사이버신학대학원이 받은 인터넷강의 수강료수입금액은 수익사업에서 제외되지 아니함

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구법인은 ‘기독교 정신에 입각하여 국가, 사회 그리고 교회의 발전과 세계선교에 기여할 수 있는 영성을 갖춘 학자, 목회자, 선교사, 기독교 지도자를 양성하기 위해 복음주의 신학 전통에 입각한 신학 전문교육을 실시함’을 목적으로 설립되었으며, 처분청으로부터 2009.11.1. 수익사업을 하지 않은 비영리법인으로 승인받아 고유번호를 발급받았다. 나. 청구법인은 주무관청으로부터 인･허가를 받지 않은 신학대학원으로 2009.11.1. 개업한 이후 수강생들로부터 수업료를 받고 인터넷 강의 등을 제공하였으나, 부가가치세 및 법인세 등을 신고하지 않았다. 다. 이에 처분청(조사과)이 주무관청으로부터 인․허가를 받지 않은 청구법인이 제공하는 교육용역은부가가치세법제12조 제1항 제5호에 따른 부가가치세 면세대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인이 부가가치세 신고․납부하지 않은 2010년 제1기부터 2011년 제2기까지 수업료 수입금액 1,283,509,940원(이하 “쟁점수강료수입”이라 한다)에 대하여 부가가치세 165,192,580원을 부과처분하였고, 청구법인이 이에 불복하여 2013.5.31. 심사청구를 제기하였으나, 2013.7.26. 기각되었다. 라. 이에 처분청(법인세과)은 청구법인이 부가가치세를 신고･납부하지 않은 쟁점수강료수입금액자료(2010년 374,685,170원, 2011년 908,824,770원)를 근거로 추계로 각 사업연도 소득금액을 산정하여 2014.7.1. 법인세 208,595,940원(2010년 사업연도 44,797,010원, 2011년 사업연도 163,798,930원)을 결정고지하고, 결정한 소득금액의 소득처분은 대표자에 대한 상여로 하여 소득금액변동통지하였다[2010년 과세연도 239,920,248원(A 25,635,314원, K 214,284,934원), 2011년 과세연도 623,987,601원(A), 예상세액 251,599,530원)]. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 고등교육법에 명시되지 않은 학교가 아니라, 목사양성을 목적으로 하는 선교단체이므로 교육법에 따른 교육활동이 아니라 종교활동을 하는 종교단체로서, 종교단체가 공급하는 신학교육은 부가가치세 및 법인세 과세대상이 아님

1. 청구법인은 학교홍보 브로셔에서 나타나는 바와 같이, 기독교계의 원로목사들이 협력하여 복음전파에 헌신할 기독교 지도자(목회자선교사) 양성을 위하여 2010.2월에 설립된 신학교이다.

2. 청구법인의 설립은 B 목사(이사장, 전 C교회 담임목사), D 목사(총장, 전 E대학교 총장) 등 교회 및 신학교 원로목사 22명이 주축이 되었다.

3. 일반 오프라인 신학대학교는 일반학과에서 일반학문도 가르치고 있으나, 청구법인은 오직 신학과목만 가르치고 있으며, 목사 및 선교사 양성의 기독교 고유목적사업만 하는 학교이다. 그러므로 비영리 공익단체이며, 하나님 나라 확장을 위하여 영적 지도자를 양성하는 기독교 선교단체로서 선교단체의 자격으로 처분청에서 고유번호증을 부여받았다.

4. 매년 1억여원의 재정적자를 보면서 기부금이나 단기차입금으로 어렵게 운영하고 있으나, 기독교 지도자(목사선교사)를 양성하는 보람으로 학교를 운영하고 있는데, 부가가치세 및 법인세가 부과되면 재정의 이중고를 겪을 수밖에 없어, 이는 폐교하라는 압박으로 받아들일 수밖에 없다. 청구법인의 종교적 특수성과 종교 고유목적성을 인정하여 사명감을 갖고 운영되는 학교에 용기를 불어넣어 주기 바란다.

5. 청구법인은 우리나라고등교육법에 설립인가 기준이 없어 인가를 받지 못하였지만 이는 국가제도의 미비에 의한 것으로 청구법인에 잘못이 없다. 이에 신학석사(M.Div) 학위수여 자격을 충족하기 위하여 부득이 미국 캘리포니아 주정부의 인가를 받아 한국지부 형태로 운영하고 있다. 현재 162명이 등록하여 신학을 수학하고 있으며, 4회에 걸쳐 졸업생을 187여명을 배출하였고, 그 가운데서 86명이 목사안수를 받았으며, 현재 교회사역 및 선교사역에 힘쓰고 있다. 기독교 지도자 양성은 기독교의 확장과 발전을 위하여 가장 시급한 일로 청구법인은 이 일에 매진하여 4회에 걸쳐 187명의 교계 지도자를 배출하였다.

