소송진행 중인 사유는 법인세 신고기한 연장의 사유에 해당하지 않음

△△세무서장이 2014.5.16. 청구법인에게 한 2012년 사업연도 법인세154,764,460원의 부과처분은 매입비용 225,867,249원, 기준경비 43,596,387원, 합계 269,463,636원을 총수입금액에서 공제하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

가. 청구법인은 1994.8.1. 개업하여 ○○ □□시 △△ 180번길, 19에서 주차장 운영업 등을 영위하는 업체로 2012년 사업연도 법인세를 신고하지 않았으며, 현재 휴업 중이다. 나. 청구법인이 1996.8.31. □□시 △△구 256 잡 5,311.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 등을 ㈜A신탁(이하 “A신탁”이라 한다)에게 신탁하고, A신탁은 쟁점토지의 지상에 자동차전문 테마빌딩을 건축하고 이를 신탁재산으로 삼아 분양 또는 임대하여 수익을 얻고 A신탁이 그 중 일정 비율에 해당하는 금액을 신탁수익으로서 취득하며, 계약이 종료하면 A신탁이 청구법인에게 신탁재산 및 수익을 반환하기로 하는 내용의 분양형토지신탁계약을 체결하고, 쟁점토지에 관하여 A신탁 명의로 소유권이전등기를 마쳤으며, 1999.12.27. 신탁계약에 따라 지하 3층, 지상 8층의 주차장, 업무시설, 판매시설인 ‘B월드’빌딩(이하 “쟁점건물”이라 한다)이 준공되었고, 2000.5.4. 쟁점건물에 관하여 A신탁 명의의 신탁등기와 소유권보존등기가 마쳐졌으며, 신탁재산의 대부분이 분양되었다. 이후 신탁계약은 2000.12.31. 기간만료로 종료되었고, 2004.6.23. 청구법인이 A신탁을 상대로 소유권이전등기 청구소송을 제기한바, 신탁재산에 대한 소유권이전등기, 신탁보수 정산 등의 소송이 현재까지 진행 중이다. 다. 이에 청구법인은 신탁재산의 분양에 따른 수입금액을 제외한 주차장 운영수입에 대한 부가가치세는 기분별로 신고하였으나, 각 사업연도의 법인세는 부가가치세 신고한 수입금액에 대해서도 2004년 사업연도부터 신고․납부하지 않았다. 라. 처분청은 청구법인이 신고․납부하지 않은 각 사업연도의 법인세 중 청구법인이 2012년 사업연도에 발행한 전자세금계산서 778,506,927원(2012년 제1기 290,519,225원, 2012년 제2기 487,987,702원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 확인하고, 기준경비율을 적용하여 추계결정방법으로 소득금액을 산정하여 2014.5.16. 청구법인에게 2012년 사업연도 법인세 154,764,460원을 결정․고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2015.1.8. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인과 A신탁 간의 신탁재산에 대한 소유권이전등기와 신탁보수 등 정산금액에 대한 확정판결이 난 후 각 사업연도 법인세 과세표준을 사후신고하여 납부할 예정이므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되거나 유예되어야 하고, 한편, 쟁점금액의 실지 귀속자는 A신탁임

1. 청구법인은 부가가치세는 각 기분별로 신고하여 왔고, 각 사업연도 법인세는 2003년 사업연도까지 신고하였으나, 그 이후 사업연도의 법인세에 대해서는 청구법인과 A신탁간의 신탁재산에 대한 소유권이전등기와 건설비용 및 신탁보수 등 정산금액이 확정되지 않아 실질적인 수입이나 소득이 전무한 상태이며, A신탁이 청구법인의 동의 없이 세금계산서를 발행하였고 건설비용 등에 충당한 쟁점금액의 실질적인 소득의 귀속자는 A신탁이다.

2. 따라서, 신탁보수 등에 관한 확정판결이 나는 경우 그 결과에 따라 청구법인이 2004년 사업연도부터 무신고한 각 사업연도 법인세 과세표준을 사후신고하여 납부할 예정이므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되거나 유예되어야 한다.

