쟁점투자에 대한 임시투자세액공제시 내국인투자비율만큼만 세액공제를 하여야 하는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구법인은 화학제품의 생산 및 판매 등을 목적으로 1988년에 설립되 었으며, 00국가법인인 A가 지분을 100% 소유 하고 있고, 설립 이후 지속적인 증자를 통하여 화학제품 생산을 위한 설비를 증설하여 왔으며, 해당 증설투자로부터 발생한 소득에 대하여조세특례제한법 상 외국인투자에 대한 법인세 감면 (이하 “외투감면”이라 함)을 적용받고 있다. 나. 청구법인의 사업장내 M공정은 1992년 최초 설비투자 이후 6차례에 걸쳐 증설투자가 이루어졌으며, 6차 증설투자(증설량 60,000톤, 이하 “쟁점투자”라 함)는 2011년에 개시하여 2012.7월 완료되었다. 다. 당초 청구법인은 2011∼2012사업연도 법인세 신고 시 쟁점투자에 대한 임시투자세액 공제를 외투감면과 중복되는 것으로 보아 내국인투자비율만큼만에 대해서만 세액공제를 받았으나, 쟁점투자는 내부자본 투자로서 외투감면을 받지 않았으므로 임시투자세액공제와는 중복되지 않았다고 판단하고, 2013.10.28. 동 투자세액공제를 내국인 투자비율이 아닌 전체에 대해 2011사업연도 법인세 206,203,199원, 2012사업연도 법인세 435,069,027원, 합계 641,272,226원을 공제하여 달라는 경정청구를 하였다. 라. 처분청은 M공정은 전체공정(쟁점투자로 증설된 설비 포함)에 걸쳐 소득이 발생되는 구조로, 기존시설분과 추가증설분을 구분하여 소득을 계산할 수 없기 때문에 M공정 전체소득에 대해 외투감면이 적용되는 것이고, 따라서 쟁점투자에 대한 임시투자세액공제는 외투감면과 중복된 것으로 판단하였다. 마. 이에 따라 처분청은 위 경정청구를조세특례제한법제127조【중복지원의 배제】규정에 의거 2013.12.23. 거부처분 하였으나, 청구법인은 이에 불복하여 2014.3.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.

가. 사실관계

1. 청구법인의 M사업 현황 청구법인은 공장에서 M사업을 영위하고 있는바, 2011∼2012년도에 별도의 외국인투자 없이 내부자본(외투감면 미승인)으로 연간생산능력 60,000톤을 증설(이하 “쟁점투자”)하여 M사업 연간생산능력은 250,000톤이며, 2011년 이전에도 수차례의 증설을 하였고, 일부 증설은 외투감면 승인을 득하여 외투감면을 적용하였다.

