2010.12.30. 중소기업 규모·졸업기준 판단시 매출액을 관계회사 간 합산하여 계산하도록 개정된 규정을 적용함에 있어, 매출액은 관계기업에 속한 개별기업의 각각의 손익계산서상 매출액을 기준으로 판단하여야 하는 것임
2010.12.30. 중소기업 규모·졸업기준 판단시 매출액을 관계회사 간 합산하여 계산하도록 개정된 규정을 적용함에 있어, 매출액은 관계기업에 속한 개별기업의 각각의 손익계산서상 매출액을 기준으로 판단하여야 하는 것임
이 건 심사청구는 기각합니다.
가. 청구법인은 자동차 브레이크패드 및 브레이크라이닝 제조업체로 2011년 매출액이 1,000억원 이상이 되어 2011년 사업연도부터 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 중소기업 유예기간(2011년부터 2014년까지)에 해당하는 2012년 및 2013년 사업연도 법인세 신고시 연구인력개발비와 고용창출투자금액에 대하여 중소기업에 적용하는 공제율로 산정한 연구인력개발비세액 및 고용창출투자세액(이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 공제받았다. 나. 이후, 청구법인이 2011년 100% 출자하여 설립한 AAA렌탈㈜(이하 “자회사”라 한다)가 관계기업에 속하고, 청구법인과 자회사의 매출액의 합산액이 1,000억원 이상으로서 실질적 독립성 기준에 적합하지 않아 중소기업 유예기간 중 졸업기준에 해당하여 중소기업 외의 기업에 적용하는 공제율로 쟁점공제세액을 재산정하는 한편 기타 각 사업연도소득금액과 가산세를 재산정하여 2012년 사업연도 법인세 386,505,453원, 2013년 사업연도 법인세 412,788,005원, 합계 799,293,458원의 법인세를 2013.8.22. 수정신고․추가납부하였다. 다. 청구법인은 법인세 수정신고․추가납부한 것에 대하여 청구법인이 100% 출자한 자회사의 경우로서 매출액이 전액 내부거래일 경우 거래의 실질상 이익 또는 규모의 변화가 없으므로 중소기업 유예기간 중 졸업적용은 부당하다며 2015.2.25. 처분청에 경정청구하였으나, 처분청은 당초 수정신고․추가납부가 정당하다고 판단하여 2015.5.15. 경정청구 거부통지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.8.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.
청구법인은 자회사의 매출액을 합산하지 않은 매출액만으로도 이미 1,000억원 이상으로서 2014년 사업연도까지 중소기업 유예기간 중이었음에도 처분청은 청구법인에게 관계기업에 속하는 자회사가 존재한다고 하여 전액 청구법인에게 매출한 불과 2억원의 매출액을 단순 합산하여 1,000억원 이상이라고 하여 중소기업 유예기간 적용을 배제하였으나, 관계기업의 기본개념은 관계기업에 속한 기업들을 서로 독립된 기업이 아닌 하나의 기업으로 간주하는 것으로 하나의 기업으로서 청구법인에 대한 전액 내부거래인 자회사의 매출액을 제외하면, 남은 매출액은 결국 청구법인의 매출액에 불과하여 청구법인에게 실질상 규모의 변화가 전혀 없어 자회사의 매출액을 합산하여 이 건 중소기업 유예기간을 배제한 것은 부당하다. 또한, 실질상 규모의 변화가 없음에도 관계기업에 속하는 자회사가 존재한다는 이유만으로 자회사의 매출액까지 합산하여 중소기업 유예기간을 배제하는 것은 실질적으로 대기업 규모인 기업들을 중소기업에서 제외하고자 마련된 관계기업제도의 입법취지에 반한 것으로 헌법상의 과잉금지원칙, 조세법률주의(포괄위임입법 금지원칙)에 위배된 위법․부당한 처분이다.
청구법인과 자회사는 관계기업으로서 관계기업의 속하는 기업의 중소기업 여부 판단시 매출액을 계산하는 경우 지배․종속기업 간의 내부거래 금액을 제외한다는 별도의 규정이 없으므로 별개의 법인인 청구법인 및 자회사의 매출액을 합산하여 판단하여야 하고, 청구법인과 자사회의 매출액 합산액이 1,000억원 이상으로서 청구법인은 중소기업 졸업기준으로 명확하게 규정된 조세특례제한법 시행령제2조제1항3호의 실질적인 독립성 기준에 적합하지 않아 중소기업 유예기간 중 졸업기준에 해당한다.