6. 영적지도자 양성은 일반 사회교육과 달리 하나님의 목적과 명령에 따라 필요성과 가치성을 부여받아 사명감을 갖고 설립 운영하는 목회자 및 선교사 양성사역으로 청구법인은 오직 목회자 양성에 필요한 과목만 개설하여 졸업생 모두 목사와 선교사로 기독교 일선에서 충성봉사하고 있다. 직업문제와 지역적 소외로 오프라인 신학을 공부할 수 없는 사람과 경제적 어려움으로 신학을 포기하는 사람이 많지만, 사이버교육은 이러한 문제점을 해소할 수 있고, 등록금도 오프라인 학교의 320~350만원의 60% 수준인 200만원을 받고 있다.

7. 청구법인은 고등교육법에 명시되지 않은 학교이므로 청구법인은 학교로 볼 수 없고 목사양성을 목적으로 하는 선교단체로 보아야 하며, 따라서 교육법에 따른 교육활동이 아니라 종교활동을 하고 있다. 법적 근거가 없음에도 불구하고 사명감을 갖고 운영되고 있는 이 청구법인을 일반사업자와 동일시하여 법인세를 추징한다는 것은 기독교 지도자 교육을 이해하지 못하는 것이며 기독교에 대한 부당한 대우로 여길 수밖에 없다. 종교단체가 공급하는 신학교육에 대하여부가가치세법제12조제1항제16호는 부가가치세를 면제하도록 하고 있다.

8. 국가의 고등교육법 미비로 인가받지 못한 책임을 청구법인에 지우는 것은 부당하며, 또한 고등교육법에 저촉되지 않으므로 종교활동으로 인정되어야 하고, 따라서 부가가치세 및 법인세부과는 부당하다.

9. 선교단체의 목회자 양성 교육은 교육용역으로 면세되기보다는 공익단체가 제공하는 용역으로 면세된다고 결정한 사례(국심83서1280, 1984.1.30.)도 있다.

10. 기독교 안에서 교회의 종교활동에 대해서는 적극 자유를 보장하는 반면, 신학교에 대하여는 종교활동을 제재하고 과세함으로써 위축시킨다면 이는 형평성에서도 어긋나며, 기독교의 양대 산맥은 교회와 신학교이다. 교회보다 더 중요한 신학교에 과세함으로써 종교활동을 위축시키는 것은 종교의 자유를 억압하는 결과를 가져올 것이다.

11. 청구법인은 일반학교가 아닌 종교학교로 영적 세계를 이끌어갈 영적 지도자를 양성배출하는 곳이므로 공익단체로 인정되어야 하고 공익단체가 제공하는 용역은 비과세되어야 한다.

• 나. 청구법인의 대표자가 청구법인의 이익금을 상여로 받은 사실이 전혀 없음에도 그 이익금을 대표자의 상여로 보는 것은 실제 상여여부와 관계없이 추정에 의한 것이므로 시정되어야 함

1. 청구법인은 운영과정에서 5억여원의 빚을 지고 있는 상황으로 대표자가 상여를 받았다고 간주하는 것은 부당하다. 청구법인이 이익을 얻었다 하더라도 대표자 모두 가져가지 않았고, 가져갈 수도 없으며, 또한 청구법인은 법인등록이 안된 개인이다.

2. 청구법인은 극심한 재정난에 문을 닫아야할 상황에 있는데, 무리한 법인세와 상여처분으로 소득세까지 과세하는 것은 이중과세에 해당한다.

• 가. 쟁점수강료수입금액이 부가가치세 면제대상인 교육용역인지에 대한 심사청구가 기각결정된 이후 청구법인이 쟁점수강료수입금액에 대응하는 비용으로 지출하였다는 입증자료를 제출하지 않아 처분청이 무신고한 청구법인에 대해 법인세 추계결정한 처분은 정당함

1. 청구법인이 인터넷 강의 등을 제공하고 수강생들로부터 수업료 명목으로 받은 쟁점수강료수입금액에 대하여 처분청이 2013.5.31.자로 청구법인에게 한 부가가치세 부과처분에 대해 청구법인이 부가가치세 면제대상인 교육용역에 해당한다고 주장하며 심사청구를 제기하였으나, 2013.7.26.자로 청구기각되었다.

2. 이에 처분청(법인세과)이 쟁점수강료수입금액에 대해 2014.5.9. 청구법인에게 법인세 해명자료 제출안내문을 발송하였으나, 청구법인이 제출기한인 2014.5.21.까지 해명자료를 제출하지 않아 법인세법제66조제3항 및 같은 법 시행령제104조제2항에 따라 쟁점수강료수입금액에서 청구법인의 거래처가 제출한 매입세금계산서상 매입비용, 임차료 및 기준경비[교육서비스업(코드번호 809007)에 해당하는 기준경비율 24.8% 적용]를 차감하여 산정한 추계소득금액에 의하여 이 건 법인세를 결정고지하였다.

3. 실지조사에 의하여 수입금액누락분을 발견한 경우, 그 누락부분에 대응하는 필요경비의 존재에 대한 입증책임은 납세의무자가 진다는 판례(대법원 2003. 3. 11.선고 2001두4399 판결 참조)에 따라 청구법인이 당초 법인세 해명자료제출 안내문을 받은 이후로 아무런 근거자료를 제출하지 않고 있으므로 당초 기준경비율 등에 따라 이 건 법인세를 추계결정한 처분은 정당하다.