2. 쟁점투자 관련 청구법인의 외투감면 적용(경정청구포함) 및 투자세액공제 적용 내역

• 가) 쟁점투자 관련 외투감면 M사업에 대한 감면세액 계산방법에 대해 처분청과 다툼이 있어 2010년 10월에 조세심판원에 심판청구를 제기하였으며, 2013년 5월 조세심판원의 인용결정전인 2011~2012사업연도 법인세 신고 시에는 처분청이 제시한 외투감면방법 (M 전체소득에 대하여 일반적인 감면세액 계산방법)을 적용하였다. 쟁점투자는 2012년 7월에 준공되어 2012년부터 소득이 발생하기 시작하였기 때문에, 2011년에는 외투감면을 적용할 소득이 발생하지 않았으나 2012년에 발생한 소득에 대해서는 외투감면을 적용하였다. 2013년 5월에 청구법인이 신청한 M 증설분 90,000톤(외국인투자지역에서 영위하는 사업)에 대한 외투감면방법(증자분 감면세액 계산방법)이 조세심 판원의 인용결정에 따라서, 2013년에 2012사업연도분에 대한 법인세 경정청구를 하였고, 법인세 경정청구시 쟁점투자 30,000톤의 소득(쟁점투자 60,000톤 ÷ 12월 × 6월(사업월수: 7-12월) = 30,000톤)에 대해서 외투감면을 적용하지 않 았으며, 처분청도 청구법인의 경정청구를 인용하여 법인세 환급결정을 하였다.
• 나) 쟁점투자 관련 투자세액공제 당초 청구법인은 2011∼2012년도 법인세 신고 시 처분청의 외투감면방법을 준용하여 M사업에서 발생한 전체소득에 대해서 외투감면을 적용하였기 때문에 쟁점투자에 대한 투자세액공제 시 조세특례제한법 제127조 제3항 에 따른 중복적용배제 규정을 준용하여 내국인투자지분율 해당분에 대해서만 투자세액공제를 적용하였으나, 2013년 5월에 2011~2012사업연도에 대한 법인세 경정청구 시 쟁점투자에서 발생한 과세소득에 대해서 외투감면을 적용하지 않았기 때문에 쟁점투자관련 투자비에 대해 내국인투자지분율 해당분이 아닌 투자비 전액에 대해서 투자세액공제를 신청하였으나 처분청은 이를 기각하였다. 나. 청구법인 주장의 당위성 조세특례제한법제127조【중복지원의 배제】는 해당 조문의 제목에서도 확인할 수 있듯이 동일한 투자대상에 대하여 두 가지 이상의 조세특례가 허용되는 경우 조세의 확보는 물론, 조세공평부담의 원칙을 해칠 가능성을 내포 하게 되므로 이를 제한하고자 도입된 규정으로서, 외투감면이 적용되는 사업에 대한 투자에 대해서는 전액이 아닌 내국인투자자지분율을 적용한 금액만을 공제하도록 규정하고 있는 것이다. 이는 다수의 과세관청의 유권해석에서도 확인되는바, 감면사업과 비감면사업에서 각각 사업용 자산 등에의 투자가 발생한 경우 투자세액공제의 적용방법에 대하여, 감면사업에 투자한 경우에는 조세특례제한법 제127조 제3항 에 의하여 투자금액에 내국인투자자지분율을 곱하여 투자세액공제를 적용받는 것이고, 비감면사업에 투자한 경우에는 동 조항에 불구하고 전액 투자세액공제를 적용 받을 수 있는 것이라고 일관되게 회신하고 있다(법인46012-724 2000.03.17., 서이46012-11924 2002.10.21., 서이46017-10725 2003.04.07. 등) 따라서, 조세특례제한법 제127조 제3항 및 과세관청의 유권해석을 종합하여 보면, 실제 외투감면을 적용 받고 있는 사업에 투자가 발생한 경우에 중복하여 투자세액공제를 적용할 수 없도록 제한하는 것이지, 외투감면을 적용받고 있지 않는 사업에 대한 투자금액에 대해서는 당연히 투자세액공제를 적용할 수 있는 것이다. 2011사업연도에는 외투감면사업으로 승인을 득하지 않은 쟁점투자 60,000톤 생산을 위한 제조시설 조차 완공되지 않아 과세소득이 발생되지 않은 쟁점투자에 대하여 외투감면을 적용하지 아니한 사실이 명백하므로 당연히 쟁점투자에 대한 투자금액 전액에 대하여 투자세액공제를 적용할 수 있다. 즉, 투자가 진행되고 있는 기간에는 과세소득이 발생되지 않아서 외투감면을 적용할 여지가 없으므로 조세특례제한법 제127조 제3항 의 중복지원 배제규정이 적용될 여지가 없는 것이다. 조세특례제한법제127조 제3항의 중복지원 배제 규정은 실제로 외투감 면이 적용되는 사업에 대한 투자가 발생하는 경우에 투자세액공제를 제한하는 것으로서, 2012사업연도에는 외투감면사업으로 승인을 득하지 않은 쟁점투자 에서 과세소득이 발생하였으나, 실제 외투감면을 적용 받지 않았기 때문에 쟁점 투자에 대한 투자금액 전액에 대하여 투자세액공제를 적용할 수 있는 것이다.

