쟁점 전담직원 인건비에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 정당함

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1987년 3월 설립되어 건설자재 등을 제조 판매하는 사업을 영위하는 법인이고, 1995.11.14. 기업부설연구소(이하 “연구소”라 한다)를 설립하였으며, 2010 ～ 2012사업연도에 조세특례제한법 제10조 에 따라 연구인력개발비에 대한 세액공제를 받았다.
• 나. ㅇㅇ지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.11.26.∼2013.12.27. 기간 동안 청구법인의 2010사업연도에 대한 법인세 정기조사를 실시하였고, 연구인력개발비에 대한 세액공제한 부분에 대하여 조세특례제한법 제10조 에서 정하는 연구·인력개발비에 해당이 없는 지출액 675,201,361원(인건비 488,401,361원, 재료비 47,360,000원, 위탁개발비 139,440,000원)에 대하여 세액공제를 배제하였으며, 동 적출항목을 포함한 조사결과에 대하여 고지하도록 영등포세무서(이하 “처분청”이라 한다)에 통보하였고, 처분청은 2014.2.3.에 법인세 481,540,200원, 부가가치세 13,786,070원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 상기 연구인력개발비 배제 지출액 중 연구 전담직원 중 Aㅇㅇ, Bㅇㅇ, Cㅇㅇ, Dㅇㅇ(이하 “쟁점 전담직원”이라 한다)의 인건비 279,799,655원(2010년 86,800,023원, 2011년 158,908,115원, 2012년 34,091,517원)(이하 “쟁점 인건비”라 한다)에 대하여 불복하여 2014.3.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점 전담직원의 인건비는 실질적으로 연구개발을 위한 연구활동에 의하여 지급된 것이며, 조사청이 부인한 증빙서류인 MBO(성과목표관리) 상 실질 내용은 부품생산을 위한 플라스틱 및 고무류 관련 연구개발 과정의 일환으로 발생한 것이므로 연구인력개발비에 대한 세액공제를 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 목표달성평가카드는 조직원의 업무수행을 객관적으로 평가하기 위한 자료로 작성되는 것으로서 목표달성평가카드상에는 업무 평가를 객관적으로 하기 위해 수치화 할 수 있는 항목을 기재하고 있다. 쟁점 전담직원이 수행한 업무 전체를 목표달성평가카드에 객관적으로 수치화할 수 있는 항목으로 모두 기재함에는 그 표현상 한계가 있어 목표달성평가카드상의 형식적인 문구만을 기초로 쟁점 전담직원이 수행한 업무의 실질적인 성격을 판단하기에는 어려움이 따른다. 따라서 목표달성평가카드상의 형식적인 문구가 아니라 제출된 다른 소명자료도 함께 고려하여 쟁점 전담직원이 실제 수행한 업무의 성격을 실질적으로 파악하여야 한다.

• 가. 연구소 전담직원의 목표달성평가카드에 의하면 쟁점 전담직원의 주요업무내용은 기존에 개발된 다양한 플라스틱, 고무의 재질을 선택하고 부품 생산에 시험 적용하여 생산량(불량개선, 원가절감 등)에 개선효과가 있는 원재료를 선택하여 당초 구매업체를 변경하거나, 구매품목의 재질을 변경하도록 계약내용을 정정하거나, 기존에 협의된 재질을 사용하고 있는지 구매업체별로 원재료 재질을 평가하고, 관계사의 고장원인을 분석하는 일이 대부분이다.
• 나. 상기와 같이 기존에 개발된 플라스틱, 고무류의 재질을 선택하고 이를 원재료 구매 사양, 업체 변경 등에 활용하는 업무는 관계사에 납품 의뢰받은 부품에 대한 단순한 개량이나 개선에 의한 수익성 개선 등 통상적인 구매활동에 수반되는 업무로 세액공제 대상인 연구인력개발비에 해당이 없는 것으로 당초 처분은 정당하다(조심2009중4120, 2010.11.23. 등 같은 뜻).