① 관계회사 간 내부거래가 있는 경우 중소기업 유예기간 배제기준 매출액 합산시 내부거래인 자회사의 매출액을 제외하여 산정하는 것인지 여부
② 실질상 규모의 변화에 상관없이 관계기업에 속하는 자회사가 존재한다는 이유만으로 관계회사의 매출액을 합산하여 중소기업유예기간을 배제한 것이 실질적인 대기업 규모 기업들을 중소기업에서 제외하고자 마련된 관계기업제도의 입법취지지에 반하여 헌법상의 과잉금지원칙, 조세법률주의(포괄위임입법 금지원칙)에 위배된 위법․부당한 처분인지 여부
① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력개발비에 대해서만 적용한다. <개정 2011.12.31>
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구・인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 (이하 생략) 2) 조세특례제한법 제26조 【고용창출투자세액공제】 (2011.12.31. 법률 제11133호로 일부 개정된 것)
① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2011.12.31>
1. 기본공제금액: 해당 투자금액의 100분의 4(중소기업이 아닌 자가 수도권정비계획법 제6조제1항제2호 의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3)에 상당하는 금액
2. 추가공제금액: 해당 투자금액의 100분의 2(중소기업이 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3)에 상당하는 금액. (단서 생략) 3) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. <개정 2010.12.30>
1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령제3조제2호가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제2호다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.30>
3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액ㆍ자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. <개정 2008.2.29> 3-1) 조세특례제한법 시행령 부칙 제1조(시행일) (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2제2항 및 제108조제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조제1항제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. ※ 개정세법 해설내용 중소기업 규모․졸업기준 판단시 중소기업기본법상의 관계회사 기준 도입 (조세특례제한법 시행령 제2조제1항)
• 조세특례제한법상 중소기업 규모․졸업기준 판단시에도 관계회사 간 합산하여 계산하도록 하여 중소기업 범위에 대한 일관성 유지
□ 중소기업 규모․졸업기준 ◦ 규모기준 (조세특례제한법과 중 소기업기본법 동일) - 업종별 상시근로자수, 자본 금, 매출액 기준 규정 제조업의 경우 상시근로자 300 명미만 또는 자본금 80억원 이하 ◦ 졸업기준 (조세특례제한법) - 상시근로자수 1,000명 이상 - 자산총액 5,000억원 이상 - 자기자본 1,000억원 이상 - 매출액 1,000억원 이상 ※ 중기법상 중소기업 졸업기준 ▪ 상시근로자수 1,000명 이상 ▪ 자산총액 5,000억원 이상 ▪ 자기자본 500억원 이상(12년부 터 적용) ▪ 매출액 1,500억원 이상(12년부터 적용)
□ (좌 동) ◦ (좌 동) ◦ (좌 동) ◦ 중소기업 규모․졸업기준 판단 시 관계회사간 합산하여 계산 ※ 당해 과세연도의 매월 평균 상시 근로자수 및 과세연도 종료일의 자산 총액․자기자본․매출액을 기준으로 적용 다. 적용시기 및 적용례 ◦ 2012.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용 3-2) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】
(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정된 것)
④ 영 제2조제1항 각호외의 부분 단서 및 동항제1호에서 "매출액"이라 함은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 창업・분할・합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다. <신설 2001.3.28> 3-3) 국세기본법 제20조 【기업회계의 존중】 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다. 3-4) 일반기업회계기준 제4장 연결재무제표 (2009.11.27.) 연결재무제표 작성기업 4.2. 문단 4.3에서 정한 조건을 충족하는 경우를 제외하고 지배기업은 이 장에 따라 종속기업 투자를 연결한 연결재무제표를 작성한다. 연결재무제표는 지배기업의 모든 종속기업을 포함한다. 연결실체 내의 거래, 이와 관련된 잔액 및 수익과 비용의 제거 4.9. 수익, 비용 및 배당을 포함하는 연결실체 내의 거래와 잔액은 모두 제거한다. 재고자산이나 유형자산과 같이 자산에 인식되어 있는 연결실체의 내부거래에서 발생한 손익은 모두 제거한다.(단서 생략) 3-5) 중소기업기본법 시행령 제2조 【정의】 (2009.12.31. 대통령령 제21969호로 개정된 것) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2009.3.25>
3. "관계회사"란 개인 또는주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. (단서 생략) 3-6) 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】 (2009.12.31. 대통령령 제21969호로 개정된 것) 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. <개정 2009.3.25, 2009.11.19>
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업
① 지배 또는 종속의 관계란 기업 또는 개인이 해당 사업연도 말일 현재 다른 기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업 또는 개인(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다.