○ M사업에 대한 외투감면 비교(표 생략) <사전열람 후 추가의견> 가. 처분청은 쟁점투자에 대해서 외투감면 적용대상인 기존 M공정과 구분경리를 할 수 없다고 주장하고 있으나, 조세심판원은 청구법인의 M사업에 대한 외투감면액 계산 시 연간총생산능력을 기준으로 구분경리하는 방법을 인용결정 하였다. 즉, M 사업에서 발생한 전체소득을 쟁점투자 증설 후 M사업 연간총생산능력에서 쟁점투자로 인하여 증가된 연간총생산능력의 비율로 구분경리하여 쟁점투자로 인하여 발생한 소득을 계산하였다. 나. 청구법인은 기존 M공정 증설투자 90,000톤에 대해서 외국인투자지역에서 영위하는 사업으로 외투감면 승인을 받았다. M 증설 90,000톤은 기존공정의 연간총생산능력을 100,000톤에서 190,000톤으로 증설한 것이며, 쟁점투자는 연간총생산능력을 190,000톤에서 250,000톤으로 증설한 것으로 기존 M증설투자 90,000과 동일한 방식이다. 다. 청구법인은 기존 M증설 90,000톤에 대해서 외투감면적용 시 (2008~2009사업연도) 연간총생산능력을 기준으로 구분경리하여 증자분 감면세액 계산방법을 적용하여 외투감면액을 산출하였으나, 처분청은 “M사업에 대한 투자는 기존사업에 대한 증설투자이고 생산량을 기준으로 안분한 것은 법인세법상 구분경리에 해당하지 아니한다 하여 일반적인 감면세액 계산방법으로 재계산하고 2010.10.01.에 경정·고지하였다.

○ 처분청의 M증설 90,000톤 외투감면 관련 경정·고지 내역(표생략) 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.28.에 조세심판원에 심판청구를 제기하였고 2013.05.28.에 조세심판원은 “청구법인의 M제품 공정은 모든 주원료의 공급이 배관을 통하여 연속적으로 투입이 되고, 투입된 원료는 중간제품공정에서 제품을 합성하여 최종제품 생산공정으로 연속적으로 투입되어 최종제품이 생산되는 연속공정 형태이며, 생산량과 매출액은 비례관계가 있으므로 청구법인의 생산량에 의한 구분경리는 법인세법 시행규칙제76조 제6항의 구분경리에 해당한다” 인용결정 하였다. 마. 처분청이 쟁점투자에 대하여 구분경리를 할 수 없다고 주장하는 것은, 처분청이 조세심판원이 인용결정한 구분경리 방법에 대하여 반하는 주장이다. 바. 청구법인이 M공정 전체소득에 대해 외투감면을 적용하였다는 처분청의 주장에 대해, 처분청은 청구법인이 M 증설 90,000톤에 대해서 조세심판원이 인용결정한 연간총생산능력으로 구분경리하여 외투감면액을 계산한 2010-2012 사업연도 귀속 법인세경정청구에 대해서 이를 인용하여 환급결정을 하였으므로 쟁점투자에 대한 소득은 외투감면을 받지 않았으므로 쟁점투자에 대해서 조세특례제한법상 중복적용배제 규정을 적용할 수 없다. 사. 청구법인은 2010-2012 사업연도 법인세 신고시 외투감면액을 처분청이 제시한 일반적인 감면세액 계산방법을 적용하였으나, 조세심판원의 인용결정 후인 2013.10.25.에 M 증설 90,000톤에 대한 외투감면액을 조세심판원이 인용결정한 연간총생산능력을 기준으로 구분경리, 증자분 감면세액 계산방법을 적용하여 외투감면액을 계산하여 경정청구를 하였으며, 처분청은 이를 인용하여 청구법인의 경정청구액을 2013.12.27.에 환급하였다. 환언하면, M사업에 대한 외투감면액 계산시, 연간총생산능력에 기준한 구분경리 방식을 처분청이 인정한 것이다.

