후발적 경정청구 사유 중 판결이라함은 해당 소송으로 제기된 다툼에 한정함

이 건 심사청구는【기각】결정합니다

• 가. ○○지방국세청은 청구법인에 대하여 법인세 일반통합조사를 실시(조사대상기간: 2003.1.1∼2007.12.31. 조사기간: 2008.12.2.∼12.30.)하여 2003사업연도 법인세 769,098,220원과 2004∼2007사업연도 법인세 및 2004.2기∼2007.2기 부가가치세 4,525,972,370원, 합계 5,295,070,590원을 경정·고지하였다.
• 나. 처분청은 2011.1.25. 조세심판원 일부인용 결정 및 2014.12.11. 대법원 판결에 따라 2004∼2007사업연도 법인세 및 2004.2기∼2007.2기 부가가치세 4,525,972,370원에 대하여 환금가산금을 포함하여 환급결정하였다.
• 다. 청구인은 2015.1.12. 2003사업연도 법인세 767,986,158원은 2012두22553판결내용과 동일하므로 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청에서는 불복청구 미제기 사유로 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 경정청구 거부처분은 부당하다며 2015.3.19. 심사청구를 제기하였다.

• 가. 국세기본법 제45조의2 제2항제1호 에 의하여 후발적 사유인 대법원 판결선고일인 2014.12.11.로부터 2개월이내인 2015.1.12.에 경정 청구하였으므로 정당한 경정청구이다.

1. 청구법인은 2004년∼2007년까지 특수관계자인 (사)□□CC로부터 골프코스 임대료 과소 수취액에 대한 부당행위계산부인에 대하여 승소하였으며, 2003년 사업연도분 법인세 또한 대법원 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었으므로 판결 선고일인 2014.12.11일로부터 2개월 이내에 경정청구한 것은 정당한 것이다.

2. 당초 2009년 ○○지방국세청 조사시 2003사업연도는 국세부과제척기간의 만료에 따라 먼저 납부하였던 것으로 ○○지방국세청에서 2003사업연도분을 포함하지 아니하고 통지하였다. ○○지방국세청에서는 2003사업연도분에 대해서 우선 납부 요청을 하였고, 세무조사 결과통지서에 2003년∼2007년 중 2003사업연도분에 대하여는 중간 통지하는 것이며 추후 결과를 통지하겠다는 세무조사결과통지를 2009.3.27. 등기 수령하였으며, 납부고지서는 2009.3.27. 고양세무서 직원이 직접 당사를 방문하여 전달하여 납부하였다. 최종 세무조사결과통지분을 2009.4.21. 수령하였으나 2003년분은 세무조사결과통지에 포함되지 아니하였다. 국세기본법 제45조 의 2 제2항제5호는 “제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 해당국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때”라고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제25조의 2 제1호에서는 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산의 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우”로 규정하고 있다. ○○지방국세청장이 2003사업연도 법인세를 결정한 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력은 “청구인과 □□CC와의 임대료 부당행위계산 부인”이며 그 밖의 처분이 취소된 경우는 “○○지방국세청장이 청구인에게 청구인과 □□CC와의 임대료 부당행위계산 부인을 과세 원인으로 하여 과세한 2004∼2007사업연도 과세처분이 대법원 판결에 의하여 2014.12.11일에 패소판결에 의하여 그 과세처분을 취소한 경우”에 해당되는 것이다. 따라서 2003사업연도 법인세와 2004∼2007사업연도 법인세는 과세 원인이 동일한 처분으로 2004∼2007사업연도 법인세의 대법원 패소 판결로 과세 결정 취소라는 후발적 사유의 발생이 2003사업연도 법인세에 영향을 미치므로 청구인이 대법원 확정 판결 후 2개월 이내인 2015.1.12.일에 경정청구한 것은 적법한 것이다. 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 의 사유에 해당되지 않는다하더라도 같은 법 시행령 제25조의 2 제4호에서는 “그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우”라고 포괄적으로 규정하고 있으며, 이는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여는 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 의의가 있는 것이므로(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379판결 참조) 환급결정하여야 한다. 대법원 2014.1.29. 선고 2013두18810판결에서도 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호 인 『그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우』를 후발적 경정청구사유로 인정한 사례가 있다.