• 나. 청구법인의 연도별 발생된 이월결손금의 추이로 보아 현재로는 납부하여야 할 세액이 없는 것으로 추정되므로 이 건 처분은 취소되어야 함

1. 청구법인의 연도별 부가가치세 신고내용에 따른 매출부분(분양, 임대, 주차 등)에 대하여 A신탁이 청구법인의 수입금액으로 입금처리하지 않고, 건설비용 미수금 회수와 신탁보수로 충당하고 있어, 청구법인은 쟁점금액이 매출채권상태로만 존재하고 있을 뿐 회계상으로 입․출금 상황이 발생되고 있지 않는 휴면상태이며, 최소 임원의 급여조차 지급하지 못하고 있는 상태이다.

2. 또한, 청구법인의 연도별 발생된 이월결손금(2003년 사업연도의 경우 14억원) 추이로 보아 현재로는 납부하여야 할 세액이 없는 것으로 추정되므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

• 가. 소송 진행 중 청구법인의 명의로 발급된 전자세금계산서를 근거로 고지하였으며, 이 건 처분을 취소하거나 부과유예할 법적 근거가 없을 뿐만 아니라 신고기한의 연장사유에도 해당하지 않으며, 쟁점금액의 실지 귀속자는 청구법인임

1. 국세의 부과는국세기본법제26조의2에 따라 제척기간 이내에 하여야 하는 것으로 청구법인이 전자세금계산서를 발행하고도 법인세 무신고한바, 이에 처분청이 신탁재산의 소유권 등과 관련한 소송 진행 중에 청구법인의 명의로 발급한 전자세금계산서를 근거로 고지하였으며, 청구법인에 대한 이 건 처분을 취소하거나 부과를 유예할 법적 근거가 없다. 2)법인세법제60조에 따르면 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 법인세 신고를 하도록 되어 있고, 신고기한의 연장은국세기본법제2조 및 제6조에 의하여 천재지변 및 이에 준하는 사유가 있는 경우에만 적용받을 수 있는바, 진행 중인 소송이 있어 신고․납부기한을 연장시켜 달라는 청구주장도 이유 없다.

3. 이 건 법인세 과세의 근거가 된 전자세금계산서는 청구법인 명의로 작성되어 있고, A신탁과의 신탁계약은 기간만료로 종료되어 쟁점금액에 대한 매출의 실질 수익자는 청구법인이므로 이 건 실질소득의 귀속자가 A신탁이 되어야 한다거나 귀속자가 확정되지 않았다는 주장 또한 이유 없다.

4. 따라서, 청구법인이법인세법제60조 및 제66조제1항의 규정에 따라 2012년 사업연도 법인세를 2013.3.31.까지 신고하지 아니한 것에 대해 청구법인이 장부나 그 밖의 증명서류를 제출한 바 없어 처분청이 전자세금계산서 내역 등 부가가치세 매출내역 등을 근거로 같은 법 제66조제3항에 따라 추계결정하여 한 이 건 처분은 정당하다.

• 나. 이월결손금으로 인하여 납부할 세액이 없을 것으로 추정된다는 청구주장을 근거로 과세를 유예하거나 취소할 수 없음 청구법인은 이월결손금으로 인하여 납부할 세액이 없을 것으로 추정된다는 주장이나, 이는 어디까지나 추정이며 청구법인이 2004년부터 2013년까지 사업연도 법인세를 무신고하여 이월결손금 등이 확정되지 않은 상태에서 청구법인의 주장처럼 추정에 따라 과세를 유예하거나 이 건 처분을 취소할 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 주차장 운영 매출액 등을 법인세 무신고한 것에 대하여 추계결정한 처분을 청구법인과 A신탁 간에 신탁재산과 관련한 소유권이전등기와 신탁보수 등 분쟁에 따른 소송이 진행 중인 사유로 판결확정 이후에 신고․납부하도록 취소 또는 유예하여야 하는지 여부 등
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 2) 국세기본법 제14조 【실질과세】 [2011.12.31-11124호] 일부 개정

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 3) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】 [2011.12.31-11124호] 일부 개정

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. <개정 2011.12.31>

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 4) 국세기본법 제6조 【천재 등으로 인한 기한의 연장】 [2011.12.31-11124호] 일부 개정

① 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다. <개정 2010.1.1> 5) 국세기본법 시행령 제2조 【기한연장 및 담보제공 】 [2012.06.26] 일부 개정

① 법 제6조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 납세자가 화재, 전화(戰禍), 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병으로 위중하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우

3. 납세자가 그 사업에서 심각한 손해를 입거나, 그 사업이 중대한 위기에 처한 경우(납부의 경우만 해당한다)

4. 정전, 프로그램의 오류, 그 밖의 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 경우

5. 금융회사 등(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융회사 등만 해당한다) 또는 체신관서의 휴무, 그 밖의 부득이한 사유로 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우

6. 권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우

7. 납세자의 형편, 경제적 사정 등을 고려하여 기한의 연장이 필요하다고 인정되는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우(납부의 경우만 해당한다)

8. 제1호, 제2호 또는 제6호에 준하는 사유가 있는 경우 6) 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다.