○ 2010-2012 경정청구 내역(표생략) 아. M사업에 대한 외투감면액 계산시에는 연간총생산능력을 기준으로 구분경리한 방법을 인정하면서, 쟁점투자에 대한 투자세액공제액 계산시에는 연간총생산능력을 기준으로 구분경리한 방법을 인정하지 않는 것은 처분청의 논리상 모순이다. 자. 청구법인이 조세심판원에서 인용결정한 구분경리방법을 적용하여 기존 M 증설 90,000톤에 대해서만 외투감면을 적용하고, 쟁점투자에 대해서는 외투감면을 적용하지 않은 사실은 청구법인의 2010-2012사업연도 M사업 증설 90,000톤 외투감면관련 경정청구액 계산내역에서 확인이 가능하다. 차. 결론적으로, 쟁점투자에 대한 구분경리는 M사업의 연간총생산능력을 기준으로 구분경리 할 수 있고, 쟁점투자에 대해서는 2011~2012사업연도에 외투감면을 받지 않았으므로 쟁점투자에 대해서는 조세특례제한법상 중복적용배제규정을 적용할 수 없다. 카. M제품의 공정은 주원료의 공급이 파이프라인(배관)을 통하여 연속적 으로 투입이 되고, 투입된 원료는 중간제품공정에서 제품을 합성하여 최종제품 생산공정으로 연속적으로 투입되어 최종제품이 생산되는 연속공정의 형태이다. 이러한 연속공정을 가진 화학공장에서 통상적인 증설의 의미는 기존의 설비를 확대/확장하여 단위시간당 생산량을 증가시켜 연간 총생산능력을 증가시키는 것으로서, 쟁점투자도 신규설비를 추가 및 기존의 설비를 확대/확장한 방식으로 증설한 것이다. 청구법인의 증설투자는 기존 설비와 증설 설비가 함께 일련의 공정을 구성하고 있으므로 기존설비와 구분하여 증설된 설비만을 별도로 운전하는 것이 기술적으로 불가능하며, M공정의 특성상 증설 전과 동일한 원료가 투입되어 동일한 생산공정을 거쳐 최종제품이 생산되기 때문에, 기존 설비와 증설 설비에 대한 제품을 별도로 구분할 수 없고, 이로 인하여 기존 설비와 증설 설비에 대한 매출액도 별도로 구분할 수 없는바, 청구법인은 이러한 상황에서 연간총생산능력을 기준으로 즉, 증설로 인해 증가한 연간총생산능력이 전체 연간총생산능력에서 차지하는 비율로 쟁점투자분 M제품에 대한 소득을 구분경리 한 것이다.

청구법인은 쟁점투자에서 발생한 소득에 대하여 외투감면을 적용받지 않았으므로 내국인비율이 아닌 전체에 대하여 임시투자세액공제를 적용하여야 한다는 주장이나, 1) 청구법인은 화학제품 제조업체로 외국자본을 통한 설비투자분에 대하여 외투감면을 적용받고 있으며 수차례에 걸쳐 설비증설을 하여 왔고, 2012.7월 쟁점투자에 의한 설비증설을 한 것으로 생산량을 늘리기 위해 기존설비 중 탱크 및 배관을 큰 용량으로 교체한 것이다.

2. M공정은 배관을 통하여 원료를 연속적으로 투입하고 투입된 원료는 중간제품공정에서 제품을 합성하여 최종제품 생산공정을 통해 제품이 생산되는 연속공정 형태로서 전체공정(증설된 설비를 포함)에 걸쳐 소득이 발생되는 구조로 M공정 전체소득에 대해 외투감면이 적용되므로 조세특례제한법 제127조 제3항 의 중복지원 배제대상에 해당한다.

3. 청구법인이 제출한 조세심판결정 내용에서 조세특례제한법 제127조 제3항 의 중복지원 배제대상이 아니라고 한 스팀공정은 전력과 같이 화학제품을 생산하는 제조부문에 필수적인 스팀을 생산하는 별도의 보조부문으로 외투감면 적용대상인 M공정과 구분경리를 인정한 것이며, 이에 비해 쟁점투자는 M공정과 별개의 공정이 아닌, M공정의 증축설비로서 외투감면 적용대상인 기존 M공정과 구분경리 대상이 아니기에 조세심판결정에서 구분경리가 인정된 스팀공정과 동일하게 중복지원 배제대상이라는 주장은 잘못된 것이다. <사전열람 후 추가의견> 가. M공정에 대한 쟁점 설비투자는 연속된 감면설비 생산라인 중 일부설비를 대체한 설비투자로서 기존 설비와 구분 가능한 특정설비가 아니며 독자적으로 손익을 창출할 수 없는 기존 감면설비의 부수설비이다. 나. 쟁점 설비투자분에 대한 임투공제 귀속시기인 ‘11년∼’12에는 심판결정내 용과 같이 쟁점 설비투자 완공 전으로, 증설 전과 후의 생산량 비교자료의 부재로 심판례에서 인정한 생산량에 의한 구분기장은 현실적으로 불가능하며 2013. 10월 경정청구일 현재에도 ‘12년 생산량에 의한 구분기장 자료를 제출한 바 없다.

