법인세법상 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용 시 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용할 수 없음

가. 청구종중 은 2009.9.10. 법인으로 보는 단체로 승인받아 고유번호를 부여받은 후 임야 등 11필지 (이하 “양도토지”라 한다)가 2009.9.15. 00주택공사에 수용되자 양도소득세를 신고·납부 하였다.

• 나. 처분청 은 2014.2.11. 청구종중의 국민권익위원회에 제기한 고충청구 내용에 따라 양도토지 중 518-9 임야 7,813㎡ 등 3필 지는 3년 이상 고유 목적사업에 사용하다 처분한 것으로 판단하여 2014.8.8. 법인세법 제62 조의 2의 비영리 내국 법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용하여 3필지를 과세제외하여 2009사업연도 법인세 488,818천원을 환급결정하였다.
• 다. 이후 처분청은 법인세 경정 시 495-2 전 4,906㎡등 4필지에 대해 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되었음을 확인하여 2015.2.2. 동 감면을 부인하고 같은 법 제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용하여 2009사업연도 법인세 94,428천원 및 농어촌특별 세 20,984천원을 경정 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.4.29. 이 건 심사 청구를 제기하였다.

• 가. 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용함에 있어 소득세법 제93조를 준용하도록 하였고 소득세법 제93조 제2호 에서는 같은 법 제90조에 따라 감면되는 세액이 있을 때에는 이를 공제하여 양도소득 결정세액을 계산하 도록 되어 있는바, 소득세법 제90조 제1항 에서 이 법 외의 법률(조세특례제한법) 에서 규정하는 감면소득금액이 있을 경우 이에 따라 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 감면하도록 하여 특별히 그 적용을 배제하는 규정이 없는 이상 법인 으로 보는 단체라 하더라도 조세특례제한법상의 자경감면 규정을 적용받을 수 있다.
• 나. 따라서 법인으로 보는 단체로 승인받지 않은 종중이 양도소득세를 적용 받는 것과 법인으로 받는 단체로 승인받은 종중이 법인세 과세특례조항에 따라 양도소득세를 적용을 달리 취급한다면 조세평등의 원칙에 어긋난다.

• 가. 조세특례제한법 제69조 제1항 에서 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 일정 요건을 충족한 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당 하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으며 조세특례제한법 제2조 제1항 제1호 에서 내국인이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다.
• 나. 또한 조세특례제한법 각 조문에서는 조세특례를 적용받을 수 있는 주체를 내국인, 거주자, 내국법인 등으로 엄격히 구분하고 있다.
• 다. 따라서 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 소득 세 법상 거주자만 적용받을 수 있는바, 청구종중은 당초 2009.11.30. 양도소득세 신고 시 조세특례제한법상 양도소득세 감면규정을 적용하여 신고했으나 2014.8.18. 법인세법 제62조의2의 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세 특례규정에 따라 법인세로 경정되었으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 배제하여 법 인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인세법 제62조의2 의 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정에 따라 법인세를 경정함에 있어 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도 소득세 감면규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

1. 구 법인 세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호부터 제5호의 수입으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발 생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세 표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니 한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하 여는소득 세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각 호 의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.(이하 생략)

③ 제2항을 적용함에 있어서소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에 서 필요 경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다.

④ (생략)

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는소득세법제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ ～ ⑨ (생략)

2. 구 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세 표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. 3) 구 소득세법 제93조 【양도소득세액계산의 순서】 양도소득세는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 양도소득산출세액을 계산한다.

2. 제1호의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 제108조의 규정에 의한 예정 신고납부세액공제를 하여 양도소득결정세액을 계산한다. 이 경우 제90조의 규정에 의하여 감면되는 세액이 있는 때에는 이를 공제하여 결정세액을 계산한다.

4. 구 조세특례제한법 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "내국인"이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다.

5. 구 조세특례제한법 제69조 【양도소득세액계산의 순서】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세 대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(이하 생략) 6) 구 조세특례제한법 시 행 령 제72조 【공익사업용토 지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① ～⑤

⑥ 법 제77조제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와법인세법제62조의2 제7 항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 1) 청 구종중은 2009.9.10. 법인으로 보는 단체로 승인받아 고유번호를 부여 받았다. 2) 청구종중은 423-10 임야 등 11필지를 2009.9.15. 00주택공사에 양도하고 아래와 같이 양도소득세를 신고하였다. 번 호 소 재 지 지 목 면 적 양도일 양도소득 비 고
• 라. 판단 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인이 자산을 양도하고법인세법제62조의2 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정에 따라 법인세를 신고하는 경우조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되 지 않는 점 (법인세과-602, 2009.5.22., 법인세과-1290, 2009.11.17.), 청구종중의 경우 당초 양도토지 중 495-2 전 4,906㎡등 4필지에 대해 조세특례제한법 제69조 의 자경 농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도 소득세를 신고하였으나 고유목적 사업 에 3년 이상 사용한 518-9 임야 7,813㎡ 등 3필 지를 과세 제외 하면서 법인세법 제62조의2 비영리내국법인의 자산 양 도소득에 대한 과세특례규정에 따라 2009 사업연도 법인세가 경정된 점 등에 비추어 조세특례제한법 제69조 의 자경농지 감면규정을 적용할 수 없으므로 동법 제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.