⑦ 제1항에도 불구하고주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 감사인(監査人)에 의한 감사를 받아야 하는 내국법인이 해당 사업연도의 감사가 종결되지 아니하여 결산이 확정되지 아니하였다는 사유로 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고기한의 연장을 신청한 경우에는 그 신고기한을 1개월의 범위에서 연장할 수 있다.

⑧ 제7항에 따라 신고기한이 연장된 내국법인이 세액을 납부할 때에는 기한 연장일수에 금융회사 등의 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액을 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 기한 연장일수는 제1항에 따른 신고기한의 다음 날부터 신고 및 납부가 이루어진 날(연장기한까지 신고납부가 이루어진 경우만 해당한다) 또는 연장된 날까지의 일수로 한다. 7) 법인세법 제19조 【손금의 범위】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 8) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 9) 법인세법 제68조 【추계에의한 과세표준 및 세액계산의 특례】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정 제66조제3항 단서에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조제1호 및 제57조를 적용하지 아니한다. 다만, 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계하는 경우에는 그러하지 아니하다. 10) 법인세법 제13조 【과세표준】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정・경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 11) 법인세법 제57조 【외국 납부 세액공제 등】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정

① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다. 12) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】 [2012.02.02-23589호] 일부개정

① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2011.6.3>

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다. <개정 2009.2.4>

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

③ 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다. <개정 2012.2.2>

1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제3조제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액

• 가. 사업외수익에 직접 대응되고 증빙서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당액
• 나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액
• 다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액

2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액

3. 법 제34조 또는 조세특례제한법에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금 13) 법인세법 제67조 【소득처분】 [2011.12.31-11128호] 일부 개정 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)・배당・기타사외유출(其他社外流出)・사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 14) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】 [2012.02.02-23589호] 일부 개정

② 제104조제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

③ 제2항의 경우 법인이 결손신고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 운영상황 청구법인은 1994.8.1. 개업하여 2005.8.23.부터 2006.2.22.까지의 휴업을 시작으로 현재까지 사업부진 등의 사유로 총 14차례 휴업한 이력이 있으며, 현재도 2015.1.1.부터 휴업 중이며, 사실상 휴업을 이유로 2005.8.2. 외부감사대상에서 제외되었다.

2. 청구법인의 2003년 사업연도 결손신고 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은 2004.8.10. 2003년 사업연도 법인세를 기한후 신고하였으며, 신고 소득금액은 △1,375,352,517원으로 확인된다.

3. 청구법인의 부가가치세 신고 및 법인세 무신고 현황 청구법인은 부가가치세는 각 기분별로 신고하였으나, 각 사업연도의 법인세는 2003년 사업연도까지 신고한 이후, 청구법인이 A신탁에게 소송을 제기한 2004.6.23.이 속하는 2004년부터 2014년까지 사업연도의 법인세는 무신고하였음이 국세통합전산망을 통하여 확인된다.

4. 청구법인과 A신탁사간 소송진행상황 청구법인(원고)은 A신탁(피고)을 상대로 2004.6.23. 수원지방법원 □□지원(2004가합***4)에 쟁점토지에 대한 소유권이전등기청구 소송을 제기한 이후 심리일 현재까지 소송이 진행 중에 있으며 심급별 소송진행상황은 아래와 같다.

• 가) 쟁점토지에 대한 소송 기초사실 수원지방법원 □□지원 제2민사부 판결 사건: 2004가합***4, 소유권이전등기 원고: 청구법인 피고: A신탁