• 가. 쟁 점 쟁점 전담직원 인건비에 대하여 연구인력개발비에 대한 세액공제를 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】(2010.3.12. 법률 제10068호 개정되기 전의 것, 이하 같음)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소 급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(1 00분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. 2) 조세특례제한법 제9조 【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개 발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력 개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 (2010.5.4. 대통령령 제22151호로 개정되기 전의 것)

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

4) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것)

① 영 제8조제1항에 따른 영 별표 6의 제1호가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다. <개정 2008.4.29, 2009.4.7, 2009.8.28>

1. 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서

2. 문화산업진흥기본법 시행규칙 제11조의6 에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

② 영 제8조제1항에 따른 영 별표 6의 제1호가목①에서 "기획재정부령이 정하는 자"란 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. <개정 2008.4.29, 2009.4.7> 5) 기술개발촉진법 제2조 【정의】 (2009.1.30. 법률 제9369호로 개정되기 전의 것이며, 2011.5.24. 법률 제10780호로 폐지되었다. 이하 같다) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료․제품․장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.

2. “도입기술의 소화개량”이라 함은 외국으로부터 도입된 기술을 분석하여 이를 보완하고 발전하게 하여 새로운 기술을 창조하는 활동을 말한다.

3. “신기술”이라 함은 국내에서 최초로 이루어진 기술개발의 성과와 도입기술의 소화개량에 의한 새로운 기술로서 지식경제부장관이 인증하는 것을 말한다. 6) 기술개발촉진법 제7조 【특정연구개발사업의 추진 등】

① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다. <개정 2005.12.30, 2006.4.28, 2008.2.29>

2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서 7) 기술개발촉진법 시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】

① 법 제7조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 교육과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. <개정 2006.6.29, 2008.12.31>

1. 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5인 이상

2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5인 이상

3. 교육과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소: 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소: 10인 이상

② 법 제7조제1항제2호에서 "기업의 연구개발전담부서"(이하 "전담부서"라 한다)라 함은 다음 각 호의 요건을 갖추고 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 전담부서를 말한다. <신설 2006.6.29, 2008.12.31>

1. 과학기술분야의 연구개발업무가 그 부서의 주요업무로 되어 있을 것

2. 연구전담요원 1인 이상이 늘 확보되어 있을 것 8) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 (기업부설연구소의 신고 등)

② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 1.～8. (생략)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다. 9) 기술개발촉진법 시행규칙 제8조 (기업의 연구개발전담부서의 신고 등)

① 영 제15조 제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서를 신고하려는 자는 별지 제8호의2 서식의 연구개발전담부서 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 1.～5. (생략)

② 협회장은 제1항에 따른 신고를 받고 연구개발전담부서로 인정한 때에는 별지 제8호의3 서식의 연구개발전담부서인정서를 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 1995.11.14. 기술개발촉진법 제16조 및 같은법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소를 설립하였음이 기업부설연구소인정서에 의하여 확인된다.

2. 2010～2012사업연도의 연구소 연구개발 인력현황은 아래와 같다. (사업연도: 2010) 일련번호 직위 성명 소속부서 비고 1 연구소장 연구소 2 책임연구원 연구1팀 3 " 연구2팀 쟁점 전담직원 4 선임연구원 " 5 " " 쟁점 전담직원 6 “ " 7 “ 연구1팀 8 주임연구원 “ 9 “ “ 10 연구원 연구2팀 11 선임연구원 연구1팀 12 연구원 연구1팀 (사업연도: 2011) 일련번호 직위 성명 소속부서 비고 1 연구소장 연구소 2 책임연구원 연구1팀 3 " 연구2팀 쟁점 전담직원 4 선임연구원 " 5 " " 쟁점 전담직원 6 “ " 7 주임연구원 “ 8 “ “ 9 연구원 연구2팀 10 선임연구원 연구1팀 11 주임연구원 연구2팀 쟁점 전담직원 12 “ 연구2팀 13 선임연구원 연구2팀 쟁점 전담직원 14 연구원 연구1팀 (사업연도: 2012) 일련번호 직위 성명 소속부서 비고 1 연구소장 연구소 2 책임연구원 연구1팀 3 " 연구2팀 4 연구원 연구1팀 5 주임연구원 연구2팀 6 " 연구1팀 7 주임연구원 연구2팀 쟁점 전담직원 8 선임연구원 " 9 " 연구1팀 10 “ 연구2팀 11 " 연구1팀 12 “ 연구2팀 13 " " 14 " " 쟁점 전담직원

3. 쟁점 전담직원은 모두 연구소의 연구2팀 소속임이 청구법인이 제출한 부서조직도에 의하여 확인된다.