• 나. 추계로 결정한 소득금액에 대하여 관련 소득처분의 규정에 따라 대표자에게 상여처분하는 것은 정당함 또한법인세법제67조 및 같은 법시행령제106조제1항에 따라 추계소득금액의 귀속이 불분명하여 이를 대표자에게 귀속된 것으로 보아 대표자에게 상여로 처분한 당초 처분도 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점수강료수입금액이 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역으로서 법인세 과세대상 수익사업에 따른 수입이 아닌지 여부

2. 추계로 결정한 소득금액이 실제 상여가 아니어서 대표자에게 상여처분할 수 없는 것인지 여부

• 나. 관련법령 < 쟁점1) 관련 > 1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 [2010.01.01-9924호]일부개정

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26>

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.<개정 2008.12.26, 2009.12.31>

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 2) 법인세법 제110조 【비영리법인의 수익사업개시신고】 [2010.01.01-9924호] 일부개정 비영리내국법인과 비영리외국법인(국내사업장을 가지고 있는 외국법인에 한한다)이 새로 수익사업(제3조제3항제1호 및 제7호에 규정하는 수익사업에 한한다)을 개시한 때에는 그 개시일부터 2월이내에 다음 각호의 사항을 기재한 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업에 관련된 대차대조표 기타 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2009.12.31>

2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지

3. 대표자의 성명과 경영 또는 관리책임자의 성명

3) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 [2010.02.18-22035호]일부개정

① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조제3항제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. <개정 2009.2.4, 2010.2.18>

3. 교육서비스업중유아교육법에 따른 유치원ㆍ 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역중부가가치세법제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업 4) 부가가치세법 제12조 【면세】 [2009.04.01-9617호] 일부개정

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2006.12.30>

5. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것

16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 5) 부가가치세법 시행령 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체등이 공급하는 재화등의 범위】 [2010.01.27-22003호] 타법개정 법 제12조제1항제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다. <개정 2009.7.22>

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 6) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 [2009.12.14-21881호] 일부개정 법 제16조제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. <개정 2008.2.29>

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2. 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업 7) 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등의 범위】 [2009.03.26-62호] 일부개정

① 영 제37조제1호에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. <신설 2001.4.3, 2008.4.22> 8) 고등교육법 제2조 【학교의 종류】 [2009.01.30-9356호] 일부개정 고등교육을 실시하기 위하여 다음 각호의 학교를 둔다. <개정 2007.10.17>

5. 방송대학ㆍ통신대학ㆍ방송통신대학 및 사이버대학(이하 “원격대학”이라 한다)

9) 고등교육법 제4조 【학교의 설립등】 [2009.01.30-9356호] 일부개정

① 학교를 설립하고자 하는 자는 시설ㆍ설비등 대통령령이 정하는 설립기준을 갖추어야 한다.

② 국가외의 자가 학교를 설립하고자 하는 경우에는 교육과학기술부장관의 인가를 받아야 한다. <개정 2001.1.29, 2008.2.29> 10) 고등교육법 시행령 제2조 【학교설립 등】 [2010.02.18-22049호] 일부개정

① 고등교육법(이하 “법”이라 한다) 제4조제1항의 규정에 의하여 학교를 설립하고자 하는 자가 갖추어야 하는 시설ㆍ설비 등 학교의 설립기준에 관한 사항은 따로 대통령령으로 정한다. <개정 2005.3.25>

② 법 제4조제2항에 따라 학교의 설립인가를 받고자 하는 자는 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 교육과학기술부장관에게 신청하여야 한다. 다만, 법 제2조제5호에 따른 사이버대학의 설립인가절차에 관하여는 따로 대통령령으로 정한다. <개정 2008.6.5, 2008.12.31>

6. 향후 4년간 재정운영계획서

10. 부설학교를 두는 때에는 그 계획서

11. 사립학교의 경우에는 학교법인의 정관 및 출연금에 관한 서류 11) 고등교육법 제29조 【대학원】 [2009.01.30-9356호] 일부개정

① 대학(산업대학ㆍ교육대학 및 원격대학을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 대학원을 둘 수 있다. 다만, 사이버대학은 교육여건 및 교육과정의 운영에 대한 평가 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족한 경우에 한한다.<개정 2007.10.17> 12) 고등교육법 제29조의2 【대학원의 종류】 [2009.01.30-9356호]일부개정

① 대학원은 그 주된 교육목적에 따라 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 일반대학원: 학문의 기초이론과 고도의 학술연구를 주된 교육목적으로 하는 대학원

2. 전문대학원: 전문 직업분야의 인력양성에 필요한 실천적 이론의 적용과 연구개발을 주된 교육목적으로 하는 대학원

3. 특수대학원: 직업인 또는 일반 성인을 위한 계속교육을 주된 교육목적으로 하는 대학원

② 대학(대학원대학을 제외한다)에는 일반대학원ㆍ전문대학원 또는 특수대학원을 둘 수 있고, 산업대학 및 교육대학에는 전문대학원 또는 특수대학원을 둘 수 있으며, 방송ㆍ통신대학에는 특수대학원을 둘 수 있고, 대학원대학에는 전문대학원 및 특수대학원 중 하나의 대학원을 둘 수 있다. 13) 고등교육법 제30조 【대학원대학】 [2009.01.30-9356호] 일부개정 특정한 분야의 전문인력을 양성하기 위하여 필요한 경우에는 제29조제1항의 규정에 불구하고 대학원만을 두는 대학(이하 “대학원대학”이라 한다)을 설립할 수 있다.