• 가. 원‧피고(청구법인‧A신탁)는 1996.8.31. 원고(청구법인)는 원고(청구법인) 소유인 별지1 내지 별지 10목록 기재(목록 미제출) 각 부동산의 대지인 □□시 △△구 256 잡 5,311.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 피고(A 신탁)에게 신탁하고, 피고(A신탁)는 이 사건 토지의 지상에 지하 3층, 지상 8층 규모의 자동차전문 테마빌딩 1) 을 건축하고 이를 신탁재산으로 삼아 분양 또는 임대하여 수익을 얻고 피고(A신탁)가 그 중 일정비율에 해당하는 금액을 신탁수익으로서 취득하며 계약이 종료하면, 피고(A신탁)가 원고(청구법인)에게 신탁재산 및 수익을 반환하기로 하는 내용의 분양형 토지신탁계약 (이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다)을 체결 2) 하고, 그 무렵 이 사건 토지에 관하여 피고(A 신탁) 명의로 소유권이전등기를 마쳤으며, 1999.12.27. 이 사건 신탁계약에 따라 지하 3층, 지상 8층의 주차장, 업무시설, 판매시설인 ‘B월드’빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)이 준공되었고, 2000.5.4. 이 사건 건물에 관하여 피고(A신탁) 명의의 신탁등기와 소유권보존등기가 마쳐졌다(다만, 별지 목록 기재 부동산에 관하여는 2000.8.2. 신탁등기와 소유권이전등기가 마쳐짐).
• 나. 이 사건 신탁계약 당시 작성된 계약서(이하 ‘이 사건 신탁계약서’라 한다) 제4조 제1항은 “을(A신탁을 지칭함, 이하 같다)은 건물건축 및 신탁사무 수행에 필요한 자금을 신탁재산으로 충당하거나, 갑 및 수익자(청구법인을 지칭함, 이하 같다)의 부담으로 하여 차입할 수 있다. …”고 규정하고 있고, 제19조는 “신탁 재산에 속하는 금전으로서 차입금 및 그 이자의 상환, 신탁사무 처리상 을의 과실 없이 받은 손해 기타 신탁사무 처리를 위한 제비용 및 을의 대금지급을 충당 하기에 부족한 경우에는 수익자에게 청구하고, 그래도 부족한 경우에는 을이 상당 하다고 인정하는 방법 및 가액으로서 신탁재산의 일부 또는 전부를 매각하여 그 지급에 충당할 수 있다”고 규정하고 있고, 제25조는 “신탁계약이 종료된 경우에 는 을은 최종계산에 관하여 수익자의 승인을 얻은 후 수익증권서와 상환으로 신탁 재산을 다음 각호의 방법으로 수익자에게 교부한다. 1. 신탁부동산에 대하여 을은 신탁등기의 말소 및 수익자에게 소유권이전등기를 행한 후 현존하는 상태대로 수익자에게 인도한다. 단, 수익자의 요청이 있는 경우 이를 처분신탁으로 전환할 수 있다…”고 규정하고 있다.
• 다. 원‧피고(청구법인‧A신탁) 사이의 이 사건 신탁계약은 계약체결 당시에는 그 기간이 1998.12.31.까지로 정하여졌으나, 이 사건 건물 공사기간의 연장 및 이 사건 건물의 분양지연으로 인하여 두 차례 연장되어 2000.12.31. 기간만료로 종료되었고, 이 사건 소 제기 당시까지 이 사건 건물은 별지1 내지 10 목록 기재 부동산(이하 ‘이 사건 나머지 건물’이라 한다)을 제외하고는 모두 분양되었으며(분양된 이 사건 건물의 대부분은 이 사건 신탁계약 종료시까지 분양됨), 피고(A신탁)는 이 사건 신탁계약 종료 시까지 이 사건 신탁계약에 따른 개발비용으로 원고(청구법인)를 대신하여 원리금 합계 17,963,967,427원을 차입하여 사용하였으며, 그 때까지 피고(A신탁)가 원고(청구법인)로부터 받지 못한 신탁보수는 246,907,411원이다.
• 라. 원고(청구법인)는 2001.4.경 피고(A신탁)를 상대로 하여 이 사건 나머지 건물을 포함하여 당시까지 미분양된 건물에 관하여 서울지방법원2001가합 ****8호로 신탁종료를 원인으로 한 소유권이전등기청구의 소를 제기하였고, 2004.1.9. 위 법원에서 ① 피고(A신탁)가 이 사건 나머지 건물을 주식회사 C협동조합연구소에 220억원 및 부가가치세 상당금액에 매도하고, 잔금 지급과 동 시에 소유권이전등기절차를 이행하고, 이 사건 나머지 건물을 인도하며, ② 원고 (청구법인)는 소유권이전등기청구를 포기하되, 피고(A신탁)와 주식회사 C협동조합연구소 사이의 매매계약이 효력을 상실하는 경우에는 원‧피고(청구 법인‧A신탁) 사이의 신탁계약관계에는 영향이 없다는 내용의 조정에 갈음하는 결정(이하 ‘이 사건 조정결정’이라 한다)이 내려져 위 결정이 확정되었으나, 이후 주식회사 C협동조합연구소가 위 조정에 갈음하는 결정에 따른 계약금을 납입하지 않았다.
• 마. 한편 피고(A신탁)는 원고(청구법인)를 상대로 하여 원고(청구법인)가 이 사건 나머지 건물의 일부를 점유하고 있다는 이유로 수원지방법원2001가단 **2호로 건물명도청구의 소를 제기하였고, 2002.12.26. 위 법원에서 원고(청구법인)가 피고(A신탁)에게 점유 부분을 인도하라는 판결이 선고되었고, 원고 (청구법인)가 항소 및 상고를 제기하였으나, 2005.4.15. 대법원에서 상고기각판 결(2003다1판결)이 내려져 판결이 확정되었는데, 대법원은 그 판결이유에서 피고(A신탁)는 이 사건 신탁계약서 제19조에 의하여 신탁재산인 이 사건 토지 및 건물을 처분하여 신탁재산에 관한 비용 등에 해당하는 범위 내에서 개발 비용의 변제에 충당할 수 있으므로 그 처분권을 행사하기 위한 환가절차의 일환 으로 이 사건 나머지 건물의 일부를 점유하고 있는 원고(청구법인)에 대하여 그 인도를 구할 수 있고, 원고(청구법인)가 이 사건 나머지 건물에 관하여 신탁종료를 원인 으로 한 소유권이전등기청구권을 가지고 있다는 사정만으로 건물명도청구가 신의칙에 위반된다고 볼 수 없다고 설시하였다. 수원지방법원 □□지원 판결문(2004가합4, 2005.6.22.)에 의하면, 쟁점토지에 대한 소송관련 기초사실은 다음과 같다. 1) 청구법인이 제출한 주차빌딩 “B드라이브인” 신축공사에 대한 1997.3.25.자 공사도급계약서에 의하면,