1. 지배기업, 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 발행주식 총수 또는 출자총액(이하 "주식등"이라 한다)의 100분의 50 이상을 소유하는 경우
① 제3조제1호에 따른 매출액은 외부감사대상기업은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말하고, 외부감사대상기업이 아닌 기업은 세법에 따라 작성한 회계장부에 기재된 매출액을 말한다. 3-9) 중소기업기본법 시행령 제7조의2 【관계회사의 상시근로자수등의 산정】 (2009.12.31. 대통령령 제21969호로 개정된 것)
① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. < 신설 2009.3.25. >
③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 3-10) 중소기업기본법 시행령 [별표 1] (2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준 (제3조제1항제1호 관련) 해 당 업 종 분류부호 규 모 기 준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억 원 이하 (이하 생략) 비고: 해당 업종의 분류 및 분류부호는통계법제22조에 따라 통계청장이 고시한 한 국표준산업분류에 따른다. 3-11) 중소기업기본법 시행령 [별표 2] (2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 관계기업의 상시근로자수등의 산정기준 (제7조의2 관련)
1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. 제2조제3호, 제3조제2호다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월 1일 4) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 (2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)
② (본문 생략) 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.30., 2015.2.3>
3. 제1항제3호(중소기업기본법 시행령제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우 4-1) 조세특례제한법 시행령 부칙 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) (2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다. ※ 개정세법 해설내용
○ 관계기업도 비관계기업과 동일하게 졸업 유예기간을 적용하여 기업 간 형평 제 고
- 나. 개정내용 종 전 개 정 ▢ 중소기업 요건 미충족시 유예기간을 적용하지 아니하는 사유
○ 다음의 기업과 합병하는 경우
• 중소기업 외의 기업
• 유예기간 중에 있는 기업
○ 독립성기준을 미충족한 경우
• 상호출자제한기업, 채무보증제한기업
• 자산총액 5천억원 이상인 법인이 30% 이상 출자(최다출자자)한 피출자기업
• 관계기업 과의 매출액 등 합산액이 졸업기준 에 해당하는 기업 지배(외부감사대상기업)․종속관계에 있 는 기업의 매출액 등을 합산하여 졸업기준 적 용 매출액 1천억원, 자산총액 5천억원, 상시 사 용 종업원수 1천명, 자기자본 1천억원 이상
○ 창업 후 2개 과세연도 내에 중소기업 기준을 초과하는 경우 ▢ 졸업 유예기간 적용대상 확대
○ (좌 동)
○ 관계기업은 졸업 유예기간 적용 (좌 동) <삭 제>
○ (좌 동)
- 다. 적용시기 및 적용례
○ 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생하는 경 우 부터 적용 5) 국세기본법 제55조 【불복】 (2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것)
① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. <개정 2010.1.1> 5-1) 대한민국헌법 제107조
① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.
② 명령・규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.
③ 재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다. 5-2) 헌법재판소법 제2조 【관장사항】 (2010.5.4. 법률 제10278호로 개정된 것) 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.
1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판
- 다. 사실관계
1. 청구법인이 중소기업 외의 기업으로 된 사업연도와 중소기업 유예기간 청구법인의 법인세 신고시 첨부한 ‘중소기업 등 기준검토표’에 의하면, 청구법인의 매출액이 2011년 사업연도에 1,116억원이 됨에 따라 최초로 1,000억원 이상으로서 중소기업 외의 기업이 되었고, 이로써 중소기업 유예기간은 2011년 사업연도 및 2012년부터 2014년 사업연도까지이다.