14. 사이버대학 설립ㆍ운영 규정 제3조【특수대학원】 [2010.11.02]

① 사이버대학(전문학사학위를 수여하는 사이버대학은 제외한다)의 장은 해당 사이버대학에 정보통신매체를 이용한 원격교육의 방법으로고등교육법제29조의2제1항제3호에 따른 특수대학원(이하 “특수대학원”이라 한다)을 설치하려는 경우에는 다음 각 호의 사항을 기재한 특수대학원설치인가신청서를 그 특수대학원 개원 예정 연도의 전년도 6월 30일까지 교육과학기술부장관에게 제출하여야 한다.

1. 특수대학원의 명칭, 설치 목적, 위치 및 학칙

2. 교육 및 연구용 시설ㆍ설비의 현황 및 확보계획

3. 실습이 필요한 경우에는 실습 시설 및 설비의 현황 및 확보계획

4. 교원(제6조제4항 후단에 따른 겸임교원을 포함한다)의 현황 및 확보계획

5. 특수대학원이 설치될 사이버대학의 과거 2년간의 재무제표

6. 특수대학원의 개원 후 3년간의 재정운영계획

7. 특수대학원의 교육과정 및 교수방법

8. 특수대학원의 학생정원 및 학생선발계획

15) 평생교육법 제33조 【원격대학형태의 평생교육시설】 [2009.05.08-9641호] 일부개정

① 누구든지 정보통신매체를 이용하여 특정 또는 불특정 다수인에게 원격교육을 실시하거나 다양한 정보를 제공하는 등의 평생교육을 실시할 수 있다.

③ 제1항에 따라 전문대학 또는 대학졸업자와 동등한 학력ㆍ학위가 인정되는 원격대학형태의 평생교육시설을 설치하고자 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 교육과학기술부장관의 인가를 받아야 한다. 이를 폐쇄하고자 하는 경우에는 교육과학기술부장관에게 신고하여야 한다. <개정 2008.2.29> < 쟁점2) 관련 > 1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 [2010.01.01-9924호] 일부개정

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 2) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】 [2010.02.18-22035호] 일부개정

① 법 제66조제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다. <개정 2009.2.4>

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 3) 법인세법 제112조 【장부의 비치ㆍ기장】 [2010.01.01-9924호] 일부개정 납세의무있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제3조제3항제1호 및 제7호의 수익사업을 영위하는 경우에 한한다. <개정 2009.12.31> 4) 법인세법 제67조 【소득처분】 [2010.01.01-9924호] 일부개정 제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. <개정 2007.12.31> 5) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】 [2010.02.18-22035호] 일부개정

② 제104조제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

③ 제2항의 경우 법인이 결손신고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 교육이념과 설립목적

• 가) 청구법인의 인터넷홈페이지에 게재된 학사규정 제1조(목적)에 의하면, 청구법인의 설립목적은 “…기독교 정신에 입각하여 국가, 사회 그리고 교회의 발전과 세계선교에 기여할 수 있는 영성을 갖춘 학자, 목회자, 선교사, 기독교 지도자를 양성하기 위해 복음주의 신학 전통에 입각한 신학 전문교육을 실시”하는 것으로 나타난다.
• 나) 청구법인이 제출한 학교안내 자료에 의하더라도 청구법인의 ‘설립이념은 섬기는 지도자’이고, ‘교육목적은 복음주의에 입각한 정통 보수 신학을 교육하여 국내 및 세계 복음화에 이바지할 목회자와 선교사 양성’으로 나타난다.

2. 처분청의 청구법인에 대한 고유번호등록 및 사업자등록 내용

• 가) 국세통합전산망 및 청구법인이 제출한 청구법인에 대한 고유번호증에 의하면, 청구법인은 2009.11.1.을 개업일자로 하여 2009.11.24. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받아 고유번호(1-82-***)를 발급받은 것으로 나타난다.
• 나) 청구법인이 제출한 고유번호증(1-82-6**)에 의하면, 수익사업을 하지 않는 비영리법인이고, 유의사항에는 “수익사업을 하고자 하는 경우에는 사업자등록 신청 및 수익사업개시신고를 하여야 한다”고 나타나지만, 청구법인이 수익사업개시신고를 한 사실은 확인되지 아니한다.
• 다) 국세통합전상망의 청구법인에 대한 사업자변경이력, 사업자기본사항에 의하면, 이에 2014.6.30. 처분청이 청구법인에 대해 주업태는 교육서비스업, 주종목은 일반 교과․학원(주업종코드 809007)으로 하여 2010.1.1. 수익사업을 개시한 것으로 하고, 부가가치세 비과세 대상에서 과세대상으로 정정처리한 것으로 나타난다.