• 대상토지는 쟁점토지이고, 계약금액은 24,491,000,000원(부가가치세 제외금액)이며, 수탁자겸 도급인이 A신탁으로서 수급인은 ㈜D로 나타난다.

• 건축규모는 연면적 41,098.72㎡로서 지하 3층, 지상 8층이고, 용도는 주차장, 판매시설, 업무시설, 자동차관련 시설이다. *2) 청구법인이 제출한 위탁자 청구법인과 수탁자 A신탁과 체결한 1996.8.31.자 ‘분양형 토지신탁 계약서’에 의하면, 주요 규정은 다음과 같다.

• 제13조(최초 수익자) 이 신탁의 최초 수익자는 청구법인으로 한다. 그러나 제3자를 수익자로 할 수 있다.

• 제18조(제비용의 지급)

① 다음 각호의 비용은 수익자의 부담으로 한다.

1. 신탁재산에 대한 조세, 공과금 및 등기비용

2. 설계, 감리비용 및 공사대금

3. 차입금, 임대보증금 등의 상환금 및 그 이자

4. 신탁부동산의 수선, 보존, 개량비용 및 화재보험료

5. 분양(처분)사무 처리에 필요한 비용

② A신탁은 제1항은 비용을 신탁재산에서 지급하고, 지급할 수 없는 경우에는 수익자에게 청구․수령하여 지급할 수 있으며, 필요한 경우에는 미리 수익자에게 상당한 금액을 예탁하게 할 수 있다.

• 나) 1심 수원지방법원 □□지원 판결주문 주요내용(2004가합***4, 2005.6.22.) 피고(A신탁)는 원고(청구법인)으로부터 18,210,874,838원 * 을 지급받음과 동시에 원고(청구법인)에게

① 별지 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10 목록 기재 각 부동산에 관하여 수원지방법원 □□지원 △△등기소 2000.5.4. 접수 제44931호로 마친 별지 4목록 기재 부동산에 관하여 같은 등기소 2000.8.2. 접수 제78660호로 마친 각 신탁등기의 말소등기절차를,