2. 청구법인의 중소기업 졸업기준 해당 사업연도
- 가) 청구법인의 자(子)회사 설립과 관계기업 소속 국세통합전산망(NTIS)에 의하면, 청구법인의 자회사는 2011.11.14. 자본금 9억원으로 설립되었던바, 청구법인이 자회사의 지분 100%를 보유하여 청구법인이 자회사를 실질적으로 지배하게 되었고, 2011년도에 중소기업기본법 시행령제2조제3호가 규정한 ‘관계기업’에 속하게 되었다.
- 나) 실질적 독립성 기준 부적합에 따른 중소기업 졸업기준 해당 사업연도 청구법인이 제출한 아래 청구법인과 자회사의 매출액 합산액 자료에 의하면, 청구법인은 2012년 사업연도에 청구법인과 자회사의 매출액 합산액이 1,000억원 이상이 되어, 중소기업 졸업기준 판단시 중소기업기본법상 관계회사 기준이 도입되어 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 시행된 2010.12.30.자 대통령령 제22583호로 개정된 조세특례제한법 시행령제2조제1항제3호의 실질적 독립성 기준에 따라, 실질적 독립성 기준에 부적합한 것으로 나타난다. 또한, 2010.12.30.자 대통령령 제22583호로 개정된 조세특례제한법 시행령제2조제2항단서 및 같은 항제3호에 의하면, “중소기업이 같은 법 시행령 제2조제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있어 청구법인은 2012년 사업연도에 중소기업 유예기간 중 졸업기준에 해당되게 되었다. 이에 청구법인이 제출한 청구법인과 자회사의 매출액 합산액과 중소기업 해당여부에 대한 검토내역은 아래 표와 같다. < 청구법인과 자회사의 매출액 합산액과 중소기업 해당여부 > (단위: 억원) 사업 연도 관계기업 매출액 합계액 중소기업 해당여부 합계 청구법인 자회사 2010 890 890 중소기업규모에 해당 2011 1,116 1,116 0 최초 1,000억원 이상 사업연도 * 기업규모 확대로 최초 1,000억원 이상시 해당 사업연도 및 이후 3개 사업연도까지 중소기업 으로 유예 2012 1,120 1,198 2 관계기업 매출액 합산액이 1,000억원 이상으로 중소기업 졸업기준 적용하여 중소기업 미적용 2013 1,199 1,199 2012년 사업연도 중소기업 미적용이므로 유예 기간 더 이상 적용하지 않음 2014 1,080 1,080 한편, 자회사는 2012년 사업연도에만 2억원 규모의 매출액이 있었으며, 그 매출액은 전액 청구법인에 대한 매출이고, 2013년 사업연도 중 청구법인에 흡수합병되어 2013.12.11. 폐업한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.
3. 청구법인의 당초신고 및 수정신고현황 청구법인은 당초 중소기업 유예기간(2011년부터 2014년까지)에 해당하는 2012년 및 2013년 사업연도 법인세 신고시 중소기업에 적용하는 공제율로 산정한 쟁점공제세액을 공제받았으나, 이후, 2012년 사업연도에 청구법인과 자회사의 매출액 합산액이 1,000억원 이상으로서 실질적 독립성 기준에 적합하지 않아 중소기업 유예기간 중 졸업기준에 해당하여 중소기업 외의 기업에 적용하는 공제율로 쟁점공제세액을 재산정한 내역 등에 대해 아래 표와 같이 2012년 및 2013년 사업연도 법인세를 2013.8.22. 수정신고․추가납부하였다. < 청구법인의 당초신고 및 수정신고현황 > (단위: 원) 사업연도 공제세액 구분 당초신고 공제세액 수정신고 공제세액 추가납부세액 합계 1,650,219,750 881,126,294 799,293,458 추가납부세액 합계 386,505,453 2012년
공제세액 소계 752,503,786 383,210,802 369,292,984 연구인력개발비 세액공제 592,896,786 246,404,802 고용창출투자세액공제 159,607,000 136,806,000 가 산 세 16,012,469 기타 법인세 1,200,000 2013년 추가납부세액 합계 412,788,005
공제세액 소계 897,715,964 497,915,492 399,800,472 연구인력개발비 세액공제 740,560,189 363,210,542 고용창출투자세액공제 157,155,775 134,704,950 가 산 세 11,787,533 기타 법인세 1,200,000
4. 중소기업 유예기간 중 졸업기준 판단시 관계기업 간 내부거래 제거 여부
① 국세기본법제20조는 “세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있다.
