비영리법인의 수익사업과 관련된 위약금은 수익사업에서 발생된 것으로 봄이 타당함.

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2006.2.15. ○○세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리법인(종중)으로, 2008.7.14. 청구법인이 소유 토지 중 아래 목록과 같이 경기 ○○시 ○○동 199-1 25,789㎡ 등 합계 12필지 148,764㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 (주) ▢▢디자인(이하 “▢▢디자인”이라 한다) 에게 매매 가액 585억원에 양도하기로 부동산 매매계약 (이 하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고 계약금 58억 5천만원을 지급받은 후, ▢▢디자인이 쟁점계약 및 쟁점계약에 대한 청구법인과의 합의내용을 이행하지 못하자 2011.10.26. 쟁점계약을 합의해제하고 계약금 중 42억원을 위약금(이하 “쟁점위약금”이라 한다)으로 한다는 최종합의를 하였으나 쟁점위약금에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다. <쟁점토지 목록> (단위: 백만원) 번호 토지 주소 지번 지목 매각면적 필지별 매각대금 ㎡ 평

①

○○시 ○○동 199-1 잡종지 25,789 7,801 10,141

②

○○시 ○○동 199-2 체육용지 21,456 6,490 8,437

③

○○시 ○○동 199-3 체육용지 13,223 4,000 5,199

④

○○시 ○○동 199-4 도로 2,259 683 888

⑤

○○시 ○○동 199-5 임야 8,462 2,560 3,327

⑥

○○시 ○○동 199-6 잡종지 131 40 51

⑦

○○시 ○○동 198-15 임야 3,802 1,150 1,495

⑧

○○시 ○○동 산96 임야 1,517 459 596

⑨

○○시 ○○동 산96-5 임야 829 250 325

⑩

○○시 ○○동 산96-6 임야 599 181 235

⑪

○○시 ○○동 산96-7 임야 148 45 58

⑫

○○시 ○○동 산96-8 임야 70,549 21,341 27,743 합계 148,764 45,000 58,500

• 나. 처분청은 2014.3.3.부터 2014.3.22.까지 청구법인에 대하여 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점계약의 합 의해제로 인한 위약금을 청구법인의 과세소득 으로 보아 그 수입이 확정된 날인 2011사업연도에 42억원을 익금으로 산입하고 관련비용 320,900,000원을 손금으로 산입하여 2014.3.25. 2011사업연도 법인세 1,174,930,870원을 고지하였
• 다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.20. 처분청에 이의신청을 하였고, 처분청은 쟁점토지 중 ④∼⑫토지는 청구법인의 고유목적사업에 사용한 것으로 인정하고 쟁점위약금 중 쟁점계약 합의해제일(쟁점위약금을 지급받은 날: 2011.10.26.)의 필지별 기준시가를 기준으로 전체토지에서 ④∼⑫토지가 차지하는 비율(769백만원)을 소득금액에서 차감하도록 결정하였고, 이에 따라 2011사업연도 법인세 239,722,020원을 감액･결정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

1. 쟁점①에 대하여 처분청은 쟁점토지 중 ④∼⑫토지는 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 인정하여 이와 관련된 위약금은 비과세하였으나, ①, ②, ③토지는 수익사업(임대업)에 사용하였다고 하여 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 하여 이와 관련된 위약금은 과세하였는데, 청구법인의 정관에 규정된 고유목적사업에는 선조 봉존 및 종재 관리뿐만 아니라 정관 목적을 달성하기 위하여 기타 전항에 부합하는 일체의 사항을 할 수 있도록 되어 있는데, 이 러한 고유목적사업을 영위하기 위하여 청구법인은 불가피하게 쟁점토지 중

①, ②, ③를 임대하였으며, 청구법인은 그 임대수익으로 쟁점토지의 유지 및 관리뿐만 아니라 선조에 대한 제사를 지내는 등 정관상 목적사업에 필요한 비용에 충당하였고, 이를 제외한 나머지 쟁점토지(④~⑫번)는 선산으로 조상 의 분묘가 있어 선조의 봉존 및 향사 등 고유목적사업에 직접 사용하였다. 법인세법 시행령 제2조 제2항 에서 비영리법인의 수익사업에서 제외하는 고정자산이란 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로, 해당 고정자산의 유지 및 관리 등을 위한 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 본다고 하였는바,

①, ②, ③토지에서 발생한 임대수입으로 청구법인, 즉 종중이 물려받은 분묘 및 선산을 유지하고 선조 봉존·향사 및 종재관리에 관한 일 등에 부수되는 정관상 고유목적사업에 사용하였으므로, 이와 관련된 위약금도 비과세 되어야 한다.