3. 청구법인의 사업이 수익사업에서 제외되는 교육용역인지 여부

• 가) 청구법인은 주무관청으로부터 인･허가를 받지 않은 신학대학원으로 2009.11.1. 개업한 이후 수강생들로부터 수업료를 받고 인터넷 강의 등을 제공하였으나, 부가가치세 및 법인세 등을 신고하지 않았던바, 이에 처분청(조사과)이 주무관청으로부터 인․허가를 받지 않은 청구법인이 제공하는 교육용역은부가가치세법제12조 제1항 제5호에 따른 부가가치세 면세대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인이 부가가치세 신고․납부하지 않은 2010년 제1기부터 2011년 제2기까지 쟁점수강료수입금액에 대하여 부가가치세 165,192,580원을 부과처분하였고, 청구법인이 이에 불복하여 2013.5.31. 심사청구를 제기하였으나, 2013.7.26. 청구기각되었고, 행정소송을 제기하지 않아 확정되었다.
• 나) 한편, 청구법인이 제출한 사이버대학원 인가기준 미비자료에 의하더라도, ‘사이버대학원’은고등교육법상 ‘학교’에 속하지 않는 것으로 나타나며, 이에 따라 청구주장에 의하면, 청구법인은 신학석사(M.Div) 학위수여 자격을 충족하기 위하여 부득이 미국 캘리포니아 주정부의 인가를 받아 한국지부 형태로 운영하고 있다.

4. 청구법인의 사업이 수익사업에서 제외되는 종교단체가 공급하는 용역인지 여부

• 가) 청구법인의 설립과 운영

(1) 청구법인의 설립 주체 청구주장에 의하면, 청구법인은 B 목사(이사장, 전 C교회 담임목사), D 목사(총장, 전 E대학교 총장) 등 교회 및 신학교 원로목사 22명이 주축이 되어 설립한 학교이다. 한편, ㈔국제신학 및 교회협의회(ISACC)의 인터넷홈페이지 ‘회원가입안내 자료’에 의하면, 회원은 교회, 학교, 선교기관, 개인회원으로 나타나며, 이 중 신학대학교 및 신학대학원 가입 안내자료에 의하면, 가입자격은 신학대학교 및 신학대학원이며, 가입비는 10만원으로 나타나고, 청구법인이 제출한 ㈔국제신학 및 교회협의회(ISACC) 회원증에 의하면, 청구법인은 ㈔국제신학 및 교회협의회에 속한 단체로 나타나며, ㈔국제신학 및 교회협의회(ISACC)가 청구법인을 설립하였다는 사실은 나타나지 않는다. * 인터넷 홈페이지상 본 협의회 이사장 인사말에 자료에 의하면, ISACC는 “신학대학교 및 신학대학원과 선교단체, 그리고 교회가 회원이 되어 세계 복음화를 위한 연합활동을 하고자 한다”고 나타난다.

(2) 청구법인의 운영 청구법인의 인터넷 홈페이지 조직도 및 이사 자료에 의하면, 조직은, 총장, 각종 위원회(기획위원회, 발전위원회, 교과위원회, 교무위원회, 도서관위원회, 인사위원회, 장학위원회), 행정업무부서(교무처, 학생처, 총무처), 부속기관(도서관, 출판부)으로 나타나고, 이사진은 이사장 1명 기타 이사 5명, 총 6명으로 나타난다.

• 나) 청구법인이 제공하는 용역이 부가가치세법 제12조제1항제16호 및 같은 법 시행령 제37조제1호가 규정하는 종교단체가 운영하는 고유목적사업인지 또는 그 고유목적사업을 위해 제공하는 용역인지 여부 등

(1) 주무관청에 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체 여부 청구법인이 제출한 증빙에는 청구법인이 주무관청에 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체임을 입증하는 자료는 없다.