② 별지 1 내지 10 목록 기재 각 부동산에 관하여 2000.12.31. 신탁종료를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 각 이행하라. * A신탁이 청구법인으로부터 차입금 및 이에 대한 이 사건 신탁계약 종료 시까지 발생한 이자 및 이 사건 신탁계약으로 발생한 신탁보수 합계18,210,874,838원(17,963,967,427원 + 246,907,411원)

• 다) 2심 서울고등법원 판결 주문 주요내용(2005나****9, 2006.8.16.) 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 피고(A신탁)는 원고(청구법인)로부터 18,210,874,838원 및 이에 대한 2001.1.1.부터 다 갚는 날까지 연 5%의 비율에 의한 금원을 지급받은 다음 원고(청구법인)에게,

① 별지목록 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10 기재 각 부동산에 관하여 수원지방법원 □□지원 △△등기소 2000.5.4. 접수 제44931호로 마친, 별지 목록 4 기재 부동산에 관하여 같은 등기소 2000.8.2. 접수 제78660호로 마친 각 신탁등기의 말소등기절차를,

② 별지목록 1 내지 10 목록 기재 각 부동산에 관하여 2000.12.31. 신탁종료를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 각 이행하라.

• 라) 3심 대법원 판결 주문 주요내용(2006다****1, 2009.1.30.) 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

① 비용보상의무의 범위의 점에 대하여 원심은 이 사건 신탁종료일인 2000.12.31.을 기준으로 하여 피고(A신탁)의 차입원리금을 17,963,967,427원으로 확정하고 이에 대하여 그 다음날부터 완제일까지민법에서 정한 연 5%의 비율에 의한 지연손해금을 가산하여 원고(청구법인)의 피고(A신탁)에 대한 비용보상의무를 정하는 한편, 피고(A신탁)가 신탁종료 이후에 신탁사무의 처리 및 종결을 위하여 비용을 지출하였다거나 채무를 부담하였다고 주장하는 사항에 관하여는 그것이 단지 법정신탁의 목적달성에 필요한 비용이 아니라는 이유를 들어 원고(청구법인)가 그에 관하여 비용보상을 할 의무가 없다는 취지로 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 신탁종료 후 수익자 겸 귀속권리자의 비용보상의무의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.(A신탁의 상고이유 인정)

② 수탁자의 충실의무 위반 원심이 피고(A신탁)가 고유계정에서 신탁계정으로 자금을 재대여하고 일부 금리를 가산한 것은신탁법제31조제1항에 반하여 무효라고 할 수 없다는 이유로 위와 같은 가산 이자도 피고(A신탁)의 비용보상의무의 범위에 속한다는 취지로 판단한 데에는신탁법제31조 제1항의 해석‧적용에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.(청구법인의 상고이유 인정)

• 마) 4심 서울고등법원 파기환송심 판결 주문 주요내용(2009나****5, 2010.12.30.) 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 피고(A신탁)는 원고(청구법인)로부터 40,193,748,012원을 지급받은 다음원고(청구법인)에게,

① 별지목록 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10 기재 각 부동산에 관하여 수원지방법원 □□지원 △△등기소 2000.5.4. 접수 제44931호로 마친 신탁등기 및 별지 목록 4 기재 부동산에 관하여 같은 등기소 2000.8.2. 접수 제78660호로 마친 각 신탁등기의 말소등기절차를 이행하고,

② 별지목록 1 내지 10 목록 기재 각 부동산에 관하여 2000.12.31. 신탁종료를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 각 이행하라.

• 바) 5심 대법원 판결 주문 주요내용(2011다****2, 2011.6.10.) 원심판결 중 원고(청구법인) 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고(A신탁)의 상고를 기각한다.

① 원심이, 피고(A신탁)가 자기자금으로 이 사건 신탁계정에 대여한 경우에도 외부차입금과 같은 차입비용이 발생한다고 판단한 데에는신탁법제31조 제1항의 해석‧적용에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

② 원심으로서는 피고(A신탁)가 2005.3.30. 이후 원금에 산입되지 않게 된 이자 지급을 위하여 실제 외부차입을 하여 그 자금 조달에 필요한 비용을 부담하였는지 여부와 그 부담이 신탁종료 후 잔존 신탁사무의 처리 내지 종결을 위하여 정당하게 부담한 것인지 여부 등을 심리하였어야 한다. 그럼에도 이자 지급을 위한 실제 차입여부를 가려봄이 없이 그 판시와 같은 사정만으로 이자에 대하여도 차입비용을 산정하여야 한다고 본 원심판단에는 신탁종료 후 비용보상의무의 범위에 관한 법리를 오해하여 그에 관한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

• 사) 6심 서울고등법원 파기환송심(2011나**3, 진행 중) 위 대법원 판결(2011다**2, 2011.6.10.)에 따른 파기환송심이 2011.7.27. 서울고등법원에 접수되어 현재 재판중이다.