2. 쟁점②에 대하여 ▢▢디자인은 건축시행사로 청구법인과 쟁점토지 매매계약 체결 및 계약이행합의, 최종 합의해제 과정에서 첨부한 서류 등에 의하면, 쟁점토지를 매입하여 아파트를 신축할 계획으로 매매계약 체결 후 쟁점토지를 ○○시청에 아파트 신축을 위하여 2종 일반주거지역으로 용도변경을 신청하였으나 시공사 선정 등의 문제로 기간이 오래 걸려 승인을 득하지 못해 사업을 포기한 것으로 ▢▢디자인이 쟁점토지에 있는 자동차운전학원 및 골프연습장을 취득한 이후에도 계속 이용하려한 것이 아니라 새로운 사업에 사용할 목적으로 취득한 것이었기 때문에 필지별로 다르게 양도가액을 산정할 필요가 없었다. 일반적으로 부동산 매매계약에 있어 매수인이 계약을 이행하지 못하여 해제 하는 경우 기지급받은 계약금이 위약금으로 대체되고, 위약금 산정기준은 당초 계약시 매매가액을 기준으로 산정된다. 이 건의 경우도 계약금을 이미 지급받은 상황에서 매수인의 계약불이행으로 계약금이 위약금으로 대체되었고, 그 과정에서 매수인 측의 위약금 감액요청에 따라 일부 금액을 감액하여 그 가액을 확정한 것이므로 당초 매매계약서상의 매매가액 산정한 필지별 매매대금을 기준으로 쟁점위약금을 과세소득과 비과세소득으로 안분하여야 한다. 국세청 예규(법규재산2012-259, 2012.6.17) 및 심사결정례(심사양도2014-0150, 2014.11.18.)는 양도자와 양수자간 협의에 의한 매매계약서상 양도가액은 비록 필지별로 기준시가가 다르거나 객관적 산정근거가 미약한 상태에서 매매계약서가 작성되었다 하더라도 실지거래가액으로 보고 있으므로, 청구법인과 ▢▢디자인의 협의에 의한 매매계약서상 필지별 양도가액은 기준시가에 따라 그 가액을 구분하지 않았다는 이유로 실지거래가액이라고 부인할 수 없으며, 해당 양도가액을 비합리적이라고 단정할 수도 없다.

• 나. 처분청 의견

1. 쟁점①에 대하여 법인세법 제3조 제3항 에서 비영리법인이 운영하는 부동산을 임대하여 발생한 소득은 사업소득으로 규정하고 있어 쟁점토지 중 ①토지는 2000년부터 ‘ ▢▢ 자동차학원’에 임대를 준 것으로 확인되고, ②, ③토지는 2006년부터 ‘ ▢▢ 골프연습장’에 임대를 준 것으로 확인되므로 쟁점토지 중 ①, ②, ③ 토지를 청구법인의 고유목적사업이 아닌 수익사업에 사용한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것으로, 쟁점위약금 중 수익사업에 사용한 ①, ②, ③ 토지에 해당하는 부분에 대하여 과세한 당초처분은 정당하다.

2. 쟁점②에 대하여 청구법인은 쟁점위약금의 과세소득과 비과세소득의 안분은 당초 계약서상 각 필지별 매매대금에 따라 안분하여 계산해야 한다고 주장하나, 청구법인의 쟁점토지 양도관련 임시총회 회의록에 의하면, 쟁점토지의 필지별 사용용도가 다른 별개의 토지로 각 필지별로 공시지가가 산정되어 있음에도 감정평가 등의 합리적인 방법에 의한 가격을 산정한 것이 아니라 쟁점토지 전체(45,000평)을 ▢▢디자인에 평당 130만원에 일괄양도한다고 되어 있어 각 필지별 양도가액이 불분명한 것으로 보이는바, 쟁점위약금을 지급받은 날의 필지별 기준시가를 기준으로 과세소득과 비과세소득을 안분하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 쟁점토지 전체를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아 쟁점위약금을 비과세하여야 하는지 여부