4. 조사청의 쟁점 전담직원의 연구인력개발세액공제 관련 인건비 전체금액과 부인내역은 다음과 같다. (단위: 백만원) 구 분 2010 2011 2012 인 건 비 434 616 273 부인금액 87 159 35 2012사업연도 인건비가 적은 이유는 2012년 7월 합병으로 1～6월분 계상된 것임

5. 조사청이 제출한 자료에 의하면 청구법인은 관계사 A사 등에 2010년부터 프라스틱, 고무류가 포함된 부품(밸브, 배관, 커버 등)을 납품하기 시작하였고, 구매 계약내용은 아래와 같다. 구분 계약일자 갑 을 체결일 만료일 구매계약 2010.5.1. 2011.4.30. 관계사 A 청구법인 " " " 관계사 B " " " " 관계사 C " " 2011.7.1. 2012.6.30. 청구법인 ㅇㅇ산업 " " " " ㅇㅇ정밀부품 " " " " ㅇ베이스 " " " " ㅇㅇ전자 " " " " ㅇㅇ상사

6. 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 1995년부터 기업부설연구소를 설립하여 건축자재 등을 제조해오다가 2010년부터 신규사업의 일환으로 부품을 납품하기 시작하였고, 시중에 유통되는 제품은 재질적인 문제, 다수의 불량률, 원재료 사용의 문제 등이 있었으며, 이에 청구법인은 사출전문기업으로 성장하기 위하여 내부에서 생산하는 작업을 진행하였고 건축자재 개발과 사출품 개발에 노력하였다고 하였다. 이에 따라 부품 생산에 있어서 많은 연구 및 실험 테스트를 통해 불량개선 등의 개선효과를 내는 제품을 생산할 수 있었고, 또한 산업용 건축자재의 끝없는 연구개발로 고성능 보온재 개발에 성공하였다고 하였다. 청구법인은 이를 입증하기 위하여 쟁점 전담요원의 연구활동내역과 신기술인증서를 제출하였다.

7. 청구법인은 쟁점 전담직원의 인사기록카드 요약자료를 제출하였다.

• 라. 판단 위 사실관계 등을 종합하여 쟁점 전담직원 인건비에 대하여 연구인력개발비에 대한 세액공제를 배제한 처분의 당부를 살펴본다. 청구법인은 이전에 관계사 A가 운영하던 부품 사출, 조립 영업을 2010.1.31.에 “영업재산 양도·양수계약”을 체결하면서 플라스틱, 고무류가 포함된 부품을 조립하여 2010.5.1.에 관계사 B 등과 “물품구매계약”를 한 후 납품하여 왔으며, 조립 임가공, 원재료의 구매업체인 ㅇㅇ 등으로부터 “제조 하도급 구매계약”을 체결하고 부품 관련 플라스틱, 고무류 소재 원재료를 구매하였던 점, 쟁점 전담직원의 주요업무내용의 실질 수행성격을 살펴보면 다음과 같이 기존에 개발된 다양한 플라스틱, 고무의 재질(재료의 성질)을 선택하고 부품 생산에 시험 적용하여 생산량(불량개선, 원가절감 등)에 개선효과가 있는 원재료를 선택하여 당초 구매업체를 변경하거나, 구매품목의 재질을 변경하도록 계약내용을 정정하거나, 기존에 협의된 재질을 사용하고 있는지 구매업체별로 원재료 재질을 평가하고, 관계사의 고장원인을 분석하는 일이 대부분이라는 점 등을 종합해 볼 때 쟁점 전담직원이 수행한 업무는 ｢조세특례제한법｣ 제10조 규정에 의한 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 연구활동으로 보이지 않는다. 따라서 처분청이 쟁점 전담직원 인건비에 대하여 연구인력개발비에 대한 세액공제를 배제한 처분은 정당하다고 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.