5. 청구법인의 부가가치세 신고내용 청구법인은 2012년 사업연도에 대한 법인세는 신고한 바 없으나, 부가가치세는 아래와 같이 신고한 것이 청구법인이 제출한 부가가치세 신고서에 의해 확인된다. 부가가치세 신고한 매출액에 대한 업종은 운수업/주차장 운영업(업종코드 630303)이며, 이 업종에 대한 2012년 과세연도 자가율에 따른 기준경비율은 16.5%이다. < 부가가치세 신고내용 > (단위: 건, 원) 구분 과세기간 공급가액 세액 합 계 매출 (운수/ 주차장 운영업) 합계 778,506,927 77,850,702 2012년 1기 (예정+확정) 290,519,225 29,051,932 2012년 2기 (예정+확정) 487,987,702 48,798,770 매입 합계 225,867,249 22,586,724 2012년 1기 (예정+확정) 95,845,671 9,584,560 2012년 2기 (예정:수정+확정) 130,021,578 13,002,157 * 2012년 제2기 부가가치세 신고서상 매입금액 209,464,578원 중 주차장 수입금액과 관련이 없고, 신탁재산의 분양과 관련된 것으로 매입세액 불공제(사업무관 지출액)한 매입금액 79,443,000원을 차감한 금액이다.

6. 처분청의 법인세 추계결정 내역과 검토내용 등 처분청은 청구법인이 2012년도에 부가가치세는 신고하였으나, 법인세를 신고하지 않은 것에 대해 청구법인이 신고한 매출 전자세금계산서 합계표를 근거로 청구법인의 2012년 사업년도 소득금액을 추계결정하여 이 건 처분하였다. 한편, 청구법인이 이 건 처분과 관련하여 부가가치세를 신고한 이외에 장부나 그 밖의 증명서류를 제출한 바 없었다.

• 가) 처분청의 이 건 법인세 처분 및 소득금액 변동통지 내용 이 건 법인세 결정결의서에 의하면, 청구법인이 2012년도에 부가가치세로 신고한 매출액 778,506,927원에 대해 법인세 무신고하자 처분청은 2014.5.16. 부가가치세 신고서상 매출액을 근거로 아래와 같이 추계로 산정한 각 사업연도 소득금액 693,469,672원을 대표자에게 상여처분하고, 또한 법인세 154,764,460원을 결정고지하였다. < 법인세 결정 및 소득금액변동통지 내역 > (단위: 원) 사업연도 2012년 수입금액 778,506,927 각 사업연도 소득금액(추계) 693,649,672 과세표준 693,649,672 산출세액 118,729,934 총부담세액 154,764,468 소득처분 (대표자 김봉식 상여) 693,649,672
• 나) 처분청의 추계에 의한 각 사업연도 소득금액 산정내용 및 검토내용 처분청이 제출한 ‘추계소득금액 산출근거’에 의하면, 청구법인의 주차장 운영업(코드번호 519112)에 대한 2012년 (자가)기준경비율 10.9%을 적용하여 추계결정한 것으로 나타나며, 그 산출내용은 아래와 같고, 매입비용 및 인건비로 인정한 금액은 0원이다. 그러나, 처분청이 적용한 업종 코드번호 519112은 도․소매/산업용재화로서 주차장 운영업에 관한 코드번호 및 기준경비율이 아니다. 한편, 청구법인이 제출한 부가가치세 신고서 및 세금계산서에 의하면, 청구법인이 발행한 세금계산서상 품목은 주차장 운영수입으로서 이에 대한 업종은 운수/주차장 운영업, 업종 코드번호는 630303인바, 2012년 주차장 운영업의 (자가)기준경비율은 16.5%이고, 2012년 부가가치세 신고서상 확인되는 일반관리비 등 일반매입비용이 225,867,249원(수취한 세금계산서 369,252,249원 중 신탁재산의 분양과 관련하여 사업과 관련 없는 매입액으로 보아 2012년 제1기에 부가가치세 신고 자체를 하지 않은 63,942,000원과 2012년 제2기에 부가가치세 신고하면서 매입세액 불공제한 매입금액 79,443,000원이 제외된 금액이다)이며, 인건비는 국세통합전산망에 의하더라도 별도로 확인되지 않는다. 이에 따라 추계소득금액의 산정내역에 대한 처분청과 심리담당자의 검토내역을 비교하면 다음과 같으며, 추계소득금액 269,463,636원이 과다산정되었다. < 추계소득금액 계산 검토내용 > (단위: 원) 사업연도 차이 ⓐ = ⓑ