② (쟁점① 기각시 심리) 쟁점위약금을 과세소득과 비과세소득으로 안분계 산시 매매계약서상 필지별 매매가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조제1항 에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조제1항 에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인 하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 2) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 3) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. (2009. 12. 31. 개정)

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2009. 12. 31. 개정) 4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2007. 2. 28. 항번개정) 5) 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (2006. 2. 9. 개정)

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구법인은 ▢▢디자인과 2008.7.14. 쟁점토지를 585억원에 매매하기로 매매계약(쟁점계약)을 체결하고, 같은 날 ▢▢ 디자인으로부터 계약금 58억 5천만원을 지급받았으며, 이후 2010.7.12. 청구법인과 ▢▢디자인은 2011.9.30.까지 쟁점계약에 대한 토지거래계약허가를 받지 못하는 경우 쟁점계약은 합의해제된 것으로 본다는 1차 합의서를 작성하였고, 2011.10.26. ▢▢디자인이 1차 합의서에 따른 계약내용을 이행하지 못하자 쟁점계약을 합의해제하고 계약금 58억 5천만원 중 42억원(쟁점위약금)을 쟁점계약 불이행으로 인한 위약금으로 대체하기로 하는 2차 합의를 하였다. 2) 처분청과 청구법인은 쟁점토지 중 ①, ②, ③토지는 부동산 임대업에 사용하였고,

④ ∼⑫토지는 청구법인의 고유목적사업에 사용한 것에 대해서는 다툼이 없으며, 청구법인과 ▢▢디자인이 체결한 부동산매매계약서, 의서(1차, 2차), 종중회의록의 주요내용은 아래와 같다. <부동산매매계약서 주요내용>

□ 작성일자: 2008년 7월 14일

□ 매도인: 청구법인, 매수인: 주식회사 ▢▢디자인

□ 별 첨: 토지임대차내용 1부, 사업지지적도(가분할선) 1부, 사업추진일정표 1부, 인감증명서 1부.

□ 주요내용 1. [매매부동산의 표시] 별지 지적도(가분할선) 기재와 같으며 공부상 불일치하는 지번(산96, 산96-8)은 별지 지적도상의 면적으로 한다. 2. [부동산매매대금] 부동산의 매매대금은 585억원으로 한다. 3. [매매대금의 지급시기] 구 분 금 액 지급시기 계약금 5,850,000,000 매매계약체결시 잔 금 52,650,000,000 2009년 월 일 계 58,500,000,000 3-1. 면적이 착오가 있는 때에는 등기부상 면적과 평당 가격으로 정산한다. 3-2. 매매대금은 매매계약시 매도인이 요청하는 계좌로 지급한다. 계약금 수령과 동시에 199-4번지에 매수인이 근저당할 수 있도록 근저당설정서류를 교부하며, 잔급 지급시 소유권이전서류를 교부한다. 3-3. 매수인은 위 잔금지급일을 2009년 8월 30일로 한다.(단, 매수인이 사업승인 신청시, 사업승인을 득할 경우에는 사업승인일로부터 30일 이내 잔금을 지급키로 한다. 매수인의 귀책사유로 사업승인 지연시 잔금지급일을 1회 2개월까지 연장할 수 있다) <쟁점토지①, ②, ③ 임대차계약 주요내용> 1. ○○도 ○○시 ○○동 199-1(쟁점토지①) [지상건물 현황] 자동차관련시설 1,2층 637.85㎡ 및 자동차관련시설 단층 83.27㎡ [건물 소유자] 홍희 [임대차 현황] 계약기간: 2019년 9월 27일까지, 보증금: 2천만원, 월 세: 5십만원 2. ○○도 ○○시 ○○동 199-2, 같은 동 199-3(쟁점토지②, ③) [지상건물 현황] 제1동: 2종근린생활시설 지하1층 및 지상2층 974.95㎡ 제2동: 2종근린생활시설 지상2층 168.46㎡, 제3동: 운동시설 지상1층 1,495,26㎡ [건물 소유자] 김석 [임대차 현황] 계약기간: 20년, 보증금: 45백만원, 차임: 백미 80가마/년(1가마당 17만원으로 계산) <종중회의록 주요내용>