② 2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙제2조제4항은 “영제2조제1항 각호외의 부분 단서 및 동항제1호에서 ‘매출액’이라 함은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다”라고 규정하고 있는바, 연결손익계산서상의 매출액을 규정하고 있지 아니할 뿐만 아니라 내부거래를 제거한다는 별도의 규정도 나타나지 않는다.
③ 국세청 해석사례(법인세과-1205, 2010.12.30.)는 “ 조세특례제한법 시행령제2조제1항제3호에 따라 실질적인 독립성 기준을 판단하는 경우, (구) 중소기업기본법 시행령제3조제1호나목에서 규정한 ‘직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액’은 연결재무제표가 아닌 개별재무제표를 기준으로 판단하는 것이다”라고 나타난다.
④ 조세심판원 결정례(조심2015전-1262, 2015.07.07.)는 “관계기업에 대한 매출액 기준 중소기업 판단은 관계기업을 구성하는 기업 전체의 매출액을 기준으로 하는 것이 그 제도의 취지에 부합하는 점 등에 비추어 관계기업의 매출액 산정시 관계기업간 내부거래를 차감하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다”라고 나타난다.
5. 실질적 독립성 기준의 조세법률주의(포괄위임입법 금지원칙) 위배 등 여부
① 관계기업제도 취지 고려 관계기업제도의 기본개념은 “어떤 기업이 다른 기업의 주식등을 소유하여 중요한 지배력을 행사할 수 있는 요건을 갖춘 경우 지배·종속의 관계로 규정하고, 이들 기업을 서로 독립된 기업이 아닌 하나의 기업으로 간주하여 매출액을 주식등의 소유비율만큼 합산하여 중소기업 여부를 판정하는 것이다(출처: ‘알기 쉽게 풀어 쓴 중소기업범위해설’ p37, 중소기업청)”. 또한, 관계기업제도는 “계열사와 합하면 실질적으로 대기업 규모인 기업들이 각각 중소기업으로 분류되어 각종 지원을 받는 불합리한 사례가 발생하여 이러한 기업들을 중소기업에서 제외하고자 하는 취지로 마련된 제도이다(조심2015전1262, 2015.7.7. 참조)”. 청구법인은 주요 생산품인 브레이크패드 및 브레이크라이닝 등을 테스트하기 위해 많은 ‘시험용 자동차’가 필요함에도 이를 전적으로 외부에서 렌탈함으로써 과다한 비용이 지출되었기 때문에, 오로지 원가절감을 통한 이익개선 목적으로 자회사를 설립하였고, 자회사는 2012년 사업연도 중 2억 3천만원의 매출을 기록하였으며, 외부에 대한 매출실적은 단 한 푼도 없고, 자회사의 2012년 사업연도 매출액은 청구법인의 매출액인 1,198억원에 비하여 0.17%로 아주 미미한 수준에 불과하다. 또한, 청구법인이 자회사의 매출액을 합하지 않더라도 이미 1,000억원 이상으로 중소기업 유예기간을 적용받고 있었던 점 등을 종합하면, 관계기업제도의 취지에서 언급된 ‘중소기업으로 분류되어 각종 지원을 받고자 청구법인과 자회사를 나누어 놓은 것’이 결코 아니다. 위와 같이 실질적으로 관계기업제도를 도입한 법의 취지에 전혀 반함이 없음에도 불구하고 이를 전혀 고려하지 않은 채, 단지 관계기업인 자회사가 존재한다는 이유만으로 청구법인에게 중소기업 유예기간의 적용을 배제하는 것은 헌법상의 과잉금지원칙에도 위배된다.