• 나. 2009.3.25. ○○지방국세청장이 청구인에게 통지한 2003사업연도 법인세 세무조사결과통지는 2009.4.21. ○○지방국세청장이 청구인에게 통지한 2004∼2007사업연도 법인세 세무조사결과 통지와 그 과세원인과 세목이 같은 동일성이 유지되는 과세처분이다. 국세청의 2009.8.27. 과세전적부심사결정서에서 동일한 과세 논리인 부당행위계산을 적용하여 2003～2007사업연도까지 과세했다고 통지하였으므로 2003사업연도와 2004～2007사업연도는 동일한 과세처분이며, 동일한 과세처분은 과세원인과 동일한 사실의 범위내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니라면 처분의 동일성은 유지하여야 한다(대법원 1997.2.11. 선고 96누3272 판결, 대법원 2006.4.27. 2005두 17058 판결 참조).
• 다. 당초 ○○지방국세청장의 잘못된 과세처분이 청구인의 불복청구기간 도과로 그대로 유지된다면 청구인에게는 너무나 가혹한 처분이다. 세무조사결과통지서에 중간 고지를 한다하였고, 세무조사결과 통지일부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우 국세기본법 제81조 의 12 제2항의 사유에 해당되는 경우에는 과세전적부심사 청구 대상에서 제외된다하여 과세불복을 하지 못하였다. 청구인은 과세관청의 부과제척기간에 대하여 납세협력을 해준 것이며, 과세관청의 잘못된 과세로 이미 청구인은 5년여에 걸친 불복청구와 소송비용의 지급 등 많은 손실이 발생하였다. 2009.4.21. 최종 세무조사 결과통지 시에 2003사업연도 법인세 내용을 포함하여 통지하였다면 청구인은 2003사업연도 법인세에 대한 불복청구 기간을 도과하지 않았을 것이다. 대법91누117(1991.7.26.)에서는 “형식상 별개인 선후 수 개의 과세처분이 일련의 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 내용상 서로 관련되어 있을 경우에, 선행 과세처분에 대한 전치 절차의 이천만으로도 과세관청 등에게 스스로 재고 시정할 기회가 부여되었을 뿐더러 납세의무자로 하여금 다시 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있을 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 후행 과세처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수 있다”라고 판시하고 있는바, 동일한 여러 처분에 대하여 먼저 소송을 진행 중이라면 다른 처분도 전심 절차 없이 소송 진행이 가능하다는 취지인 것이다.
• 다. 법인, 대법원2009두22379, 2011.7.28.와 국기, 대법원2006두10023, 2008.7.24.는 모두 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 와 관련된 사항으로 청구인은 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 및 동 시행령 제4호와 관련된 사항이며, 그 내용에 있어서도 동 대법원 판례는 청구인이 법인세를 신고한 후 세금을 돌려달라는 내용으로, 과세관청이 당초 2003～2007사업연도를 모두 부당행위계산부인을 동일한 과세원인으로 하여 과세한 후 2003사업연도와 2004～2007사업연도를 부과제척기간 때문에 따로 세무조사결과통지한 처분과는 다른 사항이다.

• 가. 2004∼2007 사업연도에 대한 대법원판결로 관련 고지세액은 모두 결정취소되었으며, 과세관청의 소송관련 사후처분은 모두 종결되었다. 국세기본법 제45조의2 제2항제1호 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”의 의미는 과세처분의 당해 거래 및 행위자체에 대하여 분쟁이 생겨 그에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우를 말하는 것이다. 해당 대법원 판결은 2004∼2007사업연도에 관한 판결로 명시되어 있으며, 2003사업연도에 관련된 사항은 존재하지 아니하므로 2003사업연도는 별개의 불복청구 및 경정청구를 통하여 결정되어야 하는 것으로 청구인의 경정청구에 대한 기각결정은 정당하다.
• 나. 2003년 사업연도분에 대하여 청구인은 불복 청구를 하지 아니하여 부과처분 확정으로 종결된 사안으로 불복청구를 할 수 없었다는 주장은 이유가 되지 아니한다.

• 가. 쟁 점 2004∼2007사업연도 법인세에 대한 대법원 판결이 2003사업연도 법인세의 환급을 구하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 등 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2014.12.23>

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 2) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

• 다. 사실관계

1. 2004∼2007사업연도 과세전적부심사청구 내용(2009.8.27.)은 아래와 같다.

