해명안내문을 받은 후 수정신고한 것은 ‘경정이 있을 것을 미리 안 경우’임

청구법인은 1999.09.20. 000시 00동 19*-2번지에서 개업하여 전기계장기술과 관련된 자동제어 장치 제조업을 영위하는 법인으로서, 처분청이 2012.12.20. 발송한 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출 안내문’(이하 “쟁점안내문”이라 한다)을 받은 후 2013.01.31. 정규증빙이 없는 비용 273,908,800원을 원가 부인하면서 대표자 개인 자금에서 회수하여 법인통장에 입금한 2억원은 유보처분하고, 회수하지 못한 금액 73,908,800원을 상여처분하여 2010사업연도 법인세와 종합소득세 등 109,102,830원을 수정신고․납부하였고, 수정신고 시 추가되는 법인세에 대하여는 중소기업특별세액감면을 적용하였다. 처분청은 2014.04.10.～04.29. 기간 동안 **지방국세청 종합감사시 지적된 사항에 대해 검토한 결과 청구법인의 수정신고는 경정이 있을 것을 미리 알고 한 경우로 판단하여, 2014.08.01. 수정신고와 관련된 중소기업특별세액 감면을 배제하여 2010.01.01.〜12.31. 사업연도 법인세 18,334,225원을 고지하고, 대표자로부터 회수한 2억원은 상여처분하여 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.02. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 국세부과의 원칙 중 국세기본법 제15조 의 신의성실의 원칙에 위배된다. 1) 통상 법인세신고를 대비하여 국세청에서는 법인세 신고 관련 간담회를 개최하고 성실신고를 유도하고자 신고 시 유의할 사항 등에 대하여 신고안내문을 발송하는데 신고안내문의 내용은 세무행정 집행과정에서 도출되는 문제점을 대표적인 사례를 인용하여 동일한 사례나 유사사례를 반복하지 말도록 신고 시 주의의무를 경각시키고 성실신고를 유도하는 안내문이다. 2) 신고 사후 검증에 따른 안내문도 그 맥락을 같이하는 것으로서 과세관청이 법인세 신고 후 자체 전산 시스템 등으로 신고내용을 분석하여 대상법인을 선정하고 분석 내용을 안내하여 납세자 스스로 검증하게 함으로써 자발적인 자기시정의 기회를 부여하는 취지의 안내문이다. 즉, 과세관청이 일정한 검증 서식표를 만들어 납세자 스스로 그 서식을 작성하면서 확인되는 오류분에 대하여 납세자의 수정신고를 유도하는 공문이다. 3) 그렇다면 과세관청의 입장에서 자기 노력 없이 납세자 스스로에게 자기시정의 기회를 부여하여 스스로 자진 신고납부 하였다면 납세자에게도 그에 따른 혜택을 부여하는 것이 과세관청이 지켜야 할 신의성실 원칙일 것이며, 그러한 혜택이 바로 중소기업특별세액감면 및 유보처분을 인정해 주는 처분일 것이다. 이 제도를 시행하면서 납세자 스스로 자진신고 납부한 결과와 세무조사를 나와 추징한 결과가 같다면 동 제도의 취지와도 맞지 않을 것이다.
• 나. 세법적용의 원칙 중 국세기본법 제18조 세법해석의 기준에 위배된다. 1) 처분청은 유보처분한 2억원에 대하여 유보처분을 부인하고 법인세 결정시 중소기업특별세액감면을 배제한 근거를 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서규정인 ‘경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고’하였다고 판단하였으나, 2) 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서 규정을 살펴보면, 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집, 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명통지를 받은 경우

5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 이 건 법인세 신고관련 해명자료 제출 안내문은 동 규정 1〜6호 어느 하나에도 해당되지 않는다.

3. 안내문에 첨부된 검토서는 과세자료가 아니라 처분청이 납세자 스스로 자기 검증을 보다 하기 쉽게 고안한 서식으로서 과세자료라는 용어는 세법상 용어로서 국세청훈령인 사무처리규정에 명확히 정의되어 있으므로 처분청이 보정요구자료를 과세자료로 판단하여 법인세법 제106조 제4항 단서규정을 적용하는 것은 세법을 해석‧적용할 때에는 과세 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 국세기본법 제18조 세법해석의 기준을 침해하는 처분이다.