• ⓒ 처분청 ⓑ 검토내용 ⓒ 적용 기준경비율 10.9% (도․소매/산업용재화) 16.5% (운수/주차장업) 수입금액① 0 778,506,927 778,506,927 주요경비 소계② △ 225,867,249 0 225,867,249 매입비용 △ 225,867,249 0 225,867,249 임차료 0 0 0 인건비 0 0 0 기준경비③(①×적용율) △43,596,387 84,857,255 128,453,642 추계소득금액 (①-②-③) 269,463,636 693,649,672 424,186,036

• 라. 판단 살피건대,법인세법제60조제1항은 “납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다”라고 규정하고 있고, 같은 조제3항은 “제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다”고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제66조제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다”라고 규정하고 있고, 같은 법제66조제3항단서는 “대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제104조제2항제1호는 “법 제66조제3항단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에 사업수입금액에서 매입비용, 인건비, 사업수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법에 따른다”고 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구법인이 A신탁과 2004.6.23.부터 현재까지 소유권이전등기와 신탁보수 등에 관한 소송이 진행 중인 사실은 인정되나, 소송진행 중인 사유가국세기본법제6조제1항에 따른 기한 연장의 사유에 해당하지 않으며, 청구법인과 A신탁 간의 소송내용은 신탁보수 정산금액의 다과 등에 관한 분쟁으로서 이 건 소송이 종결된 경우 청구법인이 각 사업연도의 법인세를 신고기한 내에 신고한 것을 전제로 수정신고 또는 경정청구하는 것은 별론으로 하더라도 소송이 진행 중이더라도 수탁자인 A신탁을 통해 발행된 세금계산서 등에 의해 납세의무가 확정된 수입금액 등에 대해 납세의무가 있는 내국법인은법인세법제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 점, 청구법인이 2012년 사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 신고하지 않았고, 장부나 그 밖의 증명서류도 제시하지 않아 처분청이 장부 및 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없어법인세법제66조제3항단서에 따라 청구법인의 2012년 사업연도 소득금액을 추계하여 과세한 것은 적법한 것인 점, 이 건 법인세 과세의 근거가 된 전자세금계산서는 수탁자인 A신탁이 청구법인을 공급자로 하여 작성되어 있고, 청구법인의 주차장 운영수입에 따른 것으로서 쟁점금액의 실질 수익자는 청구법인인 점, 청구법인은 2003년 사업연도 당기 이월결손금이 14억원이므로 이러한 추이로 보아 현재 납부할 세액이 없을 것으로 추정되므로 처분청의 이 건 법인세 고지결정은 취소되어야 한다는 주장이나, 이는 추정일 뿐이며 청구법인이 2004년부터 2013년까지의 사업연도 법인세를 무신고하면서 2012년 사업연도 이전까지의 이월결손금을 명확하게 관리하지 않아 납부할 세액이 없다고 단정할 수 없을 뿐만 아니라 청구주장대로 추정에 따라 이 건 법인세 과세를 유예하거나 결정을 취소할 법적 근거도 없는 점 등 이상의 관련법령과 사실관계를 종합하면, 청구법인이 청구법인과 A신탁 간의 신탁재산에 대한 소유권이전등기와 신탁보수 등 정산금액에 대한 확정판결이 난 후 각 사업연도 법인세 과세표준을 사후신고하여 납부할 예정이므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되거나 유예되어야 하며, 쟁점금액의 실지 귀속자는 A신탁이라는 청구주장 및 청구법인의 연도별 발생된 이월결손금의 추이로 보아 현재는 납부하여야 할 세액이 없는 것으로 추정되므로 이 건 처분은 취소되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 처분청이 산정한 청구법인의 추계소득금액 693,649,672원은 매입비용 225,867,249원, 기준경비 43,596,387원, 합계 269,463,636원을 총수입금액에서 적게 공제하여 과다산정한 소득금액으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.