(2) 종교단체의 의미와 청구법인이 운영하는 목적사업 종교단체의 의미와 관련하여 상속세 및 증여세법 시행령제12조 제1호에 의하면, “공익법인등” 중의 하나로 ‘종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 자’를 규정하고 있고, 국어사전상 ‘종교단체’란 “종교 교의(敎義)의 선포, 의식(儀式)의 집행, 신자의 교화(敎化) 육성을 목적으로 하는 단체”로 정의하고 있다. 청구법인의 2015.1학기 신입학 모집요강의 응시자격에 의하면, 석사과정은 ① 국내․외 대학에서 학사학위취득(예정)이신 분 또는 이와 동등 이상의 자격이 있다고 인정된 분, ② 수세 후 4년이 경과된 분(2011.2.28. 이전 수세자), 단, 유아 세례자는 입교 후 4년이 경과된 분이고, 연구과정은 ① 고졸 이상의 학력을 소지한 분, ② 수세 후 만 4년이 경과된 분(2011.2.28. 이전 수세자), 단, 유아 세례자는 입교 후 4년이 경과된 분으로 나타난다. 청구법인의 목적사업과 관련하여 청구법인의 인터넷홈페이지에 게재된 학사규정 제1조(목적)에 의하면, 청구법인의 설립목적은 “… 영성을 갖춘 학자, 목회자, 선교사, 기독교 지도자를 양성하기 위해 복음주의 신학 전통에 입각한 신학 전문교육을 실시”하는 것으로 나타나고, 청구법인의 목적 사업상 교육과정으로 운영하는 5개 학과내용은 아래와 같다. 청구법인의 홈페이지상 ‘학과안내’자료에 의하면, 청구법인은 청구주장의 ① 목회학과(목회자 및 교회지도자가 되고자 하는 분들을 위해 준비된 신학교육과정), ② 선교학과(선교의 비전을 갖고 있는 예비목회자들을 위해 준비된 신학교육과정), 2개 학과 외에

③ 목회음악학과(확고한 신앙과 예술에 대한 열정을 가지고 지휘자, 솔리스트, 반주자, 성가대원으로 활동하고 계신 분들 중에서 보다 전문적인 목회음악지도자가 되고자 하는 분들을 위해 준비된 신학교육과정), ④ 목회상담학과(급변하는 현대사회 속에서 간절히 요청되는 상딤치유 사역의 필요성에 따라 목회현장에서의 상담전문가가 될 수 있도록 성경과 신학 그리고 상담의 제 이론들을 학습하고 또한 현장에서의 실습을 통하여 기독교 전문상담가를 양성하기 위한 신학교육과정), ⑤ 목회교육학과(그리스도를 모르는 사람들로 하여금 그리스도의 복음에 응답하게 하고, 또한 신자들의 영적인 성장을 도모하는 목회사역 전반에 관하여 교육적인 시각을 가지고 접근하여 실천적인 대안을 제시할 수 있는 기독교 전문가를 양성하기 위한 신학교육과정), 3개 과정이 포함된 총 5개 학과를 운영하고 있는바, 청구주장의 목사 및 선교사 양성만 하는 학교가 아니다.

(3) 청구법인이 제공하는 교육용역이 일시적인 것인지 여부 청구주장에 의하면, 청구법인에 현재 162명이 등록하여 신학을 수학하고 있으며, 4차례(제4회의 경우 2014.8.23)에 걸쳐 졸업생을 187여명을 배출한 것으로 나타난다. 한편, ㈔국제신학 및 교회협의회(ISACC)의 경우 3차례(3회 2014.4.19.)에 걸쳐 목사안수식 및 선교사 파송식을 실시한 것으로 나타난다. 국세통합전산망 청구법인의 사업자변경이력에 의하면, 2015.1.31.자로 사업부진으로 폐업한 것으로 나타나지만, 청구법인의 인터넷 홈페이지 2015.1학기 신입학 모집요강에 의하면, 석사과정(목회학과, 선교학과, 목회음악학과, 수업연한 3년)과 연구과정(목회학과, 선교학과, 목회음악학과, 수업연한 3년)이며, 수강신청은 2015.2.25.까지로 나타나는 등 2015.3.25. 현재까지 가동중이다.

(4) 쟁점수강료수입금액이 실비 또는 무상인지 여부 청구주장에 의하면, 청구법인이 제공하는 사이버교육의 등록금은 오프라인 학교의 320~350만원의 60% 수준인 200만원인 것으로 나타나고, 처분청이 제출한 수강생들의 청구법인계좌 입금자료에 의하면, 입금건별로 적게는 30,000원(입학전형료)부터 1,950,000원, 2,000,000원, 5,175,000원 등이 나타나며, 처분청은 이러한 입금액을 총 집계하여 쟁점수강료 수입금액을 산정하였다.

5. 처분청의 이 건 법인세 추계결정내역 등

• 가) 처분청의 이 건 법인세 처분 및 소득금액 변동통지 내용 처분청은 2014.7.1. 청구법인이 미인가 교육기관으로서 인터넷 강의 수업료 수입금액 1,283,509,940원(2010년 374,685,170원, 2011년 908,824,770원)에 대한 매출누락자료를 근거로 추계로 산정한 각 사업연도 소득금액에 대하여 법인세 208,595,940원(2010년 사업연도 44,797,010원, 2011년 사업연도 163,798,930원)을 결정고지하였고, 당시 대표자에게 상여처분하고 소득금액변동통지하였다[2010년 과세연도 239,920,248원(A 25,635,314원, K David Ho S 214,284,934원), 2011년 과세연도 623,987,601원(A)]. < 법인세 경정 및 소득금액변동통지 내역 > (단위: 원) 사업연도 합계 2010년 2011년 수입금액 1,283,509,940 374,685,170 908,824,770 각 사업연도 소득금액(추계) 863,007,849 239,020,248 623,987,601 과세표준 863,907,849 239,920,248 623,987,601 산출세액 142,059,726 28,782,454 113,277,272 총부담세액 208,595,944 44,797,010 163,798,934 소득처분 (상여) 합계 863,907,849 239,920,248 623,987,601 A 649,622,915 25,635,314 623,987,601 K 214,284,934 214,284,934

