호 단서의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다.

○ 제2조(중소기업으로 보는 사유에 관한 적용례)

① 제9조제4호 단서의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 당시 제3조제1항제2호다목에 해당하여 중소기업의 범위에서 제외된 기업에 대해서도 적용한다.

9. 조 세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)

② (본문 생략) 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.30., 2015.2.3>

3. 제1항제3호(중소기업기본법 시행령제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우 9-1) 조세특례제한법 시행령 부칙 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) (2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.
• 가) 청구법인은 침구류 및 관련제품을 판매하는 법인으로, 2014사업연도에 기존 중소기업기본법 시행령 제2조제3호 가 규정한 ‘관계기업’에 속하던 ㈜○○○ 주식을 추가로 취득하여 사업연도 종료일 현재 지분율 76.22%를 소유하게 되었다.
• 나) 2014사업연도 청구법인의 매출액은 961억원이고, ㈜○○○의 매출 액은 100억원으로, 청구법인과 ㈜○○○의 매출액을 합산(관계기업에 속하는 기업들은 상호간에 지분비율이 50%이상이면 매출액의 100%을 합산하고, 50%미만이면 그 비율만큼 합산)하면 1,061억원이 되어 2014사업연도에 조세특례제한법상 중소기업을 졸업하게 되었다.

2. 2010년부터 2015년까지 중소기업의 범위에 대한 중소기업기본법 및 조세특례제한법 등의 개정내용은 다음과 같다.

• 가) 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 ‘ 조세특례제한법 시행령제2조 제1항제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조제2호다목의 부분만 해 당한다) 및 후단’은 “ 중소기업기본법 시행령이 개정(2009.3.25)되어 중소기업 규모 ․졸업기준 판단시 매출액을 관계회사 간 합산하여 계산하도록 변경됨에 따라 조세특례제한법상 중소기업 규모․졸업기준 판단시에도 매출액을 관계회사 간 합산하여 계산하도록 하여 중소기업 범위에 대한 일관성을 유지”하기 위해 개정된 것으로 2012.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하였고, 같은 법 시행령 제2조제2항단서 및 제3호는 “같은 법 시행령 제2조제1항제3호에 따른 관계회사 간 매출액 합산액이 졸업기준에 해당하는 경우 유예기간적용을 배제”하도록 하고 있다.
• 나) 2013.10.16. 대통령령 제24799호로 개정된 중소기업기본법 시행령 제9조제4호 단서에서 중소기업이 다른 중소기업의 주식등을 소유하여 중소기업에 해당되지 아니한 경우에도 3년 동안은 중소기업으로 보도록 하였고, 이를 되어 2014.1.1부터 시행하였으나, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령제2조제2항제3호에서 2013.10.16. 대통령령 제24799호로 개정된 중소기업기본법 시행령 제9조제4호 단서규정을 반영하여 2015.1.1.부터 적용하도록 하였다.
• 라. 판단 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세를 부과하지 않거나 경감 시키는 법률조항은 국민의 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 것과는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정되므로, 입법자는 그 입법의 목적, 수혜자의 상황, 국가예산 등 제반사항을 고려하여 그에 합당하다고 스스로 판단하는 내용의 입법을 할 권한이 있고, 그렇게 제정된 법률은 그 내용이 현저하게 합리성이 결여되어 있는 것이 아닌 한 헌법에 위반된다고 할 수 없는 것으로(헌재2006현바71, 2007.4.26., 현재98헌바14, 1999.7.22. 참조), 중소기업기본법 및 조세특례제한법 시행령상의 중소기업 유예배제규정 개정내용에 따르면, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 ‘조세특 례제한법 시행령제2조제1항제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정’은 중소기업기본법 시행령이 개정(2009.3.25)되어 중소기업 규모․졸업기준 판단시 관계회사간 합산하여 계산 하도록 변경됨에 따라 조세특례제한법상 중소기업 규모․졸업기준 판단시에도 관계회사간 합산하여 계산하도록 하여 중소기업 범위에 대한 일관성을 유지하기 위해 개정된 것으로, 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하였다가, 2013.8.16. 대통령령 제24799호로 개정된 중소기업기본 법 시행령 제9조제4호 단서에서 중소기업이 다른 중소기업의 주식등을 소유하여 중소기업에 해당되지 아니한 경우에도 3년 동안은 중소기업으로 보 도록 함에 따라 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 조세특례제한법 시행령제2조제2항을 개정하여 관계기업도 비관계기업과 동일하게 졸업 유예기간을 적용하여 기업 간 형평을 제고하였으며 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생하는 경우부터 적용하도록 하였는바, 청구법인이 2014사업연도에 ㈜○○○의 유상증자에 참여하여 2014 사업연도 종료일 현재 지분율 76.22%를 소유하게 되었고, 청구법인과 ㈜○○○ 매출액을 합하면 1,061억원으로, 조세특례제한법상 2014사업연도에 청구법 인은 중소기업을 졸업하게 되어 조사청이 청구법인에게 한 경정청구 거부통지는 달리 잘못이 없어 보인다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.