□ 2008년도 정기총회 - 개최일시: 2008년 3월 29일 10:30 - 참석현황: 총회 개회 통보서 발송자 104명 중 참석 86명(현 참석 54명, 위임자 32명) - 회장 발언: 개발부담금이 12억원 이상인데 개발부담금은 전적으로 토지주가 내도록 법령상에 되어 있고, 우리 종중에서 재정형편이 안되니 종토 일부라도 매각하여 납부해야 차후 경매 등의 불이익을 당하지 않은 것이니 종토 일부를 매각하는 것을 발의함. - 사회자 발언: 전 종현께서 만장일치로 위임하여 주신 종토 일부매각에 대하여는 이후 종재관리위원과 상임이사분들과 신중을 기하여 중지를 모아 조속히 처리하겠음. - 회장 발언: 종토 일부 매각에 대하여 집행부가 전적으로 위임을 받았음을 공포함.

□ 2008년도 임시총회 - 개최일시: 2008년 7월 13일 11:25~13:40 - 참석현황: 총 발송 260명 중 참석 105명(현 참석 69명, 위임자 36명) - 회장발언: 종재 일부 매각 확정에 따른 계약체결 승인 및 위임 결의 승인의 건을 상정함. - 회장이 종중재산 일부 매각안에 대하여 거수로 의견을 모은 후, - 회장발언: 종재 일부 매각 확정에 따른 계약체결 승인 및 위임 결의 승인의 건을 참석 종원 105명 중 101명(위임자 포함)이 찬성하여 주셨으므로 ○○시 ○○동 199-1 번지 외 11필지 45,000평을 (주)▢▢디자인에 평당 130만원에 매각하기로 하고 이를 선포함. 3) ○○시청에 등록된 종중등록사항 등에 의하면, 청구법인은 1991.10.21.신규등록 신청하였고, 신규등록 신청시 제출한 종중규약과 조사당시 제출한 종중정관의 주요내용은 아래와 같다. 구 분 종중 신규등록시 제출한 종중규약 조사당시 제출한 종중정관 제정 시기 1991.9.10. 2011.8.21. 재제정 구 성 제1조[명칭], 제2조[목적] 등 총 13조 제1조[명칭], 제2조[목적], 제3조 [사업] 등 총 24조 주요 내용 제2조[목적] 본 종중은 선조의 묘를 수호하고 위선사업과 종재 를 관리하고 친목을 도모함을 목적으로 한다. 제2조[목적] 본회는 선조을 봉존하며 종재관리 및 종족돈목을 목적으로 한다. 제5조[사업] 본회의 사업은 다음과 같다. 1. 선조 봉존․향사 및 종재 관리에 관한 일 2. 보사편수 및 문헌 발굴 보존에 관한 일 3. 돈목향상과 후예지도자 육성 및 장학에 관한 일 4. 선대조 문집․사기․문화자료 수집 및 편수

4. 국세통합전사자료 등에 의하면, ▢▢디자인은 2008.6.18. 개업하여 ○○시 ○○ 구 ○○동 36에서 부동산업(일반주택건설)을 주 업종으로 하는 법인으로 나타난다.

5. 국세통합전산자료에 의하면, 쟁점토지①, ②, ③의 임차인의 사업자등록현황은 다음과 같다. 토지번호 상호 사업자 등록번호 대표자 업태/종목 개업일 폐업일

① ▢▢학원 홍*희 서비스/자동차운전전문학원 ‘00.03.01 ‘12.06.30

②,③ ▢▢골프 연습장 김*석 외 1명 서비스/골프연습장 ‘06.05.01 계속

6. 쟁점토지의 매매계약서상 필지별 매매대금과 공시지가는 아래와 같으며, 심리담당자가 심리과정에서 청구법인에게 쟁점토지의 필지별 매매대금을 산정한 증빙을 요구하였으나, 매매당사자간의 합의에 의해 쟁점토지의 3.3㎡(1평)당 1,300천원으로 하기로 하였다고 할 뿐 필지별 매매대금의 산정에 대한 다른 증빙은 제시하지 아니하였다. (단위: 천원, %) 토지번호 지번 지목 ㎡당 매매가액(A) 공시지가(B) 비율 (A)/(B)