• 나) 처분청의 추계에 의한 각 사업연도 소득금액 산정내역 처분청이 제출한 ‘법인세 무신고법인 검토조서’에 의하면, 처분청이 2014.5월경 청구법인에 현지확인결과, 현재 청구법인이 계속 운영 중에 있어 ‘장부 및 인건비 내역’을 요청하였으나, 경정일 현재까지 제출하지 않아 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없어법인세법제66조제3항에 의하여 법인세 무신고 법인 처리규정에 따라 청구법인의 교육서비스업종(코드번호 809007)에 대한 기준경비율(2010년 24.8%, 2011년 24.8%)을 적용하여 추계결정한 것으로 나타나며, 그 산출내용은 아래와 같고, 인건비로 인정한 금액은 0원이다. < 추계소득금액 계산 > (단위: 원) 사업연도 합계 2010년 2011년 적용 기준경비율 24.8% 24.8% 수입금액① 1,283,509,940 374,685,170 908,824,770 주요경비 소계② 101,291,627 41,843,000 59,448,627 매입비용 39,043,727 18,873,000 20,170,727 임차료 62,247,900 22,970,000 39,277,900 인건비 0 0 0 기준경비③(①×적용율) 318,310,464 92,921,922 225,388,542 추계소득금액(①-②-③) 863,907,849 239,920,248 623,987,601