② 과잉금지원칙 위배 과잉금지원칙(입법목적의 정당성, 방법의 적절성, 피해의 최소성, 법의 균형성)은 조세법의 입법에도 당연히 적용되어야 하고, 또한, 조세제도는 규제의 수반이 불가피하다고 하더라도 조세부과 또는 징수를 위한 규제가 국민의 경제적 창의와 활동을 본질적으로 억압하는 정도에 이르러서는 아니된다. 한편, 정부는 ‘관계기업도 비관계기업과 동일하게 졸업 유예기간을 적용하여 기업 간 형평 제고’를 위해 유예중인 중소기업이라도 관계기업과 합하여 그 규모가 졸업기준을 초과하는 경우에도 유예기간을 계속 적용하는 것으로 2015.1.1. 조세특례제한법 시행령을 개정하였다. 즉 (구) 조세특례제한법 시행령은 관계기업 규모의 최소요건 및 범위 등의 질적인 요소에 대한 고려가 전혀 없을 뿐만 아니라 관계기업과 그렇지 않은 기업 간의 과세형평성도 고려하지 않은 것이다. 이로 인하여 유예중인 중소기업의 경제적 창의와 활동을 본질적으로 억압하는 정도에 이른 바, 결과적으로 과잉금지원칙의 위배에 해당한다 할 것이며, 나아가 조세특례제한법 시행령이 근본적으로 조세법률주의 원칙에도 위배된 것이다.
③ 조세법률주의(포괄위임입법 금지원칙)의 위배 중소기업에 대한 판단은 조세특례제한법에서 규정하는 각종 세액감면이나 세액공제의 핵심적 요건으로서 본질적이고도 중요한 사항임에도 불구하고 그 기준과 범위를 구체적으로 확정하지도 않고 또 그 최저기준을 설정하지도 않고, 조세특례제한법제5조제1항은 단순히 “대통령령으로 정하는 중소기업”이라고 불명확하고 포괄적으로 규정함으로써 실질적으로는 중소기업에 대한 세액감면이나 세액공제 여부를 온전히 행정부의 재량과 자의에 맡긴 것이나 다름없을 뿐만 아니라 중소기업제도 또는 관계기업제도의 입법목적에 비춰보더라도 실질적으로 중소기업으로 유예받아야 마땅한 관계기업까지도 부당하고도 과세형평이 심각하게 침해된 채 대기업으로 취급되어 혜택을 못 받는 결과를 초래하였는바, 이 조항은 헌법재판소 판시(헌재98헌가17, 1999.1.28.)와 같이 헌법상의 조세법률주의(포괄위임입법 금지원칙)에 위배된다. 한편 소급과세 금지는 세율을 인상 개정하여 과거에 소급적용하는 것과 같이 국민에게 불이익을 주는 법률의 소급효는 인정할 수 없다는 것이지 새로운 법률이 과거의 조세를 경감시키는 것과 같이 국민에게 이익을 주는 법률의 소급효는 제한 없이 허용되는 것이다. 하물며 과세형평에 맞지 않는다는 것을 뻔히 알고 해당 규정을 개정하였다면 그 간의 과세형평을 침해당한 선량한 납세자를 구제하는 것은 마땅하다 할 것이다.
① 중소기업 졸업기준 판단시 관계회사 기준 도입․개정과 그 적용시기 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 ‘ 조세특례제한법 시행령제2조제1항제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정’은 “ 중소기업기본법 시행령이 개정(2009.3.25)되어 중소기업 규모․졸업기준 판단시 관계회사간 합산하여 계산하도록 변경됨에 따라 조세특례제한법상 중소기업 규모․졸업기준 판단시에도 관계회사간 합산하여 계산하도록 하여 중소기업 범위에 대한 일관성을 유지”하기 위해 개정된 것으로 2012.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하였고, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 ‘ 조세특례제한법 시행령제2조제2항의 개정규정’은 “ 관계기업도 비관계기업과 동일하게 졸업 유예기간을 적용하여 기업 간 형평 제고”를 위하여 개정된 것으로 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생하는 경우부터 적용하도록 하였다.
② 조세법률주의(포괄위임입법 금지원칙) 위배 등의 불복대상 여부 국세기본법제55조제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”라고 규정하고 있고, 대한민국헌법제107조제1항은 “법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “명령・규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다”라고 규정하고 있다. 한편,헌법재판소법제2조제1호는 “헌법재판소는 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판사항을 관장한다”라고 규정하고 있다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.