• 가. 정규증빙 미수취로 인한 법인세 신고관련 사후검증 해명자료 안내문은 탈루혐의가 있는 극소수의 법인에게만 발송한 것으로 그 내용에서 가공원가에 대해 명백히 적시하고 있다.
• 나. 청구법인은 2012.12.20. 발송한 쟁점안내문을 받은 이후 2013.01.29. 사외유출된 가공경비 2억원을 회수하고 2013.01.31. 법인세 수정신고하였으며, 수정신고는 쟁점안내문에 의한 것이다.
• 다. 청구법인은 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 법인세법 시행령 제106조 및 조세특례제한법 제128조 에 의거 중소기업특별세액 감면 배제 및 상여처분으로 인한 과세는 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점안내문을 받고 수정 신고한 경우를 경정이 있을 것을 미리 안 경우로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제67조 【소득 처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 2) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 3) 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) 4) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 마. 제조업

• 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20 5) 조세특례제한법 제128조 【추계과세 시 등의 감면배제】

③ 소득세법 제80조제2항 또는 법인세법 제66조제2항 에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항을 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 처분청은 2012.12.20. 청구법인에게 발송한 쟁점안내문의 내용은 다음과 같다. 법인세 신고관련 해명자료 제출 안내 귀사가 제출한 2010.01.01.∼2010.12.31. 사업연도 법인세 신고 서류를 검토한 결과 확인할 사항이 있어 아래의 자료를 요청하오니 2013.01.11.까지 제출하여 주시기 바랍니다. (요청근거: 법인세법제60조 제6항 및 같은법 제122조 또는 상속세 및 증여세법 제84 조)

○ 제출할 자료 당해 법인의 ’10사업연도 재무제표를 분석한 바 (세금)계산서 등 정규증빙 수취대상 계정과목의 합계액과 당해 법인에서 신고한 (세금)계산서 등 정규증빙의 수취금액의 합계액이 차이가 발생하여 안내하니 아래 자료를 제출하여 주시기 바랍니다.

• 계정과목별 검토서(붙임)

• 정상 신고인 경우: 관련증빙(원장, 세금계산서 합계표 등) 제출

• 신고 누락인 경우: 해당 계정별원장, 증빙미수취 자료명세, 법인세 수정신고서 제출 2) 처분청은 국세청의 법인신고사후검증업무와 관련하여 2012.11월 자체 수립한 ‘정규증빙 미수취 분석계획’에 따라 총 25개 법인을 사후검증 대상으로 선정한 후 서면검토를 통해 쟁점안내문을 발송하였다. 3) 청구법인은 쟁점안내문을 수령한 후 정규증빙이 없는 비용 273,908,800원을 원가부인하면서 그 중 2억원은 대표자 개인 자금에서 회수하여 2013.01.29. 청구법인 통장으로 입금한 후 손금불산입 유보처분하고, 회수하지 못한 금액 73,908,800원은 상여로 처분하여 2013.01.31. 수정신고․납부하였고, 수정신고 시 추가되는 법인세에 대하여는 중소기업특별세액감면을 적용하였다. 4) 처분청은 2014.04.10.∼04.29. 기간 동안 **지방국세청 종합감사 시 지적된 사항에 대해 검토한 후 수정신고와 관련된 중소기업특별세액 감면을 배제하고 청구법인 통장으로 회수한 2억원에 대하여도 상여처분하였다.

• 라. 판단 법인세법 시행령 제106조 제4항 에서는 수정신고 기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외 유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하고, 다만 경정이 있을 것을 미리 알고 사외 유출된 금액을 익금산입 하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제128조 제3항 에서는 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출하는 경우에는 대통령령으로 정하는 과소 신고금액에 대하여 제7조 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. 본래 사외유출되어 당해 법인의 대표자 등에게 귀속된 금액에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 금액이 당해 법인에 환원되었다 하더라도 이미 성립한 소득세 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 에 따라 소득처분을 하는 것이 원칙이지만, 같은 조 제4항 본문은 당해 법인이 소정의 기한 내에 자발적인 노력에 의하여 그 금액을 회수한 경우에는 그 금액이 사외유출되지 아니한 것으로 보아 위 원칙에 따른 소득처분을 하지 아니함으로써 당해 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 준 것이고, 당해 법인이 사외유출된 금액을 회수하더라도 그것이 당해 법인의 자발적인 노력에 의한 것이 아닌 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 소득처분을 하도록 한 것이 같은 항 단서이며(대법원2009두9307, 2011.11.10 참조), 위 규정은 납세자가 경정을 미리 알았는지 여부를 판단하는 징표로서 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등을 예시하고 있어 그와 같은 객관적인 징표들에 의하여 추정되는 납세자의 의사에 의하여 판단하도록 규정되어 있다고 할 것이다(서울고등법원2013누23531, 2014.04.17. 참조). 이러한 법리에 의해 이 건을 살펴보면, 청구법인은 2013.1.29. 대표자로부터 2010귀속 사업연도에 사외유출된 2억원을 회수한 다음 법인세 수정신고를 하면서 이를 익금에 산입하고 사내유보로 처리하였으나, 청구법인이 2012.12.20. 받은 쟁점안내문에는 정규증빙이 없는 원가에 대하여 명확히 적시되어 있어 청구법인으로서는 정규증빙이 없는 원가에 대하여 경정이 있을 것을 충분히 알 수 있었을 것으로 예상되는바, 이후의 수정신고는 이미 자기시정의 기회를 상실한 후에 행한 것으로 봄이 상당하므로 법인세법 제106조 제4항 단서에 따라 처분청이 대표자로부터 회수한 2억원을 상여처분하고 조세특례제한법 제128조 제3항 에 따라 중소기업에 대한 특별세액 감면을 배제한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.