• 가. 쟁점 쟁점투자에 대해 외국인투자감면을 받은 것으로 보아 임시투자세액공제 시 내국인투자비율만큼만 세액공제를 하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 등 1) 조세특례제한법 제121조의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조제1항제4호 에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다. <개정 2010.12.27, 2011.4.4, 2011.12.31, 2014.1.1>

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조 에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

• 가. 산업지원서비스업: 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업
• 나. 고도의 기술을 수반하는 사업: 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업

2. 외국인투자촉진법 제18조제1항제2호 에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업(이하 생략)

② 외국인투자촉진법 제2조제1항제6호 에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항제1호·제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다. <개정 2011.12.31, 2014.1.1> 2) 조세특례제한법 제121조의4 【증자의 조세감면】

① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다. 3) 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18제2항을 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다. <개정 2010.1.1, 2010.3.12> 4) 조세특례제한법 제26조 【고용창출투자세액공제】

① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(음수)인 경우에는 영으로 한다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2013.8.13, 2014.1.1> 5) 조세특례제한법 제143조 【구분경리】

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. 6) 조세특례제한법 시행령 제136조 【구분경리】

① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조 의 규정을 준용한다. 7) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 영위하는 법인 간에 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다.

④ 내국법인이 분할(물적분할은 제외한다)하는 경우 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 분할법인등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 영위하는 법인 간 분할합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다. 8) 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야한다. 9) 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장 하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리 하여야 한다. 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. 10) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인의 M 사업 증설 차수별 외투감면 현황은 다음과 같다.(표생략) 2) 청구법인의 쟁점투자에 대한조세특례제한법제26조의 임시투자세액공제 (현: 고용창출투자세액공제) 경정청구 내용은 다음과 같다.(표생략) 3) 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는 사실은 다음과 같다.
• 가) 청구법인의 2008∼2009사업연도의 M사업 증자분 감면세액 계산방법이 아래 [표1] 과 같다는 사실(조세심판원에서 인용 결정한 방법) [표1] 청구법인의 M사업 90,000톤에 대한 외투감면 계산방식(표생략)
• 나) 청구법인의 [표1] 신고에 대한 처분청의 경정 시 적용한 2008∼2009사업연도의 M사업 일반적인 감면세액 계산방법이 아래 표2와 같다는 사실 [표2] 처분청의 M사업에 대한 외투감면액 계산방식(표생략)
• 다) 청구법인이 2010∼2012사업연도의 M사업 외투감면액을 조세심판원에서 인용 결정한 방법으로 산출하여 처분청에 경정청구 하였다는 계산방법은 아래 표3과, 표4와 같다는 사실 [표3] 청구법인의 2010∼2011사업연도 M사업 90,000톤 외투감면액 계산방법(표생략) [표4] 청구법인의 2012사업연도 M사업 90,000톤 외투감면액 계산방법(표생략) 4) 처분청의법인세 경정청구 검토보고서중 이 건 관련된 주요내용은 다음과 같다.(생략) 5) 청구법인이 2011∼2012사업연도 경정청구 시 동일한 감면세액계산방법을 적용하였던 청구법인의 2008~2009사업연도에 대한 법인세 경정처분(일반적인 감면세액계산방법 적용)에 대한 조세심판원의 결정 내용은 다음과 같다.

○ 조세심판원 결정내용(생략) 6) 사전열람 후 청구법인은 추가주장을 입증하는 자료로 ‘2008사업연도 M증설 90,000톤 관련 외투감면액 경정·고지액 계산내역’과 ‘M 증설 90,000톤 외투감면액 비교표’를 제출하였다.

• 라. 판단 청구법인은 내국자본에 의해 기존 M 설비를 증설하였고, 동 증설투자 에서 발생한 소득에 대하여는 외투감면을 적용받지 않았으므로 임시투자세액 공제를 전액받아야 한다는 주장이나, 쟁점투자는 M공정의 증축설비이고, 동 공정은 전체공정에 걸쳐 소득이 발생되는 구조로 외투감면대상인 기존 M공정과 구분경리가 되지 않은 점, 청구법인은 실제 생산량이 아닌 증가된 M사업 연간총생산능력을 기준으로 전체소득을 안분하여 외투감면을 적용하고 있으나, 연간총생산능력과 실제생산량과는 비례관계에 있다고 할 수 없으며, 나아가 기존 설비에서 발생한 소득과 증설로 인하여 발생한 소득을 구분하였다고도 할 수 없는바, 쟁점투자에 대해 외투감면을 받지 않았다고 단정하기가 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점투자에 대한 임시투자세액에 대해 조세특례제한법 제127조 제3항 의 중복지원 배제대상에 해당하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.