○ 과세전적부심사결정서에는 2003∼2007사업연도 부당행위계산을 적용하였다는 내용이 기재되어 있음

○ 주요 내용

• 조사관서는 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 법인세법 시행령 제89조제4항제2호 에 따라 다음과 같은 산식으로 쟁점 시설이용료의 시가를 산정한 후 다음 표 기재와 같이 각 사업연도의 과소수취액을 계산하여 청구법인의 익금에 산입하고, 쟁점시설이용료의 시가 = 쟁점원가 + 쟁점원가× 수익률 △△CC매출액 - △△CC원가 ※ 수익률 = ------------------------- △△CC 원가

1. 쟁점원가: 배분대상원가에서 □□CC입장객비율을 적용하여 계산한 금액임

2. △△CC매출액: 코스관련 매출액에서 청구외법인에 귀속된 매출액을 공제한 잔액임

3. △△CC원가: 배분대상원가에서 쟁점원가를 공제한 잔액임 (단위:천원) 구 분 2003년 2004년 2005년 2006년 2007년 합계 쟁점시설 이용료 (쟁점원가) 2,419,409 2,368,342 2,444,703 2,388,935 2,850,168 수익률 66.82% 86.93% 77.64% 94.44% 71.03% 시 가 4,306,058 4,427,250 4,342,833 4,646,143 4,874,759 과소수취 금액 1,616,649 2,058,908 1,898,130 2,256,208 2,024,591 9,854,486

• 쟁점시설이용료의 지연 회수에 대하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 다음 표 기재와 같이 인정이자를 계산하여 청구법인의 익금에 산입하여 2003년 2004년 2005년 2006년 2007년 합계 15,185 22,655 28,128 33,304 25,913 125,185 (단위:천원)

• 2009.4.21. 청구법인에게 다음 표 기재와 같이 2004∼2007년 사업년도 법인세 3,313,705,782원 및 부가가치세 1,161,99,307원을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과통지를 함

2. 2009.3.25 ○○지방국세청의 세무조사결과통지서는 아래와 같다.

○ 조사경위 및 조사내용: 법인세통합조사결과 특수관계자인 (사)□□컨트리클럽에 골프코스 임대료 과소수취액 1,616,649천원 익금산입(부당행위계산부인), 임대로 지연수취 인정이자 15,185천원 익금산입, 비지정기부금 2,500천원 손금불산입하여 법인세 결정함(이상 2003년도분임)

○ “2003년∼2007년 중 2003년도분에 대하여 중간 통지하는 것이며, 추후 최종결과를 통지하겠습니다”라고 기재되어 있음

3. 2009.4.21. ○○지방국세청의 세무조사결과통지서는 아래와 같다.

○ 조사경위 및 조사내용: 법인세 통합조사결과 특수관계법인인 (사)□□컨트리클럽에 콜프코스 저가임대금액 등에 대하여 익금산입하여 법인세 경정함(2003년도분 불포함)

4. 청구인이 주장하는 시행령 제25조의2 제4호 및 대법원 판례와 비교는 아래와 같다.

○ 국세기본법 시행령 제25조 의 2 제4호 구분 최초의 경정 ⇦ 후발적 사유 비고 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 최초 처분청의 경정 최초의 결정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산의 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우 제4호 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우 포괄적 권리규제 귀속 2003년 2004~2007년 과세표준 및 세액의 근거가 된 거래 또는 행위 등 청구인과 □□CC와의 임대료 부당행위계산 부인 청구인과 □□CC와의 임대료 부당행위계산 부인 동일한 과세근거 (원인) 후발적사유 2014.12.11. 대법원판결로 당초 과세 결정 취소 (청구인과 □□CC와의 임대료는 부당행위계산에 해당되지 않음) 구분 대법원 2013두18810 (2014.1.29.) 청구인의 사건 당초 처분청이 과세한 근거 권리의무확정주의에 의한 채권 동일한 과세근거인 □□CC와의 임대료 부당행위계산부인 후발적 사유 (당초 성립한 납세 의무가 그 전제를 잃게 된 사유) 과세가 된 채권이 추후 실현될 가능성이 전혀 없음이 객관적으로 명백함 당초처분과 동일한 과세근거인 부당행위계산부인이 대법원 확정 판결에 의하여 객관적으로 명백히 잘못된 과세임이 확정되어 결정 취소됨 후발적사유에 해당하는 법규정 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에 준하는 사유로 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 및 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호

○ 청구인의 사건과 대법원 2014.1.29. 선고 2013두 18810판결 비교

• 라. 판 단 청구인은 국세기본법 제45조의2 에 의하여 후발적 사유인 대법원 판결선고일인 2014.12.11.로부터 2개월 이내인 2015.1.12.에 경정 청구하였으므로 정당한 경정청구하고 주장하는바 이에 대하여 살펴본다. 이 건의 쟁점은 2004∼2007사업연도 법인세에 대한 대법원 판결이 2003사업연도 법인세의 환급을 구하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부에 대하여 다툼이 있는바, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 의하여 최초의 신고・결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 그 확정된 것을 안 날로부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 동 규정에서 ‘판결’이라 함은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 해당 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 해당 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아닌 점에 비추어 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유가 없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.