①

○○시 ○○동 199-1 잡종지 393 184 214

②

○○시 ○○동 199-2 체육용지 393 265 148

③

○○시 ○○동 199-3 체육용지 393 265 148

④

○○시 ○○동 199-4 도로 393 27 1,440

⑤

○○시 ○○동 199-5 임야 393 44 894

⑥

○○시 ○○동 199-6 잡종지 393 58 670

⑦

○○시 ○○동 198-15 임야 393 58 670

⑧

○○시 ○○동 산96 임야 393 43 917

⑨

○○시 ○○동 산96-5 임야 393 45 869

⑩

○○시 ○○동 산96-6 임야 393 45 872

⑪

○○시 ○○동 산96-7 임야 393 13 2,979

⑫

○○시 ○○동 산96-8 임야 393 43 917

6. 청구법인은 쟁점토지①, ②, ③ 에서 발생한 임대수익은 정관상 고유목적 사업에 사용하였다고 주장하며 제출한 심라자료에 의하면, 2007∼2013년도 수입 및 지출 현황은 다음과 같다. (단위: 천원) 귀속연도 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 임대수입 9,000 23,790 29,790 26,790 41,580 58,000 18,000 비용 ∙세금과공과 1,230,284 78,502 81,111 109,350 98,538 98,815 ∙지급수수료 403,220 47,504 16,401 127,279 5,242 5,860 ∙기타제비용 453 12,728 23,379 24,104 97,369 42,193 69,322 손익 8,547 △1,622,442 △119,595 △94,826 △292,418 △ 87,974 △155,997

• 라. 판단

1. 쟁점①에 대하여 살피건대, ｢ 법인세법｣ 제3조 제3항 은 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득(수익사업)은 부동산･임대 및 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산 으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입으로 한다고 규정하고 있고, ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제2항 은 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다고 규정하고 있으며, ｢법인세법 기본통칙｣ 3-2…1에서 수익 사업에서 생긴 소득이란 주된 수입금액 및 부수수익의 합계액으로 수익사업과 관련된 계약의 위약, 해약으로 받는 위약금과 배상금 등을 부수수익으로 예시하고 있다. 청구법인의 정관에 의하면 고유목적사업을 선조봉존･항사 및 종재 관리에 관한 일, 보사편수 및 문헌 발굴 보존에 관한 일, 돈목향상과 후예지도자 육성 및 장학에 관한 일, 선대조 문집․사기․문화자료 수집 및 편수, 종원 복지 증진에 관한 일, 종원 복지 증진에 관한 일을 고유목적사업으로 정하고 있음에도, 청구법인은 ①, ②, ③토지의 부동산･임대에 발생한 소득을 쟁점토지의 유지 및 관리뿐만 아니라 선조에 대한 제사를 지내는 등 정관상 목적사업에 필요한 비용에 충당하였으므로 고유목적사업에 사용한 것이라고 주장하나, 위 관련법령 및 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 부동산･임대에서 발 생한 소득을 정관상 목적사업에 필요한 비용에 충당하였더라도 부동산･임대에 사용한

①, ②, ③토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 하기는 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점위약금 중 쟁점토지 가액에서 ①, ②, ③토지가 차지하 는 가액의 비율만큼을 수익사업에서 생긴 소득으로 보아 과세한 이건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대하여 살피건대, ｢소득세법｣ 제100조 및 같은 법 시행령 제166조 제6항, ｢부가가치세법 시행령｣ 48조의2 제4항 제1호 에서 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우 에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 토지와 건물 등에 대한 ｢소득세법｣ 제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있다. 청구법인과 ▢▢디자인이 체결한 쟁점토지의 매매계약서에 의하면, 쟁점토지는 12개의 필지로 지목 및 공시지가가 상이함에도 필지별 가치를 감정평가 등의 합리적인 방법으로 산정하지 아니하고 모든 필지의 가치가 동일한 것으로 보아 필지별 가액을 산정하여 계약서를 체결한 것으로 나타나, 처분청이 쟁점토지의 필지별 매매가액에 대한 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점위약금 중 수익사 업에서 발생한 소득을 쟁점토지의 필지별 기준시가로 안분계산하여 청구인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.