6. 청구법인이 쟁점수강료수입금액에 대응하여 지출한 비용 제출 여부

• 가) 청구주장에 의하면, 청구법인은 운영과정에서 5억여원의 빚을 지고 있는 상황으로 대표자가 상여를 받았다고 간주하는 것은 부당하다는 주장이고, 이에 대해 처분청은 2014.5.9. 청구법인에 대한 법인세 해명자료 제출안내를 하였으나, 청구법인이 법인세 수입금액 신고누락한 수강료 수입금액에 대해 법인세 신고와 관련한 객관적인 증빙 등을 2014.5.20.까지 제출하지 않았다는 것이며, 청구법인이 이 건 심사청구 시에도 인건비 등 지출증빙은 제출하지 않았다.
• 나) 한편, 2015.3.25. 청구법인의 홈페이지에 의하면, 청구법인의 조직도상 총장, 각종 위원회, 행정업무부서, 부속기관 및 이사진 6명인바, 이에 대한 원천징수상황신고내역이 국세통합전산망에서 확인되지 않는다.
• 다) 또한, 청구법인의 홈페이지상 강의과목별 교수 및 강사현황에 의하면, 조직신학 3명, 구약학 7명, 신약학 7명, 교회사 4명, 선교학 6명, 실천신학 11명, 헬리어/히브리어 1명, 교회음악 12명, 상담학 5명, 교육학 6명 등 62명 수준이나, 이에 대한 원천징수상황신고내역도 국세통합전산망에서 확인되지 않는다.
• 라. 판단 먼저, 쟁점수강료수입금액이 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역으로서 법인세 과세대상 수익사업에 따른 수입이 아닌지 여부에 대해 살펴본다. 살피건대,법인세법제3조제3항제1호는 “비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령제2조제1항은 “법인세법제3조제3항제1호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 제3호의 ‘교육서비스업 중유아교육법에 따른 유치원ㆍ초ㆍ중등교육법및고등교육법에 의한 학교와평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업’과 제7호의 ‘주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중부가가치세법제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업’을 제외한다”고 규정하고 있다. 또한부가가치세법제12조제1항제16호는 “종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것의 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령제37조제1호는 “부가가치세법제12조제1항제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 “주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조각호의1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역”이라고 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구주장에 의하면, 청구법인은 B 목사(이사장, 전 C교회 담임목사), D 목사(총장, 전 E대학교 총장) 등 교회 및 신학교 원로목사 22명이 주축이 되어 설립한 학교이고, 청구법인이 회원으로 가입한 단체인 ㈔국제신학 및 교회협의회(ISACC)가 청구법인을 설립하였다는 사실도 확인되지 않으며, 청구법인이 주무관청에 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체임을 입증하지 못하는 점, 청구법인의 목적사업과 관련하여 청구법인의 인터넷홈페이지에 게재된 학사규정 제1조(목적)에 의하면, 청구법인의 설립목적은 “… 영성을 갖춘 학자, 목회자, 선교사, 기독교 지도자를 양성하기 위해 복음주의 신학 전통에 입각한 신학 전문교육을 실시”하는 것으로 나타나고, 청구법인의 목적 사업상 교육과정으로 목회학과, 선교학과 등 5개 교과목을 운영하고 있고, 3차례(3회 2014.4.19.)에 걸쳐 목사 안수식 및 선교사 파송식의 경우 ㈔국제신학 및 교회협의회(ISACC)가 실시하는 등 청구법인은 종교단체라기보다는 주무관청으로부터 허가․인가 또는 승인을 받거나 또는 그 용역에 대하여 주무관청에 등록․신고하지 아니한 학교로서 교육사업을 하는 것으로 보이고, 이에 청구법인이 주무관청으로부터 인･허가를 받지 않은 신학대학원으로 2009.11.1. 개업한 이후 수강생에게 인터넷 강의 등을 제공하고 수강생으로부터 받은 쟁점수강료수입금액에 대하여 부가가치세 및 법인세 등을 신고하지 않아 이에 처분청(조사과)이 우선 부가가치세 165,192,580원을 과세하자 청구법인이 2013.5.31. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 심사청구(심사부가2013-0108, 2013.7.26.) 결과, “청구법인이 제공한 교육용역에 대하여 주무관청으로부터 허가․인가 또는 승인을 받거나 또는 그 용역에 대하여 주무관청에 등록․신고하지 아니한 이상 당해 용역을 부가가치세 면제대상인 교육용역으로 보기는 어렵다고 할 것이다(국심 2006부2046, 2006.12.04, 재소비-471, 2005.1.16. 같은 뜻임)”라고 하여 청구기각되었던바, 청구법인이 수강생에게 인터넷 강의 등을 제공하고 수강생으로부터 받은 쟁점수강료수입금액은 부가가치세가 면제되지 않는 교육용역에 대한 대가로 봄이 상당한바, 청구법인이 종교단체로서 종교의 보급 기타 교화에 필요한 용역을 제공하였다고 보기도 어려운 점, 국세통합전산망상 청구법인의 사업자변경이력에 의하면, 사업부진으로 2015.1.31.자 폐업한 것으로 나타나지만, 청구주장에 의하면, 4차례(제4회의 경우 2014.8.23)에 걸쳐 187여명의 졸업생을 배출하였고, 심사청구일 현재 청구법인에 162명이 등록하여 신학을 수학하고 있었으며, 청구법인의 인터넷 홈페이지 2015.1학기 신입학 모집요강에 의하면, 청구법인의 교육과정은 석사과정과 연구과정이고, 이에 대한 수강신청이 2015.2.25.까지로 나타나는 등 2015.3.25. 현재까지 가동 중인 청구법인이 제공하는 교육용역이 일시적인 것이 아닌 점, 청구주장에 의하면, 청구법인이 제공하는 사이버교육의 등록금은 오프라인 학교의 320~350만원의 60% 수준인 200만원인 것으로 나타나고, 처분청이 제출한 수강생들의 청구법인계좌 입금자료에 의하면, 입금건별로 적게는 30,000원(입학전형료)부터 1,950,000원, 2,000,000원, 5,175,000원 등이 나타나는 등 청구법인이 수강생에게 교육용역을 무상으로 제공하고 있지 아니할 뿐만 아니라 수강생으로부터 받은 쟁점수강료수입금액이 실비로 보기도 어려운 점 등 이상의 관련법령과 사실관계를 종합하면, 청구법인이 종교활동을 하는 종교단체로서, 종교단체가 제공하는 신학교육은 법인세 과세대상이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로, 청구법인에 대해 추계로 결정한 각 사업연도의 소득금액이 실제 상여가 아니므로 대표자에게 상여처분할 수 없는 것인지 여부에 대해 살펴본다. 살피건대,법인세법제66조제3항단서는 “대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령제104조제2항제1호는 “법 제66조제3항단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에 사업수입금액에서 매입비용, 인건비, 사업수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법에 따른다”고 규정하고 있다. 나아가 같은 법 시행령제106조제2항은 “제104조제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다”고 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구법인은 운영과정에서 5억여원의 빚을 지고 있는 상황으로 대표자가 상여를 받았다고 간주하는 것은 부당하다는 주장이나, 처분청이 제출한 ‘법인세 해명자료 제출안내문’ 및 ‘법인세 무신고법인 검토조서’에 의하면, 처분청이 2014.5.9. 청구법인에 대한 법인세 해명자료 제출을 안내하였으나, 청구법인이 법인세 수입금액 신고누락한 수강료 수입금액에 대해 법인세 신고와 관련한 객관적인 증빙 등을 2014.5.20.까지 제출하지 않아, 이에 처분청이 “경정일 현재까지 제출하지 않아 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없었다”라고 나타나고, 청구법인이 이 건 심사청구시에도 인건비 등 지출증빙을 제출하지 않았으며, 청구법인이 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장한 내역이 확인되지 않아 처분청이 장부나 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없어 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 추계결정한바, 추계결정하는 경우 소득처분은 법인세법 시행령제106조제2항에 따라 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 하여야 하는 점(국심2003부1288, 2003.7.7. 같은 뜻) 등 이상의 관련법령과 사실관계를 종합하면, 청구법인의 대표자가 청구법인의 이익금을 상여로 받은 사실이 전혀 없음에도 그 이익금을 대표자의 상여로 보는 것은 실제 상여 여부와 관계 없이 추정에 의한 것이므로 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.